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大鲵虹彩病毒-LY株主要衣壳蛋白基因克隆和分子特征研究 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】明确大鲵虹彩病毒-LY株主要衣壳蛋白（mcp）基因分子特征和我国不同CGSIV毒株mcp 基因变异及病毒的系统进化关系。【方法】克隆了CGSIV-LY株 mcp基因,并运用生物信息学软件对获得的基因信息进行了分析。【结果】CGSIV-LY 株mcp基因全长1392bp,可编码463个氨基酸。预测蛋白质分子量为50.03ku,理论等电点是5.75,为亲水性可溶蛋白。CGSIV-LY 株mcp不含有信号肽;没有跨膜区存在;抗原表位预测显示抗原性良好;结构预测显示,存在8个潜在的N-糖基化位点,存在17个潜在的O-糖基化位点和20个潜在的磷酸化位点。CGSIV-LY 株 mcp二级结构中无β-折叠,无规则卷曲占57.66%,延伸链占31.11%,α- 螺旋占11.23%,主要以延伸链和无规则卷曲为主。氨基酸序列包含3个结构域：氨基酸N末端,氨基酸C末端和capsid_NCLDV保守区结构域,并在氨基酸序列的第414~436区存在一个低复杂度域。氨基酸序列多重比对和基于mcp氨基酸序列构建的蛙病毒属成员系统进化树分析结果显示,包括CGSIV-LY 株在内的我国出现的不同CGSIV毒株之间mcp 基因差异很小,为平行进化关系,共同聚为蛙病毒属成员独立的一支。【结论】CGSIV-LY 株 mcp为可溶性亲水蛋白,具有良好的抗原性和较为丰富的潜在糖基化位点和磷酸化位点。其蛋白二级结构以延伸链和无规则卷曲为主。我国出现的不同CGSIV毒株mcp基因差异很小,应具有基本一致的分子结构和特征。 相似文献
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猪流行性腹泻病毒山西分离株ORF3基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究山西地区猪流行性腹泻病毒ORF3基因的遗传变异情况,2014-2015年从山西地区11个地市收集的PEDV阳性病料中扩增到4株PEDV的ORF3基因,并进行序列比对及遗传分析。序列分析结果表明,4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因与CV777毒株相比,无核苷酸插入和缺失,有部分核苷酸及氨基酸发生变异;4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因之间核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.6%~100.0%和98.7%~99.6%,与CV777、疫苗株CV777 truncated和attenuated DR13核苷酸同源性分别为96.6%~97.0%,90.6%,97.6%~98.1%,氨基酸同源性分别为95.1%~96.0%,88.0%,97.1%~98.1%。遗传进化分析结果显示,4株PEDV山西分离毒株与12株2010-2015年我国各地方分离的毒株和2009年分离的CH/JL/09毒株亲缘关系较近;与CV777、LZC、Brl/87和2个疫苗株(CV777truncated和attenuated DR13)亲缘关系较远。 相似文献
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传染性支气管炎病毒S1基因的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
为全面分析传染性支气管炎(IBV)流行株S1基因的遗传变异,结合1992-2008年间从山东乃至全国分离鉴定的IBV毒株,在进行抗原性研究的基础上,对17株IBV毒株分别进行了S1基因的克隆测序,并与GenBank中具有代表性的参考株进行同源比较,同时对其高变区HVRⅠ氨基酸基序进行分析.根据系统发育树,结合病毒发生的年代、地域和临床病理,将58株IBV国内外毒株初步分为6个基因型,其中,国内流行株主要涵盖5种基因型,大部分流行株属于基因Ⅴ型(北方株为主)和基因Ⅳ型(南方株为主),两种类型毒株相互交织,呈现复杂的流行形式.对IBV高变区HVRⅠ氨基酸基序分析表明,多数毒株存在不同程度的点突变,尚有4株分离株在33位和34位之间有氨基酸残基的插入.S1基因的遗传变异具有多样性,与常规疫苗株和国外参考株相比,无论是核苷酸还是氨基酸均发生了较大的变异.不同IBV毒株S1基因片段与其全长之间遗传变异高度相关(r=0.968),但IBV流行株与疫苗株的遗传距离愈来愈远,彰显出IBV流行株在H120的免疫压力下,已经发生了较大程度的变异. 相似文献
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10株不同年代H9N2 AIV NA基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
利用RT-PCR技术克隆了10株涵盖不同分离年代和不同毒力的H9N2亚型AIV的NA基因,序列分析表明,10株AIV的NA基因的核苷酸和推导的氨基酸同源性高,进化稳定。系统进化树分析表明,其NA基因都属欧亚大陆禽分支,H9N2流感病毒的分布与地域有相关性。其NA蛋白氨基酸序列潜在的糖基化位点以及氨基酸红细胞吸附位点出现的变化尚不能解释这些毒株生物学特性上的差别。但这些研究结果从理论上丰富了H9N2亚型禽流感的分子流行病学,也为进一步研究该类毒株的进化提供了依据。 相似文献
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鸡传染性支气管炎病毒地方分离株S1、N和M基因的克隆与表达 总被引：1，自引：0，他引：1
摘要：将IBVSX16株的S1、N和M基因克隆入真核表达载体pVAX1,构建IBV真核表达载体pVAX1-16S1、pVAX1-16N和pVAX1-16M。体外转染BHK-21细胞,用间接ELISA检测到目的蛋白表达,用构建的3个表达载体免疫小鼠,从小鼠血清中检测到了抗IBV抗体,初步证实用IBVS1、N和M基因作为核酸疫苗免疫动物,可以激活机体免疫应答。 相似文献
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扩增了自2006-2009年间从河南省不同地区分离的9株PRRSV株NSP2和GP5编码基因,并进行了序列测定和分析。结果显示,9株分离株NSP2全长2 850～2 937 bp,编码950～979个氨基酸,GP5基因全长603 bp,编码200个氨基酸,与CH-1a株比对,其中有7株分离株的NSP2基因均出现30个氨基酸的缺失。对9株分离株NSP2和GP5基因进行核苷酸序列分析并绘制进化树,结果表明,9株河南分离株都属于美洲型毒株,对9株PRRSV分离株NSP2和GP5基因同时进行序列分析,比较其变异结果是否一致,为进一步探寻PRRSV流行株遗传变异规律奠定了基础。 相似文献
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为了给河北地区预防和控制猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)提供理论数据,根据GenBank公布的PRRSV CH-la株和JXAl株的核苷酸序列,设计并合成三对特异性引物.应用RT-PCR方法分别扩增PRRSV HB-4(hs)株的ORF5,ORF6,ORF7基因片段.分别将片段克隆入pGM-T载体后进行测序,并与多株GenBank中发表的PRRSV毒株ORF5-7基因的核苷酸序列进行比较和变异分析.结果表明,PRRSV HB-4(hs)株属于美洲型,其与近两年流行的毒株群相似性高达98.8%～99.5%;与早年流行毒株群相似性较低.为91.9%～92.6%.系统进化树表明:HB-4(hs)株及近两年流行的毒株可能均由早期分离的河北HB-1(sh)株进化化而来. 相似文献
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《分子植物育种》2021,19(9):2785-2797
水稻抗白叶枯病基因Xa1是一个能对日本白叶枯病优势小种产生专化抗性的R基因,曾被广泛应用于水稻的抗性育种研究。为深入了解Xa1家族成员及其特征,本研究通过生物信息学对Xa1类成员进行系统鉴定,并分析其基本结构特征、染色体定位、序列变异以及系统进化关系等相关特性。结果显示,共鉴定到34个成员,它们都来自稻属植物,这些成员成簇分布在水稻4号染色体上。基本结构特征分析结果表明,Xa1家族成员的DNA、mRNA和CDS长度,以及内含子、外显子和氨基酸数量等偏差较大,但氨基酸残基组成差异不明显;多样性分析发现,氨基酸保守性低,密码子偏好性不强,核苷酸和氨基酸遗传变异较丰富,但大多的变异为无义突变;根据进化关系将家族成员分为五类,其中第五类成员包括LOC102719767共1个基因,它们位于系统树基部,为Xa1类基因进化的祖先类群。本研究初步分析了Xa1基因家族的特征,为后期从中发掘功能性抗白叶枯病基因提供理论支持。 相似文献
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《中国农学通报》2010,(14)
为分析3株1型鸭肝炎病毒(DHV)的遗传变异和进化关系;采用RT-PCR和5'-/3'-RACE.方法测定3株1型鸭肝炎病毒全基因序列;研究结果表明,不含poly(A)尾巴的3株病毒的基因组全长为7691~7700nt,基因组均仅含一个长度为6750nt的ORF,625~627nt5'端非翻译区和325~328nt3'端非翻译区(UTR)。将3株病毒株与GeneBank公布的其他DHV-1全基因序列及小RNA病毒科的其他属代表病毒株进行序列分析表明,聚蛋白均被分割成为12个蛋白,其中VP1的变异性最大,180~187位为高变区。3株病毒与DHV-1参考毒株核苷酸序列同源性在93.7%~98.8%,氨基酸序列同源性在96.9%~98.8%,DHV-1各株在小RNA科病毒多聚蛋白氨基酸序列进化树上形成一个独立的进化分支;DHVs-1病毒间核苷酸和氨基酸仍较保守,它们在进化中可将其归为小RNA病毒科的一个新属。 相似文献
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为丰富福建省猪细环病毒的分子流行病学数据,本研究根据猪细环病毒1a型、1b型和k2型特异性检测引物对临床顽固性腹泻仔猪病料组织进行PCR检测,结果从1例病料中检测到猪细环病毒k2型阳性。并通过设计猪细环病毒k2型ORF2基因特异性引物对阳性病料扩增后进行克隆测序,获得猪细环病毒k2型ORF2基因完整编码区序列。分析发现所克隆的猪细环病毒k2型福建株ORF2基因全长为203 bp,编码有67个氨基酸。本实验株ORF2基因和猪细环病毒k2型代表株德国家猪分离株2p株(Gen Bank登录号AY823991)核苷酸同源性高达97.5%;和猪细环病毒1a型(Sd_TTV31株)和1b型(1p株)代表株核苷酸同源性均低于50.0%,分别为43.9%和47.3%。从遗传进化关系上看,本实验株ORF2基因和Gen Bank中猪细环病毒k2型处于同一遗传进化分支,而猪细环病毒1a型和猪细环病毒1b型均处于其他遗传分支。本研究首次在福建猪群中检测到猪细环病毒k2型感染。 相似文献
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鲢鳙打印病豚鼠气单胞菌主要特性及系统发育学分析 总被引：6，自引：0，他引：6
chencuizhen@.com 《中国农学通报》2006,22(5):455-455
（河北科技师范学院动物科学系,秦皇岛 066600） 相似文献
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鸡传染性法氏囊病病毒J1C7株全基因组的克隆与分子系统进化树分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了获得鸡传染性法氏囊病病毒J1C7株的全基因组cDNA,确定其分子进化关系。以IBDV J1C7株细胞培养液为材料,用蛋白酶K消化、酚/氯仿抽提法提取IBDV基因组dsRNA,利用特异性引物将基因组A、B节段分两段进行RT-PCR并通过融合PCR方法将具有部分重叠序列的A、B节段的上、下游基因组进行拼接,从而构建出完整的A、B节段基因组,利用pMD-18T载体快速克隆PCR产物。结果表明：获得了3260 bp的A节段全长（Genbank登录号EF646854）和2827 bp的B节段全长（Genbank登录号EF646853）。氨基酸同源性比对结果表明：J1C7株与弱毒疫苗株CEF94（芬兰）、P2（德国）、JD1（中国）、HZ2（中国）的亲缘关系最近（蛋白同源性为VP5：99.3%;VP2：99.3%~100%;VP4：97.9%~99.2%;VP3：96.4%~98.1%;VP1：99.2%~99.9%）。BDV J1C7株属于弱毒疫苗株,且与欧洲和中国的弱毒疫苗株有密切的亲缘关系,在进化树上归为一簇。本研究为构建IBDV的感染性cDNA,了解IBDV基因组的结构与功能打下了基础。 相似文献
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牛病毒性腹泻病毒HB-DCZ株NS2-3区基因克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】对牛病毒性腹泻病毒HB-DCZ株NS2-3区基因进行克隆及序列分析，为阐明本病致病机理，更好的控制BVDV感染、流行提供理论依据。【方法】以牛病毒性腹泻病毒河北分离株（HB-DCZ）基因组RNA为模板，扩增BVDV HB-DCZ株基因组NS2-3片段cDNA。将PCR产物克隆后进行PCR及双酶切鉴定。克隆产物进行序列测定及分析。【结果】HB-DCZ cDNA体外扩增获得特异性条带，大小约为665bp，表明该分离毒株基因组中无插入序列。PCR产物克隆，提取重组质粒，扩增获得特异性的DNA条带，长度约为665bp，用EcoRⅠ和Hind Ⅲ双酶切，获得两条DNA片段，长度分别为2600bp和702bp左右，与理论值相符。序列测定结果表明，克隆得到的NS2-3重要区扩增片段共665核苷酸，NS2-3重要区的蛋白质由208个氨基酸残基组成。HB-DCZ毒株NS2-3重要区核苷酸序列与已公开发表的BVDV其他毒株相比的同源性依次为184株99.1%，ZM195株97.4%，Osloss株92.3%，C24V株77%，NADL株76.4%。HB-DCZ在NS2-3扩增区域中既没有外源序列的插入，也没有基因重组、重排或缺失，但存在某些核苷酸的替换。【结论】HB-DCZ与Osloss株、国内的184株、ZM195株遗传距离较近，与C24V株、NADL株遗传距离较远。HB-DCZ株应为BVDV Ib基因亚型。 相似文献
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旨在鉴定伴栽天麻的不同蜜环菌菌株,通过比较其胞外酶活性及多糖含量的变化规律,为筛选优质菌株提供依据。以M1、M2、F2、F3菌株为试材,采用ITS、β-tubulin及Tef1-α基因片段的合并序列构建系统发育树,采用ABTS法和DNS法测定胞外酶活性,苯酚-硫酸法测得菌丝体多糖含量。由系统发育分析可知,由云南基地分离的M1、M2菌株为高卢蜜环菌(Armillaria gallica Marxm. & Romagn.),由吉林基地分离的F2、F3菌株为头柄蜜环菌(Armillaria cepistipes Velen.)。比较生长速度结果显示,M1、M2、F2菌株的生长速度较快,F3菌株最慢。胞外酶活性及多糖含量实验结果表明,4个菌株的胞外酶活性和多糖含量均呈现先升高后下降的趋势,M1、M2菌株的胞外酶活性更强,多糖含量更高。综合分析研究结果,鉴定M1、M2、F2、F3菌株分属高卢蜜环菌和头柄蜜环菌。结合前期的天麻产量结果,初步确认M1、M2菌株为伴栽天麻的优良菌株。 相似文献
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旨在从分子生物学角度进一步研究新城疫病毒La Sota株HN基因,探究NDV La Sota HN基因的遗传变异情况。研究以试验室冻存的p NDV-HN为模版,根据Gen Bank中登录的NDV La Sota株序列设计引物扩增HN基因,将其克隆到pMD18-T载体后进行鉴定,对鉴定正确的重组质粒p MD-NDV-HN进行测序分析。应用生物信息学软件对新城疫病毒Lasota株HN基因进行系统进化树分析、氨基酸序列同源性分析、糖基化位点、蛋白结构跨膜区分析及磷酸化位点预测分析。核苷酸序列测定结果表明:HN基因的序列长度为1743bp,该基因的开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)总长为1716 bp,编码571个氨基酸。生物信息学表明:试验获得的HN基因具有6个潜在糖基化位点及12个半胱氨酸残基,第5个潜在糖基化位点(508-510 aa)发生缺失及第123位半胱氨酸残基被色氨酸残基取代。La Sota株HN基因编码的蛋白质中有29个丝氨酸、10个酪氨酸和16个苏氨酸可能成为蛋白激酶磷酸化位点。将试验获得的La Sota株HN基因序列和推导的氨基酸序列与新城疫毒株的HN基因相应序列比较后发现,它们的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性最高均可达到99%,表明HN基因在种属间具有较高的保守性。研究为新城疫病毒的分子病毒学研究奠定了基础。 相似文献
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为获得高温高效分解茶渣的菌株。利用高温特殊生境分离方法,从废弃茶渣中分离到有分解茶渣作用的5株菌,其中Fb菌株产生的蛋白酶、纤维素酶的活力均最高。经形态学、生理生化特性以及生长特性等研究,并克隆Fb菌株的16S rDNA基因序列和gyrB基因序列,进行系统发育学分析。结果表明,Fb属贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis),可耐受55℃的高温。最适生长条件为：装液量30 mL、摇床转速分120 r/min、培养温度42~45℃、初始pH 5.0~7.0、培养时间16 h、盐度1.0%~6.0%。本研究首次在茶渣中分离筛选出贝莱斯芽抱杆菌,为茶渣开发研究提供理论依据。 相似文献
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猪瘟病毒河南野毒株E2基因的克隆及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
【研究目的】旨在了解猪瘟病毒流行毒株的变异情况,为防制猪瘟提供科学依据。【方法】根据GenBank上已发表的猪瘟石门株E2基因序列,设计合成了1对特异引物,应用RT-PCR技术对河南省一猪场采集的疑是猪瘟病料的猪瘟野毒E2基因进行扩增,将扩增的E2基因克隆于pGEM-T Easy载体,对其进行了序列测定及氨基酸序列推导,同时将其与HCLV株、C株、Alfort株和Brecsia株进行了同源性比较及遗传进化分析,并构建了CSFV的遗传发生树。【结果】通过PCR扩增得到与预期大小相等的产物,克隆测序验证是E2基因;所扩增的流行野毒与HCLV株、C株、Shimen株、Alfort株和Brecsia株核苷酸序列同源性分别为99.0%,96.5%,93.5%,94.4%和89.9%;氨基酸同源性分别97.8%,94.0%,92.6%,92.0% 和91.0%;所绘制的遗传发生树显示所测得流行野毒与C株、HCLV株关系较近。【结论】所测的流行株与与我国使用的C株疫苗毒核苷酸同源性很高,说明现行的猪瘟疫苗在一定程度上仍然可以起到保护作用。 相似文献
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鸡传染性支气管炎病毒RT-PCR快速检测方法的建立 总被引：1，自引：1，他引：0
根据鸡传染性支气管炎病毒(IBV) N基因序列（FJ767920）,利用引物软件Premier5.0,设计并合成了1对特异引物,通过对RT-PCR扩增条件的优化,建立了一种快速检测IBV的RT-PCR方法。应用该方法成功地从IBV M41和河南株HN99中扩增出318 bp的目的片段,而传染性喉气管炎病毒、新城疫病毒及马立克病毒基因组均未扩增为出相应的片段。将回收的RT-PCR产物克隆到pGEM-T Easy载体后测序,进一步证实RT-PCR检测方法的特异性。对IBV的最低检出量为0.6 pg的cDNA。经临床初步应用表明,本方法的建立对IBV的早期诊断和临床检测具有快速、灵敏、特异、经济的特点。 相似文献