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1.
为了探索霉梨（Pyrus spp.）品种群的起源,基于叶绿体片段（accD-psaI,trnL-F）及低拷贝核基因LEY2第二内含子（LFY2int2-N）DNA序列信息对相关的梨属植物进行了系统发育分析。结果表明：除了‘小霉梨’,其它样本均为同一种叶绿体单倍型,与大多数砂梨品种的单倍型一样;基于LFY2int2-N的系统发育树显示霉梨和浙江原产砂梨均非单系类群,但两者关系密切;霉梨并非种间杂种,豆梨很可能没有直接参与其起源。 相似文献
2.
基于ITS和matK序列探讨新疆野苹果与中国苹果的系统演化关系 总被引：1，自引：0，他引：1
以新疆地区不同居群的52份新疆野苹果[Malus sieversii（Ledeb.）Roem.]、9份中国苹果品种（Malus × domestica subsp. chinensis Li.）、1份森林苹果（M. sylvestris Miller）种质为试材,进行核糖体DNA内转录间隔区（ribosomal DNA internal transcribed spacers,ITS）和叶绿体成熟酶K（matK）基因的测序分析。从GenBank中获取了11个苹果栽培品种、14个塞威士苹果、26个苹果属其它种及1个外类群欧洲梨（Pyrus communis）的ITS及matK序列。利用MEGA（ver. 4.0）计算不同序列间的碱基组成频率、简约信息位点数、转换/颠换比率、序列间成对距离,以最大简约法与邻接法进行系统发育分析。结果表明,采集的“新疆野苹果”与“中国苹果”的ITS序列长度在589 ~ 594 bp,含有148个简约信息位点,转换/颠换比率（R）为1.029;MatK序列长度为1 451 ~ 1 461 bp,没有复制子Ⅱ序列,含有16个简约信息位点,转换/颠换为1.442。ITS分析将中国苹果、新疆野苹果（来自中国新疆）和塞威士苹果（来自GenBank）聚类于一个大的发育枝内,新疆野苹果5个居群的系统演化按新源、巩留、霍城和塔城的先后次序发生。MatK序列的系统发育分析将中国苹果和新疆野苹果聚类在一个大的发育枝内,但自展支持率低。由此说明,中国苹果由新疆野苹果驯化而来。matK不适于栽培苹果种内的系统发育分析。 相似文献
3.
《果树学报》2021,(10)
【目的】获得梨S-RNase基因全长序列及其进化、遗传多态性情况。【方法】设计特异性引物扩增梨S42-RNase基因组DNA全长序列,利用RT-PCR结合cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术获得其cDNA全长序列。构建梨属植物S-RNase基因编码区和高变区(hyper variable region,HV)内含子的系统发育树。【结果】梨S42-RNase基因编码226个氨基酸,包含由27个氨基酸组成的信号肽,由11、11、6、8、7个氨基酸组成的5个保守区以及HV区插入的335 bp内含子序列。系统进化树显示,梨S-RNase基因编码区和HV区内含子的拓扑结构既相似又有差异。编码区Normalized dN-dS结果显示,除了HV区外还有几个区域存在大量的非同义替换,表明对阳性选择具有很高的敏感性。【结论】梨S-RNase基因编码区和HV区内含子的进化存在一定的关联性,除HV区外还存在其他区域参与梨雌蕊与花粉间特异识别。梨S-RNase基因编码区进化动力源自其编码特异识别蛋白的功能,是平衡选择的结果。HV区的内含子序列表现出很高的长度多态性,进化受到负选择的压力。 相似文献
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《果树学报》2017,(3)
按照传统的形态学分类,梨属(Pyrus L.)植物属于蔷薇科的苹果亚科。近年来的蔷薇科分子系统发育研究将蔷薇科的亚科分为蔷薇亚科(Rosoideae)、桃亚科(Amygdaloideae)和仙女木亚科(Dryadoideae)。在新的蔷薇科分类系统下,梨属被归于桃亚科下苹果族Maleae的苹果亚族Malinae。梨属植物的分布横跨欧亚大陆,天山和兴都库什山以东分布的梨属植物种为东方梨,以西的称为西方梨。利用多个叶绿体和核DNA序列的梨属分子系统发育研究表明,梨属植物的主要进化方式为快速辐射进化和网状进化,支持东西方梨独立进化的观点。在系统树上只有P.mamorensis、P.gharbiana、P.cossonii、P.regelii和P.betulaefolia等5个梨属种为单源。被当作梨属植物原种后代的豆梨(P.calleryana)被证明为杜梨和川梨的可疑杂种。国内外多个研究小组利用不同DNA标记的研究表明,东亚主栽的中国砂梨、白梨和日本梨地方品种可能起源于共同的祖先—野生砂梨,但不同品种群的形成过程中可能受到所在地域梨属种的基因渐渗。基于新的研究结果和国际栽培植物命名法则,我们提出了白梨品种群的新名称:Pyrus pyrifolia White Pear Group。最新研究证实秋子梨品种起源于野生秋子梨与白梨/砂梨品种的杂交。未来需要收集更多相关的野生梨样品,采用新的研究策略重建梨属系统发育关系,阐明主要栽培梨系统的起源演化。 相似文献
5.
杜梨叶绿体基因组分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用高通量测序平台对杜梨（Pyrus betulaefolia）进行测序，并对其叶绿体全基因组序列的结构特征进行分析。结果表明，杜梨叶绿体基因组与大多数高等植物一样，具有典型的环状双链四分体结构。其叶绿体基因组大小为160 058 bp，共检测到61 个SSR 位点（58 个单核苷酸重复和3 个二核苷酸重复）和56 个RNA 编辑位点，这些RNA 编辑位点均引起了氨基酸的变化。与砂梨（Pyrus pyrifolia）、川梨（Pyrus pashia）和桃叶梨（Pyrus spinosa）的叶绿体基因组比较，其基因种类和数量都比较保守，表明了梨属植物进化的缓慢性。在4 个梨属植物中共检测到351 个SNP 和217 个InDel。 相似文献
6.
唐菖蒲质膜水孔蛋白基因GhPIP1;1 的克隆及表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用RT-PCR和RACE技术从唐菖蒲（Gladiolus hybridus‘Eerde’）花瓣中克隆得到1个质膜内在蛋白（plasma membrane intrinsic proteins,PIPs）类的水孔蛋白基因,命名为GhPIP1;1。该基因cDNA 全长1 130 bp,包含867 bp完整开放阅读框（ORF）,编码288个氨基酸。克隆和分析相应的gDNA序列（2 098 bp）表明,其包含由4个外显子和3个内含子组成的编码区序列。氨基酸序列分析表明GhPIP1;1具有水孔蛋白家族高度保守的2个NPA（Asn-Pro-Ala）基序。同源性分析显示GhPIP1;1氨基酸序列与同科的荷兰鸢尾（Iris hollandica）PIP1氨基酸序列的同源性达94%。半定量RT-PCR分析表明,GhPIP1;1在唐菖蒲花瓣、雄蕊、雌蕊、茎、苞片和叶片等均有表达,但表达量以花瓣中最高,叶片中最低;GhPIP1;1在花蕾至花朵盛开期间的表达水平较高且变化不明显,但在花朵盛开后的萎蔫过程中表达水平明显降低。 相似文献
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以甘蓝ZQ启动抽薹的茎尖为材料,分别提取DNA和RNA,以两对引物扩增并序列拼接得到甘蓝LFYZQ基因DNA序列和cDNA完整编码区,长度分别为2 560、1 239 bp,与花椰菜、拟南芥、芥菜和萝卜同源性分别达到91 %、87 %、86 %、87 %。该基因含有3个外显子（452、394、393 bp）和2个内含子（514、807 bp）,共编码412个氨基酸,内含子剪接位点均符合经典GT-AG法则。将LFYZQ与网上公布的12种十字花科植物LFY氨基酸序列按分子进化分成两类：甘蓝LFYZQ与花椰菜以及Jonopsidium属植物Jonopsidium acaule这3个分为一类;其余10种植物分为第二大类。LFYZQ蛋白分子量为46 kD,是一个不稳定的疏水蛋白,存在N-十四（烷）酰化位点、蛋白激酶C磷酸化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、酰胺化位点共4种活性位点。 相似文献
8.
香石竹切花水孔蛋白基因DcPIP2的克隆及特征分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用RT-PCR和RACE技术从香石竹（Dianthus caryophyllus L.）叶片中获得质膜内在蛋白（plasma membrane intrinsic protein,PIP）类水孔蛋白（aquaporins,AQP）基因的cDNA全长序列,命名为DcPIP2,GenBank登录号为GU989036。该cDNA全序列长983 bp,包含有858 bp的完整阅读框（ORF）,编码285个氨基酸,分子量约为30.6 kD。克隆相应的DcPIP2基因组全长序列得知,该基因长2 635 bp（GenBank登录号为JF706350?）,包含由3个外显子和2个内含子组成的编码区序列。同源性分析显示,DcPIP2氨基酸序列与陆地棉（Gossypium hirsutum）PIP2;3（ACB42440）、麻疯树（Jatropha curcas）AQP（ABM54183）和巴西橡胶树（Hevea brasiliensis）PIP2（ACV66986）氨基酸的同源性分别为89%、88%和87%。利用实时荧光定量PCR技术研究表明,DcPIP2基因在香石竹切花的叶片、茎颈部、花瓣、雌蕊、雄蕊和萼片中均有表达,表达量为雌蕊 > 花瓣 > 雄蕊 > 萼片 > 茎颈部 > 叶片。 相似文献
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利用同源序列克隆方法从标准偏高糖型甜菜二倍体纯系Ty7中获得氮素诱导甜菜硝酸还原酶基因片段,通过RACE技术克隆基因全长序列;该基因ORF长度2718 bp,编码905个氨基酸,分子量大小为102kD（ExPaSy的分子量分析）,等电点为6.12,含有147bp的5＇UTR和382 bp的3＇UTR,Genbank上的注册号为EU163265,甜菜硝酸还原酶基因编码多肽含有3个氧化还原功能区：钼辅因子功能区（eukary NR Moco;93-478）,Fe-血红素结合区（Cyt-b5;535-608）,FAD结合区（FAD binding 6;653-760）。利用网上的公共数据库和相关软件对该基因氨基酸偏好和编码蛋白的理化性质进行了分析,并对其功能进行了预测。上述研究结果为下一步基因的表达与调控研究奠定了基础。 相似文献
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对桉属的13个样本(11个种、1个人工杂交种和1个优良无性系) 的trnH-psbA基因间隔区
的序列进行了比对和分析, 13个桉属样本的trnH-psbA长度范围为538～576 bp, 序列排序的一致性长度为590 bp。共检测出了52个变异性状, 其中46个变异性状为碱基置换, 6个性状为插入或缺失。同时, 对桉属11个样本的rpl2-trnH基因间隔区(大单拷贝与反向重复接头) 区域进行了序列分析, 分析表明, 11个桉属样本的rpl2-trnH长度范围为79～149 bp, 序列排序的一致性长度为154 bp。共检测出了19个变异性状, 其中4个性状为插入或缺失, 15个变异性状为碱基置换。尾叶桉优良无性系的trnH-psbA和rpl2-trnH序列与尾叶桉仅1个位点的碱基置换; 与巨尾桉、巨桉进行比较, 尾叶桉优良无性系的trnH-psbA序列有27 bp 的插入, 以上4 个近缘样本在rpl2-trnH 区域的序列差异为12 个碱基置换。研究表明, 通过两个cpDNA基因位点序列不仅可以将桉属不同种进行区分, 而且也可以区分尾叶桉优良无性系与尾叶桉。因此,
本研究涉及的两个叶绿体基因组位点序列在建立桉树植物种间鉴定的DNA条形码方面具有潜在的应用价
值。 相似文献
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Chi-Chu Tsai Sheng-Chung Huang 《The Journal of Horticultural Science and Biotechnology》2013,88(6):674-680
SummaryThe internal transcribed spacer (ITS) of ribosomal DNA (rDNA) was used as a marker to identify genetic differences among 24 accessions of species and hybrids of the Oncidiinae based on PCR-amplified RFLP analysis. The ITS region of rDNA in 24 respective accessions of the Oncidiinae was amplified by a pair of complementary primers to conserved regions at the 3’ end of 17S and 5’ end of 25S of rRNA genes. The ITS was found to be about 730 bp in length, and there was no obvious variation in length among the 24 accessions studied. The PCR-amplified samples were digested with ten restriction enzymes and subjected to electrophoresis. Among the 166 bands that appeared, 159 were polymorphic. Cluster analysis was then done based on the pattern of band distribution in all samples studied. Four major groups and two individual clusters not belonging to any of the four groups were identified based on molecular data. The results of the study provide a DNA marker that can serve as a good tool to identify new hybrids of Oncidiinae flowers at the molecular level. This technique could be applied to protect the rights of plant breeders in the future. 相似文献
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白梨新S基因的克隆 总被引：10，自引：4，他引：10
采用PCR - RFLP检测、DNA序列分析和田间杂交试验, 从白梨中分离鉴定了1个新的S-RNase基因。该S-RNase基因PCR扩增产物大小与S-RNase基因PCR产物相似, 为450 bp左右。但PCR -RFLP和DNA序列分析均表明, 它与S8-RNase基因存在较大差异, 该基因内含子为252 bp, 而S8-RNase的内含子为234 bp, 并在高变区中具有10个氨基酸出现替换, 有两个氨基酸出现缺失。而该S-RNase基因却与S12-RNase基因具有较高的相似性, 在HV区中只有1处碱基被替换, 周边区中有10处出现碱基替换或缺失。因此, 继梨S18-RNase基因, 将它命名为S19-RNase基因(AY250987) 。与S 基因型已确定的梨品种的杂交坐果率也说明了该基因是一个新的S-RNase基因。 相似文献
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《Scientia Horticulturae》2005,103(4):489-498
Amplified fragment length polymorphism (AFLP) and partial rbcL gene sequencing were used to investigate genetic diversity among various longan (Dimocarpus longan Lour) accessions as well as a presumed closely related species Dimocarpus confinis How et Ho and litchi (Litchi chinensis Sonn). No significantly shared AFLP fragment was found between the three species, indicating that D. confinis and litchi are very far in genetic distance from any longan accession studied. Partial rbcL sequences of 501 bp from the first coding site in these species were obtained, which revealed several substitutes. One such DNA base pair substitute resulted in an amino acid difference between longan and litchi. Furthermore, another 4 bp resulted in a two amino acid difference between longan and D. confinis, which was consistent with AFLP results and indicated that D. confinis should be excluded from the longan genus, Dimocarpus. Within the longan species, no DNA substitute was found. Using nine primer combinations, a total of 66 AFLP markers were obtained from 41 longan accessions. One non-Chinese longan accession ‘Miaoqiao’ was distinctly different from all other longan cultivars collected in China, indicating that more genetic resources of longan might be collected also from longan production regions outside of China. AFLP markers might be developed to identify longan cultivars as well as expedite progeny screening in breeding programs of this perennial fruit tree. 相似文献
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Although carob (Ceratonia siliqua L.) is of great economic importance little is still known about the pattern of genetic variation within this species. Morphological characteristics based on 31 fruit and seeds of continuous characters determinant for agro-industrial uses, were compared with RAPD and AFLP markers for assessing genetic distances in 68 accessions of carob trees, from different cultivars, varieties and eco-geographic regions of Algarve. Eighteen selected RAPD primers applied to the 68 accessions produced a total of 235 fragments ranging from 200 to 2000 bp, of which 93 (40%) were polymorphic. Four AFLP selective primer combinations generated a total of 346 amplification fragments of which 110 were polymorphic. The average level of polymorphism based on four primer combinations was 31.8%. The phenetic trees based on RAPD and AFLP analyses gave high co-phenetic correlation values, and were found to be consistent in general with the analysis of morphological data, carried out on the same accessions. A number of RAPD and AFLP markers were found to be diagnostic for ‘Canela’ cultivar and 13 wild ungrafted trees. 相似文献
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选取5个叶绿体DNA非编码区trnL-trnF-1、trnL-trnF-2、trnS-psbC、accD-psaI、rps16-trnQ和1个基因区域rbcL,对中国秦岭淮河以南地区的梨（Pyrus L.）资源进行遗传多样性和演化分析。将188份梨资源的测序结果整合得到长度为5 612 bp（包含缺失片段）,共检测出13个单倍型、4个单一突变位点、16个简约性信息位点和14个插入/缺失片段（InDels）,单倍型多样性Hd为0.7178,核苷酸多样性为0.35 × 10-3。accD-psaI区域的分析结果显示该区域的Hd值最高,为0.7177;rbcL区域的Hd值最低,为0.0317。其中162份梨资源检测出12个单倍型,Hd为0.713,核苷酸多样性为0.29 × 10-3;梨的不同地理群体中湖南省的10个梨地方品种的Hd最高,为0.889;来自贵州省的8个品种的Hd最低,为0。138份砂梨地方品种共检测出8个叶绿体单倍型,其中单倍型H2、H4和H5在130份砂梨和37份白梨品种中检测到,单倍型H6、H10、H11、H12和H13在8份砂梨地方品种‘青皮钟’、‘甜宵梨’、‘细花红梨’、‘惠阳红梨’、‘麝香梨’、‘塘湖青’、‘红粉’和‘横县浸泡梨’中检测到。Median-joining Network图显示单倍型H6和H11为古老单倍型,H1、H4和H5为较进化的单倍型。根据叶绿体DNA序列变异信息可推测秦岭淮河以南地区的砂梨和白梨亲缘关系较近,同时来自湖南地区的砂梨种质资源具有丰富的遗传多样性。 相似文献
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以具有不同开花习性的9份芸薹种作物为试材,根据开花相关基因BrFLC2序列设计引物进行PCR扩增,发现9份材料均获得约1 400 bp的片段。通过克隆测序分析发现9份材料存在片段大小差异,因此开发了与此相关的BrFLC2的InDel标记。通过对来自8个不同栽培种群的146份自然群体材料的基因型检测与开花时间的相关性分析发现：开花时间早晚与BrFLC2的InDel的基因型显著相关（r = 0.412,P < 0.01）。Del基因型材料开花时间（平均71 d）明显比In基因型（平均109 d）早。研究证明该标记与开花时间表型显著相关,可以用来进行分子标记辅助选择育种。 相似文献