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来源于猕猴桃的柑橘叶斑驳病毒的RT-PCR检测及外壳蛋白基因序列分析 总被引：4，自引：1，他引：3
柑橘叶斑驳病毒(Citrus leaf blotch virus,CLBV)为柑橘病毒属(Citrivirus)代表种。本研究采用RT-PCR技术从我国栽培猕猴桃上首次检测到CLBV,总检出率为13.3%。测定了5个CLBV分离物的外壳蛋白基因(coat protein gene,cp)序列,全长均为1 092核苷酸(nt),分离物间cp基因核苷酸和编码氨基酸序列相似性分别为83.2%~99.7%和91.9%~98.9%,这些分离物与新西兰报道的CLBV猕猴桃分离物M3-A核苷酸序列相似性仅为83%左右,与来源于柑橘及近缘种的CLBV分离物cp基因核苷酸序列相似性为84%~86%。在基于该病毒cp基因核苷酸序列的系统进化树中,本研究所测定的CLBV猕猴桃分离物与新西兰报道的除M3-A外的猕猴桃分离物聚在同一组群。研究结果为进一步明确CLBV在我国猕猴桃上的侵染和危害特点及建立该病毒的分子检测技术提供了重要信息。 相似文献
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柑橘叶斑驳病毒(citrus leaf blotch virus, CLBV)于20世纪70年代在美国加利福尼亚洲首次发现，之后许多国家陆续报道CLBV侵染不同寄主植物。2016年，我国在猕猴桃中首次检测到CLBV,随后在甜樱桃、柑橘、芍药、苹果、桑树和南天竹中发现CLBV,现已在多个地区普遍发生流行。本文系统梳理了CLBV的研究进展，重点综述了CLBV的发生分布、传播为害、分子变异、检测技术、基因组特征、基因功能等，以期为抗CLBV作物育种、病害综合防控及致病机理的研究提供基础支撑。 相似文献
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猕猴桃种传潜隐病毒(actinidia seed borne latent virus, ASbLV),属于乙型线状病毒科Betaflexiviridae李属病毒属Prunevirus,是一种在我国猕猴桃上广泛发生的病毒。本研究通过RT-PCR方法克隆ASbLV的外壳蛋白基因,并连接到原核表达载体pET28a(+)上,转化大肠杆菌Rosetta (DE3),经IPTG诱导后可表达分子量约为28 kD的融合蛋白。经过Ni2+-NTA树脂纯化融合蛋白,然后以其为抗原制备多克隆抗体。Western blot结果表明,多克隆抗体的效价为1∶4 000。该多克隆抗体只与ASbLV发生特异性反应,而不与猕猴桃病毒1、猕猴桃病毒A、苹果茎沟病毒、柑橘叶斑驳病毒、黄瓜花叶病毒和马铃薯X病毒发生反应,说明该多克隆抗体特异性良好。利用间接ELISA对36份猕猴桃田间样品进行了ASbLV检测,检测结果表明其中20份样品被ASbLV侵染,且间接ELISA检测结果与RT-PCR检测结果一致。本研究建立的间接ELISA方法能够有效地应用于猕猴桃田间样品中的ASbLV检测。 相似文献
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为了明确福建省三明地区柑橘病毒类病原(病毒和类病毒)种类,利用RT-PCR技术对其进行了鉴定和检测,并对其检出率进行了分析。结果表明,从207份柑橘叶片样品中检出柑橘衰退病毒(citrus tristeza virus, CTV)、柑橘黄化脉明病毒(citrus yellow vein clearing virus, CYVCV)、柑橘叶斑驳病毒(citrus leaf blotch virus, CLBV)和蚜虫致死麻痹病毒(aphid lethal paralysis virus, ALPV)等4种病毒以及柑橘曲叶类病毒(citrus bent leaf viroid, CBLVd)、啤酒花矮化类病毒(hop stunt viroid, HSVd)、柑橘矮化类病毒(citrus dwarfing viroid, CDVd)、柑橘类病毒Ⅴ(citrus viroidⅤ, CVdⅤ)和柑橘类病毒Ⅵ(citrus viroidⅥ, CVdⅥ)等5种类病毒。其中,CTV、CYVCV、CLBV和ALPV的检出率分别是71.01%、66.67%、0.97%和6.28%,CBLVd、HSVd、C... 相似文献
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利用叠氮溴乙锭(ethidium monoazide bromide,EMA)与实时荧光定量PCR技术相结合(EMA-qPCR),建立了一种有效快速检测猕猴桃溃疡病菌活菌的方法。以猕猴桃溃疡病菌ITS序列为检测靶标,菌体经EMA渗透处理,再进行qPCR特异性扩增。结果显示,qPCR检测灵敏度为2cfu;当EMA的浓度为2.0μg/mL时,能有效抑制1.0×10~7 cfu/mL经高温灭活的死菌的扩增,对活菌的扩增没有影响。当活菌数在1.0×10~1~1.0×10~5 cfu范围内,每个qPCR反应体系中活菌数与Ct值呈线性相关(R~2=0.988)。不同温度处理活菌菌悬液后用EMA-qPCR检测猕猴桃溃疡病菌的存活情况并与平板计数法进行比较,结果表明待检样品可在4℃和20℃短期保存。对疑似带病猕猴桃材料进行EMA-qPCR检测,结果表明能减少猕猴桃溃疡病菌PCR的假阳性结果。本研究建立的EMAqPCR方法是一种有效检测猕猴桃溃疡病菌活菌的方法,能有效避免PCR检测实际样品可能造成的假阳性结果。 相似文献
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小苍兰花叶病毒Freesia mosaic virus(FreMV)是侵染兰花的主要病毒,严重影响其观赏价值。本研究根据FreMV的外壳蛋白基因序列设计了一组特异性引物,经过一系列条件优化,建立了该病毒的RT-LAMP检测方法。结果显示设计引物能特异扩增FreMV,与其他4种病毒(菜豆黄花叶病毒Bean yellow mosaic virus、黄瓜花叶病毒Cucumber mosaic virus、建兰花叶病毒Cymbidium mosaic virus和齿兰环斑病毒Odontoglossum ringspot virus)不发生反应;该方法灵敏度为RT-PCR的10倍。田间检测20份样品中,RT-LAMP和RT-PCR检测结果一致,检出率为60%。在产物中加入荧光染料SYBR GreenⅠ直接用肉眼观察就可判断样品是否感染FreMV,可省去电泳分析的时间。该方法具有特异性强、灵敏度高、操作简单、快速等特点。 相似文献
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通过对已报道的猕猴桃果腐病菌(Neofabraea actinidiae)及明孢盘属其他种真菌负责编码RNA聚合酶II的第2大亚基(the second largest RNA polymerase subunit,RPB2)的基因序列进行同源性比对,设计合成了一对用于猕猴桃果实中N. actinidiae的检测引物NACF1/NACR1。利用该引物对包括N. actinidiae在内的8种9株Neofabraea属真菌的基因组DNA进行扩增,建立了猕猴桃果实中N. actinidiae的快速分子检测方法,并进行了灵敏度试验、病菌接种与病果中N. actinidiae的检测。结果表明:该引物特异性强,稳定扩增出片段大小为582 bp单一条带,检测灵敏度为0.2 ng/μL,可以特异性地检测到接种发病果实组织中N. actinidiae。该方法能够实现猕猴桃果实中N. actinidiae的快速检测,为口岸提供了特异、高效、可靠的检测方法。 相似文献
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我国是第一大苹果生产国。苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus, ASGV)在我国各苹果产区分布广泛,侵染果树导致树势变弱,生长量减少,果实品质下降,严重威胁我国苹果产业的可持续发展。病毒检测是果树病毒病防控的重要前提。本研究根据苹果茎沟病毒外壳蛋白基因保守序列,设计了引物和探针,建立了微滴数字PCR (droplet digital PCR, ddPCR)检测方法。所建立的检测方法能特异性检出苹果茎沟病毒,检测重复性好,灵敏度比qRT-PCR法高10倍,可适用于田间样品及组培苗检测。该方法的建立为苹果茎沟病毒的检测提供了重要的技术手段。 相似文献
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根据番茄斑萎病毒属(Tospovirus)中6种病毒S RNA上的N基因序列设计特异性引物,建立可同时检测这6种Tospovirus病毒的多重PCR体系。多重PCR扩增结果显示,番茄环纹斑点病毒(776 bp)、甜瓜黄斑病毒(505 bp)、鸢尾黄斑病毒(296 bp)、凤仙花坏死斑病毒(221 bp)、番茄斑萎病毒(175 bp)和番茄褪绿斑病毒(110 bp)均出现清晰的目标条带,各病毒的特异性引物不会对其他病毒产生非特异性扩增。本研究建立的6种Tospovirus病毒的多重PCR检测方法,有助于提高目标病毒的检测效率。 相似文献
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本研究建立了葡萄病毒B的 SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测技术。该技术标准曲线扩增效率102.4%,相关系数0.999,最低检测限达10-4倍稀释cDNA,灵敏度为常规RT-PCR的100倍。重复性试验组内和组间变异系数分别为0.00%~0.65%和0.02%~2.00%,表明检测稳定性好。该技术对田间葡萄样品检测适用范围广,对枝条和老叶柄检测效果最好,冬季枝条和春夏秋季所有老叶柄样品检出率均为100%,与常规RT-PCR检测结果一致。对于其他季节或部位样品,RT-qPCR检出率(43% ~74%)则普遍高于常规RT-PCR(5% ~71%),特别是春季样品和春夏秋季所有嫩叶样品,检出率比常规RT-PCR分别高31% 和38%。对来自我国13个省21个品种的52份田间葡萄样品检测结果表明, RT-qPCR共检测到6个样品为阳性,检出率11.5%,为常规RT-PCR(检出率5.8%)的2倍。 相似文献
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本研究建立了葡萄病毒B的 SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测技术。该技术标准曲线扩增效率102.4%,相关系数0.999,最低检测限达10-4倍稀释cDNA,灵敏度为常规RT-PCR的100倍。重复性试验组内和组间变异系数分别为0.00%~0.65%和0.02%~2.00%,表明检测稳定性好。该技术对田间葡萄样品检测适用范围广,对枝条和老叶柄检测效果最好,冬季枝条和春夏秋季所有老叶柄样品检出率均为100%,与常规RT-PCR检测结果一致。对于其他季节或部位样品,RT-qPCR检出率(43% ~74%)则普遍高于常规RT-PCR(5% ~71%),特别是春季样品和春夏秋季所有嫩叶样品,检出率比常规RT-PCR分别高31% 和38%。对来自我国13个省21个品种的52份田间葡萄样品检测结果表明, RT-qPCR共检测到6个样品为阳性,检出率11.5%,为常规RT-PCR(检出率5.8%)的2倍。 相似文献
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Luis Galipienso M Carmen Vives Luis Navarro Pedro Moreno José Guerri 《European journal of plant pathology / European Foundation for Plant Pathology》2004,110(2):175-181
Citrus leaf blotch virus (CLBV) was detected by dot-blot hybridization (DBH), and tissue print hybridization (TPH) and by one-step RT–PCR in citrus plants growing both in the greenhouse and in the field. DBH with digoxigenin-labeled cDNA probes allowed CLBV detection in dsRNA-rich and total RNA preparations equivalent to 5 and 0.1mg of infected tissue, respectively. DBH gave intense signals with RNA extracts from young bark, tender shoots and young leaves, whereas the best hybridization signals with TPH were obtained using tender shoots and young leaf petioles. One-step RT–PCR was 10-fold more sensitive than DBH and amplification was obtained with all infected tissues. CLBV was readily detected in young leaves of infected Eureka lemon, Marsh grapefruit, Nules clementine, Navelina orange and Nagami kumquat in the greenhouse, using either hybridization or RT–PCR, but not in leaves of Pineapple sweet orange. Detection in field trees was less consistent and was only achieved by RT–PCR and DBH. CLBV was detected by DBH and RT–PCR in different citrus varieties from several geographic areas showing bud union crease on trifoliate rootstocks, but not in neighbor trees with the same symptoms or in other varieties showing bud union crease on those rootstocks. Failure to detect CLBV in trees with bud union crease could be due to low virus titer or uneven distribution within the plant. Alternatively, a different agent could be involved in causing bud union crease. 相似文献
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为明确我国陕西省猕猴桃主产区的徐香、海沃德、华优和秦美4个猕猴桃品种上的猕猴桃褪绿环斑相关病毒(Actinidia chlorotic ringspot-associated virus,AcCRaV)的分布情况,对采集自该省4个地区的493份样品进行AcCRaV检测,基于cp基因序列对获得的AcCRaV分离物进行分子变异分析,并采用高通量测序技术对其中2份样品进行转录组测序。结果显示:AcCRaV在陕西省猕猴桃上分布广泛,且检出率较高,其中周至县秦美猕猴桃上AcCRaV的检出率最高,为45.0%,在杨凌区秦美猕猴桃上AcCRaV的检出率最低,为10.0%。测定的23个AcCRaV分离物cp基因序列全长均为945 nt。系统发育树显示AcCRaV分离物共分成2个组,存在较大的分子变异。AcCRaV的cp基因分子变异与猕猴桃品种有一定关系,而与地理位置相关性不明显。获得了2个AcCRaV分离物ZZ1和ZZ2的基因组序列,RNA1长度分别为7 049 nt和7 274 nt,RNA2长度均为2 266 nt,RNA3长度分别为1 691 nt和1 696 nt,RNA4长度分别为1 736 nt和1 683 nt,RNA5长度分别为1 460 nt和1 497 nt。分离物ZZ1和ZZ2的基因组序列与GenBank中唯一报道的我国湖北省AcCRaV分离物HN-6基因组序列比对中,分离物ZZ2与HN-6的RNA4同源率最高,为96.0%,分离物ZZ2与HN-6的RNA1同源率最低,为87.8%。表明AcCRaV在我国陕西省猕猴桃主产区分布较广泛,且其分子变异与猕猴桃品种有一定关系。 相似文献
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甘蔗宿根矮化病菌实时荧光定量PCR检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
甘蔗宿根矮化病是由Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx)引起的一种世界性甘蔗细菌病害。根据Lxx的Pat1基因保守序列,设计并合成了一对特异性引物Pat1F (5′-GGTTCCATTGCTTACCGATT-3′)/Pat1R(5′-CAAGTTTCGACAGGAACAGC-3′),和一条TaqMan探针(FAM-5′-CCACGGCTACGTCAATTCGGG-3′-TAMRA),建立了一种特异性强、灵敏度高的甘蔗宿根矮化病菌实时荧光定量PCR检测方法。结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR方法,对Lxx的检测最低下限为102 copies·μL-1。应用实时荧光定量PCR与常规PCR方法对14个甘蔗品种进行Lxx检测,阳性检出率分别为86%和43%,表明实时荧光定量PCR比常规PCR检测方法具有更高的灵敏度。研究结果为甘蔗宿根矮化病的诊断、田间发生动态监测、脱毒健康种苗检测及品种/材料交换检疫检测提供了新技术支撑。 相似文献
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