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1.
通过高通量测序和RT-PCR扩增,克隆并分析蟹爪兰X病毒(Zygocactus virus X,ZyVX)贵州分离物ZyVX-GZ基因组序列。对表现病毒病症状的红肉火龙果植株进行高通量测序,获得4条ZyVX相关contig。RT-PCR扩增并拼接获得ZyVX-GZ基因组,全长为 6 567 nt,5′-UTR和 3′-UTR分别为60 nt和70 nt。含有5个ORF,分别编码复制酶蛋白、TGB1、TGB2、TGB3蛋白和外壳蛋白。ZyVX-GZ与P39和B1分离物基因组序列一致性均为91%。TGB1-3、外壳蛋白基因与大多数分离物核苷酸和推导的氨基酸序列一致性分别为95%～99%和96%～100%;复制酶基因的核苷酸和推导的氨基酸序列一致性分别为80%～89%和92%～97%。系统进化分析表明,ZyVX群体的遗传分化与寄主种类、地理分布不存在相关性。本研究结果丰富了ZyVX群体的基因组序列信息,为ZyVX的监测和防控提供了基础。 相似文献
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山楂是我国重要的果树,但山楂病毒的相关研究较少。本研究通过高通量测序及生物信息学分析首次在山楂样品中发现苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)。利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术对ASPV山楂分离物全长序列进行扩增,结果表明,ASPV山楂分离物基因组全长由9 290个核苷酸组成,包含5个开放阅读框(open reading frames,ORFs)。ORF1编码与病毒复制相关的蛋白-RNA依赖的RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp),其在氨基酸水平上与ASPV苹果和梨分离物的RdRp序列相似性分别为72.8%~80.9%和81.7%~92.8%;ORFs 2~4表达与病毒移动相关的三基因块(triple gene block 1~3,TGB 1~3),其与印度苹果N分离物(LM999967)的氨基酸序列相似性最高,为92.9%~98.2%;ORF5编码外壳蛋白(coat protein,CP),与苹果和梨分离物CP的序列相似性较低,分别为64.8%~88.4%和69. 8%~92.2%,高于目前凹陷病毒属病毒新种的划分界限。将ASPV山楂分离物的全长核苷酸序列与其他ASPV分离物的全长序列进行比对,构建系统发育树,结果表明,ASPV山楂分离物与巴西苹果分离物BR-Brae2的亲缘关系最近,但两者核苷酸序列相似性较低(81.5%),说明与其他分离物相比该分离物具有较大的变异性。综上,本研究初步验证了山楂是ASPV的重要自然寄主,并首次获得了ASPV山楂分离物的全长基因组序列,为山楂病毒病诊断和防控策略的制定提供参考。 相似文献
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为明确分离自山东省寿光市甜瓜上的瓜类褪绿黄化病毒(cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV)分离物的全基因组序列信息和遗传变异情况,利用毛形病毒属Crinivirus简并引物进行RTPCR检测,利用RACE技术结合RT-PCR方法克隆CCYV山东分离物2条RNA链的全基因组序列,通过与GenBank中其它地区CCYV分离物的全长序列进行比对分析其同源性,并基于CP基因序列构建系统进化树分析其遗传变异情况。结果表明,山东分离物经RT-PCR检测和测序后确定为CCYV。CCYV山东分离物与其它CCYV分离物的RNA1链和RNA2链的全基因组序列一致性的平均值分别为99.82%和99.88%,且2条链的5′末端均比较保守,没有碱基突变的情况发生;RNA1链3′末端存在2个碱基变异,RNA2链3′末端存在1个碱基变异。CCYV不同地区分离物主要分为3个簇群,其中山东分离物和中国其它地区分离物、日本分离物、苏丹分离物、黎巴嫩分离物和塞浦路斯分离物聚类在一起。研究表明CCYV基因组序列比较保守,该病毒的分化可能与地理来源存在一定的相关性。 相似文献
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为明确采集自我国广西壮族自治区玉林市博白县的疑似为双生病毒侵染并表现叶片黄脉症状薇甘菊的病原物及其基因组分子特征，利用双生病毒DNA-A通用引物SPG1/SPG2和特异性引物WGJ-F/WGJ-R扩增获得病毒基因组，利用β卫星通用引物检测卫星病毒，使用Vector NTI Advance 11.5.1软件进行序列拼接，运用MEGA 7.0和RDP 3.44软件进行系统发育树的构建和重组分析。结果表明：引起薇甘菊叶片黄脉症状的病原物为中国胜红蓟黄脉病毒（Ageratum yellow vein China virus，AYVCNV），该分离物命名为AYVCNV_WGJ，GenBank登录号为MK880139，但未扩增得到β卫星。该病毒DNA-A基因组全长为2 755 bp，含有6个开放阅读框。AYVCNV-WGJ分离物与AYVCNV鳢肠Eclipta prostrata分离物（GenBank登录号MN218667）的核苷酸序列同源性最高，为90.1%，其中AC4编码的蛋白变异较大。重组结果分析显示AYVCNV_WGJ分离物是由AYVCNV-Tomato分离物（GenBank登录号KU954388）和1个未知病毒（GenBank登录号EU487047）重组得到，重组区域为其基因组2 046~2 612 bp区域。 相似文献
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调查发现北京地区一温室栽培茄子Solanum melongena L.出现严重病毒病。利用基于小RNA的高通量测序技术和RT-PCR方法,明确了引起茄子病害的病毒种类为番茄斑萎病毒,将其命名为TSWV-eggplant分离物。进一步克隆了该病毒的基因组全长(S RNA、M RNA、L RNA),并构建其系统发育树。结果表明,该分离物的S RNA与美国分离物亲缘关系较近,M RNA与中国分离物亲缘关系较近,而L RNA与韩国分离物亲缘关系较近。因此,本研究发现的TSWV分离物与国内已发生报道的分离物不同,该分离物是否存在不同分离物之间基因组的重组需要进一步研究。 相似文献
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烟草蚀纹病毒山东分离物全基因组序列的克隆和保守性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为利用RNA介导的病毒抗性策略,培育抗性稳定或抗多烟草蚀纹病毒（Tobacco etch virus,TEV）株系的转基因植株,采用RT-PCR及5＇-RACE方法克隆了烟草蚀纹病毒山东分离物TEV-SD1的全基因组序列。TEV-SD1全基因组核苷酸序列长度为9494 bp,包含1个9165 bp的开放阅读框架（open reading frame,ORF）,编码3054个氨基酸。将TEV-SD1基因组序列与GenBank中已公布的4个TEV全基因组序列和11个外壳蛋白（coat protein,CP）基因序列比对分析发现,各分离物CP基因间的核苷酸和氨基酸序列平均相似性分别为96.65%和98.31%,高于其它功能基因间的相似性;各分离物CP基因3＇端核苷酸序列相似性平均为96.55%,高于5＇端序列。聚类分析发现TEV在自然界中的分子变异与其寄主关系密切。 相似文献
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番茄斑驳花叶病毒(tomato mottle mosaic virus, ToMMV)是2013年发现的烟草花叶病毒属一个新种,目前在多国(地区)有发生。本文采用小RNA深度测序及RT-PCR检测方法在广东省广州市南沙区辣椒疑似病样中检测到ToMMV,命名为番茄斑驳花叶病毒广东分离物(ToMMV-GD-2020)。采用RT-PCR分段扩增获得了ToMMV-GD-2020的基因组全序列,该分离物基因组全长6 399 nt,包含4个开放阅读框,分别编码4个蛋白。序列相似性分析表明,ToMMV-GD-2020与已登录GenBank的14个ToMMV分离物基因组序列相似性分别为99.0%～99.7%,其中与中国辽宁分离物ToMMV-LN(GenBank登录号：MN853592)的相似性最高(99.7%),与危害我国番茄、同属烟草花叶病毒属的番茄花叶病毒(tomato mosaic virus, ToMV)、番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus, ToBRFV)代表分离物的相似性分别为84.6%和81.0%。系统进化分析表明,ToMMV-GD-2020... 相似文献
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为明确新疆石河子辣椒感染病毒的种类,对表现明显皱缩、褪绿和卷叶等症状的辣椒样本进行长链非编码RNA(Long noncoding RNA, LncRNA)测序。根据LncRNA测序和RT-PCR检测,发现甜椒内源RNA病毒(Bell pepper endornavirus, BPEV)、辣椒隐症病毒2(Pepper cryptic virus 2, PCV2)和辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus, PMMoV)3种病毒。RT-PCR检测数据显示,新疆石河子的辣椒普遍感染BPEV和PMMoV。将BPEV的RdRp基因序列和PCV2-RNA1包含RdRp基因的序列分别进行核苷酸序列相似性和系统进化分析。结果表明本研究中BPEV-XJ和PCV2-XJ与其它分离物的相似性分别为89.1%~97.3%和96.9%~99.7%。BPEV-XJ与BPEV-TW分离物亲缘关系最近;PCV2-XJ与PCV2-DR分离物亲缘关系最近。辣椒中检测到BPEV和PCV2为新疆首次报道。 相似文献
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Mitsuru Okuda Satoshi Taba Kaoru Hanada 《Physiological and Molecular Plant Pathology》2003,62(6):327-332
The WS-Y isolate of Watermelon silver mottle virus (WSMoV) causes severe necrosis in Tetragonia expansa. To determine the RNA segment that induces symptoms, genome reassorants between WS-Y and an isolate causing mild mottle, WS-O, were generated. The origin of each segment in the reassortants was identified by RT-PCR and subsequent restriction enzyme analysis of the amplified fragments. Thirty genome reassortants were isolated from co-infected T. expansa plants. The reassortants with the S RNA segment of WS-Y caused severe necrosis, while those with the S RNA segment of WS-O caused a mild mottle; hence, the S RNA determined symptom expression. The incidence of reassortants was disproportional among genotypes. The most frequent genome reassortant possesses the L RNA of WS-Y, the M RNA of WS-O and the S RNA of WS-Y. A similar ratio of genotypes was found in isolates of local lesions on Chenopodium quinoa. These results strongly suggested that competition occurred independently between the individual RNA segments in a co-infected T. expansa plant, not between isolates. 相似文献
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为探讨南方水稻黑条矮缩病毒(Southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV)的种群变异并获得S7-1原核表达蛋白,采用RT-PCR技术扩增SRBSDV安徽分离物S7片段,并进行克隆、测序及序列分析,再利用特异性引物扩增该分离物S7-1基因并克隆到原核表达载体p ET-GST上,重组质粒p ET-S7-1转化大肠杆菌BL21(DE3),IPTG诱导及Ni~(2+)-NTA亲和柱纯化融合蛋白,再进行Western blot检测。结果显示,SRBSDV安徽分离物S7片段与其它SRBSDV各个分离物S7片段的序列相似性极高,达99.3%~99.9%,而与斐济病毒属Fijivirus其它种之间的序列相似性较低,为35.5%~73.3%。SRBSDV安徽分离物与其它SRBSDV各个分离物聚成1个单独的分支,彼此间亲缘关系较近。试验获得了分子质量约为68 k D的S7-1融合蛋白,且GST单抗能够与S7-1融合蛋白发生特异性反应,表明本研究得到的融合蛋白确为靶标蛋白。 相似文献
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Sequence Analysis Shows that a Dwarfing Disease on Rice, Wheat and Maize in China is Caused by Rice Black-streaked Dwarf Virus 总被引：1，自引：0，他引：1
Hengmu Zhang Jianping Chen Juanli Lei Michael J. Adams 《European journal of plant pathology / European Foundation for Plant Pathology》2001,107(5):563-567
Isolates of plant reoviruses causing severe stunting and dark leaf symptoms on wheat in Hebei province, on maize in Hubei province and on rice in Zhejiang province, China have been characterized. Four of the ten genome segments corresponding to Rice black-streaked dwarf virus (RBSDV) S7, S8, S9, S10 were amplified by RT-PCR from the Hebei and Zhejiang isolates and sequenced. Sequences of S9 and S10 were also obtained from the Hubei isolate. Sequences of corresponding segments of the Chinese isolates were very similar to each other (94.0–99.0% identical nucleotides and 96.3–100% identical amino acids) and were closer to those of a previously reported Japanese RBSDV isolate (90.0–94.9% identical nucleotides and 91.1–98.6% identical amino acids) than to those of an Italian Maize rough dwarf virus isolate (85.1–88.1% identical nucleotides and 85.5–94.3% identical amino acids). The Chinese isolates should be classified as RBSDV. 相似文献
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苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是危害梨(Pyrus spp.)和苹果(Malus spp.)的重要病毒。本研究采用小RNA深度测序技术获得了ASPV基因组的部分序列,在此基础上设计引物对该病毒基因组进行RT-PCR扩增,通过序列拼接得到1个来源于玉露香(Yuluxiang)梨的ASPV分离物(YLX)长度为9 291个核苷酸(nt)(不包括基因组5'末端约30个核苷酸)的基因组序列,该序列与已报道的13个ASPV分离物的基因组核苷酸序列相似性为71.6%~80.7%,与多个来自苹果的ASPV分离物系统进化关系较近。首次分析了来源于ASPV基因组的干扰性小RNA(siRNA),发现来源于ASPV基因组链和互补链的siRNA长度均以21 nt和22 nt为主,siRNA的5'端具有一定的碱基偏好性。本研究结果为深入了解ASPV的分子特性提供了重要信息。 相似文献
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为明确水茄Solanum torvum植株叶片邹缩、褪绿是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,从云南省西双版纳傣族自治州田间采集具有疑似感染症状的水茄植株叶片样品,应用菜豆金色花叶病毒属病毒简并引物和特异性引物进行PCR扩增、克隆和测序,通过生物信息软件分析比较其核苷酸序列特征,并对其进行系统发育分析。结果显示,从采集的疑似病叶中共克隆获得了5条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全序列和3条DNA-B全序列,经全序列分析发现,侵染水茄的2种菜豆金色花叶病毒属病毒分离物分别属于中国南瓜曲叶病毒(squash leaf curl China virus,SLCCNV)和野茼蒿黄脉病毒(Crassocephalum yellow vein virus,CraYVV)。SLCCNV水茄分离物的基因组具有典型的菜豆金色花叶病毒属病毒双组分结构特征,与来自泰国的SLCCNV分离物(AB330078)亲缘关系最近,相似性最高达到99.0%;CraYVV水茄分离物的基因组具有典型的菜豆金色花叶病毒属病毒单组分结构特征,与来自云南省景洪市的CraYVV分离物(EF165536)亲缘关系最近,相似性最高达到97.6%。表明水茄是这2种菜豆金色花叶病毒属病毒的新寄主,并首次发现双组分和单组分菜豆金色花叶病毒属病毒可复合侵染水茄。 相似文献
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We determined the complete nucleotide sequence of RNA-1 and the 5-terminal region of RNA-2 from Broad bean wilt virus 1 (BBWV-1) isolate PV132. This report is the first analysis of the genome organization of BBWV-1. We also determined the complete nucleotide sequence of RNA-1 from Broad bean wilt virus 2 (BBWV-2) isolate IP and analyzed the genetic relations between BBWV-1 and BBWV-2. Similar to the BBWV-2 isolates, both RNAs of PV132 encoded a single large polyprotein, which was predicted to contain some functional proteins in a manner similar to those of comovirus. With respect to the deduced amino acid sequences of the mature proteins, PV132 and IP had only 20%–40% homology to comovirus. On the other hand, IP was 73%–98% homologous to BBWV-2 isolates, but PV132 was 39%–67% homologous to the isolates. Although the extent of the homologies differed, the homologies were limited between BBWV-1 and BBWV-2 not only for the coat protein but also for the other proteins. These results clearly support the placement of BBWV-1 and BBWV-2 in the genus Fabavirus as distinct species, proposed on the basis of double immunodiffusion tests.The nucleotide sequence data reported are available in the DDBJ/EMBL/GenBank databases under the accession numbers AB084450 (RNA-1 of isolate PV132), AB084451 (RNA-2 of isolate PV132), and AB023484 (RNA-1 of isolate IP) 相似文献