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[目的]研究分析了贵州黑山羊mtDNACytb基因的遗传多样性,为贵州黑山羊遗传资源的保护、开发及利用奠定分子遗传学方面的基础。[方法]测定贵州黑山羊品种16个个体的细胞色素b基因全序列,分析其碱基组成和序列间碱基的变异。[结果]在该品种(群体)中观察到6次T-C间发生碱基转换,其中有5个碱基替换发生在密码子第3位点,有1个碱基替换发生在密码子第1位点,且所有的变异均为同义突变;观察到4种单倍型。单倍型多样度(H)为0.442,核苷酸多样度(π值)为0.145%+0.159%。以绵羊为外群构建分子系统发生树,结果初步提示,贵州黑山羊有两个母系起源,其中支系A占81.25%(13/16),支系B占18.75%(3/16)。[结论]贵州黑山羊有两个母系起源(支系A和支系B),且该品种线粒体DNA多态度较为贫乏。 相似文献
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线粒体细胞色素b基因序列分析可显示种间及种内遗传差异,广泛用于种类鉴定和系统发生研究.为了阐明翘嘴红鲐与其他鳊亚科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了翘嘴红鲐的414 bp细胞色素b基因片段序列.所获序列与4种鳊亚科鱼类细胞色素b基因的相应序列进行比较,发现共有61个多态性核苷酸位点(14.73%),大多数位点出现在密码子的第3位且主要为碱基转换.翘嘴红鲐与鳊之间的序列同源性最高,为93.48%,与广东鲂、三角鲂和团头鲂的序列同源性则分剐为90.58%,90.82%,91.30%.以鲤为外群,分别利用MP法和NJ法分析上述序列数据,获得相似的系统发生树.该结果显示,翘嘴红鲐和鳊聚为1个支系,广东鲂、三角鲂以及团头鲂则聚为另1个支系,说明翘嘴红鲐与鳊的亲缘关系较近,而与广东鲂、三角鲂及团头鲂的亲缘关系则较远. 相似文献
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线粒体细胞色素b基因序列分析可显示种间及种内遗传差异,广泛用于种类鉴定和系统发生研究。为了阐明翘嘴红鲌与其他鳊亚科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了翘嘴红鲌的414bp细胞色素b基因片段序列。所获序列与4种鳊亚科鱼类细胞色素b基因的相应序列进行比较,发现共有61个多态性核苷酸位点（14．73％）,大多数位点出现在密码子的第3位且主要为碱基转换。翘嘴红鲌与鳊之间的序列同源性最高,为93．48％,与广东鲂、三角鲂和团头鲂的序列同源性则分别为90．58％,90．82％,91．30％。以鲤为外群,分别利用MP法和NJ法分析上述序列数据,获得相似的系统发生树。该结果显示,翘嘴红鲌和鳊聚为1个支系,广东鲂、三角鲂以及团头鲂则聚为另1个支系,说明翘嘴红鲌与鳊的亲缘关系较近,而与广东鲂、三角鲂及团头鲂的亲缘关系则较远。 相似文献
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对5个种群的南方鲇(Silurus merdionalis Chen)的线粒体DNA细胞色素b基因片段的500 bp序列进行测定, 经Clustal X同源排序后得400 bp序列, 结果发现: 南方鲇种群内碱基的变异很低, 雅砻江、岷江、乌江种群均为0, 宜宾种群为0.25%, 洞庭湖种群为1%; 雅砻江、岷江、乌江种群只有1种单倍型, 宜宾种群有2种单倍型, 洞庭湖种群有5种单倍型, 且单倍型间变异位点很少, 雅砻江、岷江、乌江种群无变异位点, 宜宾种群仅有1个变异位点, 洞庭湖种群有4个变异位点. 表明细胞色素b基因在南方鲇种群内是相当保守的. 相似文献
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对5个种群的南方鲇（Silurus merdionalisChen）的线粒体DNA细胞色素b基因片段的500 bp序列进行测定,经Clustal X同源排序后得400 bp序列,结果发现：南方鲇种群内碱基的变异很低,雅砻江、岷江、乌江种群均为0,宜宾种群为0.25%,洞庭湖种群为1%;雅砻江、岷江、乌江种群只有1种单倍型,宜宾种群有2种单倍型,洞庭湖种群有5种单倍型,且单倍型间变异位点很少,雅砻江、岷江、乌江种群无变异位点,宜宾种群仅有1个变异位点,洞庭湖种群有4个变异位点.表明细胞色素b基因在南方鲇种群内是相当保守的. 相似文献
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《江苏农业科学》2018,(20)
采用线粒体Cyt b基因为分子标记,研究金色鳜鱼选育群体与安徽三大水系野生鳜鱼群体的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,110个样品的Cyt b基因全序列长为1 141 bp,野生群体共检出12个核苷酸变异位点(变异率0. 011%)、12种单倍型,选育群体无变异位点,仅包含1个单倍型,群体遗传多样性低。序列碱基A、T、G、C的平均含量分别为26. 1%、28. 4%、14. 5%、30. 9%,A+T含量(54. 5%) G+C含量(45. 5%)。分子变异分析(AMOVA)中,21. 64%遗传变异来自群体间,说明鳜鱼群体间产生了一定程度的遗传分化。群体间分子系统树显示,金色鳜鱼选育群体与淮河群体鳜鱼亲缘关系更接近,而长江群体处于淮河群体与新安江群体的过渡,这与各野生群体所处地理位置相关。 相似文献
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【目的】分析安徽东流水牛群体的分子遗传特性,为今后开展我国地方水牛品种研究提供科学依据。【方法】采用测序技术测定安徽东至县31头东流水牛线粒体DNA(mtDNA)D-Loop序列,结合GenBank数据库中已报道的22个群体的471条中国水牛D-Loop序列进行联合分析,利用DnaSP 5.1软件统计核苷酸多样性和单倍型多样性,利用MEGA 5.10软件构建N-J系统发生树,利用Network 4.60软件构建单倍型的media-joining网络。【结果】在22个中国水牛群体中发现163个变异位点,180个单倍型,其核苷酸多样性为0.018 23±0.002 21,单倍型多样性为0.877 40±0.013 80,其中在东流水牛D-Loop序列中发现70个变异位点,构成35种单倍型,其核苷酸多样性为0.013 31±0.002 08,单倍型多样性为0.944 00±0.023 00,群体变异性水平与中国其他水牛群体接近。N-J系统发生树和media-joining进化网络显示,中国水牛分为沼泽型和江河型,前者又分为A和B支系,B支系包括b1和b22个亚支系,东流水牛分布于A和B支系中。【结论】东流水牛群体遗传多样性丰富,且线粒体具有2个母系来源。 相似文献
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《江苏农业学报》2015,(4)
为科学保护太湖大银鱼种质资源,制定合理的野生资源保护策略,实现太湖大银鱼资源的可持续发展和利用,以细胞色素b基因(cyt b)作为分子标记,对太湖大银鱼野生群体进行遗传多样性分析。通过PCR扩增与序列测定获得了cyt b基因全长序列(1 141 bp)。在35条同源cyt b基因序列中,A、T、G和C碱基的平均含量分别为21.67%、29.25%、16.71%和32.36%,A+T的含量(50.92%)略高于G+C的含量(49.07%)。Cyt b中共检出13个变异位点,总变异率为1.14%,其中9个为简约信息位点,4个为单一信息位点。35条cyt b序列共定义12个单倍型,单倍型之间的平均遗传距离为0.003,NJ法构建的单倍型系统进化树显示所有单倍型聚为一支,单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.850±0.045和0.002 96±0.000 17,平均核苷酸差异数为3.378。中性检验分析结果显示Tajima’s D值为0.224 52,且差异不显著(P0.10),这表明太湖大银鱼种群稳定,没有经历种群扩张。 相似文献
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测定了18头海子水牛细胞色素b(Cyt b)基因全序列(1 140 bp)并对其进行了分析。Cyt b基因1 140个位点中,共发现10个可变位点,均为转换,其中1个位点引起氨基酸更换替代,其余可变位点均为同义替换。序列分析表明,海子水牛Cyt b基因表现出明显的碱基组成偏倚和密码子使用偏倚。研究发现,海子水牛终止密码子包括AGA和AGG两种,其中AGG为牛亚科动物Cyt b基因的终止密码子之一是国内外首次报道。18条Cyt b基因序列共定义了4种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.527,核苷酸多样性(Pi)为0.004 63,表明海子水牛的遗传多样度较高,推测海子水牛可能存在两种甚至更多不同的母系起源。 相似文献
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【目的】估计鸭科鸟类间的分歧时间,了解鸭科不同鸟类的遗传背景。【方法】测定鸿雁家鹅15个品种、灰雁家鹅2个品种共44个个体的细胞色素b基因的全序列。将获得的鸿雁家鹅和灰雁家鹅的一致序列（2条）与GenBank中已知的鸟类细胞色素b基因部分序列（共13条;其中,鸡形目4条、鸭科鸟类9条）一起组成共15条序列作为本研究的数据集,并以鸡形目与雁形目（鸡/绿头鸭）的分歧时间（89.8 MYA）为锚定点,对鸭科的分子钟进行顺序标定。【结果】雉科（Gallus gallus和Coturnix japonica1、Coturnix japonica4、Coturnix chinensis）与鸭科（Anas platyrhynchos、Anas poecilorhyncha;Bucephala clangula;Chloephaga picta;Cairina moschata;Somateria mollissima和 Anser anser、Anser cygnoides、Anser albifrons,共6个属）间的分歧时间的估计值为101.798 MYA（泊松模型）和129.461 MYA（Г模型）;雁属（Anser anser、Anser cygnoides和Anser albifrons）与5个鸭属（Anas platyrhynchos、Anas poecilorhyncha;Bucephala clangula;Chloephaga picta;Cairina moschata和Somateria mollissima）间的分歧时间为55.1225 MYA（泊松模型）和62.5223 MYA（Г模型）。【结论】雉科与鸭科、雁属与鸭属两个接近基部类群的分歧时间发生在白垩纪（146—65 MYA）,支持鸟类早期历史发生在白垩纪的观点。 相似文献
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新疆马鹿群体的系统发育 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨新疆马鹿系统发生关系及分类地位,对塔里木马鹿、阿尔泰马鹿、天山马鹿共3个亚种38个个体的Cyt b全序列(1 140 bp)扩增、测序,分析了碱基组成和变异以及核苷酸序列差异,并以黇鹿(Fallowdeer,Cervus dama Linnaeus)为外群,分别采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建了系统发育树。结果显示:突变转换/颠换比值较高(R=25.665),Cyt b基因密码子碱基使用具有偏倚性;塔里木马鹿与阿尔泰马鹿、天山马鹿遗传距离较远;塔里木马鹿与天山马鹿有部分单倍型与其他亚种聚为一类。因此认为塔里木马鹿与阿尔泰马鹿、天山马鹿属于不同的类群;塔里木马鹿与天山马鹿都受到外种入侵,疑为引种杂交所致。 相似文献
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贵州务川黑牛mtDNA Cytb基因遗传多样性研究* 总被引：1，自引：0，他引：1
务川黑牛是贵州省新近发现的独特地方品种,其起源和系统地位尚存争议。测定了22个务川黑牛的Cyt b基因全序列,结合已报道的中国9个黄牛品种17个个体的Cyt b基因全序列进行分析,结果显示：务川黑牛的Cytb基因全长1140 bp,共检测到21个核苷酸多态位点。碱基A+T平均含量为567%,显著高于G+C平均含量43.4%,第3密码子表现出较强的碱基组成偏倚。定义了8种单倍型且突变类型仅存在转换,表明务川黑牛的Cyt b基因的遗传多态性较为丰富。邻接法(NJ）构建的分子系统树表明,务川黑牛有2个母系起源即普通牛起源和瘤牛起源。 相似文献
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[目的]对大海马D-loop和Cyt b序列进行遗传变异分析。[方法]基于D-loop和Cyt b部分序列对东山岛(20尾)和泉州市(20尾)养殖场大海马进行遗传变异分析。[结果]获得的D-loop和Cyt b序列分别为707~709 bp和404 bp,且2种序列在2个大海马群体之间极其保守。D-loop和Cyt b序列G+C含量明显低于A+T含量,C含量也低于G含量,Cyt b序列第3位密码子G含量最少。东山岛和泉州市的大海马(各20条)D-loop序列的平均核苷酸差异数分别为0.489和0.958,且分别定义了3种和6种单倍型,东山岛和泉州市的大海马(各20条)Cyt b序列在2个群体之间相似度为100%,只定义了1种单倍型。[结论]研究表明D-loop和Cyt b序列在2个大海马群体中变异较小。 相似文献
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[目的]从群体的角度,初步探讨细胞色素b（Cytb）基因标记绵羊种内亲缘关系。[方法]用PCR方法扩增出滩羊和洼地绵羊2个地方绵羊品种共112个个体的线粒体DNA（m tDNA）Cytb基因,用限制性内切酶EcoRΙ对其进行限制性长度多态性（RFLP）分析。[结果]在56个滩羊样品中,有51个个体检测到1个酶切位点,5个个体没有检测到切点,呈现出2种限制性态型。在56个洼地绵羊样品中均能检测到酶切位点,表现为1种限制性态型。[结论]受试绵羊品种线粒体DNA多态性较贫乏,且m tDNA Cytb基因在绵羊品种内、品种间都有很强的保守性。因此,Cytb基因标记绵羊种内亲缘关系有一定的局限性。 相似文献
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通过对20头雷琼牛(Bos indicus)细胞色素b(Cyt b)基因序列(1 140 bp)的比对和分析,共发现7个变异位点,定义了6种单倍型。经与GenBank上6个牛种的Cyt b基因序列进行比较,分析其碱基组成和核苷酸序列变异,计算不同牛种间的kimura双参数遗传距离。以亚洲水牛(Bubalusbubalis)为外群,应用邻接法构建牛属动物分子系统发育树。结果表明:雷琼牛与印度瘤牛(Bos indicus)一样同属于典型的瘤牛,但两者有明显的区别,推测中国可能是世界瘤牛的发源地之一,不支持雷琼牛含有爪哇牛(Bos javanicus)血统的观点。 相似文献
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【目的】研究分析贵州都柳江鲇、斑鳠种群细胞色素b基因(Cytb)的遗传多样性,为都柳江鲇形目经济鱼类资源的保护和开发利用提供参考依据。【方法】以PCR扩增都柳江鲇、斑鳠种群的Cyt b基因序列,经双向测序、拼接后采用相关在线软件进行序列变异及遗传多样性分析。【结果】都柳江鲇、斑鳠种群Cytb基因序列均为1122 bp,分别检测到46和15个变异位点,对应定义为11个单倍型(NHap1~NHap11)和10个单倍型(BHap1~BHap10)。都柳江鲇、斑鳠种群的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.646、0.00899和0.610、0.00101。都柳江鲇、斑鳠种群Cyt b基因序列均编码374个氨基酸,包含20种氨基酸,以亮氨酸平均含量最高(17.65%和16.58%)、半胱氨酸平均含量最低(0.80%和0.78%)。4种碱基在这两种鱼类Cyt b基因密码子第1位点上出现频率约等,在第2、3位点上的出现频率则存在明显差异。都柳江鲇、斑鳠种群Cytb基因密码子第3位点上的变异频率显著高于第1和第2位点,但第3位点上的变异多为同义突变。【结论】都柳江鲇种群大小稳定,具有较丰富的遗传多样性;都柳江斑鳠种群遗传多样性较匮乏,可能经历过瓶颈效应和种群扩张事件,急需开展种群保护和恢复工作。 相似文献
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柞蚕线粒体Cyt b基因片段的序列多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以22个柞蚕品种（品系）为材料,采用PCR技术分别扩增其线粒体DNA（mtDNA）的细胞色素b基因（cytb）,测定5’端485bp的核苷酸序列,并采用Dnaman软件进行分析,结果表明：供试22个柞蚕品种可分成2组,2组之间只在294bp处有一个差异位点。从GenBank中调取柞蚕豫早1号品种Cyt b基因的5’端相应序列（AY242996）,与本试验测得的柞蚕青黄1号和青6号对应的核苷酸序列进行了同源性比较。结果表明：青黄1号和青6号的同源性达99．8％,青黄1号和豫早l号的同源性达98．6％,青6号和柞早1号的同源性达98．8％。可见,不同柞蚕品种的表型虽然不同,但在cytb基因水平上其核苷酸序列的组成却是高度一致。供试品种间的亲缘关系很近,同源性较高。 相似文献
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基于线粒体细胞色素b基因序列的骨舌鱼科鱼类分子系统发育的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
为阐明骨舌鱼科鱼类的遗传结构和进化关系,测定了美丽硬仆骨舌鱼Scleropages formosus的3个品种金龙(Gold arowana)、红龙(Red arowana)、青龙(Green arowana)细胞色素b(cyt b)基因全序列(1 141 bp),结合来自GenBank中珍珠龙Scleropages leichardti、星点珍珠龙S.jardini、非洲龙Heterotis niloticus、黑龙Osteoglossum ferrerirai、银龙O.bicirrhosum、海象Arapaima gigas的全序列,用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统树,初步分析了骨舌鱼科鱼类的系统发育关系.NJ树和MP树均一致表明,骨舌鱼类为单系类群,分为4支,支持骨舌鱼科下设4个属(坚体鱼属Scleropages、异耳鱼属Heterotis、骨舌鱼属Osteoglossum、巨骨舌鱼属Arapaima)阶元的分类系统,4个属的系统关系与其形态、生态特征表型进化和地理分布较为一致.而金龙、红龙和青龙的mtDNA Cytb的碱基差异小于1%,说明这3个龙鱼品种还在同一种的水平上. 相似文献