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1.
《西南林业大学学报》2017,(4)
为验证思茅松EST-SSR标记在松属植物中的通用性,利用已获得的18对EST-SSR标记对其近缘种进行扩增。结果表明:思茅松EST-SSR标记对马尾松、高山松、油松和云南松的通用率为88.89%,多态性百分比率分别为81.25%、81.25%、75.00%和93.75%。因此,基于思茅松转录组序列SSR标记开发是可行的,思茅松EST-SSR标记对近缘种具有较高的通用性和多态性,这些引物可用于分析思茅松及其近缘种间的遗传关系。 相似文献
2.
光强对细叶云南松幼苗成活率及生长的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
《西南农业学报》2017,(3)
通过搭建一层遮荫(50.3%NS)、二层遮荫(15%NS)、三层遮荫(4.2%NS)以及自然光照(100%NS)分别设置4种不同的光强,研究细叶云南松幼苗一月生苗与半年生苗成活率及根系生长发育在不同光强下的特征。结果表明,细叶云南松一月生和半年生苗期生长的存活率、地径增长量在100%光照下最大,且随遮荫强度增加而逐渐减小;在50.3%光照下,细叶云南松一月生和半年生苗木的苗高增长量达到最大。不同光强对细叶云南松根系生长有显著影响,幼苗的根系总长度、总根尖数、根系总表面积和根系总体积均随光照强度减弱而降低,全光照有利于细叶云南松根系的生长发育。 相似文献
3.
单、双子叶作物间EST-SSRs引物和标记的通用性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】探讨单、双子叶作物间EST-SSR引物和标记的通用性。【方法】选取30对小麦、8对油菜和14对白菜的EST-SSR引物,分别以10个小麦、10个油菜、5个大豆品种和5个玉米自交系的基因组DNA为模板,进行PCR扩增及扩增产物的多态性分析。【结果】(1)30对小麦EST-SSR引物中,有29,28和26对引物分别在玉米、油菜和大豆中有扩增产物,可扩增率分别为96.7%,93.3%和86.7%;其中分别有12对和9对引物在单子叶作物小麦和玉米及双子叶作物大豆和油菜中的扩增产物显示多态性,有4对引物在4种作物中的扩增产物均显示多态性。(2)22对白菜/油菜EST-SSR引物中,有18,21和22对引物分别在大豆、小麦和玉米中有扩增产物,可扩增率分别为81.8%,95.4%和100%;其中分别有10对和7对引物在单子叶作物小麦和玉米及双子叶作物大豆和油菜中的扩增产物显示多态性,有7对引物在4种作物中的扩增产物均显示多态性。【结论】在单、双子叶作物间开发可通用EST-SSR引物和建立可转化EST-SSR标记是可行的;在单、双子叶作物中均有多态性的EST-SSR标记所对应的基因,涉及贮藏蛋白、核酸的转录及复制、功能基因的表达调控、代谢催化等基础功能。 相似文献
4.
为了弄清交链格孢菌(Alternaria alternata) EST数据库中的SSR信息资源,并开发可用于研究近缘种细极链格孢(Alternaria tenuissima)遗传多样性的EST-SSR分子标记。从NCBI数据库下载A.alternata表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)共727条,经过研究分析发现,A.alternata EST中SSR含量非常丰富,每5.343 kb含有1个SSR位点。根据SSR两端保守序列,设计合成13对EST-SSR引物,对来自新疆不同地区不同寄主的38株A.tenuissima进行通用性检测。检测结果显示共有5对引物能扩增出多态性条带,扩增多态率为55.56%。因此,基于A.alternata EST数据库开发的SSR分子标记,在开展近缘种A.tenuissima遗传多样性研究时具有较好的通用性。 相似文献
5.
《西南林业大学学报》2017,(1)
采用SSR分子标记技术,对云南松分布区内或相邻地区的松属双维管束亚属3种、3变种及扭曲的云南松共7个种或变种(变型)进行遗传分析。利用9对SSR引物,从7个种或变种(变型)100份材料中检测出31个等位基因,单个位点的等位基因数为2~6个,平均3.4个;思茅松群体遗传多样性较高,而细叶云南松较低。基于Nei's遗传距离利用非加权配对算术平均数法(UPGMA)聚类,云南松等7个种、变种(变型)可以分成3大类,其中马尾松和思茅松各自独立成为一类,其余5个种、变种(变型)聚为一类,以云南松与扭松的遗传关系最近,无明显的遗传分化,它们的表型变异可能由人为生产活动的负向选择或环境恶化引起。 相似文献
6.
【目的】利用已完成测序的番茄基因组发展大量的SSR标记,并将这些标记转移到茄子及其他茄科作物上,节省开发SSR标记的成本.【方法】本研究利用近缘物种转移法分析了番茄SSR标记在茄子及其他茄科作物上的通用性情况.【结果和结论】1 046对番茄SSR引物中有887对能在茄子基因组DNA上扩增出产物,425对引物扩增出的带型在番茄与茄子间相似程度高,标记的通用率为40.6%;EST-SSR比基因组SSR的通用性更好,前者通用率为54.5%,后者为38.9%;414个通用SSR标记被电子定位到番茄染色体上,不同染色体来源的标记通用率明显不同;93对引物在2份用于遗传图谱构建的栽培茄子亲本间表现出多态性;获得的425对通用引物在马铃薯、辣椒、枸杞上通用率分别为96.2%、78.1%、54.1%. 相似文献
7.
番茄SSR标记在茄子及其他茄科作物上的通用性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《华南农业大学学报》2014,(4)
【目的】利用已完成测序的番茄基因组发展大量的SSR标记,并将这些标记转移到茄子及其他茄科作物上,节省开发SSR标记的成本.【方法】本研究利用近缘物种转移法分析了番茄SSR标记在茄子及其他茄科作物上的通用性情况.【结果和结论】1 046对番茄SSR引物中有887对能在茄子基因组DNA上扩增出产物,425对引物扩增出的带型在番茄与茄子间相似程度高,标记的通用率为40.6%;EST-SSR比基因组SSR的通用性更好,前者通用率为54.5%,后者为38.9%;414个通用SSR标记被电子定位到番茄染色体上,不同染色体来源的标记通用率明显不同;93对引物在2份用于遗传图谱构建的栽培茄子亲本间表现出多态性;获得的425对通用引物在马铃薯、辣椒、枸杞上通用率分别为96.2%、78.1%、54.1%. 相似文献
8.
从GenBank数据库中龙井43的EST序列中筛查EST-SSR位点,设计并获得了65对茶树(Camellia sinensis)EST-SSR引物.以鄂茶1号、龙井43、龙井群体、云抗10号、雪芽100、矮丰的基因组DNA为模板,对所设计的65对EST-SSR引物进行筛选.结果表明,65对引物均能扩增出清晰条带,有效扩增率为100％;其中有4对引物的扩增产物在6个样本间具有多态性,能用于6个茶树品种的品种鉴别. 相似文献
9.
为研究兰州鲇G-SSR和EST-SSR在鲇形目和鲤形目鱼类中的通用性,以12种不同鱼类为试验材料,分别采用改进的酚-氯仿法结合DNA产物纯化试剂盒法、传统酚-氯仿法、试剂盒法提取其尾鳍基因组DNA,对提取的DNA进行琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计检测。结果表明,改进的酚-氯仿法结合DNA产物纯化试剂盒法提取的鱼类基因组DNA在纯度和稳定性方面明显优于传统酚-氯仿法、试剂盒法,且电泳条带清晰、整齐、明亮,操作简单,耗时短,便于快速、批量提取。利用兰州鲇14对G-SSR引物和21对EST-SSR引物在12种鱼类中进行跨目通用性分析,结果显示,兰州鲇G-SSR和EST-SSR在鲇形目、鲤形目鱼类的通用率分别为63.10%、32.14%和61.11%、44.44%,表明随着物种间亲缘关系变远,其通用性随之降低。 相似文献
10.
利用SSR分子标记技术对以‘淡丰后’(或‘丰后’)为母本,分别与其他梅花品种及近缘种杂交的F1代及其亲本进行杂种鉴定。用47对从梅花近缘种(包括桃、李、杏、酸樱桃、甜樱桃)中已开发出的SSR引物和3对梅花EST-SSR引物对亲本进行SSR-PCR扩增,其中8对引物(aprigms18、BPPCT001、BPPCT002、BPPCT004、BPPCT034、UDP96005、UDP98409、PES16)对23个父本中的21个有稳定、特异扩增(相对于母本),包括12个梅花品种和9个近缘种,有效扩增率为91.3%。再用以上8对引物对10个杂交组合进行扩增,有6对引物(BPPCT001、BPPCT004、BPPCT034、UDP96005、UDP98409、PES16)能够初步鉴定出其中7个杂交组合中21个杂种F1代的真实性(父本分别为江梅、‘变绿萼’、‘白须朱砂’、‘小红朱砂’、‘辽梅’山杏、毛樱桃、‘寿红’桃),鉴别率为77.8%。证明梅花近缘种基因组SSR引物及梅花EST-SSR引物在梅花杂种鉴定中的适用性,拓宽了SSR分子标记技术在梅花杂交育种中的应用。 相似文献
11.
《福建农业学报》2020,(5)
【目的】探索杂交兰EST-SSR标记在国兰中的通用性,为国兰寻找新的分子标记,并利用这些新标记分析国兰的种间遗传多样性,以期为国兰的品种鉴定和种质资源的合理利用奠定基础。【方法】以建兰、墨兰、春兰等国兰44个品种为试验材料,对240对杂交兰EST-SSR标记引物的通用性进行研究。在此基础上,通过筛选的引物对国兰的遗传多样性进行分析。【结果】杂交兰240对EST-SSR引物在国兰中的通用性比例分别为春兰(67.92%)、建兰(66.25%)、墨兰(71.25%)。利用其中的17对引物对44份国兰品种资源进行分子系统发育研究,有10对引物表现出多态性,10对引物共扩增出52个条带,多态性条带数为3～9个,多态性信息含量分布范围为0.504～0.850。聚类分析结果表明,44个国兰品种可分为4大聚类群,分类结果与传统的植物学分类相吻合。【结论】本研究发掘的杂交兰EST-SSR引物可以有效用于国兰的分子遗传多样性研究。 相似文献
12.
不同浓度NAA、IBA 和GA3 对细叶云南松幼苗生长的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
研究了NAA、IBA、GA_3 3种植物生长调节剂在不同浓度下对细叶云南松苗高、地径、干物质积累以及根系形态的影响。结果表明:(1)不同浓度NAA处理细叶云南松苗高增长量、茎和叶干物质重均极显著小于对照,根干物质重、根长和根表面积也小于对照,但差异不显著;而20、30 mg/L NAA处理地径增长量却极显著高于对照;随着NAA浓度的增加,细叶云南松根长、根表面积、根尖数均不断减小。(2)不同浓度IBA处理均有利于细叶云南松苗高和根系的生长,35 mg/L IBA处理对茎和叶干物质的积累均高于对照,但差异不显著,而对苗高增长有极显著的促进作用;45 mg/L IBA处理根长和根尖数极显著高于对照,根表面积显著大于对照,根体积也大于对照但差异不显著。(3)GA_3不利于细叶云南松幼苗苗高和地径的生长,而50 mg/L GA_3处理对细叶云南松根系的生长有一定的促进作用,但差异不显著。说明35 mg/L IBA对细叶云南松苗木地上生长的效果最好,45 mg/L IBA对地下部位的生长有较好的促进作用,NAA有利于地茎的增长,GA_3对根系生长有一定的促进作用。在实际生产中,可以将3种生长调节剂按不同比例混合使用,有利于解决细叶云南松造林后的蹲苗问题。 相似文献
13.
14.
为了研究细叶云南松幼苗对不同光照强度的生理响应,以1月生和1年生细叶云南松幼苗为研究对象,采用人工模拟不同光照条件(100%、50.3%、15.0%、4.2%全光照)的方法,对其在不同光照条件下的叶绿素含量、可溶性蛋白含量、丙二醛(MDA)含量、超氧化物歧化酶(SOD)等抗氧化酶活性进行研究。结果表明:随着光照强度的减弱,1月生幼苗叶绿素a、b和总叶绿素含量先上升后下降;可溶性蛋白含量在50.3%全光照时最高;SOD、过氧化氢酶(CAT)、抗坏血酸过氧化物酶(APX)活性以及MDA含量均呈上升趋势,15.0%全光照时达到最大值。随着光照强度的减弱,1年生幼苗叶绿素a、b和总叶绿素含量持续上升;可溶性蛋白含量逐渐下降;SOD活性先上升后下降,15.0%全光照时活性最强;APX、CAT活性以及MDA含量均呈上升趋势,15.0%全光照时达到峰值。1月生和1年生幼苗的POD活性均在50.3%全光照下最大。综合分析得出,50.3%全光照有利于细叶云南松幼苗生理代谢活动的提高,此时,1月生和1年生幼苗的叶绿素和可溶性蛋白含量较高,MDA含量和SOD、CAT等抗氧化酶活性均保持低水平。因此,细叶云南松幼龄时期培育中应适当遮荫。 相似文献
15.
基于海甘蓝RNA-Seq序列开发EST-SSR分子标记 总被引：1，自引：0，他引：1
利用油料作物海甘蓝(十字花科)发育时期种子的RNA-Seq测序数据组装获得186 778条cDNA重叠群(Contigs)序列,通过MISA和Primer 3程序设计了6 639个EST-SSR分子标记。在这些标记中,除了单核苷酸重复(45%)外,三核苷酸重复的SSR是最常见的碱基重复类型(29%),其次是双核苷酸型(10%)、五核苷酸型(7%)、六核苷酸型(5%)和四核苷酸型(2%)型。采用电子定位的方法将1 206个EST-SSR标记定位到近缘种白菜(Brassica napa)的基因组上。依据引物在白菜基因组中的分布,挑选了20条EST-SSR引物在海甘蓝中进行PCR验证,其结果显示所有引物均能够扩增出符合预期大小的PCR片段。这些新开发的EST-SSR引物可以作为功能标记应用于海甘蓝的分类鉴定、遗传图谱构建、种质资源鉴定以及分子标记辅助育种工作中。 相似文献
16.
细叶云南松幼苗对PEG-6000模拟干旱胁迫的生理响应 总被引：1，自引：0，他引：1
《西南林业大学学报》2017,(3)
以0.5年生细叶云南松幼苗为研究对象,用不同浓度(CK、0.5%、1.0%、1.5%、2.0%、2.5%、3.0%)PEG-6000模拟干旱胁迫,分析不同质量浓度PEG-6000处理对细叶云南松幼苗生理生化特性的影响,探讨其抗旱能力。结果表明:随着PEG-6000浓度的增加,存活株数逐渐减小;抗坏血酸过氧化物酶(APX)活性先上升后下降,超氧化物歧化酶(SOD)先显著增加后无明显变化,两者在2.0%处理下活性最大;多酚氧化酶(PPO)活性在3.0%处理下高达CK组的4.5倍;当浓度≥1.0%时,细叶云南松叶片过氧化物酶(POD)活性极显著升高;叶绿素含量显著下降,丙二醛(MDA)含量、可溶性蛋白、可溶性糖含量均呈现上升趋势。因此,细叶云南松幼苗具有一定的抗旱性,通过渗透调节、启动抗氧化酶保护系统来抵御干旱胁迫对自身的伤害。 相似文献
17.
《西南林业大学学报》2018,(5)
为探析云南松不同择伐方式下的表型变异程度和变异规律,对不同择伐方式下的云南松针叶表型性状进行比较。结果表明:云南松针叶性状在不同择伐方式群体间、群体内均具有极显著差异;云南松针叶性状变异系数波动于14.28%～22.04%,平均为17.83%。云南松群体间平均表型分化系数为11.38%,群体间变异小于群体内变异,即群体内变异是云南松表型变异的主要来源;群体间Shannon-Wiener's多样性指数差异较小。因此,不同择伐方式对云南松针叶表型多样性的影响较小。 相似文献
18.
基于近缘物种SSR引物和EST-SSR序列的梅花SSR引物开发 总被引：2，自引：2，他引：0
为获得更多的梅花SSR引物,本研究筛选了84对梅花近缘物种的引物,并从梅花EST数据库的序列中设计了23对EST-SSR引物,用12个梅花品种对这些引物进行了多态性检测。结果表明,近缘物种的引物有69对能扩增出条带,有效扩增率达82.1%,从中筛选的14对引物共得到85个等位基因,平均值为6个。有效等位基因数在2.07... 相似文献
19.
荔枝EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发 总被引：7，自引：0，他引：7
【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene（惟一序列）中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这些EST-SSR的平均长度为18.43 bp,平均分布频率1/4.42 kb。在1—6 bp的重复基元中,二核苷酸和三核苷酸重复类型占主导地位,共占总SSR的69.09%,二者出现的频率分别为37.27%和31.82%。共观察到72种重复基元,出现频率最高的是GA/TC（16.82%）;其次是AG/CT、A/T、AT/TA及GAA/TTC,频率分别为14.55%、11.82%、5.00%和3.64%。不同核苷酸数目的重复基元的重复次数差异很大。设计、合成150对EST-SSR引物,122对（81.33%）引物在荔枝中获得有效扩增,100对引物具有多态性。【结论】荔枝EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR 标记开发效率较高。本研究为利用EST-SSR标记开展荔枝遗传研究提供了100 对EST-SSR引物,并为进一步开发荔枝EST-SSR标记提供了含SSR位点的候选序列。 相似文献