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1.
兰花两种主要病毒双重RT-PCR检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
根据建兰花叶病毒(Cymbidiummosaic virus,CymMV)和齿兰环斑病毒(Odontoglossumringspot virus,ORSV)这两种主要兰花病毒的保守序列设计特异性引物,在CymMV和ORSV单一RT-PCR优化体系的基础上,建立了同时检测CymMV和ORSV的双重RT-PCR检测方法。此方法可特异性地从感染CymMV和ORSV的样品中扩增出2条目的带,即CymMV(781 bp)和ORSV(588 bp)。扩增产物测序表明,CymMV扩增产物与GenBank中登陆的分离物核苷酸同源性为84%~97%,ORSV扩增产物与GenBank中其它分离物的核苷酸序列同源性为98%~99%。运用该方法对随机抽取的田间样品及组培苗样品进行检测,都得到了特异性扩增条带,其灵敏度达到了10-5。 相似文献
2.
【目的】全世界兰花病毒有 50 余种，建兰花叶病毒（Cymbidium mosaic virus，CymMV）和齿舌兰
环斑病毒（Odontoglossum ringspot virus, ORSV）是其中最常见的两种病毒。目前仍没有有效的措施能够控制病毒
病，因此建立针对病毒的高效监测、检测方法，对控制兰花病毒感染具有至关重要的意义。【方法】以兰花病
毒 CymMV 和 ORSV 为试验材料，采用反转录 - 环介导等温扩增方法（RT-LAMP）进行病毒 RNA 的扩增，从而
建立 CymMV 和 ORSV 的快速检测方法。分别根据两种病毒的 cp 基因序列保守区设计 RT-LAMP 引物，在一步
法 RT-LAMP 反应体系中加入羟基萘酚蓝（HNB，终浓度 200 µmol/L）作为扩增产物指示剂，不需开盖进行凝胶
电泳检测，便可直接根据体系颜色变化判读反应结果。【结果】利用该检测方法能够在 2 h 测出样品中是否存在
CymMV 和 ORSV 病毒 RNA，其灵敏度是 RT-PCR 的 10 倍。对 20 株田间样品进行一步法 RT-LAMP-HNB 检测，
根据田间检测结果显示，CymMV 检出率为 70%，ORSV 检出率为 55%，与 RT-PCR 结果保持一致，该法适用于
田间样品检测。【结论】建立的一步法 RT-LAMP-HNB 是一种灵敏、快速、特异、便捷的 CymMV 和 ORSV 检
测方法，仅需要简单控温设备如水浴锅便可进行核酸扩增，适用于在基层或不便利地区推广使用。 相似文献
3.
利用ELISA检测两种兰花病毒的研究 总被引：7，自引：0，他引：7
建立了三抗夹心酶联免疫吸附法(TAS-ELISA)检测建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CymMV)和双抗夹心酶联免疫吸附法(DAS-ELISA)检测齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus,ORSV)的方法.共检测了浙江省内139个兰科样品和8个百合科样品,结果表明有31.7%的兰花检出CymMV,有28.8%的兰花检出ORSV.根据病毒外壳蛋白基因上下游保守序列设计了检测ORSV的引物,参照周国辉报道设计了检测CymMV的引物并对人工接种两种病毒的兰花进行了逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测,结果表明,RT-PCR检测结果与ELISA结果相一致,进一步证实本研究建立的TAS-ELISA,DAS-ELISA方法稳定可靠,重复性好,可应用于兰花上CymMV和ORSV两种病毒的早期诊断和检测. 相似文献
4.
齿兰环斑病毒(Odontoglossum ring-spot virus,ORSV)和建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CymMV)复合侵染兰科植物的现象在自然界中非常普遍。通过设计一对简并引物可以同时扩增获得复合感染的兰科植物中两种病毒核酸片段(CymMV约558 bp,ORSV约825 bp),由此建立一步式免疫捕获-反转录-聚合酶链式反应(IC-RT-PCR)技术以检测2种病毒的复合侵染情况。利用该技术对来自广东汕头的35株兰样进行感病性测试,发现31株呈阳性,感病率为88%。阳性株中,ORSV感染率为87%(27株),CymMV感染率为29%(9株),复合感染率16%(5株),说明这一地区ORSV感病率较高,并与CymMV存在明显复合感染。扩增条带T载体克隆测序表明,与已知CymMV和ORSV分离物的核酸分子平均同源性分别高达97%和99%。 相似文献
5.
《福建农业学报》2015,(7)
根据GenBank中已发表的建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV)、齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus,ORSV)和菜豆黄花叶病毒(Bean yellow mosaic virus,BYMV)外壳蛋白(CP)基因序列保守区域分别设计特异性引物,通过优化多重PCR反应条件,建立能同时检测文心兰3种病毒的多重PCR检测体系。该体系能够一次扩增出CyMV、ORSV和BYMV的特异片段,其大小分别是551、325和212bp。测序结果表明,3种病毒序列与相应的参考序列相似性均达98%以上。灵敏度测定结果表明,从相当于或大于10-2 mg的感病植物组织中能够检测到这3种病毒。 相似文献
6.
RT-PCR检测齿兰环斑病毒技术的建立 总被引：11，自引：0，他引：11
根据已报道的齿兰环斑病毒(ORSV)外壳蛋白(CP)基因序列,进行同源性比较,设计了一对各为20bp的引物.通过优化试验条件,建立了稳定的RT-PCR检测ORSV体系,其检测灵敏度可达0.01ng·mL-1.将此方法与ELISA进行比较,结果表明,RT-PCR检测灵敏度比ELISA高1000倍.应用这两种方法同时检测了138瓶兰花组培苗样品,其中RT-PCR检测出32瓶兰花组培苗感染病毒,而ELISA只能检测其中的18瓶. 相似文献
7.
多重RT-PCR检测蝴蝶兰3种病毒CymMV、ORSV和CMV 总被引：1，自引：0，他引：1
《江苏农业科学》2017,(5)
根据建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,Cym MV)、齿兰轮斑病毒(Odontoglossum ringspot virus,ORSV)和黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)3种病毒外壳蛋白基因序列保守序列设计特异性引物,以病毒侵染的蝴蝶兰总RNA反转录的c DNA为模板进行扩增,建立了三重RT-PCR同时检测该3种病毒的方法。Cym MV、ORSV和CMV 3种病毒特异扩增的片段分别为561、433、306 bp。用该方法对17个疑似病毒感染的蝴蝶兰样品进行检测,结果13个材料检测出Cym MV特异带,2个材料检测出ORSV病毒特异带,1个材料检测出CMV病毒特异带,1个材料同时检测出Cym MV和ORSV病毒2条特异带,所检测的17个蝴蝶兰材料未发现3种病毒复合侵染的情况。 相似文献
8.
【目的】针对齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus, ORSV)建立快速、有效检测方法,对于保障兰花规模化生产有重要意义。【方法】以齿兰环斑病毒为材料,根据NCBI上已登录的齿兰环斑病毒外壳蛋白(coat protein, cp)基因序列分析其序列保守区,使用Primer Premier 5.0设计反转录荧光定量PCR引物及TaqMan荧光探针,建立检测齿兰环斑病毒的一步法RT-qPCR。构建齿兰环斑病毒cp基因克隆质粒,并以该质粒作为标准品进行荧光定量PCR标准曲线测定;以齿兰环斑病毒、建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CymMV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus, CMV)的病毒RNA为模板进行一步法RT-qPCR特异性检测;以10倍倍比稀释的cp基因质粒为模板进行灵敏性检测;用该法对大田18个兰花样品进行齿兰环斑病毒感染情况监测。【结果】齿兰环斑病毒一步法RT-qPCR检测法仅检出齿兰环斑病毒阳性模板,其余模板检测结果为阴性,说明检测方法具有特异性;该方法能够检测到的齿兰环斑病毒cp基因最低拷贝数... 相似文献
9.
【目的】分析陕北8个县(区)马铃薯X病毒外壳蛋白(CP)基因序列的一致性和变异性,明确病毒变异程度,为脱毒马铃薯的推广提供参考。【方法】以陕北8个县（区）种植2～3代疑似携带病毒的马铃薯叶片为材料,首先用Trizol法提取8个采样点马铃薯叶片总RNA,以已公布的马铃薯X病毒CP基因序列设计特异引物,通过RT-PCR扩增目的DNA片段,用琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物;然后对CP基因进行克隆并测序,使用DNAstar软件分析陕北马铃薯X病毒CP基因序列的一致性,并与国内外其他地区12个马铃薯X病毒进行比较,采用邻接法构建系统进化树。【结果】从陕北8个县（区）马铃薯叶片中均扩增到与预期大小一致的长度为620 bp目的片段,可知这些马铃薯均感染了X病毒。不同CP基因序列之间存在微小变异,8个县(区)样品间CP基因的序列一致性在95.2%～99.4%,与国内外其他地区12个样品CP基因的序列一致性在92.9%～98.5%。系统进化树显示,将X病毒可分为4个类群,而陕北8县(区) 马铃薯X病毒归属于其中的2个类群。【结论】马铃薯X病毒在陕北地区普遍存在,RT-PCR方法可快速、准确地检测到马铃薯X病毒,X病毒CP基因存在一定程度的变异。 相似文献
10.
采集昆明地区花卉基地和公园的269份菊花样品,调查并分析侵染菊花的番茄不孕病毒(Tomatoaspermy virus,TAV)和菊花B病毒(Chrysanthemum virus B,CVB)的发病状况。ELISA和RT-PCR检测结果表明,TAV和CVB在菊花植株上的发病率分别为4.62%和16.70%。对3个TAV分离物和8个CVB分离物的外壳蛋白(coat protein,CP)基因的部分序列进行测定,并分别与GenBank登录的TAV和CVB序列进行比对和系统进化分析,结果显示各TAV分离物的CP基因核苷酸序列同源性为85.04%～98.02%。在系统进化树中聚集的2个簇中,昆明分离物都在同一簇。CVB的CP基因存在较明显的序列变异,核苷酸序列同源性为75.09%～84.99%,在系统进化树中聚为3个簇,昆明分离物均集中在同一簇。 相似文献
11.
【目的】建兰花叶病毒(CyMV)和齿兰环斑病毒(ORSV)是侵染蝴蝶兰最主要的2种病毒,给蝴蝶兰产业造成巨大经济损失。本文建立了快速检测这2种病毒的方法,并为培育同时抗CyMV和ORSV的蝴蝶兰新品种奠定基础。【方法】根据2种病毒CP基因序列设计了2对特异性引物,运用RT-PCR方法同时检测这2种病毒,利用反义RNA技术构建2种病毒CP基因的融合表达载体。【结果】利用设计的特异性引物检测12株蝴蝶兰样品,有25%同时检测出2种病毒,在同一PCR反应体系中,扩增出2个目的条带清晰无杂带。从感病蝴蝶兰叶片总RNA中克隆出CyMV CP基因的125 bp片段和ORSV CP基因的164 bp片段。将CyMV的CP基因片段以3’→5’方向与表达载体p CAMBIA1300连接,命名为p CAMBIA1300-CyMV,经酶切及菌落PCR鉴定可获得125 bp的小片段;再将ORSV的CP基因片段以3’→5’方向与p CAMBIA1300-CyMV连接,命名p CAMBIA1300-CyMV-ORSV,经酶切及菌落PCR鉴定可获得289 bp的片段。【结论】所设计的2对特异性引物能够在同一PCR体系中快速高效地检测出CyMV和ORSV,含2种病毒CP基因的反义融合表达载体构建成功。 相似文献
12.
【目的】鉴定福建果园西番莲上的夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,Te MV),并建立用于该病毒特异性检测的分子快速检测方法,为该病毒的防治提供参考依据。【方法】采用血清学检测、电镜观察、通用简并引物RT-PCR、特异性引物RT-PCR对福建西番莲样品进行病毒检测,并对阳性样品的PCR产物进行克隆、测序;根据已报道的夜来香花叶病毒基因序列和本研究的序列测定结果,设计一对用于扩增Te MV外壳蛋白(coat protein,CP)基因全长的特异性引物,通过反应条件优化,建立该病毒的特异性RT-PCR检测方法;序列测定结果利用BLAST程序和DNAMAN软件进行比对,同时对获得的CP基因序列采用Mr Bayes软件的贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建系统发育树并进行系统发育分析。【结果】血清学检测发现,一株表现有花叶、皱缩症状的西番莲样品与马铃薯Y病毒属(Potyvirus)通用抗体反应呈阳性;电镜观察结果表明,该株疑似带毒样品中含有大小约750 nm×12 nm的弯曲线状病毒粒子;Potyvirus通用简并引物RT-PCR从该样品中扩增到一条与预期大小相符的目的片段,克隆、测序获得长度为680 bp的序列,该序列与已报道的Te MV核苷酸序列一致性最高(98.2%)。特异性引物扩增获得的CP基因序列全长为816 bp(命名为BXGFJ-13分离物),与已报道的Te MV核苷酸序列、氨基酸序列一致性分别为86.2%—98.4%和88.2%—97.8%。系统发育分析结果表明,13个Te MV分离物共形成3个类群,相同地区或寄主来源的分离物优先相聚成簇,表现出很强的地理和寄主特异性。本研究获得的BXGFJ-13分离物与中国广西分离物(KJ789129)先以较高的后验概率聚为一个分支,再与泰国2个分离物(AM409188、AM409187)聚为第2类群(Group II),表明其在系统发育关系上与中国广西分离物的亲缘关系最近。利用特异性引物Te MV-CPf/Te MV-CPr建立的RT-PCR方法,具有良好的特异性,仅能从感染Te MV的西番莲样品上扩增出目的片段,而从黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、甜菜花叶病毒(Beet mosaic virus,Bt MV)、大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus,SMV)、虎眼万年青花叶病毒(Ornithogalum mosaic virus,Or MV)、洋葱黄矮病毒(Onion yellow dwarf virus,OYDV)、东亚西番莲病毒(East Asian Passiflora virus,EAPV)等其他病毒样品及阴性对照上均未扩增出目的片段。灵敏度测定结果显示,该方法能从稀释102倍的RNA上扩增出目的片段。【结论】根据国际病毒分类委员会(ICTV)关于Potyvirus病毒不同成员的分类标准,同时结合血清学检测、电镜观察结果,证实福建果园表现花叶、皱缩症状的西番莲上携带有Te MV;建立的特异性RT-PCR方法能够用于Te MV的快速检测。 相似文献
13.
广东兰花两种主要病毒的检测 总被引：2，自引：0，他引：2
采用双抗夹心酶联免疫吸附法(DAS-ELISA)对44个兰花病样分别检测建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV )和齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus,ORSV),结果显示,有59.1%的兰花检出CyMV,36.4%的兰花检出ORSV,22.7%的兰花复合感染了CyMV和ORSV.采用一步逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)对24个兰花病样进行检测,结果有83.3%的兰花检出 CyMV,75%的兰花检出ORSV,66.7%的兰花复合感染了CyMV和ORSV,可见RT-PCR检测灵敏度高于ELISA. 相似文献
14.
在辽宁省沈阳市辽中设施蔬菜产区采集到疑似感染番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus,ToCV)和番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)的番茄样品,利用ToCV的特异性引物ToC5/ToC6进行RT-PCR检测,结果从4份病样中检测到ToCV预期大小的特异片段。利用ToCV外壳蛋白(coat protein, CP)和热激蛋白(heat shock protein 70, HSP70)基因的特异性引物进行CP基因和HSP70基因扩增及序列测定,结果得到ToCV辽中分离物CP基因和HSP70基因全长分别为774bp(GenBank登录号:MF278016)和1665bp(GenBank登录号:MF278017),序列分析结果表明ToCV辽中分离物的CP核苷酸序列与北京ToCV分离物(KC887999)和河北的ToCV分离物(KP217196)的CP核苷酸序列的相似性最高,均为99.87%;HSP70核苷酸序列与山东ToCV分离物(KC709510)的HSP70核苷酸序列的相似性最高,为99.76%。同时该样品利用背靠背引物TY-F/TY-R对TYLCV的DNA-A分子进行全基因序列扩增及序列测定,结果得到TYLCV辽中分离物的DNA-A分子全基因长度为2784 bp,序列分析结果表明TYLCV辽中分离物与山东TYLCV分离物(GU199587)的DNA-A分子全基因核苷酸序列的相似性为99.64%。从而证实了沈阳市辽中区的番茄受到ToCV与TYLCV复合侵染。 相似文献
15.
从广东和山东呈现花叶病症的辣椒上分离纯化得到2个黄瓜花叶病毒Cucumber mosaic virus(CMV)的分离物.利用RT-PCR技术克隆了病毒分离物的外壳蛋白(CP)基因.核苷酸序列测定表明,CMV-GDLJ和CMV-SDLJ 2个病毒分离物CP基因序列长度为657bp,编码218个氨基酸.2个病毒分离物的CP基因序列与CMV亚组Ⅰ的6个株系CP基因序列同源性均在90%以上,而与亚组Ⅱ的3个株系同源性均低于80%,据此将分离物CMV-GD和CMV-TA归属于CMV亚组Ⅰ. 相似文献
16.
分析草莓种质资源的病毒携带情况,为草莓脱毒种苗的繁育和病毒病的防治提供依据。针对保存的86份栽培草莓材料,分别提取每份材料的叶片总RNA,将待测草莓总RNA混样,然后采用高通量测序技术进行测序。根据每种病毒的序列保守区设计引物,采用RT-PCR对高通量测序的结果进行验证。利用设计的引物分别对每份草莓品种材料进行RT-PCR检测,明确每份材料的带毒情况。测序结果表明,从86份草莓资源中检测出3种病毒,分别为草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,简称SMoV)、草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,简称SVBV)和草莓白化病毒(strawberry pallidosis-associated virus,简称SPaV),该结果与RT-PCR验证的结果相符。在所有86份供试样品中,28份材料带有病毒,病毒感染率为32.56%;其中,23份材料带有SVBV;11份材料带有SMoV;5份材料带有SPaV。单一病毒侵染样品18份,复合侵染材料共10份,草莓种苗带毒率高,草莓病毒病危害严重。 相似文献
17.
马铃薯X病毒黑龙江分离物外壳蛋白基因克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)是重要的马铃薯病毒之一,几乎分布于全国所有马铃薯种植区域,严重影响马铃薯的产量和品质。对其建立RT-PCR分子检测体系以及对其外壳蛋白(CP)基因进行序列分析尤为重要。根据已报道的PVX的核苷酸序列设计合成1对引物,以带毒植株总RNA为模板,应用RT-PCR方法,克隆了PVX黑龙江分离物(P2)全长CP基因序列。序列分析表明:P2CP基因全长711 bp,编码237个氨基酸残基,与GenBank中17个不同分离物的CP核苷酸序列同源性为75.5%~96.3%,氨基酸序列同源性为89.4%~99.2%。依据PVXCP氨基酸序列建立系统进化树,将PVX不同分离物划分为两大类群,P2与PVX中国分离物亲缘关系较近,同属于类型Ⅱ,表现一定的地域相关性。同时,应用该RT-PCR分子检测体系进行马铃薯样品检测。 相似文献
18.
葡萄卷叶伴随病毒1号河北和辽宁分离物CP基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为获得葡萄卷叶伴随病毒1号(Grapevine leafroll-associated virus 1,GLRaV-1)中国分离物的分子信息,提高其检测可靠性,本研究从河北怀来和辽宁兴城地区带有明显卷叶症状的葡萄样品中提取的叶柄韧皮部总RNA,采用RT-PCR克隆了GLRaV-1的河北(GLRaV-1-HB)和辽宁分离物(GLRaV-1-LN)的外壳蛋白(coatprotein,CP)基因,并进行了序列分析。结果表明:GLRaV-1-HB和GLRaV-1-LN的CP基因核苷酸同源性为90.7%,由此推导的氨基酸同源性为93.8%;与已报道的国外3个GLRaV-1分离物的CP基因全序列相比,其核苷酸与氨基酸序列同源性分别为90.0%～96.0%和92.9%～97.5%。以CP基因序列构建的进化树表明,现有的5个分离物可分为3组,其中本研究得到的GLRaV-1-HB和GLRaV-1-LN,分别与巴西分离物(GLRaV-1-PS,GenBank登录号为GQ332536.1)和伊朗分离物(GLRaV-1-IR-S7,FJ952151.2)为一组;澳大利亚分离物(GLRaV-1-AUS,AF195822.1)单独为一组。 相似文献
19.
以陕北地区8个县(区)种植2~3代疑似带毒的马铃薯叶片为材料,Trizol法提取马铃薯叶片总RNA,以已公布的马铃薯Y病毒外壳蛋白(coat protein,CP)基因序列设计1对特异引物,反转录合成cDNA,RT-PCR扩增目的 DNA片段,1.5%的琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物。回收纯化CP基因片段并进行克隆和测序,采用DNAstar软件分析序列一致性。结果显示,所有马铃薯叶片中均扩增到与预期大小一致的、长度为400 bp的目的片段,表明这些马铃薯均感染了Y病毒;陕北8个县(区)马铃薯Y病毒CP基因与国内外其他地区12个样品之间的序列一致性为88.4%~99.8%,表明马铃薯Y病毒的CP基因序列比较保守,不易发生变异。RT-PCR方法可快速、准确地检测马铃薯Y病毒,从而为马铃薯茎尖剥离脱毒生产脱毒种苗(薯)提供依据。 相似文献
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【目的】明确甘肃省河西地区瓜类作物病毒病害的主要病毒病原,为当地瓜类作物病毒病的防治提供参考。【方法】自甘肃省河西地区采集有病毒病症状的瓜类作物新叶或果实共37份,利用双抗体夹心酶联免疫吸附分析(DAS-ELISA)方法对样本进行检测,并采用RT-PCR、CP基因片段测序、序列比对等方法对DAS-ELISA检测呈阳性的代表性样本进行复检。【结果】在37份瓜类作物病毒病样品中,有30份感染了西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV)、番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV-W)和南瓜花叶病毒(Squash mosaic virus,SqMV),感染WMV、CMV、ZYMV、PRSV-W和SqMV的样品分别占样品总数的40.5%,32.4%,21.6%,21.6%和8.1%,其中27%的样品受2种以上病毒的复合侵染。【结论】该地区瓜类病毒病主要病原为WMV、CMV、ZYMV和PRSV-W,自然条件下常发生复合侵染。 相似文献