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1.
为探究鸭感染鸭肠炎病毒（Duck enteritis virus,DEV）后肝脏miRNA表达谱的差异,试验以DEV-GZ株经腿部肌肉接种30日龄麻鸭,于感染后66、90和114 h采集鸭肝脏组织样本,提取组织总RNA,经质检合格后,采用高通量测序技术对对照组和试验组样品进行miRNA测序,筛选出DEV感染鸭肝脏组织的差异表达miRNA,对其进行生物信息学GO功能分类和KEGG信号通路分析,并随机选取部分差异表达miRNA进行实时荧光定量PCR验证。结果显示,鸭感染DEV后66、90和114 h,肝脏组织差异表达miRNAs数量分别为227、225和231个。GO功能注释显示,感染鸭肝脏差异表达miRNA在生物过程分类中主要为细胞过程、单有机体过程和代谢过程类别;在细胞成分分类中主要是细胞、细胞部分和细胞器类别;在分子功能分类中主要是绑定分子功能和催化活性功能类别。KEGG通路富集显示,差异表达miRNA主要涉及PI3K-Akt、JAK-STAT、磷脂酰肌醇信号通路系统、ECM-受体相互作用、MAPK、Wnt、Toll样受体、IL-17、脂质代谢、钙离子信号通路和cAMP等信号通路,其中感染66 h差异表达miRNA主要在生物系统及神经系统中发挥作用;感染90 h主要在内分泌系统及消化系统中发挥作用;感染114 h主要在全身生物、免疫和消化系统等中发挥作用。选取10个差异表达miRNAs进行实时荧光定量PCR验证,结果与高通量测序结果一致。表明DEV感染对鸭肝脏组织miRNA表达具有显著影响,为从宿主miRNA角度揭示DEV致病机制提供了参考依据。 相似文献
2.
为探究高低海拔斑头雁肺脏差异表达基因和差异代谢通路的变化,基于Illumina NovaSeq 6000测序平台对斑头雁肺脏组织进行转录组测序,分析差异表达基因,利用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证,进一步对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果:与高海拔组斑头雁肺脏相比,筛选出差异表达基因84个,其中上调差异表达基因51个,下调差异表达基因33个。经GO功能注释后富集到21个显著性GO功能,"生物过程"显著富集到11个条目,涉及代谢过程以及内源性刺激的应答等。"细胞组成"显著富集到1个条目,涉及到细胞外区域。"分子功能"显著富集到9个条目,涉及到酶活性、激素、转录因子、钠离子跨膜转运等。注释到KEGG的显著性富集通路有3条,涉及到糖胺聚糖降解通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路以及丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢通路。本研究结果丰富了斑头雁的基因资源,为该物种海拔适应相关基因的功能研究奠定了基础。 相似文献
3.
外泌体的相关研究已经在很多领域展开，从其作为一种信号传导分子到其在很多疾病的早期诊断起重要作用，以及作为治疗药物的转载工具等方面对其进行了深入研究。通过对近年来高非酯化脂肪酸(nonestes-terified fatty acid, NEFA)情况下外泌体miRNA加剧肝脏脂代谢障碍研究现状进行总结，指出高NEFA引起的病理变化，主要是以高NEFA诱导肝细胞发生内质网应激和脂质凋亡为特征的肝脂毒性变化；归纳总结外泌体研究进展，特别是肝细胞源外泌体miRNAs在肝脏糖脂代谢及相关代谢紊乱中的作用，讨论外泌体miRNA参与高NEFA血症引起的肝脂毒性过程，阐述肝细胞源外泌体参与到肝细胞ERS-脂质凋亡通路加剧高NEFA血症引起的肝脂毒性。在现有研究基础上，对未来在肝细胞源外泌体miRNA对肝脂毒性发生过程中的研究方向作了展望，以期对酮病奶牛肝细胞源外泌体miRNAs在肝脂毒性发生过程中的作用有更深入的了解。 相似文献
4.
为了明确刺五加多糖(Acanthopanax senticosus polysaccharide,ASPS)处理对脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导的猪肠上皮细胞(IPEC-J2)来源的外泌体中miRNAs表达及功能的影响,试验分组培养IPEC-J2细胞,提取外泌体进行鉴定并对外泌体携带的miRNAs进行生物信息学分析。结果表明,各组提取的外泌体均呈包膜完整的圆形或椭圆形囊泡状,均能表达外泌体标志蛋白CD9。高通量测序结果显示,与LPS处理组相比,ASPS处理组共有277个差异表达的miRNAs(P<0.05),其中223个miRNAs基因表达上调,54个miRNAs基因表达下调。基因本体论(gene ontology,GO)与京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KGEE)通路富集分析发现,这些差异表达的miRNA通过转录调控靶基因可富集于细胞自噬和细胞凋亡及其相关信号通路。ASPS处理IPEC-J2细胞后再进行LPS刺激能显著影响IPEC-J2细胞外泌体中miRNAs的表达。差异表达的... 相似文献
5.
【目的】 探索胚胎移植前供体牛与受体牛血浆外泌体miRNA的表达差异, 以明确血浆外泌体miRNA在牛早期妊娠中的作用及其调控机制。【方法】 以3~6岁、体重480~600 kg的夏南牛作为研究对象, 选取10头供体牛进行同期发情、超数排卵和人工授精, 23头受体牛只做同期发情处理。在人工授精后第7天, 冲洗供体牛子宫以获取囊胚, 选取3头囊胚数相近的供体牛及3头与供体牛体重和年龄均相近的受体牛, 颈静脉采血, 进行血浆外泌体的分离与鉴定; 然后提取血浆外泌体miRNA, 并检测其表达量; 采用R语言中的DESeq差异算法计算P值, 并筛选出P<0.05的miRNA, 对差异表达的miRNA进行靶基因预测、GO功能富集分析和KEGG信号通路分析。【结果】 6个样本的囊泡粒径均在135 nm左右, 符合外泌体的特征。与供体牛相比, 受体牛中有9个miRNAs表达显著上调(P<0.05), 13个miRNAs显著下调(P<0.05);22个差异表达的miRNAs中, 有15个miRNAs预测出无重复的靶基因2 990个。GO功能富集分析和KEGG信号通路分析的结果表明, 这些靶基因主要富集在与生物黏附(biological adhesion)、定位(localization)、细胞连接(cell junction)功能有关的通路上, 显著富集的信号通路与黏着斑(focal adhesion)、黏着连接(adherens junction)有关, 提示血浆外泌体miRNA可能参与调控胚胎着床。【结论】 研究结果可为筛选和探究影响胚胎着床的血浆外泌体miRNA提供参考, 并为进一步阐明血浆外泌体miRNA在母牛早期妊娠调控中的作用提供依据。 相似文献
6.
《畜牧兽医学报》2017,(5)
本研究旨在分析山羊副流感病毒3型(CPIV3)感染MDBK细胞和正常MDBK细胞差异表达的miRNA,以探索miRNA在CPIV3感染过程中的作用及其调控机制。将CPIV3感染MDBK细胞,利用高通量测序技术检测分析MDBK细胞中miRNA表达谱,并筛选差异表达的miRNA。对靶基因进行GO注释和KEGG富集。结果显示,有37个miRNA显著差异表达(P0.001),其中18个miRNA在病毒感染中上调,19个miRNA在病毒感染中下调。经RT-qPCR方法验证5个差异表达的候选miRNA,结果与高通量测序分析有很好的一致性。进一步GO功能注释表明:差异表达的miRNA靶基因生物学功能相对集中在免疫调节、细胞生物调控及细胞新陈代谢等生物过程。这些靶基因参与多种细胞的信号通路,包括细胞黏附分子、B细胞受体信号通路、MAPK信号通路、代谢通路、黏合斑、钙离子信号通路和趋化因子信号通路等。本研究为进一步探讨CPIV3致病机制奠定了基础。 相似文献
7.
《中国兽医学报》2015,(8)
18头肥育猪按饲粮均分为2组,添加红花籽油组和不添加油脂组(对照组)。试验期60d结束,全部屠宰,分别采集肝脏组织样品,进行高通量转录组测序,找出2处理组间的差异表达基因和差异代谢通路。利用Illumina HiSeqTM2500高通量RNA-seq测序技术对2组肥育猪肝脏RNA测序,使用TopHat2软件将测序得到的reads序列与猪(Sscrofa10.2)参考基因组序列比对,找出差异表达基因,在Nr、GO和KEGG数据库中进行功能注释、富集分析和聚类分析。结果显示,红花籽油组和对照组肝脏中差异表达基因共有1 114个,与对照组相比,红花籽油组表达上调的基因有579个,下调的基因有535个。GO功能分类注释到细胞组成、生物学过程和分子功能数据库中的差异表达基因分别有902,903,857个。注释到KEGG通路中差异表达基因414个,显著富集通路4个(P0.05)。 相似文献
8.
旨在研究鸽毛滴虫是否分泌外泌体及虫源外泌体的蛋白组成和功能,为探索外泌体在鸽毛滴虫寄生过程中的作用奠定基础。采集鸽毛滴虫感染个体口腔及咽部病灶处样本,进行分离培养及纯化,使用显微镜鉴定虫体形态,提取DNA并比对其序列,确定培养物是否为鸽毛滴虫虫株;通过对培养液上清进行超速离心,透射电子显微镜、Western blot技术和纳米颗粒追踪分析（nanoparticle tracking analysis,NTA）鉴定培养液上清中是否含有虫源外泌体;最后通过Label-free技术分析虫源外泌体的蛋白质谱表达。结果显示,虫体具有明显的毛滴虫形态及特征,与鸽毛滴虫ITS1/5.8S/ITS2基因比对率达98%。从虫体培养液中提取的囊泡经透射电子显微镜观察具有明显的茶托样结构;NTA结果显示,粒径集中于125.1 nm,峰值粒径为132.3 nm,占比99.3%;CD63和TSG101等外泌体标记蛋白的条带明显,表明提取物为外泌体。质谱结果显示,烯醇酶、3-磷酸甘油醛-脱氢酶、磷酸甘油酸变位酶和延伸因子为表达量较高的蛋白质。GO功能注释显示外泌体蛋白富集到细胞内和胞浆等细胞组分,发挥GTP连接和GTP酶活性功能,参与小GTPase介导的信号转导与糖酵解等过程。KEGG通路富集表明,虫源外泌体蛋白主要富集于代谢途径、糖酵解/糖异生、抗生素的生物合成和次级代谢产物的生物合成等通路。本研究发现鸽毛滴虫可以分泌外泌体,并对虫源外泌体进行蛋白质谱分析,提示虫源外泌体中的蛋白质在寄生虫的能量代谢、信号转导及生物合成等过程中发挥重要作用。 相似文献
9.
《中国兽医杂志》2017,(10)
MicroRNA(miRNA)在炎症反应中起重要作用,本试验用miRNA测序技术研究了细菌脂多糖(Lipopolysaccharide,LPS)诱导的牛子宫内膜细胞miRNA差异表达。用1μg/mL的LPS处理牛子宫内膜细胞24 h,测定细胞上清液IL-6和IL-8分泌量,对细胞进行miRNA测序,并用荧光定量PCR验证测序结果。结果表明,LPS可诱导牛子宫内膜细胞11个miRNA表达上调、9个miRNA表达下调。差异表达miRNA的靶基因注释到生物过程的GO term共20个,注释到细胞组分的GO term共12个,注释到分子功能的GO term共20个;差异表达miRNA靶基因主要富集于PI3K-Akt和MAPK等信号通路。结果提示,miRNA在LPS诱导的牛子宫内膜细胞炎症反应中起重要作用,其作用与PI3K-Akt和MAPK等信号通路激活有关。 相似文献
10.
《畜牧兽医学报》2020,(7)
旨在研究鸽毛滴虫是否分泌外泌体及虫源外泌体的蛋白组成和功能,为探索外泌体在鸽毛滴虫寄生过程中的作用奠定基础。采集鸽毛滴虫感染个体口腔及咽部病灶处样本,进行分离培养及纯化,使用显微镜鉴定虫体形态,提取DNA并比对其序列,确定培养物是否为鸽毛滴虫虫株;通过对培养液上清进行超速离心,透射电子显微镜、Western blot技术和纳米颗粒追踪分析(nanoparticle tracking analysis, NTA)鉴定培养液上清中是否含有虫源外泌体;最后通过Label-free技术分析虫源外泌体的蛋白质谱表达。结果显示,虫体具有明显的毛滴虫形态及特征,与鸽毛滴虫ITS1/5.8S/ITS2基因比对率达98%。从虫体培养液中提取的囊泡经透射电子显微镜观察具有明显的茶托样结构;NTA结果显示,粒径集中于125.1 nm,峰值粒径为132.3 nm,占比99.3%;CD63和TSG101等外泌体标记蛋白的条带明显,表明提取物为外泌体。质谱结果显示,烯醇酶、3-磷酸甘油醛-脱氢酶、磷酸甘油酸变位酶和延伸因子为表达量较高的蛋白质。GO功能注释显示外泌体蛋白富集到细胞内和胞浆等细胞组分,发挥GTP连接和GTP酶活性功能,参与小GTPase介导的信号转导与糖酵解等过程。KEGG通路富集表明,虫源外泌体蛋白主要富集于代谢途径、糖酵解/糖异生、抗生素的生物合成和次级代谢产物的生物合成等通路。本研究发现鸽毛滴虫可以分泌外泌体,并对虫源外泌体进行蛋白质谱分析,提示虫源外泌体中的蛋白质在寄生虫的能量代谢、信号转导及生物合成等过程中发挥重要作用。 相似文献
11.
屯昌猪作为中国最南端的本土海南猪品系之一，有着诸多优良特性。本研究利用全基因组重测序技术研究屯昌猪的遗传信息，挖掘和分析屯昌猪的SNP和InDel。SNP和InDel突变位点位于内含子和基因间区的数量最多，而在外显子区域的突变数量较少。本研究鉴定出47 887个非同义突变SNP和6 171个蛋白质编码区（CDS）InDel位点；对非同义突变SNP进行注释富集分析获得290个GO术语和128条KEGG通路，通路主要富集在代谢途径、甘油磷脂代谢、甘油代谢、ECM受体相互作用、钙信号通路等与机体发育密切相关的通路上；CDS区的InDel进行注释富集分析获得190个GO术语和46条KEGG通路，通路主要富集在ECM受体相互作用、小细胞肺癌癌症、癌症的途径、弓形虫病和钙信号通路等与机体免疫与疾病密切相关的通路上。本实验结果丰富了屯昌猪的遗传资源，为保护和开发屯昌猪提供了数据支持。 相似文献
12.
旨在探索产气荚膜梭菌外毒素造成机体炎性损伤及免疫调控紊乱的毒性机制,为产气荚膜梭菌病的致病机理研究提供理论基础。将C型产气荚膜梭菌强毒株C59-2培养上清腹腔注射BALB/c小鼠,采集小肠样本进行转录组测序,筛选差异表达基因,并对其进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果显示,共获得40.99 Gb有效碱基,筛选后共得到795个差异表达基因,其中,229个基因表达上调,566个基因表达下调,对随机选取的10个基因进行q-PCR验证,其相对表达量与转录表达谱一致。GO功能注释主要涉及G蛋白偶联核苷酸受体活性和G蛋白偶联嘌呤核苷酸受体活性等。KEGG通路富集分析发现,主要富集在TNF信号通路、IL-17信号通路、p53信号通路、FOXO信号通路、Toll样受体信号通路、NF-κB信号通路等。产气荚膜梭菌外泌毒素侵入机体,会激活TNF等炎性信号通路,进而造成肠道发生炎性损伤甚至坏死。 相似文献
13.
《中国兽医学报》2020,(2):410-417
奶牛乳汁外泌体中的microRNA(miRNA)在乳腺癌、炎症和其他乳腺疾病发生时起着关键的调控作用,为了解及分析乳汁外泌体中可能存在的参与奶牛乳房炎抗性的miRNA,以健康牛及乳房炎奶牛乳腺组织差异表达miRNA为背景,结合目前已知的奶牛乳汁外泌体miRNA,利用Targetscan、miRDB、miRanda、Vesiclepedia、DAVID等生物信息学分析系统及数据库系统,筛选奶牛乳汁外泌体中可能参与奶牛乳房炎抗性的miRNA,并对其序列保守性、候选靶基因及靶基因参与的调控功能通路等进行预测与分析。结果表明,健康奶牛与乳房炎奶牛乳腺组织中存在显著表达差异的miRNA 29个;Vesiclepedia数据库和NCBI检索文献共获得奶牛乳汁外泌体中的miRNA 66个,其中miR-223、miR-125b、miR-378b在两数据中共存,并在人与奶牛及其他哺乳动物之间高度保守。候选靶基因的KEGG功能通路分析显示,MAPK,p53、PI3K-Akt及miRNA的癌症作用、内质网蛋白加工、溶酶体和细胞凋亡等通路均被显著富集。表明外泌体中存在的3个miRNA对奶牛乳房炎发生时的炎症反应及免疫应答均可起重要调控作用,但其具体分子机制仍有待进一步验证。研究结果可为奶牛乳房炎分子辅助选择标记的筛选以及跨物种机体免疫调控的影响因素及作用机制研究提供参考。 相似文献
14.
为探索紫花苜蓿(Medicago sativa L.)雄性不育的分子机制，选取紫花苜蓿细胞质雄性不育系(MSJN1A)与保持系(MSJN1B)花蕾发育早期的花药进行细胞学观察，并采用高通量Illumine Hiseq2000测序平台，进行转录组测序，对测序结果注释、筛选与分析。结果表明：花粉败育始于四分体后期，于单核早期出现明显的不育现象；两系花药间共存在4 284个差异表达基因(Differentially expressed genes, DEGs)(FDR<0.001,|log2FC|>2);GO功能注释分析表明，DEGs涉及物质代谢、细胞过程、转运蛋白活性等功能；KEGG通路富集分析表明，DEGs涉及淀粉与蔗糖代谢、戊糖与葡萄糖醛酸相互转化、糖酵解/糖异生、苯丙烷生物合成等途径；转录因子分析表明，DEGs涉及bHLH,MYB,PHD等已知与花粉发育相关的转录因子家族。本研究通过对紫花苜蓿花药结构观察和转录组分析，为研究紫花苜蓿雄性不育成因机制提供参考。 相似文献
15.
《中国兽医学报》2019,(12):2458-2466
旨在通过对奶牛干奶期和泌乳初期肝脏组织进行转录组测序和生物信息学分析,探明其不同生理阶段的差异表达基因和差异代谢通路。选取305 d产奶量接近、干奶天数一致、怀孕天数接近的中国荷斯坦奶牛3头,分别在干奶期(产前50 d)和泌乳初期(产后15 d)活体采集肝脏组织,利用Illumina Hiseq~(TM)2500高通量RNA-seq测序技术对干奶期和泌乳初期肝脏RNA测序,使用TopHat2软件将测序得到的reads序列与牛(UMD3.1.66)参考基因组序列比对,在GO和KEGG数据库中进行聚类分析和富集分析。结果显示,泌乳初期和干奶期肝脏中差异表达基因共有409个,与干奶期相比,泌乳初期表达上调的基因有235个,下调的基因有174个。GO功能分类注释到生物学过程、细胞组成和分子功能数据库中的GO条目分别有63,41,15条。注释到KEGG的显著富集通路有21条(P0.05)。该研究结果为挖掘奶牛产奶性状的候选基因提供了技术依据。 相似文献
16.
旨在探究鸡白痢沙门菌(Salmonella enterica serovar Pullorum,S.Pullorum)感染雏鸡后骨髓miRNA的差异表达特征,为深入了解鸡白痢沙门菌的致病机制提供理论基础。将7日龄SPF雏鸡随机分为两组,分别口服鸡白痢沙门菌和PBS,于感染24 h后采集骨髓进行miRNA测序,筛选差异倍数≥2且P值≤0.05的差异表达miRNAs进行靶基因预测以及GO、KEGG富集分析,随机选取6个miRNAs进行qRT-PCR验证,构建与免疫过程相关的miRNA-mRNA靶点网络。通过miRNA测序,共获得20个已知的差异表达miRNAs,其中11个上调,9个下调。qRT-PCR结果表明,miRNA变化趋势与测序结果一致。GO分析结果表明,差异表达基因主要富集在膜运输、信号转导、免疫系统、碳水化合物代谢、糖类的生物合成和代谢等,KEGG的信号通路主要富集在Notch信号通路、Hedgehog信号通路、PPAR信号通路、AMPK信号通路、Hippo信号通路等,miRNA-mRNA网络互作发现,gga-miR-1466和gga-miR-6643-5p可能是参与免疫过程相关的关键miRNA。本研究解析了鸡白痢沙门菌感染雏鸡的骨髓miRNA表达谱特征,为了解鸡白痢沙门菌和鸡之间相互作用的复杂分子致病机制提供了新的见解,为防控鸡白痢沙门菌感染提供了新策略。 相似文献
17.
试验旨在探索产肠毒素大肠杆菌（enterotoxigenic Escherichia coli，ETEC）感染猪小肠上皮细胞（IPEC-J2）诱导的microRNA （miRNA）表达谱变化，为解析宿主miRNA在ETEC感染过程中的调控作用提供理论基础。利用Illumina 6000 Novoseq SE50测序平台分别对ETEC感染前后的IPEC-J2进行高通量测序，用Bowtie与参考基因组比对，用DESeq R Package进行miRNA差异性分析。通过miRanda和RNAhybid共同预测差异表达miRNA的靶基因，对差异表达miRNA靶基因进行GO功能和KEGG通路分析。随机选取5个miRNAs，对测序结果进行实时荧光定量PCR验证。结果显示，IPEC-J2在感染前后的sRNA文库经过滤分别得到12 889 260和11 203 056条clean reads。感染前后文库中，miRNA所占比例最高，分别为73.16%和54.10%；分别有97.98%和69.83%长度为18~40 nt的sRNA可比对到参考基因组，表明测序质控良好。长度在22~24 nt的序列大部分首位碱基偏向U，2~8位点出现频率最高的碱基分别为AGCUUAU。共发现311个已知miRNAs，128个新miRNAs。在2个文库中，长度为23 nt的miRNA序列占比最高，分别为41.42%和23.56%。感染后共筛选到140个差异表达miRNAs，其中74个表达上调，66个表达下调。GO分析表明，miRNA靶基因显著富集于代谢过程、正向调节代谢过程、细胞成分或生物合成、免疫系统、细胞内部分和细胞器等功能。KEGG分析表明，差异表达miRNA靶基因显著富集于赖氨酸降解、生产IgA的肠道免疫网络、NF-κB信号通路和T细胞受体信号通路等。实时荧光定量PCR验证结果表明，随机选取的5个miRNAs表达趋势与测序结果一致，表明测序准确可靠。综上所述，IPEC-J2的miRNAs参与了ETEC感染过程，为进一步揭示调控ETEC感染的关键miRNA及其作用机制提供科学依据。 相似文献
18.
《中国兽医学报》2017,(1)
采用高通量测序技术构建经骨形态发生蛋白-2(BMP2)处理前后的猪前体脂肪细胞差异miRNA表达谱,以明确BMP2影响的功能性miRNA。结果显示:BMP2刺激猪前体脂肪细胞前后共有55个miRNAs存在较大的表达差异,包括30个上调表达的miRNAs和25个下调表达的miRNAs;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测表明,高通量测序数据结果正确可靠;经miRnada和RNAhybrid这2个软件对差异表达的miRNAs进行靶基因预测及靶基因进行GO和KEGG Pathway分析,发现靶基因主要富集在Notch信号通路、胰岛素信号通路、甘油磷酯代谢、MAPK信号通路、半乳糖代谢、类固醇激素的生物合成等通路。结果表明:BMP2作为前体脂肪细胞分化重要调控因子,可能通过介导miRNA及其调控的某些关键基因的表达,从而影响前体脂肪细胞外基质与受体的结合、胰岛素利用、脂类和糖的合成与代谢等生物学过程,最终作用于前体脂肪细胞的分化和脂质沉积。 相似文献
19.
《中国畜牧杂志》2016,(5)
试验设计了椰子油组和对照组2个处理。采集育成猪肝脏组织,进行转录组高通量测序,找出2种处理间的差异表达基因及差异代谢通路。利用Illumina Hi SeqTM2 500高通量RNA-seq测序技术测序,使用Top Hat2软件将测序得到的reads序列与猪参考基因组(Sscrofa10.2)序列比对,找出差异表达基因,并在Nr、GO和KEGG数据库中进行功能注释、富集分析和聚类分析。结果表明:椰子油组和对照组肝脏中差异表达基因共有487个,与对照组相比,椰子油组表达上调的基因有222个,下调的基因有265个。在差异表达上/下调前15位基因中,有多个基因是参考基因组中没有的新基因和功能未知基因。GO功能分类注释到细胞组成、分子功能和生物学过程数据库中的差异表达基因数分别有398、368个和398个;注释到KEGG通路中差异表达基因数188个。 相似文献
20.
为进一步丰富番鸭羽色性状遗传机制的研究，运用Illumina高通量测序技术对不同性别的黑羽及白羽番鸭皮肤组织进行转录组测序，经GO富集分析和KEGG通路注释对差异表达基因功能进行解析，利用qRT-PCR对部分RNA-Seq数据进行验证。结果显示，公黑羽番鸭皮肤（HFPF.G）vs母黑羽番鸭皮肤（HFPF.M）获得差异基因2 131个，公白羽番鸭皮肤（BFPF.G）vs母白羽番鸭皮肤（BFPF.M）获得差异基因780个，黑羽番鸭皮肤（HFPF）vs白羽番鸭皮肤（BFPF）获得差异基因684个，通过上述三组韦恩分析，以黑、白羽番鸭皮肤对比组（HFPF vs BFPF）504个差异基因为番鸭羽色候选基因，进一步筛选获得番鸭羽色性状相关前10个差异表达，其溶质转运蛋白（Solute carrier,SLC）家族成员SLC7A11和SLC25A4可能对番鸭黑、白羽色性状遗传起重要调控作用。同时发现细胞色素P450对外源物质的代谢作用信号通路、谷胱甘肽代谢信号通路、cAMP信号通路等可能参与番鸭黑白羽色性状遗传的调控过程。研究表明，SLC7A11和SLC25A4可用于黑羽番鸭的羽毛分子辅助选育。 相似文献