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1.
《中国农学通报》2020,(29)
旨在提高分离自东北酸菜发酵液中的干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)HDS-01产酶水平,为甘露聚糖酶的分离纯化和工业生产奠定基础,以MRS为初始培养基,设置不同培养基组分及发酵条件进行单因素试验,用DNS法和平板菌落计数法分别测定酶活和L. casei HDS-01生长量。试验实验结果表明L. casei HDS-01产甘露聚糖酶的最优条件如下:最适碳源及浓度为0.8%的果胶,最适氮源及浓度为0.2%的酵母提取物和硝酸铵,无机盐种类及浓度包括0.2%的柠檬酸铵、0.1%的磷酸氢二钾、0.9%的乙酸钠,最适装液量为100 mL/250 mL,最适接种量为7%,最适培养温度为37℃,初始pH 5.5。按照上述最适条件,在摇床转速为140 r/min条件下培养36 h后,酶活可达72.7±0.30 U/mL,较优化前的产酶水平提升了6.51倍。 相似文献
2.
β-甘露聚糖酶是一种参与细胞壁半纤维素组分甘露聚糖降解的关键酶。为探究该酶与器官脱落的关系,以纽荷尔脐橙（Citrus sinensis Osbeck）果柄离区为材料,采用同源PCR克隆策略,扩增脐橙β-甘露聚糖酶基因片段。结果表明：该序列长度274 bp,编码了一段由91个氨基酸残基组成的β-甘露聚糖酶保守区片段。同源比对表明,该序列与GenBank上其他已有的植物β-甘露聚糖酶氨基酸序列的同源性在53%~65%,推断克隆得到的片段是脐橙β-甘露聚糖酶的cDNA片段。 相似文献
3.
分析大豆GmNF-YA3基因结构,构建GmNF-YA3基因的原核表达载体并进行表达,以期获得带有GST标签的目的蛋白口通过Phytozome数据库对。nNF-YA3基因组DNA序列进行生物信息学分析,序列比对结果表明GmNF-YA3基因组DNA序列长度为4589bp,由5个外显子和4个内含子组成。为了获得纯化的GmNF-YA3蛋白,将保守域片段亚克隆到原核表达载体pGEX4T-1中,SDS-PAGE表明融合蛋白受异丙基硫代半乳糖普(IPTG)诱导高水平表达,但主要以包涵体形式存在。本研究为进一步纯化和鉴定GmNF-YA3蛋白及研究其功能奠定了基础。 相似文献
4.
全基因组范围内挖掘并鉴定油棕脂肪酶基因(GDSL)家族成员,并对其进行生物信息学及表达分析,为今后油棕GDSL的功能研究奠定基础。以拟南芥GDSL蛋白序列为标签,在油棕全基因组数据库中BLAST同源GDSL蛋白序列,并通过CDD和PFAM数据库完成GDSL蛋白序列的分析,剔除无保守结构的序列,最后利用生物信息学对油棕GDSL家族成员进行可视化分析。共获得109个油棕GDSL基因,其中有90个基因分布在油棕的15条染色体上,1号染色体上含有的基因数最多,为14个;基因结构较为稳定,大多数基因具有5个外显子,少数基因的外显子数目变化较大;油棕GDSL基因家族motif保守性较高;通过预测蛋白的二级结构,发现EgGDSL蛋白均存在α-螺旋、β-转角、无规则卷曲及延伸链这4种结构,其中75个EgGDSL以无规则卷曲为主要结构,α-螺旋为次要结构,34个蛋白以α-螺旋为主要结构,无规则卷曲为次要结构;通过热图分析发现EgGDSL基因在油棕不同组织中(中果皮,果仁,根,叶,茎和花)均有一定的表达,且具有显著的组织和时空表达特异性。本研究首次提供了油棕GDSL基因家族的染色体定位、基因结构、保守mo... 相似文献
5.
《分子植物育种》2016,(2)
本研究根据已发表的辣椒基因组序列信息,设计PCR引物,利用RT-PCR的方法从海南黄灯笼辣椒中克隆了辣椒素合成相关基因Pun1基因(酰基转移酶基因),并命名为CCa Pun1基因。通过生物信息学及表达分析发现,该基因CDS区全长1 323 bp,编码440个氨基酸,推测为亲水蛋白;蛋白二级结构中α-螺旋占42.05%,延伸链占14.55%,无规则卷曲占33.64%,β-转角占9.77%。与灌木状辣椒及一年生辣椒的亲缘关系最近,分别达99.4%、98.3%。表达量分析发现,CCa Pun1基因在果实绿熟期表达量最高,其次为幼果期和膨大期。CCa Pun1基因的克隆与表达分析可为海南黄灯笼辣椒辣椒素合成相关机制的进一步研究奠定理论基础。 相似文献
6.
甘露聚糖酶基因在植物种子萌发、果实的成熟软化、植物器官的脱落以及非生物胁迫等过程发挥重要作用。为研究其在苎麻中的基因功能,本研究根据苎麻转录组测序中的Bn MAN1片段序列,克隆该基因的c DNA全长及其上游的调控序列。生物信息学分析发现:Bn MAN1基因上游的调控序列包括TATA-box、CAAT-box、AE-box、Box 4、I-box、GAG-motif、GATA-motif、Skn-1_motif、ARE、Aux RR-core、TCA-element、MBS等顺式作用元件。Bn MAN1基因开放阅读框为1 128 bp,编码375个氨基酸,预测其相对分子质量为42.47 k D,理论等电点为9.45。与桃树(ABV32548)、苦瓜(XP_022132624)、毛果杨(XP_006383170)、野生大豆(KHN36084)和橡胶树(XP_021678603)氨基酸序列相似性分别为82%、81%、79%、79%、76%。蛋白的二级结构中α-螺旋约占45.33%,延伸链约为15.20%,无规则卷曲约为39.47%。结构域分析发现具有COG3934、Cellulase结构域,属于β-甘露聚糖酶类。苎麻Bn MAN1及其启动子将为今后对该基因在苎麻中的功能研究提供帮助。 相似文献
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来源于欧文氏杆菌CXJZ95-198的β-甘露聚糖酶基因高效表达体系构建 总被引：1，自引：0，他引：1
旨在构建β-甘露聚糖酶基因的高效表达体系。从原基因工程菌株slp-man-pET28a/JM提取重组质粒slp-man-pET28a,转化Escherichia coli BL21(DE3)。用水解圈大小,β-甘露聚糖酶活力高低和天然半纤维素底物降解能力等综合指标衡量新基因工程菌株的β-甘露聚糖酶表达效果。新基因工程菌株slp-man-pET28a/BL在选择平板上能产生明显的水解圈,其分泌的β-甘露聚糖酶活性最高达 645.5 U/mL,是原基因工程菌株slp-man-pET28a/JM分泌的1.28倍,是出发菌株Erwinia carotovora CXJZ95-198分泌的1.97倍;新基因工程菌株在苎麻原料发酵液的COD净增加值达5.13 g/L左右,分别为原基因工程菌株和出发菌株净增值的1.5和1.2倍;其还原糖生成量为0.721 mg/mL,比原基因工程菌株和出发菌株分别提高了26.7%和10.1%。新基因工程菌株的β-甘露聚糖酶分泌量大幅度提高,可为麻类生物脱胶β-甘露聚糖酶制剂制备提供科学依据。 相似文献
8.
异甘露聚糖酶是制备益生元甘露寡糖的关键酶。对分泌异甘露聚糖酶枯草芽孢杆菌K-6(Bacillus subtilisK-6)的紫外诱变正突变株K-6-9(Bacillus subtilis K-6-9)的诱变机理进行了研究。通过对出发菌株和正突变株的异甘露聚糖酶基因进行克隆和表达,以生物信息学的方法对异甘露聚糖酶基因序列和蛋白序列进行分析,得到突变株的突变碱基以及突变氨基酸。基因序列研究结果显示,突变体的总碱基突变频率为1.02,碱基突变类型包括碱基的颠换、转换。在检测到的11个碱基突变中,转换的频率(54.5%)是颠换频率(45.5%)的1.2倍,其中,C/T之间的转换所占比例最大,A-G和A-T也具有较高的替换频率,说明胸腺嘧啶(T)具有较高的辐射敏感。通过蛋白序列的比较分析,有2个氨基酸发生突变,由第21位保守氨基酸脯氨酸变异为非保守氨基酸丝氨酸,第23位非保守氨基酸丝氨酸变异为保守氨基酸谷氨酸。综合分析表明:保守区氨基酸与非保守区氨基酸的相互突变可能对其蛋白的正确组装及功能的发挥起重要作用。 相似文献
9.
甘蔗葡聚糖酶ScBG1基因的电子克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了揭示甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因的结构特点和功能特性,从而为该基因的研究和应用提供基础。本研究以水稻β-1,3-葡聚糖酶基因(U72255.1)为搜寻探针,运用电子克隆技术,获得一条甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因全长cDNA,命名为ScBG1,并对其进行生物信息学分析。结果表明：该基因的cDNA序列全长为1842 bp,包含一个1488 bp完整的开放读码框,编码495个氨基酸残基,属于糖基水解酶第十七家族,为疏水性蛋白,含有信号肽。将ScBG1与其他植物种的β-1,3-葡聚糖酶基因进行序列比对,发现该基因具有保守和典型的葡聚糖酶结构域,碱基序列的保守性为45%~73%。研究结果为该基因的实验克隆奠定基础,也为甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因的分子功能研究提供参考。 相似文献
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毛竹β-1,3-葡聚糖酶基因的克隆及序列分析(英文) 总被引：5，自引：0，他引：5
β-1,3-葡聚糖酶是一种植物病程相关蛋白,在植物抵御病害中有重要作用。本研究以毛竹为实验材料,利用RACE技术,克隆毛竹β-1,3-葡聚糖酶基因的外显子序列,并在β-1,3-葡聚糖酶基因的编码区两端设计引物,以毛竹基因组DNA为模版扩增该基因的内含子序列。序列结果表明,该基因全长1693bp,包含两个外显子和一个内含子,命名为PheGLU(GenBank登录号GU238236)。该基因包含1个996bp的开放阅读框,编码332个氨基酸,相对分子质量为3.541×104Da,其等电点pI为6.389,是一个酸性蛋白且分泌到胞外;其中,该蛋白的二级结构中包含35.15%的α-螺旋,21.82%的β-转角,43.03%的延伸链和无规则卷曲等;三级结构同源建模预测显示,它与大麦β-1,3-葡聚糖酶(PDB number:1ghsA)具有80.4%的同源性;聚类分析显示,该基因序列与已报道的其它植物具有较的高氨基酸序列同源性。本研究为进一步鉴定毛竹β-1,3-葡聚糖酶基因的抗真菌病害能力奠定了基础。 相似文献
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为了对大麦气孔发育转录因子基因HvMUTE的功能进行初步鉴定，并对其生物学特性及表达模式进行分析，通过生物信息学分析、PCR扩增及qRT-PCR等方法来对大麦气孔发育转录因子基因HvMUTE进行研究。由于大麦G1614为大麦MOREX品种的姊妹系，且大麦MOREX品种公布了参考基因组数据，所以通过将短穗二柄草BdMUTE基因同大麦G1614基因组进行序列同源比对，得到大麦HvMUTE基因序列。从大麦材料G1614幼芽中的第1片叶片中取样，克隆得到大麦HvMUTE基因651 bp的编码区。生物信息学分析结果表明，HvMUTE蛋白是位于细胞核中的无明显亲水疏水性的不稳定蛋白质，并且其蛋白质三维结构含有螺旋-环-螺旋(HLH)结构。系统进化树分析结果表明，HvMUTE蛋白同小麦和山羊草的MUTE-Like蛋白亲缘关系较近。qRT-PCR结果显示，在干旱条件下，HvMUTE基因表达量无明显变化，这一结果同前人研究有所不同，猜测与大麦为单子叶植物，气孔结构中存在副卫细胞同双子叶植物气孔结构形态不同有关。 相似文献
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胡杨核转录因子PeNF-YB1克隆及其干旱响应表达 总被引：2，自引：1，他引：1
为阐明木本植物中核转录Y因子B亚基蛋白(NF-YB)及其编码基因在抗旱转录调控中的机制,运用生物信息学知识和方法,采用PCR克隆技术,以模式树种毛果杨基因组核转录Y因子B亚基蛋白同源序列为参考,从胡杨叶组织基因组材料中反转录获取了核酸长度为543 bp的目标基因PeNF-YB1。该基因编码的蛋白具有螺旋-环-螺旋二级结构,含有NF-YB蛋白保守结构域和功能氨基酸,不含核定位信号肽;GFP亚细胞定位表明该基因在核中表达;PEG6000溶液干旱胁迫下,该基因表达具有早期上调、延后转为下调的响应变化。研究认为克隆的PeNF-YB1是植物NF-YB亚基基因家族成员,并在干旱早期响应过程中起转录表达作用。研究结果不仅说明了NF-YB转录因子在木本植物中的抗旱作用,也为树木抗旱调控机制的阐明提供了重要参考。 相似文献
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通过生物信息学方法及表达分析对水稻纹枯病菌谷胱甘肽S转移酶基因(Rsgst)的功能进行探索。通过水稻纹枯病菌RSIADB基因组数据库查找Rsgst序列,确定该基因在水稻纹枯病菌基因组中的精确位置。利用生物信息学软件预测Rsgst编码蛋白氨基酸序列的基本信息,并使用MEGA 5.0软件构建同源蛋白的系统发育树,最后用qRT-PCR检测Rsgst在菌核发育过程中的基因表达量,同时测定GST的酶活性。结果表明,Rsgst全长1 207 bp,该基因共编码277个氨基酸残基,其编码蛋白分子量为30.90 ku,理论等电点为9.42。该蛋白二级结构中以α-螺旋为主,占41.52%。系统发育树表明,水稻纹枯病菌GST蛋白与担子菌类玉米丝黑穗病菌GST蛋白亲缘关系最近。qRT-PCR结果表明,Rsgst在水稻纹枯病菌菌核发育过程中表达量不断上调,基因最高表达量是在第60小时,为7.64,而Rsgst的最高酶活性是在第5天,其酶活为0.375 U/μg。结果可为预测水稻纹枯病菌中Rsgst基因的功能奠定基础。 相似文献
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综述了β-甘露聚糖的抗营养作用,β-甘露聚糖酶的来源与作用方式,β-甘露聚糖酶的营养与免疫等功能,以及β-甘露聚糖酶在饲料中的应用。 相似文献
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《分子植物育种》2016,(10)
糖转运蛋白SWEET作为一种新发现的蛋白在动植物中广泛存在,其对植物花蜜的生产和种子、花粉的发育有重要作用。本研究通过对本课题组获得的新基因MdSWEET1利用生物信息学软件进行分析,并利用实时荧光定量PCR对经低温预处理不同时间段后的苹果花药中该基因的表达量进行分析。生物信息学分析结果表明:MdSWEET1的cDNA中包含342 bp的开放阅读框(ORF),编码113个氨基酸,相对分子质量12.985 kD,等电点8.93,该基因编码蛋白的二级结构主要由无规则卷曲和α-螺旋构成,中间夹杂分布β-折叠;具有三个跨膜结构域,N端位于膜外;序列分析表明MdSWEET1与其他物种中发现的该蛋白氨基酸序列同源性很低。实时荧光定量分析表明,经低温预处理的苹果花药中MdSWEET1基因表达量随着冷处理时间的增加呈下调趋势,由此预测低温预处理阻碍了MdSWEET1基因的表达而影响其功能。该研究为进一步了解MdSWEET1对苹果花粉育性的影响提供理论依据。 相似文献
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对克隆获得的梨几丁质酶基因Lchi1进行生物信息学分析,从而为该基因的功能鉴定提供理论基础,以期为梨的抗病育种提供基因来源。根据Genbank中已克隆得到的几丁质酶基因保守区,在梨基因组数据库中进行Blast比对,调取DNA序列,从而设计引物,以高抗腐烂病品种‘小香水’(Pyrus ussuriensis cv. Xiaoxiangshui)为研究材料,克隆获得梨几丁质酶Lchi1基因cDNA全长,并对其进行初步的生物信息学分析。梨基因组数据库中调取的DNA序列2535 bp,含有3个外显子区、2个内含子区。Lchi1基因全长1300 bp,编码322个氨基酸,其蛋白的分子式为C1607H2407N415O468S17,分子量为35573.3 Da,理论等电点为7.10。二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,三级结构具有高度保守性。Lchi1编码蛋白为可溶性胞外蛋白,存在少量的潜在磷酸化位点,属于糖苷水解酶19家族,含有N-端信号肽,但是缺乏几丁质结合区。Lchi1基因属于CLASSⅡ几丁质酶基因,与其它科属植物的几丁质酶基因相似性均较高。 相似文献
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两个谷子CIPK基因在非生物逆境胁迫下的表达分析 总被引：2，自引：0，他引：2
CIPK是一类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,该蛋白在植物响应逆境胁迫过程中发挥重要作用。本文利用生物信息学方法从谷子基因组中鉴定出2个CIPK基因, 命名为SiCIPK6和SiCIPK16。序列分析表明SiCIPK6基因组序列长1994 bp,编码451个氨基酸;SiCIPK16基因组序列长1885 bp,编码473个氨基酸,2个基因均无内含子和可变剪切。生物信息学分析显示这2个基因在蛋白质序列和结构上与其他物种CIPK基因一样非常保守。实时定量PCR分析表明SiCIPK6和SiCIPK16在ABA、低温、高温、干旱、高盐诱导下表达量均有所上调, SiCIPK6基因在ABA、干旱和盐处理时表达量上调幅度较大,而SiCIPK16基因在低温、干旱和高温处理时表达量上调幅度较大。半定量PCR检测结果表明SiCIPK6和SiCIPK16两个基因在拔节、孕穗、灌浆期时均有表达,在相应生育时期受到干旱胁迫时它们表达量均有所提高。推测SiCIPK6和SiCIPK16基因在谷子的干旱或其他逆境胁迫中起一定作用。 相似文献
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芍药查尔酮异构酶基因(CHI)克隆、密码子偏好性分析以及蛋白结构功能预测 总被引：1，自引：0，他引：1
为了丰富芍药CHI基因研究的基础数据,首先利用RACE技术对芍药CHI基因的CDS区进行克隆,并通过EMBOSS软件分析序列的密码子偏好性,其次利用生物信息学软件和在线数据库对芍药CHI进行蛋白结构与功能预测。结果表明,克隆获得芍药CHI基因c DNA序列长度为898 bp(Gen Bank序列号:JN119872),芍药CHI基因偏好使用以A/U结尾的密码子,28种偏好密码子(RSCU1),其中偏好性较强的有UUG、UGU、CAU、AGA、AGG、CGG(RSCU≥2),在密码子的使用频率上,芍药CHI基因与酵母、大肠杆菌等模式生物基因组的差异均大于拟南芥基因组。芍药CHI为非跨膜亲水的稳定蛋白,无信号肽,属于非分泌蛋白;主要分布在细胞质(45.0%)和微体(42.5%)中;无糖基化位点,14个磷酸化位点,其中第20位氨基酸处存在一个典型的磷酸激酶PKC,含有1个异构酶Chalcone保守结构域;二级结构包括α螺旋(39%)、延伸链(20%)、β-转角结构(13%)和无规则卷曲(27%);三级结构呈β-三明治折叠形成的倒置花束。发现了一个异构酶催化活性区域和一个重要的特异性蛋白质激酶PKC位点,为今后深入研究CHI基因功能提供有利的基础资料,此外,拟南芥真核表达更适合作为芍药CHI基因的外源表达系统。 相似文献
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《分子植物育种》2015,(9)
本研究根据Gene Bank已发表的辣椒基因组序列信息,设计引物,利用RT-PCR法从海南黄灯笼辣椒中克隆了多聚半乳糖醛酸酶基因(PG),并命名为CCa PG基因。生物信息学及表达分析结果表明,该基因CDS区全长1 107 bp,编码368个氨基酸,推测为稳定的亲水蛋白,在N端由一条长约25 aa的信号肽;CCa PG蛋白二级结构预测显示,α-螺旋占18.75%,延伸链占37.23%,无规则卷曲占36.41%,β-转角占7.61%。系统进化树分析结果显示,CCa PG与一年生辣椒的亲缘关系最近,达98.37%,其次为美花烟草76.16%。表达量分析发现,CCa PG基因在果实变色期表达量最高,其次为幼果期,最低为绿熟期。本结果可为研究该基因的生物学功能和黄灯笼辣椒果实软化的调控机制奠定理论基础。 相似文献