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1.
构建核心种质可大幅提高种质资源利用效率。以410份甜椒种质资源为材料,基于8个性状表型数据,采用混合线性模型分析方法无偏地预测基因型值,利用马氏距离计算种质间遗传距离,分别采用两种聚类方法(最短距离法和类平均法)和两种取样方法(随机取样法和偏离度取样法),按照25%抽样比率构建甜椒核心种质库。采用均值、方差、极差和变异系数4个指标评价不同取样和聚类构建核心种质库水平。结果表明,最短距离法能极显著增加性状方差和变异系数,明显优于类平均法;偏离度取样法优于随机取样法;基于马氏距离、最短距离法和偏离度取样方法获取的102份甜椒核心种质资源能代表原群体遗传多样性。该研究可为甜椒种质资源有利基因发掘和新品种选育奠定基础。 相似文献
2.
水稻核心种质的构建策略研究 总被引：8，自引：0，他引：8
以包括34项质量性状和15项数量性状数据的丁氏收集稻种资源中的2262份为供试材料,采用3种抽样方法、3种类型的性状数据、8种系统聚类方法和调整的欧氏距离构建巢式核心种质,以确定一种最佳的核心种质构建策略。结果表明,抽样比例在2.2%～9.9%之间的核心子集已足以保持原群体最大程度的遗传多样性。整合的质量数量性状构建的核心子集遗传多样性最大,优于仅由数量性状或质量性状构建的核心子集。采用优先取样结合多次聚类随机取样法,结合可变类平均法或类平均法构建的效果最好,由此得到150份核心种质,占原群体的6.6%。对核心种质的评价与验证表明,核心种质绝大部分性状的Shannon-Weaver多样性指数均大于原群体,其表型频率方差均小于原群体,表型保留比例均达到100%,大部分数量性状的均值与原群体无显著差异,最大值、最小值、极差与原群体完全符合。150份核心种质较好地保存了原群体的遗传多样性和遗传结构。 相似文献
3.
建立尾叶桉的核心种质可以快速、准确地从丰富的尾叶桉种质资源中鉴定出育种上迫切需要的优异基因源。鉴于此,以尾叶桉家系表型性状的均值、方差、极差、变异系数和平均多样性指数5个参数作为评价指标,按照不同取样比例,筛选尾叶桉初级核心种质;然后按照地理种源分组,利用均值差异百分率、变异系数变化率、极差符合率、方差差异百分率4个参数对不同取样比例下的核心种质进行比较分析,以最小距离逐步取样法构建尾叶桉二级核心种质,共得188份,占资源总量的10%,且与控制不同性状表型相关的遗传特性在核心种质中也得到了较好的保持。所构建的尾叶桉二级核心种质可以作为整体资源的代表性样本。 相似文献
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5.
苦瓜核心种质资源构建方法的比较 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】通过比较不同方法构建的苦瓜Momordica charantia核心种质资源的优劣,选择能代表原群体遗传多样性的核心种质,为苦瓜种质资源的高效利用提供依据。【方法】采用混合线性模型对154份苦瓜种质的第1雌花节位、瓜纵径、瓜橫径、瓜肉厚和单瓜质量等5个性状的基因型值进行无偏预测;基于性状的基因型预测值,采用马氏距离计算苦瓜种质间的遗传距离;通过8种聚类方法和3种抽样方法,按照30%的抽样率构建苦瓜核心种质资源,评价不同聚类方法和抽样方法构建苦瓜核心种质的优劣。【结果】8种聚类方法构建的核心种质所有5个性状的变异系数均高于原群体;最短距离法构建的苦瓜核心种质5个性状的方差和变异系数均高于原群体,明显优于其他7种聚类方法。优先抽样法和偏离度抽样法构建的核心种质的极差与原群体一致,但偏离度抽样法构建的苦瓜核心种质有3个性状的变异系数高于其他2种抽样法,表明偏离度抽样法略优于随机抽样法和优先抽样法;基于马氏距离、偏离度抽样法及最短距离法获得了46份苦瓜核心种质,其中,Y5、Y87、Y112和Y139为苦瓜骨干材料。【结论】基于马氏距离、偏离度抽样法及最短距离法获取的46份苦瓜核心资源能够代表原群体的遗传多样性。本研究进一步证实了来源于印度及东南亚地区的苦瓜种质具有丰富的遗传多样性,为苦瓜种质资源的收集、评价与高效利用提供了重要依据。 相似文献
6.
核心种质的构建为作物种质资源的高效利用提供了便利条件。以420份辣椒(Capsicum annuum L.)种质为试材,采用混合线性模型分析方法无偏地预测11个数量性状的基因型值,利用马氏距离计算种质间的遗传距离,分别采用3种聚类方法(中间距离法、类平均法和离差平方和法)、3种抽样方法(随机抽样法、优先抽样法和偏离度抽样法),按照25%的抽样比率构建辣椒核心种质库,采用均值、方差、极差和变异系数4个指标评价不同方法构建核心种质库的优劣。结果表明,类平均法优于中间距离法和离差平方和法,偏离度抽样法优于随机抽样法和优先抽样法。基于马氏距离、类平均法、偏离度抽样法获取的105份辣椒核心种质资源能够代表原群体的遗传多样性,为辣椒种质资源的高效利用提供了重要的理论依据。 相似文献
7.
基于种苗表型初步构建中国樟树核心种质 总被引：1，自引：0，他引：1
樟树是我国重要的经济、用材和绿化树种。构建中国樟树核心种质,不仅能准确快速挖掘优异基因源,而且能减少工作量、提高育种效率。以樟树种质资源库中的872份樟树种质资源为材料,根据种源分成45个组,基于种子大小、千粒质量、苗高和地径4个表型性状数据,构建了217份中国樟树核心种质。利用不同性状的多样性指数t检验、均值t检验、方差F检验、均值、极差、变异系数、表型方差、表型频率方差、表型保留比例、变异系数变化率、极差符合率等11个参数和主成分分析进行核心种质代表性检验和评价。结果表明,所构建的中国樟树核心种质能够较好的代表全部种质的遗传多样性。 相似文献
8.
以韭菜种质资源圃的174份韭菜种质资源为材料,根据15个表型性状进行聚类,在遗传距离5.3处将聚类结果分为14类,利用简单比例法和人工选择相结合的方法对每一类进行筛选,共选出69份种质资源建立韭菜种质资源初级核心库,占总体样本比例的40%。对该初级核心库的遗传多样性进行检测,除了鞘长和叶宽遗传多样性指数较总种质资源库略有降低外,其他性状都有所提高;初级核心库与原始种质资源库的均值差异百分率为0,变异系数变化率为106.14%,极差符合率为94.43%;初级核心资源库中与叶厚、叶数显著相关的性状分别损失2个,其他性状间的相关性与总种质资源基本保持一致。结果表明,所构建的初级核心库能够很好地保留韭菜种质资源的遗传多样性和遗传结构。 相似文献
9.
以823份太湖流域粳稻地方品种资源的19个表型性状为基础数据,形成45个核心种质测试群体,利用均值差异率(MD,%)、极差符合率(CR,%)、方差差异率(VD,%)、变异系数变化率(VR,%)、表型保留率(PR,%)和多样性指数率(H',%)6个评价参数,对2种遗传距离(欧氏遗传距离、马氏遗传距离)、6种聚类法(最短距离法、最长距离法、中间距离法、重心法、类平均法、离差平方和)、3种核心种质抽样法(多次聚类随机法、多次聚类优先法和多次聚类偏离度法)和不同抽样比例(10%～50%)的组合策略在核心种质构建中的优劣进行分析.结果表明:采用欧氏距离、类平均法聚类和优先取样法为最佳方案,15%～25%为构建本资源初级核心种质比较适宜的比例范围;以此策略构建的Core2,1,5-15群体为基础,质量性状遗失基因型为补充,构建了以129份资源组成的太湖流域粳稻地方品种初级核心种质,数量占初始群体的15.7%;与初始群体相比,核心种质各性状平均数无显著差异(MD为0),极值符合率100%,表型保留率100%. 相似文献
10.
通过对来自3个栽培种（陆地棉、海岛棉和亚洲棉）的92份棉花资源的9个性状的调查和分析,变异系数、特异材料百分比和Shannon-Weaver多样性值均表明该群体蕴含较丰富的遗传变异;利用软件NTSYS-pc,采用类平均法（UPGMA）对相似系数矩阵和遗传距离矩阵进行聚类分析,结果表明品种间的遗传关系与品种所属的种及系谱吻合性较高;利用软件QGAStation筛选出核心材料22份,方差差异百分率、均值差异百分率、极差符合率和变异系数变化率相关统计学指标显示核心材料组遗传多样性与原群体基本一致。基于表型的遗传多样性分析及核心材料的筛选将为后续的育种工作和基础研究提供重要的参考信息。 相似文献
11.
Establishment of core collection for Chinese tea germplasm based on cultivated region grouping and phenotypic data 总被引：1，自引：0，他引：1
Tea is an important economic crop in China. About 2665 accessions of tea germplasm (Camellia spp.) are conserved in the China National Germplasm Tea Repository. However, only a small fraction of the collections have
been exhaustively used in tea plant improvement programs. The objective of the present study was to develop a core collection
of tea plant to enhance the utilization of genetic resources in improvement programs and simplify their management. For this
purpose, based on the cultivated region grouping and phenotypic trait data, a core collection of tea plant was established
using logarithm proportion and Ward’s cluster method. Approximately 20% of the accessions were then randomly selected from
these distinct groups to form a core collection of 532 accessions. Different statistical methods including comparison of mean
using Newman-Keuls test, variance using Levene’s test, and frequency distribution using Chi-square test for the traits validated
that the variation present in the initial collection was retained in the core collection. The Shannon-Weaver diversity index
for different traits was also similar in the core and initial collection. The phenotypic correlations among different quantitative
traits that may be under the control of coadapted gene complexes were also preserved in the core collection. This core collection
will play an important role in the utilization of tea germplasms. 相似文献
12.
质量性状和数量性状在不同水平反映了个体间的遗传差异,现有遗传相似性的度量往往割裂两者的信息.本文提出了整合质量性状和数量性状评价个体间遗传相似性的统计策略,调整的欧氏距离能有效地度量个体间的差异,并能很好地处理性状数据的缺失.实例分析了中国农业科学院、华南农学院、广东省农科院水稻生态研究室收集和调查的2262份水稻种质资源10个质量性状和15个数量性状的数据资料,用调整的欧氏距离及不加权类平均法进行群体分类,多次聚类优先取样法抽取8个不同容量的巢式子集并进行遗传多样性比较.结果表明:基于整合信息构建的核心种质同时具有较高的数量性状和质量性状遗传多样性;仅用质量性状信息不足以评价个体间的遗传差异;核心种质构建中应该采用数量性状的信息,同时整合质量性状的信息. 相似文献
13.
基于表型的棉花遗传多样性分析及核心材料的筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
通过对来自3个栽培种（陆地棉、海岛棉和亚洲棉）的92份棉花资源的9个性状的调查和分析,变异系数、特异材料百分比和Shannon-Weaver多样性值均表明该群体蕴含较丰富的遗传变异;利用软件NTSYS-pc,采用类平均法（UPGMA）对相似系数矩阵和遗传距离矩阵进行聚类分析,结果表明品种间的遗传关系与品种所属的种及系谱吻合性较高;利用软件QGAStation筛选出核心材料22份,方差差异百分率、均值差异百分率、极差符合率和变异系数变化率相关统计学指标显示核心材料组遗传多样性与原群体基本一致。基于表型的遗传多样性分析及核心材料的筛选将为后续的育种工作和基础研究提供重要的参考信息。 相似文献
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研究了夏播菜用大豆感官品质性状核心种质构建的方法.以全国菜用大豆主产区的菜用大豆初选核心种质154份品种为材料,依据感官品质性状,采用系统聚类方法构建了由36份材料组成的夏播菜用大豆感官品质性状核心种质,并将构建的核心种质与原有种质进行遗传资源代表性及表型相关分析,结果表明,核心种质较好地保持了原有种质的遗传多样性和复杂性.在品质育种过程中,特异性状核心种质的构建可为有效利用种质资源提供一种便利有效的辅助方法. 相似文献
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核心种质有效地提高了种质资源的利用效率。试验从1 142份大麦选育品种(系)中筛选出118份种质构建了核心种质库,占总体资源的10.33%。利用χ2测验检测了核心种质与全部种质农艺性状分布频率的一致性,除了芒形、穗和芒色以及粒色有极显著性差异,其他性状均无显著性差异。对两者数量性状的平均值进行了t测验,方差进行了F测验,两者的株高、穗粒数和千粒重3个数量性状均无显著性差异。所构建的大麦选育品种(系)核心种质可以作为全部种质的代表样本。两者变异系数以及Shannon-weaver和Simpson遗传多样性指数的比较表明核心种质的个体间具有更大的变异程度和遗传多样性。 相似文献
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陆地棉核心种质表型性状遗传多样性分析及综合评价 总被引：8，自引：3，他引：5
【目的】分析陆地棉核心种质的遗传多样性和表型性状遗传变异规律,并探讨核心种质的综合评价方法。【方法】利用17个表型性状数据分析419份陆地棉核心种质的遗传多样性。用Shannon-weaver信息多样性指数计算表型性状的遗传多样性,用Nei’s 1973法计算表型性状遗传距离,并使用NTSYS-pc 2.20q软件对核心种质进行聚类分析;用SAS9.2对表型性状数据进行最佳线性无偏估计(BLUE),然后根据最佳线性无偏估计值计算出表型性状的最佳值。同时,结合主成分、回归和相关分析,研究核心种质的综合评价指标和方法。【结果】核心种质表型性状分析发现,单株铃数、单铃重、衣分、子指等性状的变异系数均较大,变异系数超过10%。而断裂比强度、马克隆值以及上半部平均长度的变异程度较小,变异系数均在10%以下。方差分析发现,各表型性状地点间、年份间、地点和年份间、品种间均有极显著差异;不同地理来源的种质表型性状差异较大,长江流域地理来源的种质生育期、伸长率、上半部平均长度、衣分等性状均高于其他的地理来源,西北内陆地理来源的种质纤维强度,单铃重、整齐度指数、株高、纺纱均匀性指数等综合性状最好,美国种质的产量和纤维品质的性状优于其他国家的总和。表型性状的遗传多样性指数范围为0.351—3.796,平均为1.715。分析不同地理来源种质的遗传多样性,发现黄河流域的遗传多样性和遗传丰富度最高,中国南部区域最低。类群聚类结果发现陆地棉整体分散,没有比较明显的类群关系,部分具有相似特点的种质聚类13个组群。核心种质综合评价表明在累计贡献百分比高于85%时,共发现7个主成分,陆地棉核心种质的表型性状综合值(F值)平均为1.740,来自澳大利亚的N74-250F值最高(2.302),辽阳绿绒棉的F值最低(0.624)。对17个表型性状与F值的相关分析,发现除马克隆值、子指和黄度外,单铃重、衣分、断裂比强度、上半部纤维长度等14个表型性状与F值间的相关性具有极显著差异,最后构建了以吐絮期、单铃重、伸长率、花期、马克隆值、株高、果枝数、纺纱均匀性指数8个表型性状为自变量的回归方程,综合评价核心种质资源。【结论】中国保存的陆地棉核心种质具有较为丰富的遗传多样性,不同地理来源遗传变异有较大的差异,不同生态区的核心种质具有独特的性状特性。 相似文献
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Constructing a Core Collection for Maize (Zea mays L.) Landrace from Wuling Mountain Region in China
Based on the genetic clustering from 42 microsatellite (SSR) markers with a combination of their geographic origin and germplasm characteristics, 124 maize landraces from Wuling Mountain region in China were used for constructing a core collection. Four evaluating parameters for maize landrace core collection, including mean difference percentage (MD), variance difference percentage (VD), coincidence rate of range (CR), and variable rate of coefficient of variation (VR), were assessed with 20 quantitative traits. It was shown that genetic relationships among landraces in Wuling Mountain region had the tendency to associate with their geographic origins. The 124 landraces were clustered into 18 subgroups when the coefficient of genetic similarity (GS) is 0.28. Eighteen landraces, each of which was from one subgroup, were applied to construct the core collection with a sampling percentage of 15%. Comparison of the initial and core collection indicated that there existed no significant differences in most quantitative traits. An average of 6.3 and 6.5 alleles were detected in the initial and core collection, respectively. Mean polymorphism information content in the core collection (0.75) was higher than that in the initial one (0.72). MD was lesser than 20% and CR was more than 80%. The results showed that the sampling strategy would be feasible for constructing the core collection that well represents the genetic diversity of the initial one. 相似文献
18.
Constructing a Core Collection for Maize （Zea mays L.） Landrace from Wuling Mountain Region in China 总被引：2，自引：0，他引：2
Based on the genetic clustering from 42 microsatellite （SSR） markers with a combination of their geographic origin and germplasm characteristics, 124 maize landraces from Wuling Mountain region in China were used for constructing a core collection. Four evaluating parameters for maize landrace core collection, including mean difference percentage （MD）, variance difference percentage （VD）, coincidence rate of range （CR）, and variable rate of coefficient of variation （VR）, were assessed With 20 quantitative traits. It was shown that genetic relationships among landraces in Wuling Mountain region had the tendency to associate with their geographic origins. The 124 landraces were clustered into 18 subgroups when the coefficient of genetic similarity （GS） is 0.28. Eighteen landraces, each of which was from one subgroup, were applied to construct the core collection with a sampling percentage of 15%. Comparison of the initial and core collection indicated that there existed no significant differences in most quantitative traits. An average of 6.3 and 6.5 alleles were detected in the initial and core collection, respectively. Mean polymorphism information content in the core collection （0.75） was higher than that in the initial one （0.72）. MD was lesser than 20% and CR was more than 80%. The results showed that the sampling strategy would be feasible for constructing the core collection that well represents the genetic diversity of the initial one. 相似文献
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