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1.
《华北农学报》2018,(Z1)
为研究蓝狐GH基因多态性及其与生长性状的关系,为蓝狐的选种及选育提供一定的理论依据。选取体质量、体长具有明显差异的芬兰狐和地产狐构建DNA池,采用PCR产物直接测序法对GH基因的全长进行单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNPs)位点的检测,并将发现的SNPs位点与生长性状进行关联分析。结果检测到2个SNPs,GH基因A306G和C1144T位点在芬兰狐和地产狐群体中存在多态性。遗传多样性分析表明,2个位点在芬兰狐中多态信息含量为0. 057 9,属于低度多态位点,地产狐多态信息含量为0. 573 1,属于高度多态位点。2个SNPs位点的遗传多样性参数、基因型频率和基因频率在同一群体中高度一致,说明这2个SNPs位点之间完全连锁,形成了AACC、ABCD和BBDD 3种单倍型。方差分析表明,芬兰狐和地产狐多态位点的基因型频率差异极显著(P 0. 01)。关联分析表明,公狐AACC基因型个体体质量显著高于ABCD基因型(P 0. 05),但与体长差异不显著(P 0. 05);母狐AACC基因型个体体质量极显著高于ABCD基因型个体(P 0. 01)且体长显著高于ABCD基因型个体(P 0. 05)。结果提示:2个SNPs与其生长性状可能相关。 相似文献
2.
为了分析UCP3基因SNPs与中国西门塔尔牛生长及育肥性状的相关性。以118头中国西门塔尔育肥牛为研究材料,通过DNA测序和PCR-RFLP技术检测UCP3基因BglI酶切位点SNPs,并进行相关分析。UCP3-BglI酶切位点表现多态,且处于Hardy-Weinberg平衡状态。与部分育肥性状的相关分析表明,该位点与饲料转化率性状和平均日增重性状表现显著相关(P<0.05),其中AA基因型个体均值显著优于AB和BB基因型个体,料肉比较低,日增重较高;与部分生长性状的相关分析发现在15月龄体高、体长和胸围性状,12月龄体高性状,8月龄体长性状中UCP3-BglI多态位点差异显著,AA基因型个体表型值显著高于其他或其中一个基因型值(P<0.05);在宰后体尺性状测量性状中,UCP3-BglI多态位点对胴体长、胴体胸深和后腿宽和背膘厚性状影响显著。其中AA和AB基因型个体胴体长、胴体胸深和背膘厚性状的表型值显著高于BB基因型个体（P<0.05）;在后腿宽性状中,AB个体表型值显著高于AA和BB个体（P<0.05）。初步认为,AA基因型与优良的生长育肥性状显著相关,对A等位基因的选择有利于优良性状的改良。 相似文献
3.
旨在分析早胜牛及其杂交牛CALCA基因第4外显子的多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉质性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程提供参考。利用PCR-SSCP 技术对早胜牛、南杂牛、秦杂牛和西杂牛共362个个体的CALCA基因第4外显子进行了遗传变异检测,并运用SPSS 17．0软件对早胜牛（平凉类群）遗传变异与经济性状关联性进行了分析。结果表明,CALCA基因第4外显子存在2个突变位点T3237 A和G3289 A,并检测到AA和AB 2种基因型。相关性分析表明,CALCA基因突变位点与剪切力、眼肌面积、热胴体重和熟肉率显著相关（P＜0．05）,AA基因型个体剪切力、热胴体重和熟肉率显著高于AB基因型个体（ P＜0．05）,而AB基因型个体眼肌面积显著高于AA基因型个体（P＜0．05）,其他性状在各基因型间差异不显著。因此,初步推测CALCA 基因的突变位点可以作为评定早胜牛肉质性状的遗传标记。 相似文献
4.
为鉴定与马铃薯根系性状相关联的StDRO1基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,本研究对110份同源四倍体马铃薯材料StDRO1基因的编码区进行了克隆和测序,筛选其SNP,并对StDRO1的SNP位点与马铃薯总根表面积、总根体积和平均根系直径等主要根系性状参数进行了关联分析。结果显示,StDRO1第2外显子上检测到1个SNP位点,命名为G64C;第3外显子上检测到10个SNP位点,分别命名为G152A、A214G、A297G、C314T、A337T、T353C、T560A、C577A、C620A和C625A;在第4外显子上检测到1个SNP位点,命名为T793A。关联分析结果表明,StDRO1基因G152A位点在总根体积表现为GA类基因型>GG类基因型(P<0.05);C314T位点在平均根系直径表现为CC类基因型>CT类基因型(P<0.05); A337T位点在总根表面积、鲜重和干重均表现为AT类基因型>AA类基因型(P<0.05),而在平均根系直径则表现为AA类基因型>AT类基因型(... 相似文献
5.
根据GenBank上的Ghrelin基因序列设计1对引物,应用PCR技术直接从可乐猪肌肉组织基因组中扩增出了包含Ghrelin基因全序列的特异片段,包括第一、第二外显子和第一内含子DNA序列,并进行直接测序,分析该基因与可乐猪12项肉质性状的关联性,结果表明：在Ghrelin基因第一内含子上检测到1个单碱基突变：G252A,表现出纯合型GG和杂合型GA两种基因型,其中GG基因型频率高于GA基因型频率,达65.4%,等位基因G为优势等位基因,表现为低度多态。χ2检验表明,该SNP位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P﹥0.05)。最小二乘分析显示,Ghrenlin基因252位点对可乐猪的肉质性状无显著影响(P>0.05)。 相似文献
6.
7.
《华北农学报》2018,(6)
旨在对西藏主要牦牛类群及四川麦洼牦牛生长性状指标进行比较分析,并选取MyoG基因进行SNPs检测,研究其与牦牛体尺性状的相关性,为有效评估西藏主要牦牛类群的生长性能提供参考。采用DNA池直接测序法进行候选基因全区段遗传变异检测,采用SPSS 17. 0程序中最小二乘线性模型对MyoG基因多态位点基因型与牦牛体质量、体尺性状进行关联分析。结果显示,申扎牦牛生长指标明显小于麦洼牦牛、类乌齐牦牛和帕里牦牛,而类乌齐牦牛各性状指标均较优,不同生态环境及气候条件直接影响草场、植被类型及其长势情况,进而影响牦牛的采食量和生长发育。牦牛MyoG基因共检测到g. 757 T C、g. 662 G A、g. 539 A G和g. 2216 A G共4个突变位点,均包含3种基因型,且符合Hardy-Weinberg平衡,其中,g. 757 T C、g. 662 G A和g. 539 A G位点在申扎和帕里牦牛中多态性较高,在其他群体中较低。差异显著性检验表明,g. 757 T C、g. 662 G A和g. 539 A G与体高显著相关(P 0. 05)。MyoG基因可能是影响牦牛体高性状的主基因或与主基因相连锁的基因座,可作为辅助选择的遗传标记。 相似文献
8.
为探讨HIF-2α基因核苷酸序列变异与绵羊高原适应的相关性,以540只(甘肃高山细毛羊200只,湖羊340只)绵羊为研究对象,采用PCR-SSCP技术分析HIF-2α基因第11外显子和内含子部分区段在甘肃高山细毛羊和湖羊中单核苷酸多态性(SNPs)。结果显示:HIF-2α基因扩增片段在2个绵羊品种中共检测到4种等位基因(A、B、C和D)和10种基因型(AA、BB、CC、DD、AB、AC、BC、AD、BD和CD),存在6个SNPs位点,其中外显子11检测到5个SNPs位点(G/A、G/C、C/T、T/C、G/A、),内含子11检测到1个SNPs位点(G/A),甘肃高山细毛羊未检测到DD基因型。2个绵羊品种的优势基因型均为AB,基因型频率分别为34.50%和16.47%。HIF-2α基因在2个绵羊品种中具有丰富的多态性,且等位基因频率在品种间存在极显著差异(P0.01)。推测在高海拔低氧适应过程中,HIF-2α基因的基因型可能受到了选择,随着长期的高海拔低氧环境的选择,有利于低氧适应的基因型在高海拔绵羊品种中受到选择并富集,携带基因型AA、BB和AB的绵羊可能更加适应高海拔低氧环境,而携带基因型CD、BD和DD的绵羊对高海拔低氧环境适应的能力可能较差。 相似文献
9.
中国荷斯坦奶牛TBX21基因与产奶性状及体细胞数的遗传效应分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为鉴定与奶牛产奶性状和乳房炎抗性相关的遗传标记,为将来的分子育种提供理论基础,以383头中国荷斯坦母牛(均为2胎牛)为研究对象,利用直接测序法及飞行时间质谱法首次寻找TBX21基因5'和3'侧翼区的SNP位点,进而对这些多态性位点与中国荷斯坦牛4个泌乳性状(305天产奶量、乳脂率、乳蛋白率、乳糖率)和体细胞数进行关联分析。结果表明:在TBX21基因5'和3'侧翼区存在2个SNP位点,一个是在3'侧翼区1091 bp处A→G的突变,一个是3'侧翼区654 bp处A→C的突变;这2个位点均处于哈代-温伯格(Hardy-Weinberg)平衡状态。关联分析结果表明,rs207725545位点AA基因型个体的4种泌乳性状和体细胞数均高于CC型个体(P0.05);rs110420592位点GG基因型个体的产奶量和乳糖率高于AA型个体(P0.05),AA基因型个体的乳脂率和乳蛋白率高于GG型个体(P0.05),而GA基因型个体的体细胞数略高于其他2种基因型个体(P0.05)。因此,在本试验群体中,TBX21基因的rs110420592和rs207725545两个位点与产奶性状和体细胞数无显著关联,后续需要扩大群体对TBX21基因的其他位点进行遗传效应分析。 相似文献
10.
秦川牛CS-1 基因SNPs 检测及其与胴体、肉质性状相关性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】检测秦川牛CS-1基因的SNPs多态性,并将其与秦川牛胴体和肉质性状进行关联分析。【方法】采用PCR-SSCP方法对485头秦川牛CS-1基因第3外显子进行SNPs多态性检测,分析其与部分胴体、肉质性状的关系; 【结果】在CS-1基因第3外显子191碱基处发现C→A突变,201碱基处发现C→T突变。检测到A和C两个等位基因,其基因频率分别位0.1381和0.8619。方差分析结果表明：胴体性状方面, AC 型个体背部皮下脂肪厚显著高于CC 型个体(P＜0.05);在肉质性状方面,AC 型个体的大理石花纹显著高于CC 型个体（P<0.05）,AA 型和AC 型个体的嫩度要显著优于CC 型个体(P＜0.05);其余性状差异不显著; 【结论】揭示可以用该多态性位点(CS-1 Exon3) 对秦川牛的胴体性状和肉质性状进行标记辅助选择。 相似文献
11.
中国西门塔尔牛SCD1基因多态性与肉质性状的相关分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用Illumina HD SNP技术对484头中国西门塔尔牛SCD1基因的遗传变异及其与部分肉质性状的相关性进行了分析.结果表明,该群体中存在7个SCD1基因的SNP位点.SCD1基因第4内含子存在A8605G、A9229G与A10050C 3个SNP位点;第5内含子存在1个SNP位点A12304G;3' UTR区存在A13655G、C14790T与A15565G 3个位点.A8605G位点的B等位基因为优势等位基因,频率为0.748,其他位点等位基因频率在0.4 ～0.6之间.x2检验结果显示,SCD1基因的所有SNPs均处于哈代-温伯格平衡状态(P＞0.05).SCD1基因的7个SNPs位点全部为中度多态,杂合度和有效等位基因数均较高.SCD1基因SNP多态性与肉质性状的关联分析表明,SCD1基因对肌内脂肪含量、剪切力、大理石花纹等级和脂肪颜色有一定的影响,可以作为改善牛肉质量进行标记辅助选择的重要候选基因. 相似文献
12.
为了检测鸭MC1R基因的多态性,并分析其多态性在家鸭、白番鸭、半番鸭各品种中的分布情况,以8个鸭品种/群体共769只鸭为研究对象,采用PCR产物直接测序的方法寻找MC1R基因编码区可能存在的SNP突变位点。结果发现,MC1R基因编码区399 bp处发生了A→G的碱基突变,经分析为限制性内切酶Hin61的识别位点。针对该酶切位点,利用PCR-RFLP方法鉴定A399G位点的基因多态性。结果显示：（1）该位点对羽色未造成影响。半番鸭中,该位点在黑羽半番鸭中表现一种基因型AG,在白羽半番鸭中虽存在AG和GG 2种基因型,但GG频率相当低,只有0.019,差异不显著(P＞0.05);半番鸭母本中,该位点在羽色极端且亲缘关系相近的莆田黑鸭和小型白羽半番鸭母本中只呈现单一基因型GG。（2）该位点对品种产生极显著影响。该位点基因型在白番鸭、家鸭内均呈单态分布,其中白番鸭的基因型全为AA,而家鸭的基因型全为GG;该位点在半番鸭群体中呈低度多态,基因型AG占绝对优势(0.982),GG几乎为零(0.018)。经卡方独立性检验,MC1R基因A399G突变位点各基因型分布在家鸭、番鸭、半番鸭各品种中的分布差异极显著(P＜0.01),这从本质上有效鉴定和区分家鸭、白番鸭和半番鸭三类鸭群体,并为番鸭保种提供了新的方法。 相似文献
13.
甘肃肉牛CAST基因的多态性及其与肉质性状的相关性研究 总被引：1，自引：1，他引：0
为研究甘肃肉牛CAST基因的多态性及与肉质性状的相关性。利用PCR-RFLP对甘肃肉牛CAST基因多态性检测并利用最小二乘法拟合线性模型探索不同基因型与肉质性状间的关系。结果表明：在CAST基因3个SNP位点中发现T750C、A557G、G556T、351处DelGTT的T/C;相关分析表明：Hga I位点的各基因型与肉质性状均差异不显著;Hpy188III位点的剪切力值,AT基因型显著高于AA基因型;Acl I位点在剪切力值上Hh基因型显著高于HH基因型,HH基因型在失水率上显著高于hh基因型。鉴定了CAST基因是影响肉质性状的候选基因。 相似文献
14.
研究中国荷斯坦牛HSP70-1基因与奶牛耐热性之间的关系.根据NCBI登陆号为AY149618(19 526 bp)的HSP70-1基因序列设计9对引物分段扩增该基因全长,并用PCR-SSCP、PCR-RFLP和CRS-RFLP相结合的方法寻找中国荷斯坦牛HSP70-1基因编码区的多态位点,分析山东省3个现代化牛场产奶牛127头,并以直肠温度和红细胞钾离子浓度为荷斯坦牛的耐热指标,用SAS 软件最小二乘分析一般线性模型分析试验牛HSP70-1基因型与耐热指标的相关性.发现1 623 bp处发生G→A→C的复等位突变位点,2 409 bp处发生G→A的突变;χ2检验结果表明在试验牛群中两位点均未达到Hardy-Weinberg平衡;2409位点基因型与两个耐热指标相关性不显著(P＞0.05),1623位点基因型与热应激时期中国荷斯坦牛的直肠温度相关性显著(P＜0.05),GA基因型个体显著低于CC和GG基因型个体,GA基因型为耐热基因型.HSP70-1基因可用作中国荷斯坦牛选育耐热牛群的分子遗传标记. 相似文献
15.
旨为查找建鲤(Cyprinus carpio var.jian)胰岛素样生长因子结合蛋白1(Insulin-like growth factor binding pro-teins 1,IGFBP1)基因上与增重相关的SNP位点。利用基因克隆,Clustal W比较8个个体的DNA序列,筛选SNP位点。并采用PCR-RFLP方法检测了其中2个位点(1b-E1-A210G,1b-E3-C108T)在913尾建鲤(♂469,♀444)中的基因型分布。成功分离得到了建鲤IGFBP1的2条DNA序列,并在1a、1b上分别找到7个和24个SNPs位点,其中,1a外显子上有2个,1b外显子上有4个。检测的2个位点与增重的相关性分析表明:2位点均与雄鱼增重呈极显著相关(P<0.01),其中,增重快的基因型在鱼种阶段分别为GG型和CC型,在成鱼阶段分别为AG型和CC型。与雌鱼鱼种阶段增重相关的位点为A210G,其AG型增重极显著快于AA型(P<0.01),与雌鱼成鱼阶段增重相关的位点为C108T,其CC型、CT型增重极显著快于TT型(P<0.01)。对组合成的9种双倍型与增重的相关性分析表明:雌雄鱼中双倍型D4、D5、D7个体生长显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)快于双倍型D6、D9个体,D4、D5、D7双倍型个体在整个样品中占60%,还存在改良空间。试验检测的2个位点A210G、C108T可作为建鲤增重相关的分子标记应用于育种实践。 相似文献
16.
本研究旨在阐明猪TLR6基因片段多态性及其与生长性状之间的关系,利用PCR-RFLPs技术检测405头猪TLR6基因片段Msp I酶切位点的多态性,结果表明：该位点具有两种等位基因T\C, 在大围子猪、沙子岭猪、宁乡猪和黔邵花猪各群体中的频率分别为0.136/0.864、0.189/0.811、0.186/0.814、0.281/0.719。C等位基因是群体中的优势等位基因,该基因座处于Hardy-Weinberg平衡状态。利用最小二乘分析研究了该多态位点对初生体质量、45日龄体质量、60日龄体质量、4月龄体质量、6月龄体质量、6月龄体高、6月龄体长、6月龄胸围等生长性状的影响。结果显示：TT基因型个体对4月龄体质量性状影响达极显著水平（P<0.01）;TT基因型4月龄体质量比CC型高25.92%;对45日龄体质量、6月龄体质量、体长和胸围性状影响达显著水平（P<0.05）,TT基因型45日龄体质量比CC型高12.46%、6月龄体质量高7.20%、6月龄体长高7.62%、6月龄胸围高7.24%。由此可知,猪TLR6基因不同基因型对生长性状有着重要的影响,是猪育种应用中的一个潜在遗传标记。 相似文献
17.
磷(phosphorus, P)是植物生长发育所必须的营养元素,低磷胁迫是制约棉花生长发育的重要因素之一。本研究以419份陆地棉核心种质为材料,对低磷胁迫下2个环境6个根生物量相关性状进行表型鉴定,基于366万个SNPs(single nucleotide polymorphisms)进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),筛选显著关联的SNPs位点并挖掘候选基因。结果表明,低磷胁迫下棉花根生物量性状具有广泛的遗传变异,其中根冠比(root shoot ratio, RSR)的变异系数最大(45.30%)。在2个环境下共检测到393个与根生物量性状显著关联的SNPs,这些位点主要分布于D02 (75个)、A08 (64个)和A07 (35个)染色体,其中28个SNPs在至少2个性状或环境中同时检测到。进一步筛选到13个候选基因,其中Gh＿A08G1889在E1环境中低磷条件下的根冠比(LP-RSR-E1)中检测到, A08:99606874(A/C)位于该基因外显子中并导致了非同义突变(Val/Leu),且该基因编码赤霉素响应蛋白G... 相似文献
18.
为了探讨西门塔尔牛乳铁蛋白基因第11外显子多态性,及其与乳房炎和部分乳性状的关系,利用PCR-SS-CP和DNA测序技术,对118头健康牛和38头感染乳房炎牛个体,进行了第11外显子的基因多态性分析。结果发现,健康牛和感染乳房炎牛个体的第11外显子基因型和基因频率分布差异均极显著(P<0.01),感染牛中AA基因型和A基因频率均极显著高于健康牛(P<0.01)。而且,AA基因型个体SCS显著高于AB和BB型个体(P<0.05),AA型个体的乳蛋白极显著高于AB型(P<0.01)、显著高于BB型(P<0.05),而BB型显著高于AB型(P<0.05)。这表明乳铁蛋白基因第11外显子的A基因,可能是一个西门塔尔牛乳房炎的易感基因。 相似文献
19.
采用PCR-SSCP方法对58头草原红牛钙激活中性蛋白酶3基因(CAPN3)的单核苷酸多态性进行研究分析,发现其外显子1存在三种基因型AA、AB和BB,测序发现,在外显子1的124位存在碱基突变,由原来的A突变为G,氨基酸水平由天冬氨酸Asp变为天冬酰胺Asn,此SNP位点在此前的研究中未见报道.经遗传多样性分析表明,该位点等位基因A占优势地位,且三种基因型分布符合Hardy-weinberg平衡.通过显著性差异检验发现,CAPN3基因此位点的多态性对该牛群的屠宰率、净肉率和大理石花纹这三个性状有显著影响(P＜0.05),这将为CAPN3作为牛肉肉质性状候选基因提供进一步依据. 相似文献
20.
为阐明GnRHR基因的多态性与崂山奶山羊产羔数的关系,设计7对引物,采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术检测GnRHR基因在不同产羔数崂山奶山羊的单核苷酸多态性,并分析其与产羔数的关系。结果显示：该基因存在2个多态位点,A261G突变对于初产母羊 GA型产羔数比 AA型多0.06只,比 GG型多0.04只,差异不显著( P>0．05);对于经产母羊GA型产羔数比AA型多0.35只,差异显著(P<0.05),比GG型多0.45只,差异不显著(P>0．05)。 G55A位点共检测到GG和GA这2种基因型,其中对于初产母羊GG型比GA型产羔数多0.13只,经产母羊GG型比GA型产羔数多0.19只,但差异均不显著(P>0.05)。因此,GnRHR基因A261G突变位点可能是影响崂山奶山羊产羔性能一个潜在的有效分子标记。 相似文献