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1.
病毒侵染直接影响草莓的生长发育及果实品质,快速检测及鉴定病毒是病毒防治的前提。本研究以‘丰香’草莓和‘哈尼’草莓为试材,利用小RNA(sRNA)测序结合RT-PCR技术对2种栽培草莓品种中存在的病毒进行了研究。对sRNA测序结果进行组装和注释,结果表明:在混合样品中共有242个contigs比对到5种草莓病毒,分别为草莓白化病毒(strawberry pallidosis associated virus,SPaV)、草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,SVBV)、草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)、草莓毛形病毒3(strawberry crinivirus 3,SCrV 3)和草莓毛形病毒4(strawberry crinivirus 4,SCrV 4)。利用RT-PCR技术对sRNA测序结果进行验证,结果表明:SMoV、SVBV和SCrV 3在‘丰香’草莓和‘哈尼’草莓中均检测到,而SPaV和SCrV 4只在‘哈尼’草莓样品中检测到。本研究利用sRNA测序技术鉴定了2个草莓品种中存在的病毒,首次在我国生产的同一个草莓品种中检测到5种病毒,为草莓病毒的检测和防控提供了新的思路。 相似文献
2.
为快速鉴定草莓病毒病种类以预防病毒病扩散,根据草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,SVBV)、草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)、草莓轻型黄边病毒(strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)、草莓白化病毒(strawberry pallidosis-associated virus,SPaV)、草莓病毒1(strawberry virus 1,StrV-1)和芸薹黄化病毒(brassica yellows virus,BrYV)的基因保守区域设计特异性引物,建立了能够同时检测这6种病毒的多重PCR方法。该多重PCR反应体系中,2×SanTaq PCR Master Mix用量为10 μL,上下游引物(10 μmol/L)用量为4 μL,其中SVBV为0.25 μL、SMoV为0.50 μL、SMYEV为0.10 μL、SPaV为0.15 μL、StrV-1为0.50 μL和BrYV为0.50 μL,模板1 μL,ddH2O为5 μL,总体积20 μL。多重PCR反应程序设定为:94 ℃预变性5 min,94 ℃变性30 s,53 ℃退火30 s,72 ℃延伸120 s,最后72 ℃延伸10 min,循环数为35。该检测体系的灵敏度可以达到107 copies/μL。该多重PCR方法可以同时实现6种草莓病毒的高效快速检测,为草莓病毒病的早期发现和针对性防治提供了技术支持。 相似文献
3.
新疆地区四种草莓病毒病原的检测 总被引：4，自引：0，他引：4
【目的】研究新疆草莓病毒病病源种类及田间发生情况,建立主要病毒病原多重RT-PCR检测体系,为无病毒草莓生产提供理论和技术支持。【方法】利用已报道的4种草莓主要病毒病原4对特异性引物,分别对新疆主要草莓种植区采集表现疑似病毒病症状的草莓样品共450份,采用单一反转录PCR(RT-PCR)及多重PCR对采集的样品进行检测,分析新疆草莓病毒病的发生情况。【结果】感染新疆草莓有3种主要病毒,南北疆15个不同栽培区均能检测出这3种病毒,每个采集地的病毒检出率均在26%以上。所有样品中病毒总检出率为64.22%;其中,草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,SVBV)检出率最高,为51.78%;草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)检出率为23.78%,草莓轻型黄边病毒(strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)检出率为9.33%,草莓皱缩病毒(Strawberry crinkle virus,SCV)没有检出。病毒复合侵染率达18.45%,两种病毒病复合侵染检出率为16.67%,三种病毒病复合侵染检出率为1.78%;所有样品中对3种病毒的多重RT-PCR与单一RT-PCR检测结果一致。【结论】新疆草莓受SVBV、SMoV和SMYEV三种病毒危害,单一病毒病感染率以及两种以上病毒复合侵染侵染率都较高,在无病毒种苗的培育和生产中加强病毒检测。 相似文献
4.
《上海农业学报》2021,(4)
草莓病毒病常常会给草莓生产造成严重危害,主要表现为开花结果异常、品质劣化、产量下降,果实商品性降低等。为了明确上海地区草莓病毒病的分布和为害情况,对来自上海金山、奉贤、浦东3个草莓产区抽样采集的137份疑似病毒感染样品,采用RT-PCR技术进行分子检测分析并测序。结果表明:137份抽检样品中有88份检出病毒,总检出率达到64.2%,其中,草莓镶脉病毒(SVBV)和草莓斑驳病毒(SMoV)检出率较高,分别达到40.9%和43.8%;草莓轻型黄边病毒(SMYEV)仅在浦东新区采集的样品中检出,检出率达到1.5%;草莓皱缩病毒(SCV)在3个地区均未检测到;SVBV和SMoV两种病毒复合侵染率为21.2%,且症状明显。测序结果显示,在上海地区至少存在2个不同的SVBV病毒小种,3个不同的SMoV病毒小种。本研究可为掌握上海地区草莓产业草莓病毒病的流行情况以及制定有效的防控策略提供重要参考。 相似文献
5.
植物样本保存方法不当易导致样本枯萎和腐烂，严重影响病毒检测结果。为提高PCR法检测草莓斑驳病毒（strawberry mottle virus，SMoV）的效果，明确待检测植物样本的有效保存条件，将经过RT-PCR检测感染SMoV的草莓叶片作为试验材料，设置自然风干保存、硅胶干燥保存和氧化钙（CaO）干燥保存3种不同的干燥保存条件。采用试剂盒法提取各处理草莓叶片总RNA，设计特异性引物进行RT-PCR检测。比较得到最佳干燥保存条件后，再以几种常见的低温、干燥保存为对照，分析草莓叶片不同保存方法对草莓斑驳病毒PCR检测效果的影响。电泳结果显示，含有SMoV的草莓叶片在CaO干燥保存条件下PCR检测效果最好，且操作简单易行。该方法可以为高效、便捷的保存带毒草莓叶片样本提供参考，适用于田间大量样品的采集，提高检测效率。 相似文献
6.
《西南农业学报》2020,(3)
[目的]为了解贵州地区草莓(Fragaria×ananassa)栽培品种中4种主要病毒的发病率和草莓褪绿斑驳病毒(Strawberry vein banding virus,SVBV)贵州分离物与其他分离物的遗传进化关系,对贵州省贵阳市和黔东南州凯里市大棚草莓植株和草莓组培苗进行4种主要草莓病毒检测。[方法]克隆SVBV的全长基因组序列及CP编码的核酸序列后测序并分析。[结果]采集的77份草莓样品检测出SVBV和草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)2种病毒,未检测到草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus,SMoV)和草莓蚀刻病毒(Strawberry crinkle virus,SCV),其中SVBV的检出率为19.5%,SMYEV为2.6%;SVBV-GZ(GenBank登录号:MH894295)全基因组序列为7859bp,基因组结构推测有7个开放读框构成,基于SVBV基因组核酸序列的系统发育分析表明SVBV-GZ与SVBV-BJ (GenBank登录号:KR080547)亲缘性较近。[结论]基于SVBV CP氨基酸序列的系统发育分析发现,贵州不同地区草莓SVBV不同分离物与其他中国不同地区分离物同源性较高,可能是由于贵州从全国范围调运草莓种苗造成。 相似文献
7.
李丽丽 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2014,40(3)
为探索分子杂交技术在草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus,SMoV)检测中的运用,利用CTAB法从草莓叶片中提取总核酸,并以此为模板,利用特异引物扩增SMoV非编码区序列,经克隆、测序获得SMoV非编码区序列。系统进化分析结果显示:本研究中的分离物与GenBank中已报道的分离物的亲缘关系较远,独立形成1个小的进化支。以带有病毒特异片段的质粒为模板,运用PCR技术制备了地高辛标记的cDNA探针。以草莓感染SMoV叶片为试材,利用地高辛标记探针可有效检测草莓叶片中的SMoV,草莓总核酸样品稀释10倍后仍可有效检测。 相似文献
8.
【目的】探明侵染广东省蒲瓜的病毒种类，建立一种可以同时检测多种蒲瓜病毒的RT-PCR检测方法，提高蒲瓜病毒种类鉴定效率，为蒲瓜病毒病的精准监测与防控提供依据。【方法】2018—2022年间，从广东省广州市、惠州市、清远市、汕头市和湛江市的蒲瓜主要种植区采集蒲瓜病毒病疑似样品78份，对采集的样品按照地区和症状进行分类，提取每份样品的总RNA，将一个地区具有相同症状样品的RNA等量混合后进行小RNA深度测序分析。根据小RNA深度测序分析结果，设计特异引物进行RT-PCR验证，从而明确侵染广东省蒲瓜的病毒种类。挑选6种检出率高、危害严重的蒲瓜病毒，根据GenBank数据库设计多重PCR检测引物，通过优化反应体系和反应条件，建立同时检测6种蒲瓜病毒的多重RT-PCR方法。【结果】从采集的78份蒲瓜疑似病毒病样品中，共检测到12种病毒，按照检出率从高到低分别为葫芦内源RNA病毒（Lagenaria siceraria alphaendornavirus,LSEV）(64.1%)、黄瓜绿斑驳花叶病毒（cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV）(62.8%)、... 相似文献
9.
孙国强崔建臣杨卫东许波李常平 《中国农技推广》2022,(7):84-85
北京地区草莓病毒病主要由草莓镶脉病毒(SVBV)、草莓斑病毒(SMoV)、草莓轻型黄边病毒(SMYEV)和草莓皱缩病毒(SCV)引起,结合文献报道与调查所见,分别介绍了草莓病毒病的传播途径、为害症状及综合防控措施,为生产中识别与防控该病害提供参考。 相似文献
10.
草莓(Fragaria × ananassa Duch.)营养价值丰富,是世界上广泛栽培的重要经济作物。但由病毒侵染引起的草莓病害给生产带来了巨大的经济损失,严重制约了草莓产业的健康发展。据此本文对目前已报道的22种主要草莓病毒进行了分类,详细介绍了草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus, SMoV)、草莓镶脉病毒(Strawberry vein banding virus, SVBV)、草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellow edge virus, SMYEV)和草莓皱缩病毒(Strawberry crinkle virus, SCV)四种在生产上危害最为严重的病毒,并综述了国内外草莓病毒性病害的防治方法,同时对未来草莓病毒性病害的防治工作进行了展望,以期为从事草莓栽培工作的生产技术人员提供参考。 相似文献
12.
草莓镶脉病毒粒子提取及电镜观察 总被引：1，自引：0，他引：1
从受感染的草莓(Fragaria sp)植株中提取了草莓镶脉病毒(Strawberry vein banding virus,SVBV)粒子并对其进行了电镜观察.用CTAB法从草莓叶片中提取总核酸,设计SVBV外壳蛋白基因特异性引物,利用PCR方法对杭州地区的草莓镶脉病毒感染情况进行检测.检测结果表明,在杭州地区大田种植的草莓中存在SVBV感染现象.从4株受感染草莓植株中分离克隆了SVBV的CP基因片段并测序;序列比较分析发现它们与已报道的美国SVBV分离物的CP基因(序列号NC_001725)核苷酸同源性为91％.利用差速离心法从上述草莓植株的叶片中提纯SVBV病毒,在透射电镜下观察到SVBV病毒粒子呈球形,直径约为40～55 nm. 相似文献
13.
为了建立一种特异、灵敏、快速检测草莓镶脉病毒（Strawberry vein banding virus,SVBV）的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法,根据已有的检测SVBV的引物信息,合成引物,对不同草莓品种进行PCR扩增。经过克隆、测序及序列比对得到了感染SVBV的阳性植株,利用此植株PCR扩增产物构建重组质粒作为标准品,优化了PCR反应体系,标准曲线的循环阈值（Ct值）与模板浓度有良好的线性关系（R2=0.999 1）;进行了灵敏度和重复性试验,敏感性可达到101拷贝·μL-1,约为普通PCR的1 000倍,重复性好;并与常规PCR方法进行了比较,成功建立了检测SVBV的实时荧光定量PCR法。用该方法检测了部分草莓品种的DNA样品,结果表明,大部分植株都带有SVBV。该方法具有很高的灵敏性和重复性,可用来快速检测草莓植株是否感染SVBV。 相似文献
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用CTAB法从感染草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,SVBV)的草莓叶片中提取总DNA,设计特异性引物扩增SVBV ORF Ⅵ基因的全长片段,进行克隆并测序.序列分析表明SVBV ORF Ⅵ基因完整序列全长1 557bp,编码518个氨基酸.将其与SVBV美国分离物以及花椰菜花叶病毒属其他成员的ORF Ⅵ基因相比较,结果表明SVBV中国分离物ORF Ⅵ基因与SVBV美国分离物ORF Ⅵ基因核苷酸序列相似性最高,达84.5%;而与花椰菜花叶病毒属其他成员的ORF Ⅵ基因序列相似性均较低,仅为23.7%～27.9%.构建SVBV及其同属其他成员ORF Ⅵ基因的系统关系树,结果显示SVBV中国分离物与SVBV美国分离物单独形成1个分支,说明来源于草莓的2个SVBV亲缘关系最近,而与其同属其他成员的亲缘关系均较远.生物信息学分析表明SVBVORF Ⅵ基因表达的P6蛋白序列含有多种蛋白激酶磷酸化位点,其二级结构N端是1个α-螺旋富集区.该研究将为进一步研究P6蛋白的功能提供理论依据. 相似文献
16.
旨在研究草莓斑驳病毒（SMoV）在山西省的分布、结构变异及遗传多样性。从山西省7个主要草莓种植区随机采取159份草莓叶片进行RT-PCR病毒检测，结合在线数据库，使用MEGA5构建系统发育树，采用SDTv 1.2软件进行序列相似性分析，运用DnaSP v5.10软件分析cp基因的遗传多样性，采用RDP v.4.31 软件检测SMoV中的重组事件。RT-PCR检测后发现，从山西省各地区收集的159份草莓叶片中有65份样品呈阳性，检出率为38.46%。这些阳性样品经过分离、测序、克隆，获得16个SMoV分离物。结合在线的19个SMoV分离物系统进化树分析显示，35个SMoV分离物被分成两组，组1包含28个分离物，均来自中国；组2包含7个分离物，分别来自加拿大、日本和美国。经选择压分析和中性检验，组1和组2 SMoV分离物之间存在显著的遗传差异，且中性检验均为负值，SMoV种群呈扩张状态。序列相似性分析表明，35株分离物的核苷酸同一性为81.34%~100%，氨基酸的一致性为94.77%~100%，呈现出较高的相似性。可见：SMoV存在较高的遗传变异，负选择压力可能是导致SMoV遗传多样性的原因。 相似文献
17.
《上海农业学报》2021,(4)
2017—2018年对上海市嘉定区、宝山区、奉贤区、浦东新区葡萄种植园进行病毒病调查及传毒介体检测,将采集的叶片混合后通过小RNA测序方法确定侵染病毒种类。结果表明:混合样品带有葡萄双生病毒A(Grapevine geminivirusA,GGVA)、葡萄卷叶伴随病毒2(Grapevine leafroll-associated virus2,GLRaV-2)、岩生葡萄茎痘伴随病毒(Grapevine rupestris stem pitting-associated virus,GRSPaV)、葡萄斑点病毒(Grapevine fleck virus,GFkV)和葡萄蚕豆萎蔫病毒(Grapevine fabavirus,GFabV)等5种植物病毒;RT-PCR或PCR复验结果与小RNA测序结果一致。同时,对浦东新区葡萄园种植点周边的昆虫带毒情况检测发现,葡萄双生病毒A普遍存在于烟粉虱Bemisia tabaci(Gennadius)、茶黄蓟马Scirtothrips dorsalisHood、狭领纹唇盲蝽Charagochilus angusticollis、菊方翅网蝽Corythucha marmorata(Uhler)、桃蚜Myzus persicae和寡脉蝇Asteia amoenaMeigen体内,此外在狭领纹唇盲蝽体内还检出GFk V,其他病毒未检出。该结果可为进一步研究上海地区葡萄上发生的病毒病种类及传毒介体提供参考。 相似文献
18.
【目的】西瓜潜隐病毒（Citrullus lanatus cryptic virus,CiLCV）是近年来新发生的一种重要种传病害,研究旨在建立基于TaqMan探针法的实时荧光定量PCR（real-time fluorescent quantitative PCR with TaqMan probes,TaqMan-qPCR）检测技术,为开展种子、种苗带毒鉴定和病害防控提供技术支撑。【方法】通过基于小RNA高通量测序技术在北京西瓜产地发现了CiLCV,并克隆CiLCV的dsRNA1和dsRNA2全长序列,设计特异性引物建立RT-PCR和TaqMan-qPCR检测方法。以黄瓜绿斑驳花叶病毒（cucumber green mottled mosaic virus）、黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus）、甜瓜内源病毒（Cucumis melo endornavirus）、瓜类褪绿病毒（cucurbit chlorotic yellows virus）、南瓜花叶病毒（squash mosaic virus）、番茄斑萎病毒（tomato spotted wilt virus）、西瓜花叶病毒（watermelon mosaic virus）、小西葫芦黄花叶病毒（zucchini yellow mosaic virus）8种常见病毒为对照进行检测方法特异性分析;利用建立的实时荧光定量标准曲线对方法灵敏度进行评价;进一步利用TaqMan-qPCR和RT-PCR技术监测我国葫芦科作物主产区的西瓜、黄瓜、甜瓜和南瓜（砧木）种苗带毒情况。【结果】通过分析获得的高质量小RNA数据,发现17条组装的contig与CiLCV基因组有较好同源性。进一步克隆获得CiLCV的dsRNA1和dsRNA2序列全长（分别为1 603和1 466 nt）,发现其与河南省鉴定出的CiLCV同源性高达99.4%和99.8%（GenBank number KY081285、KY081284）。建立的RT-PCR检测技术对CiLCV有单一扩增条带;建立的TaqMan-qPCR检测技术具有较好特异性和灵敏度,且能够检测到最低拷贝数为2×103的病毒,灵敏度是RT-PCR的100倍。同时,发现有1份来自北京的西瓜种苗检出了CiLCV,而其余地区的西瓜、黄瓜、甜瓜和南瓜（砧木）种苗均未检出该病毒,表明我国葫芦科作物主产区种苗带毒情况总体不高。【结论】建立的TaqMan-qPCR检测CiLCV技术特异性强、灵敏度高,适用于口岸和实验室开展CiLCV快速检测和精准鉴定。鉴于CiLCV可以通过种子、种苗等传播方式快速扩散,我国应重视种子、种苗的带毒检测,防止带毒种子、种苗流入生产环节进而调运扩散至全国,给产业造成重大经济损失。 相似文献
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草莓斑驳病毒分子变异及PCR检测技术研究 总被引：3，自引：0，他引：3
【目的】明确草莓斑驳病毒（Strawberry mottle virus,SMoV）的分子变异特点;探索利用嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV的方法。【方法】利用RT-PCR扩增SMoV 3′非编码区（non-coding region,NCR）和大外壳蛋白（large coat protein,LCP）基因特异片段,并对扩增产物进行克隆测序。利用生物信息学软件分析不同地区分离物变异特点及系统发育关系。参考测序结果,在SMoV基因组保守区设计引物,利用嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV。【结果】获得了SMoV中国分离物的NCR区和部分LCP 基因核酸序列,不同分离物部分LCP基因核酸序列同源性为76.8%～99.7%。系统进化分析显示不同分离物呈现轻微的地理相关性。3个波兰分离物,4个中国分离物中的3个,7个荷兰分离物中的4个分别聚集成一簇;2个德国分离物与其它分离物亲缘关系较远,形成一个独立的分支。建立了利用半嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV的技术体系,灵敏度高于常规PCR。【结论】SMoV不同分离物变异复杂,德国分离物可能是一个代表特殊株系的群体;基于定位基因组保守区引物,利用嵌套PCR和转录增强技术可有效检测SMoV。 相似文献
20.
用CTAB法从感染草莓镶脉病毒(SVBV)的草莓叶片中提取总DNA,设计特异性引物扩增含有SVBVORF Ⅰ的片段,克隆并测序.序列分析表明,该片段全长1 033个核苷酸,其中包含的ORFⅠ全长987个核苷酸,编码328个氨基酸.结果表明:将其与花椰菜花叶病毒属其他成员的ORF Ⅰ序列相比较,中国SVBVORFⅠ与美国SVBV ORFⅠ序列相似性最高,达88.3％.进一步构建SVBV及其同属其他成员ORFⅠ的系统关系树,结果显示:中国SVBV ORF Ⅰ与美国SVBV ORFⅠ单独形成1个亚分支,说明来源于草莓的2个SVBV亲缘关系最近. 相似文献