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通过对马蓝转录组数据分析,从马蓝叶片cDNA中克隆得到了色氨酸合成酶基因完整的编码序列(CDS),长度为807 bp,命名为BcTSA(GenBank登录号:MG857654),可编码269个氨基酸,并对其蛋白质理化性质、结构域、跨膜区、信号肽、磷酸化位点、糖基化位点、编码蛋白的二、三级结构、亚细胞定位进行了分析。蛋白序列多重比对结果显示与其他植物的TSA蛋白序列具有一定的同源性,并通过qRT-PCR法检测BcTSA基因在不同器官的表达与外源激素茉莉酸甲酯(MeJA)、脱落酸(ABA)、水杨酸(SA)诱导表达情况。推测其编码的蛋白为亲水蛋白,相对分子质量为28.9 kD,理论等电点(pI)为5.65,无跨膜区;亚细胞定位分析结果显示,BcTSA定位在叶绿体中的可能性大,没有信号肽;有18个磷酸化位点,存在6个潜在的糖基化位点,二级结构主要由α-螺旋构成;BcTSA氨基酸序列与其它15种物种氨基酸序列的保守区域达到81.35%的相似性;BcTSA基因在马蓝不同组织中均有表达,在叶中的表达量最高,根中最低;另外,发现BcTSA基因响应外源诱导子对代谢的调控。BcTSA基因的克隆与序列分析,有助于研究BcTSA基因的功能,对提高马蓝有效成分的含量具有重要意义。 相似文献
2.
旨在从分子生物学角度进一步研究鸡免疫刺激因子白细胞介素2(IL-2),探究IL-2蛋白结构。根据GenBank发表的IL-2序列设计引物扩增IL-2基因,将其克隆到p GM-T载体后进行鉴定,鉴定正确的pT-IL-2重组质粒,然后对其进行序列分析。应用生物信息学软件对IL-2序列进行跨膜区、磷酸化位点、氨基酸序列、开放阅读框进行分析和IL-2蛋白的三级结构进行预测。核苷酸序列测定结果表明:IL-2基因片段为430 bp,编码143个氨基酸。生物信息学分析结果表明:本实验获得的IL-2基因编码的蛋白质中含有1个丝氨酸和3个苏氨酸,这可能成为蛋白激酶磷酸化的位点。IL-2蛋白可能在5~28位含有跨膜区。其蛋白二级、三级结构预测结果显示其属于亲水性蛋白,多为α-螺旋、β-转角和N端无规卷曲结构。该结果为IL-2的分子生物学探究奠定了基础。 相似文献
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为了能够更好地选育高钾烟草品种,本研究根据烟叶钾元素含量全基因组关联分析结果,克隆了烟草质子泵互作蛋白NTPpi1的基因序列。生物信息学分析发现,NTPpi1基因长度为1 834 bp,开放读码框为981 bp,编码的蛋白质序列由326个氨基酸组成;蛋白质分子量为145.3 kD,蛋白质等电点为5.00;通过在线软件TMHMM 2.0 Server预测发现,该蛋白存在一个跨膜的螺旋结构,且跨膜长度有23个氨基酸。氨基酸序列多序列比对分析结果显示,NTPpi1的氨基酸序列与其他植物Ppi1氨基酸序列的一致性为80.82%。通过NetPhos 3.1 Server软件对质子泵互作蛋白NTPpi1的磷酸化位点进行预测,发现有29个可以磷酸化的位点,其中第321位的Threonine磷酸化位点位于跨膜区域,推测这个位点可能是该蛋白与ATP酶质子泵相互作用的位点。以上结果的发现为高钾烟草品种的选育提供一定的理论支持。 相似文献
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为获得甜樱桃PaGAST 基因的cDNA 序列,并预测该基因编码蛋白的结构与功能,以草莓FaGAST1 基因序列为探针,通过基于NCBI数据库中表达序列标签的电子克隆技术对甜樱桃PaGAST 基
因进行克隆。利用生物信息学方法对其编码蛋白的理化性质、疏水性和亲水性、信号肽序列、跨膜结构域、亚细胞定位及功能等方面进行分析。结果表明：甜樱桃PaGAST 基因长度为750 bp,开放阅读框长度为324 bp,编码107 个氨基酸,N末端存在信号肽序列,C末端含有保守的GASA结构域。由于PaGAST蛋白中含有的疏水性氨基酸残基较多,该蛋白具有跨膜螺旋区,是一种跨膜蛋白,且有10 个预测的蛋白激酶磷酸化位点。亚细胞定位分析表明,PaGAST蛋白分布在细胞膜外的可能性很大。功能预测显示,PaGAST 基因可能具有响应胁迫应答、信号转导和免疫应答方面的功能。进化分析显示甜樱桃PaGAST蛋白与桃的亲缘关系最近。在一定程度上为甜樱桃PaGAST 基因的克隆及功能鉴定奠定理论基础。 相似文献
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为获得甜樱桃PaGAST基因的cDNA序列,并预测该基因编码蛋白的结构与功能,以草莓FaGAST1基因序列为探针,通过基于NCBI数据库中表达序列标签的电子克隆技术对甜樱桃PaGAST基因进行克隆。利用生物信息学方法对其编码蛋白的理化性质、疏水性和亲水性、信号肽序列、跨膜结构域、亚细胞定位及功能等方面进行分析。结果表明:甜樱桃PaGAST基因长度为750 bp,开放阅读框长度为324 bp,编码107个氨基酸,N末端存在信号肽序列,C末端含有保守的GASA结构域。由于PaGAST蛋白中含有的疏水性氨基酸残基较多,该蛋白具有跨膜螺旋区,是一种跨膜蛋白,且有10个预测的蛋白激酶磷酸化位点。亚细胞定位分析表明,PaGAST蛋白分布在细胞膜外的可能性很大。功能预测显示,PaGAST基因可能具有响应胁迫应答、信号转导和免疫应答方面的功能。进化分析显示甜樱桃PaGAST蛋白与桃的亲缘关系最近。在一定程度上为甜樱桃PaGAST基因的克隆及功能鉴定奠定理论基础。 相似文献
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茶树生长素外运载体基因CsPIN3的克隆与表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
从实验室前期茶树冷驯化转录组测序结果中筛选拼接得到1条与其他植物PIN蛋白高度相似的EST序列,采用反转录PCR结合RACE技术从茶树中克隆到生长素外运载体基因PIN3的全长cDNA序列,命名为CsPIN3 (GenBank登录号为KP896474)。CsPIN3全长2654 bp,包含1926 bp的完整开放阅读框(ORF),编码641个氨基酸;生物信息学分析显示,CsPIN3编码的蛋白质分子量为70.15 kD,理论等电点为8.42,是一种非分泌性蛋白;亚细胞定位显示,CsPIN3主要分布于质膜上,在内质网中有少量分布,是典型的膜蛋白;氨基酸序列分析表明CsPIN3编码蛋白由两端的疏水区和中间的亲水区构成。疏水区内有多个跨膜螺旋,其中N端疏水区有5个跨膜螺旋,C端有4个,与水稻的PIN蛋白结构相似。亲水区存在2个可变结构域,还存在着糖基化位点和磷酸化位点以及调控PIN蛋白内吞作用的NPNXY保守内在构型(Inner Motif, IM),如PIN蛋白特有的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(PID/PINOID)磷酸化活性位点--TPRXS(N/S)结构域;相似性及系统进化分析表明,该基因编码的氨基酸序列具有较高的保守性,与杨树、葡萄、柑橘、烟草、番茄、马铃薯、和芝麻等植物的PIN序列相似性在80%以上,与茄科植物的亲缘关系最近。在拟南芥PINs蛋白中,AtPIN3与茶树CsPIN3的亲缘关系较近。组织表达特异性分析表明 CsPIN3在茶树根、茎、叶、花中均有表达,在花中的表达量较高,在茎、叶中的表达量略高于根部。实时定量PCR分析显示,CsPIN3在龙井43茶树越冬芽萌发阶段的表达量高于休眠阶段(休眠初期到膨大期之间),在茶芽萌动过程中表达上调的速度明显。推测该基因可能与茶树越冬芽休眠的维持和解除相关。
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大鲵虹彩病毒-LY株主要衣壳蛋白基因克隆和分子特征研究 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】明确大鲵虹彩病毒-LY株主要衣壳蛋白（mcp）基因分子特征和我国不同CGSIV毒株mcp 基因变异及病毒的系统进化关系。【方法】克隆了CGSIV-LY株 mcp基因,并运用生物信息学软件对获得的基因信息进行了分析。【结果】CGSIV-LY 株mcp基因全长1392bp,可编码463个氨基酸。预测蛋白质分子量为50.03ku,理论等电点是5.75,为亲水性可溶蛋白。CGSIV-LY 株mcp不含有信号肽;没有跨膜区存在;抗原表位预测显示抗原性良好;结构预测显示,存在8个潜在的N-糖基化位点,存在17个潜在的O-糖基化位点和20个潜在的磷酸化位点。CGSIV-LY 株 mcp二级结构中无β-折叠,无规则卷曲占57.66%,延伸链占31.11%,α- 螺旋占11.23%,主要以延伸链和无规则卷曲为主。氨基酸序列包含3个结构域：氨基酸N末端,氨基酸C末端和capsid_NCLDV保守区结构域,并在氨基酸序列的第414~436区存在一个低复杂度域。氨基酸序列多重比对和基于mcp氨基酸序列构建的蛙病毒属成员系统进化树分析结果显示,包括CGSIV-LY 株在内的我国出现的不同CGSIV毒株之间mcp 基因差异很小,为平行进化关系,共同聚为蛙病毒属成员独立的一支。【结论】CGSIV-LY 株 mcp为可溶性亲水蛋白,具有良好的抗原性和较为丰富的潜在糖基化位点和磷酸化位点。其蛋白二级结构以延伸链和无规则卷曲为主。我国出现的不同CGSIV毒株mcp基因差异很小,应具有基本一致的分子结构和特征。 相似文献
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有机阴离子转运多肽1B1 (OATP1B1)是有机阴离子转运多肽OATP超家族的膜转运蛋白,在药物的吸收、分布、代谢、排泄过程中发挥着重要的作用。本研究从美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库中检索OATP1B1膜蛋白的氨基酸序列,运用生物信息学在线分析软件对OATP1B1蛋白的理化性质、保守结构域、跨膜区、信号肽、磷酸化位点、糖基化位点及相互作用蛋白拓扑网络进行了预测分析。结果表明,OATP1B1为疏水性蛋白,分子中存在12个跨膜结构域,无信号肽序列,有多个磷酸化位点和糖基化位点,是高度磷酸化的糖蛋白。蛋白质二级结构软件在线预测显示,无规则卷曲占46.16%,α-螺旋占34.15%,延伸链占17.66%,β-转角占2.03%。对其相互作用蛋白的拓扑网络预测发现,OATP1B1主要参与胆汁酸,胆汁盐,甲状腺激素等的转运,与药物转运进肝细胞密切相关,另外还参与胆汁分泌。本研究可为研究OATP1B1的药物转运、代谢、排泄机制和联合用药提供理论基础。 相似文献
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《分子植物育种》2021,(13)
于PacBio SMRT单分子实时测序技术进行3代转录组测序,辅以2代测序,构建出一个完整的,准确的南荻Unigene库。通过与近源物种比对后,拼接出南荻(Miscanthus lutarioriparius)纤维素合成酶基因(cellulose synthase gene) CesA4、CesA7和CesA9的序列,并将其命名为MlCesA4、MlCesA7、MlCesA9。使用生物信息学分析软件构建出蛋白质系统进化树,对氨基酸翻译后修饰的磷酸化位点进行预测和分析,对蛋白质的保守结构域进行预测和分析。结果显示,MlCesA4、MlCesA7和MlCesA9基因序列长度分别为2 980、3 310、3 208 bp与高粱和玉米的亲缘关系最近;南荻纤维素合成酶(MlCesA) MlCesA4和MlCesA9有43个磷酸化位点,MlCesA7有48个磷酸化位点;Ml CesA4是不稳定蛋白,具有6个跨膜结构域,其中4个在膜外,3个在膜内,MlCesA7和MlCesA9是稳定蛋白质,具有8个跨膜结构域,其中5个在膜外,4个在膜内。三者都是亲水性蛋白,二级结构均以α-螺旋和无规则卷曲为主。 相似文献
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为了研究CsCCD7蛋白的生物学功能并为CsCCD7的表达调控提供理论依据,使用一系列生物信息学软件、数据库和在线程序,对黄瓜CsCCD7核酸序列及蛋白序列进行分析。结果表明CsCCD7开放阅读框长1665 bp,编码554 AA,与CCD7蛋白同源性高;预测CsCCD7位于黄瓜第6号染色体上、基因全长含7个外显子和6个内含子。CsCCD7分子量是62.7 KDa、是不稳定蛋白;其蛋白序列中富含磷酸化位点;此蛋白为非分泌型蛋白、无跨膜结构域;预测其定位于叶绿体;此蛋白二级结构预测表明β折叠和β转角加起来的量多于α螺旋的量、为亲水性蛋白质;其二级结构和三级结构预测显示属于类胡萝卜素双加氧酶家族成员。CsCCD7属于CCDs蛋白家族成员、为黄瓜腋芽生长抑制基因的同源基因,可能在黄瓜腋芽生长和发育阶段对独角金内酯的合成和信号转导途径中起到重要作用,CsCCD7有进一步研究的价值。 相似文献
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针对间作用大豆选育需兼顾高产优质和短生育期、少分枝、株高适中耐遮荫等性状的特点,本研究对38个待选配大豆亲本的8个农艺性状及2个品质性状进行遗传分析,并利用变异系数、相关性、主成分、系统聚类等分析法对杂交亲本进行综合评价。结果表明,38个大豆亲本的性状差异较大,变异丰富,变异系数为7.52%~35.25%,其中,农艺性状以分枝数的变异系数最大,主茎节数的变异系数最小。通过农艺性状的相关性分析发现,产量和分枝数、百粒重之间,百粒重与株粒数之间存在负相关;蛋白质、脂肪含量与大部分性状都存在负相关。通过主成分分析发现,前5个主成分累计贡献率为85.24%,筛选出综合得分较高的12个亲本供选配。通过对产量及其构成农艺性状聚类分析发现,38个大豆杂交亲本可聚成四大类群,第Ⅱ类群各性状表现集中,株高低,可作为矮杆基因源选配,第Ⅲ、Ⅳ类群做亲本选配高产杂交后代的潜力较大。通过对品质性状聚类分析发现,38个大豆杂交亲本可聚成四大类群,第Ⅱ类群为高脂肪类群,第Ⅲ、Ⅳ类群为高蛋白类群。由此可将间作用大豆品种选育亲本选配分为产量兼顾目标性状的亲本选配和品质兼顾目标性状的亲本选配两种方案,可根据产量目标或品质目标选配亲本,为间作用大豆杂交组合配置提供理论参考。 相似文献
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为探索产业精准扶贫方法、更好推进四川产业精准扶贫,首次运用多重对应分析法进行了产业精准扶贫关联度分析,发现四川贫困县的地理位置、产业、技术需求环节、技术需求对象之间存在关联。川西、川南的企业对中药材加工技术需求意愿更强,川南、川东的专合组织对经济作物技术需求意愿更强,川西的政府部门对林业、特色水果、畜禽的种植或养殖技术需求意愿更强。提出了产业精准扶贫的任务是"产业定位精确、科技着力精准、技术服务精细",可通过"立足需求、对口支援、项目引导、企业带动"的路径实现,但要处理好生产与市场、政府与市场、创新与服务的关系。 相似文献
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基于秩相关和聚类分析的小麦品质分析 总被引：1，自引：1，他引：0
探讨小麦品质之间的差异,以期为培育小麦品质和小麦加工提供理论支持。以23个小麦品种为实验材料,用相关分析、聚类分析等对小麦品质进行分析,测得小麦质量、蛋白质含量、稳定时间等8项品质指标,研究8个品质指标之间的相互关系,并且对23个品种进行聚类分析。结果表明,面团稳定时间变异系数最大,其值为60%;通过秩相关处理后进行相关分析,更能够反映参数之间的相关性,蛋白质含量与湿面筋相关系数为0.8,拉伸阻力与稳定时间的相关系数为0.85,延展性与湿面筋相关系数为0.68,稳定时间与沉降值相关系数为0.67;小麦品种聚类后分为5类,品种15为第1类,品种14为第2类,品种1、9、16、10为第3类,品种2、8、5、21、17、18为第4类,其他品种为第5类。 相似文献
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Most applications of shift-share analysis to regional employment change have used a study period of several years and have examined conditions only at the beginning and end years. This comparative static approach does not take into account the continuous changes in both industrial mix and size of total employment of the region over the study period. Calculating the national growth effect, the industrial mix effect, and the competitive effect on an annual basis and then summing the results over the study period provides a more accurate allocation of job changes among the three shift-share effects. This approach, which we term dynamic shift-share analysis, also allows unusual years and years of economic transition to he identified. We illustrate the use of dynamic shift-share by presenting results of an analysis of New England employment growth from 1939 to 1984, using U.S. Bureau of Labor Statistics data. The use of the dynamic form of shift-share is important when the study period is characterized by either large changes in regional industrial mix or major differences between regional and national growth rates. 相似文献
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基于文献计量的水稻基因组学研究趋势以及热点分析 总被引：5，自引：3，他引：2
为了探究国际水稻基因组学研究的发展现状和趋势,以及目前的研究热点,给相关科研人员和决策者提供一定的数据参考。基于Web of Science 数据库,利用文献计量学统计分析方法,对发文量排名前10 位的国家、研究机构、作者、载文期刊、学科以及高被引文献进行统计分析;利用文献题录信息统计分析工具SATI 对高频关键词及核心作者构建可视化知识图谱。结果显示,共检索了68 个国家于1995—2014 年间发表的文献1537 篇,文献数量呈现稳定增长趋势,尤其以中国发文量增长最为明显。发文量排名前5 位的国家分别是美国、中国、日本、印度、法国;其中美国、中国、日本的文献总被引频次也位居全球前三甲。中国科学院、日本国家农业生物科学研究所、加利福尼亚大学戴维斯分校、康奈尔大学、华中农业大学是全球范围内该领域发文量大且文献被引频次较高的研究机构。核心作者统计结果显示,美国、日本、中国的高产活跃作者最多。高被引文献美国有8 篇,中国1 篇。综合结果表明,美国、以及亚洲的中国、日本在水稻基因组学研究领域处于优势地位;研究热点是功能基因组学、比较基因组学。 相似文献
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Progressive Collapse Analysis (PCA) is the base of quantitative assessment of progressive collapse-resisting capacity and progressive collapse-resisting design. There has been heightened interest among researchers of civil engineering in PCA. PCA of planar RC frame is carried on by vertical nonlinear dynamic analysis based on alternate load path method. According to responses of damage structure, progressive collapse-resisting capacity of remaining structure is evaluated. Two cases of removal of elements are analyzed, removal of columns at different stories on the same axes one by one and removal of all columns on the same axes at the same time. According to analysis of the effect of failure duration on structural progressive collapse, it is showed that the response of remaining structure is highly sensitive to failure duration of elements. The results indicate that vertical nonlinear dynamic analysis is an efficient method of progressive collapse-resisting design and progressive collapse-resisting capacity analysis. 相似文献
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为了研究玉米穗部性状的分离特征,采用玉米杂交种‘先玉335’的双亲‘PH6WC’、‘PH4CV’和‘郑单958’的双亲‘郑58’、‘昌7-2’杂交组配了四交F2分离群体,对11个穗部性状进行了表型鉴定,并对其进行了相关分析和通径分析。结果显示：穗部各性状变异系数较大,变异系数为7.68%~96.27%,尤其秃尖长变异系数达到了96.27%;穗粒重与穗长、穗粗、穗行数、行粒数、粒长、粒厚、轴粗、百粒重呈极显著或显著正相关;行粒数、百粒重、穗行数、穗长和粒厚对穗粒重的直接通径系数为较大正效应,而粒宽和秃尖长为较大负效应。本研究可为玉米穗部性状的改良提供参考。 相似文献
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LIU Jia qing 《保鲜与加工》2000,(2):74-77
This paper discusses the attribution principle's conception, type and function. It analyzes the advantages and disadvantages of fault deriving from strict liability principle and demonstrates the feasibility of the inclusion of attribution principle in the new Contract Law. 相似文献