共查询到18条相似文献，搜索用时 234 毫秒
1.
马铃薯Y 病毒河北分离物外壳蛋白基因序列分析和株系鉴定 总被引：3，自引：0，他引：3
对河北张家口感病马铃薯的一个马铃薯Y病毒分离物( PXY-HBEI) 的外壳蛋白基因进行了克隆和序列分析。以提取的RNA为模板, 应用RT-PCR扩增目的基因, 扩增产物克隆到质粒pGEM-T, 上并序列分析。结果表明, 克隆cDNA片段由801个核苷酸组成, 编码267个氨基酸。与基因库中PVY代表株系相比, 它们的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.6%～98.8%和93.3% ～98.5% , 与PVYN 和PVYO株系的氨基酸序列同源性分别为93.6%和97.8% , 确定PVY-HBEI归属于普通株系( PVYO株系) , 同时建立了快速、灵敏、简便的PVY RT-PCR检测方法。 相似文献
2.
李属坏死环斑病毒(PNRSV)新疆巴旦木分离物外壳蛋白基因(CP)片断的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】为了查明新疆巴旦木果树病原病毒的种类,为病毒的分子检测提供基础。【方法】采用双抗体夹心酶联免疫吸附法(DAS-ELISA),从巴旦木果树叶片中检测到李属坏死环斑病毒(PNRSV)。以阳性样品的总RNA为模板进行PNRSV外壳蛋白基因(CP)RT-PCR扩增,对预期430 bp大小的4个扩增产物进行克隆、测序和序列分析。【结果】结果表明,PNRSV新疆巴旦木分离物CP基因的核苷酸和氨基酸序列与世界各地已报道的分离物具有较高的同源性,分别为80.0%～97.2%和80.1%～94.1%,其中与阿根廷分离物AY217的同源性最高;而与同属03亚组的苹果花叶病毒(ApMV)同源性较低,仅为52.9%～55.4%和45.6%～48.6%。新疆PNRSV各分离物之间CP基因高度同源。序列比对与系统发生树的分析显示,PNRSV新疆巴旦木分离物的株系属于GroupⅠ组。【结论】确定了PNRSV为侵染新疆巴旦木果树的病原病毒。这是PNRSV在新疆发现的首次报道。 相似文献
3.
【目的】克隆砂糖橘精氨酸脱羧酶基因（CrADC），分析其在干旱胁迫下的表达模式，为探究CrADC基因调控多胺合成的抗旱分子机制提供理论参考。【方法】利用RT-PCR技术克隆砂糖橘CrADC基因，采用生物信息学进行蛋白序列及进化分析，利用qPCR检测不同组织和干旱胁迫下的基因相对表达量，并进行植物表达载体构建与烟草遗传转化验证。【结果】砂糖橘CrADC基因全长2262 bp，编码753个氨基酸，含有一个吡哆醛结合域。序列及进化分析显示果树ADC蛋白序列较保守且分为3类，起源于温带的苹果、李、枣、葡萄等8种落叶果树为一个进化分支，起源于热带或亚热带的柑橘、杧果、番木瓜等6种果树属于另一分支。qPCR实验表明，CrADC基因在砂糖橘叶、花、果肉和果皮组织均能表达，但不同时期叶片和果实不同部位的表达量差异显著，干旱胁迫24 h内的基因表达量会逐步上升。转基因实验表明，CrADC基因在烟草根、茎、叶组织中也能稳定表达，转基因系比对照烟草的电导率和丙二醛含量更低，过氧化氢酶和超氧化物歧化酶活性更高，表现出更好的抗旱生理特征。【结论】砂糖橘CrADC序列较保守，起源于亚热带或热带果树的进化分支。Cr... 相似文献
4.
应用IC-RT-PCR方法检测水仙中百合斑驳病毒 总被引：1，自引：0，他引：1
水仙病毒严重影响水仙的品质与规模化生产,而快速检测水仙病毒可以有效防控其危害与扩散。根据已报道的百合斑驳病毒外壳蛋白基因序列设计PCR引物,利用免疫捕获PCR检测了水仙样品中百合斑驳病毒。PCR扩增产物回收后克隆到PMD19-T载体中测序。把克隆得到的百合斑驳病毒外壳蛋白基因部分序列提交到Genbank中。结果表明:基因登录号为JF714974,克隆的百合斑驳病毒外壳蛋白基因部分序列与国内外百合斑驳病毒同源性为90.4%~99.5%。建立了水仙中百合斑驳病毒的IC-RT-PCR的检测方法,简化了试验步骤,适合于水仙中百合斑驳病毒的快速检测。 相似文献
5.
青花菜快速碱化因子RAL F 的克隆与序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
以一个与甘蓝显性核不育相关的差异表达片段序列为信息探针, 在NCBI与TAIR网站数据库中进行同源EST序列搜索, 经人工拼接、RT - PCR克隆与序列分析验证, 获得了青花菜快速碱化因子RALF(Rapid Alkalinization Factors) 基因的cDNA全长序列, 命名为BoRALFL1 (GenBank序列登录号DQ059310)。该cDNA全长240 bp, 编码79个氨基酸, 与电子克隆获得的序列完全相同。序列分析表明, 编码蛋白存在前导信号肽与多个磷酸化位点, 与同源基因RALFL8核酸序列在88 bp上有82%的一致性, 推导的氨基酸序列在74个氨基酸上存在56%的一致性, 不同植物间氨基酸序列N - 端差异大, C - 端具有较高的保守性。 相似文献
6.
广东地区冬瓜感染的小西葫芦黄花叶病毒检测及其外壳蛋白基因多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV)是危害广东省冬瓜的常见病毒。摸索了冬瓜叶片总RNA最佳提取方法,通过基于ZYMV病毒外壳蛋白基因(coat protein gene,cp)序列的RT-PCR扩增,检测采集自广东省9个冬瓜产区的76份病毒侵染样品的病毒田间发病率;将扩增产物克隆测序,利用MegAlign软件构建系统发育进化树分析cp基因遗传变异与系统进化。结果表明,24份样品检测为阳性,田间发病率为31.59%;所有参试病毒分离物cp基因全长840 bp,编码279个氨基酸的多肽;测序的16个分离物cp基因的核苷酸序列与推导蛋白的氨基酸序列相似性分别为98.1%~100%与96.1%~100%;所有广东分离物的推导氨基酸序列基序保守,除GD121-9增加2个人类白细胞抗原外,其他均包含5个人类白细胞抗原及1个N糖基化位点,均包含保守potyv_CP功能域及与病毒蚜传相关的结构域DAG三联盒"Asp-Ala-Gly";系统进化分析表明,ZYMV病毒划分为7个基因型,广东分离物均属于同一基因型Ⅰ,包含3个株系;广东地区的16个分离物分为3组,无明显地域选择性。总体上广东ZYMV-cp比较保守,分子变异较小。明确了广东省冬瓜上ZYMV病毒的侵染情况及外壳蛋白基因的变异特点,为对其致病性和抗病毒基因工程等研究提供依据。 相似文献
7.
《园艺学报》2021,(5)
柑橘衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)通过媒介昆虫传播必需要有病毒小外壳蛋白(minor coat protein,CPm)的参与。为解析褐色橘蚜传播率不同的CTV分离株CPm的分子特征和表达特性,通过克隆、测序获得其CPm基因序列,将对应的氨基酸序列运用DNAStar软件进行相似性和序列比对分析,并应用Western blot技术分析了3个传播率不同的中国CTV分离株CPm的表达特性。结果表明,低传播率的分离株CTLJ与其他分离株CPm氨基酸序列差异较大,同源性仅为93.3%～94.2%,氨基酸序列中有14个位点发生变异,其中9个位点是该分离株特有的。尤其有些位点的氨基酸极性和电荷发生了变化,引起了蛋白质二级结构的改变。然而,传播率不同的CTV分离株CPm的表达水平却无显著差异。这些结果揭示了CTV被褐色橘蚜传播的效率与其CPm的表达特性无关,可能与其氨基端序列变异有关。 相似文献
8.
9.
【目的】通过比较砂糖橘和砂糖灯笼橘性状差异及利用转录组测序数据，筛选砂糖橘和砂糖灯笼橘叶、果肉、橘络、橘皮之间的差异基因，探究砂糖橘自然变异品种砂糖灯笼橘橘皮、叶中与蜡质生物合成相关的显著差异基因。【方法】分别取同一生长时期的砂糖灯笼橘和砂糖橘进行观察记录，取叶、果肉、橘络、橘皮4个组织样本，液氮速冻，设立3个生物学重复进行转录组测序。分析2个物种间的转录组测序结果，寻找关键差异基因。【结果】通过砂糖灯笼橘与砂糖橘对比，砂糖灯笼橘叶较大、卷曲，边缘性状不规则；果实偏大，果皮表面布满沟壑，存在较多点状突起，同时叶和果皮部位存在蜡质缺失。砂糖灯笼橘叶存在差异基因数量最多，其次为果肉、皮、橘络，差异基因主要参与的功能为蛋白结合、分子结合、ATP结合。砂糖灯笼橘叶、果皮分别存在12个、9个与蜡质生物合成相关的显著差异基因，其中包含5个相同的下调基因，为CER1、CER3、HHT、P45086A8、P45086A22，这些基因极有可能是导致砂糖灯笼橘表面蜡质排布不均的关键基因。【结论】砂糖橘与砂糖灯笼橘性状差异明显，转录组数据显示叶的差异基因数量最多，其中叶和果皮中存在5个表达趋势一致的相同蜡质... 相似文献
10.
草莓轻型黄边病毒的RT-PCR检测及其3''端序列分析 总被引：2，自引：1，他引：2
利用RTPCR技术对草莓植株中草莓轻型黄边病毒(SMYEV)的外壳蛋白基因片段进行特异扩增,扩增产物经测序证明为SMYEV的特异片段。建立了稳定的SMYEV的RTPCR检测体系,并对19个草莓品种和2种野生草莓进行检测,其中12个品种和五叶草莓带有SMYEV。从SMYEV的沈阳分离物SY01上扩增出了932bp的基因组3末端区域,其核酸序列与国外分离物的序列同源性为86%～96%。系统进化树显示SMYEV分为3个组群,沈阳分离物SY01与欧美分离物位于同一组群内,但独立形成1个小的分支。RNA二级结构分析显示SMYEV基因组3末端形成3个茎环结构,不同分离物的序列变化并未引起茎环结构的明显变化。 相似文献
11.
粤橘1号是从沙糖橘芽变中选育的柑橘新品种.该品种树势健壮,枝梢萌发力较强,成花能力强,易坐果.果实比沙糖橘大,扁球形,果皮厚2.5 mm,易剥皮,果面橙红色,平滑有光泽,平均单果质量约86g,少籽.果肉风味浓甜,有香味,化渣性好,可溶性固形物质量分数13.1％～14.2％,可滴定酸质量分数0.24％～0.39％,总糖质... 相似文献
12.
13.
探究不同柑橘类型对柑橘碎叶病毒(Citrus tatter leaf virus,CTLV)变异的影响,为研究寄主-CTLV的互作关系提供基础。将CTLV分离株HH和XLB分别嫁接接种于8种柑橘类植物,对CTLV分离株和获得的亚分离株样品进行CP基因的限制性长度多态性(RFLP)和单链构象多态性(SSCP)分析,以及序列比较。结果表明HH和XLB与其各自在不同柑橘植株上的亚分离株的CP/Hinf I RFLP酶切图谱无明显差异;混合侵染的CTLV分离株HH和其亚分离株之间的SSCP谱型存在差异,株系构成单一的CTLV分离株XLB与其亚分离株间的SSCP谱型差异不明显。通过序列分析进一步证实CTLV在不同寄主上其CP基因有几个核苷酸位点发生了变异。CTLV可能受寄主植物的影响发生了变异。 相似文献
14.
15.
不同类型柑橘中黄脉病毒衣壳蛋白基因的保守性及复制水平 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究不同柑橘品种对柑橘黄脉病毒(Citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)变异的影响,将CYVCV毒株CQ01嫁接接种于4类共35个柑橘品种,对不同植株中CYVCV的衣壳蛋白(CP)基因进行分析,结果发现仅有少数位点发生了变异。运用RT-qPCR技术检测不同柑橘品种中CYVCV的相对含量,发现甜橙类品种中CYVCV的相对含量最高,墨西哥来檬中CYVCV的相对含量最低。植株中CYVCV的含量与其症状不存在明显的关联。 相似文献
16.
葡萄A病毒四川分离物的外壳蛋白基因克隆与原核表达 总被引：3，自引：1，他引：2
葡萄A病毒（Grapevine Virus A,GVA）是葡萄病毒属（Vitivirus）的典型种,在世界葡萄产区广泛分布。采集10株“藤稔”葡萄成熟枝条,使用6种葡萄病毒ELISA试剂盒检测发现10个样本中有6个感染4种不同的葡萄病毒。以GVA的ELISA阳性植株为材料进行RT-PCR扩增,首次获得了GVA四川分离物SL10的完整外壳蛋白基因（CP）。该基因全长597 bp,将其与GeneBank收录的15个GVA分离物的CP序列进行比对和构建系统进化树。把不同地理起源的GVA分离物分成2个变异组;其中Ⅰ组包括3个分离物(与Ⅱ组的其他分离物只有75.9%～80.1%的序列同一性);其余的13个分离物组成Ⅱ组（组内分离物具有84.4%～99.5%的序列同一性）。构建了GVA CP的原核表达质粒PET-30-GVAcp并转化BL21菌株,经IPTG诱导,目的基因得到了大量表达。 相似文献
17.
应用SSCP技术分析我国柑橘衰退病毒的混合感染 总被引：6，自引：0，他引：6
以随机采样的方式,从湖北、湖南和江西3省10县的柑橘产区收集242份温州蜜柑(CitrusunshiuMarc.)、橘(C.reticulataBlanco)、甜橙(C.sinensisOsbeck)和柚(C.grandisOsbeck)样品。对PAS-ELISA法初步检测呈阳性的样品进行柑橘衰退病毒(Citrustristezavirus,CTV)CP基因(coatingproteingene,CPgene)的RT-PCR扩增,结果来自14个样品采集地的120份样品感染了CTV,单个采样点的感染率为20.0%～71.4%,而总感染率达49.6%,表明CTV在这些地区广泛发生。单链构象多态性(single-strandconformationpolymorphism,SSCP)分析显示,120份CTV的CP基因RT-PCR的扩增产物共产生120种SSCP带型,而且存在广泛的混合感染。 相似文献
18.
苹果茎沟病毒KRL-1分离物外壳蛋白基因序列测定 总被引：3，自引：0，他引：3
以KRL-1(库尔勒香梨分离物)总RNA为模板,采用RT-PCR技术,扩增外壳蛋白(CP)基因的cDNA片段,将其克隆到pMD18-T载体上。通过序列测定,分析结果表明:KRL-1CP基因由714个核苷酸组成,编码237个氨基酸。KRL-1与ASGV其它分离物CP基因的核苷酸同源性为90%-93%,氨基酸同源性为94%-98%。根据KRL-1与其他分离物CP基因序列和生物学症状上的差异,可推断KRL-1存在较大的分子变异。 相似文献