苹果属植物种质多样性的SLAF-seq分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

高源  王大江  王昆  丛佩华  李连文  朴继成 《园艺学报》2020,47(10):1869-1882

利用简化基因组测序技术—特异性位点扩增片段测序技术（Specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq）对509份苹果属植物种质进行测序,获得586 454个SLAF标签,其中多态性SLAF标签463 612个;经过序列比对,根据完整度 > 0.94、次要等位基因频率（MAF）> 0.05,过滤筛选得到46 460个多态性单核苷酸（SNP）位点;基于这些SNP位点构建苹果属植物不同种的系统发生树并分析主成分。结果表明,通过SLAF-seq技术能够在全基因组范围内快速开发高通量的SNP标记,并直接用于苹果属植物种质资源遗传多样性研究中。34种509份苹果属植物的多样性水平较高（He = 0.318,I = 0.488,Ae = 1.520）,在多于1份试材的种群中,变叶海棠的遗传多样性水平最高,中国苹果的遗传多样性水平最低。综合聚类分析和主成分分析结果表明,供试苹果属植物分为5个基本的类群,Ⅰ山荆子类群,Ⅱ苹果属植物野生种类群,Ⅲ苹果栽培品种类群,Ⅳ以中国苹果、八棱海棠、花红、楸子和海棠花为主的类群,Ⅴ新疆野苹果类群。野生种丽江山荆子、山楂海棠、陇东海棠、变叶海棠、花叶海棠、滇池海棠和沧江海棠聚类比较紧密,栽培种之间的亲缘关系相对较近,栽培品种与东方苹果和森林苹果等野生种聚在一起,新疆野苹果与中国原产苹果属栽培种的亲缘与起源演化关系有待于进一步考究。  相似文献   

用AFLP分析小金海棠的起源   总被引：1，自引：0，他引：1  

石胜友  成明昊  胡玉林  郭启高  梁国鲁  周志钦 《园艺学报》2008,35(2):281-284

对小金海棠、变叶海棠居群内分化出的似小金海棠的植株、变叶海棠×陇东海棠（似小金海棠）、陇东海棠、变叶海棠进行了AFLP分析。结果表明：小金海棠、变叶海棠居群内分化出的似小金海棠的植株和变叶海棠×陇东海棠（似小金海棠）具有高度的遗传一致性,相似性系数为0.977～0.986;小金海棠与陇东海棠和变叶海棠之间有相近的亲缘关系,小金海棠的谱带有98.08%是来自于变叶海棠和陇东海棠的叠加。该研究表明小金海棠是变叶海棠物种分化及陇东海棠种质渗入所形成的多倍体杂种。  相似文献   

变叶海棠种群多样性的形成与分化研究   总被引：9，自引：2，他引：9  

邓洪平  成明昊  周志钦  李晓林 《园艺学报》2002,29(2):95-99

 采用杂种指数和形象化散点图法, 探明了变叶海棠以兼性无融合生殖方式与陇东海棠和花叶海棠产生渗入杂交变异, 又以无融合生殖方式保持新产生变异的遗传, 经过数千万年的世代繁衍,形成现今这样极其复杂多样的渗入杂交群体, 该群体为3 个种的杂交复合体。由于杂种的全部或部分能育子代中发生的基因重组和增加基因的突变, 丰富了物种的基因库, 从而深入的揭示了变叶海棠具有多种高抗性的遗传机理。在变叶海棠居群内保护或栽植适量的陇东海棠和花叶海棠, 对于保持和促进变叶海棠多样性的形成与分化具有重要意义。  相似文献   

基于细胞核ITS序列的变叶海棠起源新证据     

唐建民  周志钦  冯婷婷  成明昊 《果树学报》2009,26(3)

在利用ITS序列初步证明苹果属植物变叶海棠(Malus toringoides Hughes.)杂种起源的基础上,对其3个自然居群(马尔康雅尔珠林场、柯河和下阿坝)47个样品(其中18个新样品)的核糖体DNA的ITS区进行了进一步测序分析。以窄叶海棠(M.angustifolia Michx.)、草原海棠(M.ioensis Britt.)和台湾林檎(M.doumeri Chev.)作为外类群,结合已报道的变叶海棠的ITS序列,对变叶海棠及其假定亲本的种间特异位点和系统进化关系进行了分析,并用软件RDP3beta27对变叶海棠的ITS序列进行了重组检测。结果表明,变叶海棠居群有3种ITS拷贝变异类型:1)与陇东海棠(M.kansuensis Schneid.)相似的ITS拷贝;2)与花叶海棠(M.transitoria Schneid.)相似的ITS拷贝;3)杂合的ITS拷贝。在ITS基因树上3类ITS拷贝分别与2个推测亲本单独聚在一支(自展值分别为100%和92%);杂合的ITS拷贝虽与花叶海棠聚在同一大支(B),但杂合的ITS拷贝在B支内形成具有94%自展值支持的次级分支。重组检测支持杂合ITS拷贝是假定亲本ITS重组进化的产物。上述结果为变叶海棠的杂种起源提供了进一步的分子证据。  相似文献   

世界苹果属植物的起源演化研究新进展   总被引：6，自引：2，他引：4  

李育农 《果树学报》1999,(Z1)

引用了瓦维诺夫Ｎ．Ｉ．Ｖａｖｉｌｏｖ,兰格菲尔德Ｖ．Ｔ．Ｌａｎｇｅｎｆｅｌｄ,斯泰司Ｃ．Ａ．Ｓｔａｃｅ 及俞德浚等关于苹果属等植物种、属起源和演化的学说,结合作者对世界苹果属植物今昔的自然分布和分类的研究工作,论证了世界苹果属植物的起源演化的中心位于中国的西南四川、云南、贵州三省。但不是苹果属的祖先种皆起源于该地或亚洲东南的亚热带地区,有不少种是直接起源于今天的北温带—它们过去在第三纪曾经有过亚热带气候。作者认为兰格菲尔德所作关于苹果属植物起源演化的系统发育树图谱中的六个分枝,都是指的次生遗传基因中心,而苹果属植物的初生遗传多样化中心是与其近缘的花揪属、梨属和山楂属相融合的。由于苹果属现代大多数的种都集中在中国西南云、贵、川三省,其中含有古老的多胜海棠等种类,因此将该地区视为苹果属的初生基因中心,是符合Ｃ．Ａ．Ｓｔａｃｅ 和Ｖ．Ｔ．Ｌａｎｇｅｎｆｅｌｄ 关于属的起源中心定位学说的,但苹果属古代的起源中心位置是否与现代起源中心位置相符,值得再行研究  相似文献   

栽培苹果起源研究进展   总被引：2，自引：0，他引：2  

冯婷婷  周志钦 《果树学报》2007,24(2):199-203

苹果是一种重要的温带落叶果树。研究栽培苹果的起源及其与苹果属植物野生种之间的进化关系,对未来的苹果育种及种质资源的保护和利用都具有重要的理论和实用价值。关于栽培苹果起源问题,现主要有2种观点:一种认为栽培苹果是由塞威士苹果直接栽培驯化而来,另一种观点认为塞威士苹果与其他苹果属植物野生种之间的杂交产生了现今的栽培苹果。综合有关文献,深入分析这2种观点,概述了近年来有关栽培苹果起源研究方面相关的实验证据,包括细胞学、孢粉学、分子标记以及DNA序列分析等方面的研究进展。提出了今后应当研究解决的关键问题。  相似文献   

新疆野苹果资源遗传多样性SSR分析   总被引：4，自引：0，他引：4  

秦伟  沙红  刘立强  廖康  耿文娟  王云 《果树学报》2012,(2):161-165

采用SSR标记技术对新疆野苹果7个天然居群180份样品进行了遗传多样性分析,旨在为新疆苹果的杂交育种及优良品种/品系的选育提供理论依据。13对SSR引物共扩增出119条多态性条带,各居群内的多态性位点比率为79.84%~92.25%;居群水平上新疆野苹果的遗传多样性变化趋势基本一致,其中新源居群的有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性(H)和Shannon信息指数(I)在7个居群中最大;种级水平上的Shannon信息指数(I)为0.551 6,居群内为0.468 9;新疆野苹果居群的变异主要存在于居群内部,居群间和居群内遗传多样性分别为15%和85%,说明新疆野苹果居群的变异主要存在于居群内部。  相似文献   

变叶海棠物种复合体的分类界定和遗传分化初探     

唐亮  李菊  谭飔  马香  周志钦 《园艺学报》2014,41(5):957-960

 在根据系统发育分析探明变叶海棠物种复合体6 个类群遗传来源的基础上,使用单拷贝核 基因SbeⅠ 进一步研究其分类界定和居群遗传分化。结果表明,SbeⅠ 基因的最大似然树由3 个大的进化枝 构成,物种界定分析将这3 个进化枝界定为3 个物种,但是变叶海棠物种复合体中的类群除花叶海棠外, 均不能被界定为物种。基于遗传距离和固定指数的遗传分化研究支持分类界定的结果。同一进化枝类群内 和类群间的遗传距离在分布范围上完全重叠（0 ~ 0.006）,并且小于不同进化枝类群间的遗传距离（0.008 ~ 0.016）。固定指数分析与遗传距离计算结果一致,表明同一进化枝中的类群彼此遗传分化很小,不支持将 其界定为物种。根据分类界定和遗传分化研究结果以及复合体类群的遗传来源,建议把多毛海棠作为变 叶海棠的变型处理,将马尔康海棠和小金海棠作为复合体的单个无融合生殖种处理。  相似文献   

基于SSR 标记的四川野生中国樱桃遗传多样性和居群遗传结构分析   总被引：9，自引：0，他引：9  

陈娇  王小蓉  汤浩茹  陈涛  黄晓姣  梁勤彪 《园艺学报》2013,40(2):333-340

 采用SSR 分子标记技术对四川野生中国樱桃5 个居群共133 株的遗传多样性水平及居群的 遗传结构进行了研究。结果显示：10 对SSR 引物共检测到78 个等位基因,平均每位点等位基因7.8 个。 Nei’s 基因多样性指数（H）为0.6112 ~ 0.6689,Shannon’s 信息指数（I）为1.1984 ~ 1.3786。基于分子方 差分析（AMOVA）,92.53%的变异来自居群内,7.47%的遗传变异来自于居群间。居群间遗传距离（GD < 0.2416）、遗传一致度（GI > 0.7854）、遗传分化指数（Fst = 0.0844）以及较强的基因流（Nm = 2.7125）均 表明居群间的遗传分化水平较低,居群内存在显著近交现象（Fis = 0.3986）,且居群在大多数位点上偏离 Hardy-Weinberg 平衡。基于上述结果,分析讨论了居群较高遗传多样性和居群间较低遗传分化形成的可能 原因,并提出野生中国樱桃的保护利用策略。  相似文献   

珙桐遗传多样性的AFLP 分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

李雪萍  李在留  贺春玲  朱文琰  高水平 《园艺学报》2012,39(5):992-998

 采用7对AFLP引物对中国珍稀濒危植物珙桐（Davidia involucrata Baill.）的6个天然居群和2个人工居群的229份材料进行扩增,共检测到100 ~ 500 bp的位点506个,其中多态性位点488个,多态性位点百分率96.44%;各居群多态位点百分率为52.77% ~ 79.25%,平均为67.00%。在物种水平上,珙桐的Nei’s基因多样性H_s = 0.3429,Shannon’s遗传多样性信息指数I = 0.5107。而居群水平上,各居群的Nei’s基因多样性介于0.2229 ~ 0.3389,各居群的平均Nei’s基因多样性H_s = 0.2748,各居群Shannon’s遗传多样性信息指数（I）介于0.3219 ~ 0.4877,平均Shannon’s遗传多样性信息指数I = 0.3995。居群间基因间分化度（G_st）为21.60%,基因流N_m为1.8。说明珙桐的遗传多样性较高,这8个居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。在珙桐与其变种光叶珙桐之间未找到差异标记。  相似文献   

新疆野苹果研究进展   总被引：12，自引：0，他引：12  

张艳敏  冯涛  张春雨  何天明  张小燕  刘遵春  王艳玲  束怀瑞  陈学森 《园艺学报》2009,36(3):447-450

 新疆野苹果[Malus sieversii (Lebed.) Roem.]可能是栽培苹果（Malus domestica Borkh.）的祖先,主要分布在中亚地区的天山山脉,包括中国新疆伊犁的巩留、新源、霍城及裕民等,遗传多样性极为丰富。本文对新疆野苹果的发生、分类学地位、群体遗传结构、遗传多样性、生存现状及核心种质构建与新疆野苹果的保护保存等作一综述,旨在为新疆野苹果这一珍贵资源的科学保护与有效利用提供参考。  相似文献   

苹果属15个种的叶绿体DNA变异与遗传分化     

高源  王大江  王昆  丛佩华  李连文  朴继成 《果树学报》2021,(1):1-12

[目的]利用叶绿体基因(cpDNA)标记,对近十年间在我国苹果属植物的主要密集分布区收集的15种苹果属植物的叶绿体DNA进行序列变异分析,开展其遗传分化和遗传结构研究.[方法]利用4对叶绿体DNA引物扩增722份种质的4个非编码区trnH-psbA、trnS-trnG spacer+intron、trnT-5'trnL...  相似文献   

基于SSR标记的清凉峰地区三叶海棠遗传多样性研究   总被引：2，自引：0，他引：2  

孙萍  宗宇  刘晶  胡春云  滕元文 《果树学报》2013,(1):8-15

【目的】评价清凉峰地区三叶海棠的遗传多样性水平,为其保护提供理论依据。【方法】利用10对SSR引物,对清凉峰地区的36份三叶海棠样品进行了遗传多样性分析,并从中随机抽取6,9,12,15,18,27,34株大小不同的样本,组成7个群体进行遗传多样性特征比较。【结果】(1)10对引物在36份样品中的多态性等位基因数(Na)平均值为7.1(5.0~10.0),有效等位基因数(Ne)平均值为3.954(1.527～5.786),平均观察杂合度(Ho)为0.781(0.194～1.000),平均期望杂合度(He)为0.699(0.345～0.827),香农多样性指数(I)平均值为1.458(0.662～1.918);(2)采用UPGMA法构建的系统树中,很明显地将36份供试样品划分为两组,与用贝叶斯聚类方法得到的结果一致,对三叶海棠所有样品进行的主成分分析进一步证实了以上结果;(3)群体样本量≥15株时,样本量就不会对群体内遗传多样性水平、遗传一致度及群体内等位基因数目产生明显的影响。【结论】清凉峰地区三叶海棠的遗传多样性水平较高,其群体明显分化为2个基因源,三叶海棠群体遗传多样性研究和种质收集保存中的适宜样本量为≥15株,研究供试样品可以反映清凉峰地区三叶海棠遗传多样性的总体水平。  相似文献   

基于叶绿体DNA分析的楸子种质遗传多样性研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

高源  王大江  王昆  丛佩华  张彩霞  李连文  朴继成 《园艺学报》2020,47(5):853-863

利用4对叶绿体DNA引物扩增49份楸子[Malus prunifolia（Willd.）Borkh.]种质资源的4个叶绿体DNA基因间区trnH-psbA、trnS-trnG spacer + intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF序列,基于4个叶绿体DNA基因间区的序列变异,从母系遗传的角度评价楸子的遗传多样性水平。结果显示：4个叶绿体DNA基因间区序列经测序、拼接、比对和合并之后的片段长度为3 790 bp,共有173个多态性变异位点,其中包含2个单一突变位点、20个简约信息位点和151个插入/缺失位点。在49份楸子种质中,trnH-psbA、trnS-trnG spacer + intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF区域的变异位点的数量分别为26个、25个、120个和2个,单倍型数量分别为9个、7个、8个和3个,合并之后的叶绿体DNA片段的单倍型有14个。核苷酸多样性和单倍型多样性最高的区域均为trnH-psbA（Hd = 0.775,Pi = 0.02143）,最低的为5′trnL-trnF（Hd = 0.481,Pi = 0.00072）。49份楸子种质4个叶绿体DNA区域合并后的遗传多样性较高（Hd = 0.854,Pi = 0.00949）。Tajima’s D检验中,4个叶绿体DNA区域在P > 0.10水平上均不显著,楸子的4个叶绿体DNA区域在进化上遵循中性进化模型。楸子的遗传变异主要存在于群体内部,不同居群间基因交流频繁,多数居群间遗传分化较少,与地理距离不完全相关。  相似文献   

苹果属部分观赏品种与中国野生种的亲缘关系   总被引：3，自引：1，他引：3  

张宁  沈红香  高遐虹  姚允聪  王洋  冯永庆 《园艺学报》2007,34(5):1227-1234

 采用AFLP分子标记技术对47种苹果属植物进行遗传多样性和亲缘关系分析，其中24个为国外引进的观赏海棠品种。结果表明，筛选出的10对分辨率强的引物共扩增出589条带，其中多态性带534条，多态位点百分率达90.66%。观赏海棠品种在DNA分子水平上表现出极为丰富的遗传多样性。基于Jaccard系数对AFLP扩增结果进行UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean)聚类，以相似系数0.60为标准，将供试材料分为8组，以相似系数0.59为标准，将观赏海棠品种分为4组。分析认为，供试的24个观赏海棠品种中有22个品种与我国原产的苹果属植物亲缘关系较近。  相似文献   

新疆野苹果群体遗传结构和遗传多样性的SRAP分析   总被引：15，自引：2，他引：13  

张春雨  陈学森  林群  苑兆和  张红  张小燕  刘崇祺  吴传金 《园艺学报》2009,36(1):7-12

 采用SRAP标记,对中国新疆野苹果4个种下居群的群体遗传结构和遗传多样性进行了研究。结果表明：10对SRAP引物总共扩增了209条带,其中206条是多态性带（98.56%）。巩留群体、新源群体、霍城群体和裕民群体分别扩增了180、169、178和165条多态性带,巩留群体的随机交配杂合度（hs = 0.3037 ± 0.0058）最高,其次为霍城群体。UPGMA聚类分析和群体间遗传分化系数显示,巩留群体和新源群体之间,以及霍城群体和裕民群体之间,遗传关系最近,群体间遗传变异最低。新疆野苹果群体内遗传变异高于群体间,占总变异的87.9%,主坐标轴分析显示4个群体是相对独立,其中巩留群体和新源群体,霍城群体和裕民群体之间,有较高的基因交流。所有参数分析表明,巩留群体遗传多样性最丰富,故在制定新疆野苹果原地和异地种质保护计划时应优先考虑巩留群体。  相似文献   

新疆野苹果多酚物质的遗传多样性   总被引：13，自引：1，他引：12  

张小燕  陈学森  彭勇  刘遵春  石俊  王海波 《园艺学报》2008,35(9):1351-1356

以新疆野苹果(Malus sieversii)30个单株的成熟果实为试材,对果实多酚物质的组成、含量及遗传多样性进行了研究,结果表明：新疆野苹果30个单株多酚物质含量存在广泛的遗传变异,变异系数均在36.12%以上,遗传多样性极为丰富;鉴定出原花青素、没食子酸、绿原酸、对羟基苯甲酸、儿茶素、表儿茶素、香草醛、阿魏酸、苯甲酸、根皮苷、槲皮素、肉桂酸、根皮素等13种多酚物质,其中原花青素、表儿茶素、根皮苷和绿原酸是野苹果的主要多酚组分,总酚及主要多酚物质含量显著高于栽培苹果(Malus domestica)品种红星。  相似文献