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全基因组关联分析(genome-wide association studies, GWAS)是一种利用大规模群体的DNA样本进行全基因组高密度基因型分型，探究与目标性状相关联的遗传变异的研究方法。GWAS在揭示猪重要经济性状的变异规律和推动基因组选择在猪育种中的实际应用等方面有着重要作用。本综述主要围绕GWAS的基本原理、GWAS的分析方法、GWAS在猪育种方面取得研究进展和其未来展望进行综述，以期为利用GWAS进行猪重要经济性状遗传基础的研究提供参考。 相似文献
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全基因组关联分析(GWAS)是一种通过对大规模样本集合进行基因型和表型数据的比较分析,寻找与特定性状相关的遗传变异的方法。随着高通量测序技术、生物信息学技术和统计学方法的不断发展,一些频率更小的遗传变异或小分子物质能够被更加精准和经济的方式检测。基于技术进步衍生出GWAS的扩展方法,为畜禽精准育种和遗传改良提供了新的思路,其中包括基于拷贝数变异(copy number variation, CNV)、结构变异(structural variation, SV)和串联重复序列(tandem repeats, TR)的GWAS和基于单倍型、基因表达和代谢组的GWAS。研究人员期望利用不同分子标记以提供更全面和详细的遗传变异信息来增加GWAS的解释性和准确性,或通过结合其他类型的数据来进一步解释和深化GWAS的结果,从而深入研究遗传变异与性状之间联系并确定影响复杂性状的关键基因。作者介绍了基于不同分子标记的GWAS在畜禽研究当中的应用并对其结果进行讨论,分析了不同方法的优势与可行性,为进一步推动GWAS在畜禽研究中的应用,精准育种和遗传改良提供更多的思路和支持。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2015,(6)
全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是在关联分析的基础上对全基因组范围内的遗传标记进行检测,以研究复杂疾病和性状遗传的一种有效方法。国内外许多研究人员针对猪重要性状展开GWAS,鉴定出大量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记、数量性状基因座(Quantitative trait locus,QTL)和候选基因为猪育种提供必要的分子基础,同时有助于后续相关功能基因的研究和数量性状核苷酸(Quantitative trait nucleotide,QTN)的鉴定。本文主要对GWAS在猪重要性状上的研究进展进行综述,同时简单介绍猪重要性状QTN的研究进展。 相似文献
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水禽的经济性状多为数量性状,数量性状基因座(quantitative trait loci, QTL)是调控数量性状表达的遗传基础,因此QTL的定位是分子育种的基础。全基因组关联分析(genome wide association studies, GWAS)作为鉴定表型与基因型关系的一种分析策略,是挖掘畜禽QTL的重要手段,并已经成功应用于猪、牛、鸡等畜禽的遗传育种工作中。利用GWAS可以定位与水禽经济性状相关的QTL,确定影响水禽性状的功能基因或主效基因,从而实现对水禽重要性状的改良。文章综述了GWAS在水禽重要性状研究上的应用效果,并分析了不足之处,以期为完善水禽遗传育种与遗传改良方法提供参考。 相似文献
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全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是一种研究经济性状候选基因的分析方法。近年来,随着家畜全基因组测序的完成,大量的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)被标识,GWAS也越来越多地应用于家畜重要性状的研究领域中,在动物遗传育种中,通过对家畜基因组进行GWAS分析研究,找到控制家畜主要经济性状的重要SNPs,从而挖掘重要经济性状的候选基因。作者详细综述了GWAS的分析方法及其在重要家畜育种中的研究进展。GWAS分析方法包括基因组控制法(genommic control)、分层分析法(stratification analysis)、主成分分析法(principal components analysis,PAC)和混合线性模型分析法(mixed-linear-model association,MLMA),通路分析方法包括非核算法(基因功能富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)和分层贝叶斯优取(hierarchical Bayes prioritization,HBP))和核算法。依据不同的目标性状选择合理的分析方法,提高GWAS分析结果的准确性,为进一步利用GWAS分析各种性状的遗传基础提供合理的借鉴。 相似文献
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全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)是在全基因组范围内,以单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism sign, SNPs)作为分子遗传标记,筛选出与数量性状相关的SNP、数量性状基因座(quantitative trait locus, QTL)和候选基因的有效手段。猪肉品质是猪的重要经济性状,与人们的肉食营养、肉食品加工和养猪业经济效益密切相关。本文主要对GWAS在猪肉质性状的研究应用展开论述,以期为通过GWAS鉴别影响猪肉质性状的主效基因来改善猪肉品质提供理论依据。 相似文献
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犬髋关节发育不良(Canine Hip Dysplasia, CHD)是犬常见的骨科疾病,传统放射学诊断对降低CHD发病率的作用有限,而基因诊断技术则可以有效促进CHD的育种改良。全基因组关联分析(Genome wide association study, GWAS)是一种全基因组范围内的遗传标记的检测技术,对复杂性状功能基因的鉴定十分有效,已成为挖掘畜禽复杂疾病和性状遗传的重要方法。随着犬全基因组测序的完成以及犬不同密度SNP芯片的商业化,GWAS已经成为CHD致病基因筛选的一个重要手段。本文综述了GWAS的定义与影响因素,CHD在国外的育种现状及GWAS在德国牧羊犬中的研究进展。 相似文献
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犬髋关节发育不良(canine hip dysplasia,CHD)是犬常见的骨科疾病,传统放射学诊断对降低CHD发病率的作用有限,而基因诊断技术则可以有效促进CHD的育种改良。全基因组关联分析(genome wide association study,GWAS)是一种全基因组范围内的遗传标记的检测技术,对复杂性状功能基因的鉴定十分有效,已成为挖掘畜禽复杂疾病和性状遗传的重要方法。随着犬全基因组测序的完成以及犬不同密度SNP芯片的商业化,GWAS已经成为CHD致病基因筛选的一个重要手段。本文综述了GWAS的定义与影响因素,CHD在国外的育种现状及GWAS在德国牧羊犬中的研究进展。 相似文献
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以往通过候选基因分析和数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)连锁分析等策略使我们对一些基因的功能有了一定了解,但是很多控制畜禽经济性状的基因还无法分离和鉴定。随着高通量测序技术的不断发展以及人类全基因组计划(human genome project,HGP)和许多动植物的全基因组测序完成,全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)已经成为研究复杂性状的重要方法。文章针对GWAS在重要畜种复杂经济性状中的研究进展进行综述,梳理了近几年在动物经济性状研究中利用GWAS取得的成果,并且对GWAS研究策略与方法进行了归纳总结,旨在利用GWAS为畜禽复杂性状的遗传基础研究提供参考,同时为今后的动物育种工作奠定基础。 相似文献
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《上海畜牧兽医通讯》2017,(3)
全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)是近年来迅速兴起的一种新型基因组分析方法,它利用全基因组范围内筛选出高密度的分子标记对所研究的群体进行扫描,分析扫描得出的分子标记数据与表型性状之间关联关系的方法。GWAS的出现为全面系统地研究基因组学打开了新的篇章,目前主要应用于人、动植物以及微生物主要疾病复杂性状的分析,已成为研究基因组学的关键手段。本文主要针对GWAS的概念、近年来GWAS在动物疾病模型和致病菌中的研究、存在问题及未来发展进行阐述。 相似文献
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全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）是一种研究经济性状候选基因的分析方法。近年来,随着家畜全基因组测序的完成,大量的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）被标识,GWAS也越来越多地应用于家畜重要性状的研究领域中,在动物遗传育种中,通过对家畜基因组进行GWAS分析研究,找到控制家畜主要经济性状的重要SNPs,从而挖掘重要经济性状的候选基因。作者详细综述了GWAS的分析方法及其在重要家畜育种中的研究进展。GWAS分析方法包括基因组控制法（genommic control）、分层分析法（stratification analysis）、主成分分析法（principal components analysis,PAC）和混合线性模型分析法（mixed-linear-model association,MLMA）,通路分析方法包括非核算法（基因功能富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）和分层贝叶斯优取（hierarchical Bayes prioritization,HBP））和核算法。依据不同的目标性状选择合理的分析方法,提高GWAS分析结果的准确性,为进一步利用GWAS分析各种性状的遗传基础提供合理的借鉴。 相似文献
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