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DNA甲基化是一种常见的表观遗传修饰,对植物果实的成熟具有重要的作用,本文中综述了果实成熟过程中DNA甲基化水平的变化及其调控机制。基于已有研究发现,大部分果实在成熟过程存在总体DNA甲基化水平降低的情况,也有部分果实的总体DNA甲基化水平随果实成熟呈现升高趋势。此外,在果实成熟过程中特定基因尤其是与成熟相关的基因在去甲基化酶作用下发生去甲基化进而影响果实成熟。引起果实成熟过程中DNA甲基化水平变化的机制总体而言是受到甲基化酶、去甲基化酶以及植物特有的RdDM途径的综合调控。本文为深入解析果实发育与成熟的分子机制提供理论参考,并对以后的研究提出可行的建议。 相似文献
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银杏基因组DNA甲基化修饰位点的MSAP分析 总被引：7，自引：0，他引：7
利用EcoRⅠ和HpaⅡ/MspⅠ双酶切建立适合于银杏基因组的甲基化敏感扩增多态性（methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP）分析体系,在全基因组水平检测银杏DNA甲基化修饰水平、模式及位点等表观遗传信息。结果显示,从54对MSAP选扩引物中,选出16对MSAP引物组合,共扩增产生454条清晰可辨且可重复的DNA条带,平均每对引物扩增获得28.38条带。在全部扩增位点中,检测到甲基化位点200个,CCGG/GGCC位点甲基化修饰比例为44%。部分银杏基因组甲基化修饰位点进行回收,最终分离了18条存在甲基化修饰的基因组DNA序列。BLASTn比对分析表明,银杏基因组中包括转录调控因子、反转录转座子、通道蛋白、启动子结合蛋白、蛋白激酶等在内的多种类型的DNA序列中均存在DNA甲基化修饰现象。 相似文献
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《食用菌学报》2017,(4)
利用荧光标记甲基化敏感扩增多态性技术(fluorescence-labeled methylation-sensitive amplified polymorphism,F-MSAP)比较广叶绣球菌(Sparassis latifolia)菌丝在光、暗条件下基因组胞嘧啶甲基化的变化。F-MSAP分析显示,15对选择性扩增引物共扩增出6383个CCGG位点,平均每个处理每对引物扩增47个条带,其中2849条片段发生甲基化。黑暗组、光照24h和光照48h处理组总甲基化水平分别是49.54%、41.71%和42.88%,黑暗组和光照处理组的总甲基化水平差异显著(P0.01),而光照组间甲基化水平差异不显著(P=0.10)。与黑暗组相比,光照诱导全甲基化率升高,半甲基化率降低,差异显著(P0.01)。总的趋势是光照引起广叶绣球菌菌丝DNA去甲基化。 相似文献
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DNA甲基化是调控基因表达的一个重要方式,是表观遗传学研究的重点内容。目前测定某一基因DNA甲基化程度主要是先通过重亚硫酸盐转化,PCR扩增,再通过克隆、测序,检测PCR产物中胞嘧啶(C)转化为胸腺嘧啶(T)的比例。基于这种原理,建立了酶联免疫反应检测PCR产物中胞嘧啶转化为胸腺嘧啶的比例,计算出DNA甲基化率的新方法,并成功利用该方法测定了芜青(Brassica rapa L.ssp.rapiferu Metzg)纯合子和杂合子植株中隐性SP11基因启动子区域DNA甲基化程度。与原有克隆测序方法相比,该方法更加经济、省时。 相似文献
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Seungill Kim ;Minkyu Park ;Seon-ln Yeom ;Yong-Min Kim ;Je MinLee ;Hyun-Ah Lee ;Eunyoung Seo ;Jaeyoung Choi ;Kyeongchae Cheong 《辣椒杂志》2014,(2):40-50
辣椒(Capsicum annuum)是美洲最古老的驯化作物之一,在全世界被广泛种植。本研究对CM334(墨西哥地方品种)进行了全基因组测序和组装(覆盖度为186.6×),同时还对另外两个栽培种和一个野生种分别进行了重测序和从头(de novo)测序。结果表明辣椒基因组大小约为番茄的4倍,辣椒基因组上存在大量gypsy转座子和花椰菜病毒家族元件的积累。结合转录组综合分析认为,辣椒素合成酶基因表达模式的改变及新功能化是导致辣椒素生物合成的原因,研究还发现辣椒与番茄在乙烯合成及果实成熟调控方面存在明显不同的分子模式。辣椒参考基因组的发布为辣椒营养品质和药用价值的改善提供了重要平台。 相似文献
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高通量测序技术又称下一代测序技术(Nextgeneration sequencingtechnology),1次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,与以往的测序技术相比,其特点是通量高、测序成本显著降低、测序时间显著缩短.转录组测序(RNA-seq)是利用高通量测序技术直接对由mRNA逆转录生成的cDNA序列进行测序,产生数以千万计的reads数量,从而使得基因组区域中不同基因的转录水平可以直接通过比对到该基因组区域的reads数来衡量[1].在已完成基因组测序的物种中,可将RNA-seq结果与基因组DNA序列数据进行对比,从而得到基因表达、可变剪切、基因结构优化、新基因发现等分析结果.对于没有参考基因组的物种,可以进行de novo转录组测序研究,即对所得到测序读长片段进行de novo组装,进而得到该物种的单一基因序列集(unigenes)数据[2]. 相似文献
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叶籽银杏DNA甲基化水平与模式变异的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
以萌动期与展叶期的叶籽银杏和银杏为试材,采用基于DNA甲基化敏感扩增多态性分析（Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP）方法,在全基因组水平上探究叶籽银杏、银杏不同发育期DNA序列中CCGG位点的甲基化水平及模式变化特征。萌动期选用22对引物,在叶籽银杏和银杏中检测到扩增位点为498和384个,甲基化位点为237和165个,其总甲基化率分别为47.6%和42.4%;展叶期选用40对引物,在叶籽银杏有叶生胚珠（YZ2）、无叶生胚珠（YC）及银杏（CK）叶片中检测到扩增位点767、600及367个,甲基化位点分别为370、244及152个,其总甲基化率分别为48.3%、40.5%及41.5%。进一步对不同发育期叶籽银杏、银杏DNA甲基化模式的变化特征进行分析,结果显示：萌动期、展叶期叶籽银杏与银杏相比均有超过半数的位点（52.1%、54.6%及64.2%）DNA甲基化模式发生多态性变化,萌动期叶籽银杏相对于银杏其变化趋势以超甲基化为主;展叶期叶籽银杏有叶生胚珠相对于叶籽银杏无叶生胚珠及银杏甲基化的变化趋势以超甲基化为主,叶籽银杏有叶生胚珠相对于银杏DNA甲基化模式变异幅度更大,超甲基化水平更高,显示出叶籽银杏基因组独特的DNA甲基化特征。 相似文献
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DNA甲基化和m RNA可变剪接在果实发育过程中均发挥重要作用，但两者间的联系和互作关系尚不清楚。基于5–氮杂胞苷（5-azaC,DNA甲基转移酶抑制剂）处理可以使‘巨峰’葡萄成熟期提前，对5-azaC处理后的‘巨峰’RNA-seq测序，分析果实不同发育阶段发生的可变剪接事件。结果表明，3′端可变剪切位点（A3）类型在处理和对照中均最多，外显子互斥（MX）类型最少。可变剪接在不同发育阶段存在特异调节，发育前期可变剪接的调控更为频繁；鉴定到9 683个发育过程中保守的可变剪接事件。在处理与对照间有671个可变剪接事件存在明显的剪接变化，功能注释显示其中有14个基因与甲基化修饰相关，表明可变剪接与甲基化修饰协同调控葡萄果实成熟过程。 相似文献
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以35份富士苹果(Malus×domestica Borkh.‘Fuji’)芽变材料为试材,利用甲基化敏感扩增多态性(Methylation Sensitive Amplified Polymorphism,MSAP)分析和UPGMA聚类方法,对其基因组甲基化修饰水平、变异模式以及表观遗传变异关系进行研究。结果表明:(1)不同富士系得到不同的MSAP扩增,总DNA甲基化水平27.90%～36.16%,平均32.87%,双链全甲基化为主要甲基化方式;(2)富士芽变材料绝大多数位点保持了原有甲基化模式;(3)绝大多数芽变(68.57%)检测到全部的甲基化变异模式(12种),去甲基化频率极显著高于甲基化频率(P <0.01),且CG去甲基化极显著高于CHG;(4)36份种质遗传相似系数平均值0.89(0.79～0.92),在聚类图上,富士原种分布在芽变系集中区外,新近发生的芽变系更倾向于聚在一起,着色系片红型和条红型芽变呈分散排布状态。总的来看,富士芽变的甲基化变异模式丰富,超甲基化和去甲基化相伴发生,但以去甲基化为主;‘富士’着色芽变与其最原始品种富士,以及芽变之间发生了较大表观遗传变异;片红和条红型芽变聚类未表现明显偏好性。本研究将为进一步开展富士着色系芽变机理研究提供指导,可以CG去甲基化为切入点展开深入研究。 相似文献
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五叶草莓超低温保存及遗传稳定性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】为了找出野生种质资源五叶草莓(Fragaria pentapylla)的超低温保存方法和分析超低温保存后五叶草莓的遗传信息稳定性,【方法】运用玻璃化法对五叶草莓离体茎尖超低温保存技术进行了研究,并采用AFLP和MSAP技术对其遗传稳定性作了探讨。【结果】结果表明,不同的低温锻炼时间、预培养时间、预处理时间、玻璃化溶液(PVS2)处理时间和液氮保存时间对五叶草莓超低温保存后成活率的影响各不相同,经优化后,低温锻炼3周,预培养3 d,预处理30 min,PVS2处理60 min时,超低温保存的最高成活率可达79.7%,液氮处理时间对成活率影响不明显;运用AFLP技术对超低温后成活生长120 d的材料及对照材料基因组DNA进行了分析,超低温前后带型一致,未发现明显差异片段;进一步用MSAP技术分析了超低温保存后成活的材料和对照材料DNA甲基化水平差异,结果表明超低温保存后五叶草莓DNA甲基化与去甲基化分别为5.70%和12.43%。【结论】玻璃化法超低温保存技术可以有效的保存五叶草莓种质资源,超低保存前后的五叶草莓基因组DNA没有发生多态性变化,但DNA甲基化水平降低。 相似文献
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