共查询到20条相似文献，搜索用时 33 毫秒
1.
为了更好地对清远麻鸡种质资源进行保护和开发利用，以线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b (cytochrome b, Cytb)基因为分子标记，检测了80只清远麻鸡的遗传多样性，并探讨了清远麻鸡在5个红色原鸡亚种的进化地位。结果显示：清远麻鸡mtDNA Cytb基因序列全长为1 143 bp,碱基T、C、A和G的平均比例分别是24.08%、36.38%、27.46%和12.08%。单倍型多样性(Hd)为0.585±0.038,核苷酸多样性(Pi)为0.000 87±0.000 59,平均核苷酸差异(K)为0.995。80条序列共发现13个多态位点，其中11个为单变异位点，2个为简约信息位点；基于多态位点定义了7种单倍型，系统发育树显示清远麻鸡与红色原鸡既有独立分支，又有相互交叉。清远麻鸡在mtDNA水平上呈中度遗传多样性，研究结果为清远麻鸡种质资源遗传评估、有效保种和选育利用提供了理论依据。 相似文献
2.
《青海畜牧兽医杂志》2021,(2)
为从分子水平上探究青海省门源白牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究对31头门源白牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定和比对分析,确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度、单倍型多样度及平均核苷酸差异数大小,并构建系统发育树。结果表明,门源白牦牛mtDNA D-loop区序列长度为892～896bp,排除5处插入/缺失后共发现38处多态位点,包括24处单一变异位点和14处简约信息位点;依据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度为0.901±0.030,核苷酸多样度为0.006±0.004,平均核苷酸差异数为5.17,提示门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性。以普通牛为外群,邻接法(NJ法)构建的系统发育树结果显示,13种单倍型分为明显的2个分支,表明门源白牦牛有2个母系起源。综上所述,本研究结果表明门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性,由2个母系遗传分支组成,具有2个母系起源。 相似文献
3.
中国西南马mtDNA ND4基因遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究旨在分析mtDNA ND4基因在中国西南马的遗传多样性.对中国西南马6个品种(类群)142个个体的线粒体DNA ND4基因部分序列进行PCR-SSCP和序列分析.结果表明,拼接后的西南马mtDNA ND4基因序列大小为679 bp,A+T含量(55.7%)高于G+C含量(44.3%).共检测到11个核苷酸变异位点,这些变异位点可归纳为6种单倍型.核苷酸平均多样度为0.638%,表明受试西南马mtDNA遗传多样性并不十分丰富.对各单倍型进行聚类分析,结果提示中国西南马起源于2个母系祖先. 相似文献
4.
通过对马的线粒体细胞色素b（Cytb）基因序列的遗传变异分析,来探讨蒙古家马、蒙古野马和驴之间的亲缘关系和遗传多样性。对各类马和驴样本 mtDNA Cytb 基因进行PCR扩增和测序,运用现代分子生物学软件进行数据处理。结果共检测到15个单倍型,90个突变位点,单倍型多样性（Hd）为0.9356,核苷酸多样性（Pi）为0.01022,平均核苷酸差异数（K）为8.966,各群体间的遗传多样性相差不大。系统发育树和NETwork图中每一分支都至少包含2个群体的信息。4个类型蒙古家马总体上具有较高的遗传多态性,蒙古家马与蒙古野马之间的亲缘关系较近, 且出现数个分支,蒙古家马分布在各独立的进化支中,说明蒙古家马母系来源非常广泛或经过多次驯化。 相似文献
5.
圈养条件下狍种群遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《黑龙江畜牧兽医》2014,(15)
为了解圈养条件下长白山狍的遗传多样性现状,试验采用基因克隆方法对长白山6个狍样本线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因序列进行测定,初步探讨圈养条件下长白山狍种群的遗传结构及与西伯利亚狍、欧洲狍的遗传分化问题。结果表明:在6个狍样本mtDNA Cytb基因序列中共检测到21个核苷酸多态位点,其多态位点的比例为1.85%,6个个体具有4种单倍型。圈养狍种群的遗传多样性水平较低,建议制订更有效的繁殖计划对圈养种群进行保护,避免近亲杂交。 相似文献
6.
《中国畜牧兽医》2021,(5)
为进一步明确马可·波罗盘羊(Ovis ammon polii)与家养绵羊的遗传进化关系,本试验提取20只马可·波罗盘羊的基因组DNA,并对其线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,下载GenBank中野生绵羊和家养绵羊的mtDNA Cytb基因序列,利用邻接法(Neighbor-Joining, NJ)构建系统发育树,以阐明野生绵羊和家养绵羊遗传多样水平与起源进化关系。结果显示,马可·波罗盘羊mtDNA Cytb基因全长1 140 bp,富含A、T碱基,含量为58.3%,存在10个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.884;存在122个SNPs位点,占核苷酸总数的2.35%,其中单一多态位点2个,简约信息位点120个,均为两碱基突变,转换发生的频率远远高于颠换;平均核苷酸多样性(pi)为0.02090;平均核苷酸差异性(K)为23.826,表明马可·波罗盘羊mtDNA Cytb区单倍型和核苷酸遗传多样性丰富。系统发育分析显示,野生绵羊分为明显的三支,其中马可·波罗盘羊单独形成一支,且与盘羊西藏亚种遗传距离最近,与天山盘羊、蒙古盘羊遗传距离最远,而家养绵羊与摩弗仑羊亲缘关系较近,与盘羊亲缘关系较远。以上结果表明盘羊对家养绵羊起源进化贡献较低,支持摩弗仑羊可能是家养绵羊野生祖先的观点。 相似文献
7.
《黑龙江畜牧兽医》2014,(17)
为了研究溧阳鸡线粒体DNA(mtDNA)D-loop区遗传多样性,试验采用PCR产物直接测序法对30只溧阳鸡mtDNA的D-loop区序列进行分析。结果表明:溧阳鸡549 bp D-loop区序列的T、C、A、G平均含量分别为30.0%、29.9%、27.1%、13.0%,共检测到19个突变位点,其中单一多态位点3个,简约多态位点16个;序列的核苷酸多样性为0.007 63,单倍型多样性为0.662;共获得7种单倍型,其中Hap单倍型占56.7%,群体内遗传距离为0.008。结合NJ系统发生树发现,溧阳鸡存在3个分支,揭示溧阳鸡在遗传组成上具有3个母系来源。 相似文献
8.
为研究安徽江淮水牛群体的分子种质特性,本试验测定了江淮水牛2个亚群共82个个体的线粒体D-loop区和细胞色素b基因完整序列,分析了序列遗传多态性及系统进化关系,并结合GenBank中已发表的141条中国水牛D-loop序列,进行了联合分析。结果在D-loop区内共发现核苷酸多态位点91个,组成104个单倍型,其中32个是在江淮水牛中新发现的单倍型。总体mtDNA D-loop区核苷酸多样性为(0.015 43±0.001 42),单倍型多样性为(0.948±0.009)。其中,江淮水牛的mtDNA D-loop区核苷酸多样性为(0.014 89±0.002 32),单倍型多样性为(0.955±0.013),表明其群体遗传多样性丰富,群体变异性水平与中国其他水牛群体接近。根据线粒体D-loop区单倍型构建系统树和进化网络,显示江淮水牛存在沼泽型水牛线粒体支系A和B,表明其具有2个线粒体母系来源,其中B支又分为b1和b2两个亚支;针对细胞色素b基因的进化分析也支持这一结论。这些研究结果为今后开展江淮水牛遗传资源的保护和利用提供了客观依据。 相似文献
9.
试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。 相似文献
10.
[目的]从分子水平上揭示青海省同德牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构和遗传背景。[方法]本研究采用PCR方法和扩增产物双向测序技术,对60头(32♂,28♀)同德牦牛mtDNA D-loop区序列进行了测定。经人工核实校对序列后,使用BioEdit、DnaSP、Arlequin和Network等生物信息学软件综合分析其母系遗传多样性、群体遗传结构及系统发育关系。[结果]同德牦牛mtDNA D-loop区序列长度在890-894 bp之间,排除12处插入/缺失后共检测到59处多态位点,其中单一多态位点有17处,简约信息位点42处;根据序列间核苷酸变异共确定了31种单倍型,其中H8为优势单倍型,单倍型多样度为0.935±0.023,核苷酸多样度为0.012±0.006。与青海其他牦牛品种(群体)(如高原、环湖、大通牦牛等)相比,同德牦牛单倍型多样度较高,表明其具有较为丰富的母系遗传多样性。使用MJ法(Median-Joining)构建的网络关系图显示:同德牦牛31种单倍型分布在A、B、C、D和E 5种单倍型组中,且其可分为2大母系支系,表明同德牦牛拥有2个母系起源。[结论]同德牦牛群体具有较丰富的母系遗传多样性,由分布于2个母系遗传分支的5个单倍型组(即A、B、C、D和E)个体组成,具有2个母系起源。 相似文献
11.
中国水牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源 总被引：1，自引：1，他引：0
[目的]检测中国水牛21个群体232条线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化关系.[方法]PCR扩增、测序和生物信息学方法.[结果]发现232条序列中共有87种单倍型,其核苷酸多态位点88个,其中有79个转换,6个颠换,3个颠换与转换共存.中国水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值) 为0.01403±0.00178, 单倍型多样度(H)为0.8460±0.0240,表明中国水牛mtDNA 遗传多样性丰富.根据单倍型构建了中国水牛的NJ分子系统树,发现中国水牛变异类型主要为两个大支系A和B,表明中国水牛有两个主要母系起源.进一步分析发现支系B具有较大的差异,可以细分为两个亚支B1 和B2.[结论]中国水牛mtDNA 遗传多样性丰富,有2个母系起源. 相似文献
12.
为了研究略阳乌鸡线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop）的遗传多样性和起源,本研究对30只略阳乌鸡样品的mtDNA D-loop全序列进行了PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的其他鸡的D-loop区序列,分析略阳乌鸡线粒体多态性及其起源。结果表明,略阳乌鸡mtDNA D-loop区全序列中,A、C、G、T平均含量分别为26.6%、26.6%、13.4%和33.4%,26个核苷酸多态位点均为转换位点,核苷酸多样度（Pi）为0.00705,单倍型变异度（Hd）为1.000,中性检验Tajima's D值为-0.47272。通过群体构建的系统进化树发现,略阳乌鸡样品在系统进化树上聚为4大分支。研究结果表明,略阳乌鸡群体内个体序列变异程度较大,遗传多样性丰富,揭示略阳乌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。 相似文献
13.
14.
《中国畜牧兽医》2020,(1)
试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1 200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。 相似文献
15.
16.
为研究崇仁麻鸡线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区遗传多样性和遗传结构，试验采用PCR产物直接测序的方法，测定崇仁麻mtDNA D-loop区的全序列，并与其他5个红色原鸡亚种进行系统进化关系分析。结果显示：30个样本的mtDNA D-loop区序列长度范围为1 231～1 232 bp，共发现27个多态位点，单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异（K）数值分别为0.947、0.006 89和8.476。群体中16种单倍型划分为A、B、C和E单倍型类群。研究表明，崇仁麻鸡具有较高的线粒体遗传多样性，可能来源于不同的母系。 相似文献
17.
18.
《中国畜牧杂志》2016,(15)
根据普通牛线粒体细胞色素b(Cytb)基因序列设计引物,扩增获得三江黄牛线粒体细胞色素b基因全序列,并以绵羊为外属对牛亚科代表性的17个品种的Cytb基因序列进行系统进化分析,以期了解三江黄牛的遗传多样性。结果表明:三江黄牛线粒体Cytb基因序列长1 140 bp,T、C、A、G 4种碱基的平均百分比分别为25.78%、28.55%、32.15%和13.52%;三江黄牛共有16种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.6923,平均核苷酸多样性(Pi)为0.006 25,遗传多样性较为丰富;系统进化分析显示三江黄牛是中国众多黄牛类群中的一支,与北方黄牛的亲缘关系较近,推测其是由普通牛和瘤牛共同进化而来,目前应该扩大种群的数量,以维持群体内部的遗传多样性。 相似文献
19.
[目的]从分子水平上探究青海省唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法] 对52头唐古拉山牦牛个体mtDNA D-loop区序列进行测定后,使用生物信息学软件分析确定其核苷酸变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。[结果] 在619 bp唐古拉山牦牛D-loop区序列分析中,排除2处插入（缺失）后共检测到31处多态位点,包括单一多态位点5处和简约信息位点26处。根据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.821±0.043和0.007±0.004。与我国其他18个家牦牛品种和野牦牛相比,唐古拉山牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较低,表明该群体遗传变异较为贫乏,母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群,邻接法（即NJ法）构建的系统发育树结果显示：唐古拉山牦牛群体13种单倍型分布在A、B、C、D和E五种单倍型组中,且聚为2个大的母系分支（即I和II）,支系Ⅰ占比为77%,提示唐古拉山牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源且以支系Ⅰ为主。 [结论] 唐古拉山牦牛母系遗传多样性水平较低,由2个母系支系组成,以支系Ⅰ为主,推测其有2个母系起源。 相似文献
20.
[目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度和单倍型多样度大小,并进行系统发育分析。[结果]在截取的618 bp格尔木牦牛D-loop区分析序列中,排除1处插入(缺失)后共检测到45处多态位点,包括10处单一多态位点和35处简约信息位点;根据序列间核苷酸变异共确定了18种单倍型,其中单倍型H4为优势单倍型,核苷酸多样度为0.015±0.008,单倍型多样度为0.911±0.022。与野牦牛及大通、天祝、金川等其他家牦牛品种相比,格尔木牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较高,表明该群体具有丰富的母系遗传多样性。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示：格尔木牦牛群体18种单倍型分布在A、B、C、D和G 5种单倍型组中,且聚为3个大的分支,提示格尔木牦牛由3个母系支系组成,拥有3个母系起源。[结论]格尔木牦牛群体具有丰... 相似文献