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1.
为揭示不同海拔巴山榧树居群的遗传多样性水平,实验利用ISSR分子标记对四川花萼山4个不同海拔(1 000 m, 1 200 m, 1 450 m, 1 700 m)巴山榧树居群的遗传多样性和遗传分化进行分析。结果表明,巴山榧树在物种水平上多态性位点百分率为77.84%,Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's信息指数(I)分别为0.249 3和0.375 2,反映出巴山榧树保持有较高的遗传变异。巴山榧树在居群水平上仍具有较高的遗传多样性,平均多态性位点百分率为54.04%,H和I均值分别为0.176 2和0.266 1。4个居群的遗传多样性总体上随着海拔的升高而增加,遗传多样性与海拔高度呈不显著的正相关(p0.05)。4个居群间的基因分化系数(Gst)为0.293 2,表明该地区巴山榧树居群的遗传分化程度较高,有29.32%的遗传变异位于居群间,70.68%的变异位于居群内。4个居群间的基因流(Nm)为1.205 1,较低的基因流可能是导致巴山榧树居群间遗传分化程度较高的重要因素。4个居群间的遗传距离介于0.073 2～0.197 9之间,遗传距离随着海拔高度差的增加总体呈现逐渐增大的趋势。上述结果有助于研究巴山榧树遗传资源的保护与利用。 相似文献
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《分子植物育种》2021,19(11):3579-3587
为评价nrDNA ITS序列对榧树属(Torreya)植物的鉴定能力,本研究利用ITS序列和4种不同的分析方法(BLAST比对, K2P遗传距离, SNP位点分析及邻近NJ树)对榧树属植物进行物种鉴定,建立系统进化树讨论其亲缘关系。结果显示,48条ITS序列长度为1 095～1 105 bp,种内平均遗传距离为0.001 6,种间平均遗传距离为0.015 0。在物种水平,BLAST比对和NJ树对榧树属植物鉴定效率最高,SNP位点分析可有效鉴定香榧和榧树。亲缘关系分析显示,榧树属其他各种均呈单系分支,但云南榧树与巴山榧树在聚类树中聚为一支,表明二者亲缘关系极近,为近年提出云南榧树并入巴山榧树提供了核基因组序列的佐证。本研究表明ITS序列可作为榧树属物种鉴定的DNA条形码,为榧树属物种鉴定和系统关系提供参考。 相似文献
3.
黄淮海50份大豆种质资源SSR遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《种子》2021,(8)
利用42对SSR标记对黄淮海地区的50份大豆种质材料进行遗传多样性分析。结果表明,从供试材料的基因组中扩增出203条带,多态性条带198个,多态位点百分率(PPB)为97.54%。平均等位基因数(Na)为1.952 4,平均有效等位基因数(Ne)为1.417 2,平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.267 2。遗传多样度(Ht)为0.270 4,居群内遗传多样度(Hs)为0.259 1,居群间遗传分化系数(Gst)为0.141 7,基因流(Nm*)为3.03。黄淮海北部大豆种质的有效等位基因数(Na)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s信息指数(I)均大于黄淮海南部。研究表明,42对SSR引物具有丰富的多态信息。经UPMGA聚类分析,50份黄淮海大豆种质材料分为2个类群,与2个居群结构基本一致。居群间遗传距离较小,相似系数较大,存在中低度遗传分化。居群内部个体差异较大,居群之间存在丰富的基因交流。黄淮海北部大豆种质资源的遗传多样性较黄淮海南部高,黄淮海北部大豆种质资源较为丰富。 相似文献
4.
《分子植物育种》2021,19(18):6235-6247
为了从分子水平揭示福建省不同野生居群朱砂根的遗传多样性水平,本研究采用荧光ISSR分子标记对福建省20个朱砂根野生居群共255个样株的遗传多样性及遗传结构进行了分析。5条ISSR荧光引物共扩增出谱带为186条,其中多态性谱带为96条,多态性平均百分率达到55.77%。居群的多态位点百分比(PPL)在37.65%～80.39%之间,观测等位基因数(Na)在1.376 5～1.803 9之间,Shannon指数在0.200 0～0.367 2范围内,Nei's基因多样度(H)于0.125 6～0.242 5之间、有效等位基因数(Ne)为1.192 3～1.407 9,以上数据表明朱砂根居群遗传多样性较丰富。居群间的遗传变异(Dst)为0.059 2,小于居群内遗传变异(Hs)。居群间的基因流为1.4335(1),具有较高的基因流动。不同居群的遗传一致度于0.6201～0.9782之间,遗传距离于0.024 2～0.559范围内,证明了朱砂根各居群间的亲缘关系接近。对遗传距离与地理距离进行Mantel相关性分析发现无显著相关性。通过对朱砂根各居群样株进行主坐标分析,发现居群间亲缘关系远近和地理分布规律无较明显的相关性,但居群间基因流动较密切,且具备一定程度的遗传分化,并依据Structure遗传结构分析,把居群划分为两大类的结果与主坐标分析相似,且居群间存在较高的遗传渗透。本研究为今后构建朱砂根资源核心种质库,优良性状种源的筛选与储存、引种及驯化及种群保护策略的制定及新资源的开发提供相关的理论依据。 相似文献
5.
贵港最大面积原生地新收集普通野生稻分子鉴定评价 总被引：1，自引：1，他引：0
《中国农学通报》2013,29(24):11-16
为了对来自贵港市最大面积原生地新收集普通野生稻资源进行遗传多样性分析,并在此基础上
进一步对居群内的个体进行区分。选择分布于水稻染色体组的25 对微卫星(SSR)引物对来自贵港的
349 份材料进行多样分析和遗传结构研究。结果表明,所有个体平均等位基因数A=6,有效等位基因数
Ae=2.23,期望杂合度He=0.44,实际杂合度Ho=0.40,香农指数I=0.88。该居群可分为4 个亚群结构,并
且90%以上个体可以得到区分。该群体遗传多样性丰富,SSR分子标记可以简单有效的区分群体内的
大部分个体,提高了保护效率。 相似文献
6.
钩锥(Castanopsis tibetana Hance)为锥属(Castanopsis)高大乔木,具有材用、果用及观赏价值,其研究刚起步。为了制订该树种的选育策略,本研究基于钩锥同属或同科物种SSR引物,用筛选出的20对引物对‘浙皖龙泉’(LQ)及‘休宁’(XN)两个地理源钩锥半同胞家系及不同居群进行遗传多样性分析。结果发现,钩锥同属或同科物种间SSR引物的通用性较高;各遗传参数休宁的略大于龙泉,但二者差异不大;居群的遗传参数要大于半同胞家系,居群的等位基因数(Na)平均为3.85,有效等位基因数(Ne)平均为2.23,期望杂合度(He)平均为0.42,观测杂合度(Ho)平均为0.34,Shannon多样性指数(I)平均为0.79,主要变异在居群内;供试的材料无论在家系水平还是在居群水平均可按种源聚成二类。因此,该树种的选育应种源选择为先,在此基础上再基于生产目的进行优良单株的选择,同时因该树种分布范围广,因而要进行多点多年的引种对比试验。 相似文献
7.
《分子植物育种》2021,19(15):5204-5212
本研究采用ISSR分子标记技术分析白木香奇楠种质的遗传多样性和亲缘关系。以4种常见的奇楠种质的16个居群为试验材料,普通白木香为对照,利用筛选出的10条ISSR引物进行PCR扩增,利用PopGene 32软件对不同居群的ISSR标记结果进行多态性分析,通过NTsys 2.1软件的UPGMA方法聚类并构建亲缘关系树。研究结果显示:(1) 10条ISSR引物共扩增出93条DNA条带,其中多态性条带77条,多态性程度达82.8%;(2)奇楠种质居群内的多态性位点百分率(PPB)、有效等位基因数(Ne)和Shannon's指数(I)等均显著低于普通白木香;奇楠居群间遗传分化系数(Gst)为0.815 4,居群间每代个体的基因流系数(Nm)为0.113 2;(3)除种质T41外,其他奇楠种质不同居群间的遗传一致性高、遗传距离小,在聚类图上各自聚为一支。白木香奇楠种质在物种水平上具有较高的遗传多样性,而在居群水平上的遗传多样性水平偏低,遗传变异较少。居群间(种质间)存在较大的遗传变异,且居群间基因流动性水平低。从特异性、一致性和稳定性来看,A11、R21和B31更符合林木新品种审定的要求。本研究的开展为白木香奇楠品种的引种栽培及良种选育提供了一定的分子生物学依据。 相似文献
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中国与东南亚三国（越、老、柬）普通野生稻遗传多样性的比较研究 总被引：3，自引：0，他引：3
利用24对SSR引物,对来自中国10个代表性居群和越南、老挝、柬埔寨的5个居群共计282份普通野生稻材料进行遗传多样性比较研究。结果表明,(1)24个微卫星位点共检测到等位基因289个,平均等位基因数(A)为12,有效等位基因数(Ae)为7;期望杂合度(He)平均为0.812,观察杂合度(Ho)平均为0.543,香农指数(I)平均为1.99;(2)4个国家中,中国普通野生稻的遗传多样性最丰富,老挝次之,越南和柬埔寨最低,香农指数(I)分别为1.92、1.69、1.47和1.45;(3)采用UPGMA方法对供试15个居群进行聚类分析。老挝和柬埔寨2个居群的亲缘关系最近,二者与越南居群有着较近的亲缘关系;(4)在中国所有参试居群中,广西武宣和贺州居群与东南亚3国亲缘关系最近。 相似文献
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《分子植物育种》2017,(8)
评价种质的遗传多样性对种质的筛选及开发具有关键的作用,分子标记在研究种质遗传变异及种质鉴定方面有很大的价值。文冠果作为中国北方重要的油料能源树种,研究其遗传多样性具有很重要的意义。本研究运用SSR标记的方法,研究了来自全国14个地区的具有代表性的138份文冠果种质资源的遗传多样性,并逐步构建出了25份文冠果核心种质。结果表明,选用的23对引物都表现出多态性,共检测出80个等位变异,平均每个位点的等位基因数(Na)为3.48;平均有效等位基因数(Ne)为2.46;平均多态性信息含量(PIC)为0.51。可见文冠果种质之间存在大量的遗传变异,遗传多样性很丰富。以聚类分析结果为基础,逐步构建了文冠果的核心种质25份,为原始种质的20%。其遗传多样性指标与原始种质的差异不显著,说明核心种质能充分的代表原始种质资源。这些研究结果为文冠果种质资源的保护、筛选及利用提供了宝贵的理论依据和种质材料。 相似文献
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榧树(Torreya grandis)为中国特有的优良经济树种,种质资源十分丰富,揭示种质间的亲缘关系有利于对其进行有效保护与利用。采用ISSR分子标记技术,对16份榧树种质亲缘关系进行分析。通过对100条引物的筛选,获得13条重复性好且多态性高的引物,经扩增共得到75条清晰可辨条带,其中多态性条带41条,总多态性条带百分率P为54.67%,平均为57.04%。每条引物扩增条带数介于2～13条,平均5.77条。16份榧树种质总Shannon信息指数I为0.230 9,平均为0.242 8;总Nei基因多样性(H)为0.145 9,平均为0.153 5。P、I、H均表明16份榧树种质总体水平的遗传多样性较高。16份榧树种质的遗传距离介于0.027 0～0.385 7,平均为0.172 2;遗传相似度介于0.680 0～0.973 3,平均为0.844 3。根据遗传距离进行UPGMA聚类分析,可将16份榧树种质分为3个类群,其中第一个类群由‘东白珠’和‘细珍珠’组成;第二个类群包括‘象牙榧’、‘龙凤细榧’、‘新昌1号’、‘东榧1号’、‘东榧4号’、‘磐安20301’、‘磐安20302’、‘... 相似文献
12.
为研究紫苏遗传多样性,后续选育紫苏新品种,本研究运用SRAP分子标记方法,通过使用21对SRAP引物对100份紫苏种质资源进行SRAP分子标记遗传多样性分析。结果显示100份紫苏样品,紫苏种质遗传多样性单群体观察等位基因(Na)为1.976 6,有效等位基因数(Ne)为1.685 9,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.388 3,Shannon信息指数(I)为0.567 6,表明紫苏种质遗传多样性较为丰富。紫苏种质遗传多样性多群体观察等位基因(Na)为2.500,有效等位基因数(Ne)为1.980,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.495,Shannon信息指数(I)为0.711。组间显著性为0.03,差异性较大,说明各群体之间遗传差异性大;组内差异不显著,说明组内群体遗传纯合度高。试验结果为紫苏种质资源的精准评价、核心种质的构建和紫苏品种的选育提供数据支撑。 相似文献
13.
采用核糖体nrDNA ITS序列分析技术对浙江台州沿海秋茄树的3个驯化地(三门,临海和温岭)和4个种源地(椒江,玉环,温州龙港,福建龙海)共10个居群100个个体的遗传多样性进行分析比较。结果表明：获得ITS序列总长度为342 bp,在物种水平上共检测到3个分离位点数,定义5个单倍型(h),单倍型多样性(Hd)为0.135±0.046,平均核苷酸差异(k)为0.174 75,核苷酸多样性(π)为0.000 51±0.001 9。3个驯化地遗传多样性排序为：三门>临海>温岭,4个种源地的遗传多样性排序为：椒江>玉环>龙海>龙港。就区域尺度而言,引种秋茄树居群总体的遗传多样性和遗传分化水平较低,且随纬度升高而增大,其耐寒性亦相应地增强,这可能是由长期人工引种驯化下的部分居群适应性分化产生的。三门、椒江种源可作为台州沿海地区未来推广应用秋茄树的优良来源。 相似文献
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《分子植物育种》2021,19(10):3358-3366
为了明确不同瓠瓜种质资源之间的遗传关系,本研究采用SSR分子标记对82份瓠瓜种质材料的遗传多样性进行了分析。结果表明,21对SSR引物共扩增出73条多态性位点,多态性比率为93.59%,说明引物的多态性丰富;等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)的均值分别为3.71、3.09、0.63,表明份瓠瓜种质资源的遗传多样性十分丰富;通过聚类分析,当遗传距离在0.66处时,可将82份瓠瓜材料分为三大类群,并且这些材料在分子水平上的分类结果与农艺性状(瓜型)、地理分布存在一定相关性。研究结果可为瓠瓜种质资源的创新利用提供依据。 相似文献
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黄梅秤锤树(Sinojackia huangmeiensis)属安息香科(Styracaceae)濒危保护植物。本研究以居群中最大个体为中心,在东南、东北、西南、西北4个方位采样,并依据发育阶段将其划分为成年、幼树、幼苗3个龄级居群,进行ISSR遗传多样性分析。12个标记共检测到77个位点,多态性比率为97.6%,各位点扩增条带为4~8个。其中,"幼树居群"多态性位点、Nei's基因多样性指数(h)、Shannon信息指数(I)均最高,最低的是"幼苗居群"。3个居群间遗传变异主要存在于居群内,高达89.32%。遗传一致度最高的是"幼树居群"和"成年居群",最低的是"幼苗居群"和"成年居群"。在4个方位组成的居群中,多态性位点、Nei's基因多样性指数(h)、Shannon信息指数(I)最高的是"东北居群",最少的是"东南居群"。四个方位居群仅23.37%的遗传变异发生在居群间。"东南居群"和"西北居群"的遗传距离最小,遗传一致度最大。本研究为黄梅秤锤树的生物保护、可持续开发利用等研究提供了理论依据。 相似文献
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《分子植物育种》2020,(15)
本研究利用筛选出的21对SSR分子标记对来自12个省(市)的279份板栗资源进行遗传多样性分析,为种质资源的开发利用与核心种质的构建提供科学依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2～6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量变化范围在0.614 5～0.972 3之间,平均0.866 8。通过检测10个群体的遗传多样性参数,发现山东群体Shannon's信息指数(I=0.487 0)、Nei's多样性指数(H=0.319 5)、有效等位基因数(Ne=1.530)及多态位点百分率(PPB=100%)均最大,是遗传多样性最丰富的群体;群体间遗传分化系数Gst=0.099 3,表明群体内遗传分化大于群体间分化;基因流Nm=4.536 1,说明板栗各群体间存在适度的基因交流;聚类结果和主坐标分析图表明,各群体的遗传关系和地理来源有一定联系。 相似文献
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枣与酸枣的SSR遗传多样性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
为了探讨枣与酸枣资源的遗传多样性以及两者的亲缘关系,采用7对SSR引物,对16份枣品种(系)和17份酸枣的遗传多样性进行分析。结果表明:16份枣样品共扩增出56个等位基因,有效等位基因数(Ne)为3.798~10.000,平均为6.953,Shannon's信息指数(I)为1.984,期望杂合度(He)为0.837;17份酸枣样品扩增后共检测出73个等位基因,等位基因的有效数目(Ne)为3.273~11.840,平均为7.398,Shannon's信息指数(I)为2.105,期望杂合度(He)为0.843;枣和酸枣的遗传多样性都很丰富,酸枣的遗传多样性水平高于枣;Gen Al Ex分析得出,枣和酸枣居群种间遗传分化系数(Fst)为0.055,居群种间基因流(Nm)平均值为4.295,说明居群间基因交流比较频繁。NTSYSpc聚类分析表明,SSR分子标记可以将枣和酸枣划分为枣类、酸枣类和过渡类3个类群。 相似文献
19.
《分子植物育种》2020,(14)
为了解安徽地区绿豆种质资源的遗传背景和亲缘关系,本研究挑选了27对(15对InDel和12对SSR标记)条带清晰、多态性好的分子标记对安徽地区的66份绿豆地方品种进行遗传多样性分析。研究结果表明,单个标记检测到的等位基因数(Na)在2～4个,平均为2.57个;有效等位基因数(Ne)为1.38～3.45个,平均为2.03个;Shannon信息指数(I)的变幅介于0.45～1.31之间,平均值为0.76;Nei's基因多样性指数在0.28～0.71之间,平均为0.49;标记的多态性信息含量(PIC)值在0.24～0.66之间,平均PIC含量为0.40。66份资源间的遗传相似系数在0.33～1.00之间,平均为0.61,UPGMA聚类分析将66份材料在遗传相似系数为0.525处分为两大类群。但聚类结果没有严格按照地理来源进行划分,来源于不同地理区域的资源被划分在一起。上述研究结果表明安徽省绿豆地方品种遗传基础狭窄,遗传多样性水平较低。因此,为丰富安徽省绿豆资源遗传多样性水平,需加强资源引进和种质创新工作。本研究结果为分析安徽地区绿豆品种亲缘关系提供理论依据,同时也为资源收集和提高优良种质利用率提供依据。 相似文献
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利用SSR标记分析橡胶草种质资源的遗传多样性 总被引：2，自引：1，他引：1
为了解橡胶草种质的遗传背景和遗传多样性,为今后橡胶草育种提供理论依据。利用23对SSR引物对96份橡胶草材料进行遗传多样性分析。结果显示,23对SSR引物通过扩增得到71个等位变异,等位变异范围2-6个,平均等位基因数为3.09个。通过聚类分析,俄罗斯材料和美国材料与新疆7个居群材料被分为2大类群,类群I包含所有俄罗斯和美国材料以及5份新疆野生材料,类群II包含其余新疆7个居群的材料;俄罗斯和美国材料同属于亚群A,平均遗传相似度为0.88,说明它们存在紧密的亲缘关系;新疆7个居群的材料被分为5个亚群,显示丰富的遗传多样性,而且相互之间存在复杂的遗传关系。本研究结果证明了SSR标记能够有效地用于橡胶草的遗传多样性研究,为以后的橡胶草种质收集和遗传育种提供重要依据。 相似文献