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相似文献
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1.
利用电子克隆方法,获得编码美洲螯龙虾(Homarus americanus)肽聚糖识别蛋白(peptidoglycan recognition protein , PGRP)的cDNA序列及相应的氨基酸序列;采用生物信息学方法对其进行基本理化性质、亲疏水性、信号肽、二级结构、细胞定位、三级结构等的分析。结果获得一段长920 bp的编码美洲螯龙虾PGRP的cDNA序列,包含一个长834 bp的开放阅读框,编码277个氨基酸;编码蛋白是含有信号肽的分泌蛋白,含有1个C端PGRP结构域,表明是一种PGRP;分析结果显示该蛋白与黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)短型PGRP-SC2和PGRP-SD比较相似。  相似文献   

2.
以草鱼(Ctenopharyngodon idellus)为实验对象,利用RACE技术克隆了草鱼成纤维细胞成长因子8(Fibro-blast Growth Factor8,FGF8)cDNA序列。实验结果显示,草鱼FGF8 cDNA序列长度为887 bp,其中5′-非翻译区长100 bp,3′-非翻译区长157 bp,开放阅读框(ORF)633 bp,编码210个氨基酸的前体蛋白,包含22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽。利用已知的FGF8序列绘制系统发育树,发现草鱼与两种鲤科鱼(班马鱼、墨西哥脂鲤)聚为一簇,显示亲缘关系很近,而与其它脊椎动物如两栖类、鸟类、哺乳类的亲缘关系则相对较远,这与形态分类学的结果一致。此外,还通过生物信息学分析,揭示了草鱼FGF8的分子结构特征。  相似文献   

3.
锦鲤疱疹病毒ORF72基因克隆及结构功能分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
于辽宁丹东采集感染锦鲤疱疹病毒的活鲤Cyprinus carpio样品,经DNA提取、PCR扩增、重组质粒构建步骤成功克隆锦鲤疱疹病毒ORF72基因,并利用生物信息学软件分析ORF72蛋白结构与功能,构建系统进化树。结果显示:ORF72基因开放阅读框共1113bp,编码蛋白由370个氨基酸组成,理论相对分子质量为40.5KD;ORF72蛋白主要由α螺旋、β折叠、无规则卷曲3种二级结构组成;N端35个氨基酸序列为信号肽序列。跨膜结构分析表明:ORF72蛋白无跨膜区,保守结构域预测表明ORF72含有一个保守结构域,抗原表位分析表明,抗原性较好。结构预测显示:ORF72氨基酸序列存在2个潜在的N-糖基化位点、1个潜在的O-糖基化位点、19个潜在的磷酸化位点。系统进化树分析发现,其与锦鲤疱疹病毒美国株、以色列株属同一分支。  相似文献   

4.
草鱼的两种新型免疫球蛋白基因IgZ-2和IgM-IgZ   总被引:2,自引:2,他引:0  
肖凡书  许巧情  王欣欣  聂品 《水产学报》2010,34(12):1891-1900
在草鱼中新发现的两种免疫球蛋白重链的cDNA和基因组序列,其中的一种IgZ命名为IgZ-2,以区别于已报道的IgZ,另一种只有两个恒定区,一个恒定区与IgM相似而另一个与IgZ相似,这一特征与已报道的鲤的IgM-IgZ相似,故同样称为IgM-IgZ。分泌型IgZ-2的cDNA序列包含1889bp,编码539个氨基酸,其3'编码区包含267bp,但缺乏5'非编码区及部分可变区序列。分泌型IgM-IgZ的cDNA全长为1316bp,编码361个氨基酸,其5'非编码区包含3bp,3'非编码区包含227bp。膜结合型IgM-IgZ由两个膜外显子与CH2中的一个剪切位点剪切而成。氨基酸序列比对结果显示IgZ-2和IgM-IgZ的恒定区存在保守的半胱氨酸。系统进化树分析显示,草鱼IgZ-2以较高的支持率与斑马鱼IgZ聚为一枝,再与草鱼IgZ、草鱼IgM-IgZ和鲤IgM-IgZ这一枝聚为一类。用半定量RT-PCR检测IgZ-2和IgM-IgZ在4条草鱼的器官/组织中的表达,发现分泌型IgZ-2、分泌型IgM-IgZ和膜结合型IgM-IgZ在4条鱼中的表达存在个体差异,但主要都在免疫器官中表达。  相似文献   

5.
李秋璇  费荣梅 《水产学报》2015,39(3):439-446
为探究本实验室分离的传染性皮下及造血组织坏死病毒NJ株(IHHNV-NJ)ORF3基因编码蛋白的结构特征,本实验根据ORF3基因序列设计引物,利用PCR方法克隆ORF3基因序列,并构建至原核表达载体p ET-32a(+)中。对成功构建的p ET32a-ORF3重组表达载体进行原核表达,获得49 ku的融合蛋白,符合预期大小。通过生物信息学软件对ORF3基因编码蛋白序列进行分析,结果显示,ORF3基因序列长度为990 bp,编码329个氨基酸;ORF3基因编码蛋白理论分子质量为37 385.2 u,等电点为7.22,为亲水性蛋白;该编码蛋白序列不存在跨膜区、信号肽切割位点;二级结构含有55.9%的α-螺旋、52.0%的β-折叠以及13.4%的β-转角;抗原表位分布较广泛,抗原性强;该编码蛋白序列不存在潜在的N-糖基化位点,存在13个潜在的O-糖基化位点和17个潜在的磷酸化位点。进化树结果表明,NJ株的ORF3基因编码蛋白序列与6株IHHNV序列同源性均高于96%,与厄瓜多尔株同源性最高,为99.7%。研究表明,ORF3基因编码IHHNV衣壳蛋白;O-糖基化位点可参与衣壳蛋白的组装过程及细胞侵染过程,磷酸化位点可参与病毒在对虾细胞内的增殖过程;ORF3编码蛋白序列保守性强,不影响病毒毒力和个体间感染能力。  相似文献   

6.
利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得了鳜全长1 322 bp的胃蛋白酶原(pepsinogen,PG)A2 cDNA序列,含1 131 bp的开放阅读框(ORF),共编码376个氨基酸,氨基酸序列包含信号肽、激活肽和胃蛋白酶3部分,胃蛋白酶部分含有2个天冬氨酸活性位点和3个二硫键。鳜胃蛋白酶 A2与A1在序列组成、理化性质、功能位点、空间结构上存在明显差异,表明它们可能具有不同的催化功能。胃质子泵(gastric H+/K+-ATPase)是胃酸分泌的关键性酶,研究克隆获得了鳜全长3 581 bp和1 669 bp的胃质子泵α、β亚基cDNA序列。序列相似性分析显示,胃质子泵α亚基具有高度保守性,含多个功能位点,而β亚基具有相对可变性。原位杂交(in situ hybridization,ISH)结果显示,鳜PG A1、PG A2和胃质子泵α亚基mRNA均在胃腺的同一类型细胞中表达,该细胞兼有分泌PG和胃酸的功能,鳜胃腺分泌细胞属于泌酸胃酶细胞。  相似文献   

7.
为研究锦鲤疱疹病毒3型(KHV-3)ORF126基因编码蛋白的功能,我们对该蛋白的结构特征进行研究分析。本实验采用PCR扩增技术获得KHV ORF126基因的完整序列,构建pMD19-T-ORF 126重组质粒,应用生物信息学方法分析ORF126基因编码蛋白的理化特征。结果显示:KHV ORF126基因翻译合成273个氨基酸;ExPasy预测该蛋白的理论分子量为29.9kDa,等电点为5.11;信号肽的切割部位最可能位于第19~20位氨基酸之间;跨膜区位于第145~168位氨基酸;抗原表位预测显示抗原性良好;编码蛋白不含N-糖基化位点,含有4个O-糖基化位点和17个磷酸化位点。  相似文献   

8.
草鱼胞质苹果酸脱氢酶(cMDH)的序列克隆及分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
以实验室构建的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道cDNA文库苹果酸脱氢酶(cMDH)EST序列为基础,采用末端快速扩增法(RACE),从健康雌性草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道细胞RNA中获得1391 bp的草鱼肠道cMDH的cDNA序列(NCBI登录号:EU569765)。结果显示:该序列包含62 bp的5′非编码区(5′-UTR),330 bp的3′非编码区(3′-UTR),典型加尾信号AATAA位于polyA起点上游16 bp。开放阅读框ORF长999 bp,共编码333个氨基酸,预测蛋白等电点为6.67,大小为36 kDa。多序列比对显示草鱼胞质苹果酸脱氢酶具有典型的苹果酸脱氢酶功能区保守序列,该酶与斑马鱼cMDH相似度最高达到95.5%,与模式植物拟兰介的相似度为57.8%,其预测三级结构具有典型cMDH功能区。Southern杂交结果表明草鱼cMDH属于多拷贝基因家族。  相似文献   

9.
李燕  周志刚 《水产学报》2014,38(6):794-802
为了探讨在氮饥饿对缺刻缘绿藻花生四烯酸(ArA)合成与积累的影响,通过cDNA末端快速扩增(RACE)和设计简并引物进行反转录(RT)-PCR扩增,克隆了编码该藻异质型乙酰辅酶A羧化酶(ACCase)的2个生物素羧基载体蛋白(BCCP)的基因序列。其中MiBCCP1基因的cDNA序列长1 267 bp,包含的5'-非翻译区(UTR)长44 bp,3'-UTR长524 bp,开放阅读框(ORF)长699 bp,编码232个氨基酸并含有45个氨基酸序列的叶绿体定位信号肽;预测成熟蛋白分子量约为20 ku。MiBCCP2基因的ORF长789 bp,编码263个氨基酸并含有49个氨基酸的叶绿体定位信号肽,推测成熟蛋白分子量约为22 ku,但其羧基端缺乏生物素酰基化位点。邻接法(NJ)构建的聚类图显示它们分属于2个不同的分支(靴带值为100)。采用半定量反转录(RT)-PCR技术分析这2个基因的表达量,结果显示,在氮饥饿光照培养条件下,它们的相对转录量都先短暂升高然后持续下调,从而表明缺刻缘绿藻脂肪酸的从头合成能力有下降的趋势。结合该藻的ArA含量在该培养条件下明显增加的结果,推测胞质中同质型ACCase对缺刻缘绿藻ArA合成与积累起着更重要的作用。  相似文献   

10.
为研究精子鞭毛蛋白1(Spef1)在精子鞭毛结构的形成与组装中的生物学意义及功能,本研究采用RACE技术和荧光定量PCR技术对曼氏无针乌贼Spef1(简称Sj Spef1)基因cD NA全长进行克隆和组织表达特异性分析。结果显示,SjS pef1 cD NA全长序列共1 135 bp,5′和3′非编码区分别为178 bp和165 bp,预测的开放阅读框(ORF)全长792 bp。编码的蛋白理论分子量为30.567 7 ku,等电点7.03,是一种亲水性蛋白。不存在跨膜区以及信号肽序列,是在细胞内发挥作用的蛋白。二级结构分析发现该蛋白含有丰富的螺旋结构(49%)。氨基酸同源建模显示其蛋白的CH2结构域主要由4个螺旋结构组成,并由多个loop结构串联而成。同源氨基酸序列比对发现,它与加州双斑蛸的相似性最高且仅为59.49%,表明Spef1在进化中并不保守。基于Spef1氨基酸序列构建的系统进化分析表明,曼氏无针乌贼和加州双斑蛸进化关系最近。组织特异性分析表明Spef1在曼氏无针乌贼的精巢中有显著表达。Spef1基因的成功克隆以及组织表达特异性分析对于深入研究其细胞定位以及生物学功能具有重要意义。  相似文献   

11.
分泌蛋白是在细胞内合成后分泌到细胞外起作用的蛋白质,其在许多原生动物寄生虫操纵宿主细胞和影响虫体的毒力中起着重要作用。虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)是一种可感染多种经济虾类的专性细胞内寄生虫,是近年来影响全球对虾养殖生产较严重的病害之一。本研究利用真核生物分泌蛋白预测流程EuSecPred2.0对EHP全基因组的分泌蛋白进行预测,并对分泌蛋白长度、信号肽长度、切割位点处氨基酸分布等信息进行分析,对分泌蛋白功能进行分析。结果显示,分泌蛋白氨基酸长度主要集中在30~400 aa之间;信号肽长度集中在9~32 aa之间;信号肽切割位点处以疏水性氨基酸为主。对信号肽进行基序分析,发现存在基序NV[VT][IK]CA[ED][SA]。对所获蛋白质进行功能注释,发现了多种与微孢子虫黏附侵染、调节细胞周期和免疫反应等相关的关键蛋白。研究结果有助于了解EHP对宿主的侵染机制,同时为进一步明确EHP的致病相关因子提供理论依据。  相似文献   

12.
Cardiomyopathy syndrome (CMS) in Atlantic salmon, Salmo salar L., is a severe cardiac disease characterized by a necrotizing myocarditis involving the atrium and the spongious part of the ventricle. The disease is caused by piscine myocarditis virus (PMCV), a double‐stranded RNA virus likely belonging to the family Totiviridae. The objective of this study was to evaluate the genetic variation in Norwegian PMCV isolates focusing on the putative structural proteins encoded by open reading frames (ORFs) 1 and 3. The virus isolates were sampled from a total of 36 farms along the Norwegian coastline. This study represents the first investigation of PMCV genome variation and shows that Norwegian isolates are highly similar, with the most divergent isolates sharing 98.6% nucleotide identity. Interestingly, amino acid sequence diversity within ORF3 is approximately threefold higher than for ORF1. While phylogenetic analysis based on concatenated nucleotide data covering ORF1 and ORF3 revealed four main clusters, the maximum sequence variation of 1.4% at the nucleotide level suggests that all Norwegian isolates belong to a single genogroup. Substantial sequence variation within farms was also observed, which may complicate future molecular epidemiological investigations. The genetic homogeneity among the Norwegian isolates might facilitate development of both diagnostic tools and an efficient vaccine against CMS in the future.  相似文献   

13.
The white spot syndrome virus (WSSV) is a pathogen of great concern to the worldwide shrimp culture. In comparative studies on the WSSV genome, regions such as the open reading frame (ORF) 14–15 and ORF 23–24, prone to deletions and recombination, had been useful to study the evolutive relationships among viral strains. When looking for the WSSV strains infecting Litopenaeus vannamei (Boone) in northwest Mexico, we found evidence of a genetic similarity in ORF 14–15 to a strain from India and a recombination involving ORFs 78, 79 and 80. Two genotypes were found involving the insertion of a 265 base‐pair segment of ORF 108 into ORF 78 with inversions and deletions within ORFs 78, 79 and 80. The WSSV has an Asian origin and the mutations found could be an adaptation strategy to infect L. vannamei and other crustacean species of the American continent.  相似文献   

14.
鲤疱疹病毒Ⅱ型主要免疫原性蛋白的鉴定   总被引:1,自引:0,他引:1  
高娃  温虹  王浩  陆佳荃  吕利群  姜有声 《水产学报》2020,44(9):1441-1447
为了鉴定CyHV-2的主要免疫原性蛋白,本研究用分离的CyHV-2-YC-1分离株(下简称CyHV-2)感染异育银鲫尾鳍细胞系(GiCF),用蔗糖密度梯度超速离心法对细胞感染液中的CyHV-2进行纯化,纯化后的CyHV-2病毒免疫小鼠制备抗CyHV-2多克隆抗体。纯化的病毒颗粒经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和考马斯亮蓝染色后,用抗CyHV-2多克隆抗体进行Western blotting分析和质谱鉴定。结果显示,透射电镜下观察发现50%~66%的蔗糖梯度多见完整囊膜包裹的CyHV-2病毒颗粒,也有少量囊膜破损的病毒颗粒。Western blotting结果显示,抗CyHV-2多克隆抗体与多种病毒蛋白具有特异性免疫反应,质谱鉴定显示,其中8种主要免疫原性蛋白分别是ORF92、ORF115、ORF25、ORF57、ORF66、ORF72、ORF131和ORF132。研究表明,通过蔗糖密度梯度超速离心法提纯CyHV-2病毒颗粒后,本研究制备的抗CyHV-2多克隆抗体能够特异性识别CyHV-2病毒的主要免疫原性蛋白。本研究将为CyHV-2免疫学检测方法的建立以及疫苗的研制提供更多的候选抗原。  相似文献   

15.
为研究白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)在中国不同地区的分子流行病学变异特征,对2014年1-8月期间在病害暴发区采集到的48份PCR检测阳性样本,用ORF75、ORF94和ORF125引物扩增目的片段,连接转化已克隆目的片段,测序分析不同样本ORF75、ORF94和ORF125重复序列数目的差异.结果显示,不同地区毒株ORF75的重复单元数目有4、10、11、12、13不等,ORF94的重复单元数目有4和14,而ORF125的重复单元数目有0、3、5、6、7不等.结果表明,流行在中国大部分地区的WSSV存在一定程度变异,毒株间的变异在ORF75、ORF94和ORF125上比较明显.  相似文献   

16.
White spot syndrome virus (WSSV) is the most important pathogen in shrimp farming systems worldwide including the Mekong Delta, Vietnam. The genome of WSSV is characterized by the presence of two major ‘indel regions’ found at ORF14/15 and ORF23/24 (WSSV‐Thailand) and three regions with variable number tandem repeats (VNTR) located in ORF75, ORF94 and ORF125. In the current study, we investigated whether or not the number of repeat units in the VNTRs correlates with virus outbreak status and/or shrimp farming practice. We analysed 662 WSSV samples from individual WSSV‐infected Penaeus monodon shrimp from 104 ponds collected from two important shrimp farming regions of the Mekong Delta: Ca Mau and Bac Lieu. Using this large data set and statistical analysis, we found that for ORF94 and ORF125, the mean number of repeat units (RUs) in VNTRs was significantly lower in disease outbreak ponds than in non‐outbreak ponds. Although a higher mean RU number was observed in the improved‐extensive system than in the rice‐shrimp or semi‐intensive systems, these differences were not significant. VNTR sequences are thus not only useful markers for studying WSSV genotypes and populations, but specific VNTR variants also correlate with disease outbreaks in shrimp farming systems.  相似文献   

17.
鲤疱疹病毒3型T分离株主要免疫原性蛋白的鉴定   总被引:1,自引:0,他引:1  
为了鉴定鲤疱疹病毒3型(Cyprinid Herpesvirus 3,CyHV-3)主要免疫原性蛋白,研究采用CyHV-3-T分离株感染CCB细胞系,运用蔗糖密度梯度超速离心方法对CyHV-3进行纯化,纯化的病毒颗粒经SDSPAGE和考马斯亮蓝染色后,用锦鲤(Cyprinus carpio haematopterus)抗CyHV-3阳性血清进行Western blotting分析和液相色谱串联质谱鉴定。结果表明,透射电镜下可观察到大量完整囊膜包裹或只有裸露核衣壳的CyHV-3颗粒,Western blotting结果显示抗CyHV-3阳性血清与多种病毒蛋白具有明显特异性免疫反应,质谱鉴定表明其中4种免疫原性蛋白分别为ORF92、ORF66、ORF72和ORF81,其中ORF66和ORF72为首次鉴定的具有免疫原性衣壳蛋白。本研究将为CyHV-3血清学诊断方法的建立、亚单位疫苗或DNA疫苗的研制提供更多候选抗原。  相似文献   

18.
White spot syndrome virus (WSSV)‐infected shrimp samples collected from grow‐out ponds located at Nellore, Andhra Pradesh, India, showed WSSV negative and positive by PCR using primer sets specific to ORF119 and VP28 gene of WSSV, respectively. This indicated the deletion of genetic fragments in the genome of WSSV. The WSSV isolate along with lab strain of WSSV was subjected to next‐generation sequencing. The sequence analysis revealed a deletion of 13,170 bp at five positions in the genome of WSSV‐NS (new strain) relative to WSSV‐TH and WSSV‐LS (lab strain). The PCR analysis using the ORF's specific primer sets revealed the complete deletion of 10 ORFs in the genome of WSSV‐NS strain. The primer set was designed based on sequence covering ORF161/162/163 to amplify a product of 2,748 bp for WSSV‐LS and 402 bp for WSSV‐NS. Our surveillance programme carried out since 2002 revealed the replacement of WSSV‐LS by WSSV‐NS in Indian shrimp culture system.  相似文献   

19.
利用RACE技术从日本沼虾肝胰腺中克隆了cytMnSOD和mtMnSOD基因cDNA全长序列。cytMnSOD基因cDNA全长1 233 bp,开放阅读框为858 bp,编码286个氨基酸,N端含有60个氨基酸残基组成的延伸区;mtMnSOD基因cDNA全长1 113 bp,开放阅读框为654 bp,编码218个氨基酸,N端含有20个氨基酸残基组成的信号肽;cytMnSOD和mtMnSOD预测蛋白分子量及等电点分别为31.33、24.05 ku和5.62、7.12。日本沼虾cytMnSOD推导的氨基酸序列与其mtMnSOD的相似性为40%,二者均含有MnSOD的特征肽段(DVWEHAYY)、4个Mn2+结合位点和2个N-糖基化位点。Real-time PCR结果表明,cytMnSOD和mtMnSOD在日本沼虾肝胰腺、肌肉、血细胞、大颚器官、卵巢和鳃等组织均有表达,其中肝胰腺表达量最高;肝胰腺cytMnSOD和mtMnSOD基因的表达量在蜕皮间期最高,蜕皮后期和蜕皮前期较低。嗜水气单胞菌刺激后3 h,肝胰腺cytMnSOD和mtMnSOD的表达量显著增加,推测MnSOD是参与机体免疫防御反应的一种重要分子。  相似文献   

20.
本研究基于转录组学的分析结果,克隆分析了银鲳(Pampus argenteus)二肽酶(dehydropeptidase, dp1)、羧肽酶A (carboxypeptidases, cpa2l)和磺基转移酶(sulfotransferase, sult2) 3个营养代谢相关基因,并探讨了其在消化吸收水母(Scyphozoa)过程中发挥的功能。通过RACE技术克隆获得了银鲳dp1、cpa2l和sult2基因的cDNA全长序列。dp1基因全长2 522 bp,包含1个1 272 bp的开放阅读框(ORF),含有1个由23个氨基酸组成的信号蛋白肽和1个典型的酰胺水解酶超家族的结构域。cpa2l基因全长1 421 bp,ORF长1 260 bp,含有1个由16个氨基酸组成的信号蛋白肽和1个典型的M14金属羧肽酶家族的结构域。sult2基因全长1 834 bp,ORF长714 bp,含有1个典型的磺基转移酶家族的结构域。银鲳Dp1、Cpa2l和Sult2与蓝鳍金枪鱼(Thunnus maccoyii)同源性最高,系统进化树结果也显示,银鲳dp1、cpa2l和sult2与蓝鳍金枪鱼对应基因聚在一个分支上,亲缘关系最近。运用实时荧光定量PCR (RT-qPCR)检测了dp1、cpa2l和sult2基因在不同组织中的表达水平及摄食水母对3个基因不同组织中表达规律的影响。结果显示,银鲳dp1基因在肝脏中表达量最高(P<0.05),与未摄食水母组相比,dp1基因在摄食水母组的脑和鳃中表达量均极显著增加(P<0.01),在中肠和肾脏中显著增加(P<0.05),而在肌肉中显著下降(P<0.05)。cpa2l基因在未摄食水母组的中肠中表达量最高,而在摄食水母组的肾脏中表达量最高(P<0.05),与未摄食水母组相比,摄食水母组cpa2l基因在肝脏中的表达量极显著增加(P<0.01),而在中肠和肌肉中却极显著下降(P<0.01)。sult2基因在肝脏中表达量最高(P<0.05),与未摄食水母组相比,sult2基因在摄食水母组的中肠、脑、鳃、肝脏和肾脏中表达量显著增加(P<0.05)。研究表明,dp1、cpa2l和sult2基因在银鲳摄食水母后机体营养物质的消化吸收和代谢过程中起重要的调节作用,基于摄食水母后3个基因组织表达模式的比较分析,推测dp1主要参与调控消化吸收和组织中营养素沉积的过程,cpa2l主要参与调控肝脏中营养代谢的过程,而sult2可能在整个消化吸收和代谢过程中均起到重要的调控作用。  相似文献   

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