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1.
为了比较福建三明地区不同水稻-烟草轮作土壤细菌多样性及群落结构,认识三明水稻-烟草轮作土壤微生物资源多样性,对不同土壤样品中细菌类群进行分析。通过构建细菌16S r DNA克隆文库,对将乐砂壤土、将乐壤土、宁化砂壤土和宁化壤土细菌多样性和群落结构进行分析和比较。结果表明:4个土壤样品中的细菌类群包括厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)等11个类群,将乐2个土壤样品中厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)是优势类群;宁化2个土壤样品中变形菌门(Proteobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)为主要优势菌门。香农-维纳指数(H′)和辛普森指数(D)表明,壤土细菌多样性高于砂壤土。通过构建细菌16S r DNA克隆文库揭示了三明水稻-烟草轮作土壤中细菌多样性十分丰富,这为初步掌握三明水稻-烟草轮作土壤中细菌种类和组成状况提供了一定的参考依据,也为进一步开发利用该地区水稻-烟草轮作土壤微生物资源提供科学的依据。 相似文献
2.
克氏原螯虾-水稻连作对土壤微生物功能多样性的影响 总被引：1，自引：1，他引：0
为了研究克氏原螯虾-水稻连作对系统土壤微生物功能多样性的影响。分别选择克氏原螯虾-水稻连作塘、水稻田为研究对象,采用Biolog-ECO方法检测土壤样品中微生物对31种碳源的利用能力,研究克氏原螯虾-水稻连作田和单纯水稻田中微生物代谢活性及代谢多样性差异,并分析其影响因素。结果表明,克氏原螯虾-水稻连作田土壤中氮、磷、钾和有机质的含量和微生物代谢活性均显著低于水稻田,“虾-稻”连作田和水稻田土壤微生物代谢多样性间也存在显著差异(P<0.05)。冗余分析的结果表明,这种差异和土壤有机质含量具有显著的相关性(R2=0.814,P =0.001)。克氏原螯虾-水稻连作对土壤微生物功能多样性能够产生显著影响。肥料使用量的降低、使用方式的改变,特别是其中有机质含量的降低是造成影响的重要原因。 相似文献
3.
为了判断克氏原螯虾(Procambarus clarkii)发病致死的原因，从发病濒死虾肝胰脏中分离出一株优势菌，通过对该菌进行菌落形态观察、革兰氏染色、生理生化鉴定、16srRNA测序分析及进化树构建确认其为微小杆菌Exiguobacterium profundum。通过纸片扩散法测定了该菌株对青霉素G、氨苄西林、头孢氨苄、阿米卡星、庆大霉素、卡那霉素、诺氟沙星、复方新诺明等30种抗菌药物的敏感性，结果显示该菌对30种药物均敏感。通过回归感染实验推测其可能参与克氏原螯虾的致病过程。本实验结果为克氏原螯虾E. profundum的病原鉴定和药物诊治提供了一定的参考和理论基础。 相似文献
4.
基于高通量测序分析河北省中南部地区耕地土壤细菌多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究大棚土壤与大田土壤中细菌多样性的差异,利用Miseq高通量测序技术,对河北省南部地区大棚与大田土壤的14个样品进行测序,并得到了2组样品中的物种组成信息与相对丰度信息。结果表明,在大棚(M1)与大田(N1)土壤样品中,优势菌群的组成基本一致,在门水平有变形菌门、放线菌门、酸杆菌门、拟杆菌门、绿弯菌门、厚壁菌门和芽单胞菌门这7个细菌门类,其中,放线菌门在大田中的相对丰度多,厚壁菌门在大棚中的相对丰度较多。在纲水平有α-变形菌纲、酸杆菌纲、γ-变形菌纲、放线菌纲、Δ-变形菌纲、β-变形菌纲、芽单胞菌纲、纤维粘网菌纲等15种优势菌群,其中,大棚中相对丰度明显增高的是纤维黏网菌纲、杆菌纲和黄杆菌纲等,而相对丰度明显降低的是酸杆菌纲和β-变形菌纲等。在属水平有节细菌属、鞘氨醇单胞菌属、德沃斯氏菌属、芽孢杆菌属、黄单胞菌属和溶杆菌属6个优势菌群,其中,节细菌属在大田中较多,而芽孢杆菌属、黄单胞菌属和溶杆菌属在大棚中较多。另外,一些具有固氮和降解修复能力的菌群在大田中的相对丰度要高一些。这应该是由大田与大棚不同的种植环境导致的。研究结果对改善耕地土壤,提高产量与抗病能力有一定的价值。 相似文献
5.
为了探讨牛磺酸对克氏原螯虾(Procambarus clarkii)生长性能、非特异性免疫以及肝胰脏抗氧化能力的影响。以300只初始体重为(4.50±0.50) g的克氏原螯虾为对象,随机分成5组,分别投喂5种不同牛磺酸含量的等氮等能饲料,投喂4周后,测定各组生长指标、血液和肝胰脏的生化指标。实验结果表明,200、300 mg/kg组克氏原螯虾的增重率、出肉率,血清总蛋白(TP)、溶菌酶(LSZ)以及肝胰脏超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化氢酶(CAT)的活性,均高于对照组,具有统计学意义(P<0.05);200、300 mg/kg组克氏原螯虾的血清谷丙转氨酶(GPT)和谷草转氨酶(GOT)的活性均低于对照组,具有统计学意义(P<0.05);其中300 mg/kg组克氏原螯虾的成活率和肝胰脏谷胱甘肽(GSH-Px)的活性高于对照组,饵料系数低于对照组,均具有统计学意义(P<0.05);而肝胰脏丙二醛(MDA)的含量在各组间差异不具有统计学意义。因此,在饲料中添加200~300 mg/kg的牛磺酸可以促进克氏原螯虾的生长,提高虾体的非特异性免疫力和肝胰脏抗氧化能力,增强虾体的抗病力。 相似文献
6.
为了研究池塘流水槽循环水黑鲷养殖模式(IP)和传统池塘黑鲷养殖模式(EP)菌群结构特征,运用高通量测序技术,比较分析2种养殖模式黑鲷肠道和养殖水体中菌群组成结构与功能。结果显示：黑鲷肠道和养殖水体中主要由变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻细菌(Cyanobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和绿弯菌门(Chloroflexi)组成,其丰度之和为98.32%~99.22%;在属水平上,菌属差异明显,IP模式下黑鲷肠道显著增加的菌属包括鲁杰氏菌属Ruegeria(14.84%)、聚球藻属Synechococcus(14.24%)、Marivita(3.58%)、norank_o__PeM15(2.97%)、norank_C__KD4-96(2.56%)(P<0.05) (IP>EP);而EP模式下,黑鲷肠道中肠杆菌属Enterobacter(10.31%)、分支杆菌属Mycobacterium(10.30%)、Romboutsia(7.37%)、肠球菌属Enterococcus(6.29%)、乳球菌属Lactococcus(5.38%)显著增加(P<0.05) (IPP<0.05);IP养殖模式水体菌群丰富度和多样性显著高于EP养殖模式(P<0.05),而黑鲷肠道之间无显著性差异(P>0.05)。2种养殖模式条件下菌群结构存在差异,且存在较多丰度差异显著的菌属。IP模式下黑鲷肠道中具有差异显著的优势菌属大多为有益菌,而EP模式黑鲷肠道多为慢性致病菌或条件致病菌属。 相似文献
7.
[目的]为了了解湖北省克氏原螯虾的白斑综合征病毒(white spot syndrome virus, WSSV)携带情况。[方法]2016年5月—2017年7月对湖北省几个养殖地区采集的741个克氏原螯虾样品进行了WSSV的PCR检测,并选取了49个PCR阳性扩增产物进行测序分析。[结果]结果显示,湖北省潜江市、监利县等主要养殖区的克氏原螯虾和洪湖市新堤地区克氏原螯虾群体携带WSSV病毒的比率为65%以上；鄂州市、随州市以及洪湖市螺山镇养殖的克氏原螯虾群体携带WSSV病毒的比率为40%左右。测序结果发现,有部分样品中WSSV的保守序列发生碱基A/T的突变。系统发育树分析结果显示,发生碱基A/T突变的WSSV与17个已公布的WSSV地区亚种的亲缘关系都比较远,而未发生A/T碱基突变的WSSV与澳大利亚株(MF161441)、孟加拉株(KJ719075)亲缘关系更近。[结论]研究结果可为克氏原螯虾WSSV的防控提供一定的参考。 相似文献
8.
不同种植方式大豆根际土壤细菌多样性分析 总被引：4，自引：0，他引：4
利用Illumina MiSeq第二代高通量测序平台, 对黑龙江省不同地区轮作及连作大豆根际土壤细菌16S rDNA基因组测序, 初步分析在不同种植方式下受大豆胞囊线虫侵染的大豆根际土壤细菌群落结构的变化。从6个土壤样本中共获得25 419个OTUs, 鉴定到细菌的47个门, 147个纲, 709个属。变形菌门、放线菌门、酸杆菌门、芽单胞菌门、浮霉菌门是供试土壤细菌的优势菌门, 占所有细菌群落总数90%以上。连作4年总OTUs及丰富度最高, 连作20年最低。不同轮作方式土壤细菌丰富度差异不显著(P > 0.05), 短期连作与长期连作细菌丰富度及多样性差异显著(P < 0.05)。不同轮作方式下放线菌门相对丰度低于连作方式, 芽单胞菌门和拟杆菌门相对丰度高于同地区连作方式。土壤功能细菌根瘤菌(Bradyrhizobium)、链霉菌属(Streptomyces)、芽孢杆菌属(Bacillus)、溶杆菌属(Lysobacter)、土微菌属(Pedomicrobium)的相对丰度在不同年限连作下高于轮作。长期连作土壤优势细菌丰度与轮作土壤相似性更高。 相似文献
9.
玉米-大豆轮作及氮肥施用对土壤细菌群落结构的影响 总被引：3，自引：0，他引：3
在大豆开花期分别对3个施氮水平下(0、50和100 kg hm-2)大豆连作(大豆-大豆-大豆)、玉米-大豆轮作I (大豆-玉米-大豆)及玉米-大豆轮作II (玉米-玉米-大豆),应用PCR-DGGE技术研究了玉米-大豆轮作及施氮对土壤细菌群落结构变化的影响。结果表明,随着施氮水平的提高,3种种植方式土壤中细菌群落多样性、丰富度均呈减少趋势。高氮处理(100 kg hm-2)明显降低了大豆连作、玉米-大豆轮作II根际土壤细菌群落多样性及丰富度,玉米-大豆轮作I根际土壤细菌群落多样性及丰富度略有降低。玉米-大豆轮作I种植方式可减轻氮肥对其根际细菌群落多样性和丰富度的影响,但施氮明显改变了其细菌群落结构。玉米-大豆轮作II中大豆根际土壤细菌群落结构较为稳定,受氮肥影响较小。在3种种植方式的土壤中,分布着酸杆菌门、变形菌门及厚壁菌门细菌,其中前两门菌群占主导地位。 相似文献
10.
为分析野生金线莲根际土壤微生物的种类和丰度,优化金线莲仿生态栽培土壤条件,本研究采用Illumina NovaSeq高通量测序技术对6个样本福建金线莲根际土壤微生物16S区域文库进行双末端测序,分析金线莲根际土壤微生物多样性。结果显示,共得到可操作分类单元(operational taxonomic units, OTU)6 695个,分属46个菌门,421个菌属,在门水平上优势菌门为变形菌门(Proteobacteria),亚优势菌门为酸杆菌门(Acidobacteriota)和厚壁菌门(Firmicutes),变形菌门在各样本中的含量占比不同,但都属于优势菌群。在属水平上优势菌属为梭菌属(Clostridium),亚优势菌属为苔藓杆菌属(Bryobacter)和玫瑰螺菌属(Roseiarcus)。金线莲土壤6个样本共有OTUs数938个,占各样本OTUs数大于80.00%。金线莲根际土壤微生物的丰富度和均匀度高,物种组成较为相似。该研究为金线莲仿野生栽培的土壤改良奠定基础。 相似文献
11.
克氏原螯虾形态与体重的通径分析 总被引：2，自引：2，他引：0
[目的]确定影响克氏原螯虾体重的主要形态性状,以期为克氏原螯虾的亲本选育、形态辅助育种提供理论基础。[方法]选取了350尾雌性克氏原螯虾和302尾雄性克氏原螯虾,分别测量其体重(Y)、全长(X1)、头胸甲长(X2)、头胸甲宽(X3)、腹节总长(X4)、第一腹节长(X5)和第一腹节宽(X6)。采用相关分析、多元回归分析和通径分析,以体重为因变量形态性状为自变量,计算了雌雄克氏原螯虾各性状间的相关系数,通径系数和决定系数。[结果]相关分析结果显示,雌雄克氏原螯虾各性状间相关性皆达到了极显著水平(P<0.01)；多元回归分析中,雌雄克氏原螯虾剔除了与体重性状不显著的形态性状,建立的多元回归方程分别为Y雌=－34.689+10.629X2+6.479X3+0.803X1,Y雄=－33.413+5.727X2+6.770X3+2.043X1+3.045X6 ；通径分析结果表明,头胸甲长在雌性克氏原螯虾中对体重的直接作用最大,其次是全长和头胸甲宽,全长和头胸甲宽通过头胸甲长对体重的间接作用较大。在雄性中,也是头胸甲长的直接作用最大,其次是全长和头胸甲宽以及第一腹节宽,第一腹节宽通过头胸甲长、宽和全长对体重的间接作用最大。[结论]以上结果可为克氏原螯虾的选育奠定基础。 相似文献
12.
基于高通量测序患炭疽病草莓根际与健康草莓根际细菌群落的比较研究 总被引：3，自引：2，他引：1
研究旨在比较患炭疽病草莓与健康草莓根际土壤细菌群落多样性，了解其细菌群落生态特征，为找到有效的生防菌奠定基础。本研究基于土壤细菌16S rDNA V3-V4区基因多样性，利用Illumina Miseq高通量测序技术进行比较研究。研究得出：与健康对照相比，患病土壤细菌的OTUs数目及多样性指数均较低；在门水平上，变形菌门、拟杆菌门、浮霉菌门等是2种生境共有的优势类群；在属水平上，2种生境的优势菌丰度有差异，患病土壤的假单胞菌属丰度显著降低，气单胞菌属丰度显著升高；而且，健康土壤的解毒类菌、固氮菌、光合菌和硝化菌丰度均高于患病土壤。健康草莓根际土壤细菌丰富度及多样性均高于患病草莓，2种生境细菌菌群结构有差异，且健康土壤中对植物有益的功能微生物群体含量高于患病土壤。 相似文献
13.
克氏原螯虾细菌性病原的分离与鉴定 总被引：2，自引：1，他引：1
2010年浙江安吉克氏原螯虾养殖发生严重病害,从患病的虾肠道内分离到菌株N201007,人工感染健康克氏原螯虾在8天内其半数致死量LD50为5.3×105,感染发病虾表现出与自然发病虾相似症状。通过革兰氏染色,梅里埃细菌测定试剂条ID32 E鉴定为嗜水气单胞菌。为进一步确定病原菌分类地位,对其16S rRNA序列扩增并测序,在NCBI基因库上进行序列比对,与菌株ATCC7699同源性达到99%,通过以上实验确定导致此次养殖克氏原螯虾大规模死亡的病原为嗜水气单胞菌。药敏试验结果表明该菌对强力霉素、氯霉素、恩诺沙星、环丙沙星、菌必治敏感。 相似文献
14.
旨在优化植物根内生菌高通量测序分析技术,更好地解析健康与患根肿病上海青根内生菌之间的差异。采用高通量测序方法,对其16S rDNA的V3-V4区进行扩增,并通过合适的软件和数据库进行菌群分析。结果表明,植物内生菌受植物叶绿体DNA的干扰大,平均叶绿体数据占67%。上海青根内生微生物菌群具有丰富的多样性,主要由变形菌门、放线菌门、拟杆菌门和厚壁菌门细菌组成,优势种群为假单胞菌,根瘤菌,芽孢杆菌,以及链霉菌等。健康样品的稳定性较好,不同患根肿病样品之间菌群比例差异较大。研究显示,根肿病侵染对上海青根内生菌群的结构和组成有较为显著的影响。 相似文献
15.
罗非鱼-鱼腥草共生养殖池塘沉积物菌群结构与功能特征 总被引：4，自引：4，他引：4
为探究鱼腥草浮床对罗非鱼池塘沉积物中细菌群落的影响,采用Biolog-Eco和PCR-DGGE技术,对比分析了2013年9—11月鱼腥草浮床(试验塘)和常规养殖(对照塘)2种模式下,罗非鱼养殖池塘沉积物中菌群的结构和功能多样性特征。Biolog-Eco结果显示:9月份试验塘沉积物微生物代谢强度和菌群多样性指数均低于对照塘;但10—11月份则明显高于对照塘,且不同月份丰富度指数与对照塘相比均差异显著(P0.05),说明鱼腥草浮床在养殖中、后期能有效增加细菌生物量和提高种群丰富度。主成分分析(PCA)显示:试验塘和对照塘不同月份沉积物中菌群对羧酸类碳源的相对利用率差异较大,且不同月份利用碳源的差异程度为10月11月9月;DGGE结果显示:试验塘和对照塘沉积物主要的菌群结构组成相似,分属于6个门,包括变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和梭杆菌门(Fusobacteria),其中变形菌门(54.17%)均为优势菌群,但同一月份试验塘菌群多样性均明显多于对照塘。结果表明,鱼腥草浮床具有增加罗非鱼池塘沉积物菌群功能多样性和优化菌群结构的作用。 相似文献
16.
为了了解不同林龄橡胶树土壤细菌群落的组成及多样性,以5点取样法采集土壤样品,用高通量测序测得3种龄林土壤细菌群落组成、多样性及季节变化数据。酸杆菌门、绿弯菌门、放线菌门、厚壁菌门、拟杆菌门呈显著性差异,硝化螺旋菌门呈极显著性差异。酸杆菌纲、放线菌纲、γ-变形菌纲、鞘脂杆菌纲呈显著性差异,纤线杆菌纲、OPB35_soil_group、芽孢杆菌纲呈极显著性差异。norank_c__Acidobacteria、变异性杆菌属、Candidatus_koribacter、norank_o__JG30-KF-AS9呈显著性差异,norank_c__OPB35_soil_group、醋酸杆菌杆菌属呈极显著性差异。3种林龄土壤细菌群落Simpson指数、Sobs指数、Ace指数和Shannon指数无显著性差异。季节对微生物群落解释度为24.60%。变形菌和酸杆菌是最丰富的细菌群,多样性指数无显著性差异,季节是影响群落结构及多样性的重要因素。 相似文献
17.
在植物根际生态系统中,土壤微生物的作用不可忽视,栽培措施的改变会影响根际微生物群落结构,进而影响植物生长。野生条件下,东北山樱嫁接后几十年表现良好,与栽培条件下差异显著。为此,研究野生条件下嫁接对东北山樱根际微生物群落结构以及多样性的影响,对改善樱桃栽培环境及可持续发展具有重要意义。笔者利用选择性培养基,研究野生条件下嫁接与砧木东北山樱根际细菌、真菌、放线菌的数量、群落组成以及种群多样性。结果表明,嫁接对东北山樱根际微生物数量、群落结构及多样性影响差异显著。嫁接显著增加东北山樱根际微生物数量,并形成了以细菌芽孢杆菌属、固氮菌属;真菌木霉菌属、毛霉菌属;放线菌（链霉菌属）吸水类群、烬灰类群和青色类群为主的优势菌属;发现特有细菌埃希氏菌属、节杆菌属、不动杆菌属、德克斯氏菌属、葡萄球菌属。 相似文献
18.
《分子植物育种》2021,(5)
马铃薯根结线虫病害具有侵染性、隐蔽性、突发性和流行性,一旦被感染,将造成严重损失。为进一步分析健康马铃薯与感染根结线虫马铃薯根际土壤细菌的群落结构及多样性,本研究采用高通量测序技术对根际土壤细菌16S rRNA V3-V4区序列进行测序,应用生物信息学手段分析测序结果。结果表明,感染根结线虫的马铃薯根际土壤细菌类群Shannon指数和Chao1指数均比健康植株的低,Simpson指数比健康植株高,说明感病植株根际土壤中细菌群落丰富度和多样性均比未感病植株低。从门(Phylum)科(Family)属(Genus)上分析菌群丰度,可看出感病植株中主要的优势菌门为放线菌门(Actinobacteria);优势菌科为链霉菌科(Streptomycetaceae)和微球菌科(Micrococcaceae);主要的优势菌属为链霉菌属(Streptomyces)和节细菌属(Arthrobacter)。本研究结果为进一步研究马铃薯根际微环境菌群的多样性和平衡性,提高马铃薯产量和质量提供理论基础。 相似文献
19.
《作物学报》2021,(9)
植物根际微生物群落对植物生长和适逆性至关重要,本研究对干旱条件下棉花根际真菌群落进行分析,旨在探明干旱胁迫对棉花根际真菌多样性和群落结构的影响,为利用有益微生物提高棉花水分利用率提供理论依据。以陆地棉Jin 668 (Gossypium hirsutum cv. Jin668)为试验材料,采用盆栽控水方式,对处于开花期的棉花根际土壤(SDP)和未种植棉花土壤(SOPD)进行干旱处理,正常浇水的棉花根际土壤(SPN)和无棉花土壤(SNPN)为对照。从中采集土壤样品,提取DNA,采用IlluminaMiseq对真菌ITS1区域进行高通量测序,研究土壤中真菌多样性。结果共鉴定到970个OTUs,SNPN、SOPD、SPN和SDP样品中真菌OTUs数量分别为481、528、743和752个,其中288个OTUs为所有组共有。对获得OTUs进行门、纲、目、科和属5个分类水平的划分表明,棉花根际真菌群落结构主要由子囊菌门(82.70%)和担子菌门(10.15%)组成;干旱处理使粪壳菌纲(Sordariomycetes)、粪壳菌目(Sordariales)和毛壳菌科(Chaetomiaceae)丰度显著降低,而散囊菌目(Eurotiales)、发菌科(Trichocomaceae)、曲霉属(Aspergillus)和青霉属(Penicillum)的丰度显著增加。多样性分析结果显示,与未种棉花的土壤相比,有棉花的土壤中真菌群落的α多样性显著增加;同时, SPN和SDP之间的真菌群落结构更相似,而与SNPN和SOPD间差异较大。研究表明,棉花根际存在丰富的真菌群落,干旱对土壤中真菌的丰度和多样性有显著影响。本研究从微生物的角度为提高棉花耐旱性的研究提供新见解。 相似文献
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在自然界中,土壤微生物与植物之间存在着密切的联系,土壤微生物依赖植物提供的养分而生存,同时对植物的生长发育起着促进作用。本研究利用Illumina Hi Seq高通量测序技术,提取西双版纳烟田烟草连作、田菁轮作和青蒿轮作3种种植模式下土壤样品的总DNA,通过PCR方法扩增构建16S r RNA基因文库。结合生物信息学方法分析土壤细菌16S r RNA基因V3~V4区的多样性指数、群落结构等,以确定烟田更好的种植模式。所有样本共测序分析获得4 898个细菌分类单元OTU,经琢多样性和茁多样性分析表明3个处理下细菌群落多样性存在显著差异,并且在对照组中的细菌群落丰富度最高,青蒿轮作中的细菌群落丰富度最低。样本中优势门类为变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和绿弯菌门(Chloroflexi),其中变形菌门(Proteobacteria)相对丰度33.49%占绝对优势。优势属类为硝化螺旋菌属、Kaistobacter、红游动菌属和黄杆菌属,可促进氮素转化的硝化螺旋菌属在田菁中的相对丰度最高,烟株青枯病致病菌罗尔斯通菌属在青蒿轮作中相对丰度最低;拮抗黑胫病的假单胞杆菌属在青蒿轮作中相对丰度最高。本研究将对烟草轮作方式和轮作作物的选择提供分子层面的支持。 相似文献