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1.
为了探求新生克隆猪可能的死亡原因以及是否存在不完全的DNA甲基化重编程,本试验运用亚硫酸氢盐测序法分别检测了H19基因和IGF2R基因差异甲基化区（DMR）在新生死亡克隆猪和同期正常猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏中的甲基化状态。结果发现,H19基因DMR在克隆猪肺脏中表现为超甲基化,极显著高于正常猪（95．20％VS46．80％P〈0．01）,且10个测序克隆中存在2处连续的全甲基化CpG位点（4-9位、12-S17位）,而在其他组织中甲基化差异不显著（P〉0．05）;IGF2R基因DMR在肝脏中处于超甲基化状态,显著高于正常猪（80．00％V839．41％P〈0．05）,而在肺脏中为去甲基化状态,板显著低于正常猪（14．71％VS66．47％P〈0．01）,在其他组织差异不显著（P〉0．05）。结果说明,在死亡克隆猪中,H19基因DMR在肺脏和IGF2R基因在肝脏与肺脏中存在不完全的DNA甲基化重编程,这可能是导致克隆动物死亡的因素之一。 相似文献
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《中国兽医学报》2016,(12):2154-2159
为了分析PEG11基因在体细胞核移植(somatic cell nuclear transfer,SCNT)牛中的印记以及重编程状态,本研究应用RT-PCR产物直接测序法对PEG11基因在自然繁殖牛和新生死亡SCNT牛7个组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉和脂肪)中的表达进行了分析。结果发现PEG11基因在自然繁殖牛的7个组织中均为单等位基因表达,表明PEG11基因在牛中是印记的;在SCNT牛肺脏中PEG11基因为双等位基因表达,而在其余6个组织中为单等位基因表达。进而用亚硫酸氢盐测序法分析自然繁殖牛和SCNT牛肺脏PEG11基因中54CpGs位点的甲基化状态,发现PEG11基因在SCNT牛肺脏中呈现与自然繁殖牛相似的高甲基化状态(97.26%),推测PEG11基因在新生死亡SCNT牛肺脏中印记紊乱可能是导致SCNT牛肺脏发育缺陷的原因之一,PEG11基因内部CGIs的甲基化不参与调控PEG11基因的基因组印记。 相似文献
3.
为探索冷冻保存对猪体细胞H19和IGF2R基因DNA甲基化的影响,本研究以梅山猪耳成纤维细胞为材料,采用亚硫酸氢盐测序和RT-PCR技术,检测了新鲜和冷冻保存细胞中H19和IGF2R基因的DNA甲基化状态和表达量,并对甲基化相关基因的表达水平进行分析。结果表明:冷冻组中H19基因DMR1和DMR3的甲基化率极显著高于新鲜组(P0.01),H19基因DMR2表现为去甲基化,极显著低于新鲜组中的甲基化率(P0.01),且该基因表达量极显著高于新鲜组(P0.01);冷冻组IGF2R基因DMR2表现为超甲基化,冷冻组极显著高于新鲜组中的甲基化率(P0.01),但IGF2R基因表达量无显著差异(P0.05);冷冻组中DNMT3A和DNMT1的基因表达量极显著高于新鲜组(P0.01),DNMT3B基因表达量则无显著差异(P0.05)。本实验条件下,冷冻保存影响了H19和IGF2R基因甲基化控制区的DNA甲基化状态,从而影响了该基因的表达水平。 相似文献
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5.
主要探讨猪手工克隆(HMC)胚胎和体外受精(IVF)胚胎及孤雌激活(PA)早期胚胎发育过程中6 h内的单细胞核全基因组DNA甲基化模式.运用抗5-甲基胞嘧啶抗体免疫荧光和激光共聚焦显微镜检测相对荧先强度的方法,检测猪手工克隆胚在融合后6 h内全基因组DNA甲基化模式,并与同时期猪体外受精胚及孤雌激活胚胎进行比较,从而探讨这3种胚胎变化模式的异同.结果显示:3种不同来源的胚胎在培养后不同时间点比较时,2、4、6 h均呈强甲基化状态,且均呈下降趋势;在同时间点比较时,2 h和6 h这两个时间点检测到3种胚胎的相对荧光强度均差异不显著(P＞0.05),而在4 h时,HMC胚胎显著高于PA和IVF胚(P＜0.05).结论:猪手工克隆胚在融合后6h内虽然也发生类似IVF胚的全基因组DNA去甲基化,但其去甲基化不充分,甲基化程度偏高,这可能是导致核移植胚胎核重编程不充分、发育能力低的一个原因. 相似文献
6.
新鲜、玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚全基因组甲基化模式初探 总被引：2，自引：1，他引：1
旨在初步分析新鲜及玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚全基因组甲基化模式。本研究采用单细胞全基因组甲基化测序技术(scWGMS)检测新鲜、玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚全基因组甲基化水平和差异甲基化区域(DMR),探讨两者之间DNA甲基化水平上的差异。结果表明,新鲜卵母细胞体外受精囊胚的整体甲基化水平显著高于玻璃化冷冻卵母细胞体外受精囊胚的整体甲基化水平(P<0.05)。采用基因本体分析(GO)和相关信号通路(KEGG)对143个DMRs分析,发现生物学过程主要显著富集在新陈代谢、生长发育、细胞定位、细胞刺激反应等,通路主要富集在生长发育、核酸结合及组蛋白乙酰化上,并筛选出几个与之相关的候选基因(FARP2、PI4KA、FAM3D、NCOR2、ZNF827等)。本研究初步发现,玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚的全基因组甲基化水平显著降低,且DMR区域主要集中在ATP结合、生长发育及组蛋白乙酰化,为提高玻璃化冷冻卵母细胞体外受精囊胚质量提供信息参考。 相似文献
7.
为了探究不同诱变处理对紫花苜蓿表观遗传学效应的影响,试验采用甲基磺酸乙酯(EMS)和60CO-γ两种诱变方法对紫花苜蓿种子进行处理,采用重亚硫酸盐测序(BS-seq)技术,对紫花苜蓿诱变前后全基因组DNA甲基化图谱进行分析。结果表明,紫花苜蓿体内的DNA甲基化主要有mCG,mCHH和mCHG 3种类型;C位点发生甲基化的比率在EMS诱变处理下表现为上升,在60CO-γ诱变处理下表现为下降。此外,DNA甲基化主要发生在CG序列;对不同诱变处理组的差异甲基化区域(DMR)鉴定发现有105个基因在两组比较中均存在DMR,KEGG通路富集分析表明,在DMR相关基因中显著富集的通路主要包括氮代谢通路(Nitrogen metabolism)、淀粉和蔗糖代谢途径(Starch and sucrose metabolism)、脯氨酸代谢(Proline metabolism)等生物学过程。因此,诱变改变了苜蓿DNA甲基化水平,为诱变突变体的筛选提供了丰富材料。 相似文献
8.
为了揭示FRMD1、STXBP2和GBP1 3个候选基因在感染副猪嗜血杆菌(Glaesserella parasuis,GPS)仔猪脑部组织中的表达差异及启动子区DNA甲基化差异,试验将6头体重为8～10 kg的28日龄杜×长×大三元杂交断奶仔猪随机均分为对照组和GPS组,GPS组腹腔注射2×109 cfu/mL的副猪嗜血杆菌SH0165菌株1 mL,对照组腹腔注射等量生理盐水,7 d后屠宰并取脑部组织,采用实时荧光定量PCR和重亚硫酸盐测序的方法检测候选基因的表达水平与启动子区DNA甲基化水平。结果表明：与对照组相比,感染副猪嗜血杆菌后仔猪脑组织中FRMD1基因的相对表达量极显著下调(P<0.01),STXBP2基因的相对表达量显著上调(P<0.05),GBP1基因相对表达量呈上调趋势(P>0.05)。感染副猪嗜血杆菌后仔猪脑组织中FRMD1基因启动子区甲基化频率由75.1%下降到65.5%(P<0.01),STXBP2基因启动子区甲基化频率由17.9%下降到8.9%(P<0.05),而GBP1基因启动子区甲基化频率由84.7%上升... 相似文献
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《中国兽医学报》2017,(11):2222-2226
对藏猪睾丸组织基因组DNA甲基化水平与Dnmt3a、HIF2α基因mRNA表达水平的相关性进行研究。以大约克猪为对照,采用荧光法测定藏猪睾丸组织基因组DNA甲基化水平,采用实时荧光定量PCR技术测定DNA甲基化转移酶3a(Dnmt3a)与低氧诱导因子2α(HIF2α)的基因在藏猪睾丸组织中mRNA表达水平。结果显示:藏猪睾丸基因组DNA甲基化水平(0.392 9±0.099 2)%显著低于大约克猪睾丸基因组DNA甲基化水平(0.901 7±0.146 7)%(P<0.05);藏猪睾丸组织中Dnmt3a基因mRNA相对表达量(0.071 6±0.036 6)%显著低于大约克猪睾丸组织中Dnmt3a基因mRNA相对表达量(0.987 8±0.137 0)%(P<0.05);藏猪HIF2α基因mRNA相对表达量(0.158 8±0.066 1)%也显著低于大约克猪HIF2α基因mRNA相对表达量(1.2930±0.0756)%(P<0.05)。通过对藏猪睾丸基因组DNA甲基化水平与该组织中Dnmt3a和HIF2α基因mRNA表达量进行相关性分析,发现存在线性正相关,R2值分别达到0.846 3和0.917 4,这将为藏猪睾丸低氧适应性的DNA甲基化机制及藏猪的分子育种等相关研究奠定基础。 相似文献
11.
Petra Giannini Martin Braunschweig 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2009,126(6):475-479
DNA methylation patterns at the IGF2‐H19 locus were investigated in sperm DNA from Swiss Landrace (SL) and Swiss Large White (LW) boars. The putative IGF2 differentially methylated regions (DMR) 0, 1 and 2, a quantitative trait nucleotide (QTN) region in the intron 3 and a CpG island in the intron 4 of the IGF2 gene as well as three regions around porcine CTCF binding sites within the H19 differentially methylated domain (DMD) were selected for the DNA methylation analysis. In both breeds putative IGF2 DMR0, 1, 2 and H19 DMD were hypermethylated. Significant differences in DNA methylation content were found between the two breeds in the two DMD regions proximal to the H19 gene. The IGF2 QTN region and the CpG island in the IGF2 intron 4 were hypomethylated in sperm DNA of both breeds. The methylation analysis revealed significantly more methylated CpG sites in the intron 4 of sperm from the LW breed than in that from SL. No difference was found in global DNA methylation between the two breeds. These results indicate differences in DNA methylation patterns between breeds and it remains to be established whether variation in DNA methylation patterns impacts on phenotypic traits. 相似文献
12.
Julia Devos Amir Behrouzi Francois Paradis Christina Straathof Changxi Li Marcos Colazo Hushton Block Carolyn Fitzsimmons 《Journal of animal science》2021,99(5)
Discovery of epigenetic modifications associated with feed efficiency or other economically important traits would increase our understanding of the molecular mechanisms underlying these traits. In combination with known genetic markers, this would provide opportunity to improve genomic selection accuracy in cattle breeding programs. It would also allow cattle to be managed to improve favorable gene expression. The objective of this study was to identify variation in DNA methylation between beef cattle of differential pre-natal nutrition and divergent genetic potential for residual feed intake (RFI). Purebred Angus offspring with the genetic potential for either high (HRFI) or low (LRFI) RFI were prenatally exposed to either a restricted maternal diet of 0.5 kg/d average daily gain (ADG) or a moderate maternal diet of 0.7 kg/d ADG from 30 to 150 d of gestation. We performed DNA methylation analysis of differentially methylated regions (DMR) of imprinted genes (Insulin-like growth factor 2 (IGF2) DMR2, IGF2/H19 imprinting control region (ICR) and IGF2 receptor (IGF2R) DMR2) using post-natal samples of longissimus dorsi (LD) muscle taken from male and female calves at birth and weaning, and of LD muscle, semimembranosus (SM) muscle, and liver samples collected from steers at slaughter (17 months of age). Interestingly, for all three DMR investigated in liver, LRFI steers had higher levels of methylation than HRFI steers. In LD muscle, IGF2/H19 ICR methylation differences for heifers at birth were due to pre-natal diet, while for steers at birth they were mostly the result of genetic potential for RFI with LRFI steers again having higher levels of methylation than HRFI steers. While results from repeated measures analysis of DNA methylation in steers grouped by RFI revealed few differences, in steers grouped by diet, we found higher methylation levels of IGF2 DMR2 and IGF2R DMR2 in LD muscle of restricted diet steers at weaning and slaughter than at birth, as well as increased methylation in LD muscle of restricted diet steers compared with moderate diet steers at weaning and/or slaughter. Our results suggest that differential pre-natal nutrition, and divergent genetic potential for RFI, induces tissue- and sex-specific alterations in post-natal IGF2 and IGF2R methylation patterns and that these patterns can vary with age in Angus beef cattle. 相似文献
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本研究旨在通过比对PolyI：C和Aza-CdR转染猪肾细胞后全基因组差异甲基化峰的分布特征，进而筛选Gene Ontology （GO）特有的差异甲基化基因，分析差异甲基化区域。首先，基于MeDIP-chip技术，采用猪385 K全基因组启动子和CpG岛甲基化芯片，分析3组试验材料（病毒模拟物Poly I：C转染的猪PK15细胞、甲基化酶抑制剂Aza-CdR转染的PK15细胞、无处理的mock细胞），通过Peak DM Value和Peak Score值获得试验组间显著性富集的差异甲基化峰；其次，对差异甲基化基因进行GO注释，筛选差异甲基化区域和差异甲基化基因。最终结合Bisulfite克隆测序和mRNA荧光定量表达试验验证差异甲基化区域DMR。试验初步揭示猪肾细胞全基因组DNA甲基化主要分布于5'调控区域。试验在组间比较后，特别是在P vs.C和A vs.C比较中发现DNA甲基化在基因组上的分布特征与CpG岛密度与距离TSS的位置有关，而在近启动子区域（0―+200 bp） DNA甲基化显著影响基因的表达。Poly I：C对PK15作用使得TSS附近200 bp （-200―+500 bp）低甲基化启动子增多，说明Poly I：C与Aza-CdR的作用相似，均具有潜在的去甲基化作用，特别是位于猪14号染色体上BNIP3L基因的10459946―10460615 bp区段共有669 bp Peak Length CG位点发生去甲基化。研究揭示，PolyI：C和Aza-CdR并不是对猪所有基因具有去甲基化作用，主要针对特有基因的特有启动子，证明这些特有启动子的CpG岛对Poly I：C和Aza-CdR具有特别的敏感性。 相似文献
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Genomic imprinting and DNA methylation play an important role in mammalian development. Many cloned animals showed heterogeneous DNA methylation profiles. However, there are fewer reports in cloned lambs because of a lack of genomic imprinting information. In this study, we investigated DNA methylation patterns in CpG islands and differentially methylated regions of putative imprinted gene Peg10 and imprinted genes Dlk1, Igf2R and H19 in cloned lambs. Five organs from two cloned lambs died shortly after birth and two normal controls were investigated. We observed normal DNA methylation profiles in cloned lambs. The imprinted genes Dlk1, Igf2R and H19 in livers, kidneys, hearts, muscles and lungs of the two cloned lambs exhibited relatively normal DNA methylation, except for Peg10 showing some differences between controls and cloned lambs. Our results indicate that somatic cell nuclear transfer-produced sheep exhibited relatively normal DNA methylation pattern and experienced normal DNA methylation reprogramming at imprinted loci. 相似文献
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DNA甲基化调控牛AQP1基因的胎盘特异性印记 总被引：1，自引：1，他引：0
为揭示牛AQP1（aquaporin 1）基因在不同组织及胎盘中的印记状态，以及DNA甲基化修饰在印记中的调控机制，本研究采用基于SNP的PCR产物直接测序的方法，对32头健康雌性成年荷斯坦奶牛心组织及15个自然分娩后的胎盘试验样本进行检测，确定了5头杂合子个体牛和3个杂合子胎盘，对其组织（心、肝、脾、肺、肾、肌肉和脂肪）和胎盘进行AQP1等位基因表达分析及印记状态分析，利用亚硫酸氢盐测序法分析AQP1基因位于启动子和第一个外显子区的CpG岛在牛心、肝组织、2个胎盘和对应精子中的DNA甲基化状态。结果发现，在杂合子牛被检测的7个组织中，AQP1基因呈现双等位基因表达；而在胎盘中，AQP1基因为单等位基因表达。通过分析杂合子胎盘对应的亲本基因型，发现AQP1基因为母源等位基因表达，即父源印记。进一步比较分析AQP1基因启动子区CpG岛在牛组织、胎盘及对应精子中的甲基化状态，在双等位基因表达的心脏、肝脏组织中，该区域未发现差异甲基化区（differentially methylated regions，DMR）；而在单等位基因表达的胎盘中，存在差异甲基化区，同时父源等位基因精子中为重甲基化状态。以上结果说明，牛AQP1基因为胎盘特异性单等位基因表达的父源印记基因，且AQP1基因位于启动子和第一个外显子区的CpG岛甲基化修饰参与调控牛胎盘的印记表达；在被检测的组织中为双等位基因表达。 相似文献
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DNA甲基化作为真核生物基因组重要的表观遗传学修饰,对生物体基因的表达有重要的调控作用。为了研究五指山猪肌肉组织基因组DNA的甲基化程度,试验利用MSAP技术,使用筛选的10对引物扩增,检测五指山猪背最长肌和半腱肌的甲基化程度。结果显示:1月龄、2月龄、4月龄五指山猪背最长肌的平均甲基化率分别是44.78%、41.58%、38.92%;1月龄、2月龄、4月龄五指山猪半腱肌的平均甲基化率分别是41.70%、39.39%、38.81%。研究结果为五指山猪生长发育规律、系统选育及矮小机制等方面的研究提供表观遗传学依据。 相似文献
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为了探索从江香猪生长慢的表观遗传学机理,本试验应用甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplifying polymorphism,MSAP)技术,将60头20 d从江香猪分为高体重组和低体重组,研究血液和肝脏基因组DNA中胞嘧啶的甲基化程度,并测定差异的甲基化片段核苷酸序列.结果发现,MSAP分析得到5 977条带;与低体重组相比,高体重组的血液和肝脏总甲基化水平较低,两组的血液半甲基化水平均较肝脏中的高,全/总甲基化水平较低.提示香猪血液和肝脏基因组的总甲基化程度随体重的增加而下降.经克隆测序得到5条有差异的甲基化条带A1-A5,其中A1和A2源自血液,A3-A5来自肝脏;A1和A4片段为高体重组特有,其余3条片段为低体重组特有;A3片段未找到相关基因,其他4个片段处于代谢或免疫相关的基因内部或5'侧翼区.提示从江香猪基因组的甲基化水平存在个体差异,并与20 d体重相关;得到的4条甲基化片段,将有助于香猪甲基化调控机制的研究. 相似文献
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This reasearch intended to find out the link between intramuscular fat（IMF）and DNA methylation level of AOC3,PPARG1 and SOD3 genes,and to make clear how DNA methylation influcence the fat deposition process.We used 10 F2 pigs with the extreme IMF of the Yorkshire pig×Min pig resource population.Longissimus muscle tissues were collected to find out the connection between the methylation level and IMF by using BSP.The results showed that there were no significant methylation differences in all the three candidate genes between the IMF extreme groups,which suggested that the phenotypic differences in this population might not be controlled by the degree of the methylation level,further study was still needed. 相似文献