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1.
《中国油料作物学报》2017,(4)
为探讨大豆转录因子GmWRI1在大豆种子油脂形成过程中的调控作用,本研究从大豆吉育72花后35d的种子中克隆得到GmWRI1全长cDNA序列,并对该基因编码的蛋白的理化性质、结构功能进行了初步分析;通过实时荧光定量PCR对花后不同时期籽粒中GmWRI1进行定量分析并对种子进行油脂含量的测定,推测GmWRI1的表达量可能与大豆籽粒中油脂含量有关。此外,利用重组DNA技术构建酵母表达载体pGBKT7-GmWRI1并转入AH109酵母菌株中,结果表明GmWRI1具有转录激活活性,属于转录激活子。 相似文献
2.
果蔗Hsp90基因的电子克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以克隆到的果蔗HSP90基因片段作为探针,利用电子克隆和序列拼接方法获得一个全长为2 097 bp的cDNA序列.通过ORF软件分析.预测得到的蛋白质具有698个氨基酸.应用生物信息学对果蔗HSP90蛋白的理化性质、二级结构、疏水性,亲水性、信号肽、功能结构域分析及其蛋白功能、高级结构和同源性进行了预测分析.结果表明,该蛋白的相对分子量为80.2 ku,在N端有一个ATP结合位点,具有内源ATPase活性.序列分析表明,该蛋白可能具有信号转导、转录调控、胁迫应答、生长因子等功能.利用梢腐病病原Gibberella fujikuroi接种果蔗福安叶片,检测到HSP90基因的转录水平逐渐提高. 相似文献
3.
利用RACE技术从艾草(Artemisia argyi)的成熟叶片中克隆了萜类化合物生物合成的单萜合成酶(TPS)的基因,并对其进行序列特征分析和系统进化关系预测。结果表明,该基因c DNA全长为1.7 kb,开放阅读框可编码538个氨基酸残基,并包含与其功能高度相关的DDxx D保守区和RR(degenerated RRx8W)保守区。预测的Aa TPS二级结构具有28个转角,30个α螺旋,8个β折叠。预测的三维结构符合单萜合酶的立体构象。系统发育分析表明,Aa TPS基因与其他双子叶植物中的单萜合酶基因聚为一类,与菊科植物的单萜合酶基因相似性较高。 相似文献
4.
为了解小麦PM H~+-ATPase的基因全序列及其相关生物信息学特征,以豫麦18的基因组DNA为材料,用Full-Tail-PCR方法首次克隆到了小麦PM H~+-ATPase基因的启动子,并用分段克隆方法克隆了其全长序列(登录号:AY829002).DNA序列分析结果表明,该基因全长5 770 bp,含有15个外显子和14个内含子,其中第一个内含子片段较大,长达1 432 bp.碱基组分分析结果表明,该基因的启动子及5′UTR全长分别为161和201 bp,G+C含量分别高达72.1%和72.6%.对其生物信息学特征分析结果表明,该蛋白由951个氨基酸组成,分子量为104.6 kD,有44个功能位点,10个跨膜区,1个Cation-ATPase结构域,1个E1-E2-ATPase结构域和1个水解酶结构域.与其他植物序列比对分析结果表明,不同植物来源PM H~+-ATPase具有较高的保守性.该基因结构及其推定产物结构的复杂性说明该基因在生命活动调节中的精确性. 相似文献
5.
花生果种皮特异表达基因AhPSG13的克隆和表达研究 总被引：1，自引：1，他引：0
为了克隆在花生果种皮中特异表达的基因,本实验从花生果皮种仁抑制消减文库中筛选出一个277bp的EST序列并进行研究,通过构建花生果皮全长cDNA文库,获得此目的基因G13的全长为1369bp,开放阅读框从第28个碱基始至1122个碱基止,预测分子量为39865.59,等电点5.73。生物信息学分析表明该基因编码的蛋白具有4个跨膜结构域和多个活性位点,可能与细胞内DNA转录有关;该蛋白与多种豆科作物的半胱氨酸蛋白酶具有较高同源性,推测为花生半胱氨酸蛋白酶相关基因;RT-PCR研究该基因表达,结果显示该基因在果种皮中特异表达,于30d果皮中表达量最大。本研究克隆的AhPSG13基因序列已经登陆到GenBank,登录号为FJ475061。 相似文献
6.
D14是一类能够有效抑制水稻分蘖的水解酯酶,可能是独脚金内酯信号传导途径中的重要组分。为研究该基因在甘蔗分蘖性状中的功能,利用RT-PCR和RACE技术从甘蔗主栽品种ROC22中克隆出D14同源基因的c DNA全长,命名为Sc HTD2,并对其进行生物信息学分析。结果表明:Sc HTD2基因的c DNA全长为1 302 bp(KP137674.1),具有927 bp的开放阅读框,编码308个氨基酸;蛋白质分析表明,Sc HTD2为不稳定的水溶性非分泌蛋白,主要作用于氨基酸的生物合成或者作为生长因子调控生物生长发育。亚细胞定位于叶绿体,存在14个磷酸化位点,不存在乙酰化位点和信号肽。二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主,还有一些残基形成β-折叠和链延伸。保守结构域和三级结构预测均表明该蛋白包含一个α保守水解酶家族,属"D14-Like"或者"DAD2-Like"蛋白家族。推测Sc HTD2可能作为独脚金内酯调控甘蔗分蘖信号转导中一个具有催化特性的水解脂酶而起作用。进化树分析表明该蛋白与高粱、玉米等单子叶植物进化关系较近。 相似文献
7.
以大豆品种合丰25和Bayfield为材料,克隆大豆2-甲基-6-植基-1,4-苯醌甲基转移酶(MPBQMTase)基因,获得1 029 bp的MPBQ-MT基因c DNA序列。通过序列比对发现10个大豆MPBQ-MT基因c DNA区内的潜在SNP位点。采用生物信息学方法分析MPBQ-MT基因编码的氨基酸序列和蛋白质结构。结果表明:MPBQ-MT基因CDS区共编码342个氨基酸,其中缬氨酸(Val)含量最多,占该基因编码氨基酸总数的8.8%;半胱氨酸(Cys)含量最少,占该基因编码氨基酸总数的1.2%;MPBQ-MT蛋白N端包含由58个氨基酸组成的叶绿体转运肽,为亲水性蛋白质。合丰25与Bayfield的MPBQ-MT蛋白质二级结构有所不同,2个品种的MPBQ-MT蛋白质中α-螺旋分别约占25.44%和27.49%,β-转角分别约占9.36%和9.06%,无规则卷曲分别约占40.35%和38.60%。2个品种的MPBQMT蛋白质中片层结构均约占24.85%。两个品种的MPBQ-MT蛋白质均有1个S-腺苷基甲硫氨酸结合位点。对MPBQ-MT蛋白三级结构进行预测,发现去掉转运肽后,MPBQ-MT蛋白质三级结构主要由11个连续的α-螺旋区域和8个连续的片层结构区域组成。结合MPBQ-MT蛋白三级结构对MPBQ-MT基因的生物学功能进一步分析,提出了较为合理的MPBQ-MT作用模型。由系统发生树可知MPBQ-MT蛋白在大豆与菜豆中的亲缘关系较近。 相似文献
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大豆GmNAC115基因克隆及特征分析 总被引：2，自引：0，他引：2
NAC转录因子在植物发育和逆境应答中具有重要的作用。本研究从大豆中克隆了1个NAC基因GmNAC115。该基因c DNA全长1 383 bp,开放阅读框长912 bp,编码303个氨基酸,预测分子量约为34.278 k D,p I8.37。推测的氨基酸序列中含有1个高度保守的NAM结构域。Gm NAC115基因组包含3个外显子和2个内含子。进化树分析发现Gm NAC115和Pv NAC为1个分支。转录活性分析结果表明,Gm NAC115转录因子具有转录激活功能。SDSPAGE电泳分析表明,p ET-28a-Gm NAC115最佳诱导表达条件为在37℃下1.0 mmol·L-1IPTG诱导2 h。组织特异性表达模式分析表明在检测的所有组织中Gm NAC115都有表达,在根中表达量最高,在种子中表达量最低。 相似文献
10.
《中国油料作物学报》2017,(2)
为了研究本实验室前期质谱分析筛选出的SGF14h蛋白的生物学功能,并为研究SGF14h基因的表达调控提供理论依据,使用一系列生物信息学软件、数据库和在线程序,对大豆SGF14h蛋白序列及核酸序列进行分析和预测。SGF14h基因结构分析显示:该基因位于第4号染色体上,全长1 788bp,其中开放阅读框长780bp,编码259个氨基酸。SGF14h蛋白属性分析显示:序列中富含磷酸化位点(丝氨酸磷酸化位点10个和苏氨酸磷酸化位点3个);此蛋白为非分泌型蛋白、无跨膜结构域;预测其定位于线粒体。SGF14h蛋白结构分析显示:二级结构有153个α螺旋,无β折叠和β转角;为亲水性蛋白质;属于14-3-3蛋白家族成员。SGF14h蛋白进化树分析表明:该蛋白与玉米GF14蛋白亲缘性最近。矮秆大豆中,SGF14h可能在GA信号转导中起重要作用,进而影响株高。因此对SGF14h的研究具有生物学意义,此结果可为进一步验证大豆SGF14h蛋白的生物学功能提供借鉴和理论依据。 相似文献
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本研究以大豆Williams 82为实验材料，采用RT-PCR技术克隆到了GmAAP 基因，其开放阅读框长度为1440 bp，编码479个氨基酸。生物信息学分析表明，GmAAP蛋白分子量为53.286 kD，理论等电点为8.93，不稳定指数为34.04，属于稳定的蛋白结构；其二级结构中α-螺旋、β-折叠、β-转角、无规卷曲分别占据47.18%、15.66%、2.71%、34.45%；跨膜区与疏水性分析显示其含有10个跨膜区，且构成跨膜区的氨基酸多为疏水性氨基酸；GmAAP与野生大豆AAP6亲缘关系最为相近，且序列比对的一致性为100%，可能为大豆AAP6 基因。构建融合表达载体，利用PEG-Ca2+介导法转化拟南芥原生质体进行亚细胞定位分析，结果显示GmAAP定位在质膜上。AAP能提高豆科植物对外源氮的吸收与利用率，进而增加种子内贮藏蛋白含量，提升大豆品质。本研究的结果可为GmAAP 功能
的进一步研究奠定基础，同时也为氮素的高效利用提供候选基因。 相似文献
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ZHANG Ya-dong ZHENG Jia LIANG Yan-li ZHAO Chun-fang CHEN Tao ZHAO Qing-yong ZHU Zhen ZHOU Li-hui YAO Shu ZHAO Ling YU Xing WANG Cai-lin 《水稻科学》2015,22(2):65-70
GW2 is an important gene that regulates grain width and weight. We used c DNA clone to obtain the sequences of GW2 from large- and small-grained rice varieties,TD70 and Kasalath,respectively. Then,we developed a d CAPS(derived cleaved amplified polymorphic sequence) marker on the basis of the sequence difference between functional and nonfunctional GW2 genes to analyze the genotypes and phenotypes of recombinant inbred lines. Results showed that the sequence of GW2TD70 had a single nucleotide deletion at site 316 that generates a termination codon. This codon terminated the GW2 protein in advance. By contrast,the sequence of GW2 Kasalath encoded an intact protein. A novel d CAPS marker was designed in accordance with a base A deletion at site 316 of the sequence. After the PCR product was digested by Apo I,TD70 showed 21 and 30 bp fragments,and Kasalath showed a 51 bp fragment. Up to 82 lines contained GW2TD70,and 158 lines contained GW2 Kasalath. The lines that contained TD70 alleles displayed substantial increases in width and 1000-grain weight. This result suggested that GW2 played a critical role in rice breeding. 相似文献
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课题组前期对干旱胁迫下大豆转录组的数据分析发现大豆Glyma.13G115900基因编码一个RING/U-box蛋白,其表达水平受干旱胁迫影响显著。本研究以垦丰16大豆为试验材料,克隆Glyma.13G115900基因。氨基酸多重序列比对表明其编码的蛋白与其它物种都具有高度保守的RING/U-box结构域。构建原核表达载体pET-29b-Glyma.13G115900转化到大肠杆菌中,Glyma.13G115900蛋白在大肠杆菌中能够表达。荧光定量PCR分析表明Glyma.13G115900基因的表达量受PEG、NaCl和ABA的影响显著,但基本不受冷胁迫的诱导。经PEG和NaCl处理后,该基因表达量与CK相比呈现出显著下降的趋势,PEG处理的表达量变化比NaCl下调的更明显;在ABA诱导下与CK相比该基因的mRNA丰度呈现出先上升后下降的趋势,在4 h表达量出现峰值,推测该基因可能通过依赖于ABA途径参与非生物胁迫应答。以上结果为进一步深入研究该基因的调控途径奠定基础。 相似文献
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黄烷酮3-羟化酶（flavanone 3-hydroxylase,F3H）是黄酮类化合物合成途径中的一个关键酶。本研究基于前期转录组数据,以‘福菜薯7-6’叶片为材料成功克隆CDS序列长度为1107 bp的基因IbF3H,利用生物信息学分析甘薯F3H基因的序列特征、氨基酸序列对比、蛋白系统进化树、蛋白的二、三级结构、预测其跨膜结构和亚细胞定位,并利用qRT-PCR分析盐旱胁迫处理下基因的表达特性。结果表明,该基因含有3个外显子和2个内含子,编码368个氨基酸,蛋白分子量为41.12 kDa,等电点为5.83。存在多种类型的启动子顺式作用元件,如光响应元件G-Box、ACE,干旱胁迫相关的MBS元件,与脱落酸激素响应相关的ABRE元件等。与其他植物的氨基酸序列相似性达到了80%以上,可见IbF3H的编码区高度保守,且黄烷酮3-羟化酶在进化上具有较高的保守性。IbF3H蛋白含有非血红素双加氧酶结构域（DIOX-N superfamily）和典型的F3H蛋白功能结构域（2OG-FeⅡ-Oxy加氧酶结构域）,属于双加氧酶超家族。IbF3H蛋白可能在细胞质中表达并且不具备跨膜结构。qRT-PCR研究结果表明,IbF3H基因并非组织特异性表达的基因,叶和茎表达量高于茎尖和根。模拟盐胁迫处理后,IbF3H基因表达量呈现先下降后上升的趋势;模拟干旱胁迫处理后,IbF3H基因表达量始终高于对照组,以响应逆境胁迫。本研究可为下一步探索IbF3H基因在调控甘薯类黄酮生物合成途径和功能作用奠定基础。 相似文献
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利用NCBI和Phytozome数据库进行GmIDD基因的同源基因检索,获取该基因在大豆不同染色体中5个拷贝的序列信息。通过对功能结构域的分析结果显示GmIDD基因5个拷贝均含有2个C2H2型(72~92 aa、114~142 aa)、2个C2HC型(149~169 aa、176~195 aa)锌指结构域。GmIDD基因cDNA序列全长为1 227 bp,编码408个氨基酸。系统进化树分析结果显示GmIDD基因5个拷贝中除了Glyma.14g10940和Glyma.17G228000外,其它IDD蛋白间进化距离较远,表明不同大豆IDD基因在功能上可能存在一定差异。长短日照处理下GmIDD表达量的分析结果显示GmIDD基因受短日照诱导表达,因此推测GmIDD可能参与大豆开花的调控过程。 相似文献
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为探讨甲基结合蛋白(MBD)在小麦生长发育过程中的生物学功能,通过RACE技术克隆了小麦TaMBD2基因的cDNA全长,并分析了该基因在小麦叶片、种子发育及萌发过程中的表达特性。RACE克隆及序列分析表明,TaMBD2基因cDNA全长为1 511 bp,其中5 UTR 164 bp,3 UTR 405 bp,ORF 942 bp。对该基因编码氨基酸序列的分析发现,TaMBD2编码蛋白中包含有1个典型的甲基结合域和1个CW型锌指结构域;通过RT-PCR分析发现,TaMBD2基因在叶片中的表达随着小麦的生长发育而逐渐增强;在种子发育过程中,该基因在花后20和30 d时的表达量最高;在种子萌发过程的胚和胚乳中,该基因的表达水平变化不大。 相似文献