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SSR荧光标记毛细管电泳法分析30份无花果品种的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
《浙江农业学报》2017,(9)
为了分析从国内外搜集的无花果品种的遗传多样性,利用SSR荧光标记毛细管电泳检测法构建了30份无花果品种的指纹鉴定平台。以15对SSR荧光引物对30份无花果品种资源进行分析,结果共检测到79个等位变异。15个位点的PIC值在0.332 8~0.875 7,平均为0.530 3;各位点的Shannon信息指数(I)为0.604 9~2.127 3,平均为1.136 0。30份品种资源的遗传距离在0.025 4~1.123 4。其中引物FCUP038-6的杂合度、PIC值分别高达0.846 8、0.861 1,可考虑作为以后区试杂交种纯度鉴定的核心标记。30份无花果品种资源表现出比较丰富的遗传多样性,聚类分析结果显示,30份资源被分为两组,来源不同的品种被分散聚类。同时,无花果品种的亲缘关系与其来源和表型特征并不存在明显的相关性。 相似文献
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以湖北省罗田县8个迟熟板栗主要栽培品种为材料,利用SSR(Simple Sequence Repeat)分子标记对8个板栗品种进行初步认证及亲缘关系分析。结果表明:从8条SSR引物中筛选出4条能够扩增出清晰、稳定条带的引物;4条引物共扩增出36条带,其中多态性条带有31条,多态性条带比率为81.6%。UPGMA法聚类分析结果表明,8个板栗品种大致被分为2类;羊毛栗单独一类;其余7种一类,其中油栗、油栗东亲缘关系较近,桂花香1号、桂花香2号、桂花香3号亲缘关系较近,九月寒1号、九月寒3号亲缘关系较近。初步鉴定结果可为板栗品种鉴别、分类及种质资源的有效利用提供依据。 相似文献
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柑橘品种鉴定的SSR标记开发和指纹图谱库构建 总被引：3，自引：0，他引：3
【目的】筛选出一套SSR核心引物,用于构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,为柑橘种苗认证、品种登记和植物新品种保护提供技术支撑。【方法】以柑橘属8个主要栽培种类为试材进行PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测,筛选出多态性丰富、扩增条带稳定的引物对部分参试品种进行PCR扩增,扩增产物通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行进一步的引物筛选;筛选得到的引物进行荧光标记,并选用部分柑橘品种进行PCR扩增,扩增产物利用基因分析仪检测,分别计算各引物的PIC值、等位基因数目,选取一套多态性丰富的适合进行荧光毛细管电泳检测的SSR引物组合,进而对所有参试品种进行分析,构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,同时利用筛选的SSR标记对参试品种进行鉴定。【结果】初期以柑橘属8个种的代表品种(太田椪柑、沙田柚、沅江酸橙、大红甜橙、邓肯葡萄柚、枸橼、费米耐劳柠檬和墨西哥来檬)为材料,用362对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经4%琼脂糖凝胶电泳检测,初步筛选出80对种间多态性高、扩增稳定的SSR引物;进一步从8个种类里选择不同类型的64个柑橘品种,用上述筛选出的80对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,再筛选出60对品种类型间多态性高、扩增稳定、条带清晰的SSR引物,并分别进行荧光标记;另以168份柑橘品种为材料对上述60对SSR引物进行PCR扩增,经荧光毛细管电泳检测,依据各引物的PIC值、等位基因数目、峰图读取难易程度、扩增稳定性及染色体位置等,最终筛选出21对SSR引物作为指纹图谱库构建的核心引物。为消除不同仪器、不同试验批次等引起的误差,为21对SSR引物各主要等位变异选择相应的参照品种。根据各引物标记的荧光颜色及扩增片段大小进行合理组合,21对SSR引物可分成5组进行多重电泳,共采集500份柑橘品种的DNA指纹。利用SSR标记,有111份品种仅用1对引物即可鉴别,86份品种用2对引物组合即可鉴别,24份品种用3对引物组合即可鉴别,另外279份品种虽无法单独一一鉴别,但可分为87个小组,组内品种无法区分,组间品种易鉴别。【结论】利用筛选出的21对SSR核心引物,构建了包含500份柑橘品种的DNA指纹图谱库,筛选出部分品种的特异标记,可以鉴别221份柑橘品种和87个品种组合,构建了基于毛细管电泳平台的柑橘SSR分子标记品种鉴定体系。 相似文献
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小麦新品种川农16与川育16的分子鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
应用RAPD、STS和SSR标记对小麦新品种川农16与川育16进行分子鉴定。结果表明3种标记均能揭示品种间DNA水平上存在的遗传差异。RAPD分析中共有14个(19.72%)引物和48条(19.28%)带纹,STS分析中有4个(66.67%)引物和19个(26.38%)引物-酶组合,而SSR分析中有24个(22.43%)等位变异位点能揭示品种间遗传差异。 相似文献
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优良玉米杂交种金玉818指纹图谱构建及其纯度鉴定 总被引：4，自引：0，他引：4
为构建优良杂交玉米新品种金玉818的指纹图谱,筛选适用于该品种真实性和纯度鉴定的SSR引物,利用SSR分子标记技术构建指纹图谱,筛选引物对金玉818种子进行纯度鉴定,并对鉴定结果进行验证。结果表明:在40对标准SSR引物中筛选出25对多态性好、清晰稳定的引物构建金玉818指纹图谱,筛选出15对适用于该品种真实性和纯度鉴定的引物,其中最佳引物是bnlg16lk8、umc1125y3、umc1429y7、phi053k2、umc1147y4和bnlg2305k4;利用phi053k2、bnlg16lk8和umc1429y7鉴定金玉818种子的纯度分别为92.5%、92%和93.5%,引物间鉴定结果吻合度高,结果可靠。 相似文献
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利用RAPD标记对8个油用向日葵自交系进行了鉴定和遗传分析。从40个UBC引物中筛选出12个能产生稳定遗传多态性的引物，利用其中3个引物提供的RAPD标记可将8个自交系逐一加以鉴别。12个引物对8个自交系共扩增出41条带，其中39条（占95．1％J）具有多态性，每个引物可扩增出1－7条带，平均为3．4条带，不同自交系之间的RAPD遗传距离在0．13－0．85之间，平均为0．42。按UPGMA方法可将8个自交系聚为2大类、4个亚类。 相似文献
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为鉴定和保存不结球白菜品种资源,利用基因组 DNA 的 SRAP、RAPD 和 SSR-PCR 技术,筛选具有稳定多态性位点的引物,对新培育的耐热1号和苏州地区11个不结球白菜耐热主栽品种构建品种DNA 指纹,并转化为数字指纹图谱。结果表明：筛选出22个 SRAP 引物、16个 RAPD 引物和32个 SSR 引物,通过 PCR 扩增在12个白菜品种中获得了143个多态性位点标记,12个栽培品种间的遗传距离较小,相似系数范围为0．55～0．76。利用筛选出的3对 SRAP 引物组合成功绘制出不结球白菜主栽品种鉴定图,能将供试品种完全区分开。 相似文献
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黄瓜品种RAPD指纹图谱的构建及遗传相似性分析 总被引：4，自引：0，他引：4
利用RAPD技术对22个具有广泛遗传基础的黄瓜品种进行了指纹图谱构建及遗传相似性分析,从240条RAPD随机引物中筛选出27条具有稳定多态性的引物.27条引物共扩增出163条带谱,其中多态性带70条,平均多态性比例为43.10%.9条RAPD引物产生的12个特异性标记可以单一地鉴别9个品种,利用不同引物的组合可将其他品种鉴别出来.通过UPGMA法进行聚类分析,当GSC=0.688 8时,可将22个黄瓜品种分为4个群.22个品种间的平均遗传相似系数为 0.800 4,说明黄瓜的遗传变异较低,遗传基础狭窄. 相似文献
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"夏光"、"早夏16"甘蓝杂交种DNA指纹图谱的构建 总被引：4，自引：0，他引：4
用SDS法提取甘蓝(Brassica oleraceavar.capitata)杂交种“夏光”、“早夏16”及其各自亲本的基因组DNA,通过SSR、RAPD两种分子标记方法构建其DNA指纹图谱用于纯度鉴定。利用30对甘蓝SSR引物和50个适用于甘蓝的RAPD引物,以各杂交种及其亲本的基因组DNA为模板组合进行筛选,结果显示:多数SSR引物对两组合扩增带型一致,未能建立SSR指纹图谱;通过RAPD标记方法筛选出能鉴定两杂交种纯度的引物分别为S15、S42、S147和S42、S78、S88,其中引物S42对两组合均能扩增出特异的RAPD指纹图谱,并将RAPD指纹图谱转变为相应的数字指纹。 相似文献
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李品种的RAPD分析 总被引：3，自引：0，他引：3
从96条S系列RAPD引物中筛选出能稳定扩增并具有多态性的13条引物．对25个李品种进行了RAPD分析．结果表明．只用S17、S459和S1169等3条引物就能鉴别出所供试的25个李品种．利用PopGene软件中的UPGMA方法对供试25个李品种进行分子聚类分析．取LD=0．45．可将这25个李品种分为8类． 相似文献
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RAPD和SSR标记对不同样点(产地)水稻品种分析的比较 总被引：4，自引：0，他引：4
选用 10个随机寡核苷酸引物和 10对微卫星引物 ,分别对 5个水稻品种不同产地的样本进行RAPD和SSR标记分析。结果表明 ,SSR标记分析具有稳定可靠的特点 ,可以直接应用特征性标记去进行种性的区别与鉴定研究。而RAPD标记分析 ,虽然简单方便 ,但就整体而言 ,重复性与可靠性显得明显不足。然而 ,通过大量的筛选和严格的验证 ,也是能够发现稳定性和重复性较好的标记用于种性的区别与鉴定的工作中 相似文献
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为了对红叶李Prunus cerasifera cv .Atropurpurea , 李P .salicina 和杏P .armeniaca 的亲缘关系、品种识别及资源保存提供分子生物学依据, 也为了验证传统的形态学分类方法,从132 个随机引物中筛选出20 个引物对红叶李、李和杏的8 个材料进行了基因组DNA 扩增,均具有多态性, 共扩增出264 条带, 平均每个引物产生13.2 个RAPD 片段。RAPD 带型及聚类分析表明:RAPD 技术能将红叶李、李属植物和杏属植物完全分开, 红叶李、李和杏之间表现出一定的亲缘关系, 各属品种之间都有不同的遗传距离, 证明RAPD 技术可作为种和属水平的分类鉴定依据;利用红叶李、李和杏品种的特异谱带结合DNA 指纹, 可将参试的各品种鉴别出来, 从而说明了RAPD 技术能够用于种或品种之间的鉴定。图2 表2 参12 相似文献
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以97014,BR—S-10和sGK321等14份不同类型的抗虫棉花品种（系沩试验材料,利用SSR分子标记技术,对这些棉花品种（系）的遗传多样性进行了研究．结果表明,从126对SSR引物筛选出的22对引物均能在14份抗虫棉品种（系）中产生明显的扩增差异带,共检测出97个等位基因位点,其中多态性位点69个,多态性比率达71．1％．引物等位位点数在2～7个,平均每对引物为4．4个．利用Jaccard遗传相似系数计算了14份抗虫棉品种（系）的SSR数据的距离矩阵,按UPGMA方法进行聚类,发现14个品种（系）间的遗传距离在0．035～1．056．聚类分析表明,14份棉花品种（系）可分为2大类4亚类,其中,第1大类是以转基因的抗虫棉为主,第Ⅱ大类包括3个品种（系）,分别是中棉所的ISA4ne,BR—S-10和湖南农业大学的97014,这3个品种都为无蜜腺的形态抗虫棉品种,故较早的聚为一类．本研究表明,用SSR分子标记技术分析棉花不同品种间的遗传多样性是町靠的,揭示了抗虫棉花品种种质资源的多样性,大多数品种的遗传基础比较狭窄． 相似文献
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利用杨树基因组序列设计的SSR引物对11份杨树品种材料进行遗传多样性分析,并构建指纹图谱。结果表明,共27对引物具有多态性,引物多态性比率占69.23%;获得多态性谱带38个,多态性比率为84.4%。SSR遗传多样性分析结果为,有效等位基因数平均值1.578 9,基因多样性指数平均值为0.321 7,Shannon多样性指数平均值为0.471 4。11份杨树品种的遗传距离0.53～0.93,平均值为0.73。聚类分析表明,在遗传距离0.76处可将所有供试材料分为5个类群,分别包含2、4、2、1、2份供试材料。研究表明,供试材料遗传多样性较高;利用SSR标记构建了不同杨树利用的指纹图谱,可用于杨树品种间的鉴定。研究结果可为杨树品种知识产权保护和杂交育种提供理论依据。 相似文献
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小麦新品系98-1266与川麦28在分子水平上的差异性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
应用随机扩增多态性DNA(RAPD)和微卫星 (SSR)标记 ,对小麦优质兼抗丰产 1BL/ 1RS易位系 98- 12 6 6与川麦 2 8号在DNA分子水平上的遗传差异进行了检测。结果表明 ,在所用 12 7个RAPD随机引物中 ,有 4个引物能稳定地揭示材料间的差异性。该 4个引物共扩增出 17条带 ,其中 7条带 (占 35 % )具有多态性。在 2 4个SSR位点上 ,共检测到 34个等位基因。其中 ,有 8个位点 (占 33 3% )能揭示 98- 12 6 6与川麦 2 8号间不同基因型的差异。本文还对RAPD和SSR标记在小麦遗传分析中的应用进行了探讨 相似文献
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多花黑麦草DUS测定中SSR标记品种鉴定比较分析 总被引：7，自引：2，他引：5
【目的】多花黑麦草是具世界栽培意义的牧草,但因异花授粉特性,育种材料的频繁交流导致品种间的遗传差异越来越小,传统农艺性状进行品种鉴定变得越来越困难。高效、快速有效地鉴定品种对实现育种目标具有重要作用,可为辅助多花黑麦草品种DUS测试和品种鉴定、知识产权保护等提供科学依据。【方法】基于SSR标记具有稳定性强、多态性高和共显性特点,对6个国审骨干多花黑麦草品种采用30株混合取样策略,每个品种以不同单株构成的30株混合样本量进行3次重复试验,以重复试验中至少出现2次的频率高的强带进行统计,从165对多花黑麦草SSR引物中,筛选出20对引物用于多花黑麦草品种鉴定。并采用30株单株样本扩增与30株混合样本扩增相结合的方法,加之扩增结果的比对,进行品种的鉴定分析。【结果】利用13-07A、01-06D和15-08C引物对6个多花黑麦草品种进行30株单株和30株混合取样对比性分析表明,混合株的某些条带相对于单株条带更为明显,且条带数更多,但也易出现一些弥散带,单株扩增中出现频率在40%及以上的条带则会在混合样本中出现;3组混合取样结果表明,20对SSR引物共扩增出143条清晰可辨条带,其中多态性条带127条,多态性条带的比率为88.81%,每对引物扩增的条带数为5-11,平均为7.15条,平均多态性条带为6.35条,平均多态性信息含量（PIC）为0.571,有的引物虽多态性信息含量较低,但稳定性好,3组混合样本扩增结果几乎一致;6个多花黑麦草品种的遗传相似系数范围为0.4755-0.7552,遗传相似系数最大的为邦德和阿德纳,遗传相似系数最小的为长江2号和特高。在平均遗传相似系数为0.615时可以将6个多花黑麦草品种划分为三大类：第Ⅰ类包括安格斯1号、邦德、阿德纳、达伯瑞;第Ⅱ类是长江2号;第Ⅲ类是特高。20对引物中有9对引物可以直接进行6个品种的鉴定,而其余的引物只能鉴别其中的3个或4个,则可通过不同引物的组合提高鉴别能力。【结论】对于异花授粉植物,多态性并非衡量引物有效性的唯一标准,引物稳定性也是衡量引物有效性的重要指标;相对于单株取样法,采用混合取样法进行品种鉴定更为有效;筛选出的20对SSR引物可以明确区分供试材料,采用SSR分子标记对多花黑麦草进行品种鉴定分析具有可行性。 相似文献
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35个粳稻品种SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析 总被引：15，自引：1，他引：15
用68对SSR引物扩增了35个粳稻品种(系)的基因组DNA,结果有46对引物在35个品种间具有稳定多态性.有6个品种可用单一特异的SSR标记加以识别,其余29个品种则需要不同的SSR指纹组合才能识别.用12对核心引物构建的SSR指纹图谱能将35个粳稻品种逐一区别开来.35个粳稻品种间遗传相似系数的变异范围为0.27～0.98.采用类平均法进行聚类分析,在相似系数0.82处,可将35个粳稻品种分为4类.聚类分析结果基本上反映了依据系谱分析的品种间亲缘关系. 相似文献
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引物及RAPD标记数对芥菜变种聚类分析的影响 总被引：2，自引：0，他引：2
利用ＲＡＰＤ标记对１６个芥菜变种的遗传关系进行研究,并在ＵＰＧＡ聚类分析的基础上建立了亲缘关系系统树图和利用不同的引物数和不同的ＲＡＰＤ标记数对芥菜进行聚类分析。结果表明,聚类结果基本一致。即都可将１６个芥菜变种划分为３组：Ｃ组只有茎瘤芥１个变种,Ａ组和Ｂ组的变种数则略有差异。说明少至２种引物的扩增产物（２７个ＲＡＰＤ标记）也能基本反映１６个芥菜变种间的遗传关系。但随着引物数和ＲＡＰＤ标记数的减少,１６个芥菜变种间的平均遗传距离递减,即从１９种引物、２４０个ＲＡＰＤ标记的７．３４减少到２种引物、２７个ＲＡＰＤ标记的２．３４。而遗传距离的变小,使划分芥菜变种的亲缘关系更加困难。因此,在利用ＲＡＰＤ技术研究芥菜变种间的遗传关系时,有必要保证一定数量的引物和ＲＡＰＤ标记。 相似文献