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1.
【目的】为黄薇Heimia myrtifolia不同组织及不同干旱胁迫下基因表达分析筛选最适内参基因。【方法】选取黄薇盛花期的根、茎、叶、花,以及5种不同干旱处理的叶片作为实验材料,借助RT-qPCR技术对黄薇转录组数据筛选的9个候选内参基因进行分析,并利用软件geNorm、BestKeeper、NormFinder和RefFinder综合评价候选基因的表达稳定性。最后选取2个与胁迫相关的基因CSLD和SOD,对所选内参基因进行验证。【结果】geNorm、BestKeeper和NormFinder分析得出的候选内参基因排序存在一定差异。利用RefFinder对上述3个软件的结果综合分析得出：在不同组织中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为TUA;在干旱胁迫中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为TUB。在全部样本中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为18S RNA。对不同组织和干旱胁迫下的CSLD和SOD基因表达模式进行验证表明：上述2个基因与筛选所得内参基因的表达量和变化趋势均较为一致。【结论】在不同组织和干旱处理后,GAPDH是最适合黄... 相似文献
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为研究大豆在不同发育时期的不同组织、不同非生物胁迫下稳定表达的最适内参基因,以大豆“JN28”V1时期的根、茎、叶,R3、R4时期的豆荚,R5、R8时期的子粒,干旱、低温、盐、脱落酸（ABA）胁迫下的根和叶共15个样本为试验材料。选择8个候选内参基因（Actin,β-actin,CYP2,EF1-α,Fbox,GAPDH,TUB4,18SrRNA）进行实时荧光定量PCR检测,并分析8个候选内参基因表达的稳定性。利用geNorm、NormFinder、BestKeeper软件分析后,再经过RefFinder计算筛选出合适的内参基因。结果表明：4个软件的分析结果不同,以RefFinder综合分析结果显示,V1期的根和叶、R3期的豆荚、ABA胁迫下的根,最适的内参基因为Actin;V1期的茎、R4期的豆荚、R8期的子粒,最适内参基因为EF1-α;R5期的子粒、干旱胁迫下的叶,最适内参基因为Fbox;干旱胁迫下的根,最适的内参基因为CYP2;盐胁迫的根、ABA胁迫下的叶,最适内参基因为18SrRNA;低温胁迫下的叶,最适内参基因为β-actin;低温胁迫下的根,最适内参基因为EF1-α和18S... 相似文献
3.
《青海农林科技》2021,(3)
为筛选适宜芜菁(Brassica rapa L.ssp.rapa)基因表达分析的内参基因,在ICG(http://icg.big.ac.cn/index.php/Main_Page)中以十字花科作物为参照选择10个候选内参基因。实时荧光定量PCR结果显示ACT、TIP41、Tub-a、UBC30、CyP、UBC21 6个内参基因重复性较好,均能特异扩增并有较高的扩增效率,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件对内参基因在不同组织中的表达稳定性进行分析,为芜菁基因差异表达研究提供可靠的内参基因,以确保分析结果的可靠性。结果表明,ACT、Tub-a和CyP的M值大于geNorm程序的默认值1.5,稳定性相对较差,6个候选内参基因的表达稳定性排序为:UBC21=TIP41UBC30ACTTub-aCyP,所以,UBC21和TIP41是最稳定的组合。NormFinder的分析结果显示稳定性排序为TIP41ACTTub-aUBC30UBC21CyP,TIP41为最优内参基因,与geNorm分析结果一致,BestKeeper分析结果同geNorm和NormFinder的结果一致。通过RefFinder软件综合分析得出TIP41和UBC21为芜菁不同组织基因表达分析比较理想的内参基因,本研究首次评价了芜菁内参基因的稳定性,为该物种基因表达分析提供了参考。 相似文献
4.
[目的]筛选葡萄糖基氟虫腈(GTF)及溶剂二甲基亚砜(DMSO)处理下蓖麻Ricinus communis稳定的内参基因,为研究GTF的韧皮部装载机制提供参考.[方法]选取Actin,ARC,ef1a,SamDC,TUA6为内参基因,通过实时荧光定量PCR分析基因表达量并利用geNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT软件及RefFinder在线分析工具综合比较不同时间和不同浓度的GTF与DMSO处理后,5个候选内参基因在蓖麻幼苗子叶中表达的稳定性.[结果]各软件分析得出的内参基因稳定性排名依次为geNorm:Actin=ef1a＞ SamDC＞ ARC＞ TUA6;NormFinder: SamDC＞ ARC＞ Actin＞ ef1a＞TUA6;BestKeeper:Actin＞ ef1a＞SamDC＞ ARC＞ TUA6;Delta CT:SamDC＞ Actin＞ ARC＞ ef1a＞TUA6;RefFinder:Actin＞ SamDC＞ ef1a＞ARC＞ TUA6,而单独分析DMSO处理时,稳定性排名则为:ef1a＞ SamDC＞ Actin＞TUA6＞ ARC.[结论]综合分析GTF和DMSO处理,Actin的表达最稳定;在DMSO处理下,则ef1a最为稳定. 相似文献
5.
【目的】筛选大蒜在盐胁迫下的稳定内参基因,并分析1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶基因（AsACO）对盐胁迫和促生菌的响应表达特性,为深入探究促生菌的促生机制及大蒜对盐胁迫的响应机制研究提供理论参考。【方法】以乐都紫皮大蒜为试材,采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测5个内参基因ACT、UBC、HIS3、18S rRNA、TUB在盐胁迫下的表达稳定性,结合GeNorm、NormFinder和BestKeeper筛选出最稳定的内参基因,并分析恶臭假单胞菌UW4对盐胁迫下AsACO基因表达的影响。【结果】 5个候选内参基因引物的特异性强、无引物二聚体。GeNorm分析得出候选内参基因稳定性排名为18S rRNA=TUB>HIS3>UBC>ACT,NormFinder分析得出内参基因稳定性排名为18S rRNA>HIS3>TUB>UBC>ACT,BestKeeper分析得出内参基因稳定性排名为UBC>HIS3>18S rRNA>TUB>ACT,最终以几何平均数综合分析得出18S rRNA为最稳定的内参基因。以18S rRNA为内参基因,检测出AsACO基因表达具有明显的组织特异性,在叶片中的相对表达量明显高于根。整个处理过程中,盐胁迫明显诱导AsACO基因在不同处理时间及不同组织中表达上调,根和叶片中AsACO基因的相对表达量分别在2 d和12 h时达最高,较正常培养（CK）分别显著升高124.43%和238.34%（P<0.05,下同）,与盐胁迫处理相比,盐胁迫+浇施恶臭假单胞菌UW4处理显著降低AsACO基因在不同处理时间根和叶片中的相对表达量,其中在2 d和12 h时降幅较大,分别降低了112.08%和343.34%。【结论】18S rRNA是盐胁迫下大蒜中最稳定的内参基因。盐胁迫可诱导大蒜根和叶片中AsACO基因的上调表达,从而间接促进ACO和乙烯水平升高,加速由乙烯调控的细胞衰老,甚至死亡,但盐胁迫下恶臭假单胞UW4具有抑制AsACO基因表达的作用,以减少ACO和乙烯的合成,从而延缓大蒜细胞衰老,提高逆境耐受性。 相似文献
6.
在分析青花菜花蕾发育过程长链非编码RNA(LncRNAs)的表达中，筛选稳定表达的内参基因至关重要。通过前期高通量测序筛选出16个候选内参基因，利用qRT-PCR技术检测其表达水平，并结合geNorm、NormFinder和BestKeeper 3个软件对16个LncRNAs在青花菜花蕾不同部位和不同发育时期的表达稳定性进行分析。结果表明，在花蕾不同部位中，geNorm算法认为XLOC＿000400、XLOC＿008536、XLOC＿034059为最适内参基因；NormFinder计算XLOC＿021473、XLOC＿000400、XLOC＿034059为最佳内参基因；BestKeeper显示XLOC＿025578表达最稳定。在花蕾不同发育时期中，geNorm算法认为XLOC＿000108、XLOC＿039609、XLOC＿021473为最适内参基因；NormFinder计算XLOC＿021473、XLOC＿039609、XLOC＿000108为最佳内参基因；BestKeeper显示XLOC＿034059表达最稳定。综合评估后，在花蕾不同部位和不同发育时期中适宜的内参基因对分别为XLO... 相似文献
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【目的】分析桉属植物候选内参基因的表达稳定性,筛选合适的内参基因,为深入研究桉属植物愈伤组织芽分化及体细胞胚胎发生过程中基因的表达变化提供参考。【方法】以尾巨桉、粗皮桉、尾叶桉的叶片及尾叶桉的绿色、红色和白色3种愈伤组织为材料,提取其总RNA后逆转录得cDNA;分别将桉属植物actin基因和拟南芥actin基因的GenBank序列输入Primer3Plus软件,设计Real-time quantitative PCR(qPCR)引物,同时选择RTEF和RARS为候选内参基因;以cDNA为模板进行qPCR,得4个候选内参基因的Ct值;并用RefFinder软件分析候选内参基因的表达稳定性。【结果】RefFinder软件分析结果显示,4个候选内参基因RTEF、RARS、EACT、AACT的稳定系数分别为1.189,1.861,2.828和3.224,基因表达稳定性由高到低依次为RTEF、RARS、EACT、AACT。【结论】以RTEF为内参基因分析桉属植物的基因表达变化较为理想。 相似文献
8.
《南京农业大学学报》2017,(3)
[目的]选择稳定的内参基因是准确分析实时荧光定量PCR(RT-qPCR)结果的重要前提,本文旨在筛选荷花花瓣着色过程中稳定的内参基因,使目标基因的定量更加准确。[方法]以荷花4种不同花色(红、黄、粉、白)品种、不同花发育期(蕾期、初花期、盛花期、末花期)的花瓣为试材,利用RT-qPCR技术检测8个常用看家基因(ACT、EF1α、GAPDH、FPGS、TUA、LEU、CUL和TRY)的表达水平,并结合geNorm、NormFinder和BestKeeper软件对其表达稳定性进行评价。为了进一步验证8个候选基因的稳定性,分别以它们作为内参基因,检测目的基因查耳酮合成酶基因(CHS)的表达。[结果]geNorm软件分析表明,不同荷花花色品种及不同花发育期间,EF1α和ACT表达稳定性最好。NormFinder和BestKeeper软件显示在不同花色品种中,EF1a和ACT的表达均较稳定;在不同花发育期间,NormFinder软件分析显示ACT表达最稳定,EF1α稳定性也相对较高,而BestKeeper软件分析显示EF1α表达最稳定,但ACT稳定性较差。同时研究发现,GAPDH和TRY在所有样品中稳定性都较差。不同软件之间结果的差异可能是由算法不同造成。拟定EF1α和ACT为最适的内参基因,进一步利用CHS的表达分析验证了EF1α和ACT的稳定性。[结论]在荷花不同花色品种及不同花发育期间,使用EF1α和ACT 2个表达最稳定的基因组合,即可获得更为精确的基因表达结果。本研究结果对荷花花瓣着色过程中关键基因表达的RT-qPCR分析具有重要的实用价值。 相似文献
9.
【目的】通过分析大豆中候选内参基因的稳定性,筛选大豆干旱胁迫处理条件下适合成熟miRNA、前体miRNA及靶基因mRNA荧光定量PCR的内参基因。【方法】以干旱胁迫处理后的大豆根和叶片为材料,选择了5个成熟miRNAs和5个传统的看家基因作为候选内参基因,利用GeNorm和NormFinder程序对10个候选内参基因的稳定性进行评价。【结果】在干旱胁迫下,大豆根、叶片中,成熟miRNA定量最合适的单个内参基因分别为miR156a、miR167a,最合适的内参基因组合分别为miR1520d与miR156a、miR1520d与miR167a。前体miRNA和靶基因mRNA定量最合适的单个内参基因分别为Fbox、Act11,最合适的内参基因组合分别为Act11与Fbox、Act11与EF1A。【结论】筛选出大豆干旱胁迫条件下成熟miRNA、前体miRNA及其对应靶基因mRNA的荧光定量PCR的内参基因,最稳定内参基因数目为2个。 相似文献
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光周期和温度处理能够影响桂花Osmanthus fragrans的基因表达水平和花芽分化过程,通过实时荧光定量聚合酶链式反应（qRT-PCR）分析基因表达已成为研究这些过程机制的重要手段,而筛选出适合光周期和温度处理的内参基因在研究桂花分子机制中尤为重要。为了得到不同光周期和温度处理下桂花中稳定的内参基因,以桂花品种‘佛顶珠’O.fragrans‘Foding Zhu’当年生枝条的第2或第3对幼叶为材料,以OfACT,OfEF1α,OfIDH,OfRAN1,OfTUB,OfUBC2和Of18S等7个基因作为候选内参基因,利用geNorm,NormFinder和BestKeeper 3个软件对候选内参基因的表达稳定性进行比较分析;以昼夜节律相关基因GIGANTEA（GI）对筛选出的最佳内参基因进行验证。结果表明:在不同处理条件下,桂花叶片中OfRAN1和OfIDH为最佳内参基因,Of18S的稳定性最差（geNorm分析结果显示OfRAN1和OfIDH的稳定值为0.347,而Of18S的稳定值为0.601;NormFinder显示OfRAN1和OfIDH的稳定值为0.135和0.206,而Of18S为0.474;BestKeeper显示OfRAN1的稳定值为0.80,OfIDH为0.133,而Of18S为0.474）;GI基因的相对表达水平分析表明（昼夜节律基因GI的表达模式为在白天累积并在夜间下降）,在7个内参基因及OfRAN1和OfIDH的基因组合中,使用OfRAN1和OfIDH的内参基因组合可获得GI基因更为精确的基因表达结果。综上所述,OfRAN1和OfIDH内参基因组合是桂花在不同光周期和温度处理下最佳内参基因组合。这为桂花分子机制研究奠定基础。 相似文献
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【目的】检测非生物胁迫下常见内参基因的表达稳定性,筛选出青花菜的适宜内参基因。【方法】以青花菜高代自交系“KU19-3”为试验材料,利用已有的转录组数据和文献,筛选出31个候选内参基因,对其在不同非生物胁迫下(盐、干旱、渍水、弱光、高温和低温)的表达水平进行荧光定量PCR检测,采用geNorm、Normfinder和BestKeeper软件分析其表达稳定性,从而筛选出适宜的内参基因。【结果】31个候选内参基因的扩增特异性良好,且表达水平差异明显。其中BOL029171的Ct值最小,表达量最大;而BOL001470的Ct值最大,表达量最小。其他基因的Ct值介于20～40。3种软件综合分析结果表明：BOL034565和BOL008820在高温胁迫下最稳定,BOL043724和BOL005937在弱光胁迫下表达稳定性最好,BOL043724和BOL001470、BOL005937和BOL006136分别在低温和盐胁迫下表达最稳定,BOL024326和BOL025875、BOL008820和BOL001788分别在渍水和干旱胁迫处理下表达最稳定。综合上述得出BOL006136和BOL00882... 相似文献
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【目的】对比大豆Pre-miRNAs候选内参基因和传统内参基因的表达稳定性,筛选出适合盐、碱胁迫条件下RT-qPCR分析的最稳定内参基因。【方法】选用了6个保守的Pre-miRNAs基因和4个常规的内参基因作为候选内参基因,通过RT-qPCR的方法,利用GeNorm和NormFinder软件,评价了10个候选内参基因在大豆盐、碱胁迫条件下的稳定性。【结果】大豆盐胁迫下,叶中表达最稳定的基因组合是Pre-miR166和Pre-miR172,表达最稳定的单一基因是FboX;根中表达最稳定的基因组合是Act11和EF1A,表达最稳定的单一基因是Act11。大豆碱胁迫下,叶中表达最稳定的基因组合是Pre-miR393和Pre-miR172,表达最稳定的单一基因是Pre-miR393;根中表达最稳定的基因组合是Act11和60S,表达最稳定的单一基因是Pre-miR172。【结论】大豆Pre-miRNAs可以与传统内参基因一样作为内参定量目的基因。 相似文献
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【目的】筛选出合适的内参基因,为分析不同贮藏时期杏鲍菇(Pleurotus eryngii)子实体中木质化相关基因的表达提供支持。【方法】以4℃低温贮藏0,3,6,9,12,15和18d的杏鲍菇子实体为材料,采用实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,RT-qPCR)技术,分析了β-actin、18SrRNA、β-tubulin、ELF和GAPDH 5个候选内参基因在不同贮藏时期杏鲍菇的表达情况;通过GeNorm和NormFinder 2种软件筛选出最稳定的内参基因;选取最佳内参基因,采用相对表达定量法对木质素合成途径中的关键酶,即苯丙氨酸转氨酶(Phenylalanina ammonia-lyse,PAL)基因的表达进行定量分析。【结果】5个内参基因均能特异扩增,其中GAPDH基因表达丰度较低,不适合用作内参基因;经GeNorm软件分析计算,β-actin、β-tubulin、ELF、18SrRNA表达稳定度平均值M分别为0.527,0.527,0.584,0.875,最适内参基因组合为β-actin、β-tubulin和ELF;由NormFinder软件分析计算,β-actin、β-tubulin、ELF、18SrRNA稳定值S分别为0.221,0.356,0.583,1.092,β-actin稳定性最高;综合分析认为β-actin的表达稳定性最高,为最佳内参基因;以β-actin为内参基因,发现4℃低温贮藏3,6,9,12,15和18d的杏鲍菇子实体中PAL基因表达量分别比新鲜样品(0d)增加了11.3%,10.8%,11.3%,11.5%,11.4%,10.7%。【结论】β-actin可作为杏鲍菇子实体采后贮藏条件下品质变化相关基因表达研究的内参基因。 相似文献
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合适的内参基因是实时荧光定量PCR反应准确与否的重要前提。选择茄科植物常用的5个内参基因（GAPDH、Actin、EF1α、UBI、18S）为候选基因,以不同浓度NaCl胁迫后的宁夏枸杞(Lycium barbarum)和黑果枸杞(Lycium ruthenicum)幼苗叶片为试验材料进行qRT-PCR反应,通过GeNorm、Normfinder和BestKeeper软件对这些内参基因的稳定性进行分析排序,从而筛选出最适合枸杞试验研究的内参基因。结果表明：利用GeNorm软件分析荧光定量结果后发现宁夏枸杞和黑果枸杞中都是Actin和GAPDH基因作为内参基因的表达较稳定;NormFinder软件分析结果发现宁夏枸杞中UBI稳定性最好,而在黑果枸杞中Actin基因最稳定;BestKeeper软件分析得出,在宁夏枸杞和黑果枸杞中均为Actin基因的稳定性最好。综合以上结果,在不同浓度的盐胁迫处理条件下,Actin基因的表达稳定性最好,是最适合用于钠离子胁迫下宁夏枸杞、黑果枸杞qRT-PCR分析研究的内参基因,有利于保证后续试验结果的准确性和可靠性。 相似文献
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二倍体和四倍体泥鳅qRT-PCR分析中内参基因优选 总被引：1，自引：0，他引：1
为筛选在泥鳅中稳定表达的内参基因,以确保泥鳅基因表达分析结果的可靠性,选取ACTB、TUBA、EF1A、GAPDH、TUBB和18SrRNA 6个常用的内参基因作为候选内参基因,分别用BestKeeper、geNorm、NormFinder、ΔCt和RefFinfer软件分析这6个基因在二倍体和四倍体泥鳅胚胎发育阶段、成鱼组织间以及倍性间表达的稳定性。结果显示,在胚胎发育各阶段,TUBB和TUBA的表达最稳定,可作为胚胎发育阶段qRT-PCR分析的内参基因;其中,TUBB在泥鳅倍性间的表达差异不显著,因此,可作为泥鳅胚胎发育中跨倍性qRT-PCR研究的内参基因。在成鱼各组织中,ACTB和18SrRNA的表达最稳定,可用作组织间qRTPCR分析的内参基因;其中,18SrRNA在倍性间的组织表达差异不显著,因此,可作为泥鳅组织间跨倍性qRTPCR的内参基因。 相似文献
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为筛选柠檬色百合(Lilium leichtlinii)实时荧光定量PCR稳定的内参基因,以柠檬色百合不同发育时期花被片、根、茎、叶和鳞片为试验材料,测定比较总类胡萝卜素含量;使用RT-PCR和荧光定量PCR检测9个候选内参基因(AP4、Actin、β-TUB、CYP、eIF、GAPDH、RH2、UBC和18S)特异性及表达水平,利用geNorm、NormFinder、Bestkeeper、ΔCT程序和RefFinder网站综合评估候选内参基因表达稳定性;选用八氢番茄红素酶基因PSY对内参基因稳定性进行验证,最终确定合适且稳定的内参基因。结果表明：1)柠檬色百合花被片发育过程中Actin和AP4为9个候选内参基因中最稳定的内参基因,UBC为最不稳定的内参基因。2)柠檬色百合不同器官间eIF和AP4为候选内参基因中最稳定的内参基因,18S为最不稳定的内参基因。3)在柠檬色百合花被片发育过程和不同器官间,以筛选出最稳定的内参基因为参照计算所得PSY基因表达情况与实际测得总类胡萝卜素含量变化趋势一致;以筛选出最不稳定的内参基因作为参照计算所得PSY基因表达情况与总类胡萝... 相似文献
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《福建农业科技》2019,(11)
筛选生丝微菌表达调控研究中最适合的内参基因,为后续大幅度提高吡咯喹啉醌(PQQ)产量打下基础。利用实时荧光定量PCR (Real-time quantitative PCR,RT-qPCR)技术分析生丝微菌基因组中6个候选内参基因的相对表达情况,通过Best-keeper、geNorm和NormFinder软件分析,评价各个生长时期候选内参基因的表达稳定性,确定最合适的内参基因。结果表明:通过对生丝微菌4个不同生长时期的6个候选内参基因(16S rRNA、gapdh、rec A、ldh、rpoB和S5)的转录情况进行分析和评估,6个候选内参基因均表现出较强的稳定性和特异性,依据3款软件的综合评价,确定gapdh、rec A这两个内参基因在两株菌株不同时期均能稳定表达。从6个候选内参基因中筛选出两个表达稳定的内参基因gapdh基因和rec A基因,用于后续生丝微菌的基因表达调控研究。 相似文献
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为了筛选桂花Osmanthus fragrans不同组织基因表达分析中适合的内参基因,以桂花‘堰虹桂’O. fragrans‘Yanhong Gui’花蕾、盛开花序、嫩叶、成熟叶和1年生茎等5个不同组织为材料,利用实时荧光定量聚合酶链式反应（qRT-PCR）检测7个候选内参基因的表达水平,并利用geNorm,NormFinder和BestKeeper软件对各候选内参基因的表达稳定性进行评价,最后利用桂花不同组织中OfCRTISO1基因相对表达水平验证筛选的内参基因的可靠性。结果表明:综合3个软件的评价排序,确定不同组织中最佳内参基因为OfRAN1和OfUBC2,而Of18S是最差内参基因。OfCRTISO1基因相对表达水平分析证实,不同组织中qRT-PCR分析使用OfRAN1和OfUBC2等2个表达最稳定的基因组合,即可获得更为精确的基因表达结果。旨在为桂花组织间重要基因的定量表达分析提供科学依据。图 4 表 4 参34 相似文献
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以9种不同基因型枸杞的不同组织(茎、叶、花、果)和不同发育期(FS1～FS5)的果实为试材，选取Act-1/Act-3、Ef1a、Gapdh、H3b、Acx4、Pp2a、Rh37、Samc、Tub为候选内参基因，利用实时荧光定量技术(RT-qPCR)检测了9个候选基因在不同基因型枸杞的不同组织和不同发育阶段果实中的表达水平。并采用geNorm、NormFinder、BestKeeper、Delta Ct、RefFinder分析方法，评估候选内参基因的表达稳定性，并选择Beat基因验证内参基因。结果表明，Ef1a为不同基因型枸杞的不同组织和5个发育时期果实中表达较稳定的内参基因，Gapdh为表达最不稳定的内参基因；在宁夏枸杞中表达最稳定的内参基因为Rh37,其次为Ef1a。进一步采用Beat基因对不同基因型枸杞的不同组织(茎、叶、花、果)和5个发育时期果实中的表达模式进行验证，表明Ef1a、Act-1基因可作为枸杞稳定的内参基因。 相似文献