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1.
杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)是一种重要的鱼类致病菌,可以感染多种海淡水鱼类。杀鲑气单胞菌包括5个亚种,目前常用的生理生化特征和16S rDNA序列分析方法很难实现亚种的快速精确区分。为实现杀鲑气单胞菌亚种的快速鉴定和检测,针对我国常见的杀鲑气单胞菌杀鲑亚种(A. salmonicida subsp. salmonicida)和杀日本鲑亚种(A. salmonicida subsp. masoucida),本研究开发了其特异性的PCR检测方法。根据Gene Bank已公布的杀鲑气单胞菌基因组信息,选择杀鲑亚种phoB基因和杀日本鲑亚种LOC111476736基因作为目标基因,根据其序列设计特异性引物,进一步对PCR反应的退火温度、引物浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度和酶浓度5个方面进行了优化,并测试了该方法的特异性、敏感性和应用效果。结果显示,2对引物分别可以扩增出杀鲑气单胞菌杀鲑亚种522 bp的phoB特异性基因片段和杀日本鲑亚种515 bp的LOC111476736特异性基因片段。杀鲑亚种特异性引物最适退火温度为64 ℃,10 µmol/L引物、2 mmol/L dNTPs、25 mmol/L MgSO4和1 U/µL KOD酶的最适添加量分别为1.5、2、1.5和0.5 µL。杀日本鲑亚种特异性引物最适退火温度为64 ℃,10 µmol/L引物、2 mmol/L dNTPs、25 mmol/L MgSO4和1 U/µL KOD酶的最适添加量分别为0.75、1、1.5和0.5 µL。以鳗弧菌(Vibrio anguillarum)、美人鱼发光杆菌(Photobacterium damselae)、杀鱼爱德华氏菌(Edwardsiella piscicida)、杀鲑气单胞菌其他亚种等14种其他水产病原菌或常见环境菌为模板进行PCR检测,均无特异性条带。该方法对杀鲑气单胞菌杀鲑亚种的检测灵敏度为12.8 CFU/反应(菌体)或17.6 fg/反应(DNA),对杀鲑气单胞菌杀日本鲑亚种的检测灵敏度为23.8 CFU/反应(菌体)或27.2 fg/反应(DNA)。利用杀鲑气单胞菌杀鲑亚种和杀日本鲑亚种分别对大菱鲆(Scophthalmus maximus)进行人工感染实验,感染后取病鱼组织进行PCR检测,结果显示,本方法可以从感染后的大菱鲆中分别检测到相应病原。综上所述,本研究建立了杀鲑气单胞菌杀鲑亚种和杀日本鲑亚种的特异性PCR检 相似文献
2.
根据NCBI公布的柱状黄杆菌硫酸软骨素裂解酶的基因序列,设计并选取一对能够快速而准确地检测柱状黄杆菌的PCR引物,建立PCR快速检测体系,同时测试该体系的特异性和灵敏度,并对患病的鱼组织进行检测。研究结果表明,使用设计的引物能够扩增出与预计大小相符合的138bp的特异性片段,具有较好的检测特异性,对靶标DNA的检测灵敏度为pg级,对柱状黄杆菌的检测灵敏度为25cfu/20μl。样品的检测结果与实际发病情况一致,表明本研究成功建立了柱状黄杆菌常规PCR检测体系,该体系可以用于柱状黄杆菌的诊断和样品的检测。 相似文献
3.
《水产学杂志》2021,(3)
在稚鱼和幼鱼阶段,哲罗鲑Hucho taimen和细鳞鲑Brachymystax lenok外形相似,很难区分,易导致种质混杂,有必要开发简单、易行的方法鉴定二者的种质。本研究从its1(internal transcribed spacer 1)基因序列中筛选出能够用于区分哲罗鲑和细鳞鲑的DNA分子标记,建立了双重PCR鉴定方法。结果表明:1-its1引物在哲罗鲑中能扩增出334 bp的条带,而在细鳞鲑中无扩增条带。为消除样本DNA降解、实验过程的人为失误等原因造成的结果偏差,本研究添加12S r RNA参照引物,扩增片段为251 bp,并进行了引物比例优化。当1-its1引物和12S r RNA引物体积分别为1μL(10 pmol)和0.25μL(2.5 pmol)时,PCR扩增效果较好。哲罗鲑有2条扩增条带分别为334 bp和251 bp,细鳞鲑有1条扩增条带为251 bp。用筛选的1-its1引物和12S r RNA引物比例进行群体分析表明:1-its1引物在哲罗鲑和细鳞鲑的种质鉴定中准确率达100%。本研究结果可为哲罗鲑和细鳞鲑幼鱼鉴定、加工品鉴定、种质资源管理和保护提供有效的方法。 相似文献
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《渔业科学进展》2015,(4)
根据罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)幼体培育期主要细菌性病原阴沟肠杆菌omp A基因序列、产气肠杆菌gry B基因序列设计特异性引物,通过对PCR扩增产物进行测序鉴定与特异性和敏感性试验,建立了两种病原菌的PCR快速检测方法,并对发病样品进行了检测。结果显示,设计的阴沟肠杆菌与产气肠杆菌检测引物能分别扩增出与预计大小一致的385 bp和201 bp的特异性片段,与其余供试菌株无交叉反应。两种检测方法的灵敏度分别为103 CFU/ml和102 CFU/ml。罗氏沼虾幼体样品的检测结果与实际发病情况一致,建立的检测方法也可直接对样品进行PCR检测,而无需细菌分离培养。本研究建立的阴沟肠杆菌与产气肠杆菌PCR检测方法具有较高的特异性与灵敏度,可缩短检测时间,该方法的建立对罗氏沼虾幼体病原的快速诊断、分子流行病学的调查及无特定病原(SPF)群体的建立具有重要意义。 相似文献
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根据罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)幼体培育期主要细菌性病原阴沟肠杆菌omp A基因序列、产气肠杆菌gry B基因序列设计特异性引物,通过对PCR扩增产物进行测序鉴定与特异性和敏感性试验,建立了两种病原菌的PCR快速检测方法,并对发病样品进行了检测。结果显示,设计的阴沟肠杆菌与产气肠杆菌检测引物能分别扩增出与预计大小一致的385 bp和201 bp的特异性片段,与其余供试菌株无交叉反应。两种检测方法的灵敏度分别为103 CFU/ml和102 CFU/ml。罗氏沼虾幼体样品的检测结果与实际发病情况一致,建立的检测方法也可直接对样品进行PCR检测,而无需细菌分离培养。本研究建立的阴沟肠杆菌与产气肠杆菌PCR检测方法具有较高的特异性与灵敏度,可缩短检测时间,该方法的建立对罗氏沼虾幼体病原的快速诊断、分子流行病学的调查及无特定病原(SPF)群体的建立具有重要意义。 相似文献
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根据NCBI公布的温和气单胞菌(Aeromonas sobria)丝氨酸蛋白酶的基因序列,设计并选取一对能够快速而准确地检测温和气单胞菌的PCR引物,建立PCR快速检测体系,并对患病的鱼组织进行检测。研究结果表明,使用设计的引物能够扩增出与预计大小相符合的131 bp的特异性片段,具有较好的检测特异性,对靶标DNA的检测灵敏度为1.0 pg/20μL,对温和气单胞菌的检测灵敏度为50 cfu/20μL。样品的检测结果与实际发病情况一致,表明本研究成功建立了温和气单胞菌常规PCR检测体系,该体系可以用于温和气单胞菌的诊断和样品的检测。 相似文献
8.
根据NCBI公布的爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)磷酸丝氨酸转氨酶(phosphoserine transaminase,serC)的基因序列,设计一对特异性引物,建立了可快速而准确地检测爱德华氏菌的PCR方法,并对患病鱼组织进行了检测。研究结果表明,使用设计的引物能够扩增出与预计大小一致的124 bp的特异性片段,具有较好的检测特异性,对靶标DNA的检测灵敏度为50 pg/反应,对靶标细菌的检测灵敏度为56 cfu/反应。样品的检测结果与实际发病情况一致,表明成功建立了爱德华氏菌常规PCR检测方法,可用于爱德华氏菌病的诊断。 相似文献
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根据猪瘟病毒的Alfort株、Brescia株和C-株(SK-6)核苷酸序列,利用primer5.0软件设计1对用于一扩引物p1a/p1aB,扩增的片段为305bp,1对用于二扩的引物p2a/p2B,扩增的片段为172bp,建立猪瘟病毒的巢式PCR检测方法。利用该方法对山东某规模化猪场中临床上疑似猪瘟病例的扁桃体、脾、肾等组织进行检测,用引物p1a/p1aB在305bp处扩增出目的条带;引物p2a/p2B在172bp处扩增出更加明显的目的条带,确诊为猪瘟病毒感染。试验结果表明该方法快速检测病料组织中的猪瘟病毒是可行的,在猪瘟的早期检测及预防、控制上起到重要作用,可用于猪瘟临床诊断。 相似文献
10.
为实现杀鲑气单胞菌早期快速准确定量检测,研究旨在建立杀鲑气单胞菌的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测方法。根据GenBank中杀鲑气单胞菌毒力阵列蛋白基因(vapA)保守序列设计并合成一对特异性引物,对其特异性、灵敏度、可重复性和应用性进行评价。结果显示,研究设计的引物具有良好的种间特异性,仅对杀鲑气单胞菌及其亚种有阳性扩增,与其他细菌不发生交叉反应。构建的Real-time PCR标准曲线质粒拷贝数与循环阈值呈良好的线性关系,扩增所得标准曲线分别为y=–4.8345x+42.535,相关系数R~2为0.998,最低检测限为34拷贝/μL,较常规PCR的灵敏度高出约1000倍。应用建立的方法检测人工感染的虹鳟病样,15个被检样品呈阳性反应,与细菌常规鉴定方法结果一致。研究表明,所建立的基于实时荧光定量PCR技术的杀鲑气单胞菌检测方法快速、特异、灵敏,可用于临床诊断和疫病监测。 相似文献
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在优化RAPD检测条件的基础上，从100个随机引物中筛选出60个扩增较好的引物对异源四倍体鲫鲤及其原始亲本红鲫和湘江野鲤相互间扩增DNA片段的异同性进行比较研究。结果显示，60个引物共产生1554条带，单一引物扩增的DNA片段数在6～20条之间，片段大小在200～3500bp之间。遗传相似率分析表明，异源四倍体鲫鲤与其原始母本红鲫的相似率为69．41％，与其原始父本野鲤的相似率为64．47％，说明异源四倍体鲫鲤接受原始母本红鲫的遗传物质要多一些；而红鲫和野鲤之间的相似率为42．18％，说明两者的基因组成有较大的相似性，从分子水平证实了红鲫和野鲤的远缘杂交具有较大的亲和性。在分析中，还发现异源四倍体鲫鲤有4条非亲本带，非亲本带谱率达0．72％，这些非亲本带可以作为异源四倍体鲫鲤特异性的分子标记。 相似文献
13.
White spot syndrome (WSS) is considered as a great threat to commercial farming of the tiger shrimp (Penaeus monodon). The causal agent of WSS is a DNA virus called white spot syndrome virus (WSSV). The prevalence of this dreadful virus infection
has been studied in five randomly selected hatcheries located in the Cox’s Bazar district of Bangladesh. Both one-step and
nested polymerase chain reaction (PCR) involving two pairs of primers, namely, 146F1/146R1 and 146F2/146R2, amplifying the
1447 bp and 941 bp fragments, respectively, were conducted to detect the WSSV. Out of 60 randomly collected shrimps, 12 (20%)
were found to be positive by one-step PCR, while 18 (30%) were found to be positive by nested PCR. The nested PCR was found
to be much more sensitive than the one-step PCR. The shrimp specimens showing clinical signs of WSS were positive for WSSV
by both one-step and nested PCR. Some of the apparently healthy samples were also found to be positive for WSSV by nested
PCR. Among the two primer-pairs, the inner pair amplifying the 941 bp fragment was more sensitive than the outer primer pair
amplifying the 1447 bp fragment when used in one-step PCR. 相似文献
14.
Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) is a novel technique for nucleic acid amplification with high specificity, sensitivity and rapidity and does not require expensive equipment or reagents. In the present study, we developed and evaluated a LAMP method for the rapid detection of Renibacterium salmoninarum causing the bacterial kidney disease in salmonids. This method was more sensitive than quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR). Using DNA template extracted from cultured R. salmoninarum , the LAMP method gave an amplification signal from template diluted to 10−8 while the limit of detection of qPCR was10−7 . The LAMP method was also highly specific and did not amplify DNA purified from five other Gram-positive and -negative bacterial fish pathogens. The method also worked well using extracts of macrophages infected with R. salmoninarum and kidney material from rainbow trout, which were positive for R. salmoninarum by qPCR and crude R. salmoninarum culture. There was some evidence for inhibitors of the LAMP reaction in the kidney samples, which was overcome by diluting the sample. 相似文献
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Identification and detection of Pseudomonas plecoglossicida isolates with PCR primers targeting the gyrB region 总被引：1，自引：0，他引：1
Pseudomonas plecoglossicida is the agent of bacterial haemorrhagic ascites (BHA) in freshwater fish farming in Japan. To develop a rapid identification and detection method for P. plecoglossicida, a PCR amplification technique targeting the chromosomal DNA region coding the B subunit of the DNA gyrase (gyrB) was used. The nucleotide sequences of gyrB were determined in nine isolates of P. plecoglossicida and two other Pseudomonas species. On the basis of these determined sequences and the gyrB sequences of other Pseudomonas species or fish pathogenic bacteria deposited in international nucleotide sequence databases (GenBank/EMBL/DDBJ), PCR primers PL-G1F, PL-G1R, PL-G2F and PL-G2R were designed for specific amplification of the partial gyrB of P. plecoglossicida. The specificity of these primers in amplifying the gyrB of P. plecoglossicida was verified using selected strains of related bacterial species. The nested PCR technique was used to detect P. plecoglossicida from kidney and intestine of ayu. Primer pair PL-G1F and PL-G1R was used for the external PCR, and primer pair PL-G2F and PL-G2R for the internal PCR. Of 10 ayu juveniles, expected size PCR products were observed from intestine and kidney samples in one and two specimens, respectively. The PCR technique with primers based on the gyrB sequence is thus useful for the diagnosis of BHA. 相似文献
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斜带石斑白细胞cDNA文库的构建 总被引：5，自引：2，他引：5
用Tripure试剂盒提取斜带石斑白细胞总RNA,反转录合成第一链cDNA,进行长距离PCR,蛋白酶K消化,Sfi I酶切,通过CHROMASPIN-400柱,回收大于500bp的cDNA,与λTripIEx2载体连接,体外包装后构建了斜带石斑白细胞的cDNA文库.库容1.65×1.06,重组频率82%,扩增后滴度7.5×109pfu·mL-1.插入片断长度500～2300bp,最多的是在750～1000bp范围.本文库可作为筛选斜带石斑细胞因子基因的重要资源. 相似文献
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通过构建斜带石斑鱼垂体cDNA文库,克隆了其生长激素(GH)全长cDNA。斜带石斑鱼GH全长cDNA为955bp,编码的多肽为204aa。应用PCR方法把编码GH成熟肽的cDNA片段克隆到表达载体pET-15b,在大肠杆菌BL21(DE3)表达N端含6个组氨酸的融合多肽。SDS-PAGE结果表明,0.4mmol·L-1IPTG诱导表达的蛋白约为24kDa,主要为不溶性的包含体。细菌裂解液沉淀溶于6mol·L-1盐酸胍后,用Ni2+-NTA树脂进行亲和分离纯化,纯化产物在SDS-PAGE上表现为一条24kDa的蛋白带。在黑鲷GH放射免疫分析系统中,纯化产物能与黑鲷GH竞争结合GH抗体,表明大肠杆菌表达的斜带石斑鱼GH融合多肽具有GH免疫活性。 相似文献
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鲫血清转铁蛋白cDNA克隆及系统发育进化序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
鱼类血清转铁蛋白是鱼类血清中一种非血红素结合铁的β—球蛋白。从GenBank数据库查询发表的鱼类转铁蛋白cDNA或基因序列,根据铁离子结合及转运功能位点,设计并合成了两对引物P1、P4以及P2、P3,克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA中的核心片段,长度为866bp。再根据克隆出的核心片段分别设计上游及下游两对引物P5、P6以及P7、P8,随后用RACE方法分别克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA的5’端(787bp)和3’端(1081bp)以及全长cDNA,最后在计算机上排列出鲫血清转铁蛋白全长cDNA,长度为2444bp。比较了14种鱼血清转铁蛋白cDNA序列的同源性,其同源性在30％～80％之间,结果显示鲤科鱼类(鲫、银鲫、鲤及斑马鱼等)具有很近的亲缘关系;同时进行了系统发育进化分析,证实了鱼类血清转铁蛋白进化的保守性和氨基酸序列的高度同源性。 相似文献
20.
鳜鱼病毒核酸的初步分析 总被引：7，自引：1，他引：6
提取鳜鱼病毒核酸,分别用ＤＮａｓｅ、ＲＮａｓｅ和绿豆芽核酸酸处理表明,该病毒为双链ＤＮＡ病毒,用带ＥｃｏＲⅠ酶切位点的随机引物扩增病毒核酸,获得扩增核酸带谱。经低熔点琼脂糖回收ＰＣＲ产物,与质粒ｐＵＣ１９连接,获得三个重组子,已经对两个小插入片断进行了序列分析,插入序列分别为３６９ｂｐ和４５０ｂｐ。ＧｅｎＢａｎｋ检测显示,尚未有类似的序列报导。 相似文献