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1.
《中国预防兽医学报》2020,(7)
为筛选鼠伤寒沙门菌伴侣蛋白Hfq所调控的基因,本实验基于本研究室前期对指数生长期和稳定期的鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株转录组测序结果,从中随机挑选6个在转录水平差异表达的基因,并通过荧光定量PCR技术验证转录组数据的可靠性,然后在转录组数据可靠的前提下将两个转录组中所有显著差异表达(log_2FoldChang1)的基因GO富集细菌致病机制生物学过程,Pathway富集细菌ABC转运通路和群体感应通路,在富集得到的基因中筛选指数生长期和稳定期均表现为转录水平差异表达且趋势相同的基因。荧光定量PCR检测结果显示,6个基因转录水平差异上调或下调的趋势与转录组分析结果中一致,表明转录组数据可靠,可进行后续的研究。GO与Pathway富集结果显示,在鼠伤寒沙门氏菌hfq基因缺失株指数期和稳定期中均表现为转录水平差异上调或下调且差异倍数均大于2的基因共26个。其中,与细菌致病机制生物学过程相关的13个基因均上调;与细菌ABC转运通路相关的基因11个,其中9个基因转录水平均上调2个基因转录水平均下调;与细菌群体感应相关的2个基因转录水平均上调。26个基因中仅rpoE经验证受Hfq直接调控。以上结果表明,Hfq主要参与细菌致病机制生物学过程以及细菌ABC转运通路的负调控。本研究为后续Hfq靶基因的鉴定及其作用机理的研究提供了理论基础,同时丰富了Hfq调控基因的数目。 相似文献
2.
为筛选与沙门菌小RNA gcvB相关的靶基因,采用高通量的转录组测序(RNA-seq)技术对野生型沙门菌和敲除小RNA gcvB沙门菌的mRNA进行对比分析,全面地预测GcvB的靶基因的数量与种类,通过GO和KEGG数据库对筛选基因进行比对注释,进一步分析筛选基因的主要功能及涉及的生物过程。并利用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证。结果显示:差异表达基因共1 244个,其中基因表达上调678个,基因表达下调566个。GO富集分析显示,差异表达基因主要涉及氧化还原活性、铁离子结合、运动活性等分子功能,细菌鞭毛的细胞成分,细胞呼吸、钴胺素代谢过程和钴胺素生物合成过程等生物过程。KEGG数据库分析显示,差异表达基因主要参与细菌趋化性、卟啉和叶绿素代谢、不同环境中的微生物代谢、双组分系统、甲烷代谢等14个信号通路。对筛选出的10个差异表达基因进行荧光定量PCR验证,结果显示:差异表达基因相对表达量与RNA-seq测序结果基本一致。本研究为进一步探明小RNA gcvB与靶基因相互作用、小RNA的调控机制,以及沙门菌致病机制奠定了基础。 相似文献
3.
《畜牧兽医学报》2019,(12)
旨在鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株转录组测序中分析适应环境变化及细菌分泌通路,筛选相关基因。通过使用实时荧光定量PCR对鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株转录组测序结果进行验证,从而对鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株的细菌趋化性通路、细菌双组分通路、细菌分泌通路进行深入分析,筛选相关的重要调控基因。结果显示:在细菌趋化性通路中筛选出yiaD、STM3138、STM3216和malE等4个共表达基因;在细菌分泌通路中筛选出spaP、invA、prgH、invE、spaS、invG和ssaV等7个共表达基因;在细菌双组分通路中筛选出ybfM、htrA、pagO、STM3138、STM3031、ttrB、hilD、pstS、STM1530、hilA、pgtC、hydH、pocR、STM3216、ttrR和fljB等16个共表达基因。在鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株的趋化性通路、细菌双组分通路、细菌分泌通路中筛选出差异表达基因,hfq能够对这些基因进行调控,从而影响如运动性、毒力等相关作用,为沙门菌中的sRNA与hfq后续研究及沙门菌的防治奠定一定基础。 相似文献
4.
基于转录组测序筛选鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失菌的差异表达基因 总被引：2，自引：2，他引：0
旨在鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株转录组测序中分析适应环境变化及细菌分泌通路，筛选相关基因。通过使用实时荧光定量PCR对鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株转录组测序结果进行验证，从而对鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株的细菌趋化性通路、细菌双组分通路、细菌分泌通路进行深入分析，筛选相关的重要调控基因。结果显示：在细菌趋化性通路中筛选出yiaD、STM3138、STM3216和malE等4个共表达基因；在细菌分泌通路中筛选出spaP、invA、prgH、invE、spaS、invG和ssaV等7个共表达基因；在细菌双组分通路中筛选出ybfM、htrA、pagO、STM3138、STM3031、ttrB、hilD、pstS、STM1530、hilA、pgtC、hydH、pocR、STM3216、ttrR和fljB等16个共表达基因。在鼠伤寒沙门菌hfq基因缺失株的趋化性通路、细菌双组分通路、细菌分泌通路中筛选出差异表达基因，hfq能够对这些基因进行调控，从而影响如运动性、毒力等相关作用，为沙门菌中的sRNA与hfq后续研究及沙门菌的防治奠定一定基础。 相似文献
5.
旨在通过转录组测序技术筛选出共轭亚油酸(conjugated linoleic acids,CLA)影响边鸡胸肌脂类代谢的相关基因,为日粮中CLA调控边鸡脂类代谢的作用机制提供理论依据。本试验选取90日龄健康边鸡180只,随机分为5组,每组3个重复,每组日粮中分别添加不同比例的CLA 0%(对照组)、0.5%、1.0%、1.5%和2.0%,预饲期1周,正饲期6周。饲养试验结束后采集胸肌组织进行转录组测序,使用DESeq2软件对测序数据进行差异表达分析,对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,筛选出与胸肌脂类代谢相关的差异表达基因,利用qPCR对差异表达基因进行验证。通过转录组测序数据分析,共筛选出1 229个差异表达基因,其中594个基因上调,635个基因下调。随机选取9个差异表达基因进行qPCR验证,其相对表达量变化趋势与测序结果一致。GO功能分析发现,差异表达基因主要集中在生物学过程中的细胞过程、单一生物过程、生物调节和代谢过程。KEGG通路富集分析发现,各试验组中差异表达基因显著富集在不同的信号通路中,主要富集在ECM-受体相互作用、黏着斑、吞噬体、细胞凋亡、肌动蛋白细胞骨架调节和细胞因子-细胞因子受体相互作用等通路中。通过GO和KEGG功能注释分析,共筛选出MCAT、APOA1、PTGDS、ALDH3A2、PLTP、FABP3、FOXO1、UCP3和FABP4等18个主要的参与脂类代谢相关的差异表达基因,可能在调控边鸡胸肌脂类代谢中发挥重要的作用。本研究通过转录组测序筛选出CLA影响边鸡胸肌脂类代谢过程中的主要调控基因,发现了日粮中CLA影响差异表达基因作用的主要生物学过程和信号通路,为今后研究CLA影响边鸡胸肌脂类代谢的分子作用机制奠定了基础。 相似文献
6.
7.
为探究高低海拔斑头雁肺脏差异表达基因和差异代谢通路的变化,基于Illumina NovaSeq 6000测序平台对斑头雁肺脏组织进行转录组测序,分析差异表达基因,利用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证,进一步对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果:与高海拔组斑头雁肺脏相比,筛选出差异表达基因84个,其中上调差异表达基因51个,下调差异表达基因33个。经GO功能注释后富集到21个显著性GO功能,"生物过程"显著富集到11个条目,涉及代谢过程以及内源性刺激的应答等。"细胞组成"显著富集到1个条目,涉及到细胞外区域。"分子功能"显著富集到9个条目,涉及到酶活性、激素、转录因子、钠离子跨膜转运等。注释到KEGG的显著性富集通路有3条,涉及到糖胺聚糖降解通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路以及丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢通路。本研究结果丰富了斑头雁的基因资源,为该物种海拔适应相关基因的功能研究奠定了基础。 相似文献
8.
试验旨在探索产肠毒素大肠杆菌（enterotoxigenic Escherichia coli，ETEC）感染猪小肠上皮细胞（IPEC-J2）诱导的microRNA （miRNA）表达谱变化，为解析宿主miRNA在ETEC感染过程中的调控作用提供理论基础。利用Illumina 6000 Novoseq SE50测序平台分别对ETEC感染前后的IPEC-J2进行高通量测序，用Bowtie与参考基因组比对，用DESeq R Package进行miRNA差异性分析。通过miRanda和RNAhybid共同预测差异表达miRNA的靶基因，对差异表达miRNA靶基因进行GO功能和KEGG通路分析。随机选取5个miRNAs，对测序结果进行实时荧光定量PCR验证。结果显示，IPEC-J2在感染前后的sRNA文库经过滤分别得到12 889 260和11 203 056条clean reads。感染前后文库中，miRNA所占比例最高，分别为73.16%和54.10%；分别有97.98%和69.83%长度为18~40 nt的sRNA可比对到参考基因组，表明测序质控良好。长度在22~24 nt的序列大部分首位碱基偏向U，2~8位点出现频率最高的碱基分别为AGCUUAU。共发现311个已知miRNAs，128个新miRNAs。在2个文库中，长度为23 nt的miRNA序列占比最高，分别为41.42%和23.56%。感染后共筛选到140个差异表达miRNAs，其中74个表达上调，66个表达下调。GO分析表明，miRNA靶基因显著富集于代谢过程、正向调节代谢过程、细胞成分或生物合成、免疫系统、细胞内部分和细胞器等功能。KEGG分析表明，差异表达miRNA靶基因显著富集于赖氨酸降解、生产IgA的肠道免疫网络、NF-κB信号通路和T细胞受体信号通路等。实时荧光定量PCR验证结果表明，随机选取的5个miRNAs表达趋势与测序结果一致，表明测序准确可靠。综上所述，IPEC-J2的miRNAs参与了ETEC感染过程，为进一步揭示调控ETEC感染的关键miRNA及其作用机制提供科学依据。 相似文献
9.
旨在对美国短毛黑水貂快速生长过程中转录组差异表达进行分析。本试验将美国短毛黑水貂45、90日龄各3只健康公貂的胸肌组织作为试验材料,利用Illumina HiSeq~(TM)2500高通量测序平台建立转录组文库,对两个生长阶段差异显著性的基因进行GO功能富集和KEGG Pathway分析,寻找调控水貂快速生长期的相关候选基因和代谢通路,并利用qRT-PCR对转录组测序结果进行验证。结果表明,以P0.05,|log_2FC|1为条件筛选到279个显著差异基因,对这些差异基因进行GO和KEGG分析,筛选到与肌肉生长相关显著富集GO条目有66条、相关差异表达基因44个,其中上调20个,下调24个;与肌肉生长相关显著富集KEGG通路12条,如p53信号通路、PPAR信号通路、FOXO信号通路等。这些差异基因可能在水貂的快速生长过程中起到调控作用,可以作为后续研究水貂生长发育的候选基因。本研究结果为探究水貂生长发育调控机制及培育大体型水貂品种奠定基础。 相似文献
10.
【目的】研究不同氧浓度下猪睾丸间质细胞表达谱差异,筛选缺氧导致猪睾丸间质细胞损伤的关键基因。【方法】将猪睾丸间质细胞分为缺氧组(1%氧气,H24组)、正常组(15.75%氧气,N24组),每组3个重复,在相应条件下分别处理24 h,用CCK8法检测细胞存活率;利用转录组测序技术筛选出缺氧组和正常组睾丸间质细胞中的差异表达基因,利用DESeq 2.0软件进行差异表达基因分析,并对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选与氧含量相关的调控基因。【结果】缺氧刺激24 h后,与正常组相比,缺氧组猪睾丸间质细胞存活率极显著降低(P<0.01);转录组测序共获得1 654个差异表达基因,其中1 242个基因上调,412个基因下调。GO功能富集分析发现,共获得富集条目8条,其中生物过程1条,分子功能7条;KEGG通路富集分析发现,共获得10个显著富集的信号通路,包括HIF-1信号通路、JAK-STAT信号通路和糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。通过GO功能和KEGG通路富集分析共获得6个与缺氧应激相关的基因,分别为信号传导及转录激活蛋白5(signal transd... 相似文献
11.
从患病鲟体内分离到1株细菌,通过形态学观察、生理生化特性鉴定、16SrRNA基因序列分析及系统进化树构建等方法对分离菌种属进行确定,采用纸片扩散法对分离菌进行药物敏感性分析。结果显示:分离菌为革兰阴性杆菌;可分解葡萄糖和木糖,氧化酶和鸟氨酸脱羧酶试验阳性;16SrRNA基因测序分析与荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)同源性大于99%,在系统发育树上与荧光假单胞菌聚为一枝;药敏结果显示,分离菌对氧氟沙星、多西环素、复方新诺明等敏感,对氟苯尼考、卡那霉素、阿莫西林等耐药;人工感染试验结果显示,该菌对小鼠有致病力。本研究为贵州地区鲟细菌性疾病预防及合理用药提供依据。 相似文献
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试验旨在对贵州省某养鱼场发病杂交鲟体内分离的优势菌株进行鉴定、致病力探究及耐药性分析。本试验通过革兰染色、生化鉴定、细菌16S rDNA基因分析、动物回归试验、药敏试验、部分毒力基因检测与耐药基因检测。结果显示:分离菌为革兰阴性短杆菌,细菌16S rDNA扩增测序与比对,得大小为1 477 bp的片段,其片段基因序列与GenBank中的维氏气单胞菌序列相似度达99.00%,药敏试验显示:分离菌对环丙沙星、氟苯尼考、头孢哌酮等药物敏感,对四环素、磺胺异唑、苯唑西林药物出现耐药,耐药基因检测显示:分离菌含有耐磺胺基因(Sul1,sul2)、Ⅰ类整合子(Intl1)3种耐药基因,毒力基因检测显示:分离菌含有气溶素(Aer)和粘附素(Aha)两种毒力基因。综合本试验结果,分离菌为维氏气单胞菌(A.veronii),含有毒力基因,并对环丙沙星、氟苯尼考、头孢哌酮等药物敏感。本试验对贵州地区鲟发病流行的病因做出准确诊断,为该地区细菌性鱼病预防与合理用药提供依据。 相似文献
13.
本试验旨在研究杜仲皮水提物对虹鳟(Oncorhynchus mykiss)生长和肌肉品质、质构特性的影响。选取体质健康、平均体重(145.56±4.12) g的虹鳟450尾,随机分为5个组,每组3个重复,每个重复30尾。各组分别在基础饲料中添加浓度为0(对照组)、0.5%、1.0%、2.0%和4.0%的杜仲皮水提物。试验期为10周。结果表明:1)各组之间终末体重、增重率、成活率、特定生长率均无显著差异(P>0.05)。2)各组间肌肉pH45 min、pH24 h均无显著差异(P>0.05)。对照组肌肉pH下降率最高,且显著高于2.0%和4.0%组(P<0.05),0.5%和1.0%组显著高于4.0%组(P<0.05)。3)各组间肌肉离心失水率、冷冻渗出率均无显著差异(P>0.05),1.0%组肌肉滴水损失显著高于其他各组(P<0.05)。4) 4.0%组肌肉弹力和弹性显著高于对照组(P<0.05),4.0%组肌肉胶着性和咀嚼性显著高于1.0%组(P<0.05),4.0%组肌肉内聚性显著高于1.0%、2.0%和对照组(P<0.05)。5) 1.0%和4.0%组肌肉肌纤维直径显著低于对照组(P<0.05)。肌肉肌纤维密度随着杜仲皮水提物浓度的增加而增大,0.5%、1.0%、2.0%和4.0%组之间肌纤维密度无显著差异(P>0.05),但均显著高于对照组(P<0.05)。综合以上各项指标,建议饲料中添加浓度为4.0%杜仲皮水提物以改善虹鳟肌肉品质。 相似文献
14.
本试验旨在研究过瘤胃蛋氨酸(RPMet)对黔北麻羊生长性能、养分表观消化率、血浆生化指标及瘤胃发酵的影响。选择18只体况良好、体重[(27.08±2.92)kg]和年龄相近的黔北麻羊,随机分为3组,每组6个重复,每个重复1只羊。对照组饲喂基础饲粮,Ⅰ、Ⅱ组在基础饲粮中每只羊分别添加5、10g/d的RPMet。预试期14d,正试期7d。结果表明:1)各组山羊生长性能指标差异不显著(P>0.05)。2)Ⅱ组粗蛋白质表观消化率显著高于对照组(P<0.05),各组其他养分表观消化率差异不显著(P>0.05)。3)各组血浆生化指标差异不显著(P>0.05)。4)各组瘤胃pH及挥发性脂肪酸浓度差异不显著(P>0.05)。由此可见,在现有饲养标准的基础上,饲粮中添加10g/dRPMet可提高黔北麻羊粗蛋白质表观消化率,且不影响生长性能、血浆生化指标及瘤胃发酵。 相似文献
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猪LYRM1基因对脂肪沉积的影响研究 总被引：1，自引：1，他引：0
旨在探究LYRM 1对脂肪沉积的影响。本研究采用qRT-PCR法检测LYRM1基因在10月龄白洗猪不同组织中的表达水平;PCR扩增白洗猪LYRM1基因的CDS区,构建pEGFP-N3-LYRM1重组质粒,利用脂质体转染法转染pEGFP-N3-LYRM1重组质粒进入白洗猪皮下脂肪前体细胞,通过检测细胞培养基中三酰甘油浓度,利用血清饥饿法和MTT法检测细胞凋亡水平;qRT-PCR检测LYRM1、PPARγ、ATGL、FAS基因的mRNA表达水平。结果显示,LYRM1基因在白洗猪脂肪组织中表达量最高;成功转染pEGFP-N3-LYRM1重组质粒进入白洗猪皮下脂肪前体细胞,转染试验组培养基中三酰甘油浓度大于空白对照组,试验组与空白对照组的细胞凋亡速率一致,未见显著差异;试验组LYRM1、PPARγ、ATGL、FAS基因的mRNA表达量极显著高于对照组(P<0.01)。综上表明,LYRM1基因超表达可提高三酰甘油的浓度,促进脂肪沉积,提高脂肪沉积相关基因mRNA的表达水平,间接提高脂肪沉积水平。因此认为,LYRM1基因可作为探究影响脂肪沉积的候选基因,为研究脂肪沉积机制提供理论基础。 相似文献
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旨在利用GST pull-down技术验证新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)基质(matrix,M)蛋白与鸡importinβ1蛋白在体外的相互作用。根据NDV ZJ1株M基因和鸡importinβ1基因序列设计引物,通过PCR扩增获得NDV M基因和鸡importinβ1基因,将其分别定向插入到原核表达载体pGEX-6p-1和pET-32a(+)构建重组原核表达载体pGEX-6p-M、pET-32a-importinβ1,然后转化至大肠杆菌BL21(DE3)后进行IPTG诱导表达,SDSPAGE检测重组蛋白的表达情况,并对包涵体重组蛋白进行变性和复性处理。然后以GST-M重组蛋白为诱饵蛋白,His-importinβ1重组蛋白为猎物蛋白,利用GST pull-down技术验证M蛋白与importinβ1蛋白的相互作用。结果表明,成功构建了重组原核表达载体pGEX-6p-M和pET-32a-importinβ1,将其转化至大肠杆菌BL21(DE3)获得了正确表达。SDS-PAGE电泳检测显示GST-M重组蛋白主要以包涵体形式存在,而His-importinβ1重组蛋白以可溶性和包涵体两种形式存在。利用蛋白重折叠试剂盒获得了有活性的GST-M重组蛋白,将其作为诱饵蛋白,可以捕获并检测到His-importinβ1重组蛋白,但是GST标签蛋白不能结合His-importinβ1重组蛋白。利用GST pull-down技术证实了NDV M蛋白与鸡importinβ1蛋白在体外具有直接的相互作用,这为深入研究importinβ1蛋白在NDV M蛋白细胞核定位的分子机制以及在NDV复制和致病中的作用奠定了基础。 相似文献
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为了解贵州省是否存在内源性禽白血病病毒(ALV)感染情况,试验选取无明显ALV症状的送检病料,采用RTPCR方法对ALV进行扩增。结果:扩增出1条744 bp左右的目的条带。对扩增产物进行测序和基因序列分析,同源性分析结果表明:序列与E亚型ALV中的ev-1、ev-3株同源性最高(99.5%),与J亚型ALV中的HPRS-103株同源性较低(42%)。系统进化树中该序列与内源性ALV中的ev-1、ev-3株属同1个分支,亲缘关系最近,说明其属于内源性ALV。 相似文献
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本试验通过在饲粮中添加不同水平的辣木梗粉,研究其对1～28日龄蛋雏鸭生长、免疫及抗氧化功能的影响,以探讨辣木梗粉的适宜添加量。试验选取健康、体重相近的1日龄三穗蛋雏鸭135只,随机分为3组(Ⅰ～Ⅲ组),每组3个重复,每个重复15只试鸭。采用基础饲粮加辣木梗粉进行饲喂,Ⅰ组(对照组)饲喂基础饲粮,Ⅱ、Ⅲ组在基础饲粮中添加20 g/kg和40 g/kg辣木梗粉,试验期4周。结果表明:20 g/kg辣木梗粉添加组的平均日采食量(ADFI)分别比空白对照组和40 g/kg辣木梗粉添加组显著提高8.6%和9.8%(P <0.05);20 g/kg和40 g/kg g辣木梗粉添加组的平均日增重(ADG)分别比空白对照组显著提高11.8%和18.3%(P <0.05);40 g/kg辣木梗粉添加组的料重比(F/G)分别比空白对照组和20 g/kg辣木梗粉添加组显著降低16.2%和14.1%(P <0.05);20 g/kg和40 g/kg辣木梗粉添加组血清白蛋白(ALB)含量比对照组分别显著提高39.1%和49.5%(P <0.05);20 g/kg辣木梗粉添加组的免疫蛋白M(IgM)含量比空白对照组显著提高了1.6%(P <0.05);20 g/kg辣木梗粉添加组的血清丙二醛(MDA)含量比空白对照组显著减少33.16%(P <0.05)。综上,在基础饲粮中添加适量的辣木梗粉可提高1～28日龄蛋雏鸭的免疫及抗氧化功能,对辣木梗粉在蛋雏鸭的应用上提供了参考依据。 相似文献
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为建立鉴别鸭瘟病毒(DPV)、鹅细小病毒(GPV)和番鸭细小病毒(MDPV)的多重PCR检测方法,参考文献合成针对DPVUL6基因、GPVNS基因和MDPVVP1基因序列的特异性引物。通过优化多重PCR反应中的引物浓度和退火温度,建立快速鉴别3种病毒的多重PCR方法,并对该方法的特异性、敏感性和重复性进行检验。结果显示,该方法对禽流感病毒、新城疫病毒、鸭肝炎病毒、鸭源巴氏杆菌、鸭疫里氏杆菌的核酸扩增结果均为阴性,表明特异性较强;DPV、GPV和MDPV的最低核酸检出量分别为237.3pg、22.45pg和204.6pg,表明敏感性良好;该方法对DPV+GPV+MDPV、DPV+GPV、DPV+MDPV、GPV+MDPV、DPV、GPV和MDPV的核酸均能扩增出与预期大小一致的目的条带,表明该多重PCR方法重复性较好。本研究方法具有特异性强、敏感性良好、重复性较好和快速简便等特点,可用于DPV、GPV和MDPV临床感染病例的联合检测与鉴别诊断。 相似文献