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患病北极红点鲑的病原分离与鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
对2004年5月四川省某养殖基地养殖的北极红点鲑患病鲑进行了病理学检查和病原分离,从病灶处分离到细菌和真菌。分离到的细菌经API生化鉴定为杀鲑气单胞菌杀鲑亚种(Aeromonas salmonicidasubsp.salmonicida)。用引物AP1和AP2对纯化后的细菌进行PCR扩增,结果扩增出长度为421 bp的DNA片段,对扩增片段进行克隆、测序,用NCBI-BLASTn在GenBank中搜寻相似序列,结果与杀鲑气单胞菌各株A层蛋白部分编码基因有99%以上的序列同源性。用引物EUS-F和EUS-R对分离到的真菌进行PCR扩增,结果扩增出长度为755 bp的DNA片段,对扩增片段进行克隆、测序,用NCBI-BLASTn在GenBank中搜寻相似序列,结果与水霉属各株的DNA片段(包括18S核糖体RNA基因部分序列、内转录间隔区1全序列、5.8S核糖体RNA基因全序列、内转录间隔区2全序列和28S核糖体RNA部分序列)有93%-100%的同源性;而与属于丝囊霉菌属的EUS各株相对应的DNA片段仅有60%的序列同源性。因此判定所分离的真菌为水霉。杀鲑气单胞菌是引起疖疮病和溃疡病等病的病原菌,而水霉广泛存在于水中,当鱼受伤后,水霉孢子容易从患病部位侵入鱼体,加重感染。因此判断该病主要是由杀鲑气单胞菌引起,而水霉则引起继发感染。 相似文献
2.
三北地区鱼源气单胞菌的分离鉴定与药敏试验 总被引：1，自引：0，他引：1
选取三北地区鲤、鲫、草鱼、大西洋鲑等鱼体内分离到的气单胞菌共16株,结合革兰氏染色、氧化酶反应和分子生物学方法对其进行鉴定后,采用K-B药敏纸片法测定16株菌对10类25种药物的敏感性。结果表明:16株菌均为革兰氏阴性、氧化酶阳性细菌;Blast比对分析发现实验菌株的16S rRNA序列分别与Gen Bank数据库中维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌的不同菌株的16S rRNA基因序列同源性较高,相似性达95%以上;系统发育树显示16株菌分别与维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌的不同菌株聚为一支,而与肠杆菌、志贺菌和弧菌分支较远,从而判定为维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌;16株分离菌中有3株维氏气单胞菌、4株嗜水气单胞菌、3株温和气单胞菌和6株杀鲑气单胞菌;药敏试验中16株气单胞菌对氨苄西林、青霉素G、阿莫西林、三甲氧苄氨啶、复方新诺明、磺胺异噁唑、氯霉素、利福平具有较高的耐药性,耐药率达95%以上,对氟喹诺酮类药物普遍较敏感,不同菌株之间的耐药谱存在很大差异。为气单胞菌的鉴定及三北地区淡水鱼细菌病的药物防治提供科学依据。 相似文献
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应用原核生物16SrRNA基因通用引物对草鱼致病菌株LCCiL90625NA进行16SrRNA基因的克隆、序列分析。核酸序列同源性分析表明,该序列与Plesiomonas shigelloides菌株PIC3的16SrRNA基因序列(NCBI登录号:GQ359957)同源性最高,为99.7%。同时,通过与弧菌科代表菌株16SrRNA基因构建的发育进化树表明,该菌株与已登录的类志贺邻单胞菌聚为一类。设计引物扩增Plesiomonas shigelloides 23SrRNA基因的特异性片段进一步证实分离菌株为类志贺邻单胞菌,同时证明该引物可以用于类志贺邻单胞菌的快速检测。 相似文献
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初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明：16株鳗鲡病原菌均扩增到了400bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上符合程度高达82%. 相似文献
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鲢鳙鱼源致病性嗜水气单胞菌的分离、鉴定 总被引：4，自引：0，他引：4
从江西省南城县和广东省佛山市、韶关市患细菌性败血症病鲢鱼、鳙鱼体内分离到3株优势菌,人工感染鲢后证实为该病的病原菌,此3株菌对剑尾鱼的半致死量(LD50)分别为:2.64×105、9.24×104、4.45×105CFU/g。对3株病原菌进行形态特征、ATB细菌鉴定仪生理生化特性鉴定结果符合嗜水气单胞菌的特征;为进一步确定病原菌分类地位,对其16SrRNA序列扩增测序,并与相关细菌16SrRNA序列比对,构建系统发育树,在系统发育树中与嗜水气单胞菌聚类为一支。Aero气溶素基因PCR扩增出209bp条带,检测结果进一步表明此3株菌为含有毒力基因的致病性嗜水气单胞菌。 相似文献
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温和气单胞菌TL97528株丝氨酸蛋白酶基因片段克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
中华鳖(Trionyx sinensis)细菌性疾病主要由气单胞菌感染引起的,通过脱脂奶平板检测及酶活性试验得出温和气单胞菌TL97528株分泌的胞外蛋白酶为丝氨酸蛋白酶,而丝氨酸蛋白酶是气单胞菌的主要毒力因子。根据已发表的嗜水气单胞菌的丝氨酸蛋白酶基因序列保守区域设计引物,PCR扩增出一长度为809 bp大小的特异片段,该序列在Genbank上的登录号为FJ357446。对该序列进行分析发现,已发表的温和气单胞菌(Aeromonas sobria)丝氨酸蛋白酶基因(GenBank登录号为AF253471)同源性为98%、与其他几株已发表的嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)丝氨酸蛋白酶基因(GenBank登录号分别为AF126213、AY841795、DQ127822、CP000462、CP000644、AF159142)同源性分别为98%、82%、82%、82%、81%、81%,与杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)丝氨酸蛋白酶基因(GenBank登录号为X67043)同源性为80%。用DNAstar软件分析,与鳖源温和气单胞菌TK961010株的同源性为98%,... 相似文献
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中华鳖(Trionyx sinensis)细菌性疾病主要由气单胞菌感染引起的,通过脱脂奶平板检测及酶活性试验得出温和气单胞菌TL97528株分泌的胞外蛋白酶为丝氨酸蛋白酶,而丝氨酸蛋白酶是气单胞菌的主要毒力因子。根据已发表的嗜水气单胞菌的丝氨酸蛋白酶基因序列保守区域设计引物,PCR扩增出一长度为809 bp大小的特异片段,该序列在Genbank上的登录号为FJ357446。对该序列进行分析发现,已发表的温和气单胞菌(Aeromonas sobria)丝氨酸蛋白酶基因(GenBank登录号为AF253471)同源性为98%、与其他几株已发表的嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)丝氨酸蛋白酶基因(GenBank登录号分别为AF126213、AY841795、DQ127822、CP000462、CP000644、AF159142)同源性分别为98%、82%、82%、82%、81%、81%,与杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)丝氨酸蛋白酶基因(GenBank登录号为X67043)同源性为80%。用DNAstar软件分析,与鳖源温和气单胞菌TK961010株的同源性为98%,... 相似文献
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虹鳟致病性杀鲑气单胞菌的分离鉴定及其毒力因子的检测 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究虹鳟Oncorhynchus mykiss致病性杀鲑气单胞菌Aeromonas salmonicida的致病机理,利用微生物学及分子生物学方法,从患皮肤溃疡病的虹鳟病灶处分离纯化获得1株优势菌株RBWF-1,通过人工感染试验证实其具有较强的致病性。结果表明:菌株RBWF-1对虹鳟的半致死浓度(LD50)为5.5×10~6CFU/m L;通过对菌株RBWF-1 16S r DNA基因序列扩增、测序及Blast对比,发现其与杀鲑气单胞菌杀日本鲑亚种Asalmonicida subsp.masoucida菌株NBRC 13748及无色亚种A.salmonicida subsp.achromogens菌株NCIMB 1110的16S rDNA基因序列同源性最高,一致性均为99.6%;构建系统发育树显示,菌株RBWF-1与杀鲑气单胞菌杀鲑亚种A.salmonicida subsp.salmonicida、杀日本鲑亚种、无色亚种和史氏亚种A.salmonicida subsp.smithia聚为一支;为进一步明确菌株的分类地位,利用Biolog微生物鉴定系统结合传统生理生化试验对菌株RBWF-1各项理化指标进行检测,经对比,与杀鲑气单胞菌杀日本鲑亚种吻合度最高,因而判断该分离株为杀鲑气单胞菌杀日本鲑亚种;同时,对分离菌株的气溶素、溶血素、封闭带毒素、DNA酶、丝氨酸蛋白酶、磷脂酶、S层蛋白7个毒力相关基因进行了PCR检测,检测结果均呈阳性;酶活性检测结果显示,菌株RBWF-1胞外产物具有蛋白酶、淀粉酶、脂酶、DNA酶和溶血活性。本研究结果可为中国虹鳟养殖过程中杀鲑气单胞菌的感染特征、分类鉴定和疫苗研制提供必要的数据和参考。 相似文献
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从盐田样品中分离到1株中度嗜盐菌HBCC-4,为革兰氏阴性,杆状.采用原核生物16S rRNA基因通用引物对分离纯化的HBCC-4进行16S rRNA基因扩增、克隆及序列分析.PCR扩增目的片段长约1.5 kb,测序后得到1条长度为1466 bp的核苷酸序列,并登陆GenBank(序列号:EU409294).利用Clustalx1.8、MEGA 4.0软件对其进行同源性比较和系统发育学分析,结果表明,HBCC-4与志贺氏菌属(Shigella)中的痢疾志贺氏菌Shigella dysenteriae FBD013T 亲缘关系最近,序列相似性为99%. 相似文献
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从连云港台南盐场水溶液中分离到1株嗜盐菌LYG86,革兰氏阴性,杆状.采用细菌16S rRNA基因通用引物对分离纯化的LYG86进行16S rRNA基因克隆及序列分析,经PCR扩增出长约1.5 kb的目的片段,测序后得到1条长度为1 503 bp的核苷酸序列.利用Clustalx1.8软件和MEGA 4.0软件对其及相近物种进行同源性比较和系统发育学分析,基于16S rDNA序列构建的系统发育树分析表明它属于盐单胞菌属(Halomonas).该研究为后续连云港地区盐池物种资源开发应用及嗜盐微生物多样性研究提供了参考与依据. 相似文献
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柑橘黄龙病病原菌非洲种和美洲种23S-5S rDNA序列的克隆及分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】克隆柑橘黄龙病病原菌非洲种和美洲种23S-5S rDNA序列并和亚洲种相应区域进行比对,阐明黄龙病3个种核糖体RNA操纵子之间的关系。【方法】根据亚洲种23S-5S rRNA基因区域序列的保守性设计引物,在非洲种和美洲种DNA样品上扩增,对PCR产物进行克隆和测序,并对新获得的序列进行序列验证和分析。【结果】 非洲种获得了3 057 bp 序列包括23S rRNA 基因、细胞壁脱氢酶假基因和5S rRNA 基因;美洲种获得了3 033 bp序列包括23S rRNA 基因、glpK基因和5S rRNA 基因。3个种核糖体基因顺序分别是：亚洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、细胞壁脱氢酶假基因、5S rRNA 和 tRNAMet;非洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、细胞壁脱氢酶假基因和 5S rRNA;美洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、glpK 基因和5S rRNA。【结论】黄龙病病原菌核糖体RNA基因有特殊的排列方式,即在23S rRNA和5S rRNA基因区间均有反向编码的细胞壁脱氢酶基因,其中亚洲种和非洲种为假基因,美洲种为glpK基因。 相似文献
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为研究海南省犬体表蜱虫的种类及其携带无形体的情况,对4个地区犬蜱进行形态学、分子生物学鉴定及进化分析,且基于16S rRNA和gltA基因,通过PCR检测犬蜱携带无形体的情况。形态学及分子生物学鉴定结果表明,所有蜱类为血红扇头蜱（Rhipicephalus sanguineus）,基于蜱虫线粒体16S rDNA基因的系统发育树表明,研究中所获得的HN-01和HN-02基因序列处于不同的遗传进化分支,HN-01与已知的来自美国的血红扇头蜱(MH018842)处于同一分支,HN-02与来自泰国（KC170744）的血红扇头蜱处于同一分支,与我国甘肃省、北京市所获得的血红扇头蜱（JF979377、KC203362）序列亲缘关系较远。基于扁平无形体（Anaplasma platys）gltA基因的PCR结果表明,犬蜱携带有扁平无形体,其阳性率为1.1%(6/546)。基于16S rRNA基因的PCR检测结果表明,研究中获得的犬体表蜱未携带嗜吞噬细胞无形体（Anaplasma pagocytophilum）和牛无形体（Anaplasma bovis）。 相似文献
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高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段的克隆和序列分析（摘要） 总被引：2，自引：0，他引：2
[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16SrRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16SrRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16SrRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。 相似文献
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[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。 相似文献
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【目的】世界上蜱类3科18属899种,中国有2科10属117种,新疆至少有2科10属45种,占全国蜱种类的1/3之多,分布也极其广泛。蜱直接危害和传播多种病原,且一些病原可经卵垂直传播,给畜牧业造成巨大经济损失,还严重威胁公共卫生安全。图兰扇头蜱是新疆南部荒漠及半荒漠地区常见种和优势种。确定新疆南部图兰扇头蜱及其卵是否携带立克次体,对该蜱及其传播立克次体病的防控意义重大。【方法】对新疆生产建设兵团塔里木畜牧科技重点实验室在新疆南部阿拉尔市某羊场收集的饱血雌性扇头蜱,置于一定湿度和一定温度的环境中产卵,随机取5个独立的卵样品及其对应的5只雌蜱为研究对象。通过对雌蜱及其卵分别处理后提取基因组DNA,进行PCR扩增蜱12S r RNA基因和立克次体16S r RNA基因,并对扩增产物测序,利用BLAST在线平台和多个分子生物学软件进行序列分析。【结果】5只雌蜱12S r RNA基因PCR扩增全部阳性,测序获得的4段蜱12S r RNA基因序列完全一致;Blast分析与Gen Bank数据库中图兰扇头蜱12S r RNA基因序列相似性高达99%以上,且高相似性前五基因序列均为图兰扇头蜱,其中包括来自新疆绵羊的图兰扇头蜱;本研究蜱12S r RNA基因序列提交Gen Bank数据库获得登录号为MG744514,与来自于Gen Bank数据库图兰扇头蜱、血红扇头蜱、微小牛蜱、边缘革蜱、草原革蜱、长角血蜱、小亚璃眼蜱、亚洲璃眼蜱、残缘璃眼蜱、全沟硬蜱及外围群尘螨的22个12S r RNA基因序列的进化树显示,研究所获得的蜱12S r RNA基因序列与图兰扇头蜱进化关系最近,聚在同一个小分支;确定了该扇头蜱为图兰扇头蜱。5只产卵后的雌蜱和相应蜱所产的全部卵立克次体16S r RNA基因PCR扩增,有1只蜱和其产的卵样品阳性,蜱携带率为20%;雌蜱及其卵立克次体16S r RNA基因测序结果完全一致;Blast分析与Gen Bank数据库中Rickettsia raoultii 16S r RNA基因序列相似性高达99%以上,且高相似性前五基因序列为4个Rickettsia raoultii和1个Rickettsia sp.,其中包括来自新疆2011年的亚洲璃眼蜱和草原革蜱的立克次体;立克次体16S r RNA基因序列提交Gen Bank数据库获得登录号为MG744513,与来自于Gen Bank数据库的37个24种立克次体16S r RNA基因序列的进化树显示,研究获得的立克次体16S r RNA基因序列与Rickettsia raoultii进化关系最近,聚在同一个小分支,与其他15种立克次体同属于斑点热群立克次体;确定了本研究图兰扇头蜱及其卵均携带斑点热群立克次体R.raoultii。【结论】首次发现图兰扇头蜱及其卵携带R.raoultii。 相似文献
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根据日本鳗、欧洲鳗和美洲鳗3种鳗鱼的16S rRNA基因序列,设计特异性引物,进行16SrRNA基因的PCR扩增,然后对PCR产物进行ApaI酶切反应.结果显示,日本鳗和欧洲鳗的PCR产物均出现211 bp的特异性扩增条带,美洲鳗的PCR产物出现两条DNA条带;日本鳗的PCR产物经ApaI酶切产生大小为135 bp和76 bp的两条条带,而欧洲鳗的PCR产物经ApaI酶切没有变化.因此,利用该方法可鉴别出日本鳗、欧洲鳗和美洲鳗等3种鳗鱼. 相似文献
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对我国浙江近海4个采样点(长江口、嵊泗群岛、舟山群岛、洞头群岛)的147个三疣梭子蟹个体的线粒体DNA 16S rRNA部分序列进行了测定和分析,获得其基冈片段长度为991 bp,共发现14种单倍型,11个核苷酸多态性变异位点.长江口、嵊泗群岛、舟山群岛、洞头群岛4个地方群体的平均核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.000 89和0.565.其中,嵊泗群岛群体的遗传多样性水平最高(核苷酸多样性0.001 27,单倍型多样性O.754),长江口群体最低(核苷酸多样性0.000 34,单倍型多样性0.322).长江口与嵊泗群岛群体之间的遗传分化指数最大(0.102 26),舟山群岛与洞头群岛群体之间遗传分化指数最小(0.025 75);舟山群岛和洞头群岛群体之间的基因流最大(9.46),长江口与嵊泗群岛群体之间基因流最小(2.19). 相似文献
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云南西盟蔗区发现检疫性病害甘蔗白叶病 总被引：1，自引：1，他引：0
研究旨在明确2018年在云南西盟蔗区发现的甘蔗病害是否为植原体引起的甘蔗白叶病。使用植原体16S rRNA基因序列通用引物P1/P7和R16F2n/R16R2对10份采自云南西盟蔗区的疑似甘蔗白叶病样品进行巢氏PCR检测,并将巢氏PCR 产物进行克隆测序和序列分析。巢氏PCR结果表明,所有10份样品均能扩增得到1240bp左右的片段。测序结果表明所有获得的10条16S rRNA基因序列大小均为1247bp,序列间的核苷酸一致性为100%。BLASTN分析表明从病株扩增到的所有核苷酸序列与先前云南临沧甘蔗白叶病植原体分离物LC7和LC9的16S rRNA基因序列(Genbank登陆号：KR020691和KR020692)的核苷酸序列一致性为100%。虚拟RFLP分析表明西盟分离物的16S rRNA基因序列的酶切图谱与16SrXI-B亚组植原体相同。本研究结果表明云南西盟蔗区发现的甘蔗病害为16SrXI-B亚组植原体引起的甘蔗白叶病。 相似文献
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