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1.
对一株分离自萝卜（Raphanussativus）的黄瓜花叶病毒(CMV)卫星RNA(Rs)进行了cDNA克隆与序列确定，并与12个已知的卫星RNA序列进行了比较。结果表明：卫星RNARs的大小为368nt；该卫星RNA所比较的13个卫星RNA的大小分布为334～405nt，可分为3个组和4个亚组；CMV卫星RNA的序列同源性和分组与卫星RNA的大小并无直接联系。卫星RNA序列之间的连续缺失和插入均集中在90～255nt间几个邻近的区域。在卫星RNA二级结构中的非配对区序列、卫星RNA的5'端近80个碱基和3'端近45个碱基相当保守。由此推测CMV卫星RNA的理论长度可达446nt。序列结构的比较显示，CMV卫星RNA具有作为外源基因载体的潜力。 相似文献
2.
采用RT-PCR方法克隆了黄瓜花叶病毒西番莲致死分离物（CMV-PE）全长RNA3.经核苷酸序列测定，明确PE分离物 RNA3全长2216 nt，含有2个开放阅读框（ORF），其中5'端的ORF（121-963 nt）编码279 aa的3a蛋白，3'端ORF（1260-1916 nt ）编码218 aa的CP蛋白.5'端非编码区（NR）长120 nt,基因间隔区（IR）长296 nt，3'端NR区含301个碱基.PE分离物编码的3a蛋白中最明显的特征是在136-141位有一个独特的VWCLSS区域.将CMV-PE的RNA3的核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列与同属CMV亚组I的其它分离物进行比较，发现症状相似的CMV分离物的非编码区具有很高的序列同源性，说明非编码区序列与症状有关. 相似文献
3.
黄瓜花叶病毒辣椒分离物侵染性克隆构建 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】鉴定引起辣椒产生褪绿黄化症状的病原物,构建侵染性克隆。【方法】大田辣椒样品通过ELISA检测,结合病毒外壳蛋白SDS-PAGE及病毒RNA分析,初步确定辣椒中病原物为黄瓜花叶病毒（CMV）Phy株系。以辣椒病毒粒子RNA为模板,采用含T7启动子的不同正向引物通过RT-PCR扩增CMV-Phy全长基因组RNA1、RNA2和RNA3。PCR产物经过双酶切后连接到pUC118载体,并分别比较5种（DH5α、HB101、JM109、LE392和NM522）感受态细胞的转化效率。体外转录CMV-Phy的基因组cDNA克隆（pUC-P1、pUC-P2和pUC-P3）成RNA分子（P1P2P3）,分析其转录效率和侵染活性。P1P2P3与CMV的卫星RNA进行假重组,进一步确定CMV-Phy侵染性克隆的成功构建。【结果】引起辣椒产生褪绿黄化症状病原物为CMV,携带卫星RNA;心叶烟接种辣椒病毒粒子后同样产生褪绿黄化症状。HB101感受态细胞最适合CMV-Phy基因组转化。CMV-Phy基因组及其卫星RNA的大小如下：RNA1为3 356 nt、RNA2为3 048 nt和RNA3为2 220 nt,卫星RNA Pz-satRNA为384 nt（序列登陆号分别为：DQ402477,DQ412731 ,DQ412732 EF363688）。CMV-Phy的cDNA克隆体外转录在5′端添加G有利于提高转录效率,但影响其侵染活性;P1P2P3在苋色藜和心叶烟产生的症状与其病毒粒子产生的症状相一致。除了Pz-satRNA,P1P2P3还能作为T1-satRNA、Rs-satRNA和Tsh-satRNA辅助病毒;T1-satRNA可加重CMV-Phy在心叶烟症状反应,而其它3个卫星RNA则对此起减弱作用。【结论】以病毒粒子RNA为模板,采用touch-up PCR扩增参数在1个反应管中同时获得CMV-Phy基因组RNA1、RNA2和RNA3;CMV-Phy RNA1、RNA2和RNA3的5′端添加1个G最有利于侵染性克隆构建。 相似文献
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对侵染海南胡椒的3个黄瓜花叶病毒分离物(CMV-WN1,CMV-DA,CMV-FT)的全序进行克隆和分析。CMV-WN1,CMV-DA,CMV-FT分离物RNA1全长分别为3 361,3 360,3 359个核苷酸(nt),编码1a蛋白;RNA2全长分别为3 044,3 048,3 046 nt,编码2a和2b蛋白;RNA3全长分别为2 217,2 224,2 216 nt,编码3a和CP蛋白。序列一致性比较结果表明,CMV-WN1,CMV-DA,CMV-FT的RNA1,RNA2,RNA3均与CMV亚组IB CMV-SD序列一致性最高,编码的所有蛋白的氨基酸序列一致性也均与CMV-SD序列一致性最高,其中除了2b氨基酸序列一致性低于90%外,其他蛋白的氨基酸序列的一致性均高于93.5%。RNA3的5'NTR结构分析以及RNA3 5'NTR核苷酸序列和CP氨基酸序列系统进化树分析结果表明CMV-WN1,CMV-DA及CMV-FT均属CMV IB亚组。CP系统进化树中CMV-WN1,CMV-FT与云南胡椒分离物CMV-YNP聚成一簇,而CMV-DA与海南胡椒分离物CMV-HNP独立形成另一个分支。 相似文献
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【目的】利用农杆菌介导法将抗CMV和ToMV的RNAi表达载体pBi35STC12转入红番3号加工番茄,获得抗CMV和ToMV的加工番茄植株,为加工番茄病毒病的防治奠定基础。【方法】采用RT-PCR扩增,选取新疆加工番茄CMV分离物NS0-4 1a复制酶第1 051-1 350bp序列和ToMV分离物SCS-2 130/180ku复制酶第1 920-2 200bp序列,作为干扰片段CR12和To12。通过T克隆载体将CR12和To12连接成拼接片段TC12,构建成含反向重复结构拼接片段的RNAi表达载体pBi35STC12。通过农杆菌介导法,用其转化红番3号加工番茄,经过筛选、PCR检测得到转基因植株。【结果】成功构建了抗CMV和ToMV的RNAi表达载体pBi35STC12,并用其转化番茄植株,从转化的1 500个愈伤组织中获得33株再生植株,利用PCR对再生植株进行检测,显示从33株再生植株中获得了19株转基因植株,转化率为1.26%。【结论】构建了抗CMV和ToMV的RNAi表达载体pBi35STC12,用其转化红番3号加工番茄,获得了转基因植株。 相似文献
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[目的]白芷（Angelica dahurica）是一种药用历史悠久的传统中药,本研究利用小RNA深度测序技术明确引起山西太谷白芷花叶、褪绿症状的病原,为白芷病毒病的防控提供依据。[方法]将采集的白芷病样进行小RNA深度测序,通过RT-PCR和序列相似性分析明确白芷病毒病的分类地位。[结果]白芷样品经小RNA深度测序共获得22 158 005个原始序列,将拼接contigs与NCBI中的病毒数据库进行比对注释,结果显示比对到黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）3条正义链RNA 3、RNA 2、RNA 1的比对率分别为2.14%、1.28%和1.10%。利用特异引物克隆了CMV-BZ RNA3的外壳蛋白和移动蛋白基因全序列。通过序列比对分析,发现CMV-BZ CP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组ⅠB中CMV分离物（CMV-SD-YT和CMV-SXCH）和（CMV-SD-QD）的相似性最高,分别为99.1%和99.5%;MP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组Ⅰ分离物Ah的相似性最高,为99.3%和99.0%。MP和CP氨基酸序列系统进化分析表明,CM... 相似文献
7.
利用RNA干扰在线生物学软件分析猪瘟病毒NS3基因,设计针对NS3基因不同位置的小发卡RNA(short hairpin RNA,shRNA)干扰序列(其结构特征为正链(19nt)-环(9nt)-负链(19nt))。化学合成这些序列,并退火连接为双链干扰片段,将双链干扰片段定向克隆到干扰载体中,构建重组载体pGene-NS3-1,pGene-NS3-2和pGene-NS3-3,转化DH5α大肠杆菌感受态细胞,对转化产物进行kan+筛选,碱裂解法提取重组质粒,将酶切鉴定为阳性的质粒测序。结果显示,双链干扰片段克隆方向正确,序列中未出现核苷酸的插入,缺失等突变现象。表明靶向猪瘟病毒NS3基因shRNA干扰载体构建成功。 相似文献
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黄瓜花叶病毒卫星RNA生防制剂防治辣椒病毒病的研究 总被引：3，自引：0，他引：3
在宁夏银川地区4个主要蔬菜基地采集表现病毒病症状的辣椒标样68个,采用鉴别寄主的生物学反应和双抗夹心ELISA法鉴定,结果表明引起银川地区辣椒病毒病的主要病原是黄瓜花叶病毒(CMV).用黄瓜花叶病毒的卫星RNA生防制剂S52免疫辣椒,能防治辣椒由CMV引起的病毒病.用S52免疫接种辣椒进行田间对比试验,免疫接种50 d的防效达71.2%~84.2%,免疫接种80 d的防效达55.9%~70.2%. 相似文献
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【目的】通过嫁接木本指示植物进行柑橘类病毒鉴定需要合适的季节和较长的显症时间,并且柑橘木本指示植物的遗传转化和基因功能验证体系尚不成熟,研究其与寄主间的互作较为困难。因此,寻找合适的草本鉴定和实验寄主对于更好地进行柑橘类病毒的鉴定及研究其与寄主间的互作具有重要意义。论文旨在明确中国报道的5种主要柑橘类病毒,包括柑橘裂皮类病毒（Citrus exocortis viroid,CEVd）、柑橘曲叶类病毒（Citrus bent leaf viroid,CBLVd）、啤酒花矮化类病毒（Hop stunt viroid, HSVd）、柑橘矮化类病毒（Citrus dwarfing viroid,CDVd）和柑橘树皮裂纹类病毒（Citrus bark cracking viroid,CBCVd）对番茄（Solanum lycopersicum）的侵染能力,进而明确其可否作为5种类病毒的鉴别寄主或实验寄主。【方法】将5种柑橘类病毒的野生型分子变种（分别为CEVd.188,长370 nt;CBLVd.032,长328 nt;HSVd.cit106,长296 nt;CVd-III.072,长295 nt;CVd IV Ca,长285 nt）二聚体cDNA克隆质粒（克隆于pGEM-T载体）,采用限制性内切酶Nde I在37℃条件下进行酶切线性化处理,经琼脂糖凝胶电泳分析鉴定酶切成功后,将该含有目标片段的线性化重组质粒采用T7 RNA多聚酶在37℃条件下进行体外转录,获得类病毒RNA二聚体溶解于1% K2HPO4接种缓冲液中,机械摩擦接种Alisa Craig和 Rutgers番茄（S. lycopersicum var. Alisa Craig和 var. Rutgers）叶片,置于24℃温室条件下培养。接种60 d后,采集新生叶片釆用CTAB法提取番茄叶片总RNA,通过RT-PCR对接种的类病毒进行检测。将PCR产物经琼脂糖凝胶电泳分析后,切胶回收目标片段,与pMD18-T载体连接,热击转化大肠杆菌DH5α感受态细胞。经PCR鉴定后挑取阳性克隆进行序列测定,采用DNAMAN version 6.0软件对获得的cDNA序列进行相似性分析。【结果】线性化质粒体外转录后经琼脂糖凝胶电泳分析显示,每个质粒转录产物均可检测到目标大小的RNA条带。接种后,RT-PCR检测显示5种类病毒侵染率表现出显著差异,CEVd、CDVd和HSVd可以侵染大部分接种植株（侵染率分别为7/8、5/8和7/8）。从接种成功的植株样品中对所接种类病毒后代的cDNA克隆和序列测定显示,随机测定的5-10个克隆中均能找到与接种类病毒cDNA一致的核苷酸序列,后代序列与接种序列间的相似性在99.7%以上;后代分子变异分析显示变异位点小于10个,变异率小于0.3%;而 CBLVd和CBCVd不能侵染或侵染率很低（0或1/8）。【结论】CEVd、CDVd和HSVd能够侵染Rutgers和Alisa Craig番茄,2种番茄均可以作为3种类病毒的草本鉴定和实验寄主;而 CBLVd和CBCVd 难于侵染Rutgers和Alisa Craig番茄。在接种的Alisa Craig番茄品种上,各类病毒接种植株均比接种缓冲液对照表现显著的矮化效果;在Rutgers植株上,仅有接种了CEVd的植株表现较对照的矮化效果。 相似文献
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The chemistry of self-splicing RNA and RNA enzymes 总被引：59，自引：0，他引：59
T R Cech 《Science (New York, N.Y.)》1987,236(4808):1532-1539
Proteins are not the only catalysts of cellular reactions; there is a growing list of RNA molecules that catalyze RNA cleavage and joining reactions. The chemical mechanisms of RNA-catalyzed reactions are discussed with emphasis on the self-splicing ribosomal RNA precursor of Tetrahymena and the enzymatic activities of its intervening sequence RNA. Wherever appropriate, catalysis by RNA is compared to catalysis by protein enzymes. 相似文献
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RNA-dependent RNA polymerases,viruses, and RNA silencing 总被引：1，自引：0，他引：1
Ahlquist P 《Science (New York, N.Y.)》2002,296(5571):1270-1273
Most viruses have RNA genomes that are replicated and transcribed into messenger RNA by viral RNA-dependent RNA polymerases (RdRps), usually in concert with other viral and host factors. Many, if not most, eukaryotes also encode putative RdRps that have been implicated in sequence-specific, RNA-triggered gene silencing. Although the viral and cellular RdRps have no sequence homology, they share functional similarities such as copying messenger RNA templates and intercellular spread of the amplified sequences. Better understanding of viral and host RdRps will improve our ability to control viruses and to use RNA silencing and viruses as tools for research, biotechnology, and medicine. 相似文献
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从RNA干扰技术的基本原理着手,详细阐述了RNA干扰技术研究的基本路线以及其在生物学研究和临床医学上的应用,以期对RNA干扰技术有一个比较全面的了解。 相似文献
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Telomeric repeat containing RNA and RNA surveillance factors at mammalian chromosome ends 总被引：1，自引：0，他引：1
Azzalin CM Reichenbach P Khoriauli L Giulotto E Lingner J 《Science (New York, N.Y.)》2007,318(5851):798-801