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1.
利用分子标记技术选择柚类核心种质资源 总被引：23，自引：0，他引：23
根据678个SSR和AFLP分子标记聚类结果,对110份柚类资源采用逐级压缩法选择核心种质,比较了样本数不同的8个核心样本群的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数等参数,最终选择了25个样本组成的样本群作为核心种质。用简明统计软件(CS10.1)对初始种质和核心种质群体的观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数分别作t测验,可看出核心种质保留了初始种质22.73%的样品,多态性位点和多态性位点百分率保留率均达到了94.87%,观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数、Shannon’s信息指数的保留率分别为97.80%、99.86%、100.72%、101.16%,可见核心种质能很好的代表初始种质。 相似文献
2.
蟠桃种质SSR标记的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以38个蟠桃品种和9个其他类型桃品种为试材,利用24对位于桃参考图谱上8个连锁群的SSR引物进行了蟠桃种质资源遗传多样性研究。24对SSR引物共获得179个扩增位点,其中多态性位点171个,多态率达95.53%。蟠桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.242 5,平均Shannon信息指数(I)为0.379 8;南方蟠桃品种群多态性位点百分率为74.30%,Nei’s遗传多样性指数为0.203 8,Shannon信息指数为0.316 3;北方蟠桃品种群的遗传多样性相对较高,多态性位点百分率为91.06%,Nei’s遗传多样性为0.244 9,Shannon信息指数为0.382 4。群体间存在较小的基因分化系数(Gst=0.065 9),遗传变异有很大一部分是来自群体内,可能与其较大的基因流Nm=7.086 1有关。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.66～0.95,在相似系数为0.67时,所有南方品种聚于同一类群,北方品种除新疆蟠桃、黄肉蟠桃及香金蟠外也聚于同一类群,聚类结果支持蟠桃多起源假说。 相似文献
3.
利用ISSR分子标记构建南疆杏种质资源核心种质 总被引：1，自引：0，他引：1
《果树学报》2015,(3)
【目的】探讨分子水平构建南疆杏核心种质的方法,建立最适核心种质。【方法】以138份南疆杏种质资源为材料,根据SM、Jaccard和NeiLi遗传距离,采用UPGMA聚类法进行多次聚类,以随机取样策略为对照,利用位点优先取样策略研究核心种质构建的方法;采用丢失的等位基因数以及遗传多样性各指标进行t检验来确定最适构建方法;分别将核心种质与原种质和保留种质进行t检验和遗传多样性比较,以此来评价核心种质的代表性;并用主坐标轴分析法和表型性状对核心种质进行确认。【结果】位点优先取样策略优于随机取样策略;通过Jaccard遗传距离构建的核心种质要优于SM和NeiLi遗传距离;采用主坐标轴分析法和表型数据分析显示,利用位点优先取样策略和Jaccard遗传距离构建的核心种质能够较全面的代表原种质的遗传多样性;31份核心种质资源,保留了原种质22.46%的样品,多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数的保留率分别达到92.37%、97.62%、98.82%、102.52%、107.17%和106.36%。【结论】采用位点优先取样策略和Jaccard遗传距离进行多次聚类,是较适宜的构建南疆杏种质资源核心种质的方法,构建的31份核心种质能全面代表原种质的遗传多样性。 相似文献
4.
以不同地区的梨属6个野生种和1份西洋梨对照种质为试材,运用SRAP技术研究了梨属部分野生种的遗传多样性。结果表明:用14对SRAP引物共检测到位点199个,其中194个多态性位点,多态位点百分率(PPL)为97.29%,Nei’s基因多样性指数(H)为0.296 1,Shannon’s信息指数(I)为0.451 9,表明梨属野生种质具有较高的遗传多样性水平。种间遗传分化系数(Gst)为0.646 2,种间遗传一致度(GS)和遗传距离(GD)分别为0.512 6~0.920 1和0.083 2~0.668 3,其中河北梨、秋子梨和褐梨两两间的遗传距离均小于与其它种间的遗传距离,表明三者间亲缘关系密切;崂山梨与褐梨近缘,杜梨与褐梨近缘,而豆梨与国产其它物种的亲缘关系较远。主坐标分析与聚类分析结果相吻合,且所显示的种质间关系更加直观。 相似文献
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6.
以17个枸杞资源为试材,采用简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)技术,研究宁夏枸杞系列品种和其它枸杞种/品种及野生类型的遗传多样性和指纹图谱。结果表明:以15对SSR引物对17份枸杞种质扩增获得109个位点,其中91个多态性位点,多态性比例83.4%;17个种质平均多样性指数H为0.1943,Shannon信息指数I为0.3108;10个宁夏枸杞栽培品种的Nei’s多样性指数H为0.0962,Shannon信息指数I为0.1537;7个野生种质的Nei’s多样性指数H为0.2004,Shannon信息指数I为0.3130,说明非栽培枸杞的多样性比栽培品种的多样性更丰富。以其中4对引物构建了17个枸杞种质的DNA指纹图谱。该研究结果为枸杞品种鉴定、遗传图谱构建等奠定了技术基础。 相似文献
7.
【目的】研究江西省内野生毛花猕猴桃雄性种质的多样性。【方法】对江西省野生毛花猕猴桃雄性种质资源开展调查和收集,分析花器表型性状变异和SSR遗传多样性。【结果】供试68份毛花猕猴桃雄性种质的雄花花器在表型性状和DNA分子水平上均存在明显的变异和较丰富的遗传多样性,表型性状平均变异系数为29.19%,其中变异幅度最大的为花粉量(53.41%),最小的为花冠直径(15.47%)。通过表型聚类分析,可将该68份种质资源分为两大类群,类群A可分为2个亚类,大部分样品聚为第1亚类,主要表现为花梗较短,花冠较大,花粉活力较高,花冠颜色为粉红;第2亚类总体表现为花梗较长,花冠较小,花粉活力中等。类群B仅有2份样品,其特征为花冠大、雄蕊数多和高花粉量,在DNA分子水平上,筛选到的15对SSR有效引物共扩增出87个等位位点,均为多态性位点。Shannon’s信息指数为1.04,多态信息含量为46.48%。UPGMA聚类分析可将供试种质材料分为3类。2种聚类结果相似,Mantel分析中表型性状与分子标记结果呈显著相关(r=-0.79,p0.05),SSR分子标记在一定程度上反映了不同毛花猕猴桃雄性种质表型性状的变异情况。【结论】68份野生毛花猕猴桃雄性种质表现出较丰富的遗传多样性。其中花粉量、单花雄蕊数、花粉活力、花瓣颜色、花丝颜色、花梗长度是造成表型性状差异的主要因素。SSR分子标记分析与毛花猕猴桃花器表型聚类结果具有显著相关性,毛花猕猴桃雄花的多种表型性状是环境和基因共同作用的结果。 相似文献
8.
应用cpSSR和EST-SSR标记进行柑橘特异种质资源遗传背景研究 总被引：7，自引：1，他引：6
将叶绿体SSR 和EST-SSR 标记用于揭示柑橘及其近缘属的系统发育关系,并阐明保存在重庆国家果树种质柑橘圃内一些特异种质资源的遗传背景。其中50 份材料和44 份材料分别用cpSSR 和EST-SSR 分析。22 对cpSSR 引物产生146 个多态性条带,平均检测到6.64 个多态性条带,平均Shannon’s多样性指数为0.32;18 对EST-SSR 引物产生240 个多态性条带,平均检测到 13.3 个多态性条带,平均多态信息含量（PIC）为0.73,平均期望杂合度为0.78。根据cpSSR 和EST-SSR 分析,结合形态学证据,阐明一些特异柑橘种质资源的遗传背景,同时证明莽山野橘、元橘、宜昌橙有较近的亲缘关系。 相似文献
9.
野生毛花猕猴桃果实表型性状及SSR遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
以江西省武功山境内的70份野生毛花猕猴桃种质资源为试材,对其果实表型性状、SSR遗传多样性及其亲缘关系进行分析和评价。根据UPOV（国际植物新品种保护联盟）公布的猕猴桃属品种测定标准对供试材料的果实表型性状进行观测。参照猕猴桃遗传连锁图谱,选用分布于中华猕猴桃基因组中的70对SSR引物对供试材料进行多态性分析。结果表明,在70对引物中,21对引物成功扩增出多态性片段。随机采集的70份野生毛花猕猴桃种质资源中,其果实表型性状和DNA分子水平均存在丰富的遗传多样性。基于UPGMA聚类分析将供试的野生毛花猕猴桃资源分为果实圆形和椭圆形混合组、果实椭圆形组以及果实圆柱形组。21对多态性高的SSR引物共检测出127个等位变异位点,变异范围在2 ~ 12之间,平均每对SSR引物可检测到6.04个等位位点。遗传相似系数（GS）变异范围为0.5306 ~ 0.9252。GS值在0.65水平上UPGMA聚类分析可将供试的野生毛花猕猴桃种质资源划分成Ⅰ、Ⅱ和 Ⅲ 共3个组,这与果实表型性状分析的结果基本一致。这些遗传变异丰富的种质资源可为猕猴桃育种提供有价值的材料。 相似文献
10.
以95份野生香菇(Lentinula edodes)种质和1份栽培种质为材料,在利用相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)标记开展遗传多样性分析的基础上,采用属性约简启发式算法和逐步聚类位点优先取样法分别构建核心种质。两种方法分别得到35份(Core 1)和29份(Core 2)种质,其核心种质保留比分别为36.5%和30.2%,位点保留比分别为100%和94.7%。基于有效等位基因数,Nei’s基因多样性指数,香农信息指数等四个参数对两组核心种质进行t测验,结果显示两组核心样本均能很好的代表原始种质的遗传多样性,但Core1具有更高的位点保留比例且地理来源更加广泛,确定为代表96个原始菌株的核心种质库。 相似文献
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红肉猕猴桃种质资源果实性状及AFLP 遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
对中国红肉猕猴桃种质资源进行收集和调查,并对其进行果实性状变异分析和AFLP 遗传多
样性及遗传关系分析。结果表明,红肉猕猴桃野生资源主要分布于湖南省、湖北省、河南省、江西省、
四川省和陕西省等地,共采集到52 份野生资源和2 份品种资源（包括软枣猕猴桃红肉类型、中华猕猴桃
红肉类型和美味猕猴桃红肉类型）。红肉猕猴桃种质资源在果实性状和DNA 分子水平上都存在丰富的变
异和较高的遗传多样性水平,4 对AFLP 引物共扩增出259 个多态性位点,多态性位点百分率为90.56%,
Nei’s 基因多样性和Shannon’s 信息指数分别为0.318 和0.477;资源间遗传相似性系数介于0.568 ~ 0.883
之间,平均为0.714。聚类分析和主坐标分析将54 份资源划分为4 个组,软枣猕猴桃红肉类型单独聚为
一类;中华猕猴桃和美味猕猴桃红肉类型亲缘关系较近且有按地理来源优先聚类的趋势。果实性状数据
和AFLP 数据之间具有极显著的相关性,二者可结合用于红肉猕猴桃资源评价和保护利用工作中。 相似文献
13.
As the origin center of apricots, China has the richest apricot germplasm resources. The establishment of core collections is very important for a better evaluation and utilization of apricot germplasm. In this study, 1501 apricot accessions from the initial collections in China were used to sample and establish a primary core collection. Data of 18 traits including both quantitative and qualitative were collected and used to design sampling strategy. The overall sampling strategy includes principles for grouping, sampling proportion within group and sampling method from each group. Three sampling proportions 5%, 10% and 15% were used in the study. Our results suggest that 10% was the best entire sampling ratio for primary core collection of apricots. With 10% entire sampling ratio, the optimal sampling strategy was to group samples based on their growing regions, in combination with logarithmic sampling proportion within each group. Using this sampling strategy, we have established a primary core collection with 150 accessions, and the primary core collection can well represent the genetic diversities of the entire collection. The genetic diversity of the apricot primary core collection was further analyzed using Simple Sequence Repeats (SSRs) molecular marker technique. A total of 22 polymorphic specific primers were developed and 196 alleles were detected. The average number of alleles in each locus was 8.9, suggesting that there were very rich genetic variances among the prime core collection. This also confirms that our primary core collection is a good representation of the genetic diversities of the whole collections at DNA level. 相似文献
14.
利用SRAP和EST-SSR分析香椿资源的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SRAP和EST-SSR标记技术对中国9省10个香椿居群的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,试图为香椿种质资源的保护和开发利用奠定基础。结果表明,33对SRAP标记共扩增出167个多态性位点,平均每对引物产生5.06个多态性位点;45对EST-SSR引物共检测到221个多态性位点,平均每对引物检测到4.9个多态位点;所选香椿居群的等位基因数和期望杂合度（EST-SSR,Na = 2.3506,He = 0.4632）及Shannon’s信息指数（SRAP,I = 0.6140;EST-SSR,I = 0.6752）较高,表明中国香椿资源具有较高的遗传多样性;居群间的遗传分化系数（SRAP,Gst = 0.3124;EST-SSR,Fst = 0.2462）表明所研究的香椿资源分化程度较高;聚类结果显示,10个香椿居群可分成3类,其中衡水、泰安和太和居群为一类,成都、昆明、武汉和汝阳居群为一类,德州和泉州居群聚为一类,南京居群的结果因两类引物略有不同;香椿居群间的遗传距离与实际的地理距离相关性不显著。 相似文献
15.
利用40 个EST-SSR 标记,对100 份甘蓝自交系组成的自然群体进行遗传结构分析,采用TASSEL3.0 软件的GLM（general linear model）和MLM（mixed linear model）模型,对甘蓝中心柱长和中心柱长/球高比值性状进行关联分析。结果显示供试材料可分为3 个亚群;EST-SSR 位点间有较高的多态性和一定程度的连锁不平衡;以GLM 模型分析,共检测出5 个标记的7 个位点与中心柱长性状相关联,2 个标记的3 个位点与中心柱长/球高性状相关联,其中2 个位点同时与两个性状相关联;以MLM 模型分析,共检测出3 个标记的4 个位点与中心柱长性状相关联,1 个标记的2 个位点与中心柱长/球高性状相关联,其中2 个位点同时与两个性状相关联。GLM 和MLM 两种模型同时检测到了与中心柱长/球高相关联的1 个标记的2 个位点以及与中心柱长相关联的3 个标记的4 个位点。 相似文献
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利用开发的11对EST-SSR引物分析了33份猕猴桃种质资源的遗传多样性及其遗传关系。结果表明,11对EST-SSR引物在所有供试材料中均可扩增出清晰条带,其中有8对引物呈现多态性,多态性扩增率为72.7%,对33份种质材料的区分率达100%。8对多态性引物共检测到61个等位基因,每对引物可检测到的等位基因数为2-17,平均为7.6个。利用NTSYS-pc软件,以不加权成对算术平均法(UPGMA)对扩增结果进行聚类,谱系图显示,33份种质材料之间的相似系数在0.60～0.97,表明猕猴桃种质之间遗传关系相对来说不是很远。在相似系数0.73的水平上可将供试猕猴桃材料分为7个类群,其结果与传统的形态分类大体一致。从分子角度揭示了猕猴桃种质资源的遗传多态性及其遗传关系。可为猕猴桃种质改良提供理论依据。EST-SSR是非常有效和可靠的分子标记,可为猕猴桃分子育种及遗传连锁图构建奠定基础。 相似文献