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1.
《中国畜牧兽医》2020,(1)
为了对四川省彭州某免疫过猪流行性腹泻病毒(PEDV)疫苗猪场猪感染的PEDV毒株基因组特征和遗传变异规律进行研究,本试验采用RT-PCR法筛选PEDV阳性样本,命名为SCXM株,对全基因组序列克隆测序获取全基因组序列,并对主要结构基因进行遗传变异分析和系统进化分析。结果显示,SCXM株的遗传变异主要集中在S基因,与71个毒株相比同源性为90.4%～99.2%,与猪场免疫疫苗株CV777相比同源性仅为93.8%。与国内常用疫苗毒株相比,在5个线性抗原表位(P1、S1P2、S1P3、SS5和SS6)和1个中和抗原表位(SID)均存在氨基酸位点突变。遗传进化分析表明,SCXM株属于G2b亚型PEDV,与湖北HBXY3株和越南毒株同在一个分支,表明这些地区流行毒株的演化过程存在相关性。另外对ORF3、M和N基因分析结果显示,SCXM与疫苗株相比均存在一定数量的氨基酸突变,但变异程度相对较小,且未引起抗原性预测值的变化。结果表明,PEDV SCXM株属新型变异毒株,其S基因发生较大程度的变异,S基因多个氨基酸突变和抗原性的变化可能是导致猪场疫苗免疫失败的原因之一。本研究丰富了PEDV基因学研究资料,探讨了SCXM株PEDV遗传变异和演化特征,为PEDV的分子演化研究奠定了基础。 相似文献
2.
为了对四川省彭州某免疫过猪流行性腹泻病毒（PEDV）疫苗猪场猪感染的PEDV毒株基因组特征和遗传变异规律进行研究,本试验采用RT-PCR法筛选PEDV阳性样本,命名为SCXM株,对全基因组序列克隆测序获取全基因组序列,并对主要结构基因进行遗传变异分析和系统进化分析。结果显示,SCXM株的遗传变异主要集中在S基因,与71个毒株相比同源性为90.4%~99.2%,与猪场免疫疫苗株CV777相比同源性仅为93.8%。与国内常用疫苗毒株相比,在5个线性抗原表位（P1、S1P2、S1P3、SS5和SS6）和1个中和抗原表位（SID）均存在氨基酸位点突变。遗传进化分析表明,SCXM株属于G2b亚型PEDV,与湖北HBXY3株和越南毒株同在一个分支,表明这些地区流行毒株的演化过程存在相关性。另外对ORF3、M和N基因分析结果显示,SCXM与疫苗株相比均存在一定数量的氨基酸突变,但变异程度相对较小,且未引起抗原性预测值的变化。结果表明,PEDV SCXM株属新型变异毒株,其S基因发生较大程度的变异,S基因多个氨基酸突变和抗原性的变化可能是导致猪场疫苗免疫失败的原因之一。本研究丰富了PEDV基因学研究资料,探讨了SCXM株PEDV遗传变异和演化特征,为PEDV的分子演化研究奠定了基础。 相似文献
3.
《中国兽医学报》2017,(5):769-775
为了分析猪流行腹泻病毒(PEDV)在山东地区的流行和遗传变异情况,对2013—2015年收集的临床腹泻样品,参照GenBank中已经发表的PEDV毒株的N基因序列,设计1对特异性引物,利用RT-PCR技术检测PEDV抗原,并对其中的16份阳性样品进行病毒分离与S1基因测序分析。将含有PEDV流行株S1基因其中1个抗原表位(83~276aa)的重组蛋白免疫BALB/c小鼠,通过杂交瘤细胞融合技术,筛选获得2株针对PEDV S蛋白抗原表位的杂交瘤细胞,其中1株(1E5)可以区分PEDV经典毒株和流行毒株。临床检测结果表明:PEDV临床检出率由2013年的57.8%提高到2015年的75.68%,PEDV在山东地区的发病季节除春冬季节,近年夏季也呈高发趋势,且各地区均有不同程度的感染。PEDV S1基因序列分析结果表明:分离到的16株PEDV毒株间的S1基因的核苷酸序列同源性为91%~99.8%,氨基酸序列同源性为87.8%~99.7%;山东分离毒株与15个国内外参考毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为90.5%~100%和88.4%~99.9%。对S基因分子流行病学分析发现,7个国外参考毒株、8个国内参考毒株与本次分离到的16个PEDV毒株被分为2个不同的进化分支G1和G2。在2013-2015年分离到的16株毒株中,有3株位于G1中,且距离CV777经典毒株较近;剩余的13株位于G2中,G2则以近年流行毒株为主,而山东分离株主要在G2分支中,这也解释了现有CV777疫苗毒株在山东地区的免疫保护力不佳的原因。本研究结果不仅从分子流行病学角度分析了山东地区PEDV的流行和变异情况,为指导该地区PEDV疫病防制提供了新的参考,并且制备了能够区分PEDV经典毒株和流行毒株的S蛋白单克隆抗体,为本病的实验室鉴别诊断提供了有效的检测工具和重要的理论基础。 相似文献
4.
为分析猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）的遗传变异情况,本研究设计合成1对引物,应用RT-PCR方法扩增S1基因的主要中和表位区序列,并对4株PEDV分离株S1基因中和表位区进行遗传进化和B细胞抗原表位分析。结果显示,4株分离株位于同一进化分支G2上,其中湖南株和河南株与JXGZ2013、GDZQ2012、GDZQ2014株亲缘关系最近,同源性高达98.3%~98.7%;上海株与BJ-2011株、LZW分离株核苷酸同源性高达98.7%左右;福建株与2013年美国株、日本株及中国台湾变异株亲缘关系较近,核苷酸同源性高达99.0%~99.5%;B细胞线性抗原分析显示,与疫苗株相比,4株流行株在265－278位氨基酸处抗原表位明显增强。提示近年来PEDV呈现快速变异和进化趋势,抗原表位的变化可能是影响PEDV流行株感染性的主要原因。 相似文献
5.
利用PEDV的S1基因的特异性引物,克隆了沈阳地区1株PEDV流行毒株(LNSY-2017)的S1基因,并通过S1基因序列比对,分析了此病毒株与其他相关毒株的亲缘关系。结果显示:LNSY-2017株S1基因(2 372 bp)与我国疫苗株CV777(2 364 bp)相比,存在16个核苷酸的插入和8个核苷酸的缺失,导致推导的氨基酸序列存在6个氨基酸的插入(56G、59QGVN62和69G)和6个氨基酸的缺失(73N、157FA158、380YL381和521G),且在2个主要中和抗体表位(aa499～637和aa763～770)有11处氨基酸的突变。遗传进化分析结果显示,LNSY-2017与主要的疫苗株同源性较低(91.4%～92.5%),而与2012年韩国毒株、美国2013年毒株以及中国近年来流行毒株同源性最高(97.0%～98.7%),属于基因G2b型。结果表明,沈阳地区的PEDV流行株已经发生很大变异,因此很有必要加强对PEDV变异的监测。 相似文献
6.
《动物医学进展》2020,(9)
为了研究G2型疫苗免疫后PEDV毒株的遗传进化特点,从广西某规模化猪场G2型疫苗免疫前后的3次PED疫情中采集110份临床样品进行检测,对得到的8株PEDV的S1部分基因进行了生物信息学分析。结果显示,用G2型疫苗免疫后均能有效控制PEDV疫情,但不稳定;经测序表明该猪场流行的PEDV为G2-a-non S-INDEL型;同时,发现该猪场流行的PEDV病毒在第295位(Q_(295)R)氨基酸处存在独特的分子特征,且在G2型疫苗使用后PEDV S1部分基因在信号肽区域、抗原表位区、N-糖基化位点等功能区有4处(T_5P、S_(219)N、V_(273)L、I_(323)V)氨基酸位点发生了独特的突变。研究所发现的广西地区PEDV毒株在G2疫苗免疫压力下呈现新的分子特征,为PEDV N-糖基化位点病毒的抗原性以及PEDV免疫逃逸机制的研究提供了基础数据。 相似文献
7.
2017年广东某猪场送检腹泻死亡仔猪小肠样本,经实验室检测、细胞分离及RT-PCR鉴定,确定分离到1株猪流行性腹泻病毒,命名为GDqy2017,克隆并测定其S基因与ORF3基因序列,并对序列进行分析。结果显示,该分离株对Vero细胞高度适应,第1代即出现细胞病变(CPE),第4代起1d内即出现CPE,且CPE时间和形态稳定。其S基因长4 158nt,与经典毒株CV777、中国疫苗株CV777及韩国疫苗株attenuated DR13核苷酸同源性为94.2%、94.1%、94.2%,氨基酸同源性为93.4%、92.7%、93.0%,存在2处插入、2处缺失及98处突变(与经典毒株CV777相比),属于不同进化群,与国内2010年后参考株(除CHXBC-01-2015、CH/GDQY/2011)在同一进化群,S蛋白的主要抗原表位存在突变,其中有1处新突变出现(640位F→S),其ORF3全长675nt,不存在疫苗株中的大片段缺失及表达截短现像,但存在突变,进化树分析显示与经典毒株CV777、疫苗株属于不同进化群,亲缘关系较远。研究结果为后续PEDV分子生物学分析、流行病学调查及研制更为有效的疫苗提供基础数据。 相似文献
8.
《中国预防兽医学报》2020,(4)
为阐明闽西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传进化和重组事件。本研究从福建龙岩感染PEDV仔猪送检样品中鉴定出1株PEDV(闽西FILY1703株),采用PCR方法扩增其N、E、M以及S基因序列并测序。N、E、M以及S基因同源性及进化分析显示,FJLY1703株与CV777等早期经典株同源性较低且亲缘关系较远,而与2010年后国内分离株的同源性较高且进化关系较近。S基因编码的氨基酸序列与疫苗株CV777 S蛋白的氨基酸序列相比,FJLY1703株S蛋白抗原表位COE中存在8个突变,这些变化与2010年后中国PEDV分离株相似;且FJLY1703株E、M以及N基因编码的氨基酸序列中分别存在1个、3个和12个突变位点,均与我国当前流行株突变位点相似。S基因的重组分析表明,FJLY1703株是一株以CV777株为代表的早期经典株与2010年后PEDV变异株的重组流行株,上述研究结果提示在闽西地区需要研制针对PEDV流行株的疫苗来控制PEDV的感染。本研究为闽西地区PEDV流行病学研究提供参考依据。 相似文献
9.
为了解江西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行和变异情况,本研究利用RT-PCR方法对2017年采自江西省部分地区规模化猪场182份腹泻仔猪小肠组织和粪便样品进行检测,并设计了2对引物对37份阳性病料的S基因进行扩增、克隆及序列测定,以及与GenBank中登录的22株PEDV S基因参考序列进行遗传进化分析。结果显示,37株PEDV江西流行株的S基因序列长为4 158或4 161 bp,编码1 385或1 386个氨基酸,全部为Group 1型,与美国流行毒株较为接近,而与欧洲毒株(Br1/87)及疫苗株(CV777)亲缘关系较远;37株PEDV中有36株为G1-1亚群,1株为G1-2亚群;37株PEDV江西毒株间的S基因核苷酸序列同源性为96.9%～100.0%,氨基酸序列同源性为96.1%～100.0%,与22株参考毒株的核苷酸、氨基酸序列同源性分别为92.7%～100.0%和91.5%～100.0%;相较于CV777疫苗株,PEDV江西流行毒株的S基因存在碱基缺失、插入和位点突变现象。本研究从分子流行病学角度证实了2017年江西部分地区PEDV的流行与变异情况,为指导江西省PEDV的科学防控提供了参考依据。 相似文献
10.
《中国兽医学报》2020,(3)
获得6株闽西地区PEDV毒株,对其S基因全长序列进行分析,确定闽西毒株S基因同源性和遗传进化关系。结果显示,闽西毒株S基因相互间高度保守,与当前国内外流行毒株高度同源,属于当前流行毒株。并且,闽西毒株与疫苗毒株CV777和早期韩国毒株(DR13和SM98)均存在遗传差异。序列比对结果显示,与疫苗毒株CV777相比,闽西毒株S基因中和表位区域COE中存在8～11个突变位点,与2010年后中国分离毒株相似。重组分析显示,闽西毒株与当前国内流行毒株起源相同,为早期疫苗毒株和变异毒株的重组毒株,这可能是导致近期疫苗接种失败的原因。本试验结果对了解闽西地区以及我国PEDV的流行病学提供了资料基础,为PEDV新疫苗的研发提供了理论基础。 相似文献