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1.
《河南农业大学学报》2017,(1)
本研究采用16S r DNA PCR-RFLP、IGS PCR-RFLP和16S r DNA基因测序和系统发育分析等分子鉴定方法,对分离的汝州白三叶草共生根瘤菌进行了多样性研究。结果表明,21株供试菌株仅产生了一种16S r DNA酶切图谱组合类型,通过IGS PCR-RFLP又把所有的供试菌株分为了6种酶切图谱类型。经过对代表菌株的16S r DNA基因测序及系统发育分析,6个代表菌株之间具有99.9%~100%的相似性,且供试菌株与根瘤菌属的已知种群Rhizobium anhuiense和Rhizobium leguminosarum等也具有99.9%~100%的相似性,因此,分离自汝州的白三叶草根瘤菌属于根瘤菌属(Rhizobium)。 相似文献
2.
河北地区花生根瘤菌的系统发育多样性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】了解中国北方地区花生根瘤菌的多样性状况。【方法】采用16S rDNA PCR-RFLP、16S～23S IGS PCR-RFLP和16S rRNA基因的序列分析方法对分离自河北地区的58株花生根瘤菌以及Rhizobium、Agrobacterium、Sinorhizobium、Mesorhizobium和Bradyrhizobium的参比菌株进行系统发育多样性比较分析。【结果】16S rDNA PCR-RFLP方法在细菌属水平上聚群良好；而16S～23S IGS PCR-RFLP则适于属和种水平上的聚群。3种方法在系统发育上得到基本一致的结果。其中有38株花生根瘤菌是与Bradyrhizobium关系密切的慢生菌株，并且与B. japonicum和B. liaoningense的关系最为接近，与有关中国西南地区和华中地区花生根瘤菌的报道结果相似。然而供试菌株中还存在6株快生和10株中慢生花生根瘤菌，其中快生菌在系统发育关系上接近R. yanglingense、R. mongolense和R. gallicum。【结论】河北地区的花生根瘤菌具有更大的多样性。 相似文献
3.
利用16S rDNA PCR-RFLP和16-23S IGS PCR-RFLP技术对分离自四川攀枝花的43株葛藤根瘤菌进行了遗传多样性研究。供试菌株的16S rDNA用HaeⅢ、MspⅠ、HinfⅠ和TaqⅠ酶切后具有16种遗传图谱类型。16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析结果表明,在53%的相似性水平上,供试菌株与参比菌株分为两个分支,在81%的相似水平上所有菌株分为13个群。 相似文献
4.
中国北方地区甘草根瘤菌表型及遗传多样性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】了解中国北方地区甘草根瘤菌的生物多样性。【方法】采用表型数值分类、16S rDNA PCR-RFLP分析和BOX-PCR指纹图谱分析的方法对北方地区的甘草根瘤菌进行表型、遗传多样性分析。【结果】供试菌株在数值分类聚类分析中约85％的相似水平上产生2个表观群，有11株菌未与已知参比菌株聚群。16S rDNA PCR-RFLP分析表明，供试的20株菌共产生14种遗传型，表现出丰富的遗传多样性。BOX-PCR指纹图谱分析进一步证明与甘草共生的根瘤菌的基因组也具有多样性。【结论】在中国北方地区与甘草共生的根瘤菌在Sinorhizobium、Rhizobium和Mesorhizobium属中均有分布。 相似文献
5.
新疆棉花根际土壤铁载体产生菌的遗传多样性及系统发育研究 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】了解中国新疆地区铁载体产生菌的遗传多样性和系统发育,为筛选高效铁载体产生菌提供依据。【方法】采用BOXAIR-PCR、16S rRNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析方法对分离自新疆地区棉花根际土壤的铁载体产生菌的遗传多样性进行分析。【结果】在BOXAIR-PCR分析中,68株供试菌分为11个遗传群;在16S rRNA PCR-RFLP分析中,68株供试菌分10个遗传群;代表菌株的16S rDNA 全序列分析表明,供试菌分属于假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacter）、不动细菌属（Acinetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、产碱杆菌属（Alcaligenes）、短状杆菌属（Brachybacterium）和泛菌属（Pantoea）。其中,假单胞菌属（Pseudomonas）为优势属。【结论】分离自新疆地区棉花根际土壤铁载体菌存在极大的遗传多样性。 相似文献
6.
利用16S rRNA PCR-RFLP和16S-23S rRNA IGS PCR-RFLP技术对分离自我国不同地区的55株花生慢生根瘤菌和6株参比菌株进行了遗传多样性研究.16S rRNA PCR-RFLP分析结果表明,在63%的相似性水平上,91%的供试花生幔生根瘤菌与B.japonicum和B.elkanii聚在一起;16S-23S rRNA IGS PCR-RFLP分析结果表明,供试花生慢生根瘤菌具有较丰富的遗传多样性,在65.8%的相似性水平上可分为3大类群. 相似文献
7.
[目的]了解中国北方地区花生根瘤菌的多样性状况.[方法]采用16S rDNA PCR-RFLP、16S～23S IGS PCR-RFLP和16S rRNA基因的序列分析方法对分离自河北地区的58株花生根瘤菌以及Rhizobium、Agrobacterium、Sinorhizobium、Mesorhizobium和Bradyrhizobium的参比菌株进行系统发育多样性比较分析.[结果]16S rDNA PCR-RFLP方法在细菌属水平上聚群良好;而16S～23S IGS PCR-RFLP则适于属和种水平上的聚群.3种方法在系统发育上得到基本一致的结果.其中有38株花生根瘤菌是与Bradyrhizobium关系密切的慢生菌株,并且与B. japonicum和B. liaoningense的关系最为接近,与有关中国西南地区和华中地区花生根瘤菌的报道结果相似.然而供试菌株中还存在6株快生和10株中慢生花生根瘤菌,其中快生菌在系统发育关系上接近R. yanglingense、R. mongolense和R. gallicum.[结论]河北地区的花生根瘤菌具有更大的多样性. 相似文献
8.
为了研究不同刺槐种源根瘤菌的遗传多样性,采用4种限制性内切酶对分离自保定和高邑的38株不同刺槐种源根瘤菌进行16S rDNA PCR-RFLP多态性分析,共产生26种16S rDNA遗传图谱类型。UPGMA聚类分析结果显示,所有供试菌株分为4大类,第3类又分为3个亚类。16S rDNA全序列分析表明,代表菌株GY-2与S.morelense LMG20571序列相似性达到99.6%,在系统发育分类地位上属于Sinorhizobium。刺槐根瘤菌遗传多样性丰富,遗传差异受地理环境影响较大,与寄主种源相关性不明显。 相似文献
9.
四川省葛藤属根瘤菌的遗传多样性研究 总被引：5，自引：0，他引：5
用AFLP、REP-PCR、23S rDNA PCR-RFLP等方法对分离自四川的23株葛藤属的根瘤菌的遗传特性进行了研究。结果表明，供试的葛藤根瘤菌遗传特性存在明显差异。 AFLP分析结果显示，23个菌株分为7个AFLP遗传群；在BOXAIR-PCR分析中，23株根瘤菌则被分为5个遗传群；对23S rDNA PCR-RFLP分析表明，葛藤根瘤菌分属于中慢生根瘤菌属（Mesorhizobium）、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）2个属，聚类分析结果将其划分为5个遗传群。分离自四川省的葛藤根瘤菌存在较大的遗传多样性。 相似文献
10.
会泽铅锌尾矿区豆科植物根瘤菌的耐铅锌及16S rDNA PCR RFLP研究 总被引：1，自引：0，他引：1
对21株分离自会泽铅锌尾矿区豆科植物根瘤菌进行耐复合铅锌双盐抗逆性及16S rDNAPCR-RFLP研究,结果表明,该区的豆科植物根瘤菌对铅锌双盐具有良好的耐性能力,筛选出HSY6和HZH2两株抗性能力强的菌株,分别与三叶草、紫花苜蓿共生。21株供试菌株的16S rDNA PCR-RFLP在73%的相似水平上分为5个遗传群,分别为慢生根瘤菌属(2株)、中慢生根瘤菌属(5株)、中华根瘤菌属(1株)、土壤杆菌属(3株)、根瘤菌属(10株)。供试根瘤菌类群对重金属铅锌的耐性为慢生根瘤菌属>中慢生根瘤菌属>中华根瘤菌属>土壤杆菌属>根瘤菌属。 相似文献
11.
为揭示枣庄市山亭区豌豆种植基地的豌豆共生根瘤菌的遗传多样性,本研究采取了土壤样品采集、盆栽捕捉豌豆根瘤菌、分离、纯化等方法获得根瘤菌菌株,然后采用 IGS 基因的PCR-RFLP分析、16S rRNA 基因序列测定及系统发育分析、持家基因（atpD、recA、glnII）多位点序列分析,以及结瘤基因nodC系统发育分析等,对分离纯化得到的55株豌豆根瘤菌进行分类鉴定。结果表明,获得的根瘤菌共包含3种不同的IGS酶切类型,经过对代表菌株的16S rRNA 基因进行系统发育分析,分离获得的豌豆根瘤菌可以被鉴定属于根瘤菌属（Rhizobium）,进一步经持家基因多位点序列分析被鉴定为Rhizobium anhuiense和Rhizobium sophorae。该研究丰富了对该地区豌豆共生根瘤菌遗传多样性的认识。 相似文献
12.
【目的】为了探究非豆科植物泡桐与微生物共生固氮体系,对泡桐根瘤内生细菌的分离培养条件
及其系统发育地位进行初步研究。【方法】对从广西钦州市采集的泡桐根瘤上分离纯化得到的根瘤内生细菌,
进行传统生理生化研究和 16S rDNA 系统发育分析。【结果】经分离纯化得到 9 株根瘤内生细菌,大部分菌株
能较好地利用 8 种碳源;78% 的菌株能利用铵盐,89% 的菌株能利用硝酸盐;所有的供试菌株在 3- 酮基乳糖
和淀粉水解试验中呈阴性;89% 的菌株能利用柠檬酸盐;B.T.B 反应除菌株 PG-7 产碱外,其余都产酸;33%
的菌株能使硝酸盐还原;有 56% 的菌株能在牛肉膏蛋白胨培养基上生长良好,多数菌株具备豆科植物根瘤菌的
一般生理生化特征。通过 16S rDNA 全序列分析,确定 9 株供试菌株可分为 4 个菌属,其中菌株 PG-1 和 PG-2
共属于土壤杆菌属（Agrobacterium）,PG-3、PG-5、PG-6、PG-8 和 PG-9 等 5 株菌株共属于根瘤菌属（Rhizobium）,
PG-4 隶属于草螺菌属（Herbaspirillum）,PG-7 隶属于伯克氏菌属（Burkholderia）。【结论】分离自同一寄主
的根瘤内生细菌其生理生化特性方面存在较大的差异性,同时表现出了遗传的多样性。 相似文献
13.
应用表型数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 分析方法,对分离自宁夏和内蒙古部分地区的沙冬青根瘤菌进行表型和遗传多样性研究.通过分离纯化获得44株供试根瘤菌,选取37株未知菌和11株参比菌株进行唯一碳氮源利用、抗生素和染料抗性、耐盐性、初始pH生长、生长温度范围和脲酶共94项生理生化性状测定,以及16S rDNA 基因扩增和扩增产物的限制性酶切分析.结果表明,沙冬青根瘤菌在碳源利用、抗生素敏感性和染料抗性方面存在差异;对15项所选氨基酸氮源均能利用,无明显差异;具有较强的耐盐碱和耐高温能力.经过数值分类和16S rDNA PCR-RFLP比较分析,测试菌株具有丰富的表型和遗传多样性.测试菌株和参比菌株在80%的相似水平上产生2个表观群,表观群I和表观群II在鉴别特征上存在差异.数值分类中聚群的根瘤菌菌株在16S rDNA PCR-RFLP分析中也聚群,2种分析方法有基本的一致性. 相似文献
14.
采用16S r DNA PCR-RFLP、16S r DNA全序列分析、BOX-PCR等多相分类技术,对采集自陕西神木、甘肃天水、青海泽库地区的豆科植物根瘤内生细菌资源的多样性进行了研究。从采集的豆科植物根瘤中共分离到50株供试菌株,对这50株供试菌株和8株参比菌株进行了16S r DNA PCR-RFLP聚类分析。结果显示,全部供试菌株在81.5%的相似性水平上分成4个分支(在86%相似性水平上,分支I包括3个群,分支III包括3个群)。选取各群代表菌株进行16S r DNA测序,确定了50株供试菌株中,1株属于慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium),1株属于土壤杆菌属(Agrobacterium),6株属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium),27株属于芽孢杆菌属(Bacillus),2株属于类芽孢杆菌属(Paenibacillus),其余13株则分别归属于寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和泛菌属(Pantoea)。表明16S r DNA PCR-RFLP和16S r DNA全序列分析结果具有较好的一致性。对部分16Sr DNA序列相似性达到100%的菌株进行BOXPCR来确定是否为同一克隆。研究结果表明,陕西神木等地区豆科植物根瘤内生菌具有很丰富的遗传多样性。 相似文献
15.
【目的】研究西北部分地区不同地理环境下,野豌豆根瘤菌的遗传多样性及其共生进化间的关系。【方法】采用16S rDNA PCR-RFLP与16S rDNA全序列分析技术,对分离自陕西秦岭北麓红河谷、陕西南部汉中、甘肃沙漠绿洲带永昌混山窑、甘肃中部永登红城和新疆乌鲁木齐的5个不同地理环境(分别记做A、B、C、D、和E)的42株野豌豆根瘤菌,进行了遗传多样性和系统发育分析。【结果】测试根瘤菌共有6种基因型(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ),基因型Ⅰ根瘤菌在各个地理环境采样点均有分布,并且A地点分布的所有菌株均属于该基因型,基因型Ⅱ菌株分布于D和E采样地点,基因型Ⅲ菌株分布于B、C和D采样地点,基因型Ⅳ分布于E地点,基因型Ⅴ和Ⅵ测试菌株均分布于D地点。由16S rDNA全序列分析可知,基因型Ⅰ根瘤菌的代表菌株CCNWSX0050和基因型Ⅳ根瘤菌的代表菌株CCNWGS0055分别与Rhzobium leguminosarum的相似性为99.8%和99.7%;基因型Ⅲ根瘤菌的代表菌株CC-NWGS0062与Sinorhizobium meliloti的相似性为100.0%。【结论】中国西北地区野豌豆根瘤菌在分类学上属于Rhizobium leguminosarum根瘤菌和S.meliloti根瘤菌,野豌豆-根瘤菌的共生关系在不同地理环境中表现出差异性。 相似文献
16.
为了揭示川西高海拔地区（四川甘孜藏族自治州和阿坝藏族羌族自治州）原生野生饲用黄芪根瘤菌的遗传多样性,为筛选优良菌株提供依据,采用纯培养法从该地区部分饲用黄芪植物根瘤中分离纯化根瘤菌;通过BOXAIR、16S rDNA-RFLP及PCA（principal component analysis）分析饲用黄芪根瘤菌的遗传多样性。结果表明,从川西高海拔地区7个县15个采样点获得10种饲用黄芪植物的根瘤,共分离纯化出36个根瘤菌菌株;在相似系数82.4%的16S rDNA PCR-RFLP分析中,所有供试菌株均与参比菌株完全分开,供试菌株聚成8个遗传群（SCAU509,SCAU553单独分开）;在相似系数83.2%的BOX-PCR分析中,饲用黄芪根瘤菌36个供试菌株和14个参比菌株聚成10个遗传群。饲用黄芪根瘤菌16S rDNA Simpson遗传多样性指数 D = 0.949。 研究显示川西高海拔地区（四川甘孜藏族自治州和阿坝藏族羌族自治州）饲用黄芪根瘤菌具有丰富的遗传多样性。 相似文献
17.
《四川农业大学学报》2015,(2):181-188
【目的】研究泸州老窖窖泥中己酸菌的遗传多样性和系统发育地位,筛选优良高产己酸菌株,为提高新窖酒品质提供优质菌株资源。【方法】采用BOXAIR-PCR、16SrDNA PCR-RFLP和代表菌株16SrDNA序列分析技术等对不同窖龄窖泥中乙酸菌的多样性进行分析。【结果】从不同窖龄窖泥样品中分离获得了43株产己酸细菌;BOXAIR-PCR分析结果表明,在82.2%的相似性水平处,供试菌株形成了8个BOX遗传群;16SrDNA PCR-RFLP将43株供试菌株分为8个遗传群;代表菌株16SrDNA序列系统发育分析表明,供试菌株分布于3个系统发育分支。【结论】泸州老窖窖泥中己酸菌具有丰富的遗传多样性,这些菌株主要分布于梭菌属(Clostridium)、芽孢杆菌属(Bacillus)和假单胞菌属(Pseudomonas),其中芽孢杆菌属(Bacillus)为优势属。 相似文献
18.
《西南农业学报》2019,(12)
【目的】为了揭示中江县丹参连作土壤的细菌多样性。【方法】在中江丹参GMP基地采取患病丹参根际与非根际土壤、正常生长丹参根际与非根际土壤,采用可培养和免培养技术细菌研究供试土壤的细菌类群变化。【结果】应用稀释分离法,从供试土壤中获得46株可培养细菌,16S rDNA-RFLP分析表明,在79%相似水平分为7个遗传群,对代表菌株16S rDNA进行序列分析,构建了系统发育树,供试菌株为芽孢杆菌属(Bacillus)、短杆菌属(Brevibacterium)、拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)和假单胞菌属(Pseudomonas)。【结论】PCR-DGGE图谱聚类分析表明,丹参连作显著影响了土壤细菌类群,供试土壤细菌类群间存在着明显的遗传多样性;条带克隆测序表明绝大多数菌株属于未培养细菌。 相似文献
19.
四川花生根瘤菌的遗传多样性 总被引：1，自引：1，他引：1
用IAR、RAPDs和16S-23S
PCR-RFLP 3种方法对采集自四川省4个不同地点的22株慢生型花生根瘤菌的遗传多样性进行了研究。供试菌株对8种抗生素的抗药性测定表明,22个菌株中存在7个抗药性类群。来自同一采集地的菌株天然抗药性存在着差异。IAR的结果证明了四川花生根瘤菌表型性状的多样性。4个随机引物的扩增图谱有明显的多态性。聚类分析的结果表明菌株内部存在不同水平的遗传多样性。全部菌株在58%的相似性水平上被分为6群,采集地相同的菌株聚为一类,表明环境对根瘤菌的系统发育和遗传分化有影响。用PHR和P23S
R01这一对引物对供试菌株16S-23S rDNA基因间隔区进行了扩增,得到2.0kb和2.1kb两种大小不同的片段。用3种内切酶酶切后的图谱分为6种类型。根据各菌株带型相似性进行的聚类分析结果表明,供试菌株的16S-23S
rDNA PCR-RFLP相似性很高,说明16S-23S rDNA基因保守,在进化过程中受环境的影响比其它基因组序列相对要小。 相似文献
20.
从湖南省益阳市南县和大通湖区的土壤样品中捕获紫云英根瘤菌。根据基因内间隔区(intergenic spacer,IGS)限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(restriction fragment length polymorphism-polymerase chain reaction, PCR-RFLP),将分离菌株分组为不同的IGS类型,进一步对类型的代表菌株进行16S rRNA基因、持家基因(atpD、glnII)和共生基因(nodC、nifH)的系统发育分析。结果表明,分离获得的68株根瘤菌,区分为6种不同的IGS酶切类型,挑选出8株供试代表菌株通过16S rRNA基因序列的系统发育分析以及多位点序列分析(multilocus sequence analysis, MLSA),被鉴定为2个种群Mesorhizobium jarvisii和庆笙中慢生根瘤菌(Mesorhizobium qingshengii)。 相似文献