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1.
为检测钱塘江中下游三角鲂放流苗种群体遗传多样性和遗传结构,采用毛细管电泳基因分型技术,基于9对荧光标记SSR引物对来自4个放流苗种群体的192尾样本进行扩增和基因分型测序。结果表明,各群体单个位点检测到的等位基因数Na均值为(20±2)～(24±2),有效等位基因数Ne均值为(10.76±1.51)～(13.66±1.33),其中余杭群体等位基因数Na和有效等位基因数Ne最大,建德和桐庐群体的这2项指标大体相当;4个群体Shannon’s信息指数I均值为(2.55±0.13)～(2.83±0.09);4个群体观测杂合度Ho均值为(0.83±0.08)～(0.94±0.03),期望杂合度He均值为(0.88±0.02)～(0.92±0.01),绝大多数位点表现出杂合子过剩;余杭、建德、桐庐、富阳各群体的私有等位基因数依次为54、9、15、17个;4个放流三角鲂苗种群体遗传多样性处于较高水平,部分群体出现了杂合子过剩和等位基因丢失现象。分子方差分析显示,98.7%的遗传变异来自群体内的个体间,1.3%遗传变异来自群体间,4个放流群体间遗传分化指数为0.013～0.017,遗传分化很小(0&... 相似文献
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为筛选出多态性EST-SSR位点,来评价乐清湾缢蛏养殖群体遗传的样性变化。采用40对EST-SSR引物对浙江省乐清湾缢蛏养殖群体进行全基因扫描,结果显示,有29对引物能获得稳定的特异性条带（占总数的72.5%）,其中14个微卫星位点具有多态性（占总数35%)。14个位点共检测到等位基因数（Na）61个,每个位点的等位基因数变化从2~12个。各引物观测杂合度（HO）、期望杂合度（HE）和多态信息含量(PIC)变化范围分别为0.025~0.868、0.258~0.850、0.242~0.834;位点YC-1、YC-11、YC-1２、YC-16、YC-27、YC-35（p<0.05）显著偏离哈代-温伯格平衡。说明缢蛏EST序列中有较丰富的SSR位点;乐清湾缢蛏养殖群体遗传多样性较丰富,但有所下降,需加强资源保护。 相似文献
3.
基于线粒体控制区全序列的鄱阳湖水系鲢增殖放流群体与野生群体的遗传多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
采用PCR和DNA测序技术研究鄱阳湖水系增殖放流群体与野生群体白鲢的遗传结构和群体遗传学特征,测定了瑞昌、赣江、增殖放流3个群体54尾鲢线粒体控制区全序列935bp,缺失或插入3个碱基,发现41个变异位点,均为简约信息位点,共检出24个单倍型。转换／颠换比为14.344。在邻接树上来自不同地点的鲢混杂分布于各分支,没有出现明显的谱系结构和地理聚群。AMOVA 分析表明变异主要来自种群内,种群间出现显著分化。FST=0.22388也表明遗传变异主要来自种群内。3个群体间的遗传距离为0.01035～0.01634,Fst值为0.08252～0.39171,表明3个群体间存在显著遗传分化。赣江、瑞昌和增殖放流群体的单倍型多样性分别为0.727、0.978、0.947,核苷酸多样性分别为0.00897、0.01135、0.00978,其中瑞昌群体的单倍型多样性与核苷酸多态性在3个群体中最丰富,其次是增殖放流群体,赣江群体单倍型多样性及核苷酸多样性最低,应加以保护。 相似文献
4.
《华北农学报》2015,(Z1)
为了研究微卫星标记在哲罗鱼增殖放流中的应用,采用18对微卫星标记分析了哲罗鱼放流回捕群体(JC)、塔河群体(TH)及放流亲本群体(HT、YZ)的遗传多样性和遗传结构,并对回捕个体进行了鉴定。结果表明,Na、Ne、I、He和H均是HTJCTHYZ,Ho是YZ群体最高,TH群体最低,这4个群体的遗传多样性均处于中等偏上水平;AMOVA分析表明,4个群体内差异不显著,群体间差异达到显著水平;遗传距离分析显示YZ群体和HT群体的相似度最大为0.718 3,JC群体与其他3个群体的遗传相似度处于中等水平在0.566 5~0.689 5,YZ群体和TH群体的遗传相似性最小为0.495 9。结果显示,微卫星标记能够清晰地显示放流亲本的遗传背景,保证放流子代具有较好的遗传多样性。同时微卫星标记能够区分放流个体和野生个体,可见微卫星标记能够指导哲罗鱼放流工作。为哲罗鱼下一步的放流工作提供了科学依据。 相似文献
5.
利用FIASCO技术进行波纹巴非蛤微卫星 总被引：1，自引：0，他引：1
为揭示波纹巴非蛤种质遗传特性、开发种质库,利用FIASCO(Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing Repeats)技术开展了其基因组微卫星标记的分离与筛选研究。基因组DNA经限制性内切酶Mse I 酶切后与接头连接,用生物素标记的(CA)15或(AAG)7探针与其杂交,然后用磁珠富集、洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增后形成双链,最后进行克隆转化,构建微卫星富集文库。挑选克隆用探针引物(CA)15或(AAG)7和载体引物进行PCR筛选,测序得到含有微卫星DNA的序列,根据序列设计和合成微卫星引物,进行引物适用性分析,并分析了湛江群体的遗传结构。结果表明,8对微卫星引物在湛江群体共检测到108个等位基因,每个位点等位基因数为5~19,期望杂合度为0.666~0.926,观测杂合度为0.400~0.882,4个位点(Pun4,Pun5,Pun6,Pun7)显著偏离哈迪-温伯格平衡(P<0.00625);PIC介于0.62~0.92,所有位点均属于高度多态位点(PIC>0.5)。说明FIASCO技术适合于波纹巴非蛤微卫星标记的分离与筛选,筛选得到的8个微卫星位点能用于波纹巴非蛤遗传多样性分析及野生群体与养殖群体的群体结构分析。 相似文献
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7.
苦瓜种质资源SSR遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《分子植物育种》2016,(7)
利用苦瓜SSR引物对50份苦瓜基因组DNA进行扩增,分析其遗传多样性,并用NTSYS-pc 2.10e软件进行数据分析,计算遗传相似度,并用UPGMA方法进行聚类和亲缘关系分析。结果表明:16对SSR引物扩增出103条等位基因,多态性条带100个,平均每对引物扩增出6.44个位点,说明SSR引物在苦瓜遗传分析中有较高的实用性。50份苦瓜多态性位点百分率P、基因杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)、ShannonWiener指数(H')、多态信息含量(PIC)和遗传距离的均值结果分别为:95.8%、0.845、8.341、2.089、0.823、0.333,表明参试苦瓜遗传信息非常丰富。聚类分析将50份苦瓜聚为8类,第7类为最大遗传群体,野生苦瓜在整个群体的最外围,说明该材料具有独特的遗传特性;另外,多数油瓜分类中含有珍珠瓜和大顶苦瓜,说明油瓜中含有其它两类苦瓜较为丰富的遗传信息。 相似文献
8.
为了阐明大蜜蜂的群体遗传特征,评价云南地区大蜜蜂的遗传多样性,本研究利用14对微卫星引物对采自云南省的35群野生大蜜蜂进行了群体遗传变异检测和遗传多样性分析。在大蜜蜂群体中共检测到51个等位基因,平均等位基因数为3.642 9,平均有效等位基因数2.809 2,平均期望杂合度为0.573 0,平均多态信息含量为0.524 3。根据Nei’s遗传距离用UPGMA方法对35群大蜜蜂进行亲缘关系分析,结果聚为A,B,C,D共4个支系。结果表明云南大蜜蜂群体遗传多样性相对贫乏,分化程度较低。 相似文献
9.
本研究以采自黄山地区海拔350~1 850 m的马尾松群体、黄山松群体及其渐渗群体的416个个体为材料,利用筛选的10对SSR引物研究了群体遗传多样性、遗传结构及群体间的渐渗。结果表明:10对SSR引物检测到的等位基因共37个,各位点等位基因数(A)的范围为2~7个,Shannon指数(I)平均为1.0301;按16组海拔高度来分析,10对SSR引物扩增的平均等位基因数为3.1个,平均有效等位基因数(Ne)约为2.4个,Shannon指数(I)平均为0.849 5。根据16组海拔高度内松树群体的等位基因频率变化及16组海拔区间群体的遗传距离和海拔差进行Mantel检测分析,发现黄山松基因向渐渗群体渐渗的强度高于马尾松。以上结果显示黄山松群体与采集的416个个体中大部分个体亲缘关系较近,这说明黄山松在不同海拔松树群体的基因渐渗中起主导作用。 相似文献
10.
为了对豫南茶树种质资源进行初步鉴定和评价，以豫南茶树种质资源圃内41份无性系品种为材料，利用SSR分子标记技术进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果表明：从33对引物中筛选出26对扩增较好的引物，26对引物共扩增出102条谱带，平均每对引物扩增条带4条，最少为2条，最多为7条，检测的平均观测等位基因数2个，平均有效等位基因数1.8664个，平均Nei’s遗传多样性0.4626，平均Shannon信息指数0.6550，引物多态信息量最大值0.80，最小值0.23，平均值0.62。聚类分析结果显示，在相似系数为0.5处，将41份材料分为4大类群，地理来源和遗传背景相近的大都聚在一起，供试品种的遗传距离为0.08～1.87，说明资源圃内品种间遗传基础较宽。 相似文献
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The genetic diversity of old and modern Siberian varieties of common spring wheat as determined by microsatellite markers 总被引：4，自引：0，他引：4
E. K. Khlestkina M. S. Röder T. T. Efremova A. Börner V. K. Shumny 《Plant Breeding》2004,123(2):122-127
The objective of this study was to assess genetic diversity within old and modern common spring wheat (Triticum aestivumL.) varieties cultivated in Siberia and to find out whether old Siberian varieties could be a potential source for genetic diversity in modern wheat breeding in Siberia. A set of 54 varieties was analysed using 22 wheat microsatellite markers (WMS), determining 23 loci located on 19 different chromosomes. In total, 151 alleles were detected with an average of 6.6, ranging from three to 11 alleles per locus. The average genetic diversity value (polymorphic information content) was 0.70. WMS located in the B genome produced more alleles per locus (7.6) compared with WMS located in the A (6.0) and D (6.0) genomes. Genetic similarity values between varieties ranged from 0.19 to 0.96 and were used to produce a dendrogram. With a few exceptions the varieties studied were clustered in two nearly equal groups consisting of predominantly old (released before 1960) and modern (released in 1960‐90s) varieties, respectively. Genetic diversity values within these two groups were similar with 0.60 and 0.58, respectively. The numbers of group‐specific alleles were 34 and 29, respectively. A significant variation in frequencies of 79 shared alleles was observed. The results obtained by using genomic microsatellite sequences demonstrated that breeding has not resulted in a decrease in the genetic diversity in Siberian spring wheat. However, significant quantitative and qualitative changes in allelic frequencies of different loci were detected. It may be suggested, that old Siberian common spring wheat varieties are a potential basis for genetic diversity in modern wheat breeding in Siberia. 相似文献
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了解藜麦种质资源的遗传多样性,为藜麦在贵州有效推广、种植、应用,并通过杂交手段创建藜麦新种质。试验以国内外收集到的96份藜麦种质作为试验群体,种植于大田,采用CTAB法提取96份材料的基因组DNA,再利用筛选出的18对多态性SSR标记对藜麦基因组相应的位点进行扩增,扩增产物用PAGE检测。结果表明,18对多态性的SSR引物,共检测出192个等位基因条带,每一对多态性SSR引物的等位基因数为3~21个,平均等位基因数为10.7个。96份藜麦材料遗传相似系数范围为0.599~0.980,平均值为0.7895。UPGMA聚类分析显示,在距离为0.752处可将96份藜麦材料分为五类。本研究中藜麦种质农艺性状方面存在着丰富的变异类型,选用的藜麦SSR标记在供试材料中具有较好的多态性,通过聚类分析可将材料按选系类型、来源地区、农艺性状等划分为不同的类群或亚类群。 相似文献
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矮孟牛及其后代育成品种的多态性分析与指纹鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
为深入了解矮孟牛及其衍生品种(系)的遗传特性,为育种工作中合理利用小麦育种骨干亲本提供理论依据,本研究利用22对SSR引物分析了矮孟牛及其衍生品种(系)共25份材料的遗传多样性.在25份材料中共检测到128个等位变异,等位变异数目为3～9个,每个位点上平均等位变异数为5.82个.25份材料间的遗传相似性系数(GS)在0.43～0.90,平均为0.63,表明品种间遗传差异较小.用非加权配对算术平均法UPGMA将25份材料分为五类,聚类结果较好地反映了品种(系)间的亲缘关系.利用其中3对多态性较好的引物可以对供试材料的DNA指纹进行鉴定,为我国小麦品种的指纹图谱构建及品种权保护提供参考. 相似文献
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Genetic diversity of garlic (Allium sativum L.) germplasm from China by fluorescent‐based AFLP,SSR and InDel markers 
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下载免费PDF全文 Haiping Wang Xixiang Li Xiuhui Liu Yang Oiu Jiangping Song Xiaohui Zhang 《Plant Breeding》2016,135(6):743-750
Garlic (Allium sativum L.), an asexually propagated crop, is an important vegetable and medicinal plant. China is the biggest garlic producer in the world; however, the genetic background of garlic from China is not well understood. In this study, population structure and clustering analysis of garlic germplasm was performed using amplified fragment length polymorphism (AFLP), simple sequence repeat (SSR) and insertion–deletion (InDel) markers. Among 212 accessions of garlic, genetic diversity analysis identified 546 alleles amplified by AFLP, SSR and InDel primers, and 492 of these were polymorphic. All accessions were divided into five groups by structure analysis and neighbor‐joining clustering. Most traits, including allicin content, were only slightly affected by population structure, which indicated that this germplasm can be used as populations for association mapping. The results provide a molecular basis for understanding the genetic diversity of the garlic germplasm preserved in China. 相似文献
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19份玉米EMS诱变系的遗传差异评价 总被引：3，自引：0，他引：3
对新选的玉米EMS诱变系进行遗传评价是对其展开利用研究的前提。以19份玉米EMS诱变系为试材,利用表型分析和玉米品种鉴定技术规程SSR标记法(NY/T1432-2014),研究各诱变系与相应基础试材间的遗传差异,结果表明:在考察的20个性状中,与基础试材相比,诱变系K305Y1403、K305Y1409、K305Y1411和K305Y1415有9个性状达到显著或极显著差异;R08Y1425、R08Y1423、R08Y1429分别有17,13,12个性状达到显著或极显著差异,与相应基础试材差异较大。40对SSR引物,平均每对引物在来源于K305与R08的诱变系中,检测出的等位基因个数平均分别为3.8,4.2个,扩增出的基因型个数平均分别为1.90,2.15个;每个位点的多态性信息量(PIC)分别为0~0.76和0~0.88,平均PIC分别为0.20和0.28;与基础材料间的遗传相似系数分别为0.790~0.918和0.707~0.884,平均分别为0.862和0.809;各诱变系与相应基础试材的遗传差异位点数均在2个或2个以上。综上可知,该19份新选诱变系与相应基础试材间存在真实的遗传差异,可继续开展其遗传利用研究。 相似文献
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利用相同来源F2:3和BC2S1群体定位玉米生育期QTL 总被引：1，自引：0，他引：1
以普通玉米自交系丹232和爆裂玉米自交系N04为亲本构建259个F2:3和220个BC2S1家系群体,利用SSR标记构建分子标记遗传图谱,利用复合区间作图方法对4个生育期性状进行QTL定位和效应分析。利用F2:3群体共检测到4个抽雄期QTL、6个吐丝期QTL和3个散粉期QTL。单个QTL可解释的表型变异为6.7%~18.4%,可解释的表型总变异为28.9%~50.3%,11个QTL的增效基因来自生育期较长的亲本丹232,其余2个QTL的增效基因来自生育期较短的亲本N04;BC2S1群体检测到8个与4个生育期性状相关的QTL,单个QTL可解释的表型变异为4.5%~11.6%,可解释的表型总变异为13.2%~18.5%,增效基因来自两个亲本的QTL为3个和5个。两类群体检测出QTL的数目、位置、效应和贡献率均存在较大差异,主要原因在于BC2S1群体抽样选择所引起的群体结构差异,F2:3群体显示出较高的QTL检测能力,但回交育种过程中应慎重依据F2:3群体QTL定位结果进行标记辅助选择(MAS)。 相似文献
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林甸鸡和大骨鸡微卫星DNA标记遗传多样性的比较研究 总被引：3，自引：3，他引：0
为了从分子水平上揭示林甸鸡和大骨鸡的群体遗传结构,利用鸡基因组中5个微卫星标记,检测了林甸鸡和大骨鸡群体的遗传多样性。同时探讨了林甸鸡和大骨鸡在国内几个地方鸡种中的系统地位。结果表明,5个微卫星位点共检测到38个等位基因,其中ADL0146位点的等位基因数5个,为最少,而ADL0136和ADL0185两个位点的等位基因数9个,为最多;5个微卫星位点的平均等位基因数为7．6个。林甸鸡群体内比大骨鸡群体有更丰富的遗传多样性。聚类分析结果显示,林甸鸡和大骨鸡与边鸡、日照麻鸡及寿光鸡之间有比较密切的亲缘关系;而林甸鸡和大骨鸡与鲁西斗鸡的亲缘关系均较远。总体而言,该系统聚类结果与7个鸡种的分化与选育历史是一致的。 相似文献
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大豆育成品种农艺性状QTL与SSR标记的关联分析 总被引：15，自引：3，他引：12
利用85个SSR标记,对大豆育成品种群体(190份代表性材料)的基因组进行扫描,在检测群体结构基础上搜索连锁不平衡位点,并采用TASSEL软件的GLM方法对11个大豆农艺性状QTL进行关联分析。结果表明：(1) 在公共图谱上共线性或非共线性的SSR位点组合均广泛存在连锁不平衡(LD),但不平衡程度D′>0.5的组合数只占总位点组合的1.71%,共线位点D′值随遗传距离衰减较快;(2) SSR数据遗传结构分析表明,育成品种群体由7个亚群体组成,矫正后全群体共有45个位点累计136个位点(次)与11个大豆农艺性状QTL关联,其中22个位点(次)与家系连锁定位的QTL区间相重,有43个位点(次) 2年重复出现;(3) 一些标记同时与2个或多个性状关联,可能是性状相关或一因多效的遗传基础;(4) 育成品种群体关联位点与地方品种群体和野生群体只有少数相同,群体间育种性状的遗传结构有相当大差异;(5) 发掘出农艺性状优异等位变异及其载体品种,包括增效最大的产量等位变异Satt347-300 (+932 kg hm-2,中豆26),生物量等位变异Satt365-294(+3 123 kg hm-2,黄毛豆),蛋白质含量等位变异Be475343-198 (+0.41%,淮豆4号),脂肪含量等位变异Satt150-273 (+2.32%,科丰15)等。在此基础上作了设计育种的探讨。 相似文献