共查询到20条相似文献，搜索用时 171 毫秒
1.
五个地方绵羊种群mtDNA D-loop区系统进化及遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为探讨我国部分地方种群绵羊的起源进化及遗传多样性。对河北小尾寒羊、山东小尾寒羊、苏尼特羊、洼地绵羊、湖羊等5个地方绵羊种群mtDNA D-loop区全序列进行了测序和遗传变异分析,并利用生物信息学方法分析了种群间的亲缘关系以及母系起源。结果表明,5个绵羊种群mtDNA D-loop区序列共发现了135个多态位点,形成了108种单倍型。单倍型多样度为0.974 0~0.998 0;核苷酸多样度为0.017 20~0.022 22;全群平均核苷酸差异数K为20.795。NJ系统发育树表明,河北小尾寒羊与洼地绵羊先聚在一起,再与湖羊聚在一起,最后与苏尼特羊和山东小尾寒羊聚在一起。在所有的系统发育树及单倍型网络结构图中,均表明108种单倍型聚为3个单倍型群,单倍型群A包括70只绵羊个体,单倍型群B包括48只绵羊,单倍型群C包括13只绵羊。河北小尾寒羊与洼地绵羊遗传距离最近,其次为湖羊、苏尼特羊、山东小尾寒羊。该种群遗传多样性丰富,与山东小尾寒羊、苏尼特羊、湖羊、洼地绵羊等种群存在基因交流。 相似文献
2.
太湖鲢鱼mtDNA D-loop区遗传多样性 总被引：2，自引：0，他引：2
采用聚合酶链式反应(PCR)技术对太湖鲢鱼的mtDNA D-loop序列进行扩增,获得了大小约为500 bp的扩增产物。PCR产物经纯化后克隆到pMD19-T Vector进行序列鉴定测序,得到了520 bp的核苷酸片段(除去引物及部分端部序列)。用CLUSTAL X(1.83)软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到52个变异位点,包括1个碱基缺失、36个转换位点、15个颠换位点及1个转换与颠换同时存在的位点。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了NJ系统树。用DNASP软件计算出的多态位点数(S)为52、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为1.24%±0.35%和6.368。研究结果表明,太湖鲢鱼的mtDNA D-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富。 相似文献
3.
绵阳地区部分野生黄鳝mtDNA D-loop多态性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用PCR技术对12条绵阳市野生黄鳝mtDNA D-loop区部分序列进行扩增和测序,对所得9个个体606 bp的核甘酸片段序列进行遗传变异和系统进化分析：9条野生黄鳝D-loop序列的四种核苷酸组成中,T和C的组成频率为固定值,而A和G的频率有一定的差异;A+T的平均组成频率(57%)显著高于C+G的频率(43%)。从9条D-loop序列中一共检测到了5个多态位点,占总核苷酸序列总数(606 bp)的0.83%,核苷酸多样性为0.00413±0.00057。基于发现的5个多态位点将9条D-loop序列定义为5种单倍型,单倍型多样性为0.861±0.087。一共发现到9个突变位点,其中除了一处(15987)为颠换(T→G)外,其余的八处突变位点全部为转换。九条野生黄鳝与标准序列黄鳝个体类聚为2个明显的类群,分子树拓卜分支的置信度百分数达到93%。9条野生黄鳝又可以类聚为2个亚类群,说明绵阳野生黄鳝种群具有一定程度遗传分化,由此推测中国野生黄鳝种群可能具有比较高的遗传多样性。 相似文献
4.
通过线粒体D-loop区测序对东北地区的五个引进鸭品种（樱桃谷鸭、长岛鸭、北北京鸭、康贝尔鸭、白冠鸭）20个个体进行了遗传结构的分析,通过对mtDNA D-loop部分序列进行扩增,对PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了710bp的核苷酸序列。通过Mega软件对所得的序列进行比较,共检测出86个位点碱基存在变异,其中包括16个简约信息位点;利用Mega的“Pairwise distance”计算个体间的相对遗传距离。结果表明：其序列差异在0.000~0.082之间,得出20个个体有18种单倍型;并用构建了系统发育树。运用DNASP软件计算所得该群体核苷酸多样性（Pi）、单倍型多样度（Hd）和平均核苷酸差异数（K）分别为0.01911、0.9842和13.3588。研究结果表明：鸭种群线粒体D-loop区序列个体变异程度很小,但种群的遗传多样性水平很高,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。 相似文献
5.
为了丰富紫花槭转录组数据,进一步开展紫花槭秋季叶片呈色机制研究.本研究以紫花槭秋季转色期三个阶段(前期,中期,后期)叶片为材料,采用高通量测序技术进行转录组初步分析.转录组数据共获得50501条Unigene,有35316条Unigene在数据库中得到注释,其中NR数据库中注释到的Unigene数量最多,共35024条,占69.4％.在注释到的物种中,紫花槭比对的Unigene与甜橙(Citrus sinensis)相似度最高,共有4290条,占12.25％.紫花槭转录组中的Unigene根据GO功能可分为生物学过程、细胞组分和分子功能3大类,共有25375条,其中生物学过程的基因最多,主要聚集于代谢过程和细胞过程等.基于Unigene库的基因结构分析,其中SSR分析共获得12711个SSR标记,占Unigene总数的36％.SSR位点共包含150种重复基元,单碱基重复所占比例最高(7184个,61.86％),四碱基重复、五碱基重复和六碱基重复所占比例较低.Unigene库中共有328239个SNP位点,发生频率为1/190 bp,SNP位点分为转换和颠换两种类型的碱基替换方式,其中碱基转换位点213787个(65.13％),碱基颠换位点114452个(34.87％),碱基转换类型发生频率高于颠换类型.6种单碱基变异中,2种转换类型A/G、C/T的发生频率分别为33.03％和32.10％;4种颠换类型中A/T发生频率最高,为11.52％;C/G发生频率最低,为5.79％.紫花槭转录组秋季叶色表达的转录组分析,可为紫花槭叶色基因调控、定向分子育种和培育彩叶新品种提供研究提供基础的数据信息. 相似文献
6.
《分子植物育种》2020,(13)
为发掘稻瘟病种质资源持久抗性基因Bsr-d1,本研究对来源中国的210份稻种Bsr-d1基因启动子功能片段511个碱基序列进行了比对分析。结果发现品种间存在18个变异位点28个碱基的差异,根据差异所有品种可归为7种单倍型,其中H4和H6为优势单倍型,分别占测试品种70.48%和23.81%;云南地方品种拥有H1、H2、H3、H4、H5、H6等6种单倍型,优势单倍型为H4 (51.95%)、H6 (35.06%);选育品种有3种单倍型,分别为H4、H6、H7、H6为优势单倍型,地方品种单倍型较选育品种丰富。其他地区品种仅发现H4(1.52%)和H6 (98.48%) 2种单倍型,云南省单倍型更为多样丰富。7种单倍型中仅H1单倍型(占1.43%)携带抗性位点,仅3个云南地方品种出现该单倍型,说明中国地方品种和选育品种中均缺乏Bsr-d1稻瘟病持久抗性基因。本研究结果为寻找和发掘持久抗稻瘟病基因Bsr-d1提供了线索。 相似文献
7.
基于线粒体控制区全序列的鄱阳湖水系鲢增殖放流群体与野生群体的遗传多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
采用PCR和DNA测序技术研究鄱阳湖水系增殖放流群体与野生群体白鲢的遗传结构和群体遗传学特征,测定了瑞昌、赣江、增殖放流3个群体54尾鲢线粒体控制区全序列935bp,缺失或插入3个碱基,发现41个变异位点,均为简约信息位点,共检出24个单倍型。转换／颠换比为14.344。在邻接树上来自不同地点的鲢混杂分布于各分支,没有出现明显的谱系结构和地理聚群。AMOVA 分析表明变异主要来自种群内,种群间出现显著分化。FST=0.22388也表明遗传变异主要来自种群内。3个群体间的遗传距离为0.01035～0.01634,Fst值为0.08252～0.39171,表明3个群体间存在显著遗传分化。赣江、瑞昌和增殖放流群体的单倍型多样性分别为0.727、0.978、0.947,核苷酸多样性分别为0.00897、0.01135、0.00978,其中瑞昌群体的单倍型多样性与核苷酸多态性在3个群体中最丰富,其次是增殖放流群体,赣江群体单倍型多样性及核苷酸多样性最低,应加以保护。 相似文献
8.
《分子植物育种》2021,19(16):5546-5554
剑麻是重要的国防和工业战略物资,准确和快速鉴别剑麻种质对于剑麻品种选育具有重要意义。本研究对82份剑麻种质资源中的rbcL和matK的DNA条形码编码区进行测序,分析了rbcL和matK的NJ聚类图、条形码序列多样性以及碱基替换概率。结果显示,rbcL序列GC含量为42.97%,matK序列GC含量为30.55%;matK DNA条形码差异位点数和位点变异率明显高于rbcL DNA;NJ聚类图显示,rbcL序列可将82个剑麻种质分为6个亚群,而matK序列可将82个剑麻种质分为8个亚群,群内每种剑麻种质与其他种质之间均存在一定的遗传距离;差异位点数、位点变异率、核苷酸多样性、中性检验统计等序列多样性结果表明,matK序列的差异性明显高于rbcL序列;rbcL序列和matK序列的碱基发生了不同程度的转换和颠换,碱基转换主要发生在T与C之间,而C和G碱基之间比较保守,发生的颠换概率最低。综上所述,matK序列在剑麻种质中遗传多样性更高,更适用于剑麻种质鉴别。 相似文献
9.
《分子植物育种》2021,19(7):2097-2102
为揭示地方水稻品种中稻瘟病持久抗性基因Bsr-d1序列变异类型,本研究以收集到的缅甸、老挝和越南共79份地方水稻品种为供试材料,设计抗稻瘟病Bsr-d1基因特异引物对Bsr-d1基因启动子功能位点区段进行PCR扩增及测序分析。研究表明,79份地方水稻均持有抗稻瘟病Bsr-d1或bsr-d1等位基因,品种间存在18个变异位点和22个碱基的差异,根据差异所有品种可归为6种单倍型,其中H4和H6为优势单倍型,分别占测试品种的20.25%、58.23%;6种单倍型中仅H3单倍型携带抗性位点,有8个材料归为此类型,占10.13%。缅甸地方品种拥有H1 (15.79%)、H2 (2.63%)、H3 (13.16%)、H4 (18.42%)、H6 (50%)等5种单倍型,优势单倍型为H6;老挝地方品种有H1 (2.56%)、H3 (7.69%)、H4 (23.08%)、H5 (2.56%)、H6 (64.10%) 5种单倍型,H6为优势单倍型,表明缅甸、老挝间在单倍型种类和抗性品种比例上均存在一定差异。本研究结果表明缅甸、老挝水稻资源携带持久抗性基因Bsr-d1的品种比例远高于中国品种,对中国选育稻瘟病持久抗性品种具有重要的利用价值,应加强对该地区种质的引进和分析评价。 相似文献
10.
为研究鲤科鱼类的遗传变异和种间鉴定,采用线粒体D环（mitochondrial DNA,mtDNAD-loop）作为分子标记,测定了四种常见鲤科鱼类（草鱼,Ctenopharyngodon idellus;鲢,Hypophthalmichthys molitri;鲤,Cyprinus carpio;鲫,Carassius cuvieri）mtDNAD-loop核苷酸序列。结果表明：四种鱼类mtDNAD-loop区碱基组成A＋T的平均含量（71.4%）明显高于G＋C（28.6%）。在108个个体中,共检测到132个多态位点（22个单一多态位点和110个简约信息位点）,由此界定了57个单倍型（H1-H57）。鲫的单倍型多样度（1.000±0.017）和核苷酸多样度（0.03593）最高,而草鱼最低（分别为0.499±0.071,0.00817）。四种鱼类可以通过53个特征性碱基严格区分。基于遗传变异分析表明：四种鱼类没有共享单倍型,种间特异性单倍类的特征性碱基可以作为种间鉴别的依据。通过mtDNA控制区的分子标记,可以为鱼类鉴定、种质资源保护及其产品的真伪鉴别提供依据。 相似文献
11.
采用PCR技术对13个从国外引进的樱桃谷鸭的Cytb基因进行了克隆,测序结果基于Kimura 2-parameter模型进行遗传距离的计算,平均遗传距离0.004,通过DnaSP共检测出18个位点碱基存在变异,其中包括3个简约信息位点;可构成两种主要的单倍型,选取8个鸭品种并用构建了部分鸭科动物的系统发育树,发现樱桃谷鸭与棕颈鸭、太平洋黑鸭、麻斑鸭、野生黄嘴鸭归为一类,具有较高的亲缘性,利用简约信息位点可将8个鸭品种分为三个单倍型,因此本研究的结论可以用于鸭科动物的遗传标记筛选和群体的遗传多样性分析。 相似文献
12.
绵羊BMP15基因FecXL突变的检测 总被引：8，自引：0，他引：8
【目的】旨在寻找与产羔数相关的遗传标记,为绵羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。【方法】以控制Lacaune绵羊高繁殖力的骨形态发生蛋白15(bonemorphogenetic protein15,BMP15)基因为候选基因,采用PCR-SSCP方法在绵羊(Ovisaries)高繁殖力品种(小尾寒羊和湖羊)和低繁殖力品种(多赛特、特克塞尔、考力代、杜泊、南非肉用美利奴和中国美利奴绵羊)中检测BMP15基因的FecXL突变,同时研究该基因突变对小尾寒羊和湖羊高繁殖力的影响。【结果】这8个绵羊品种都没有发生与Lacaune绵羊相同的FecXL突变(C53Y)。【结论】BMP15基因中影响Lacaune绵羊高繁殖力的突变位点对小尾寒羊和湖羊的高繁殖力都没有显著影响。 相似文献
13.
为了评价和比较吉林省利用较为广泛的3个绵羊品种的新陈代谢能力和抗病能力,对吉林省饲养的乾华肉用美利奴羊、萨福克羊和小尾寒羊的血液生理生化指标进行了测定和比较。结果发现3个绵羊品种的血液生理指标具有品种差异性。乾华肉用美利奴羊的MID%、GRAN、GRAN%、RBC、HCT、MCH、MCHC、PLT、PDW、PCT等血液生理指标值均显著高于黑头萨福克羊和小尾寒羊(P<0.05);小尾寒羊的WBC指标值最高,乾华肉用美利奴羊次之,黑头萨福克最低,并存在品种间显著差异(P<0.05);LYM在小尾寒羊血液中指标值显著高于另2个品种;黑头萨福克羊的血液中的MID、HGB、MCV指标值显著高于乾华肉用美利奴羊(P<0.05),后者显著高于小尾寒羊的相应指标值(P<0.05)。而RDW-SD、RDW-CV、MPV、P-LCR等指标值则在3个绵羊品种间差异不显著(P>0.05)。3个绵羊品种的ALB、TP、TBIL、PHOS、GLU、CREA、GLO等7个生化指标值在各个品种间由高到低均表现为乾华肉用美利奴羊>黑头萨福克羊>小尾寒羊,并具有品种间差异(P&l... 相似文献
14.
山羊GH基因5′侧翼序列多态及生物信息学分析 总被引：2，自引：0，他引：2
本试验采用PCR-SSCP方法,分析了黄淮山羊、长江三角洲白山羊以及波尔山羊168只个体GH基因5′侧翼区两个位点的遗传多态性,同时分析了三个群体是否为平衡群体。结果如下：在GH基因的两个位点上均发现了多态性,其中第1对引物出现6种基因型,存在2处突变;第2对引物出现3种基因型,存在3处突变。群体分析表明,第1个位点三个群体都处于非平衡状态,说明该位点有经过人工选择的可能;而第2个位点三个群体则都处于平衡状态。进一步利用生物信息学软件分析GH基因的5′侧翼序列,发现在其多态位点处存在IA-1、PIT-1、Gsh-2、C/EBP等多个分值较高的转录因子结合位点,其中264位T→C的突变导致PIT-1和Gsh-2结合位点的消失,至于这些位点是否会影响到GH基因的表达,进而影响到山羊个体的生长发育还需作进一步的研究。 相似文献
15.
为从分子水平研究甘肃境内典型养殖模式下甘肃高山细毛羊、小尾寒羊、藏羊、蒙古羊和滩羊5个绵羊品种的PRKAG3基因多态性与屠宰性能和肉品质的相关性,探讨以PRKAG3为候选基因,提高绵羊屠宰性能和肉品质的可能性。采用PCR-SSCP技术对5个绵羊品种的PRKAG3基因外显子4,5和内含子4多态性进行检测,并就PRKAG3基因多态性与9月龄屠宰性能和肉品质进行相关性分析。结果表明,在PRKAG3基因2 689 bp处发生了AG的突变,位于第4内含子第23 bp处,表现出3种基因型,AA、AB和BB。纯合度(Ho)分别为0.67,0.69,0.76,0.69,0.59,杂合度(He)分别为0.333 3,0.306 1,0.244 9,0.307 7,0.408 2,有效等位基因(Ne)分别为1.62,1.66,1.69,1.48,1.79,多态信息含量(PIC)分别为0.31,0.32,0.33,0.27,0.34。除藏羊外其他4个绵羊品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态。关联分析表明,5个绵羊品种PRKAG3基因此变异位点的3个基因型间失水率性状差异显著(P0.05);BB基因型个体的胴体重显著高于AA型(P0.05),滩羊为极显著(P0.01),BB基因型个体的眼肌面积显著大于AA型(P0.05)(藏羊除外)。因此说明PRKAG3基因可作为候选基因用于绵羊产肉性能和肉品质的分子标记辅助选择。 相似文献
16.
为了研究骨形态发生蛋白受体(BMPR-IB)基因对绵羊排卵控制的作用,进一步寻找与多胎绵羊相关的遗传标记,为中国地方绵羊品种繁殖性状的标记辅助选择提供一定的理论基础。以影响Booroola Merino高产性能的BM-PR-IB基因为候选基因,采用PCR-RFLP方法分析内蒙古地方品种,蒙古羊、呼伦贝尔羊、内蒙古细毛羊与中国美利奴多胎品系共206只绵羊个体的基因多态性,以及BMPR-IB基因多态性与绵羊进化的关系。结果表明:高繁殖力的中国美利奴羊多胎品系BMPR-IB基因编码序列第746位碱基处发生了与Booroola Merino绵羊相同的突变(A746G),而低繁殖力的蒙古羊、呼伦贝尔羊、内蒙古细毛羊则没有发生这种突变。 相似文献
17.
杨属ITS序列的分子进化特点分析 总被引：4，自引：1，他引：4
本文通过对杨属5组代表种并以柳属中旱柳的ITS序列作为参照,用成对比较的方法对杨属21个植物样品的ITS序列比较发现,杨属ITS序列的碱基替换情况是转换数大于颠换数,ITS-1序列中碱基发生转换和颠换的数目基本相似,而ITS-2序列中碱基发生转换的数目远远大于颠换。用朱克斯和坎托一参数模型和木村二参数模型对杨属ITS序列的替换率计算,无论是ITS-1还是ITS-2序列都没有达到数理统计上的明显差异。但由于ITS-2序列碱基的变化转换大大高于颠换,所以二参数模型计算所得结果大于一参数模型;采用相对速率测验法,对杨属各组分子进化相对速率进行了检测,结果分析得知,杨属5组的ITS序列分子进化速率有差异。杨属各组的ITS-1序列比较说明,大叶杨组、青杨组、黑杨组的进化速率都小于白杨组,而胡杨组则是进化速率最快的,大叶杨组的进化速率小于青杨组、胡杨组和黑杨组,黑杨组和胡杨组大于青杨组;ITS-2序列比较发现白杨组是进化速率最慢,其次是大叶杨组、青杨组,而黑杨组则稍大于胡杨组;总ITS序列比较是大叶杨组和黑杨组相对较慢,胡杨组最快;但就总的碱基替换分析,除了黑杨组和大叶杨组在ITS-1区间及青杨组、胡杨组和白杨组在ITS-2区间进化速率有显著差异外,其余组间都无显著的差异,尤其是在整个ITS序列区段碱基替换的差异都无显著差异。 相似文献
18.
山羊心脏型脂肪酸结合蛋白cDNA序列克隆及生物信息学分析 总被引：2，自引：1，他引：2
本文通过RT-PCR技术克隆山羊心脏型脂肪酸结合蛋白的cDNA 全序列,并对cDNA序列的氨基酸同源性、理化性质、二级结构特征进行了预测和分析。结果显示,山羊H-FABP基因cDNA全长402 bp,推测的氨基酸序列与绵头同源性为100%;H-FABP蛋白属疏水性蛋白,呈为弱酸性;二级结构以β折叠为主;不含跨膜结构域,具有潜在的信号肽位点、多个其它信号位点以及细胞脂肪酸结合信号位点,从而为揭示H-FABP蛋白空间结构和生物学功能研究提供理论基础。 相似文献
19.
20.
蒙古羊BMP15基因外显子1位点多态性与产羔性能关系分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用PCR-SSCP技术对蒙古羊BMP15基因外显子1位点的单核苷酸多态性(SNP)进行了检测,并对其与产羔性能关系进行了分析.结果表明,在所检测的116个蒙古羊个体中,BMP15 基因在该位点均呈现多态性,具有 、A 和AA 3种基因型.测序分析表明,该段DNA序列中存在3个碱基的缺失,即编码区第28,29,30位碱基缺失,这个突变使野生型( )氨基酸序列上相应的10号氨基酸残基亮氨酸(L)缺失,变成了突变基因型(AA),形成B1突变体;群体遗传学分析表明,B1突变在双羔系中的发生频率高于单羔系中发生的频率,χ2适合性检验结果表明,两品系在该位点具有中度多态性并处于Hardy-Weinberg平衡状态(p＞0.05);与产羔性能关系分析表明B1突变对蒙古羊产羔数无显著影响(p＞0.05). 相似文献