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1.
以无芒隐子草干旱诱导的cDNA文库中获得的一个与S-腺苷甲硫氨酸合成酶(SAMS)基因同源性较高的EST序列为基础,采用RT-PCR技术克隆该基因全长序列(命名为CsSAMS1),该序列全长1 399 bp,编码397个氨基酸,具有SAMS基因的典型结构特征。无芒隐子草SAMS1蛋白为亲水性蛋白,无跨膜结构域,其空间结构主要由α-螺旋和无规则卷曲结构构成。与近缘植物SAMS的氨基酸序列多重比较分析表明,不同植物的SAMS的氨基酸相似程度非常高(92%~100%), 其中无芒隐子草与水稻的相似性最高(99%), 说明SAMS基因在植物进化中非常保守。CsSAMS1基因在无芒隐子草幼苗干旱过程中的半定量和实时定量RT-PCR表达模式分析均表明,干旱胁迫诱导该基因在根中大量表达, 叶中表达量变化不明显。CsSAMS1基因受干旱胁迫的诱导表达,为进一步探讨其应用于草类作物抗旱性的遗传改良奠定了基础。 相似文献
2.
《中国蜂业》2021,(5)
转座因子(TEs)是真核生物基因组的主要序列成分,对真核生物基因组的结构、功能及进化具有重大影响。近年来,虽然有关昆虫转座子的研究在不断增加,并且科学家成功地应用转座子进行了功能基因的挖掘,但相关研究主要集中于双翅目的果蝇中。本研究利用生物信息学方法,基于de novo预测和结构预测两种策略,对地熊蜂参考基因组中的转座子进行了详细鉴定、分类和注释,并鉴定出潜在活跃的转座子。结果显示:虽然转座子序列仅占地熊蜂基因组全部序列的3.74%,但其超家族种类繁多,鉴定出的33282个转座子分属于22个超家族。本研究鉴定出2种具有潜在活性的MITE转座子,它们很可能正在地熊蜂基因组中发生转座。本研究为利用活跃的转座子创制地熊蜂的突变体库进而挖掘熊蜂的功能基因奠定了重要基础。 相似文献
3.
由于苜蓿品种间遗传差异日益缩小,通过传统形态学鉴定表型愈加困难。在苜蓿育种过程中,利用分子标记可大大提高育种效率和品种鉴定。反转录转座子长末端重复序列（LTR）广泛分布在植物基因组中,基于LTR的分子标记具有丰富的多态性和高信息量等优势,被广泛用于物种品种鉴定、评价种质资源多样性等方面。本研究在全基因组水平鉴定和设计了大量蒺藜苜蓿LTR反转录转座子扩增多态性（IRAP）标记,并利用其对国内外40个紫花苜蓿种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,根据设计开发出的431个IRAP引物,并按照其染色体位置信息组合获得69对IRAP引物。利用筛选出的37对多态性引物组合共扩增出325个等位位点,平均每个标记可产生8.8个等位位点;多态性条带比率（PPB）为50%~100%,平均值为79.9%;多态性信息含量（PIC）的范围为0.34~0.88,平均值为0.69。基于遗传相似系数（GS）对供试品种采用算术平均值非加权组平均法（UPGMA）进行聚类分析,以0.82为阈值可将40份供试材料分为4类,其分组结果与不同材料地理分布信息以及STRUCTURE分析相对一致。本研究首次在蒺藜苜蓿全基因组水平上开发了IRAP分子标记并在紫花苜蓿种质资源中进行评价与应用,获得的大量IRAP分子标记可对后续苜蓿品种的鉴定保护以及遗传背景分析提供技术支撑。 相似文献
4.
转座子可以由染色体的一个位置移动到另外位置,改变原有基因的结构和排序,从而导致基因改变。转座子可分为2大类,第1类转座子又有多种类型,这类转座子能以染色体DNA转录形成的RNA为模板,经反转录酶作用合成DNA并插入到基因组中;第2类转座子则直接在基因组中来回移动,不形成RNA,也与反转录酶的作用无关。用于昆虫重组的转座子几乎都是第2类转座子,其末端具有反向重复序列,中间部分为转座酶基因,此基因可产生转座酶,使末端重复序列与其内侧的目标序列移动,即将目标序列部分切出,并重组到染色体的其它部位上。因此,可利用这类转座子进行转… 相似文献
5.
采用聚合酶链反应或反转录聚合酶链反应扩增出H5亚型禽流感病毒(AIV)的HA基因、网状内皮增生症病毒的长末端重复序列(LTR)、马立克氏病病毒(MDV)Rispens CVI988毒株基因组的sorf 1和sorf 2序列、两端带loxp位点的lac/smGFP标志基因,构建含这些基因的转移载体质粒pMHA;以MDV Rispens CVI988毒株的基因组DNA和PMHA质粒DNA共转染鸡胚成纤维细胞(CEF),采用同源重组方法将LTR、lac/smGFP和HA基因插入到MDV基因组,获得重组病毒rMDV-HA/GFP;以cre介导的同源重组去除lac/smGFP标志基因,再转染CEF,获得仅带LTR启动子和HA基因的重组MDV疫苗毒株rMDV-HA.rMDV-HA仍保留了MDV RispensCVI988疫苗毒株的复制特点,并能稳定表达AIV的HA. 相似文献
6.
《中国预防兽医学报》2021,(4)
为筛选与鉴定牛源大肠杆菌耐四环素类药物的耐药相关基因,本研究从67份犊牛腹泻病料样品中分离细菌。采用生化和PCR方法鉴定分离菌,通过K-B法检测分离菌的药物敏感性,并选定一株多重耐药菌;通过杂交的方法,将供体菌携带的转座子插入到该分离菌(亲本菌)的染色体中,并通过转座子携带的卡那霉素抗性筛选转座子的插入突变株文库;分别利用含1/2 MIC四环素、米诺环素、强力霉素和卡那霉素的LB培养板对插入的突变株进行筛选,以获得对四环素类药物敏感的突变株;利用Taq I对四环素类药物敏感突变株基因组酶切后,以随机方式连接linker并作为模板经套式PCR扩增并测序,将测序结果与大肠杆菌O157株的染色体序列比对以确定转座子破坏的基因。结果显示,通过细菌的分离鉴定与药敏试验选定了一株耐18种抗生素的牛源大肠杆菌;经杂交方法及卡那霉素抗性筛选共获得3 000株转座子插入突变的大肠杆菌;且共筛选出10株对四环素类抗生素均敏感的突变株;通过套氏PCR扩增及序列比对分析结果显示,四环素类抗生素突变株中转座子破坏的基因为磷酸烯醇式丙酮酸蛋白磷酸转移酶I(ECs4877)和H-NS核蛋白(ECs1739)。本研究结果首次证实Ecs4877和Ecs1739基因是牛源大肠杆菌潜在的四环素类药物的耐药相关基因。本研究筛选出的耐药相关基因为深入了解大肠杆菌的耐药机制、寻找药物作用的新靶点具有重要意义。 相似文献
7.
本研究旨在通过不同品种绵羊背最长肌的全基因组甲基化差异分析,鉴定差异甲基化区域（DMR）和差异甲基化基因（DMG）,为解析绵羊骨骼肌发育差异奠定基础。采用全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）技术开展了周岁龄滩羊、湖羊和滩湖F2代背最长肌全基因组DNA的甲基化水平检测和差异甲基化区域分析,探讨品种间DNA甲基化水平的差异。结果显示,全基因组范围内滩羊、湖羊和滩湖F2代胞嘧啶（C）甲基化（mC）率分别为3.55%、3.18%和3.56%,3个群体的甲基化水平基本一致。对滩羊和湖羊的甲基化水平进行比较,在不同序列环境下共检测到97 731个DMRs和10 784个DMGs。在CG、CHH、CHG序列环境下3个群体甲基化水平无显著差异。对DMGs通过基因本体（GO）和相关信号通路（KEGG）分析,共检测到419个GO条目和20个信号通路,显著富集在细胞过程、细胞组分、结合、长期抑制等相关条目中。筛选出5个与肌肉调控有关的候选基因ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3、MYH10。本研究绘制了滩羊、湖羊和滩湖F2代全基因组甲基化图谱,为表观遗传调控肌肉发育研究和肉质候选基因的筛选提供理论参考。 相似文献
8.
CPA（cation proton antiporter）超家族通过转运质子和一价金属离子调节细胞内离子和pH稳定。阳离子质子转运体（cation/H+ exchanger,CHX）基因家族属于CPA2（cation proton antiporter 2）超家族,其N端有一个Na+/H+ exchanger结构域,对植物维持细胞离子平衡、花器官发育起着至关重要的作用。通过生物信息学手段,系统地分析了蒺藜苜蓿CHX家族基因,通过全基因组筛选共鉴定出47个MtCHXs;染色体定位分析表明蒺藜苜蓿CHX基因分布在8条不同的染色体上;同源性分析显示蒺藜苜蓿和拟南芥亲缘关系近,而与水稻亲缘关系远;进一步进化关系分析将47个MtCHXs基因分为5组,并且各组内成员在基因结构和基序上比较保守;顺式作用元件分析发现MtCHXs基因启动子包含大量光响应元件、激素响应元件以及干旱、低温、创伤响应元件;表达特性分析发现MtCHXs在生殖器官中高表达,并且响应干旱、低温等非生物胁迫。 相似文献
9.
猪基因组中的猪内源性逆转录病毒(PERV)γ1可能是异种移植(从猪到人)中的有害因子。众所周知,长末端重复序列(LTRs)是强启动元件,能够控制PERV元件和邻近功能基因片段的转录活性。本试验通过生物信息学和试验分析对猪组织中PERVγ1 LTRs的转录活性进行了研究。经RT-PCR扩增及测序鉴定出69个不同的LTR转录元件。并根据种内变异将69个LTR元件分为6个类型(15个亚型),包括串联重复序列,插入和缺失(INDEL)。更值得注意的是,所有的种内变异都发生在LTR元件的U3区域。本试验结果表明,不同PERV LTR转录体的分子特性及鉴定为进一步研究PERV及其转录奠定了基础。 相似文献
10.
猪圆环病毒2型10JS-2株的分离与全基因组序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
本试验从江苏某猪场采集猪血清,进行猪圆环病毒2型(PCV2)的检测和分离,根据GenBank中登录的PCV2全基因组序列,设计1对特异性引物,扩增PCV2全基因组,并且进行序列测定和分析。发现一株PCV2 10JS-2的基因组全长为1779 nt,在病毒复制起始区域含有11个碱基的插入。在GenBank中对含有11个碱基插入的毒株序列进行BLAST发现,有两株PCV2(AY321993和EF565360)也有11个碱基的插入,但是与10JS-2比较,插入的碱基和插入的位置不同。遗传进化分析显示10JS-2属于PCV2a基因型,AY321993和EF565360属于PCV2b基因型,因此推断10JS-2可能是由PCV2a基因型的毒株在复制起始区域发生碱基插入形成的。这是首次发现此类PCV2毒株。 相似文献
11.
目前物种的相对多度与种间关系的内部联系如何影响物种共存仍不清楚。为探讨植物群落物种间关系强度的多度不对称性及其对载畜率的响应,本研究以内蒙古短花针茅(Stipa breviflora)荒漠草原植物群落为对象,分析了对照、轻度、中度及重度放牧下群落物种的多度及其频率。结果表明：随载畜率的增大,物种数呈现出降低的趋势。不同载畜率下同分布指数CO均存在明显的多度依赖性;常见种(如短花针茅、无芒隐子草(Cleistogenes songorica)及刺穗藜(Chenopodum aristatum))对其他物种的作用强度普遍较强。不同载畜率下短花针茅对无芒隐子草及刺穗藜的作用强度均高于其二者对短花针茅的强度,表现出种间强度的不对称性。此外,放牧使得短花针茅对无芒隐子草的作用强度呈现出增大的趋势,使得无芒隐子草对短花针茅的作用强度呈现出降低的趋势。因此,物种间存在多度的不对称性,而放牧进一步造成其物种间作用强度的变化。 相似文献
12.
植物种群密度及空间分布的研究可以发现植物群落在放牧过程中的生态学现象及规律。为研究荒漠草原无芒隐子草(Cleistogenes songorica)种群在不同放牧强度下的密度差异及空间分布变化,采用随机区组试验设计：对照区(Contral,CK)、轻度(Light grazing,LG)、中度(Moderate grazing,MG)和重度放牧区(Heavy grazing,HG),通过机械取样法收集数据,结合地统计等方法进行分析。结果表明：无芒隐子草密度表现为LG>HG>CK>MG,随放牧强度增大,无芒隐子草的密度先增加,后减少,在重度放牧条件下,密度又增加。无芒隐子草在群落中的绝对密度占比伴随放牧强度增大逐渐增大,占比为HG＞MG＞CK＞LG。无芒隐子草在4个处理区下分型维度D0数值相近,CK,LG,MG的空间结构比C/(C0+C)均＞0.75,HG的空间结构比C/(C0+C)为0.100。放牧条件下,无芒隐子草种群空间分布较为均匀,空间异质性减弱,空间分布主要受结构性因素影响。 相似文献
13.
为探究不同载畜率对荒漠草原群落建群种与优势物种间的关系及其空间分布的影响，于2020年7-9月在内蒙古四子王旗短花针茅荒漠草原进行野外调查，以建群种短花针茅及优势种无芒隐子草和冷蒿为研究对象，设置不放牧对照（CK）、轻度（LG）、中度（MG）和重度放牧（HG）载畜率水平（分别放牧0、4、8和12只羊），结合常规方法与地统计学方法分析建群种及优势种出现频率、多度、种间关系强度及空间分布特征。结果表明：1）与CK相比，LG下冷蒿出现频率仅在7月显著降低了50.55%（P<0.05），而MG和HG在7-9月均显著降低（P<0.05），7-9月平均降低77.76%和97.53%；而不同处理及月份下短花针茅和无芒隐子草出现频率无显著差异（P>0.05）。 2）与CK相比，各处理在7-9月时短花针茅种群多度均显著增加（P<0.05），LG、MG和HG分别在7-9月平均增加37.34%、75.72%和99.32%；冷蒿种群多度均显著降低（P<0.05），分别降低61.26%、66.32%和99.31%；无芒隐子草除LG在9月无显著变化外，各处理在7-9月时种群多度均显著增加（P<0.05）。3）短花针茅与无芒隐子草主要表现为亲和关系，而在9月时从CK的亲和关系转化为HG的竞争关系；短花针茅与冷蒿主要表现为竞争关系，放牧未改变其种间关系。4）短花针茅与无芒隐子草对冷蒿的作用强度较大，而冷蒿对短花针茅和无芒隐子草的作用强度较小。5）模拟9月物种间空间分布发现，CK中短花针茅种群多度随无芒隐子草种群多度增加而增加，随冷蒿种群多度增加而呈降低的趋势；HG中冷蒿种群多度不随短花针茅与无芒隐子草的变化而变化，但随着无芒隐子草种群多度增加，短花针茅种群多度整体上呈波动下降的趋势，表明短花针茅与无芒隐子草之间的关系由CK中的亲和关系转变为HG下的竞争关系。综上，放牧会改变物种的种群多度及物种间的关系。 相似文献
14.
本研究自陕西省富平县某规模化关中奶山羊养殖场腹泻奶山羊肛门拭子中分离到5株产气荚膜梭菌,命名为21-D-1~21-D-5。毒素基因检测表明,其均为携带etx的D型产气荚膜梭菌,且21-D-5携带食源性致病毒素基因cpe。全基因组序列测定显示,5株D型产气荚膜梭菌基因组大小、GC含量和基因数量稳定;单核苷酸多态性（SNPs）分析显示,21-D-1和21-D-2以及21-D-3和21-D-4之间的SNPs差异极低（<25）,表明其大概率属于相同的产气荚膜梭菌菌株。分离的D型产气荚膜梭菌基因组中共检测到15种毒素基因,其中,毒素基因etx在分离的D型菌株中高度保守、基因环境相似,且在菌株21-D-5中毒素基因cpe位于etx下游。此外,包括噁唑烷酮类耐药基因optrA在内的9种耐药基因也在分离株中被检测到,并且erm（A）、optrA和fexA具有共同传播的可能性。本研究为国内首次对D型产气荚膜梭菌进行全基因组序列测定分析,结果对产气荚膜梭菌疾病的防治和基因组的进一步研究具有参考价值。 相似文献
15.
放牧是草地最主要的利用方式之一,植物功能性状能够客观的表达植物应对放牧的适应性,为了研究植物功能性状在不同放牧强度下的避牧策略和进一步阐明合理放牧的重要性,本研究依托15年的长期放牧平台,探讨在不同放牧强度下荒漠草原两大优势物种短花针茅(Stipa breviflora)和无芒隐子草(Cleistogenes songorica)的15个功能性状变化以及其之间联系。结果表明：短花针茅的叶长和株高随放牧强度的增大而显著降低(P<0.05);由于植物的补偿性生长轻度放牧增加了无芒隐子草的株高和株丛径,但是中度和重度放牧对无芒隐子草功能性状均产生了消极的作用(P<0.05);短花针茅和无芒隐子草的地上生物量与株高、丛幅径以及茎叶干重均呈极显著正相关关系(P<0.01)。由此可见,荒漠草原两种优势种对放牧干扰有着不同的响应机制,这为深入了解荒漠草原提供了重要的科学依据。 相似文献
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Nguyen ST Nguyen DT Le DQ Le Hua LN Van Nguyen T Honma H Nakai Y 《Veterinary parasitology》2007,150(4):357-361
We investigated the prevalence of Cryptosporidium infection in relation to age and clinical status in cattle in the central region of Viet Nam. A total of 266 fecal samples from diarrheic and non-diarrheic cattle were examined by the modified Ziehl-Neelsen staining method. Prevalence of Cryptosporidium parvum type infections, those of the Cryptosporidium andersoni type, and mixed infection of both types was 33.5% (89/266), 5.6% (15/266), and 3.4% (9/266), respectively. The infection rate of 44.3% (35/79) of C. parvum in calves less than 6 months old was significantly higher than that of 28.9% (54/187) in cattle greater than 6 months old (P < 0.01). Although no C. andersoni oocysts were detected in calves less than 3 months old, no significant difference was observed between the age groups in the prevalence of C. andersoni infection and mixed infection. The percentage of diarrheic and non-diarrheic cattle identified to be shedding C. parvum oocysts was 46.5% (74/159) and 14.0% (15/107), respectively (P < 0.0001). The risk of diarrhea was 1.7 times greater in C. parvum-infected calves than in their non-infected counterparts. DNA sequences of 18S rRNA genes of C. parvum type and C. andersoni type indicated that they were C. parvum bovine genotype and C. andersoni, respectively. This is the first genetic identification of C. parvum bovine genotype and C. andersoni from cattle in Viet Nam. 相似文献
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紫花苜蓿是世界最重要的豆科牧草之一，干旱是影响其产量和地理分布的关键瓶颈。在紫花苜蓿响应干旱胁迫过程中，转录因子发挥着重要的调控作用。TCP（teosinte branchesd 1/cycloidea/pro-liferating cell factors）为植物特有的转录因子，在植物生长、发育、响应逆境胁迫中都具有重要的生物学功能。截至目前，该基因家族在紫花苜蓿中的分布以及响应干旱胁迫的生物学功能仍未见报道。因此，为进一步挖掘紫花苜蓿中响应干旱胁迫功能基因，本研究利用生物信息学方法在全基因组水平对TCP基因家族进行了鉴定，并对其系统进化、基因结构、染色体定位、共线性分析以及干旱胁迫下的表达模式进行了分析。结果表明，紫花苜蓿基因组中共鉴定出40个MsTCP基因，不均匀地分布于20条染色体上，其中包括17对旁系同源基因对，且都是基因片段复制事件。系统发育和保守结构域分析发现，MsTCP基因可以分为2个大分支和3个亚家族（PCF， CIN与CYC/TB1），同一分支中的成员具有相同氨基酸数目的TCP结构域，同亚家族中的成员具有相似的保守基序与基因结构。此外，通过分析紫花苜蓿响应干旱转录组数据共鉴定出4个可能与紫花苜蓿响应干旱胁迫有关的MsTCP基因（MsTCP23，MsTCP27，MsTCP29，MsTCP33）。qRT-PCR结果进一步表明PEG模拟干旱胁迫处理后，这4个基因的表达量在根和叶中均显著上调，进一步确定了这些基因的确响应紫花苜蓿干旱胁迫。该研究为后期深入解析紫花苜蓿响应干旱胁迫理论以及通过基因工程技术创制高抗旱紫花苜蓿新种质奠定基础。 相似文献
18.
DMP家族成员是植物特有的膜蛋白，在植物生殖发育及衰老过程中发挥重要作用。亚麻是我国重要的油料及经济作物，目前关于DMP基因家族在亚麻中的分布及功能研究尚未有报道。本研究利用生物信息学方法对亚麻DMP基因家族进行鉴定，对其序列特征、系统进化、复制事件进行了分析，并利用转录组数据和qRT-PCR分析其在不同组织器官及胁迫处理下的表达模式。本研究以陇亚10号基因组为参照，利用同源性分析共鉴定到17个LuDMP成员，命名为LuDMP-1～LuDMP-17，不均匀分布在9条染色体上。序列特征分析结果表明，除LuDMP-9、LuDMP-16和LuDMP-17外，其余成员均不含内含子；基因启动子区含有大量激素与逆境胁迫相关响应元件；编码的蛋白氨基酸长度为195～240 aa，分子量为20946～25830 Da，等电点为4.76～9.71；所有蛋白均为疏水性蛋白，含有2～5个跨膜结构域及4～8个motif，其中有4个motif存在于所有LuDMP蛋白；绝大多数蛋白定位于细胞膜。LuDMP家族共有3对串联复制事件和8对片段复制事件，进化过程中经历了强烈的纯化选择。转录组分析结果表明，大多数LuDMP... 相似文献
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TANG Mengjun ZHOU Qian ZHANG Xiaoyan ZHANG Jing TANG Xiujun LU Junxian ZHOU Sheng PU Junhua GAO Yushi 《畜牧兽医学报》1956,51(9):2284-2292
The aim of this study was to investigate the antimicrobial resistance, virulence genes of Campylobacter spp. isolated from chicken and swine farms in Jiangsu Province. Campylobacter spp. were isolated and identified from two hundred and fifty fecal samples collected from twenty-five animal farms in Jiangsu Province. Campylobacter strains were tested for the antimicrobial susceptibility against to 9 kinds of antimicrobial agents by using an agar dilution method. Eight virulence genes (cdtB, cadF, htrB, clpP, csrA, wlaN, cstⅡ, and cgtB) were detected by polymerase chain reaction. Ninety-three Campylobacter strains were isolated and identified from 250 samples, including 45 C. jejuni strains and 48 C. coli strains. The highest percentage of antimicrobial resistance was found for nalidixic acid (80.0%), tetracycline (71.1%) and ciprofloxacin (66.7%) in C. jejuni isolates. The C. coli isolates were most frequently resistant to erythromycin (87.5%), nalidixic acid (79.2%) and azithromycin (72.9%). Moreover, the multi-drug resistance (resistance to three or more antimicrobial classes) was common among Campylobacter isolates with a rate of 67.7%. On the other hand, the 93 Campylobacter strains showed a wide variation for the presence of the 8 virulence genes, cdtB and cadF were positive for all isolates,while htrB, clpP, csrA, wlaN, cstⅡ and cgtB was 97.8%, 76.3%, 18.3%, 5.4%, 2.2%, and 0%, respectively. The results indicated that the multiple drug resistance of Campylobacter strains from animal origin was relatively serious. In addition, the virulence-associated genes were detected widely among Campylobacter strains. 相似文献