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1.
利用23对微卫星标记,对皖南山区中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析,评估其群体遗传结构。结果表明：23个微卫星座位中共检测到144个等位基因,等位基因数为2-13,平均等位基因数为6.26;所有位点的平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.6058和0.5714,说明皖南山区中华蜜蜂群体遗传多样性较为丰富。 相似文献
2.
选用荧光标记的19个微卫星DNA标记,通过PCR扩增和ABI3700遗传分析仪基因分型,对贵阳中医学院实验猪场的一个剑白香猪群体进行了遗传多样性研究.结果表明,在19个微卫星位点中,仅S0128位点存在哑等位基因(Null allele),SW951和S0218两个位点极显著地偏离哈德一温伯格平衡,其他位点皆处于哈德-温伯格平衡状态;该剑白香猪实验群体的平均等位基因数、平均多态信息含量和平均期望杂合度分别是3.680、0.452和0.521.在近期内没有发牛过瓶颈效应.并用STRUCTURE软件对所研究的群体进行了群体结构的分析,表明作为实验猪群的剑白香猪群体,虽经多年的培育,仍然保持了较丰富的遗传多样性. 相似文献
3.
利用微卫星分子标记对青蟹东海三门湾野生群体和浙江三门养殖群体的遗传多样性进行分析。6个微卫星位点在2个青蟹群体中共检测到66个等位基因,多态信息含量为0.746 ～ 0.895,均表现为高度多态性,可有效应用于青蟹遗传多样性的研究。青蟹野生群体与养殖群体的等位基因数分别为4 ～ 18,6 ～ 14,平均杂合度分别为0.577,0.561,平均多态信息含量分别为0.779,0.828;群体间遗传分化指数FST值为0.0317,遗传相似性指数为0.7930,遗传距离为0.2319。结果表明,青蟹野生与养殖群体的遗传多样性均较丰富,群体间存在一定的遗传分化。 相似文献
4.
4个暗纹东方鲀群体的遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用10对暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)和16对红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)微卫星引物对4个暗纹东方鲀群体(1个长江常熟江段捕捞群体,1个江苏扬中放流群体和2个养殖群体)的遗传多样性进行分析。结果显示,20个微卫星位点能成功扩增出片段并且具有一定的多态性,在4个群体中共检测到113个等位基因。每个群体的平均等位基因数为4.95～5.50,平均观测杂合度为0.686 7～0.761 7,平均期望杂合度为0.653 0～0.700 0,平均多态信息含量为0.601 3～0.638 4。各个群体都有一些微卫星位点偏离Hardy-Wein-berg平衡(P<0.05),主要表现为杂合子不足。群体间遗传分化系数为0.040 6,基因流值为5.905 6,群体间遗传分化程度较小,群体间基因流水平较高。4个群体间的遗传相似系数为0.859 0～0.915 8,遗传距离为0.088 0～0.151 9,采用UPGMA法对4个群体进行聚类,可分2类:上海养殖群体单独为一类,扬中放流群体、常熟江段捕捞群体和南通养殖群体为另一类。 相似文献
5.
利用6对微卫星DNA标记对福建省4个中华蜜蜂群体进行遗传多样性分析,评估群体内的遗传变异和群体间的遗传分化.结果表明:共检测到50个等位基因,每个位点的等位基因数从2到19不等,所分析位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6088和0.5629.4个中华蜜蜂群体6个微卫星位点平均有效等位基因数为8.333,平均基因杂合度分别为0.5608、0.4798、0.5738和0.6010,群体分化率为11.3%,4个群体间的基因流动值较大.4个中华蜜蜂群体均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性. 相似文献
6.
【目的】探讨6个罗非鱼群体内的遗传多样性及群体间的遗传关系。【方法】利用20个微卫星标记分析6个罗非鱼群体的遗传多样性,研究其群体内遗传多样性和群体间遗传关系。【结果】19个微卫星位点扩增产物具有多态性,每个位点平均等位基因数为7.63;吉富尼罗罗非鱼、广东尼罗罗非鱼、美国尼罗罗非鱼和埃及尼罗罗非鱼遗传多样性较高,其平均杂合度分别为0.6150,0.5999,0.5927和0.6227,平均多态信息含量分别为0.6070,0.5302,0.5095和0.5205,平均有效等位基因数分别为2.8663,3.1321,2.6495和3.3668;而广东和美国2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低,其平均杂合度分别为0.3548,0.3805,平均多态信息含量分别为0.2817和0.2807,平均有效等位基因数分别为1.9338和1.7077。UPGMA系统树分析结果表明,6个罗非鱼群体分为2支,其中2个奥利亚罗非鱼群体聚为一支,4个尼罗罗非鱼群体聚为一支。【结论】4个尼罗罗非鱼群体具有丰富的遗传多态性,而2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低。19个微卫星标记均可用于罗非鱼群体的遗传多样性和系统发生关系的分析。 相似文献
7.
淮河安徽段日本沼虾野生群体遗传结构的微卫星分析 总被引：3，自引：2，他引：1
利用日本沼虾13对中高多态性的微卫星位点分析了淮河安徽段日本沼虾野生群体的遗传结构。结果表明:11个群体中共有118个位点经Bonferroni校正后显示杂合不足且显著偏离Hardy-Weinberg平衡;群体平均期望杂合度均小于0.658,显示出较低的遗传多样性水平,其中瓦埠湖、焦岗湖群体遗传多样性相对较高,高塘湖群体相对较低;淮河安徽段日本沼虾群体偏离了突变-漂移平衡,呈现出遗传多样性下降的趋势,说明群体即将或曾经经历瓶颈效应;群体间AMOVA分析表明,群体间遗传分化程度较低(FST=0.011 6),且没有形成显著的遗传结构,在种质资源保护和管理上可视作一个单元,这为日本沼虾种质资源保护和合理开发利用提供了基础资料。研究亮点:日本沼虾是我国重要的淡水经济虾类,本研究分析了淮河安徽段日本沼虾野生群体的遗传结构,发现淮河安徽段日本沼虾野生群体遗传多样性及群体间遗传分化程度均较低,且没有形成明显的遗传结构,提出在种质资源保护和利用上可视为一个单元进行操作。 相似文献
8.
【目的】了解群体选育过程中红壳色文蛤（Meretrix meretrix）选育群体的遗传多样性变化及世代遗传分化情况,为文蛤育种计划的可持续性提供理论依据。【方法】以江苏黄文蛤原种（SY）、江苏红文蛤原种（SR）及5个红壳色文蛤选育群体（SRF1~SR5F5）为研究对象,利用15对微卫星引物对各文蛤群体基因组DNA进行PCR扩增,然后通过Gel-Pro32 4.0、PopGen 32和MEGA 6.0等在线软件分析7个文蛤群体的遗传多样性。【结果】从7个文蛤群体中共检测出766个等位基因,每个微卫星位点在每个群体中检测出3~18个等位基因,且等位基因数（Na）随选育世代增加呈下降趋势。15个微卫星位点的平均多态信息含量（PIC）在0.575~0.630,均属于高度多态性位点。7个文蛤群体的平均观测杂合度（Ho）为0.442~0.502,平均期望杂合度（He）为0.629~0.680,群体中63.81%的微卫星位点偏离Hardy-Weinberg平衡,表明各微卫星位点存在一定程度的杂合子缺失;群体内近交系数（Fis）范围为-0.0157~0.7409,平均为0.2777,表明文蛤群体内存在一定程度的近交水平;群体间遗传分化系数（Fst）平均为0.0455,即文蛤群体变异中仅有4.55%是由不同群体间的基因差异所产生,而95.45%的变异来源于群体内部;各群体的基因流（Nm）为0.9002~18.9478,平均为8.8065,说明7个文蛤群体间的遗传分化较低。UPMGA聚类分析发现7个文蛤群体聚类呈两大支,江苏红文蛤原种及其选育群体聚为一支,而江苏黄文蛤原种（SY）独自聚为一支。【结论】经过5代人工选育的红壳色文蛤选育群体虽然较基础群体其遗传多样性指数略有下降,但并未导致各选育群体的遗传结构发生改变,仍具有较高的遗传多样性。在连续的选择育种计划中,应增加亲本养殖环境多样化,避免因人工繁育的亲本和养殖群体规模较小引起遗传漂移或近交衰退而致使某些等位基因缺失,导致后代的遗传结构发生改变。 相似文献
9.
选取16个微卫星位点对5个蓝狐群体进行遗传多态性研究,利用PopGen32和MEGA4对5个群体的等位基因数、有效等位基因数、等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量等遗传参数进行了分析。结果表明:5个群体137个个体共计检出162个等位基因,每个位点等位基因数为4～13。位点多态信息含量为0.17～0.84,5个群体中3个群体为高度多态性,其余2个群体为中度多态。位点的观测杂合度为0.18～0.89,位点的期望杂合度为0.18～0.86,茂兴湖群体的杂合程度均高于其他4个种群。选取的16个微卫星位点均表现出较高的多态性,在蓝狐多样性分析中具有一定的有效性,可用于蓝狐遗传多样性的分析。 相似文献
10.
滩羊八个微卫星位点的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
选取了8个微卫星位点对甘肃滩羊群体遗传多样性进行检测,计算了等位基因频率、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量.结果表明:位点OarFCB128的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最高(Ne=10.26,H=0.902,PIC=0.885);位点MCM38的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最低(Ne=6.18,H=0.838,PIC=0.809);8个微卫星位点在滩羊群体中多态性丰富.表明滩羊群体的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,所选微卫星位点可用于滩羊遗传多样性评估. 相似文献
11.
选用世界粮农组织（FAO）和国际动物遗传学会（ISAG）联合推荐的23个微卫星位点对山猪群体的遗传多样性进行检测。通过等位基因频率、有效等位基因数、杂合度、多态信息含量的计算以及瓶颈效应分析,判断山猪群体目前遗传结构和濒危状况。结果表明,23个微卫星座位的多态信息含量在0.452~0.847之间。群体平均多态信息含量和平均杂合度分别为0.686和0.731。瓶颈效应分析表明,山猪群体拥有极显著的杂合度过剩位点数,在无限等位基因模型和逐步突变模型下的平均杂合度为0.559和0.672,推断其有效群体大小近几十年在明显下降,从而说明山猪群体已经处于被灭绝的威胁中。上述研究结果对于山猪的保种和开发利用具有重要的指导意义。 相似文献
12.
团头鲂微卫星多重PCR体系的建立及应用 总被引：1，自引：0，他引：1
利用团头鲂Megalobrama amblycephala 20个微卫星标记组合建立了6个微卫星多重PCR体系,包括2个四重PCR和4个三重PCR体系。利用构建的6个微卫星多重PCR体系评估了团头鲂淤泥湖群体的遗传多样性,结果表明,平均等位基因数为5.8,平均期望杂合度和平均观测杂合度分别为0.72和0.77,平均多态性信息含量为0.601,20个位点中有9个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。本研究中筛选出的多重PCR组合为团头鲂的群体遗传结构分析和亲子鉴定等研究提供了技术基础。 相似文献
13.
采用微卫星分子标记技术分析黄色(HS)、黑斑色(HB)、红纹色(HW) 3个不同体色翘嘴鳜群体的遗传多样性及遗传结构。3个不同体色群体平均观测杂合度在0.540～0.687之间;平均期望杂合度在0.562～0.631之间,各群体均具有较高的遗传多样性。遗传距离、相似度、遗传分化系数、聚类树分析均显示HB与HW群体间遗传关系较近。STRUCTURE群体结构分析显示,3群体被分为2个亚群,HS群体集中在亚群I,HB、HW群体集中在亚群II。30个位点中的大多数位点偏离Hardy-Weinberg平衡,应增加选育群体的有效数量,防止种质衰退。符号检验和Wilcoxon符号秩次检验中HW群体显著或极显著偏离突变-漂移平衡,需进一步扩大选育群体。总体来说,3个不同体色翘嘴鳜群体遗传多样性较高,可作为开发新体色翘嘴鳜品系的基础群体。 相似文献
14.
15.
利用29个微卫星DNA标记对两个安徽地方鸡品种进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化.在29个微卫星位点共检测到210个等位基因,每个位点的等位基因数从2到21不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6214和0.59.淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡29个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.55和6.38,平均基因杂合度为0.6194和0.6442,群体分化系数为4.8%,两个鸡品种间的Reynolds遗传距离和Nm分别为0.0513和4.7500.两个安徽地方鸡品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性. 相似文献
16.
采用微卫星分子标记技术对7个刺参Apostichopus japonicus(Selenka)群体:辽宁葫芦岛养殖群体、山东烟台野生群体、山东莱州养殖群体、大连旅顺底播群体、丹东东港养殖群体、大连广鹿岛底播群体、大连黑石礁野生群体的遗传多样性进行分析,并随机抽取7个群体中的180头刺参进行体长、体宽、体积、体质量和总棘数与17个微卫星标记之间的相关性研究。结果表明:用12个微卫星标记共扩增获得83个等位基因,每个位点的等位基因数为3～12个,长度为102～368 bp。刺参群体位点多样性分析显示,各刺参群体等位基因数为5.083 3～5.416 7,平均值为5.261 9;有效等位基因数为3.205 0～3.701 1,平均值为3.446 8;观测杂合度为0.547 5～0.686 9,平均值为0.614 9;期望杂合度为0.649 1～0.697 1,平均值为0.674 1;多态性信息含量为0.598 9～0.638 6,平均值为0.620 0。对各群体的Hardy-Weinber平衡检测显示,7个刺参群体均存在不同程度的平衡偏离。刺参群体遗传分化与基因流分析显示,刺参群体间遗传分化系数平均值为0.078 2,变异主要来源于群体内;基因流平均值为5.301 9,刺参群体间存在一定程度的基因交流。刺参群体间遗传相似性系数为0.731 8～0.886 0,UPGMA聚类显示,7个群体中山东烟台野生群体单独为一类,其他6个群体聚为一类。刺参微卫星标记与经济性状相关性分析显示,HC312、EAJ07位点与刺参体长、体积、体质量显著相关(P<0.05);IS45、EAJ03、EAJ04位点与刺参体长、体积、体宽、体质显著相关(P<0.05);SJ04位点仅与刺参总棘数显著相关(P<0.05);SJ09位点与刺参体积、体宽、体质量显著相关(P<0.05);SJ18位点仅与刺参体宽显著相关(P<0.05);SJ19位点与刺参体积、体宽、体质量、总棘数显著相关(P<0.05);SP072位点与刺参体积、体质量显著相关(P<0.05)。本研究结果可为刺参群体结构优化、经济性状的QTL定位、养殖和选育提供参考。 相似文献
17.
凡纳滨对虾3个亲本及其子代群体的SSR分析（摘要）（英文） 总被引：1，自引：0，他引：1
利用微卫星标记技术,采用8对微卫星引物对凡纳滨对虾3个亲本群体（OI Q、SIS Q、Kona Bay Q）及其子一代（OI Z、SIS Z、Kona BayZ）共计120个个体进行遗传分析。计算6个群体在8个微卫星位点上的平均等位基因数（Na）、平均有效等位基因数（Ne）、平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）、平均多态信息含量（PIC）和平均Hardy-Weinberg平衡指数（D）,以上各参数均采用群体遗传学分析软件POP-GENE3.2处理,同时根据Nei的方法计算群体间的遗传距离和遗传相似系数。运用MEGA3.0软件,采取UPGMA方法根据6个群体的遗传距离进行聚类。结果表明：8对微卫星引物在6个群体中共检测到28个等位基因,每个位点的等位基因数为2 ～6个,平均等位基因数为3.5;各位点的期望杂合度均比观测杂合度高;多态信息含量（PIC）值为0.479 4 ～0.769 9,说明这8个位点在凡纳滨对虾中具有较高的信息含量。在亲本和子代群体遗传结构分析中,子代的有效等位基因数、杂合度和多态信息含量等指标均略低于亲本群体,但子代的遗传多样性并未受到太大影响,仍保持较好的遗传力。 相似文献
18.
大黄鱼群体遗传多样性的微卫星DNA分析 总被引：1，自引：0，他引：1
通过建立大黄鱼部分基因组文库,应用PCR法筛选到55个含微卫星DNA位点的阳性克隆,选择其中8个序列设计微卫星引物,在这8个微卫星位点中得到91个等位基因片段,各位点等位基因数6～22个,平均观测杂合度Ho为0.404 7,平均期望杂合度He为0.775 6,多态信息含量(PIC)平均值为0.754 5,结果显示,所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性.利用这些微卫星引物对大黄鱼不同群体进行遗传多样性分析,结果表明,大黄鱼种群中仍存在较高的遗传变异,但微卫星等位基因频率大多偏离了Hardy-Weinberg平衡,且不同群体间存在较高的基因流(Nm=2.699 8),表明大黄鱼种群存在较严重的近亲繁殖且各群体间有着较频繁的基因交流.对不同地理群体的聚类分析结果支持了中国沿海大黄鱼种群大致划分为3个不同地理种群的论证. 相似文献
19.
用8个微卫星标记对福建黄兔的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果表明：（1）8个微卫星标记在所检测的福建黄兔群体中都表现出较丰富的多态性,在6个群体微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0.6622(0.5723~0.7222),各群体的PIC差异不显著;全部群体平均杂合度为0.6857(0.5904~0.7267)。这显示黄兔群体的多态信息含量、杂合度等指标有较好的一致性,说明福建黄兔品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。（2）根据奈氏标准遗传距离,并进行UPGMA聚类分析,结果显示6个群体间的遗传变异不大。福建黄兔地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;从遗传距离及聚类分析结果表明这些群体黄兔属于同一个地方品种。 相似文献
20.
【目的】明确不同凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）养殖群体间的遗传信息丰富度和遗传分化程度,为构建适应上海独特气候对虾品种繁育计划中的交配系谱分析提供参考依据。【方法】选用13对微卫星引物对来自厄瓜多尔恒兴对虾养殖公司2个养殖场（Pesquera和San Alfonso）共9个凡纳滨对虾养殖群体进行遗传多样性分析,探究不同群体间的遗传信息丰富度和遗传分化程度。【结果】13个微卫星位点在9个凡纳滨对虾养殖群体中检测到的等位基因数（Na）为2～6个,共有37个等位基因,多态信息含量（PIC）为0.1292～0.6799,平均为0.3326。在13个微卫星位点中,仅有1个微卫星位点（TUMXLV9.116）呈高度多态性,有4个微卫星位点（TUMXLV10.147、TUMXLV5.45c、TUMXLV10.191c和TUMXLV10.96）呈低度多态性,其余8个微卫星位点呈中度多态性。9个凡纳滨对虾养殖群体的观测杂合度（Ho）为0.2225～0.3662,平均为0. 2915;期望杂合度（He）为0.3317～0.4539,平均为0. 3974;Hardy-Weinberg平衡指数（D）为0.0214～0.4214,其中San Alfonso P23群体和Pesquera P23群体的D相对更接近于0,其基因型分布接近于Hardy-Weinberg平衡状态。9个凡纳滨对虾养殖群体的Fst平均值为0.1259,说明有12.59%的遗传分化来源于群体间,而87.41%的遗传分化来自群体内部;群体间的平均基因流（Nm）为1.7356,表明遗传漂变未能主导种群遗传结构的变化。在9个凡纳滨对虾养殖群体间,以Pesquera 29群体与Pesquera 15群体的遗传距离最大（0.2426）,San Alfonso 23群体与Pesquera 23群体的遗传距离最小（0.0215）;基于遗传距离的UPGMA聚类分析结果表明,9个凡纳滨对虾养殖群体可分为两大类,其中Pesquera 29群体和San Alfonso 12群体独立聚为一类。【结论】在9个凡纳滨对虾养殖群体中存在观测等位基因丢失现象,且遗传多样性较低,群体间分化程度为中等水平。因此,可通过引进不同地区拥有不同遗传背景且亲缘关系较远的群体作为亲本,以丰富子代群体的遗传多样性。 相似文献