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1.
刘永刚;熊远著;左波;蒋思文;邓昌彦;李家连;李凤娥;郑嵘 《农业生物技术学报》2006,14(3):323-328
为了揭示猪杂种优势的分子机理，利用mRNA差异显示技术研究梅山猪，大白猪和梅大杂交猪背最长肌中基因表达的差异, 分离14条在杂种与纯种背最长肌中差异表达的表达序列标签(EST), 并用半定量RT-PCR鉴定。核苷酸序列分析表明, 这14个EST与已知的基因或表达序列标签没有明显的同源性，随后这14条EST 被提交到GenBank数据库。组织表达谱分析揭示了这些EST在心、脾、 肝、肾 、 小肠、 卵巢、 肺等绝大多数组织中表达, 说明这些基因对生命过程很重要。这些研究结果表明梅山×大白杂交组合的杂种与纯种之间的不同基因差异表达的方向存在巨大差异，猪杂种优势可能是在一定阶段有诸多不同的必不可少的基因向各种方向差异表达共同作用的结果。 相似文献
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杂种和纯种猪之间脂肪组织差异表达基因的分离、克隆和序列分析 总被引：3，自引：1，他引：2
实验选取中国地方品种梅山猪和外国品种大白猪进行正反向杂交产生杂种梅大和大梅猪，用mRNA差异显示技术，分析了亲本和杂种猪背部皮下脂肪组织间基因差异表达。结果发现，在10条5＇端随机引物和10条3＇端锚定引物共100对引物组合的差异显示扩增下，共获得l500多条可重复的扩增条带，选取其中能够重复出现的40条差异表达带（在4组样本中不能同时出现的条带）进行重扩增、克隆并测序。通过GenBank／BLAST比对发现，其中有4条EST分别与GenBank序列同源性较高，其余36条属于新的EST，将这36条EST提交GenBank获得注册号，并选取其中的3条进行半定量RT-PCR验证并检测其相对表达，其中2条表现不同程度的差异，l条没有明显差异。为提高DDRT-PCR真阳性，实验中的4种组合各屠宰6头以建立RNA池，采取低高严谨结合的退火温度进行差异显示扩增以及只回收在2次PCR扩增均能重复出现的条带。结果表明，所获得的36条新的EST在亲子代之间的差异表达方式不尽相同，这些差异表达的基因可能与脂肪组织杂种优势的形成有关。 相似文献
3.
大梅与梅山猪背最长肌正反消减文库的构建及序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
为从基因差异表达的角度研究杂种优势的分子机理,构建了差减效率均为210倍的大梅与梅山猪背最长肌正反消减文库。在大梅(被消减)-梅山库中挑选了610个有效克隆,经斑点杂交筛选出48个阳性克隆,测序后经Blastn网上比对揭示了37个基因,其中28个EST是已报道基因的cDNA片段,9个在NCBI数据库中没有同源序列。在梅山(被消减)-大梅挑选了580个有效克隆,经斑点杂交筛选出45个阳性克隆,测序后经Blastn网上比对揭示了34个基因,其中26个EST是已报道基因的cDNA片段,8个在NCBI数据库中没有同源序列。 相似文献
4.
本研究采用实时荧光定量PCR方法检测了长白猪和梅山猪背最长肌组织中RYR1基因mRNA表达量在初生（0月龄）、1月龄、2月龄、3月龄、4月龄和5月龄间的变化及其与体重、肌纤维面积（CSA）和肌内脂肪含量（IMF）之间的相关性。结果表明：长白猪的体重、CSA在多数月龄均高于梅山猪,而梅山猪的IMF在多数月龄均高于长白猪。两品种RYR1基因表达量的发育性表达模式极为相似,均表现为波动起伏中逐渐上升的趋势。相同月龄时,梅山猪RYR1基因的表达量均高于长白猪。本文初步揭示了两猪种生长发育过程中RYR1基因表达的发育性变化模式和品种差异,为进一步研究RYR1基因对猪肉质性状的影响提供了基础数据。 相似文献
5.
为了寻找更多的和性状关联的猪候选基因或分子标记,用DNA差异显示技术扫描140头大白×梅山F2猪的DNA,发现了2个与猪的性状具有显著关联的分子标记,并对这2个分子标记进行测序和鉴定.标记1与最后肋骨处估测背膘厚(P＜0.01)、倒数三四肋骨处估测背膘厚(P＜0.01)、估测瘦肉率(P＜0.01)、骨重(P＜0.05)、骨率(P＜0.05)、肥肉重(P＜0.05)、肥肉率(P＜0.05)、瘦肥比率(P＜0.05)、肩部最厚处背膘厚(P＜0.05)、6～7胸椎间背膘厚(P＜0.01)等性状关联.标记2与背最长肌pH值(P＜0.05)、失水率(P＜0.05),系水力(P＜0.05),背最长肌肉色评分(P＜0.05),背最长肌含水量(P＜0.05)、肋骨数(P＜0.05)骨率(P＜0.05)、胸腰椎结合处背膘厚(P＜0.05)、胃净重(P＜0.01)等性状关联.经与GenBank进行Blast比较,这2个标记与已知的猪基因或基因组序列没有明显的同源性,提交到GenBank,登陆号分别为CN605659和AY626262.研究所用的方法为揭示新的猪候选基因或分子标记提供了一条新的途径. 相似文献
6.
莱芜猪和杜洛克猪H-FABP表达差异和肉质性状关系研究 总被引：1，自引：0，他引：1
采用荧光定量RT-PCR法测定H-FABP基因在体重100kg左右的莱芜猪和杜洛克猪背最长肌中的表达差异，分析了H-FABP基因表达差异与肉质性状的关系，结果表明：莱芜猪的背最长肌H-FABP基因mRMA的表达水平比杜洛克猪高38.60％，认为可能与莱芜猪肌内脂肪含量极显著高于杜洛克猪有关（P<0.01）；H-FABP基因的背最长肌mRNA的表达水平与肌内脂肪、pH值成正相关，与肌纤维直径成负相关，与大理石纹和肉色的相关关系两品种不一致。其中莱芜猪和杜洛克猪H-FABP基因mRNA表达量与肌内脂肪相关系数最高，分别为0.363和0.943。对H-FABP基因的研究不仅有助于肌内脂肪的提高，而且可提高肌肉pH值、降低肌纤维直径，全面改善肌肉的肉质性状 相似文献
7.
为了探究载脂蛋白A5（apolipoprotein A5,APOA5）基因和载脂蛋白C3（apolipoprotein C3,APOC3）基因组织表达差异及其与肌内脂肪（intramuscular fat,IMF）沉积的相关性,本研究利用荧光定量PCR方法分析APOA5和APOC3基因mRNA在可乐猪和江口萝卜猪7个组织中的相对表达量及其与IMF沉积的相关性。研究结果表明：APOA5和APOC3基因在可乐猪和江口萝卜猪的7个组织中均有不同程度表达,在肝脏中表达量最高,在皮下脂肪和背最长肌中表达量次之;APOA5基因在可乐猪多数组织中的表达量显著低于江口萝卜猪（p〈0.05）,而APOC3基因未呈现类似规律性;可乐猪中,除心脏外,其它组织均表现为APOC3基因mRNA表达量高于APOA5,江口萝卜猪心脏、肝脏、脾脏、小肠和背最长肌中同样呈现上述表达差异。相关及回归分析表明,IMF沉积量与可乐猪APOC3 mRNA表达丰度呈线性正相关（p〈0.05）。根据研究结果,可以推测APOA5和APOC3基因与IMF沉积有一定关联性。 相似文献
8.
脂联素(AdipoQ)是脂肪组织分泌的一种细胞因子,通过血液循环系统到达靶器官与其受体1和2(AdipoR1和AdipoR2)结合,参与脂质和能量代谢及胰岛素敏感性调节方面的生物学过程.利用荧光定量PCR技术检测了210日龄长白猪和荣昌猪的背最长肌和腰大肌组织中Adip0Q、AdipoR1和AdipoR2基因mRNA丰度的表达差异,并分析了基因相对表达量与猪肥胖指数(porcine obesityindex,POI)、肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)含量和背最长肌横截面面积的相关性.结果表明,在不同性别的长白猪和荣昌猪的两种肌肉组织中均检测到AdipoQ、AdipoR1和AdipoR2的表达,但表达量在品种、性别和组织间存在明显差异.AdipoQ和AdipoR1基因表达量与POI和IMF含量呈负相关,与背最长肌横截面面积呈正相关,但均未达到显著水平(P＞0.05),A dipoR2基因表达量与IMF含量呈显著负相关(P＜0.05).研究结果提示,AdipoQ、AdipoR1和AdipoR2表达量与脂肪沉积性状呈负相关,与肌肉生长性状呈正相关,这与其增加脂肪酸氧化,减少脂肪沉积的功能相符. 相似文献
9.
绵羊脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白基因(FABP4)cDNA的克隆、表达及其结构模拟分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为探讨绵羊脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(FABP4)在不同生长阶段背最长肌中的表达特性,本实验以成年小尾寒羊(Ovis aries)皮下脂肪组织总RNA为实验材料,在脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白基因(FABP4)cDNA保守区域设计1对引物Ff和Fr,采用RT-PCR方法克隆了绵羊FABP4全编码序列,并运用生物软件对FABP4蛋白空间结构进行分析.同时运用实时荧光定量PCR法,对FABP4在皮下脂肪和背最长肌中的表达以及不同日龄在背最长肌中的表达量与背最长肌肌内脂肪含量的相关性进行了初步研究.结果表明:绵羊FABP4基因cDNA长度为464bp,包含1个由399 bp组成的开放阅读框,编码132个氨基酸.生物信息学分析表明,不同物种间FABP4氨基酸序列具有较强的保守性,蛋白质空间结构呈2个α螺旋和10个β折叠围绕的桶状构型.实时荧光定量PCR试验表明,FABP4基因在160和200日龄绵羊背最长肌中的表达量明显高于90日龄背最长肌的表达量(P＜0.05);且在90、120、160和200日龄绵羊背最长肌中的表达量与相应日龄的背最长肌肌内脂肪含量呈正相关(R2=0.7196,P＜0.01).本研究结果表明,调控FABP4基因在背最长肌的表达是改善绵羊肉质的潜在途径. 相似文献
10.
肌内脂肪(Intramuscular fat,IMF)含量是猪肉品质的一个主要的决定因子,心脏脂肪酸结合蛋白基因(heart fatty-acid-binding protein,H-FABP)是影响肌内脂肪含量的候选基因(Gerbens et al.,2001),本研究利用荧光定量RT-PCR方法.以遗传基础相距较远、肌内脂肪含量差异较大的莱芜猪和杜洛克猪为研究对象,对该基因在两品种背最长肌中的表达及与肌内脂肪等肉质性状相关关系进行了初步研究. 相似文献
11.
microRNAs(miRNAs)是一类单链小RNAs,是重要的基因表达调控因子,通过与靶基因的3'UTR序列互补来调控基因的表达。鉴定乳腺组织的miRNAs及其靶基因,对揭示miRNA在乳腺组织基因调控中的作用十分重要。本研究分别从分娩后21d金华和大约克母猪的乳腺组织中提取小RNA并构建各自的cDNA文库,通过Illumina Genome AnalyzerⅡx测序平台对它们进行高通量深度测序。将测序初始序列经过序列类型、长度、丰度的筛选得到比对序列,然后与已有的miRNA数据库、Genome和EST数据库进行比对。将两个猪种检测到的miRNA进行品种间差异性比较,并在差异性结果中选择相对丰度较高的前10个miRNA对其进行生物信息学分析。结果发现:金华猪乳腺组织的比对序列有9672024条,大约克猪6946905条;共检测到金华猪单一序列miRNA有848个,大约克猪683个;金华猪预测的新单一序列miRNA有369个,大约克猪231个;两个猪种间差异显著的miRNA有288个(P<0.01);相对丰度较高的前10个miRNA的靶基因有1829个,这些靶基因主要参与了抗原加工和呈递、Ⅰ型糖尿病、缝隙连接... 相似文献
12.
为阐明STMN1功能及其对绵羊肌肉生长发育的影响,本研究克隆了绵羊STMN1基因序列,对该基因编码蛋白质的理化性质进行预测,分析其在绵羊不同组织及不同发育时期背最长肌和股二头肌的表达特性。结果表明,克隆得到绵羊STMN1基因CDS区长450 bp,编码149个氨基酸,蛋白质分子量为17 302.51 D,等电点为5.75;绵羊STMN1氨基酸序列与山羊、牛、猪、小鼠和人的相似性达到90%以上;系统进化树分析表明,绵羊STMN1基因与山羊的亲缘关系最近。STMN1在绵羊睾丸中表达量最高,心和脾表达量次之,肝、肺、肾、背最长肌和股二头肌表达量较低。STMN1在不同发育阶段的绵羊背最长肌和股二头肌中均有表达,在绵羊背最长肌中,24月龄绵羊中STMN1高表达,0、2、5、12月龄中度表达;在绵羊股二头肌中,5月龄绵羊中STMN1高表达,2月龄中度表达,0、12、24月龄低表达。本研究结果为进一步阐明STMN1基因在绵羊中的生物学功能奠定了理论基础。 相似文献
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14.
遗传图谱构建时标记的选择与表达序列标签 总被引：2，自引：0，他引：2
表达序列标签(EST)是一种快速有效揭示基因组容量的方法。ESTs在新基因的发现、基因作图和基因组序列编码区域的确定等方面起到重要作用。综述了遗传图谱构建时标记选择及EST的应用。 相似文献
15.
利用辐射杂种克隆板对猪NDUFS7( NADH dehydrogenase(ubiquinone)Fe-S protein7)基因进行了染色体定位,克隆了该基因的完整CDS序列,用相关软件进行了基因结构和功能的预测,并用半定量RT-PCR技术分析了NDUFS7基因在猪的11种组织以及在33、65和90d胚胎和成年猪骨骼肌中的相对表达水平。结果表明,将NDUFS7基因定位于猪的2号染色体2q21-q24,与标记SW395紧密连锁。该基因的CDS全长648bp,编码215个氨基酸,预测编码的产物具有一个高度保守且与能量生成有关的NouB结构域和3个激酶的磷酸化位点。同时,半定量RT-PCR结果显示,NDUFS7基因在猪的11种组织中均有表达,但表达量有差异;在65和90d胚胎骨骼肌中的表达量较高,而在33d胚胎和成年猪骨骼肌中的表达量相对较低。 相似文献
16.
摘要：本研究用辐射杂种克隆板对猪的NDUFS7基因进行了染色体的物理定位，克隆了该基因的完整CDS序列，用相关软件进行了基因结构和功能的预测，并用半定量RT-PCR技术分析了NDUFS7基因在猪的11种组织以及在33天、65天、90天胚胎和成年猪的骨骼肌中的表达情况。分析结果首次将NDUFS7基因定位于猪的2号染色体２q21-q24， 与标记 SW395紧密连锁。该基因的CDS全长648bp，编码215个氨基酸，预测编码的产物具有一个高度保守的与能量生成有关的NouB结构域和３个酶的磷酸化位点。同时，RT-PCR结果显示，NDUFS7基因在猪的11种组织中均有表达，但表达量有差异；在不同发育阶段的骨骼肌中，65天和90天胚胎时的表达量较高，而33天胚胎和成年猪的表达量相对较低。 相似文献
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小麦品种小偃22干旱诱导基因及其表达分析 总被引：4，自引：1，他引：3
利用抑制消减杂交(SSH)技术构建了小麦(Triticum aestivum)品种小偃22干旱胁迫诱导基因表达的SSH-cDNA文库,从文库中随机挑选插入片段大于400 bp的阳性克隆60个进行测序,去除冗余序列和嵌合序列后,获得了31条高质量表达序列标签(EST)序列(GenBank登录号:ES466737～ES466766,ES466799).进一步采用RT-PCR对其中的胚胎形成晚期富集蛋白基因(LEA)和△1-吡咯啉-5-羧基合成酶基因(P5CS)的表达模式进行了分析.结果表明,获得的EST序列中的26条EST序列具有功能已知的同源基因,这些基因多数不仅与植物的非生物胁迫相关,也与植物的生物胁迫反应相关,表明植物在胁迫反应中有明显的交叉适应性,其中与小麦表达序列高度同源的EST占58%.24条EST序列与功能已知蛋白的同源性较高,主要涉及植物的信号传导、能量代谢、转录调控及防卫反应等.表达模式分析表明,LEA家族蛋白D9在土壤绝对含水量达到4.8%时上调表达,在萎蔫后复水2 h时表达量最高,随着复水时间延长表达量降低并趋于稳定;PSCS基因D16在渍水条件下、严重干旱胁迫下均上调表达,而在可维持生长的水分条件下和严重干旱后复水4 h后表达量急剧下降.序列分析表明,LEA蛋白基因D9与PSCS基因D16均是部分同源基因,暂命名为TaLEA-D9和TaP5CS-D16. 相似文献
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九龙牦牛脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白基因(A-FABP)的克隆及其表达谱 总被引：3，自引：1，他引：2
根据普通牛(Bos tarus)脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白基因(A-FABP)序列设计PCR引物,用成年九龙牦牛(B.grunniens)脂肪组织总RNA,经RT-PCR扩增获得了399 bp的A-FABP基因序列(GenBank登陆号:EU815937.1),该序列与普通牛A-FABP基因的同源性高达98.7%,有4个氨基酸发生突变,并导致等电点的变化.利用半定量RT-PCR分析了九龙牦牛A-FABP基因的mRNA表达特性,结果除肺以外,在脂肪、骨骼肌、心、肝、肾和脾中均检测到A-FABP基因的表达,并且在脂肪组织中表达量极显著高于其他组织(P<0.01),在肝和肌肉中亦有较高表达.A-FABP基因在背最长肌中的表达0.5和9岁以上九龙牦牛显著高于3.5和5.5岁九龙牦牛(P<0.05),并且其表达与背最长肌的肌肉脂肪含量存在显著相关性. 相似文献
19.
根据以籼稻（Oryza sativa ssp.indica）品种IR24为遗传背景的粳稻（O.sativa ssp.japonica）品种Asominori基因渗入系与IR24回交F1在多年、多点杂种优势的表现,筛选出1个强优势组合和1个弱优势组合,其杂种优势的差异主要来源于每穗实粒数.利用cDNA-AFLP技术分析了强优势和弱优势组合在幼穗分化至抽穗的叶片基因表达差异,获得了35个差异表达片段.差异带可分为4类,即超亲或减弱表达、杂种特异表达、双亲基因沉默和单亲表达一致型,其中与单亲表达一致型占比例最大（约83%）,杂种超亲或减弱表达占比例最小（约9%）.无论是强优势组合还是弱优势组合,这4种差异表达类型均有,且出现的比例也相近,差异表达片段类型与杂种优势之间没有直接的联系.对8个差异表达片段的克隆、测序、染色体登陆和功能分析,其中2个片段登陆在亲本基因型有差异的区段,且有1个在强优势杂种中特异表达的片段登陆在每穗实粒数杂种优势的位点上.本研究首次将基因的差异表达与亲本基因型、杂种优势位点及杂种优势的表型性状联系起来,为建立表现型-基因型-QTL定位-杂种优势相关基因表达-杂种优势分子生物学机理解释的技术平台奠定了的基础. 相似文献
20.
猪骨形成蛋白15基因编码区序列的克隆及测序研究 总被引：3，自引：0，他引：3
基于比较基因组学方法,选择大白猪和梅山猪作为试验材料,根据人、小鼠和猪的BM P 15基因设计并合成4对引物,进行基因组DNA的PCR扩增、克隆、测序,用BLA ST软件进行DNA序列排列,获得包含猪BM P 15基因外显子1(exon1)和外显子2(exon2)的全部编码区序列。用Pa irw ise BLA ST软件,将大白猪、梅山猪BM P 1 5基因编码区序列进行比较,在外显子2区域发现了一个SNP位点,位于编码区第390个核苷酸处,大白猪为T,梅山猪为A,且该位点导致了限制性内切酶Sp eⅠ酶切位点发生了改变。建立了猪BM P 15基因基于内切酶Sp eⅠ的PCR-RFLP多态性检测技术,发现猪BM P 15基因有3种基因型(BM P 15AA、BM P 15AB、BM P 15BB)。 相似文献