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长链非编码RNA（long noncoding RNA,lncRNA）是一类转录本长度超过200个核苷酸,不参与蛋白编码的功能性RNA分子,直接以RNA形式在表观遗传水平、转录水平、转录后水平、翻译水平和翻译后水平调控基因的表达,在家畜体内的各种生物学过程中起重要作用。作者对长链非编码RNA的来源、分类和结构特征、实现生物学功能的4种分子调控机制（信号分子、诱饵分子、引导分子、支架分子）、调控基因表达的5个层面及采用高通量RNA测序技术分析测序数据和预测家畜lncRNA的方法进行了综述,为合理地研究家畜的lncRNA提供基础。家畜lncRNA预测方法主要包括深度测序、转录组重建、新转录本预测、lncRNA识别4个部分,在lncRNA识别阶段,作者所在研究团队前期采用将蛋白质编码潜能评估工具CPAT（coding potential assessment tool）和在线的序列编码能力预测工具CPC（coding potential calculator）结合取交集的方法,较好地从预测得到的大量的候选转录本中快速排除具蛋白编码能力的转录本,预测获得68 604条内蒙古绒山羊的皮肤组织lncRNA,丰富了NONCODE数据库中羊lncRNA转录本的基础数据。 相似文献
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骨骼肌的分化发育是一个由多种功能性因子参与协同作用的复杂过程,其中成肌分化抗原(MyoD)是较早已经确定的骨骼肌特异转录因子,对肌肉发育有着重要的作用。长链非编码RNA(LncRNA)是具有多种生物学功能但不能编码蛋白质的RNA。近年来,很多研究表明LncRNA在肌肉发育过程中具有重要的调控作用。文章就目前与MyoD共同参与肌细胞增殖、分化、再生过程的相关LncRNA及其相关作用机制进行总结综述,以期为进一步阐明与MyoD相关的LncRNA调控肌肉发育的作用机制提供理论参考。 相似文献
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长链非编码RNA（long noncoding RNA,LncRNA）是一类转录本长度超过200 nt的RNA分子,不具有编码蛋白质的能力,主要参与脂肪代谢、肌肉发育、胚胎发育、性别决定与分化等多种生物过程和疾病的调控。在LncRNA研究中,研究方法的建立和应用起着至关重要的作用。作者简述了LncRNA的生物学特性和生物学功能,重点介绍了LncRNA的主要研究方法：基因芯片、RNA-seq、Northern blotting、荧光原位杂交（FISH）、实时荧光定量PCR、RNA结构平行分析（PARS）、快速预测RNA和蛋白质相互作用（CatRAPID）等,同时介绍了LncRNA与DNA、RNA及蛋白质的相互作用的方法：RNA-pulldown、RNA结合蛋白免疫沉淀（RIP）、光活性增强的核糖核苷交联和免疫共沉淀（PAR-CLIP）、RNA反义纯化（RAP）、RNA纯化的染色质分离（CHIRP）及RNA靶标的捕获杂交分析（CHART）、交联,连接以及混合测序（CLASH）,为畜禽动物中LncRNA的研究提供借鉴。 相似文献
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长链非编码RNA在畜禽经济性状中的研究进展 总被引：1，自引：1，他引：0
长链非编码RNAs(long noncoding RNA,lncRNAs)是一类转录本长度200nt的非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),且广泛存在于动物、植物及微生物的细胞质和细胞核中。研究表明,LncRNA能够在染色质、转录和转录后水平调控基因表达,参与动物几乎所有的生命过程,例如繁殖、肌肉生长、脂肪沉积、毛囊生长、乳腺发育和泌乳等。本文就lncRNA的作用机制及其在畜禽经济性状研究中的现状进行了综述,旨在为lncRNA在畜牧业中的研究和应用提供理论依据。 相似文献
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近年来,随着对鱼类的研究不断深入,关于鱼类基因表达的新调控方式得到了广泛关注。鱼类基因表达的新调控方式包括转录后调控、非编码RNA等,这些方式不能作为蛋白质编码而被翻译成蛋白质,但可参与调控基因表达。非编码RNA与转录后的转录本具有不同的序列,其不仅参与基因表达调控,还在表观遗传、信号转导等生物学过程中发挥重要作用。由于鱼类基因组相对较小,基因数目也相对较少,基因组序列相对保守。因此可通过研究非编码RNA以了解鱼类基因表达过程。文章综述了非编码RNA在鱼类中的表达情况和作用机制,比较分析了部分非编码RNA在不同物种中的应用及存在的问题,以期为进一步研究非编码RNA在鱼类生产中的作用机制提供参考。 相似文献
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长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200个核苷酸(nt)的非编码RNA,其可被转录但通常没有编码潜能,不能翻译成为蛋白质,故早期被认为是基因组转录过程中形成的副产物。近年在生殖领域随着二代测序技术的发展,已发现lncRNA可在转录、转录后修饰、翻译、翻译后修饰及表观遗传等多种层面调控基因的表达和蛋白活性,参与调控动物生殖如减数分裂、胚胎发育、生殖细胞的发育等过程。迄今为止,已经鉴定出多种与生殖功能有关的lncRNAs,如Tsx, Dmr, Neat1,H19等。该文综述了目前已发现的调控动物生殖的lncRNAs及其机制,为进一步研究lncRNA调控生殖的功能与机制提供参考。 相似文献
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长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)是一类长度大于200 nt的非编码RNA,能够存在于细胞核和细胞质中.LncRNA能够以顺式和反式作用方式调节基因表达,是一类重要的基因表达调节分子.LncRNA参与细胞分化发育、X染色体失活、肿瘤、免疫、神经系统和心血管系统疾病等多种生物过程和疾病的调控,具有重要的研究价值.作者主要对LncRNA的分类和来源、作用机制、研究现状及其在畜牧兽医中的研究情况进行了综述,为LncRNA在兽医和畜牧业科学中的研究和应用提供参考. 相似文献
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环状RNA(circularRNA,circRNA)是一类经反向剪接后、由3'末端和5'末端共价结合形成的环状非编码RNA(non-codingRNA,ncRNA)分子.这种非编码RNA具有组织表达特异性,因为有特殊的环状结构而不被RNA外切酶降解.随着RNA-seq在越来越多物种中的应用,circRNA的组学文章数量开始快速增长.研究结果表明,circRNA有以下五个生物学功能:与典型剪接发生竞争;充当miRNA分子的"海绵";调控基因的转录;与蛋白质结合,调控蛋白活性;翻译为蛋白质.circRNA的研究主要集中在人体医学方面,近年来,对各种家畜的研究也逐渐增多.本文综述了circRNA在羊、牛和猪生长发育方面的调控研究,以期为研究家畜组织中circRNA的功能提供理论依据与研究思路. 相似文献
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处于围产期的奶山羊由于血液中钙离子迅速降低极易引发低血钙症,5-羟色胺(5-hydorxytyrptamine,5-HT)可以调节生物体内钙代谢,但具体调节机制尚不明确。该研究通过注射5-羟色氨酸(5-HTP,5-hydroxytryptophan)来增加围产期奶山羊体内的5-HT浓度,采集血液提取RNA后,采用全转录组测序技术筛选鉴定差异表达mRNA、microRNA、LncRNA和CircRNA。通过Metascape对差异表达的基因进行富集分析,发现这些差异表达基因主要参与钙代谢、脂质代谢、免疫反应、细胞凋亡等过程。通过预测转录本之间的结合情况构建LncRNA/CircRNA-microRNA-mRNA的竞争内源性RNA(Competing Endogenous RNA,ceRNA)调控网络,并对网络中的基因进行富集分析发现3个与钙代谢相关的基因,分别是Toll样受体9(Toll Like Receptor 9,TLR9)、缝隙连接蛋白γ2(Gap Junction Protein Gamma 2,GJC2)和连接素1(Junctophilin1,JPH1),LncRNA MSTRG.1354.2可与TLR9竞争性地结合microRNA NC.030825.1_6027,进而调控TLR9的表达,MSTRG.56601.1和MSTRG.101405.3都可以与GJC2、JPH1竞争性地结合NC.030814.1_19917,进而调控GJC2和JPH1的表达。该研究结果为5-HT调控山羊钙代谢提供了一种全新的分子机制。 相似文献
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目的通过体外转录获得西尼罗河热病毒保守区基因的RNA片段,为核酸快速检测方法的建立和改进提供阳性定量标准品。方法设计西尼罗河热病毒基因保守区克隆引物,PCR从合成的基因DNA获得相应片段,连接至质粒PGEM-T-easy上并筛选阳性重组质粒,测序鉴定后酶切线性化,用T7RNA聚合酶进行体外转录,得到固定长度的RNA片段,DNase酶处理后测定浓度,梯度稀释后用RT-PCR验证。结果获得含西尼罗河热病毒靶基因序列的准确定量拷贝数的RNA片段,质量浓度分别为352.6ng/μL,RT-PCR验证均扩增出相应目的条带。结论获得的RNA片段可作为西尼罗河热病毒核酸快速检测方法的阳性定量标准品。 相似文献
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采用蛋白酶 Ｋ 消化,酚、氯仿抽提的方法提取法氏囊匀浆和细胞培养液中的鸡传染性法氏囊病病毒（ Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ）基因组 Ｒ Ｎ Ａ,用特异的寡核苷酸引物对其 Ｖ Ｐ２ 高变区进行反转录套式 Ｐ Ｃ Ｒ 扩增。应用该方法从一个法氏囊匀浆中即可特异地检出 Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ Ｒ Ｎ Ａ,得到的扩增产物可用于分子流行病学的进一步分析,而从感染材料的处理到扩增结果的电泳检测,在两个工作日之内可轻松完成。本实验为法氏囊病病毒的诊断和分子流行病学的分析提供了一种快速、简便、可靠的手段。 相似文献
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单股正链RNA病毒基因组末端的非编码区(non-coding region,NCR)不仅参与RNA-RNA间相互作用,还可以通过与反式作用因子(trans-acting factor)结合,发挥对病毒基因组的复制、转录和组装等过程的调控作用.本文对近年来一些关于单股正链RNA病毒基因组非编码区的结构与功能研究进展情况进行综述. 相似文献
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单股正链RNA病毒数量众多,对人、动物和植物造成很大的危害。病毒基因组3＇末端都具有一段非编码区,基因组3＇非编码区在病毒的复制过程中发挥着重要的作用。本文简单介绍了单股正链RNA病毒基因组3＇非编码区结构的预测、测定和功能的研究方法,并重点概括了不同单股正链RNA病毒3＇非编码区一级序列、茎-环结构、假结体、TLS等结构在病毒基因组的复制、转录和翻译中的调控作用以及目前存在的问题。 相似文献