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罗氏沼虾浙江养殖群体与缅甸自然群体遗传差异的RAPD分析 总被引：19，自引：2，他引：19
利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术，对浙江省罗氏沼虾养殖群体和新引进的缅甸自然群体的遗传差异进行了比较分析，以期从分子水平了解罗氏沼虾的种群遗传多样性背景及与引种的关系。采用经筛选的22个10bp的随机引物对罗氏沼虾两群体各20尾进行群体RAPD分析。22个引物共检测到139个位点。养殖群体的多态位点比例为30．22％，群体平均杂合度为0．2646，Shannon多样性指数为0．0780，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9353，遗传距离为0．0647；自然群体的多态位点比例为33．81％，群体的平均杂合度和Shannon多样性指数分别为0．2888和0．0940，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9201，遗传距离为0．0799；两群体之间的遗传距离为0．1845。自然群体的遗传多样性水平比养殖群体要高。利用随机引物S9和S52，在罗氏沼虾两群体间扩增出2条稳定、明显的群体间特异性标记带。 相似文献
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长江口刀鲚遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析 总被引：16，自引：0，他引：16
用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长江口刀鲚(Coilia ectenes)30个个体的遗传多样性进行了检测,从40个随机引物中筛选出17个对每个刀鲚的DNA进行扩增,结果表明,17个引物共检测到148条清晰且重复性好的条带,分子量在200～2000bp之间,其中多态位点为86个,占58．11％;群体的Shannon多样性指数为0．1905,Nei基因多样性指数为0．2280;个体间最大遗传距离为0.212,最小遗传距离为0．092。通过与其他鱼类的遗传多样性的研究结果比较可初步判断,刀鲚群体的遗传多样性比较丰富。 相似文献
3.
我国五个青蛤地理群体遗传变异的RAPD分析 总被引：23，自引：6，他引：17
本文利用RAPD方法对我国浙江、江苏、辽宁、天津和福建沿海青蛤地理群体的遗传变异和遗传结构进行了分析。从60条随机引物中,筛选出其中12条扩增效果好、条带清晰的引物进行扩增。结果表明,青蛤遗传多样性较丰富,五个群体的多态度在0.249～0.307之间,平均为0.278,按递减依次为江苏>福建>辽宁>浙江>天津;经分子方差分析(AMOVA),10.69%的遗传变异来自于群体间,89.31%来自于群体内,遗传分化除辽宁与江苏、天津群体间不显著外,其它群体间分化显著;根据遗传距离,用UPGMA法进行聚类分析表明,浙江群体与江苏群体,辽宁群体与天津群体分别先聚在一起,最后与福建群体聚类;S11、S424、S228、S4254个引物可以区分这五个青蛤地理种群,作为群体特征标记。 相似文献
4.
以产于广东和广西两省海区的7个野生文蛤(Meretrixmeretrix)群体为实验对象,结合形态特征、生长性能分析与核基因DNA的RAPD标记,对其遗传多样性进行系统研究,结果表明,在贝壳形态方面,广西各群体的平均壳长、平均壳高、平均壳宽、壳重和总重都明显大于广东群体(P<0.01);在生长性能方面,广西群体的壳宽系数、壳重指数、肥满度指数也高于广东群体(P<0.01)。RAPD分析共筛选了120个随机引物,其中,61种引物呈阳性反应,至少10种引物的扩增带表现出丰富、稳定的多态性。本实验用10个随机引物扩增出78个位点;平均每个引物在每个个体扩增出3.32条带。其中,引物8747对汕尾群体无扩增带。各群体的多样性指数为0.2088～0.2594,多态位点比例为85.71%～94.74%。群体间的遗传距离为0.0271～0.2195,相对而言,地理位置相隔越远,遗传距离越大。 相似文献
5.
洞庭湖区两个鲫鱼群体的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用随机扩增多态DNA技术,对洞庭湖区两个不同的鲫鱼群体(彭泽鲫养殖群体和野鲫群体)进行比较分析。在使用的30个随机引物中有26个引物的扩增效果良好,实验结果可见:彭泽鲫与野鲫群体间的遗传相似率为0.7505,彭泽鲫群体内的遗传相似率为0.9822,野鲫群体内的遗传相似率为0.7910。统计结果表明:彭泽鲫养殖群体与野鲫群体间的遗传差异较大,彭泽鲫养殖群体内的遗传多样性贫乏,而野鲫群体内的遗传多样性明显高于彭泽鲫的养殖群体,说明野鲫种群内的遗传变异度较大,遗传多态性丰富,存在较大的育种潜力。 相似文献
6.
中国太湖和荷兰的中华绒螯蟹随机扩增多态性DNA分析 总被引：2，自引：1，他引：2
用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对中华绒螯蟹两个群体(荷兰盐城湖和中国太湖)进行了检测,从40个随机引物中筛选出14个对两群体进行扩增分析。结果为:14个引物共检测到100条清晰且重复性好的条带,分子量在200~2000bp之间,太湖和盐城湖两群体的多态位点比例、Shannon多样性指数、Ne i基因多样性指数分别为:46%和44%、0.2195和0.1976、0.1446和0.1270,两群体的遗传距离为0.013。据此结果推断,中华绒螯蟹群体遗传多样性不高,种内群体间的遗传变异较低,其遗传资源亟待保护,同时验证了荷兰的中华绒螯蟹是从中国引进繁衍的推论。 相似文献
7.
为从基因层面了解团头鲂3个选育群体的遗传纯度,以团头鲂"浦江1号"选育奠基群体(F0)为对照组,采用14个多态性转录组微卫星标记评估了团头鲂3个选育群体的遗传纯度和遗传多样性。结果显示,3个选育群体在14个微卫星位点的平均观察纯合度为0.425 6~0.508 9,平均期望纯合度为0.2482~0.258 7,平均Shannon信息指数为1.597 1~1.682 5,群体内个体间的平均遗传距离为1.138 2~1.285 0,个体间的平均遗传一致度为0.2767~0.3204。3个选育群体的平均Shannon信息指数均高于F0群体,但差异不显著(P0.05)。遗传一致度和期望纯合度在3个选育群体间的变化趋势一致,即:A群体C群体B群体。群体间Nei氏标准遗传距离(DS)为0.180 8~0.798 9,A群体与B群体间遗传距离最小(DS=0.180 8),F0群体与C群体间遗传距离最大(DS=0.798 9)。总体而言,C群体遗传多样性水平最高,F0群体遗传多样性水平最低。对于3个选育群体而言,A群体的遗传纯度最高,B群体的遗传纯度最低。研究结果为选育群体的进一步选育纯化及种质资源聚合利用提供了科学依据。 相似文献
8.
黄鳝微卫星引物筛选及其在保护遗传学上的应用 总被引：16，自引：1，他引：15
研究了远缘种鲤的微卫星引物对黄鳝的适用性。结果显示,31对鲤微卫星引物中有11对引物能对黄鳝DNA模饭扩增出特异性带谱。每对引物扩增的等位基因数在3～13个,平均每个位点有5．6个等位基因,显示了较高的多态性。其中引物P1最理想,其PCR扩增产物能区分来自湖南、广东和孟加拉3个不同地域的黄鳝种群。应用微卫星技术对3个不同地域的黄鳝基因组DNA多态性分析结果显示,湖南、广东和孟加拉黄鳝群体内平均相似率依次为95．5％,95.8％和93．5％,平均变异度依次为0．045,0．042,0．063。群体间的相似率及变异度分析显示：湖南黄鳝和广东黄鳝群体间平均相似率为91．0％,变异度为0．045;湖南黄鳝和孟加拉黄鳝群体间平均相似率和变异度分别为55．7％和0．443;广东黄鳝和孟加拉黄鳝群体间平均相似率和变异度分别为58．6％和0．414。综合微卫星分析结果、黄鳝的外形特征及地理位置,可以推测,广东黄鳝与湖南黄鳝为同一个生物种的不同地理种群,而孟加拉黄鳝为同属中另一个种。 相似文献
9.
中国对虾5个地理群体的RAPD分析 总被引：17，自引：0，他引：17
采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自辽东湾、渤海湾、海州湾、乳山湾及海洋岛5个群体的中国对虾共95个个体的遗传多样性进行分析。14个随机引物共检测出103个位点(200～2500bp),各群体的多态位点比例在31．07％～34．95％之间。遗传距离显示中国对虾群体间有一定遗传分化,其中辽东湾和乳山湾群体问的遗传距离最大(0．0742),而辽东湾和渤海湾群体间的遗传距离最小(为0．0243),群体间的遗传分化系数为0．2083。整体来看,中国对虾的遗传变异水平较低,遗传多态度为0．1621。用UPGMA对5个群体进行聚类分析,构建谱系关系图。 相似文献
10.
采用新型分子标记SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)对草鱼(Ctenopharyngodon idella)1个野生群体(来自邗江草鱼国家级原种场)和2个人工繁殖群体(分别来自淡水中心良种场和无锡前洲水产良种场)进行遗传多样性分析,从不同引物组合中筛选出8组条带清晰、多态性丰富的引物组合,每个引物组检测到的位点数为12～21个,在3个草鱼群体中共检测到120个位点,其中多态性位点有92个,多态位点比例为76.67%,显示了较高的多态性。野生群体与2个人工繁殖群体多态位点比例分别为67.62%、59.81%、53.33%,平均杂合度分别为0.214 3、0.211 0、0.172 2;邗江野生群体与2个人工繁殖群体间的遗传距离分别为0.098 0、0.115 9,两个人工繁殖群体间遗传距离为0.095 9。结果表明,草鱼人工繁殖群体遗传多样性有所下降。比较各扩增位点显性基因型频率在不同区间的分布发现,人工繁殖群体低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。 相似文献
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用RAPD分析对罗非鱼遗传变异的研究及其对杂种优势的应用 总被引：44，自引：1，他引：43
应用ＲＡＰＤ技术检测了一个奥利亚罗非鱼养殖群体和湘湖、美国和沙市三个尼罗非鱼和尼罗罗非鱼在群体内或群体间存在遗传差异。ＯＰＺ０６、Ｐ）Ｚ１０、ＯＰＺ１２和ＯＰＺ１９四个引物都有一个扩增片段具有种的特异性,可以作为临别尼罗罗非鱼和奥利亚罗非鱼的遗传标记。群体内遗传相似性指数（Ｓ）表明,湘湖、美国和沙市三群体尼罗罗非鱼都保留了较高水平的遗传变异（Ｓ分别为０．７９８、０．７９５和０８２４）,而奥利亚罗非 相似文献
12.
青海湖裸鲤繁殖群体遗传多样性的RAPD分析 总被引：19，自引：0，他引：19
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对青海湖裸鲤的3个洄游繁殖群体-黑马河(HM)、布哈河(BH)及沙柳河(SL)群体各30个个体的DNA多态性进行了分析。用13个引物在三个群体中共检测出85个位点,其中多态性位点68个。青海湖裸鲤群体总的DNA多态位点百分率为80．0％。数据分析结果显示：青海湖裸鲤3个群体总的Nei基因多样性为0．3395,Shannon遗传多样性信息指数为0．4861,存在着较为丰富的遗传多样性。青海湖裸鲤3个群体间平均遗传距离为0．0788,基因分化系数Gst为0．1070,表明3个繁殖群体间产生了一定程度的遗传分化,通过UPGMA方法进行聚类分析显示,HM群体和BH群体优先聚类,表示它们之间的基因交流程度要高于它们分别与SL群体之间的交流。 相似文献
13.
三种体色黄鳝群体遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用线粒体Cyt b基因部分序列测序技术研究3种体色黄鳝Monopterus albus群体(深黄斑鳝、青黄斑鳝、青斑鳝)的遗传多样性与遗传差异。结果显示:三个群体黄鳝共有变异位点53个,单倍型36个;平均单倍型多样性分别为0.9153、0.7517、0.9457;平均核苷酸多样性分别为0.00426、0.00211、0.00601。群体间遗传分化指数(Fst)较小(0.00282~0.04970),分子方差分析(AMOVA)中仅有2.10%的变异来自群体间,表明三种不同体色黄鳝群体间未有明显遗传分化。群体遗传距离的聚类分析结果显示:深黄斑鳝与青黄斑鳝群体间亲缘关系最近,深黄斑鳝与青斑鳝亲缘关系最远。 相似文献
14.
应用RAPD标记技术对魁蚶Scapharca broughtonii1个韩国群体与3个中国群体的遗传多样性进行RAPD分析。对4个群体的133个个体进行扩增,共检测到171个位点。其中,多态性位点为167个,4个群体的多态性位点比例:韩国群体为86.55%、黄岛群体为90.06%、蓬莱群体为85.96%和前三岛群体为89.47%;4个群体的Shannon’s多样性指数为(0.460±0.232)~(0.491±0.214),Nei’s多样性指数为(0.308±0.171)~(0.331±0.199),表明4个群体遗传多态性较高;4个群体遗传分化指数在0.006~0.121之间。其中,韩国与中国的3个群体分化明显,说明韩国与中国3个群体的遗传结构差异较大,黄岛群体与前三岛群体间的遗传分化最小。基于4个群体Nei’s遗传距离的UPGMA方法进行聚类分析显示,黄岛群体与前三岛群体最先聚类,两群体间距离最短,再与蓬莱群体聚类,最后与韩国群体聚类。这些数据可为魁蚶种质资源的合理开发和保护及遗传改良提供科学依据。 相似文献
15.
为从分子水平研究巨[鱼丕](Bagarius yarrelli Sykes)的遗传多样性和系统进化关系,本实验对采集于怒江、澜沧江、元江3河流5种群中的60个个体进行12S rRNA和ND3基因序列的PCR扩增,同时与红河河口群体12个个体的12S rRNA和ND3基因序列进行比对分析,采用Mega5.02软件对碱基组成、Kimura-2 parameter遗传距离、可变位点等进行分析。应用DnaSP软件进行遗传多样性相关参数的计算。结果显示:12S rRNA和ND3基因序列长度分别为954 bp和346 bp(349 bp),分别定义了51个单倍型和42个单倍型,12S rRNA和ND3序列中的碱基平均含量分别为:T为20.8%、C为25.7%、A为32.1%、G为21.4%和T为29.5%、C为28.2%、A为28.1%、G为14.1%,表现出明显的A+T偏倚性;6个群体的群体内和群体间的遗传距离分别为0.003~0.284(12S rRNA),0.009~0.059(ND3)和0.004~1.062(12S rRNA),0.008~0.143(ND3);12S rRNA基因的51个单倍型和ND3基因的42个单倍型序列总的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)及核苷酸平均差异数(K)分别为0.972和0.937、0.035和0.079、31.414和27.176,均显示出丰富的遗传多样性。结合从GenBank中下载的12S rRNA和ND3基因同源序列的[鱼丕]科9属10种鱼类进行系统发育树的构建,结果表明巨[鱼丕]独自汇聚成一大单系群,怒江潞江坝群体、怒江三江口群体及澜沧江临沧群体间关系较近,澜沧江景洪群体可单独构成一个单系种群,红河河口群体、红河曼耗群体与其它巨[鱼丕]构成一单系种群后再同澜沧江景洪群体汇聚成一支。 相似文献
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三个不同养殖群体金鱼遗传多样性的RAPD分析 总被引：4，自引：0，他引：4
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对金鱼3个不同地区养殖群体-天津塘沽(TJ)、江苏苏州(JS)及福建福州(FZ)群体各20ind的DNA多态性进行了分析。在事先优化的反应条件下,所使用的100个随机引物中,有14个引物扩增出清晰稳定的片段,共计103条,大小在200~2500bp,其中多态性片段27条。金鱼总的DNA多态位点百分率为26.21%。数据分析结果显示,3个金鱼群体内遗传多样性偏低,遗传相似度为0.9519~0.9785。金鱼3个群体总的Nei基因多样性指数为0.1061,Shannon信息指数为0.1547。金鱼3个群体间平均遗传距离为0.0375,基因分化系数Gst为0.243,表明3个养殖群体间产生了一定程度的遗传分化。UPGMA法和NJ法的聚类分析显示,两者结果一致。TJ群体和JS群体优先聚类,再与FZ群体聚类。 相似文献
17.
应用AFLP标记分析了西北太平洋沿岸大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)的遗传多样性和群体结构.利用6对选择性引物对采自日本、韩国、越南及中国广西、广东、福建、台湾和浙江8个群体的126尾大弹涂鱼进行扩增.在15～500 bp之间得到186条条带,其中多态性片段160条,多态性比例为86.02％,每对引物组合扩增片段为25～36条,每对引物组合多态位点检出率为52.0％～96.42％.各群体的多态性位点比例在27.96％～57.53％之间,其中韩国群体的多态性位点比例最高,广东群体的多态性位点比例最低.各群体间Nei's遗传距离为0.038～0.151,遗传距离较大.各群体间遗传分化指数Fst值为0.175～0.459,均检测到显著的遗传分化(P=o.ooo).基于遗传距离矩阵构建的NJ系统树显示,大弹涂鱼的8个群体被分为了两支,其中日本、韩国及台湾群体聚为岛屿支系,浙江、福建、广东、广西和越南群体聚为大陆支系.AMOVA分析显示,大部分的变异组分来自于各群体内个体间,且组群间、群体间及群体内均存在明显的遗传分化.群体间遗传分化系数Gst为0.385 7,群体间的基因流Nm为0.796 4,群体间基因交流弱于其他多数鱼类. 相似文献
18.
5种石斑鱼遗传差异的RAPD分析 总被引：3，自引：0，他引：3
运用随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）技术对鞍带石斑鱼（Epinephelus lanceolatus）、驼背鲈（Cromileptes altivelis）、棕点石斑鱼（E.fuscoguttatus）、斜带石斑鱼（E.coioides）和鲑点石斑鱼（E.fario）的遗传多样性及系统发生进行了研究。从120个RAPD随机引物中筛选出扩增效果好的引物19个,分别用于5种石斑鱼基因组DNA的扩增。结果显示,5种石斑鱼平均多态性位点比率（P）分别为64.23%,72.61%,60.34%,69.97%,73.94%;个体间平均遗传相似系数（S）分别为0.8238,0.8110,0.8345,0.8277,0.8064;平均遗传距离（D）分别为0.1762,0.1890,0.1655,0.1723,0.1936;平均Nei基因多样性指数（H）分别为0.1189,0.1364,0.1028,0.1439,0.1648;平均Shannon信息指数（Hi）分别为0.1801,0.1992,0.1530,0.2100,0.2434。5个种间的遗传距离（Dxy）在0.3964～0.6085之间。 相似文献