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用微卫星标记分析了鲤鱼(Cyprinus carpio L.)的2个品种福瑞鲤和豫选黄河鲤选育群体的遗传结构,并揭示了雌雄个体间遗传距离的分布规律。结果表明,23个微卫星标记在福瑞鲤(FR,n=192)和豫选黄河鲤(YX,n=96)中各检测到160个和131个等位基因。福瑞鲤的平均有效等位基因数(N_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)和多态信息含量(PIC)分别为4.559、0.695、0.741和0.702,群体处于高度多态水平(PIC≥0.5);豫选黄河鲤的4项遗传多样性参数分别为3.620、0.665、0.642和0.600。虽然豫选黄河鲤同样处于高度多态水平(PIC≥0.5),但是N_e、H_e和PIC均极显著低于福瑞鲤(P0.01),说明福瑞鲤的杂交选育背景决定了其较系统选育的豫选黄河鲤具有较多的来源于不同亲本的等位基因;而两者H_o差异不显著(P0.05),说明豫选黄河鲤种内也保持了较高的遗传杂合度。分别统计福瑞鲤与豫选黄河鲤雌雄个体间的遗传距离,结果表明两两雌雄个体间遗传距离呈正态分布。福瑞鲤个体间遗传距离的中间值位于0.8~1.0,占37.39%;而豫选黄河鲤个体间遗传距离中间值位于0.5~0.7,占49.33%。建议福瑞鲤和豫选黄河鲤在家系配组时,选择亲本间遗传距离阈值范围在0.8~1.0和0.5~0.7为宜。 相似文献
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团头鲂选育群体基因组选择信号的检测有助于研究人工选育条件下基因组的进化机制,为团头鲂的进一步遗传改良提供依据。以团头鲂"浦江1号"选育奠基群体(F0)为对照组,以3个团头鲂选育群体为试验组,采用经典的Ewens-Watterson中性检验和基于3种算法(岛屿模型、分级岛屿模型、贝叶斯似然法)的FST-离群值点检验,在14个转录组微卫星位点上进行选择信号检测。结果显示,F0群体中所有位点均为中性位点,选育群体A在Mac927位点和Mac158位点受到了正向选择压力,选育群体B在Mac158位点受到了正向选择压力,选育群体C在Mac927位点和Mac158位点受到了正向选择压力。由此可见,自1985年起的连续世代人工选育已在团头鲂基因组中留下了可检测到的选择信号。3个选育群体均在Mac158位点检测到选择信号,表明3个选育群体受到的人工选择方向比较接近。 相似文献
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为了建立鲤 IGF2b (insulin-like growth factor 2)基因全基因组信息 SNPs (single nucleotide polymorphism)的获取体系,并验证该获取体系在黄河鲤新品系选育中运用的适用性,本研究首先对 10个不同鲤品种的 33个鲤个体重测序数据进行分析,整体上了解 IGF2b 基因的单核苷酸位点及其在基因组上的分布情况。然后在基因组 DNA 水平上分段获取 IGF2b 基因的 SNPs 信息,并以不同的鲤品种验证引物的适用性,最后在黄河鲤新品系中检测其应用。研究结果:获得 8 对聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)引物进行分段克隆的结果,并通过直接测序和限制性片段长度多态性来获取相应的 SNPs。经过直接测序,本文对黄河鲤、建鲤、黄河鲤和建鲤的正反交后代进行 PCR 检测发现条带单一,目地片段正确;结合黄河鲤新品系的体重数据,本文又以 IGF2b3#引物检测到一个与体重明显相关的 SNPs,同时检测到一个与该基因表达量相关的另一个 SNPs。本研究的方法能够在该基因全基因组范围内开展鲤分子育种中 SNPs 的检测,并验证发现黄河鲤新品系 IGF2b3#引物 227 号位点处,出现的突变位点使体重降低,且有一处 SNPs 与其表达量有关。这将为其他物种、其他功能基因的多态性分子标记研究提供思路。 相似文献
4.
近日,水科院淡水中心完成的"福瑞鲤的综合选育新技术研究及其示范推广"项目,通过水科院有关专家鉴定。该项目以建鲤、黄河鲤及其正、反杂交种为基础选育群体,通过1代群体选育和连续4代BLUP家系选育,培育出1个优良养殖新品种福瑞鲤,生长速度比普通鲤提高20%以上,比 相似文献
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我国6个鲤群体的mtDNA D-loop序列遗传变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
探讨当前中国鲤（Cyprinus carpio）野生群体和育成品种的遗传结构及变异情况,以期丰富鲤种质资源的研究数据,为后期鲤的种质挖掘和遗传育种提供更多参考。收集了鲤的４个野生群体（清水江鲤、太湖鲤、黄河鲤和黑龙江鲤）和２个育成品种（福瑞鲤和松浦鲤）共计185尾个体,进行mtDNA D-loop序列测序分析。全长927~930bp的D-loop序列有36个变异位点。所有个体呈27个单倍型,其中清水江鲤和太湖鲤的单倍型数量较多（分别为18和9个）,而福瑞鲤和松浦鲤各存在１个优势单倍型（占有率分别为93％和80％）。Fst值检验发现,松浦鲤与黑龙江鲤间遗传分化不显著（P>0.05）,其余群体间均呈极显著遗传分化（P<0.01）。基于群体间K2P遗传距离（0.005 ~ 0.013）的NJ树显示,福瑞鲤和黄河鲤首先聚类,然后依次与清水江鲤和太湖鲤聚类;最后与松浦鲤和黑龙江鲤所在的另一支聚类。分子方差分析显示,群体间遗传变异极显著（P<0.01）,占总变异的35.59％。研究表明,鲤的野生群体（清水江鲤和太湖鲤）存在较高的遗传多样性,具有进一步选育利用的潜力;而２个育成品种（福瑞鲤和松浦鲤）在选育过程中积累了较高的遗传纯度。 相似文献
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《水生态学杂志》2017,(3)
探讨当前中国鲤(Cyprinus carpio)野生群体和育成品种的遗传结构及变异情况,以期丰富鲤种质资源的研究数据,为后期鲤的种质挖掘和遗传育种提供更多参考。收集了鲤的4个野生群体(清水江鲤、太湖鲤、黄河鲤和黑龙江鲤)和2个育成品种(福瑞鲤和松浦鲤)共计185尾个体,进行mtDNA D-loop序列测序分析。全长927~930 bp的D-loop序列有36个变异位点。所有个体呈27个单倍型,其中清水江鲤和太湖鲤的单倍型数量较多(分别为18和9个),而福瑞鲤和松浦鲤各存在1个优势单倍型(占有率分别为93%和80%)。F_(ST)值检验发现,松浦鲤与黑龙江鲤间遗传分化不显著(P0.05),其余群体间均呈极显著遗传分化(P0.01)。基于群体间K2P遗传距离(0.005~0.013)的NJ树显示,福瑞鲤和黄河鲤首先聚类,然后依次与清水江鲤和太湖鲤聚类;最后与松浦鲤和黑龙江鲤所在的另一支聚类。分子方差分析显示,群体间遗传变异极显著(P0.01),占总变异的35.59%。研究表明,鲤的野生群体(清水江鲤和太湖鲤)存在较高的遗传多样性,具有进一步选育利用的潜力;而2个育成品种(福瑞鲤和松浦鲤)在选育过程中积累了较高的遗传纯度。 相似文献
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抗逆选育引起的遗传变化不仅源于DNA序列的变化,也有来自于表观层面的修饰改变。为探究刺参(Apostichopus japonicus)耐高温新品系育种过程中的选育基础群体与选育群体的遗传多样性,运用MSAP技术分析了选育基础群体F、选育F1代和选育F4代的基因组遗传多样性。结果显示,10对引物获得的806个位点中,多态性位点为698个,多态性百分比达到86.60%;基于非甲基化位点的遗传分析,选育F4代香农多态性指数为0.3981,Nei基因多样度为0.2264;基于甲基化敏感位点分析,选育F4代香农多态性指数为0.5873,Nei基因多样度为0.2598,均高于基础群体;表观遗传多样性均大于非甲基化位点变异产生的序列遗传多样性,表明表观变异出现频率高于序列遗传变异。MSAP甲基化模式分析显示,选育F1和F4代经过选育后获得了一些甲基化水平和模式的改变,说明经温度胁迫选育,改变了刺参群体的基因组的甲基化状态。选育F4代获得的类型Ⅱ的条带数最多,为161条,明显高于未选育刺参,为选育获得表观遗传特征。研究结果从遗传物质基础角度揭示了选育群体的遗传改变与进展,可为抗逆新品种选育中的表观遗传研究提供参考。 相似文献
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福瑞鲤与建鲤成鱼养殖对比试验 总被引：1，自引：0，他引：1
<正>福瑞鲤是中国水产科学研究院淡水渔业研究中心以建鲤和野生黄河鲤为原始亲本进行杂交,通过1代群体选育和连续4代家系选育后获得的鲤鱼新品种。同其他鲤养殖品种相比,福瑞鲤具有生长快、体型好、饲料转化率高、适应能力强和遗传性状稳定等特点,是农业部"十二五"主推的大宗淡水养殖鱼类新品种。甘肃省永靖县2012年依托国家大宗淡水鱼类产业技术体系引进福瑞鲤10万尾进 相似文献
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6个野生与选育鲤群体的微卫星遗传分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用12个微卫星标记对鲤(Cyprinus carpio)的4个野生群体[清水江鲤、太湖鲤、黄河鲤(C.carpio haematopterus)和黑龙江鲤(C.carpio amurensis)]和2个选育群体[福瑞鲤(C.carpio var.FFRC)和松浦镜鲤(C.carpio var.specularis'Song-pu')]共208尾个体进行遗传分析。结果显示,12个位点共检测到341个等位基因,平均等位基因数为28.67,其中1个位点(HLJ1127)检测到正向选择压力;选育群体的遗传多样性参数普遍低于野生群体,其中松浦镜鲤群体的各项参数均值最低(Na=6.82,Ho=0.54,PIC=0.50),清水江鲤群体的各项参数均值最高(Na=21.25,Ho=0.80,PIC=0.91);分子方差分析显示,整体遗传变异主要来自群体内,但群体间呈极显著遗传分化(P0.01);基于群体Nei's遗传距离的UPGMA聚类树和PCo A分析表明,鲤4个野生群体间遗传距离较近,而与2个人工选育群体间遗传距离较远;基于个体遗传结构及PCo A分析显示部分野生个体遗传结构比较混杂,而选育个体的遗传结构则相对单一。研究表明,中国鲤野生资源具有较高的遗传多态性,而人工选育群体维持着较纯的遗传种质。 相似文献
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驯养、选育条件下尼罗罗非鱼群体的选择压力分析 总被引：1，自引：1，他引：0
家养动物是研究长期人工选择对动物基因组产生选择效应机制的独特对象,尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)是一种受人工干预(驯养、选育)历史较短的优良养殖对象,可作为研究新近发生的人工干预对动物基因组产生影响的遗传机制的良好模型。本研究以1个尼罗罗非鱼埃及野生群体为对照组,以4个"新吉富"罗非鱼选育系群体、2个企业自主选育群体和5个驯养群体为实验组,采用3种模型分析方法(岛屿模型、分级岛屿模型和贝叶斯似然法),在12个微卫星位点上进行F_(ST)-离群值点检测(F_(ST)-outlier test)。结果显示,在本研究所分析的12个微卫星位点中,4个"新吉富"罗非鱼选育系群体在2个微卫星位点(OMO043,OMO114)受到了显著的正向选择压力(P0.01),2个企业自主选育群体在另外2个微卫星位点(OMO049,OMO100)受到显著的正向选择压力(P0.01),而5个驯养群体只在1个微卫星位点(OMO013)受到了显著的正向选择压力(P0.01)。由此可见,选育群体受到的正向选择位点数明显多于驯养群体,选育群体与驯养群体受到正向选择的位点各异,不同选育群体间受到正向选择的位点也各不相同。本研究结果表明,不同的人工干预途径从不同的方向上对尼罗罗非鱼基因组产生了影响。 相似文献
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中国鲤几个代表种群基因组DNA遗传多样性分析 总被引：26，自引：2，他引：26
中国鲤具有悠久的养殖历史和重要的经济价值,无论是天然种群还是养殖品种,年产量远超过其它鱼类。近几十年来,养殖新品种的开发获得成功,大大提高了产量,改善了品质。但是由于盲目的开发利用,许多重要的鲤养殖种类的种质资源遭到破坏。"江西三红"(Cyprinuscarpiovar.xingguonensis、Cyprinuscarpiovar.wuyuanensis、Cyprinuscarpiovar.wananensis)、黄河鲤(Cyprinusycarpiovar.)和黑龙江野鲤(Cyprinuscarpiohaematopterus)是中国鲤几个具有代表性的养殖品种和野生种,在我国鲤鱼遗传育种研究中均占有非常重要的地位。应用第二代分子标记,即微卫星标记(microsatellite)84个,对以上5个具有代表性的中国鲤进行了全基因组DNA检测。结果表明,当退火温度提高至60℃时,有43对标记引物扩增出清晰的条带,其中有14对在群体间呈现多态性,扩增等位基因位点为2～4个。微卫星座位MFW4,MFW19,MFW23和MFW26在群体内显示了高度的多态性,扩增等位基因位点为7～13个。统计实验结果发现,"江西三红"3个品种间遗传差异较小,兴国红鲤和荷包红鲤的亲缘关系较近(0.93);属于同一亚种不同地理种群的黄河鲤和黑龙江野鲤具有较高的遗传相似性(0.89)。另外,根据微卫星多态性分析结果,探讨了这5种鲤的遗传多样性。 相似文献
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利用 2b-RAD 技术对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis) 2015 年、2016 年、2017 年、2019 年 4 代选育群体和野生群体合计 821 尾个体进行简化基因组测序, 分析中国对虾人工选育群体和野生群体遗传多样性特征, 挖掘在持续人工选育过程中受选择的 SNP 位点。测序共得到 83767 个 SNP 位点, F-统计结果显示, 野生群体与选育群体间遗传分化系数(FST)均值为 0.022, 野生群体与 2019 年选育群体之间遗传分化程度最高为 0.0260, 与 2015 年选育群体之间遗传分化程度最低为 0.0190; 野生群体与选育群体之间遗传分化系数(FST)均小于 0.05, 为弱遗传分化。 群体主成分分析(PCA)结果显示野生群体与选育群体之间遗传结构未发生明显改变。遗传多样性统计结果表明,野生群体与选育群体期望杂合度(He)均值分别为 0.1716 和 0.1806, 观测杂合度(Ho)均值分别为 0.1861 和 0.1943, 多态性信息含量(PIC)均值分别为 0.1428 和 0.1515, 核苷酸多态性(Pi)均值分别为 0.1732 和 0.1813, 其中 2017 年、2019 年选育群体各遗传多样性指数与野生群体相比均存在显著差异(P＜0.05)。对不同世代选育群体与野生群体进行选择消除分析, 分别得到 92 个、103 个、166 个、117 个受选择 SNP 位点, 共有位点数目为 4 个。相邻世代选育群体之间等位基因频率逐代上升的共有位点数目为 7107 个, 其中 3674 个位点显著偏离哈迪–温伯格平衡(P＜0.05); 等位基因频率逐代下降的共有位点数目为 8501 个, 其中 4101 个位点显著偏离哈迪–温伯格平衡(P＜0.05)。研究结果表明, 中国对虾经过累代人工选育, 依然具有较高的遗传选育潜力, 可以继续作为人工选育材料。 相似文献
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西北地区池塘养殖鱼类的品种多年来主要以鲤鱼、草鱼、鲫鱼、鲢鳙鱼为主,其中鲤鱼养殖规模较大,但品种退化严重,市场前景不容乐观,严重影响了养殖户的经济效益和养殖积极性。福瑞鲤是中国水产科学研究院淡水渔业研究中心,通过群体选育和家系选育,选育五代后获得的新品种,其亲本来源于建鲤和野生黄河鲤,选育后的品种具有野生黄河鲤鱼修长健美的体型和建鲤良好的生长优势。该品种抗病力强、生长速度快,生长优势明显, 相似文献
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福瑞鲤于2011年获得了水产新品种证书,品种登记号为GS-01-003-2010,是国家大宗淡水鱼产业技术体系岗位科学家、中国水产科学研究院淡水渔业研究中心董在杰研究员及其团队从1998年起,以生长速度及体型体色为主要选育指标,以建鲤和野生黄河鲤为基础群体,通过1代群体选育和连续4代BLUP家系选育后获得的杂交新品种。从2008年起,陆续在山东、江苏、四川等地进行了生产性养殖对比试验,试验得出"福瑞鲤"的生长性状良好,具有生长 相似文献
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红鲤4群体间主要组织相容性复合体的差异 总被引：9，自引：2，他引：9
应用鱼类主要组织相容性复合体(MIC)基因来探讨鱼类种群间遗传结构,寻找分子遗传标记。根据已报道的鲤鱼MICI类基因序列,设计了一对特异性引物,从兴国红鲤、荷包红鲤、玻璃红鲤及瓯江彩鲤基因组DNA中扩增了编码MICI类分子α2链的基因片段,并进行克隆、测序。结果表明,(1)编码MHC I类分子α2链的基因多态性较为丰富,234bp长度中有106个变异位点,多态位点百分率达45．3％;荷包红鲤的基因序列与其它3群体红鲤有显著差异;(2)由编码MICI类分子α2链的基因和氨基酸序列构建的系统进化树一致,兴国红鲤与团江彩鲤关系较近,属于同一进化支,玻璃红鲤和荷包红鲤分别属于另外两个不同的进化支,荷包红鲤是较为特化的群体;(3)多态性丰富的编码MICI类分子α2链的基因,适宜作为鲤鱼不同群体的分子遗传标记。 相似文献
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为精准评估黄河鲤生长性状的遗传参数，利用7对微卫星标记对1个黄河鲤家系混养群体的亲本和子代进行基因分型，利用分型信息进行亲子鉴定后，采用平均信息约束极大似然法算法开展黄河鲤20月龄体质量、体长的遗传参数估计。考虑到可能存在的非加性遗传效应，建立和比较分析3种动物模型：模型A只考虑加性效应，模型AM包含加性效应和母本效应，模型AF包含加性效应和全同胞效应。用似然比统计量检验不同模型间的差异显著性。结果显示：7个微卫星位点上共检测到64个等位基因，平均等位基因数为9.1个，变化为5～11个；平均观测杂合度为0.795,平均期望杂合度为0.801,平均多态性信息含量为0.771,所有位点表现高度多态性；实际亲子鉴定成功率为96.1%。模型分析结果显示：模型AM为最优模型，获得黄河鲤选育群体20月龄体质量和体长的遗传力分别为0.46和0.41,属于高遗传力；两个性状的母本效应值分别为0.14和0.11;采用两性状动物模型分析相关性发现，体质量和体长间的表型和遗传相关系数均达到高度正相关(0.75～0.85)水平。试验结果表明，在黄河鲤20月龄生长性状遗传参数评估模型中，应考虑母本效应，同时结合... 相似文献
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青海湖裸鲤繁殖群体遗传多样性的RAPD分析 总被引：19，自引：0，他引：19
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对青海湖裸鲤的3个洄游繁殖群体-黑马河(HM)、布哈河(BH)及沙柳河(SL)群体各30个个体的DNA多态性进行了分析。用13个引物在三个群体中共检测出85个位点,其中多态性位点68个。青海湖裸鲤群体总的DNA多态位点百分率为80．0％。数据分析结果显示：青海湖裸鲤3个群体总的Nei基因多样性为0．3395,Shannon遗传多样性信息指数为0．4861,存在着较为丰富的遗传多样性。青海湖裸鲤3个群体间平均遗传距离为0．0788,基因分化系数Gst为0．1070,表明3个繁殖群体间产生了一定程度的遗传分化,通过UPGMA方法进行聚类分析显示,HM群体和BH群体优先聚类,表示它们之间的基因交流程度要高于它们分别与SL群体之间的交流。 相似文献