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《江苏农业科学》2014,(7)
采用单因素试验结合正交试验,对PCR反应体系中的5种主要反应因子Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物、模板DNA浓度进行优化筛选,确立了适合蛇莓基因组DNA的RAPD和ISSR反应体系,RAPD反应体系(20μL):Mg2+1.5 mmol/L、dNTPs 250μmol/L、Taq酶1 U、引物0.2μmol/L、DNA模板60 ng;ISSR反应体系(20μL):Mg2+2.0 mmol/L、dNTPs 250μmol/L、Taq酶0.5 U、引物1μmol/L、DNA模板60 ng。利用确立的体系对24份蛇莓种质进行扩增,结果条带清晰明亮,多态性好。 相似文献
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[目的]对麻栗坡兜兰ISSR引物进行筛选,并建立一个稳定性高、重现性好、适合麻栗坡兜兰ISSR反应体系。[方法]以麻栗坡兜兰DNA为模板,分别对Mg2+、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶、DNA等PCR反应成分进行优化,并用优化的体系对25条兰科中报道的ISSR引物进行筛选。[结果]确立了麻栗坡兜兰最适ISSR-PCR反应体系:在25μl反应体系中,Mg2+2 mmol/L、引物0.4 mmol/L、dNTP 0.20 mmol/L、DNA 1.5μl、Taq酶1.4 U。利用该体系,共筛选得到10条ISSR引物用于麻栗坡兜兰分析,并对21份麻栗坡兜兰材料进行扩增,获得了较好的扩增效果。[结论]该体系稳定可靠,为今后ISSR标记在兜兰属植物的种质鉴定、遗传多样性等方面的广泛应用奠定了重要基础。 相似文献
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为优化百合ISSR - PCR反应体系,利用正交试验设计,对百合ISSR - PCR反应体系中的5种主要因素进行优化筛选.结果表明:优化的25μL百合ISSR - PCR反应体系为dNTP 0.2 mmol/L、Mg2+ 2.0 mmol/L、引物0.5 μmol/L、模板DNA 60 ng和Taq酶1.0U,最佳退火温度为52.2℃.该体系以38个品种(种)百合进行扩增验证,得到的条带清晰、多态性高,且具有良好重复性.说明优化的百合ISSR - PCR反应体系适用于百合资源的品种(种)鉴定及遗传多样性研究. 相似文献
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为了建立和优化亮叶蜡梅(Chimonanthus nitens Oily.)的ISSR反应体系,对模板DNA的浓度、引物浓度、Mg2+浓度等影响因子进行了筛选.结果表明:在25 μL的反应体系中,含有40 ng模板DNA、1 U Taq酶、0.2 mmol/L dNTP、0.3μmol/L引物、1.5 mmol/L Mg2+、2.5μL 10×buffer的扩增效果最好.利用该优化的反应体系,筛选出了12条稳定性强、清晰度高、多态性高的ISSR引物,并对筛选出的12条引物在不同退火温度(51～56℃)下的扩增效果进行了比较,从而确定了每个引物的最佳退火温度. 相似文献
7.
以兜兰为试材,用改进的CTAB法提取总DNA,采用正交试验设计,分析Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度和Taq DNA聚合酶用量对ISSR-PCR扩增的影响,并通过梯度PCR确定最佳退火温度,最终建立兜兰ISSR扩增反应体系。最佳反应体系为:25μL体系中,含10×PCR buffer 2.5μL、1.5mmol/L Mg2+、0.15mmol/L dNTP、0.6μmol/L引物、1.0 UTaq酶和40 ng模板DNA。反应程序为:94℃5 min,94℃30 s,56.2℃45 s,72℃1 min,共40个循环;72℃延伸7 min。 相似文献
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采用改进的SDS法提取接骨草叶片中的基因组DNA,通过单因素试验对接骨草ISSR反应体系中的模板DNA用量、引物用量、dNTP用量、牛血清白蛋白浓度、Taq DNA聚合酶用量、Mg2+浓度等进行筛选和优化,得到适合接骨草ISSR扩增的条件,10 μL PCR反应体系:1×Taq酶配套缓冲液,4ng模板DNA,1.5μmol/L引物,0.2mmol/L dNTP,2 mg/mL BSA,0.75 U Taq DNA聚合酶,2 mmol/L Mg2+.利用优化后的反应体系从100个ISSR引物中筛选出12个重复性好、稳定性高的引物对24个接骨草个体的DNA进行扩增,共得到111个位点,其中103个为多态位点,多态位点百分率为92.79％,Nei指数为0.402 6,Shannon信息指数为0.5790,表明接骨草的遗传多样性水平很高. 相似文献
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毁灭炭疽菌RAPD和ISSR-PCR最佳反应体系的建立 总被引：2，自引：0，他引：2
对影响PCR反应的主要因子-Md2+、dNTP、Taq酶、引物浓度进行优化,建立起适合于毁灭炭疽菌基因组DNA的RAPD和ISSR反应体系.RAPD反应体系(25μL):Mg2+浓度为2.5 mmol/L,dNTP浓度为200 μmol/L,Taq酶用量为1U,引物浓度1μmol/L.ISSR反应体系(25μL)为:Mg2+浓度为2 mmol/L,dNTP浓度为150μmol/L,Taq酶用量为0.5 U,引物浓度为1.25 μmol/L. 相似文献
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《江苏农业科学》2014,(7)
采用正交设计的方法对油松ISSR-PCR反应体系5因素(Taq DNA聚合酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs、引物的浓度)在4水平上进行优化试验,PCR结果用SPSS数据软件分析。结果表明:各因素不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,且除dNTP因素外其他4因素影响均较大;筛选出各反应因素的最佳水平,建立油松ISSR-PCR的最佳反应体系(20μL)为:Taq DNA聚合酶1 U、模板5μg/μL、Mg2+2.0 mmol/L、dNTP 0.20 mmol/L、引物0.4μmol/L;进行梯度退火试验,筛选出针对不同引物的最适的油松ISSR退火温度。该优化体系的建立为油松及其近缘种的系统学和种质资源鉴定及遗传多样性的研究奠定基础。 相似文献
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茶树ISSR-PCR反应体系的正交优化 总被引：2，自引：0，他引：2
对茶树ISSR-PCR反应体系中的5因素(Taq酶浓度(U/(20μL))、Mg2+浓度(mmol/L)、模板DNA质量浓度(ng/(20μL))、dNTP浓度(mmol/L)、引物浓度(μmol/L))在4水平上进行正交优化试验,筛选出各因素的最佳水平,建立茶树最佳ISSR-PCR反应体系,即20μL反应体系中,TaqDNA聚合酶为1.0U/(20μL),Mg2+为2.0mmol/L,模板为40ng/(20μL),dNTP为0.20mmol/L,引物为0.25μmol/L.对茶树ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火试验,确定引物ISSR1、UBC881的最适退火温度分别为52.4、59.0℃. 相似文献
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正交设计优化广藿香基因组SRAP扩增体系的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
以改良CTAB法提取的广藿香叶片DNA为模板,采用正交试验设计,从Mg2+、dNTP、引物浓度和DNA聚合酶4因素3水平,对SRAP扩增效果进行研究,比较不同模板DNA浓度对PCR扩增的影响,确立适合广藿香SRAP-PCR反应的最佳体系.利用SRAP-PCR优化体系对引物进行了全面筛选.结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响,总体积20μL的SRAP-PCR优化反应体系中含有:2 μL 10×buffer、20 ng模板DNA、1.5 mmol/L Mg2+、250 μmol/L dNTP、0.3 μmol/L Primer、Taq DNA聚合酶1.5 U.运用该体系对部分广藿香单株进行检验,证明该体系稳定可靠;以此体系为基础从90对引物中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物18对. 相似文献
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木荷ISSR反应体系的建立与优化 总被引：4，自引：0，他引：4
在利用ISSR技术对木荷的遗传多样性进行研究的试验过程中,对影响PCR扩增效果的一些因素诸如模板DNA用量、引物用量、牛血清白蛋白浓度T、aq DNA聚合酶用量、4×dNTP浓度、Mg2+浓度以及退火温度等指标进行筛选和优化,确立了可用于木荷ISSR-PCR分析最适宜的PCR反应条件:10lμPCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol/L Tris-HCl,pH值9.0,50 mmol/L KCl,0.1%TritonX-100),0.75 U Taq DNA聚合酶,1.5 mmol/L MgCl2,0.2 mol/L 4×dNTP,6 pmol引物,2 mg/ml牛血清白蛋白,10 ng模板DNA;适宜木荷ISSR扩增的退火温度为56.3℃。 相似文献
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槭属树种ISSR-PCR反应体系的确立 总被引：1，自引：0，他引：1
采用改良CTAB法提取槭属树种总DNA,分析了Taq聚合酶、样本浓度、Mg2 浓度、dNTP浓度以及引物浓度对ISSR-PCR扩增结果的影响,用四因素三水平正交法确定了Taq酶浓度、引物浓度、Mg2 浓度、dNTP浓度的最佳组合,并优化模板浓度,建立了稳定、可重复的槭属树种ISSR-PCR最佳反应体系及PCR扩增参数.ISSR-PCR的最佳反应体系为:在10 μL的反应体系内,Taq聚合酶宜加入0.25 U,dNTP最适浓度为0.3mmol/L,模板最适浓度为4 ng/μL,引物最适浓度均为0.5 μmol/L,不同的引物有其各自合适的Mg2 浓度.槭属树种ISSR-PCR引物筛选及反应体系的建立,为利用ISSR标记技术开展槭属树种的系统进化和亲缘关系研究提供一个强有力的工具. 相似文献
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为建立华山松SRAP-PCR反应体系,研究先采用L16(45)正交设计对影响华山松SRAP反应的5个因子(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验。结果表明:各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+>dNTPs>Taq酶>DNA模板>引物;对SRAP反应结果影响较大的3个因子(Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq酶浓度)进行单因素试验;确立华山松SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+2.2mmol/L、dNTPs0.25mmol/L、DNA模板60ng、Taq酶0.8mol/s、引物0.8μmol/L。将该体系用于华山松的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。 相似文献
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单雌蓖麻ISSR-PCR反应体系的建立和优化 总被引：2，自引：1，他引：1
以单雌蓖麻提取的基因组DNA为材料,采用单因子试验方法,分别研究了Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶以及模板DNA用量5种因素对ISSR-PCR反应的影响;建立了适合单雌蓖麻IS-SR-PCR扩增的反应体系,即在20μL反应体系中,10×PCR buffer 2.5μL(Mg2+free),模板DNA 20 ng,2.0mmol/L MgCl2,引物浓度1.0μmol/L,dNTP 0.4 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.0 U。 相似文献
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采用改进的CTAB法提取朝鲜白头翁的基因组总DNA,建立朝鲜白头翁RAPD分析的PCR反应体系,成功进行RAPD扩增.筛选出的最佳PCR反应体系为:25μL反应体系中包括模板DNA 20ng,dNTP 200μmol/L,引物0.4μmol/L,Mg2+1.5 mmol/L,Taq酶1 U,10×Buffer 2.5μL,其余部分为无菌重蒸馏水. 相似文献
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麻疯树SRAP-PCR反应体系的优化 总被引：2，自引：0，他引：2
采用L9(45)正交设计对影响麻疯树SRAP反应的5个因子(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验,PCR结果采用SPSS13.0进行分析。结果表明,各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+dNTPs引物Taq酶DNA模板。对SRAP反应结果影响较大的3个因子(Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度)进行单因素试验,确立麻疯树SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+2.5 mmol/L、引物0.4μmol/L、dNTPs150μmol/L、DNA模板60 ng、Taq酶0.5 U。将该体系用于麻疯树的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。 相似文献