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1.
本研究采用线粒体COI序列为分子标记，探究了长江、淮河下游8个湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)群体的遗传多样性和遗传结构。通过PCR和测序技术，获得鲢COI基因序列片段。分析结果显示：COI序列片段长度为630 bp, 243条COI序列共检出23个变异位点，定义14种单倍型，平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.692和0.005 12。8个群体的单倍型多样性为0.508～0.803,核苷酸多样性为0.002 41～0.006 94,表明鲢群体的遗传多样性有较大差异。分子方差分析结果显示，遗传变异主要来自于群体内，遗传分化指数(FST)为0.008 3,表明群体间没有显著遗传分化。系统发育树和网络结构图显示，单倍型分化为2个分支，但群体没有形成特定的地理遗传结构。中性检验结果和歧点分布曲线表明，鲢群体没有显著偏离中性选择，群体大小保持相对稳定。 相似文献
2.
长江中上游4个鲢群体遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是我国重要的淡水经济鱼类,长江是其重要的种质资源库。为了研究长江中上游鲢群体遗传多样性现状,比较中上游群体的遗传分化,本研究采用线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)序列分析了长江中上游鲢群体遗传多样性及遗传分化状况,为鲢资源的保护和开发提供科学依据。采集了长江中上游江津(JJ)、宜昌(YC)、嘉鱼(JY)、黄冈(HG)等4个鲢群体共151尾样本。结果表明:135条Cyt b序列共检测出53个多态位点和19种单倍型,150条D-loop序列共检测出94个多态位点和48种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.693、0.00748和0.902、0.01557,2个标记数据均显示上游群体遗传多样性较中游群体高;群体间的分化指数(FST)和基因流(Nm)均表明长江上游(JJ)和中游(YC、JY、HG)地理群体间存在显著遗传分化。基于单倍型构建的NJ系统发育树及单倍型中值连接网络分析图显示,长江中上游鲢群体可划分为两个谱系,其中一个谱系主要源自上游群体。 相似文献
3.
有效的人工增殖放流应监控放流群体和野生群体的遗传结构特征,以避免放流群体对天然群体遗传多样性的负面影响。本研究利用线粒体CO I和Cyt b基因分析了丹江口鲢库区、鲢亲本和鲢子代3 个群体的遗传结构特征。分析结果显示,104 条646 bp线粒体CO I序列中共检测到多态位点15 个,简约信息位点5 个,单一变异位点10 个,定义了7 个单倍型,单倍型多样性为0.544~0.676,核苷酸多样性为0.00221~0.00254;103 条1058 bp线粒体Cyt b序列中共检测到多态位点19 个,简约信息位点13 个,单一变异位点6 个,定义了14 个单倍型,单倍型多样性为0.609~0.714,核苷酸多样性为0.00262~0.00424,总体上处于较高单倍型多样性和较低核苷酸多样性。CO I和Cyt b序列遗传距离、遗传分化指数以及基因流分析结果显示,群体间遗传距离为0.002（CO I）、0.003~0.004（Cyt b）,总的遗传分化指数为-0.00468（P>0.05）（CO I）、0.03180（P>0.05）（Cyt b）,差异均不显著,群体间基因流为14.69～41.47（CO I）、5.49～40.47（Cyt b）,分子方差分析（AMOVA）结果表明群体的遗传变异主要来自群体内。单倍型聚类关系树表明,3 个鲢群体间均存在共享单倍型,不同地理群体间单倍型散乱分布于各支,未形成地理群体的聚集。以上分析结果显示,3 个鲢群体间不存在明显的遗传分化,表明增殖放流鲢群体与丹江口库区野生群体的遗传多样性和遗传结构相近,可开展增殖放流。本研究结果可为丹江口鱼类增殖站鲢群体的增殖放流提供科学依据。 相似文献
4.
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况，采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记，对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的239尾鲢进行扩增和测序。结果显示，鲢Cty b基因全长为1 141 bp, 239条Cyt b序列检出74个变异位点，定义24种单倍型，平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.697和0.010 12。太湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高，分别为0.830和0.015 84,长荡湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低，分别为0.379和0.003 98。8个鲢群体间的遗传距离变幅为0.005～0.015;分子方差分析结果显示，遗传变异主要来自群体内部(98.0%),群体的遗传分化指数Fst值为0.019 97;两两群体间Fst值统计表明，长江水系和淮河水系群体间有显著的遗传差异(P<0.05)。单倍型系统进化树和网络结构图显示，单倍型划分为2个谱系，但没有形成明显的地理聚群。歧点... 相似文献
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基于mtDNA序列分析青鱼群体遗传结构 总被引：2，自引：0，他引：2
分析了长江中游监利四大家鱼原种场、石首四大家鱼原种场、长沙四大家鱼原种场、监利江段野生青鱼(Mylopharyngodon piceus)、鄱阳湖野生青鱼5个群体共160尾青鱼的mt DNA控制区982 bp片段的变异。结果显示:该片段的变异位点有80个,其中64个为简约信息位点,16个为单一突变位点。160个样本中共检测出57个单倍型,单倍型多样性指数为0.950,平均核苷酸多样性指数为0.012 42。AMOVA分析显示:群体间变异率为3.30%,群体内的变异率为96.70%,变异主要来自于群体内;遗传变异系数FST=0.032 92,显示青鱼群体间没有显著的遗传分化。中性检验Tajima's D=-0.531 82(P0.1),Fu's Fs=0.132 48(P0.1),长江中游青鱼可能没有经历过种群扩张事件。 相似文献
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为探讨长江干流鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种群的遗传多样性、分子变异和种群分化程度, 本研究在长江干流大尺度野外调查基础上, 利用线粒体细胞色素 b 基因序列特征, 比较分析了 13 个调查断面鲢野生种群的遗传多样性、遗传关系和历史动态。结果显示, 193 尾样本检测到 26 种单倍型, 132 个多态信息位点。种群的单倍型多样性(h)为 0.589~0.887, 核苷酸多样性(π)为 0.001~0.028; 上游群体平均 h 为 0.81, 平均 π 为 0.014; 中游群体平均 h 为 0.72, 平均 π 为 0.012; 两群体之间的 h 和 π 值无显著性差异(P＞0.05)。种群遗传分化指数(Fst)为?0.348~0.151, 种群间处于低至中度分化水平。长江干流中上游 2 群体的遗传分化小(Fst=0.001), 分子方差分析表明遗传变异主要来自群体内(96.4%)。对 13 个鲢种群个体归类的 Structure 分析显示, 所有个体聚类为 3 个基因型类群, 每个基因型类群由不同种群个体组成, 基因型类型与调查断面分布格局无相关性。单倍型构建的系统发育树显示, 3 个分支没有形成与调查断面一致的地理格局。中性检验分析鲢种群历史, 单倍型网络图 3 个谱系中, 谱系 I 的 Tajima’s D 值 (?2.16)和 Fu’s Fs 值(?13.73)呈现负值, 达到极显著水平(P＜0.01), 且核苷酸错配歧点分布为单峰曲线, 表明谱系 I 发生历史扩张, 其他 2 个谱系和 13 个鲢种群作为一个整体没有发生种群扩张。相对于长江中上游干流截然不同的生境, 鲢群体之间表现出较低的遗传差异。本研究可为长江干流鲢种质资源的保护和利用提供数据支撑。 相似文献
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4个群体鲢mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR技术扩增了湖北监利、江西瑞昌、湖南长沙3个长江野生群体和天津宁河1个人工繁殖群体(已繁殖6代)共158尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)mtDNA D-loop区段,并用14种核酸内切限制酶对扩增片段进行酶切。结果显示:所有试验鱼均扩增出约1.6 kb的DNA片段,10种限制酶有酶切位点,共检测出16种单倍型,以单倍型Ⅰ为主,在各群体中所占比例为57.5%~90.0%。鲢4个群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数为0.1885~0.6526和0.001182~0.007570。瑞昌群体与监利群体的Rogers遗传距最小,为0.1250;监利群体与宁河群体的Rogers遗传距最大,为0.2693。χ2检验结果显示4个群体间的遗传差异显著(P<0.01)。在4个群体中,宁河人工繁殖群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均最高,并且HinfⅠ的C酶切类型为宁河群体所特有,达20.0%。 相似文献
8.
《淡水渔业》2020,(4)
为了解长江中游鳙(Aristichthys nobilis)群体的遗传特征,利用12对微卫星引物对长江中游石首、监利和长沙3个鳙群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示:12个微卫星位点中有8个为高度多态位点,4对为中度多态位点,群体的观察杂合度(Ho)为0.398～0.778,期望杂合度(He)为0.425～0.919,多态含量信息(PIC)为0.371～0.907,3个群体遗传多样性较高。95.60%的遗传变异来自群体内,4.40%来自群体间,群体间的遗传分化程度较低(F_(st)=0.044),石首和监利群体的遗传分化最小(F_(st)=0.002 53),遗传距离最近(d=0.031 9),监利和长沙群体的遗传分化指数和遗传距离均最大(F_(st)=0.023 69,d=0.076 6)。结果表明长江中游三个群体具有较高的遗传多样性,长江中游干流群体与长沙群体间的遗传分化较小。 相似文献
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为研究江西省棘胸蛙的遗传多样性，利用线粒体COI分子标记对采自江西省内峡江、靖安、金溪、明月山、于都5个棘胸蛙养殖群体144个样本进行遗传多样性分析。结果显示：144条棘胸蛙线粒体COI长度为990bp,共检测出变异位点270个，包括简约信息位点250个，单突变位点20个，2个缺失和插入；共检测到35个不同的单倍型，单倍型多样性为0.927;核苷酸多样性为0.0405,平均核苷酸差异数(K)为40.018。养殖群体除峡江和于都群体的遗传多样性较高，其余3个群体均较低；群体内发生了极大的分化，群体变异主要来源于群体内(78.08%)。 相似文献
10.
我国五大淡水湖日本沼虾线粒体COI基因部分片段序列比较 总被引：11，自引：1，他引：10
对我国五大淡水湖日本沼虾100个野生个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列进行了测定和分析,经比对获得578 bp核苷酸片段,发现49个变异位点,得到35个单倍型,包括7个共享单倍型,各群体都具有较好的单倍型多态性和核苷酸多态性,其中鄱阳湖群体遗传多样性相对最高.AMOVA分析表明,五群体间总遗传分化系数Fst=0.3187(P<0.05),群体间具有较高的遗传分化.MEGA3.1软件计算五群体的Kimura 2-paramter遗传距离,洞庭湖群体和巢湖群体之间的遗传距离最远为0.0191,巢湖群体和洪泽湖群体之间的遗传距离最近为0.0051.以同属胖掌沼虾(Macrobrachium inflatum)为外群分别构建了NJ和UPGMA系统树,结果显示洞庭湖和鄱阳湖为一族群,太湖、巢湖和洪泽湖为一族群. 相似文献
11.
小黄黝鱼[Micropercops swinhonis (Günther, 1873)]是中国特有的一种小型淡水虾虎鱼类,广泛分布于长江及以北各水系,其中在河南省各水系均有分布。为评估河南省小黄黝鱼种质资源现状及其遗传多样性,本研究对河南省境内黄河、长江、淮河和海河4个水系77尾小黄黝鱼样品进行线粒体COI基因的扩增。结果显示,河南省小黄黝鱼的平均单倍型多样性(H_d)为0.89088,平均核苷酸多样性(π)为0.00361,其中淮河水系华行村种群(HXC)核苷酸多样性最高(π=0.00433),黄河水系马颊河种群(MJH)核苷酸多样性最低(π=0.00078);系统发育树和单倍型网络图结果均显示小黄黝鱼并未按照水系形成明显的地理遗传支系;根据4个水系进行分组, AMOVA分析显示仅16.00%的变异来自于水系间,而78.43%遗传变异来自各群体内部;同样地,未预先设定分组情况的SAMOVA分析也得到了相似的结果,不支持小黄黝鱼具有明显的地理遗传结构的假设;种群历史动态分析显示,河南省小黄黝鱼种群呈逐步增长趋势; Fu’s FS中性检验与错配分析表明,河南小黄黝鱼种群可能经历过近期群体扩张事件,且该过程可能与气候变为暖湿型有关。 相似文献
12.
河南境内四水系宽鳍鱲野生群体的遗传多样性 总被引：2，自引：1，他引：1
为准确掌握河南野生宽鳍鱲(Zacco platypus)群体遗传结构,本研究利用线粒体CO I基因检测了海河、黄河、淮河和长江水系宽鳍鱲群体的遗传多样性和种群分化情况。110个样品共检测出40个单倍型,平均单倍型多样性为0.92077,平均核苷酸多样性为0.02439。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于宽鳍鱲群体间(60.59%),群体内的遗传变异为37.67%。系统发育树结果表明,长江水系宽鳍鱲群体遗传分化较大,一部分群体单独聚为一支,另外一部分群体与海河、黄河、淮河水系宽鳍鱲聚在一起,没有显示出明显的南北分化格局。种群历史动态结果推测宽鳍鱲群体经历过瓶颈效应,且该过程可能与第四纪中更新世气候波动有关。建议对河南境内的宽鳍鱲种群,特别是遗传多样性低的种群(海河水系)进行保护。 相似文献
13.
为探讨长江流域大眼鳜(Siniperca kneri)野生群体的遗传多样性和遗传结构,为长江大眼鳜野生群体资源的有效管理和合理开发利用提供基础科学数据支撑,本研究基于线粒体细胞色素 b (cytochrome b, Cyt b)基因及控制区(D-loop)全序列,对 4 个群体(赤水河群体-CS、南京群体-NJ、岳阳群体-YY、宜昌群体-YC)共计 79 尾个体进行了分析。结果如下:(1)获得了长 1141 bp 的 Cyt b 基因全序列,共检测到 26 种单倍型。单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)指数为 0.685 (CS)~0.924 (YC),核苷酸多样性(nucleotide diversity,π)指数为 0.176%(CS)~0.285%(YY)。群体内与群体间的遗传距离均在 0.002~0.003。(2)获得了长度为 834~840 bp 的 D-loop 全序列,在 79 尾个体中共检测到46 种单倍型。单倍型多样性指数为 0.754 (CS)~0.990 (NJ),核苷酸多样性指数为 0.548%(CS)~1.412%(YC)。群体内遗传距离在 0.005 (CS)~0.014 (YC),群体间遗传距离在 0.008~0.012,提示 4 个野生群体均尚未达到亚种分化水平。分子方差分析(AMOVA)显示群体内的变异是总变异的主要来源,长江流域大眼鳜野生群体无显著遗传结构差异。 相似文献
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基于微卫星评估草鱼放流亲本对野生群体遗传多样性的影响 总被引：3，自引：2，他引：1
利用筛选的13对草鱼多态性微卫星标记,开展了2011至2015年长江中游草鱼亲本增殖放流对野生群体遗传多样性的影响评估。通过对各位点的遗传多样性分析,13个微卫星位点的多态信息含量为0.8622(0.657~0.950),基因多样度为0.8555(0.675~0.936)。15个群体的有效等位基因数为7.4503~10.1536,等位基因丰度为11.483~15.204,说明15个草鱼群体的遗传多样性水平总体较高。遗传分化指数分析表明,群体间不存在显著遗传分化(FST5%)。通过贝叶斯聚类分析和主成分分析可将草鱼群体分为4个组群,根据分组结果以及来源划分分别对草鱼群体进行AMOVA分析,发现遗传变异大部分来自于群体内个体间,组间及组内群体间的分化水平较低(FCT5%,FSC5%),与FST分析结果一致。研究表明,当前草鱼亲本增殖放流模式对野生群体遗传结构影响不明显。 相似文献
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中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)是中国最重要的淡水养殖蟹类,广泛分布于东亚地区,养殖区域主要集中在长江、黄河和辽河流域。本研究基于线粒体DNAD-loop区评估辽河野生群体(LW)和养殖群体(LC)、黄河野生群体(HW)和养殖群体(HC)及长江野生群体(YW)和养殖群体(YC)的遗传多样性和种群结构。结果显示:(1)用于本研究的D-loop基因片段长度为477 bp,共包含234个变异位点和131个简约信息位点, 6个群体的262个个体中共有110个单倍型,包括90个独有单倍型和20个共享单倍型;(2)6个种群的单倍型多样性指数(Hd)范围为0.88889～0.96522,核苷酸多样性指数(π)范围为0.00887～0.01602,养殖和野生群体遗传多样性水平依次为:HCYCLC及HWLWYW;(3)6个群体的遗传距离(Da)范围为0.0119～0.0173,不论是养殖群体还是野生群体,辽河群体和长江群体之间的遗传距离均最小,且6个群体间遗传分化指数FST为0.12938。对6个群体进行中性检验显示Tajima’s D和Fu’s Fs的值均为负值。综上,基于线粒体D-loop基因的研究结果表明,三水系养殖和野生群体均具有较高的遗传多样性,且辽河和长江水系中华绒螯蟹的亲缘关系相对较近,该研究为中华绒螯蟹的种质资源评估、保护和开发提供了参考。 相似文献
16.
为研究我国主要养殖区域黄鳝（Monopterus albus）的遗传多样性,利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基I（cytochrome C oxidase subunit I,COI）基因对来源于湖北、江西、安徽、湖南、重庆和山东的6个黄鳝群体共187个样本进行遗传多样性分析。结果表明长度为646 bp的COI基因序列在6个群体的碱基含量基本相同,碱基T、C、A和G的平均含量分别为27.7%,30.7%,24.5%和17.1%,包括61个变异位点,其中单位点突变16个,简约信息位点45个,变异位点以C/T间的转换为主。6个群体中共检测到38种单倍型,单倍型多样性（Hd）为0.886,核苷酸多样性（π）为0.01094,群体整体遗传多样性高,湖北和山东群体遗传多样性都较高（Hd>0.8）,湖南群体和江西群体的遗传多样性次之（Hd>0.5）,而安徽和重庆两个群体的遗传多样性都较低（Hd<0.5）。6个群体间有显著的遗传分化,基因交流贫乏（Nm<1）。群体分子变异分析（AMOVA）显示,6个黄鳝地理种群群体内的遗传变异高于群体间的遗传变异,其遗传变异主要发生在群体内部。遗传结构和系统发育树显示湖南群体与其他5个群体的遗传关系较远。重庆群体可能由单一或很少几个群体进化而来的,起源比较单一。就目前而言,黄鳝野生种质资源遗传多样性丰富,苗种频繁流动和人工养殖尚未对其种群结构造成较大影响,仍有较强的环境适应能力和良好的育种潜力。 相似文献
17.
天鹅洲通江型长江故道“四大家鱼”种群遗传结构研究 总被引：12，自引：0，他引：12
利用淀粉胶电泳技术，对天鹅洲通江型故道青鱼（Ｍｙｌｏｐｈａｒｙｎｇｏｄｏｎｐｉｃｅｕｓ）（６０尾），草鱼（Ｃｔｅｎｏｐｈａｒｙｎｇｏｄｏｎｉｄｅｌｕｓ）（４０尾），鲢（Ｈｙｐｏｔｈａｌｍｉｃｈｔｈｙｓｍｏｌｉｔｒｅｉｘ）（４０尾），鳙（Ａｒｉｓｔｉｃｈｔｈｙｓｎｏｂｉｌｉｓ）（４０尾）的心、眼、脑、白肌、肝五种组织中ＬＤＨ、ＭＤＨ、Ｇ６ＰＤＨ及ＥＳＴ四种同工酶进行分析，并对这几种酶的一系列基因座位作了比较和定位，以此分别计算青、草、鲢、鳙的种群遗传变异率，为构建通江型长江故道“四大家鱼”种质资源生态库提供重要依据。 相似文献
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为全面了解三峡库区小型鱼类优势物种似鳊（Pseudobrama simoni）群体的遗传结构，利用线粒体细胞色素b（Cyt b）基因序列分析了三峡库首的太平溪（干流）、青干河（支流）和袁水河（支流），库中的万州（干流）和甘井河（支流）以及库尾的木洞河（支流）和嘉陵江（支流）共7个似鳊群体的遗传多样性、群体之间的遗传分化情况和种群的历史动态。结果显示，三峡库区似鳊群体遗传多样性较低，单倍型多样性为0.061~0.326、核苷酸多样性为0.005%~0.036%；分子方差变异分析（AMOVA）表明，似鳊群体的遗传变异绝大部分源自于群体内部（99.82%），只有0.18%的变异来自群体之间；遗传分化指数（Fst）显示，所有群体之间不存在显著的遗传分化；系统进化树和单倍型网络图表明，三峡库区似鳊群体没有形成明显的系统地理格局；Mantel 检验显示，三峡库区各似鳊群体群体之间的遗传分化程度与地理距离的远近无相关性；中性检验Tajima''s D值和Fu''s Fs值表明，三峡库区似鳊群体在6.58万年前可能发生过种群扩张现象。 相似文献
19.
随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。 相似文献
20.
为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(Fst)为0.06199(P<0.01),两两群体间的Fst显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。 相似文献