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观赏海棠种质资源丰富,表型鉴定与分类难度大。本试验以74个观赏海棠品种为材料,利用SSR分子标记以及表型性状测定,分析观赏海棠的遗传多样性并构建指纹图谱。利用20对谱带清晰、多态性好的引物对74个种(品种)进行PCR扩增及遗传多样性分析,共检测到766个等位基因,扩增出的多态位点百分率达100%,每个位点的平均等位基因数为38.3个。遗传多样性信息含量变化幅度为0.86～0.97,基因多样性指数平均值为0.94,表现出丰富的遗传多样性。从分子水平上探讨其亲缘关系,基于SSR的聚类结果可将74个观赏海棠品种分为四大类。最终利用3对SSR引物成功地构建了74个观赏海棠的指纹图谱,为海棠种质资源的保护、开发利用及创新提供参考和依据。 相似文献
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基于SSR标记的雪茄烟种质资源指纹图谱库的构建及遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为从分子水平研究我国雪茄烟种质资源的遗传多样性差异并建立雪茄烟品种的DNA指纹图谱数据库,本研究利用43对多态性好的SSR引物对220份雪茄烟种质进行遗传多样性分析,筛选出14对核心引物对雪茄烟种质进行指纹图谱的构建。结果表明,43对SSR引物在220份雪茄烟种质材料中共扩增出243个等位基因,平均每个标记5.65个,变幅为2~13,每个位点的多态性信息量(polymorphism information content,PIC)变化为0.2078~0.9087,平均为0.6360。有效等位基因数(number of effective alleles,Ne)范围为1.3081~11.7876,平均有效等位基因数为3.9077;观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)变化范围为0.0828~0.7639,平均为0.3191;预期杂合度(expected heterozygosity,He)的变化范围为0.2361~0.9172,平均为0.6809;种群平均Shannon遗传多样性指数(Shannon genetic diversity index,I)为1.3756,遗传距离在0.0233~0.9286之间,平均遗传距离0.6816。聚类分析表明,在遗传距离为0.74处,可将供试雪茄烟资源分为3个类群。Structure群体遗传结构分析和主成分分析将所有的供试材料划分为2个类群。根据引物的分析和表型鉴定结果,确定良种、辅善和满耳朵,山东大叶和牡丹江05-1,Florida513和CA0701为异名同种,一个品种保留一份种质,剩余216份不同种质。从43对SSR引物中筛选出14对可区分所有供试材料的SSR引物作为核心引物构建了216个雪茄烟品种的指纹图谱。我国雪茄烟种质资源具有较高水平的遗传多样性,本研究构建的雪茄烟种质资源SSR指纹图谱库及遗传分析的结果在分子水平上为筛选、鉴定优质雪茄烟种质资源、挖掘重要基因以及拓宽雪茄烟遗传育种基础等工作提供科学依据。 相似文献
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基于SSR标记的80份烟草种质指纹图谱的构建及遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用均匀分布于烟草24个连锁群上的48个SSR标记对80份烟草材料进行分析。结果显示,48个SSR标记共扩增出211个等位基因,平均每个标记4.396个,Shannon′s信息指数I为1.034,多态信息含量值为0.229~0.905,观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）和Nei′s多样性指数（H）平均值分别为0.320、0.572、0.431。聚类结果表明,在遗传距离为0.68时可以将80份烟草种质分为2个类群。5个烟草居群间的遗传一致度在0.643~0.765范围内,遗传距离分布在0.268~0.442。筛选4对核心引物构建了不同烟草种质资源的数字指纹图谱, 可将这80份烟草种质资源全部区分开。本研究在分子水平上为筛选优质烟草种质资源、挖掘重要基因以及拓宽烟草育种遗传基础等工作提供科学依据。 相似文献
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为了对豫南茶树种质资源进行初步鉴定和评价，以豫南茶树种质资源圃内41份无性系品种为材料，利用SSR分子标记技术进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果表明：从33对引物中筛选出26对扩增较好的引物，26对引物共扩增出102条谱带，平均每对引物扩增条带4条，最少为2条，最多为7条，检测的平均观测等位基因数2个，平均有效等位基因数1.8664个，平均Nei’s遗传多样性0.4626，平均Shannon信息指数0.6550，引物多态信息量最大值0.80，最小值0.23，平均值0.62。聚类分析结果显示，在相似系数为0.5处，将41份材料分为4大类群，地理来源和遗传背景相近的大都聚在一起，供试品种的遗传距离为0.08～1.87，说明资源圃内品种间遗传基础较宽。 相似文献
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《分子植物育种》2020,(14)
为了解安徽省参加品比试验的各茶区茶树品系的遗传多样性,选取50对SSR引物对安徽省各茶区68份茶树品系进行分析,共检测出650个等位基因,平均每对引物的等位基因数为13个,50对引物扩增的片段长度在95～370 bp,有效等位基因(Ne)值为1.05～17.22,平均为6.10;观测杂合度(Ho)值为0.00～0.99,平均为0.38;期望杂合度(He)值为0～1,平均为0.62;各引物的Shannon信息指数(I)值为0.12～3.06,平均为1.86;多态信息含量(PIC)值变化范围在0.04～0.94,平均为0.72;基因流(Nm)值为0.11～4.45,平均为1.03。选出8对核心引物组合,构建DNA指纹图谱。聚类结果表明,68份茶树品系的居群可聚成3类,与居群的地理分布有一定的相似性,地理距离越近的品系,遗传一致度越大。利用SSR分子标记技术可以为安徽省茶树良种的改良和保护提供参考。 相似文献
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基于EST-SSR的西南茶区茶树资源遗传多样性和亲缘关系分析 总被引：26，自引：0，他引：26
利用本实验室cDNA文库测序所获得的茶树EST序列为主自行开发的24对和他人7对共31对EST-SSR引物,对60份西南茶区茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系分析.结果表明,西南茶区茶树资源的遗传多样性非常丰富.31对引物共检测到等位位点137个,每个引物为2～8个之间,平均4.42个.遗传多态性信息含量(PIC)在0.09～0.85之间,平均达0.63.观测杂合度(Ho)在0.07～0.94之间,平均值为0.53.UPGMA聚类表明,按相似系数为0.39可将参试的60份种质资源分为五大类.聚类结果在分子水平上显示了我国西南茶区种质资源间的亲缘关系,为以后种质资源保存和新品种选育提供一定的启示. 相似文献
8.
《分子植物育种》2017,(9)
为探索灰木莲种质资源的遗传多样性,利用SSR分子标记技术,对越南灰木莲13个种源的遗传多样性分析。结果表明:8对SSR引物在13个种源中共检测到133个等位基因,平均每个引物扩增16.63个观测等位基因和5.47个有效等位基因,平均观测杂合度、平均期望杂合度、Shannon's信息指数和Nei's遗传多样性指数分别为0.64、0.71、1.86和0.74。各种源内的有效等位基因数平均为5.47,平均观测杂合度、平均期望杂合度分别为0.60和0.42,13个种源的Shannon's信息指数变化范围为1.41~1.80,Nei's遗传多样性指数的变化范围为0.59~0.75,各种源间的遗传多态性水平存在明显差异。种源间的遗传一致度均值为0.834,变化范围为0.655~0.967;遗传距离均值为0.194,变化范围为0.034~0.423。聚类分析表明,13个种源在遗传距离0.16处可聚为4个类群,种源LC5与其他种源间的亲缘关系较远,在分子遗传水平上的分类结果与其材料来源分类的结果并不完全一致,种源间的遗传距离与地理距离不存在显著的相关性。综上,灰木莲种质资源具有丰富的遗传多样性。 相似文献
9.
豇豆种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP和SSR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41 份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65 对SRAP引物和10 对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31 对SRAP引物和5 对SSR引物,对41 份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2 种PCR扩增共获230 条扩增条带,其中SRAP检测到196 条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3 条,多态性
片段为161 条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34 条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8 条,多肽性片段为25 条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP 和SSR 标记的结果,利用UPGMA 构建了41 份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674 以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41 份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。 相似文献
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普通豇豆应用核心种质的SSR指纹图谱构建及多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
不同种质资源群体的多样性及遗传背景分析可为种质资源收集保存及创新利用提供有效信息。对不同来源的88份普通豇豆应用核心种质资源进行了14个SSR位点的指纹图谱构建及多样性分析,共检测到39个等位变异,每对引物检测到2~5个,平均为2.79。多态信息含量（PIC）变幅为0.25~0.72,平均为0.58。UPGMA聚类结果显示,除了3对种质外,39个等位变异可将其他材料有效区分,且在遗传相似系数为0.63时,88份种质可分为4个类群,地理来源相同的材料有聚在一起的趋势。 相似文献
11.
《分子植物育种》2017,(1)
辣椒资源遗传多样性丰富,育种的潜力大,本研究从分子水平研究不同种间辣椒种质资源的遗传多样性差异,为辣椒种质资源的收集、研究及合理利用提供参考。并首次利用基于辣椒全基因组编码区序列设计152对SSR辣椒基因组引物,用不同地理来源且性状差异显著的11个种(亚种)的24份辣椒种质资源对152对SSR引物进行筛选,从而获得条带清晰、稳定性好的41对SSR多态性引物,并利用NTSYS-pc2.10e和POPGENE32软件分析24份辣椒种质资源的遗传多样性数据。结果表明:41对SSR引物扩增出211个多态性条带,平均每对引物扩增出5.15个位点,说明SSR引物在辣椒遗传分析中有较高的实用性。有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农指数(Shannon-Weaver)(I)、多态信息含量(PIC)的均值结果分别为4.086 1、0.419 8、0.724 7、1.423 2、0.665 4,表明辣椒遗传信息非常丰富。UPGMA方法聚类分析及主成分分析将24份辣椒聚为7类,结果基本与辣椒种类来源相符。 相似文献
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为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65对SRAP引物和10对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31对SRAP引物和5对SSR引物,对41份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2种PCR扩增共获230条扩增条带,其中SRAP检测到196条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3条,多态性片段为161条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8条,多肽性片段为25条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP和SSR标记的结果,利用UPGMA构建了41份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。
相似文献13.
基于SSR分子标记技术对来自河南、湖北、安徽3省100种芍药种质资源间的遗传关系进行分析。结果表明:8对多态性SSR分子标记共扩增获得54条条带,平均每对引物可扩增6条条带,平均每对引物的有效等位基因数为6.75,Shannon信息指数范围为0.443 3~2.132 6;使用UPGMA法构建所有试材的系统聚类树,供试材料共分为3个组及3个亚组,聚类结果与试材地域来源关系密切。进一步说明SSR是研究芍药种质资源遗传多样性及亲缘关系的有效手段,为芍药亲本组合选配、种质创制和遗传育种奠定基础。 相似文献
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本研究以500份东北春播区糜子资源为材料,利用169个SSR标记,采用UPGMA聚类分组,进行分层抽样,构建核心种质,同时应用ID Analysis 4.0软件构建分子身份证。利用等位基因数(Na)等遗传多样性衡量指标评估核心种质的遗传差异,并利用PCOA分析核心种质。结果表明,对169对SSR引物进行筛选,发现30对多态性好,利用30对SSR引物构建的糜子核心种质包含190份材料,占全部种质的38%,全部种质与核心种质的均检测出91个等位变异,保留了100%等位基因;有效等位基因数为2.2977～2.9975和2.2872～3.0173,平均值分别为2.8198和2.8297;Shannon多样性指数为0.9532～1.0990和0.9535～1.1162,平均值为1.0645和1.0667;观测杂合度为0.3434～0.8037和0.3162～0.7849,平均值为0.5399和0.5359;期望杂合度为0.5654～0.6672和0.5645～0.6707,平均值为0.6448和0.6473;Nei’s基因多样性指数为0.5648～0.6664和0.5628～0.6686,平均值... 相似文献
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利用SSR分子标记分析茶树地方品种的遗传多样性 总被引：3，自引：0，他引：3
正确评价茶树地方品种的遗传多样性是有效保护和利用茶树地方品种的前提条件。本研究从西湖龙井群体种中选取91个单株,用SSR分子标记分析其遗传多样性。采用计算机模拟方法,探讨了抽样群体样本量、SSR引物等位基因数影响茶树地方品种的主要遗传多样性参数值的变化规律。结果表明,样本量对茶树地方品种的遗传多样性参数值有不同程度的影响,当样本量达到15个单株时,各遗传参数值趋于稳定;SSR引物等位基因数对茶树地方品种各遗传多样性参数值的影响很大,而且达到总体遗传多样性90%所需的样本量也很不一样。当SSR引物等位基因数为5时,24个茶树单株才能达到茶树地方品种总体90%以上的遗传变异。本研究为茶树地方品种遗传多样性的评价和采用合理的保护策略提供了科学依据。 相似文献
16.
为了研究豫南地区的野生大豆种质资源分布和种群间的亲缘关系,利用SSR分子标记采用20对引物对豫南地区12份野生大豆进行鉴定和遗传多样性分析。结果表明,20对引物对12份野生大豆共扩增63个等位基因,平均每对引物扩增3.1个等位基因;12份野生大豆在分子水平上发生了一定的遗传变化,聚类结果可以看出,12份材料聚类分成了三大类,SSR分子标记与材料的地理来源并没有明显的相关性。野生大豆的亲缘关系与生长的地理环境、表型性状等具有一定的相关性,同一区域收集到的野生大豆也表现出遗传分化。 相似文献
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以SRAP和EST-SSR标记分析芝麻种质资源的遗传多样性 总被引：19，自引：0，他引：19
利用SRAP和EST-SSR分子标记对192份国内外芝麻种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,2种标记都能很好地揭示品种间遗传关系;在31对SRAP引物组合扩增的270个等位基因中多态性占62.08%,平均每对引物可以检测5.45个;25对SSR引物扩增的136个等位基因中56.28%呈多态性,平均每对检测引物产生3.04个。UPGMA聚类结果显示,在相似性系数为0.70时,192份材料可被分为3个类群;阈值为0.75时类群Ⅰ又可分为6组,表明芝麻品种遗传多样性比较丰富。我国南部地区芝麻品种遗传多样性(多样性指数Hi=2.572)较中部(Hi=2.117)和北部地区 (Hi=2.114)丰富。分析结果将有助于更好地保护和利用芝麻种质资源,并为育种工作提供依据。 相似文献
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《分子植物育种》2015,(11)
柽柳是干旱区的重要资源树种,受环境和基因型的影响,存在遗传多样性,其遗传多样性是生物多样性保护和生态建设的基础。了解新疆塔里木河流域柽柳种质资源的遗传背景,构建分子遗传图谱,为新疆塔河柽柳种质资源的保存、鉴定和利用提供理论依据。选用SSR分子标记技术对10份分布于新疆塔河流域上、中、下游的柽柳种质资源进行遗传多样性分析,并构建每份种质的指纹图谱。最终9对多态性较好的引物共检测到39个位点,其中多态性位点为31个,多态性比率为79.49%;PIC(多态信息含量)变幅为0.095 0~0.800 0,平均值为0.466 1。在获得SSR标记数据基础上构建UPGMA聚类分析图,标明10份柽柳种质在遗传距离为0.65时可划分为4类:其中编号为1,6,9的种质属于第Ⅰ类;编号为5,7的种质属于第Ⅱ类;编号为2,3,4,8的种质属于第Ⅲ类;编号为10的种质属于第Ⅴ类。利用其中的1个引物能够将10份柽柳种质区分开来,构建每份种质的指纹图谱。新疆塔河流域柽柳种质资源存在着丰富的遗传多样性,遗传背景较复杂,获得的每份种质资源的遗传指纹图谱为资源的鉴定提供了很好的遗传背景。 相似文献
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为了加强冬瓜种质资源的保护和评价,明确资源间的亲缘关系,本研究利用SSR标记在分子水平上对111份冬瓜种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,19对SSR引物共扩增出182条条带,其中多态性条带169条,多态率92.86%;通过POPGENE 1.31软件计算每对引物的平均有效等位基因数(Ne)为1.393 2,平均Nei's遗传多样性指数(He)为0.260 1,平均Shannon's信息指数(I)为0.418 7。采用Jaccard相似系数进行种质间的聚类分析,在遗传距离为0.70的位置可将全部种质分为6个类群。通过聚类结果可知,种质材料未按照地理来源划分,但相同果型、籽型的种质资源间亲缘关系较近。本研究基于SSR标记分析冬瓜种质资源遗传多样性并进行亲缘关系的聚类,将为冬瓜种质的保存和利用提供理论依据。 相似文献
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为将海南收集到的23份烟草种质资源编目和保存,通过田间表型性状调查,并利用SSR引物进行遗传多样性分析,构建指纹图谱。结果表明,供试种质的农艺性状和质量性状差异较大,不同农艺性状变异系数为20.69%~29.41%。聚类分析将收集的烟草种质资源分为3个类群,其中第Ⅱ类群的植株最高、叶片最大,可用于高产育种。从2000对SSR引物中筛选出12对扩增清晰、重复性和多态性好的引物,共检测到46个等位基因,平均每个标记3.83个,观测杂合度(Ho)平均值为0.5301,预期杂合度(He)平均值为0.4700。Shannon’s信息指数(I)为0.8930,Nei’s多样性指数(H)为0.4593,遗传多样性相对丰富。UPGMA聚类分析表明,在相似性系数0.206处,可将供试烟草资源分为2个类群。同时,利用12对引物构建了23份烟草种质的指纹图谱,为晒烟品种鉴定体系的研究提供理论参考。研究结果可为晒烟种质资源的鉴定与利用、雪茄烟育种亲本材料的选择等提供科学依据。 相似文献