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1.
为明确寄生性天敌烟蚜茧蜂Aphidius gifuensis基因组中的微卫星分布特点并开发其分子标记,基于烟蚜茧蜂基因组草图,利用生物信息学方法分析其微卫星的分布特点并开发微卫星位点,采用PCR技术对获得的位点进行验证,获得高分辨率的分子标记位点。结果表明,烟蚜茧蜂基因组中共有360 199个微卫星,平均分布密度为1 787.93个/Mb,单碱基微卫星数量最多,占微卫星总数的81.46%,其中片段短于20 bp的微卫星居多,而数量最多的是单碱基（A）n,其次是二碱基的（AT）n和（AC）n,以及三碱基的（AAT）n和（ATC）n。选取设计的45对微卫星引物进行PCR扩增,其中有21对引物能稳定扩增出清晰的条带。基于烟蚜茧蜂山东泰安种群24个个体的遗传多样性检测结果显示,筛选出的21个微卫星位点的平均观测杂合度、期望杂合度和多态性信息含量分别为0.48、0.57和0.50,其中位点S6的多态性最低,多态性信息含量为0.04,另有4个位点S12、S20、S29和S35显著偏离哈迪-温伯格平衡。结合PCR验证结果和遗传多样性分析结果筛选和开发出16个烟蚜茧蜂的有效微卫星位点,可作为有效的分子标记用于烟蚜茧蜂种群遗传学研究。 相似文献
2.
为开发用于小麦条锈菌Puccinia striiformis f. sp. tritici群体遗传研究的竞争性等位基因特异性PCR-单核苷酸多态性(kompetitive allele specific PCR-single nucleotide polymorphism,KASPSNP)标记,以中国小麦条锈菌流行小种CYR32的基因组为参考,与美国小麦条锈菌流行小种PST78和印度小麦条锈菌流行小种38S102的基因组进行比对,根据比对到的SNP位点设计KASP-SNP引物,用64个中国小麦条锈菌标样对其进行筛选,同时用13对多态性引物组成的简单重复序列(sim‐ple sequence repeat,SSR)分子标记分析这64个标样,并利用Powermarker 3.25和Structure 2.3软件通过多态性指数和群体遗传结构分析来评价KASP-SNP和SSR两种分子标记。结果显示,共比对到29 929个SNP位点,设计出462对KASP-SNP引物,经64个中国小麦条锈菌标样筛选到43对多态性较好的引物,所开发的这43对KASP-SNP引物多态性信息含量指数平均为0.346,基因多样性指数平均为0.420,而SSR引物的2种指数分别为0.237和0.265,前者较后者分别高出46.0%和58.5%。2种标记结果的群体遗传结构分析可得到类似结果,最佳聚类数K值都为4,云南菌系是遗传结构相对最简单的菌系,湖北菌系是遗传结构相对最复杂的菌系,但个别菌株的遗传划分存在较大差异。表明本研究开发的KASP-SNP分子标记多态性较SSR分子标记更加丰富,具有较好的应用前景。 相似文献
3.
中国疫区内苹果蠹蛾微卫星位点的扩增稳定性及遗传多样性 总被引：4，自引：3，他引：1
为揭示欧洲苹果蠹蛾微卫星位点在中国苹果蠹蛾群体遗传学研究中的有效性,以12对微卫星引物对采自中国主要疫区新疆、甘肃、黑龙江的8个苹果蠹蛾地理种群的120头个体在各位点的遗传多样性及扩增稳定性进行研究。所选取的12个微卫星位点中,有8个能够稳定扩增,各位点在大多数种群中均显示偏离哈迪-温伯格平衡,各位点上的平均等位基因数量为3.750～12.500,平均观察杂合度Ho为0.025～0.783,平均期望杂合度He为0.284～0.892。位点Cp2.P和Cp4.56分别具有较低的观察杂合度(0.109、0.025)和较高的近交系数Fis(0.806、0.954),说明这2个位点上的杂合子非常缺乏,其余6个位点均具有较高的杂合度水平和等位基因数量,适用于中国疫区内苹果蠹蛾微卫星分子标记研究。 相似文献
4.
我国禾谷缢管蚜微卫星位点扩增稳定性及遗传多样性 总被引：2，自引：2，他引：0
为筛选用于我国禾谷缢管蚜种群遗传学研究的微卫星位点,从8个省(市)共9个地区采集282头试虫,采用微卫星PCR产物荧光标记与自动扫描分型方法,研究了8个欧洲禾谷缢管蚜微卫星位点在试虫个体中的扩增稳定性和遗传多样性。结果显示:位点R1.35在9个种群中均不能扩增;位点R5.29b只在7个种群的少数样本中能扩增;位点R2.73、R3.171、R5.10、R5.138、R5.50和R6.3在各种群中均能稳定扩增,这6个位点的无效等位基因频率为0.0044~0.2663,平均等位基因数为2.9~9.3个,观测杂合度为0.047~0.912,其中位点R6.3具有较低的观测杂合度(0.047)和等位基因数(2.9),不适合用于种群遗传多样性研究,而位点R2.73、R3.171、R5.10、R5.138和R5.50均具有较高的杂合度和等位基因数,可用于我国禾谷缢管蚜的种群遗传学研究。 相似文献
5.
为研究苹果小吉丁虫Agrilus mali Matsumura的种群遗传结构,采用磁珠富集法以生物素标记探针(AC)_(12)和(AG)_(12)构建苹果小吉丁虫微卫星文库,根据阳性克隆测序获得的微卫星侧翼序列设计引物,筛选和开发苹果小吉丁虫多态性微卫星标记,并利用开发的微卫星标记对其不同地理种群的遗传结构进行分析。结果显示,从微卫星文库中的300个阳性克隆中筛选得到248个含有微卫星片段的克隆子,阳性克隆率为82.7%,其中完美型微卫星131个,占52.8%;不完美型90个,占36.3%;混合型27个,占10.9%,表明磁珠富集法开发新微卫星标记的效率较高。从获得的248个苹果小吉丁虫微卫星中筛选获得7个多态性微卫星位点,这7个位点在苹果小吉丁虫8个地理种群样本中的等位基因数为10~23个,有效等位基因数为1.674~12.218个,多态信息含量为0.304~0.796。8个苹果小吉丁虫种群的观测杂合度为0.095~0.676,期望杂合度为0.469~0.755,Shannon指数为0.791~1.621,遗传距离为0.071~0.788。采自新疆维吾尔自治区的7个苹果小吉丁虫种群之间遗传相似度较高,但其与辽宁省种群的遗传相似度较低。 相似文献
6.
刺槐叶瘿蚊群体微卫星分析中样本量对遗传多样性指标的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
采用微卫星标记进行刺槐叶瘿蚊群体遗传研究时,群体的样本量对遗传多样性指标准确性有一定影响。鉴于此,本实验设置了12个样本量梯度,统计分析在刺槐叶瘿蚊微卫星分子标记研究中,不同样本量对遗传多样性参数的影响,探讨刺槐叶瘿蚊群体遗传结构研究中所需的最适样本量。结果表明,样本量与平均等位基因数、平均有效基因数呈正相关,与平均观测杂合度、平均期望杂合度及内氏遗传多样性指数呈中度相关;在进行刺槐叶瘿蚊群体遗传结构的研究时,最适参数为期望杂合度和内氏遗传多样性指数,最小样本量为20。 相似文献
7.
为开发烟草疫霉的SSR分子标记,利用MISA软件搜索烟草疫霉基因组序列中的 SSR位点,共发现1 311个SSR位点,优势SSR位点为二核苷酸和三核苷酸,分别占总 SSR 位点的56.45%和39.36%;根据分析到的SSR位点使用Primer 5.0软件设计48对SSR引物,以7株烟草疫霉的DNA 为模板对这些引物进行筛选,共获得扩增条带清晰且具有多态性的SSR引物20对,然后使用其中的6对SSR对32株烟草疫霉进行UPGMA聚类分析,遗传相似系数在 0.60~1.00 之间,在相似系数0.70水平上,可将其划分为3个类群,类群I包含29个菌株,类群II包含1个菌株,类群III包含2个菌株,显示出较低的遗传分化水平。这些SSR引物的开发将为研究我国烟草疫霉的遗传多样性、群体遗传结构以及遗传图谱构建等奠定基础。 相似文献
8.
基于转录组数据的印度谷螟微卫星位点分析 总被引：1，自引：0，他引：1
基于印度谷螟转录组测序数据筛选其功能微卫星(EST-SSR)分子标记,设计该虫的微卫星(SSR)引物并验证其适用性。用MicroSAtellite微卫星搜索软件查找印度谷螟转录组中微卫星的数量、重复次数以及所有微卫星的位置信息,采用Primer Premier 5软件设计SSR引物,并进行PCR验证。结果表明含EST-SSR的序列3 173个,占总搜索序列的8.52%,平均每13kb中就出现1个EST-SSR。共发现192种微卫星类型,其中重复单元为单碱基、二碱基和三碱基的比例较高,依次是28.21%、39.84%、25.43%。除单碱基重复单元外,出现频率最高的是AT/AT,有593次。在66对印度谷螟EST-SSR引物中,有28对PCR扩增成功。这说明基于印度谷螟转录组数据开发微卫星标记是可行的,本研究获得的印度谷螟EST-SSR位点为今后开展该虫的种群遗传学研究提供了基础数据。 相似文献
9.
黄淮麦区小麦全蚀病菌群体的遗传多样性分析 总被引：2，自引：2，他引：0
为了解小麦全蚀病病菌的群体组成和遗传多样性,采用8对多态性较好的微卫星标记,对我国黄淮麦区的116个小麦全蚀病菌株进行了分析。8个SSR标记的平均等位基因数为4.25个,多态性信息含量的平均值为0.66。供试菌株的平均有效等位基因数和基因遗传多样性指数分别为1.46和0.27,漯河群体的遗传多样性水平最高,周口群体最低。不同群体间遗传距离均较小,为0.0199~0.1153,其中徐州和周口群体间的遗传距离相对较大,而周口和驻马店群体间的遗传距离相对较小。分子方差分析结果显示,小麦全蚀病菌群体间和群体内均存在着一定的遗传分化,群体间的遗传变异占总变异的10%,群体内遗传变异占90%。6个群体间的基因流为3.5。根据SSR多态性,对来源不同菌株的UPGMA聚类分析结果显示,小麦全蚀病菌群体结构与地理来源有一定的关系。 相似文献
10.
近20年来,在北美、西欧、南美、菲律宾等20多个国家大面积商业化应用Bt玉米防治欧洲玉米螟Ostrinia nubilalis(Hübner)等鳞翅目害虫的实践证明,其不可避免地胁迫靶标害虫产生遗传分化,出现新的抗性种群。研究精准有效的抗性检测方法,将为抗性监测和抗性治理策略的有效性提供科学依据。本研究基于高通量测序获得的亚洲玉米螟Ostrinia furnacalis(Guenée)转录组数据,应用MISA (MicroSAtellite)软件搜索SSR位点,从61 622条EST(Expressed Sequence Tag)序列中获得了3 467个SSR位点。通过设计、筛选,共获得3 316对特异性引物,从中挑选了150对引物进行PCR扩增,共有51对扩增出目的条带,对亚洲玉米螟敏感种群(ACB-BtS)及5个Bt毒素抗性种群(ACB-AbR、ACB-AcR、ACB-AhR、ACB-FR、ACB-IeR)进行多态性检测,最终得到20条高多态性引物。利用这20对微卫星引物共检测到126个等位基因,平均每个位点6.3个。不同Bt抗性种群间产生了一定程度的遗传分化,种群间的平均遗传分化系数(F_(st))为0.195 9,即说明种群间的遗传变异为19.6%。根据遗传距离建立了UPGMA系统发育树,显示6个种群的相似度,即ACB-AbR与ACB-AcR相似度高。种群变异相似度规律与已报道的亚洲玉米螟对各Bt毒素的交互抗性规律相一致。本研究发现的SSR位点可作为亚洲玉米螟不同Bt毒素抗性种群的分子检测方法。 相似文献
11.
Grzegorz Czajowski Evsey Kosman Piotr Słowacki Robert F. Park Paweł Czembor 《Plant pathology》2021,70(5):1110-1122
The aim of the present study was to validate new simple-sequence repeat (SSR) markers and use them to assess genetic variability among 24 isolates of Puccinia triticina collected from wheat (Pt-wheat) and triticale (Pt-triticale), and 15 isolates of P. recondita f. sp. secalis (Prs) collected from rye. The Pt and Prs isolates were tested for virulence on a set of 35 Thatcher wheat near-isogenic lines, eight rye lines with known resistance genes, and 53 triticale cultivars with uncharacterized leaf rust resistance. Molecular genotypes were determined using a newly developed set of 34 SSR microsatellite primer pairs. All SSR markers tested on Pt isolates successfully amplified fragments of appropriate size. When tested on the Prs isolates, 21 out of the 34 Pt SSRs amplified expected fragments. Sixteen of these 21 SSRs were polymorphic, providing for the first time microsatellite markers to study genetic variation in Prs. Based on virulence data, variation among Prs isolates was low, probably due to the small number of rye differential lines available. Much higher variation for virulence was observed within the collection of Pt isolates from wheat and triticale, and two separate groups were established with mixed host origin. Substantial genetic variation was detected among the isolates studied with the SSR markers, assuming two different models of SSR evolution (infinite alleles model and stepwise mutation model). The newly developed set of SSR markers proved their effectiveness in detecting genetic variation and should be useful in further population genetics investigations of the two pathogens. 相似文献
12.
Rhizoctonia cerealis is a soil-borne phytopathogenic fungus that causes wheat sharp eyespot, resulting in serious economic losses. In this study, the recombinase polymerase amplification combined with lateral-flow dipstick technology (Rc-RPA-LFD) was developed for the rapid and sensitivity detection of R. cerealis. The Rc-RPA-LFD assay could be completed at isothermal temperature of 38°C within 30 min without PCR thermal cyclers. The RPA primers and probe designed based on ITS region, showed high specificity to R. cerealis. The detection limit of Rc-RPA-LFD assay was 1 pg·μL-1 fungal genomic DNA, showed an equal sensitivity to that of conventional PCR. In addition, the Rc-RPA-LFD assay could detect R. cerealis from field soil samples, showing no significant differences compared to conventional PCR assay. The simplicity, rapidly and practicability all indicated that Rc-RPA-LFD assay will be a promising molecular diagnosis for the accurate and rapid detection of R. cerealis. 相似文献
13.
正近年来,随着气候条件、耕作制度的变化和水肥条件的改善,小麦纹枯病在我国危害日趋严重,现已成为长江中下游麦区和黄淮麦区主要病害,每年造成严重经济损失[1]。小麦纹枯病常与小麦根茎部病害如根腐病、茎基腐病混合发生,发病早期症状相似,影响病害的早期诊断和防治。目前,小麦纹枯病菌快速检测方法主要基于常规PCR和Real-time PCR [3,4]。常规PCR和Real-time PCR具备检测准确、灵敏度高的优点,但这两种检测技术对仪器设备和 相似文献
14.
Manoj K. Rai Jatan K. Shekhawat Vinod Kataria N. S. Shekhawat 《Arid Land Research and Management》2017,31(4):462-471
Prosopis cineraria (L.) Druce, family Fabaceae, is an important multipurpose tree species of the Indian Thar Desert. It is an extremely drought and heat tolerant plant and has ability to survive in highly alkaline and saline environments. Considering the commercial, horticultural and ecological importance of P. cineraria, there is a great need to develop genomic resources in the form of microsatellite markers for the genetic enhancement of this crop. We identified and characterized 10 microsatellite markers in P. cineraria by cross species amplification. Total 18 Simple Sequence Repeat (SSR) primer pairs developed in P. chilensis, P. alba, and P. flexuosa were used to amplify SSR loci in P. cineraria. Out of eighteen SSR markers tested, ten (55.5%) amplified recognizable amplicons. The number of alleles detected at each locus ranged from one to four, a total of 24 with an average of 2.4 alleles. Observed heterozygosity (Ho) and expected heterozygosity (He) values varied from 0.14 to 0.85 and 0.21 to 0.56 with an average of 0.47 and 0.37, respectively. The polymorphic information content (PIC) values ranged from 0.49 to 0.78 with an average of 0.66. Of the nine polymorphic markers, seven were highly informative and polymorphic (PIC > 0.5). These microsatellite markers are characterized for the first time in P. cineraria. All microsatellite markers identified in this study may be useful in comparative genomics and population genetics studies of P. cineraria. 相似文献
15.
由于缺少稳定的遗传转化体系,丝核菌致病相关基因的功能研究受到严重限制。本研究以防治丝核菌病害的常用杀菌剂靶标基因CYP51和Sdh为目标基因,体外合成禾谷丝核菌CYP51的3个同源基因以及Sdh的B、C、D亚基基因的dsRNA,采用喷雾诱导基因沉默(spray-induced gene silencing, SIGS)方法研究这6个基因产生的dsRNA对病菌生长和致病性的影响。结果表明,外源施加靶标基因dsRNA对禾谷丝核菌的生长和致病性均有抑制作用。在被侵染的大麦叶片上,外源dsRNA能够显著抑制病菌中对应基因的表达。100 ng·μL-1浓度的RcCYP51-3-dsRNA在大麦叶片上抑菌效果较为显著,且可以同时抑制3个RcCYP51同源基因的表达;RcSdhD-dsRNA同样可以抑制RcSdh三个亚基的基因表达,在50 ng·μL-1浓度时抑菌效果最好。本研究探索了一种抑制禾谷丝核菌基因表达的方法,为使用SIGS方法研究丝核菌基因功能打下基础。 相似文献
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三唑酮、三唑醇对小麦纹枯病菌形态和生理的影响 总被引：19，自引：0，他引：19
小麦纹枯病菌(Rhizoctonia cerealis)在加入三唑酮(Triadimefon)或三唑醇(Triadimenol)的培养液中生长时,菌丝形态和生理发生明显的改变。菌丝畸形,表现为细胞肿大,细胞分隔处菌丝缢缩;药剂处理后,等量菌丝的麦角甾醇含量下降,1、5μg/ml的三唑酮和三唑醇处理,麦角甾醇含量比对照减少45.155.9%和27.5、48.9%;菌丝在药剂处理后,电解质渗漏增加,5μg/ml药剂处理一小时后,三唑酮组的菌丝之细胞电解质渗漏达2.58%,三唑醇组的渗漏为2.19%,空白对照组仅为0.65%。本研究结果表明,三唑酮、三唑醇对小麦纹枯病菌具有直接的伤害作用。 相似文献
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N. Strampelli是由意大利引入我国的小麦持久抗病性品种,对我国目前多数的条锈菌流行小种均有良好的抗性。为了明确其抗条锈病基因的遗传机制,利用小麦条锈病小种CYR30、CYR31、Su-4和Su-14对N. Strampelli与中国春杂交后代进行遗传分析,结果表明N. Strampelli对CYR30、CYR31的抗病性均由1对显性基因和1对隐性基因互补控制,对Su-14、Su-4的抗病性各由1对隐性基因控制,将其中控制Su-14抗病性的隐性基因暂时命名为YrNS-1。利用分离群体分析法(BSA)对接种Su-14的正交F2代群体进行SSR分子标记,在1BL上找到4个与YrNS-1紧密连锁的微卫星标记Xwmc719、Xgwm124、Xwmc44和Xcfa2147,遗传距离分别为3.2、4.6、5.7和10.3cM。与已知位于1BL染色体上的抗条锈基因比较分析表明,YrNS-1可能是1个新的抗条锈病基因。 相似文献
18.
陆地棉对黄萎病抗性的分子标记研究 总被引：14，自引：0，他引：14
利用陆地棉标准系TM-1和常抗棉2个陆地棉品种杂交并自交,获得109个F2单株及F2:3家系为作图群体,以SSR、RAPD和SRAP 3种分子标记进行抗黄萎病性状的分子标记筛选。结果从1611对(条)引物中仅筛选到70对(条)多态性引物,获得75个多态性位点并进行标记间的连锁性分析。75个标记构建了一个包括15个连锁群,全长535 cM的陆地棉品种间分子标记遗传连锁图,标记间平均距离为11.15 cM,有27个标记不能进入任何连锁群。连锁群的标记数最少2个,最多6个;长度从1.0 cM到92.7 cM不等。对其F2:3家系的成株期抗黄萎病性状即平均病情指数的分布进行分析,显示其呈正态分布,进一步说明陆地棉对黄萎病的抗性为数量遗传;单标记分析及复合区间作图,检测出与抗黄萎病性相关的3个QTL,分别位于第3、5、6连锁群上,贡献率分别为14.15%、3.45%和18.78%。另外,对该群体生长过程中黄萎病不同发病高峰期的病情也进行了分析。 相似文献