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《蚕业科学》2015,(2)
采用PCR技术扩增6个地理种群桑天牛的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(mt DNA COⅠ)基因序列,基于mt DNA COⅠ基因序列变异探讨不同地理分布桑天牛种群间的遗传距离、系统发育以及遗传分化程度。对6个地理种群的33个桑天牛样本的mt DNA COⅠ基因扩增产物的测序结果表明共有19个位点发生变异,占序列总长的4.0%,其中来自河南省济源的桑天牛有12个变异位点,来自浙江省的桑天牛有9个变异位点,来自河北省4个地区的桑天牛的变异位点较少;河北省的4个地理种群的遗传距离较小,在0.001 3~0.002 6之间,河北、河南、浙江种群间的遗传距离较大,其中河南种群与河北种群的遗传距离又远远大于浙江种群与河北种群的遗传距离,后2大地理种群分布区域的海拔更接近。利用MEGA4.1软件构建的NJ系统进化树显示,6个地理种群形成河北、河南和浙江3大地理分布格局;从遗传分化程度上来看,桑天牛种群的3大地理分布格局不存在共享的单元型,遗传分化系数(FST)在0.804 1~0.892 2范围内,遗传分化程度较高。综合分析认为,不同地理种群桑天牛存在分化的原因除地理分布外,更重要的是生态条件的差异。 相似文献
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利用线粒体DNA中的NADH脱氢酶第二亚基(ND2)对来自齐齐哈尔市50个崖沙燕(Riparia riparia)样本进行扩增和测序,发现了11条新的单倍型序列。结合从GenB ank中下载的104条序列,对崖沙燕3个亚种种群(154只个体)进行序列变异及系统发育分析。结果显示,3个亚种种群中有2个共享单倍型。群体总的单倍型多样性(Hd)为(0. 885±0. 019),群体总的核苷酸多样性(Pi)为(0. 002 92±0. 000 18)。与其近缘物种淡色崖沙燕(Riparia diluta)相比较,崖沙燕种群表现出较低水平的遗传多样性。分子方差分析(AMOVA)显示变异主要来自种群内(72. 82%)。构建的单倍型系统发育树表明,62个单倍型没有形成明显的亚种分化和地理分化。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2015,(12)
为探讨四川地区鸡异刺线虫的遗传变异特点和种群遗传结构特征,利用PCR技术扩增了四川7个地区共58株鸡源鸡异刺线虫分离株的线粒体12S基因全序列,经测序后分析其遗传多样性。结果显示,58条鸡异刺线虫12S基因全序列均为699bp,序列中共有38个变异位点和34个单倍型(HS1-HS34);单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.822和0.003 95。进一步分析表明,7个地理种群遗传分化不明显(Fst=0.007 87),种群间基因交流较频繁(Nm=31.52);分子方差分析(AMOVA)表明,四川地区鸡异刺线虫的遗传分化主要来自于种群内部(99.21%),种群间遗传变异水平较低(0.79%);单倍型网络图和NJ系统发育树显示,鸡异刺线虫7个地理种群的34个单倍型散在分布于不同种群内,分布格局较为混杂,未形成明显的地理分布格局。结果表明,四川地区的鸡异刺线虫遗传多样性较低,遗传分化不明显,还未形成显著的地理遗传结构。 相似文献
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【目的】试验旨在探究湖南怀化地区不同种群白纹伊蚊单倍型多态性、遗传分化情况及种系发育关系。【方法】于湖南怀化地区采集30只白纹伊蚊样本,PCR扩增其核糖体18S rRNA及线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cox1)基因部分序列。利用ClustalX软件对其变异位点进行分析;运用Dnasp 5.0、Network 4.6及Arlequin version 3.0软件进行单倍型多态性与遗传分化分析;利用PhyML 3.0及Mega 5.0软件对白纹伊蚊的种系发育关系进行分析。【结果】所获全部样本的18S rRNA和cox1基因序列长度均为489和1 004 bp。白纹伊蚊18S rRNA基因序列中共存在30个变异位点,17个单倍型(A1～A17,Hd=0.9149),其中单倍型A5为最古老的单倍型,白纹伊蚊18S rRNA的基因分化系数(Gst)、遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.05614、0.24001和0.792;白纹伊蚊的cox1基因序列中共存在2个变异位点,3个单倍型(B1～B3,Hd=0.1908),其中单倍型B1为最古老的单倍型,白纹伊蚊cox1基因的Gst、Fs... 相似文献
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基于Cytb基因多态性研究西藏地区8个藏山羊群体遗传结构及母系起源 总被引：1，自引：1，他引：0
旨在基于Cytb基因多态性探讨藏山羊群体间遗传结构及其母系起源。对西藏8个地区157只藏山羊的细胞色素b基因(Cytb)全序列进行扩增和测序,分析群体遗传多样性,计算群体间遗传分化指数,构建系统发育邻接树等。结果显示,藏山羊Cytb全序列为1 140bp,在8个群体中共检测到33个变异位点,定义了30种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.736和0.001 8,表明西藏地区藏山羊群体具有较丰富的遗传多样性。78.6%的群体间发生了显著的遗传分化(P0.05),组内群体间的变异极显著(F_(SC)=0.321,P0.001);系统发育邻接树分为了4个单倍型组(Haplogroup A-D),提示藏山羊有4个母系起源;单倍型网络图显示,不同地理来源的藏山羊没有完全聚类在同一群簇。在历史驯养过程中,藏山羊发生过群体扩增事件。本研究表明,西藏地区藏山羊有4个母系起源,并呈现出较丰富的遗传多样性,虽然群体间有一定程度的遗传分化,但没有形成明显的地理分隔格局,遗传结构差异在缩小。本研究结果为藏山羊遗传资源的保护和利用提供了科学依据。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2016,(21)
为研究黑龙江省三个蒙古鲌群体的种群遗传结构以实现资源保护和可持续利用,试验采用形态学和mtDNA d-loop基因序列分析法,探讨兴凯湖(XK)、镜泊湖(JB)和乌苏里江抚远段(FY)蒙古鲌群体的遗传结构与分化。结果表明:三个群体之间的形态差异不显著,虽然个体间的某些特征有一定的分化趋势,但重叠较大,不能分为独立群体。三个群体共检测到18种单倍型,其中hap4和hap5两种单倍型广泛分布于所有群体中。识别了mtDNA d-loop区序列的扩展终止序列区(ETAS)、保守序列区(CSB)和中央保守区(CD)结构。三个群体之间单倍型多样性(HD)较高(0.882~0.890),核苷酸多样性(π)较低(0.475%~0.771%);群体内遗传距离为0.005 08~0.010 16,群体间遗传距离为0.005 66~0.008 25;遗传分化系数(Fst)为-0.010 64~0.048 53,XK与FY群体Fst为负值,两个群体之间基因交流频繁,遗传多样性水平相近;FY与JB群体之间遗传分化系数(Fst)值最大(0.048 53),接近于达到遗传分化水平(P0.05);但三个群体间还没有达到遗传分化标准。单倍型NJ树和网络绘图显示单倍型的聚类与地理分群没有相关性;分子变异分析(AMOVA)显示群体内的变异百分比(97.46%)大于群体间(2.54%)(P0.01)。说明三个蒙古鲌地理群体仍属于同一种群,没有产生遗传分化,其遗传多样性主要来自于群体内部。 相似文献
9.
利用线粒体DNA标记方法从分子水平上研究牦牛的遗传多样性。根据牦牛线粒体DNA(mtDNA)序列设计引物,扩增出长度为1 000 bp左右的片段,序列对比分析。结果表明:mtDNA D-Loop区长度为945 bp,共发现变异位点127个,单倍型71个,单倍型多样度(Hd)为0.909±0.016,核苷酸多样性(pi)为0.082;其中玉树牦牛发现变异位点74个,单倍型27个,单倍型多样度(Hd)为0.885±0.034,核苷酸多样性(pi)为0.0134;申扎牦牛单倍型多样度、核苷酸多样性和平均核苷酸差异数均最高;5个牦牛群体D-Loop区序列具有一定的A/T碱基偏好性。玉树牦牛不遵循中性进化(P0.05),其余4个牦牛群体符合中性进化(P0.05);玉树牦牛与类乌齐牦牛和帕里牦牛的遗传距离较近(0.023、0.018),申扎牦牛与斯布牦牛的遗传距离最远(0.533)。发现玉树牦牛与其余4个群体的牦牛在同一个分支。斯布牦牛和申扎牦牛群体出现两个分支,说明玉树牦牛在进化的过程中可能不存在相互交流的情况。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2016,(4)
探讨四川地区鸡异刺线虫(Heterakis gallinarum)的遗传变异情况,为该地区鸡异刺线虫病的流行特征及防控提供基础资料。采用PCR扩增四川7个地区共59个鸡源鸡异刺线虫核糖体ITS1-5.8S-ITS2片段并测序,所得序列剪切5.8S序列后,得到ITS1/2序列,并分析ITS1/2序列的遗传多样性;同时利用GenBank中已公布的异刺属(Heterakis)ITS1/2序列信息,进行系统发育研究。结果如下:59条鸡异刺线虫ITS1/2序列相似性较高(98.9%~100.0%),ITS1序列间变异较ITS2大;59条序列有20个变异位点和14个单倍型(H1~H14);四川种群具有丰富的单倍型多样性(Hd=0.532)和较低的核苷酸多样性(π=0.000 94);种群间基因交流频繁(Nm=31.72),群体遗传分化不明显(Fst=0.007 82),以群体内变异为主(AMOVA分析值=99.22%);从单倍型网络图及进化树(MP和ML)分析来看,7个地理种群未形成显著的地理种群结构,但四川整体种群曾经历过种群扩张(Tajima’s D=-2.553 31,Fu’s Fs=-10.564;P0.05);进化树(MP和ML)能有效区分鸡异刺线虫与属内其他虫种。四川7个地区鸡的鸡异刺线虫基因交流频繁,遗传多样性较低。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2015,(19)
为了揭示四川地方猪种遗传多样性及其分布规律,试验采用以线粒体DNA-D环(mt DNA D-loop)为标记的方法,分析四川7个地方猪群体(阿坝藏猪、甘孜藏猪、成华猪、内江猪、盆周猪、荣昌猪和雅南猪)D-loop高变区长度为436 bp的核苷酸序列。结果表明:7个地方猪群体的392个个体中共检测到20个变异位点,变异率为5.10%,并由此界定了28个单倍型。四川地方猪种的整体单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样度(Pi)、平均核苷酸差异数(k)分别为0.784,0.003 03,1.316,各群体中内江猪Hd(0.161)、Pi(0.000 38)和k(0.166)均为最低,而阿坝藏猪Hd(0.839)、Pi(0.003 59)和k(1.563)均为最高。而遗传贡献率分析结果表明,甘孜藏猪对四川地方猪种的总体遗传贡献(RT(k))最高(12.342 8),成华猪最低(0.509 5),且甘孜藏猪对四川地方猪种总体单倍型丰富度效应(CRT(k))表现出最强的正效应(29.718 2),成华猪表现出最强的负效应(-12.543 6)。 相似文献
12.
【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA) D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining, NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号：AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为... 相似文献
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《畜牧兽医学报》2018,(11)
为了探讨我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传变异情况及群体遗传结构,采用PCR测序技术测定我国5个地区(华北、华东、华中、西北、西南)绵羊痒螨(兔亚种)线粒体12S基因的全序列,并进行遗传多样性分析。结果共获得89条序列,长度均为657bp,核苷酸变异位点76个,单倍型50个(H1～H50),单倍型多样性(Hd)与核苷酸多样性(π)分别为0.931 05和0.005 59。进一步分析发现5个地理种群遗传分化程度较弱(Fst=0.042 322),基因交流非常频繁(Nm=5.657 372)。中性检验结果均为负值(Tajima’s D=-0.928 31,Fu’s Fs=-7.066 71),并且差异性不显著(P0.05)。构建的NJ树和单倍型网络图均显示绵羊痒螨(兔亚种)5个地理种群的50个单倍型散在分布于不同的支系内,未形成明显的地理分布格局。我国绵羊痒螨(兔亚种)具有较高的遗传多样性,且有一定的遗传分化,基因交流频繁,但未形成以兔品种、温度带和地域来源划分的种群遗传结构。 相似文献
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采用直接测序法,测定了中国沿海互花米草8个种群80个样本的叶绿体trnT-trnF序列。结果显示,2个单碱基的插入/缺失将80个序列分为3种单倍型,3种单倍型在美国东海岸均有分布,且属于美国分布最广泛的C单倍型;中国种群的单倍型多样性Hd为0.379,远低于美国原产地;种群间基因分化系数Gst为0.103、固定指数Fst为0.092;AMOVA分析揭示种群间仅有9%的遗传差异。研究结果表明,中国互花米草种群受瓶颈效应影响明显,种群间遗传变异较低,种群内多样性相对较高。 相似文献
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为筛选多态性丰富的羊草叶绿体非编码区片段,本研究以9个不同地理位置的羊草居群为材料,通过对12个叶绿体非编码区DNA片段测序及其序列间变异分析试图从中找出有遗传差异的叶绿体DNA(cpDNA)片段,并利用有多态性的cpDNA片段进行遗传多样性分析。结果表明,序列ndhF-rpl32、trnL-trnF、trnC-ycf6、aptI-aptH具有比较丰富的变异,可作为下一步研究野生羊草群体遗传学和谱系地理学较为理想的分子标记。在37个羊草个体4条非编码区片段的合并序列中,共检测到15种单倍型,单倍型多态性(Hd)为0.928,核苷酸多态性(Pi)为0.00101;遗传分化指数(Fst)为0.58884,基因流(Nm)为0.17,基因流较小;中性检验Tajima’s D(-1.08542)和Fu’s Fs(-5.301)均为负值,且差异不显著(P0.10),推测羊草遵循中性进化理论,可能经历过种群扩张;AMOVA结果显示,65%的分子变异出现在居群间,35%出现在居群内;Mantel检验得到,遗传距离与地理距离具有显著相关性(r=0.449,P0.05);居群分化值Nst 0.386(0.1865)大于Gst 0.234(0.1506),差异显著(P0.05),表明羊草居群存在分子谱系地理结构。通过系统发育树分析得到,羊草15个单倍型分为两大分支,H2和H10聚为一支,它们与别的居群个体亲缘关系较远,其余单倍型聚为另一支;单倍型网络图显示,H2和H12、H10和H12亲缘关系较远,与系统发育树分析结果基本一致。本研究为羊草的种质资源保护、谱系地理学研究等工作奠定了基础。 相似文献
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采用PCR产物直接测序法对广东省3个地区的89群东方蜜蜂线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)序列进行了变异检测,并利用相关软件对所得数据进行群体遗传变异和遗传分化分析。所得序列长度为420bp,序列中的A,T,C,G平均含量分别为33.2%,44.0%,14.3%,8.5%;共检测到13个变异位点,其中转换变异位点12个,颠换变异位点1个,并且变异位点大多数发生在密码子第三位,无碱基插入或缺失;碱基组成A+T含量高,占77.2%,呈现明显的A+T偏倚性;3个地区种群间的遗传距离为0.0023、0.0020、0.0019;共定义14种单倍型,单倍型多样度为0.781±0.032,核苷酸多样度为0.004±0.0003。结果揭示广东省东方蜜蜂遗传多样性较为丰富,且存在一定的遗传分化。 相似文献
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利用青藏高原及其毗邻地区的7个青藏扁蓿豆(Medicago archiducis-nicolai),以及来自上述地区和内蒙古的3个扁蓿豆(M.ruthenica)野生群体,根据叶绿体trnL-trnF基因间隔区序列,对其遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。对161个个体的trnL-trnF序列的分析,共检测到11个核苷酸变异位点,定义了14种单倍型。对单倍型在不同群体中的分布分析显示,青藏扁蓿豆在青藏高原东南边缘地区可能存在避难所,同时在青藏高原边缘地区可能发生了青藏扁蓿豆向扁蓿豆群体的基因入侵。空间分子变异分析和基于K-2P遗传距离的群体聚类均支持将上述群体分为扁蓿豆和青藏扁蓿豆两组,组间的遗传分化程度很大。分子变异分析表明,群体内的遗传变异明显大于群体间的变异,但部分群体间存在较高水平的遗传分化;错配分布和中性检验表明,在采样范围内两种扁蓿豆都没有经历明显的近期种群扩张。研究认为,青藏高原复杂的地形结构、冰期时的气候波动以及扁蓿豆本身的进化历史可能是造成其现今遗传结构形成的主要原因。 相似文献
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为了研究贵州地方鸡种的遗传多样性与系统进化,试验通过PCR直接测序的方法,测定了6个贵州地方鸡种的90个个体线粒体DNA控制区部分序列,并进行了序列分析。结果表明,DNA控制区序列长度为780 bp,A、G、C、T 4种核苷酸的平均比例分别为26.14%、13.38%、25.98%、34.50%;共发现40个变异位点(不包含种内变异位点),占分析位点总数的5.13%;共确定30个单倍型,6个群体内单倍型变异度总体为0.914,变化范围为0.506～0.976。6个群体间表现出显著的遗传分化和较高水平的群体遗传多态性。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2016,(11)
为了研究青海藏系绵羊高原型祁连县种群和山谷型互助县种群的遗传多样性和分化水平,试验采用聚合酶链式反应的方法获得了2个类群共63个个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列全长(1 140 bp)。结果表明:排序后的序列存在35个变异位点,其中包括17个简约性位点和18个单突变位点,共定义了18个单倍型。高原型祁连县种群和山谷型互助县种群单倍型多样度分别为0.81±0.05,0.74±0.08,核苷酸多样度分别为0.003 7±0.002 1,0.004 2±0.002 3,比较而言,遗传多样性偏低,与目前的资源量和分布相适应。分子变异和单倍型网络图分析结果均表明,祁连县高原型与互助县山谷型藏系绵羊类群间并不存在遗传分化。 相似文献
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对91份不同产地扁穗冰草(Agropyron cristatum(L.)Gaertn)样品的遗传多样性和遗传结构进行研究。采用叶绿体cpDNAtrnT-trnL直接测序的方法和邻接法(NJ)对91份扁穗冰草样品进行遗传多样性和遗传结构分析。结果显示:物种水平上单倍型多样性(Hd)指数为0.608,核苷酸多样性(Pi)指数为0.00295;种群水平上Hd介于0~0.9722,Pi指数介于0~0.00749。分子方差分析表明,扁穗冰草大部分遗传变异(91.63%)发生在居群内,居群间的基因流(Nm=5.474)较高,群体内变异是扁穗冰草的主要变异来源;NJ树表明,受试的6个野生种群可分为4大类群。扁穗冰草的遗传多样性居群内遗传分化较大。 相似文献