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根据ISAV的基因保守序列,利用LAMP Designer软件设计了6条引物,采用新型的环介导等温扩增设备进行扩增和检测,优化了反应条件,分析了所建立方法的特异性和灵敏度,并与RT-PCR和实时荧光RT-PCR进行比较。研究表明,该方法最适反应温度为64℃,反应10 min就可以观察到明显的扩增。该方法灵敏度高,检测限为78.4 fg RNA,比常规RT-PCR灵敏度高100倍,与实时荧光定量RT-PCR灵敏度相当;特异性好,与传染性胰腺坏死病毒(IPNV)、鲤春病毒血症病毒(SVCV)、出血性败血症病毒(VHSV)、鱼类病毒性神经坏死病病毒(VNNV)、鱼腹水病毒(YAV)等14种主要鱼类病毒没有交叉反应。结果表明,本研究建立了ISAV的实时荧光环介导等温扩增检测方法,实验能对整个扩增过程进行实时监测,提高检测灵敏度的同时,防止由于开盖跑电泳或加染料而导致的污染。 相似文献
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实时荧光定量PCR技术是指在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。该技术具有范围宽、敏感性高、精确度高等优点,是迄今为止定量最准确,重现性最好的定量方法,其应用领域越来越广泛。研究表明,应用实时荧光定量PCR技术,可以快速、准确、特异性地对猪链球菌2型、炭疽杆菌、空肠弯曲菌、猪繁殖与呼吸综合征病毒、弓形虫等细菌、病毒性病原及食品微生物进行检测、鉴定;可以用于食源性微生物、食品过敏源、转基因食品、乳品等检测。荧光定量PCR技术也可用于肿瘤早期诊断、分型、分期和预后判断。 相似文献
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草鱼呼肠孤病毒Ⅱ型是导致草鱼出血病的主要病原体之一,目前在我国广泛流行。本研究根据GenBank中草鱼呼肠孤病毒Ⅱ型基因序列,设计了草鱼呼肠孤病毒Ⅱ型特异性探针和PCR引物,通过优化反应条件,建立了草鱼呼肠孤病毒Ⅱ型一步法TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法。试验对反转录和PCR反应体系进行摸索,通过优化的冻干工艺制备出草鱼呼肠孤病毒Ⅱ型全预混RT-PCR试剂,在荧光定量PCR中,冻干试剂的检测灵敏度可达10个模板,是普通PCR的100倍。批次间变异系数小于4%。特异性试验结果表明,该方法可特异性地检出草鱼呼肠孤病毒Ⅱ型,而对鲤春病毒血症病毒、传染性造血器官坏死症病毒无检测信号。该冻干试剂4℃保存12个月,室温25℃保存3个月,37℃保存15d,敏感性仍为10个,与第1d相同;利用手持单通道荧光PCR仪,可在42min内完成核酸诊断。本试验基于荧光定量PCR检测方法,结合核酸扩增体系冻干工艺制备的全预混草鱼呼肠孤病毒Ⅱ型RT-PCR试剂具有耐保存便于运输、准确性高、仪器拓展性好的特点,对草鱼呼肠孤病毒Ⅱ型快速诊断有重要意义。 相似文献
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荧光实时定量PCR技术是近年来快速发展起来的一门新技术,它是核酸探针技术、荧光共振能量传递技术(Fluorescence Resonance Energy Transfer,FRET)和PCR技术的有机结合。与常规PCR相比,它具有特异性更强、有效解决PCR污染问题、自动化程度高、能较准确定量等特点。本文综述了荧光实时定量PCR技术的基本原理及几种广泛应用的荧光化学方法,并概述了荧光实时定量PCR技术在水产养殖研究领域的应用现状,并对荧光实时定量PCR技术的应用前景进行了展望。 相似文献
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海藻含有的多糖、多酚等物质容易与核酸(DNA与RNA)结合形成不溶于水的复合物,干扰了后续的酶反应,制约了海藻核酸抽提。但抽提高质量核酸却是海藻分子生物学研究的第一步,因此比较了2种同步抽提技术对大型海藻DNA与RNA同步抽提的效果。应用TRIZOL法和CTAB+LiCl法同步抽提了3种海藻的DNA与RNA,接着应用紫外吸收、电泳、PCR、RT-PCR和荧光定量RT-PCR等检测核酸质量。结果显示2种方法均能获得较高纯度的总RNA,总RNA质量完全适合后续的反转录等反应;但在DNA抽提方面CTAB+LiCl法能获得更高质量的DNA。CTAB+LiCl法是一项适用于大型海藻的DNA与RNA同步抽提技术。 相似文献
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鱼类神经坏死病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立和应用 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中登录的鱼类神经坏死病毒CP基因序列，选择高度保守区域设计引物和TaqMan荧光探针，通过对实时荧光RT-PCR反应条件进行优化，建立了用于检测鱼类神经坏死病毒的实时荧光RT-PCR方法。利用该方法检测鱼类神经坏死病毒及其他多种常见的水生动物RNA病毒，结果只能检测到目的病毒，表明其具有良好的特异性。灵敏性试验发现，其最低检测限可达1．2pg／μL的总RNA。与RT-PCR的灵敏度对比试验表明，其敏感度比RT-PCR高100倍。对同一样品进行检测，在组内及组间的变异系数分别为0．9％以及1．5％，证实其重复性极好，并且从抽提核酸到得出结果仅需4h。对临床500份样品进行鱼类神经坏死病毒检测，结果发现有40份阳性样品。这些结果表明，本研究所建立的实时荧光RT-PCR能对鱼类神经坏死病毒进行准确、快速的检测，具有特异性好、灵敏度高的优点，是开展鱼类神经坏死病的临床检测和疫情监测工作的有力工具。[中国水产科学，2008，15（3）：506-510] 相似文献
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本研究以凡纳滨对虾为研究对象,取其肌肉组织28℃下保存于不同饱和度和不同pH的铵盐保存液中,保存一定时间后,通过组织总RNA提取、RT-PCR法及荧光定量RT-PCR法鉴定比较选择方便有效的保存方法。结果显示,从含25mmol/L柠檬酸钠和20mmol/L EDTA的饱和醋酸铵保存液和饱和硫酸铵保存液中保存的组织中提取的RNA较完整。通过调节pH进行保存液的优化,提取RNA后的凝胶电泳、RT-PCR及荧光定量RT-PCR确定的基因拷贝数显示,从含25mmol/L柠檬酸钠和20mmol/L EDTA的饱和醋酸铵保存液（pH 6.0）和饱和硫酸铵保存液（pH 5.2）保存的组织中能成功地提取出大量的RNA,且RNA分子完整;通过荧光定量RT-PCR法显示新鲜组织的18S rRNA拷贝数为107Copies/mg组织,保存28d后的组织18S rRNA拷贝数可达到105Copies/mg组织,而空白对照组的18S rRNA拷贝数只有103Copies/mg组织。说明保存液对于抑制核酸降解有较好的效果。这种简便有效的保存液为样品的保存、现场采集标本及后续的分子实验奠定了基础。 相似文献
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以轮虫弧菌的单拷贝基因toxR基因的高保守区域为目的片段,设计特异性引物,构建重组质粒标准品,建立针对该菌的荧光定量PCR检测方法。以此为基础,实验选用UF-150 Genechecker微流控荧光定量PCR仪,通过优化反应体系和反应条件,建立了轮虫弧菌的微流控荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法能特异性扩增toxR基因目的片段,对轮虫弧菌纯培养物检测下限为1.34×100 拷贝/μL。在人工感染样品中的应用结果显示,对鱼体组织中轮虫弧菌的检测下限为1.34×103 CFU/g,检测结果可以目视判读,检测时间缩短至42 min以内。研究表明,该检测方法具有特异性强、敏感度高、场地要求低等突出优势,适于开发水产病原实用性的现场快速检测技术。 相似文献
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外源性雌二醇对异育银鲫脑垂体-甲状腺轴的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
运用SYBR Green I荧光定量RT-PCR方法和放射免疫方法(RIA)分析了外源性雌二醇(estradiol-17β,E2)对异育银鲫脑垂体-甲状腺轴的影响。实验设计时间为10周,实验组每2周注射一次0.5mg.kg-1体重的E2(用57%酒精溶解),对照组注射同剂量的57%酒精。实验期间没有投喂饲料。在实验条件下,SYBR Green I荧光定量RT-PCR分析结果显示,注射3和5次外源性E2后,促甲状腺激素β亚基mRNA的表达水平与对照组相比均未有显著变化,但随着注射次数的增加,总体呈现升高的趋势。另一方面,RIA结果显示,注射3次外源性E2后,血清中甲状腺激素T3和T4含量水平与对照组相比均显著升高(P<0.05);注射5次后,与对照群相比差异极显著(P<0.01)。以上结果提示,外源性E2影响异育银鲫的正常生理状态。 相似文献
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为了建立一种能在临床上快速、准确检测杂交鳢弹状病毒(HSHRV)的TaqMan实时荧光定量PCR方法,利用PCR技术扩增HSHRV-C1207 G蛋白的全长序列,构建重组质粒,作为荧光定量PCR的标准品,根据HSHRV-C1207 G蛋白的保守序列,设计合成了一对能特异性扩增143 bp片段的引物和TaqMan探针,以标准品为模板建立HSHRV的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法的灵敏度、可重复性和特异性进行评价。结果显示:建立的荧光定量PCR检测方法标准曲线有较好的线性关系,相关系数(R2)为0.999,斜率为-3.290;荧光定量PCR最低可以检测到10个病毒核酸分子拷贝,而传统PCR方法最低可检测到1×103个拷贝;38个平行样品重复性实验组内变异系数为0.84%;对其他6种水产养殖常见病毒均无扩增反应。应用该方法对采集的21份患病鳢样品进行检测,其中18份为阳性,与细胞分离和电镜观察结果相同;以传统PCR方法检测同样的样品,仅13份为阳性。本研究建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性强,能较好的用于临床HSHRV的检测,对病毒病原定量检测与杂交鳢弹状病毒病的快速诊断具有重要意义。 相似文献
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根据G enBank中对虾传染性皮下和造血器官坏死病毒( IHHNV) 保守基因序列( AF218226), 设计合成了1对引物和1条TaqM an探针, 建立了检测IHHNV的荧光定量PCR技术。将建立的荧光定量PCR检测方法与常规PCR对比。结果显示, 所建立的荧光定量PCR 方法灵敏度可达2个拷贝, 比常规PCR 灵敏度高1 000倍。对保存的15份经常规PCR检测为IHHNV 阳性的DNA 样品进行荧光定量PCR检测, 结果都为阳性, 检测的病毒含量为2. 15 @ 107 ~ 4. 21 @ 104 拷贝/LL。用该方法对不同浓度的样品进行了重复检测, 表明该方法具有良好的重复性, 可满足IHHNV的临床诊断需要。 相似文献
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根据GenBank中对虾传染性皮下和造血器官坏死病毒(IHHNV)保守基因序列(AF218226),设计合成了1对引物和1条TaqMan探针,建立了检测IHHNV的荧光定量PCR技术.将建立的荧光定量PCR检测方法与常规PCR对比.结果显示,所建立的荧光定量PCR方法灵敏度可达2个拷贝,比常规PCR灵敏度高1 000倍.对保存的15份经常规PCR检测为IHHNV阳性的DNA样品进行荧光定量PCR检测,结果都为阳性,检测的病毒含量为2.15×107～4.21×104拷贝/μL.用该方法对不同浓度的样品进行了重复检测,表明该方法具有良好的重复性,可满足IHHNV的临床诊断需要. 相似文献
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根据GenBank中单孢子虫和折光马尔太虫基因序列,用Primer Express 2.0软件设计了两对引物和两条TaqMan探针.对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了能够同时检测单孢子虫和折光马尔太虫的二重荧光定量PCR方法.该方法对单孢子虫和折光马尔太虫的检测敏感性达到40个模板拷贝数;此外抗干扰能力强,对单孢子虫和折光马尔太虫不同模板浓度进行组合,仍可有效地同时检测到这两个原虫.该方法对派琴虫、荧光假单胞菌、副溶血弧菌、溶藻弧菌、河弧菌和拟态弧菌等病原体的检测,结果全为阴性.研究建立的单孢子虫和折光马尔太虫荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于贝类单孢子虫和折光马尔太虫感染的检测. 相似文献
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《渔业科学进展》2010,(3)
根据GenBank中单孢子虫和折光马尔太虫基因序列,用Primer Express2.0软件设计了两对引物和两条TaqMan探针。对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了能够同时检测单孢子虫和折光马尔太虫的二重荧光定量PCR方法。该方法对单孢子虫和折光马尔太虫的检测敏感性达到40个模板拷贝数;此外抗干扰能力强,对单孢子虫和折光马尔太虫不同模板浓度进行组合,仍可有效地同时检测到这两个原虫。该方法对派琴虫、荧光假单胞菌、副溶血弧菌、溶藻弧菌、河弧菌和拟态弧菌等病原体的检测,结果全为阴性。研究建立的单孢子虫和折光马尔太虫荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于贝类单孢子虫和折光马尔太虫感染的检测。 相似文献
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根据克隆得到的迟缓爱德华氏菌gyrB基因序列设计并合成一对特异性引物,通用性和特异性检测结果显示所设计的引物具有良好的种间特异性和种内通用性,构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,经过反应体系优化后建立了检测迟缓爱德华氏菌的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法线性关系良好,在Tm为63℃时,扩增产物的熔解曲线仅有一个单特异峰,扩增所得标准曲线为y=-3.32x 39.38,相关系数为0.998,扩增效率为1.00,最低能检测到60个拷贝。应用建立的方法对人工感染的大菱鲆病样进行了检测,三个被检样品均呈阳性反应,证明该方法具有较好的适用性。实验结果表明所建立的实时荧光定量PCR方法具有特异、敏感、快速、定量的优点,可用于迟缓爱德华氏菌病的快速检测。 相似文献
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探讨铁蛋白ferritin基因在罗氏沼虾中的组织表达分布及外源Fe3+对ferritin mRNA表达的影响。通过RT-PCR表明,ferritin mRNA在罗氏沼虾精巢、卵巢、肌肉、心脏、中肠腺和血淋巴中均有表达;荧光定量PCR结果证实了ferritin mRNA在中肠腺中表达量最高,其次是精巢。对罗氏沼虾进行FeCl3溶液肌肉注射后,荧光定量PCR结果表明,肌肉中ferritin mRNA表达量在注射后3 h增加了61倍,高水平的表达一直维持到8 h,随后在12 h表达量急剧地下降;卵巢中ferritin mRNA表达量在3 h有近4倍显著增加,在注射后48 h内一直维持在较高水平;心脏ferritin mRNA表达量在24 h后增加了8倍,48 h后表达量开始下降;在血淋巴、中肠腺和精巢注射前后均未发现有显著性差异(P>0.05)。以上实验结果表明,外源Fe3+可以诱导罗氏沼虾铁蛋白mRNA的表达。 相似文献
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为实现杀鲑气单胞菌早期快速准确定量检测,研究旨在建立杀鲑气单胞菌的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测方法。根据GenBank中杀鲑气单胞菌毒力阵列蛋白基因(vapA)保守序列设计并合成一对特异性引物,对其特异性、灵敏度、可重复性和应用性进行评价。结果显示,研究设计的引物具有良好的种间特异性,仅对杀鲑气单胞菌及其亚种有阳性扩增,与其他细菌不发生交叉反应。构建的Real-time PCR标准曲线质粒拷贝数与循环阈值呈良好的线性关系,扩增所得标准曲线分别为y=–4.8345x+42.535,相关系数R~2为0.998,最低检测限为34拷贝/μL,较常规PCR的灵敏度高出约1000倍。应用建立的方法检测人工感染的虹鳟病样,15个被检样品呈阳性反应,与细菌常规鉴定方法结果一致。研究表明,所建立的基于实时荧光定量PCR技术的杀鲑气单胞菌检测方法快速、特异、灵敏,可用于临床诊断和疫病监测。 相似文献