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为了对牦牛egl-9家族缺氧诱导因子1 (EGLN1)基因的CDS区核苷酸序列进行克隆,预测其编码的蛋白结构和功能,并分析其在牦牛和黄牛心脏、肺脏、肝脏及大脑等器官中的表达差异,试验根据GenBank中公布的黄牛EGLN1基因mRNA序列设计特异性引物,运用RT-PCR技术获取牦牛EGLN1基因的cDNA序列,对牦牛EGLN1基因CDS区核苷酸序列与蛋白质结构进行生物信息学分析,并构建系统进化树,利用荧光定量PCR技术检测黄牛和牦牛心脏、肺脏、肝脏、大脑中EGLN1基因的相对表达水平。结果表明:牦牛EGLN1基因CDS区序列长度为1 263 bp,编码420个氨基酸;EGLN1的半衰期为30 h,属于碱性蛋白,表现为亲水性,无信号肽及跨膜结构;磷酸化位点共30个,存在3个低复杂区域和1个P4Hc结构功能域;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构由无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角构成。牦牛和其他9种动物EGLN1基因序列构建系统进化树中,牦牛与水牛亲缘关系最近,同源性高达99.3%,与褐家鼠亲缘关系较远。EGLN1基因在黄牛和牦牛肝脏、大脑、心脏、肺脏4个器官中均有表达,表达量依次递减;EGLN1基因在牦牛各器官中的相对表达量均显著高于黄牛(P0.05),其中牦牛肝脏中的相对表达量约为黄牛的5.5倍。说明EGLN1基因可作为牦牛低氧适应性研究的重要基因之一。 相似文献
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试验旨在获得牦牛HOXA1基因序列并进行生物信息学分析,同时分析其组织表达谱和时序表达谱,为进一步研究多脊椎骨形成的原因及其机制奠定基础。通过RT-PCR技术克隆多脊椎骨牦牛HOXA1基因,利用半定量RT-PCR技术检测该基因在多脊椎骨牦牛组织中的表达情况,利用实时荧光定量PCR技术检测该基因在多脊椎骨牦牛不同发育时期各组织中的表达情况。RT-PCR结果表明,多脊椎骨牦牛HOXA1基因序列全长为885 bp,其中开放阅读框（ORF）为870 bp,编码290个氨基酸。同源性分析表明,牦牛与普通牛、野牦牛、人、野猪、马、家鼠、黑猩猩、原鸡和野猪的同源性为75.4%～98.1%。组织表达分析表明,HOXA1基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大肠、小肠、肌肉、胃、卵巢、子宫、输卵管、乳腺、睾丸中均有不同程度的表达;时序表达分析表明,随着年龄的增长HOXA1基因在多数组织中的表达量呈逐渐升高趋势。 相似文献
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为了探究广西麻鸡核转运蛋白α3(karyopherin subunit alpha 3, kpna3)的结构和组织表达谱，试验采集了6只120日龄广西麻鸡的大脑、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、胰腺、睾丸、肾脏、腺胃、肌胃、胸肌、腿肌、腹脂、背部皮脂组织，克隆了kpna3基因并进行生物信息学和组织表达谱分析。结果表明：kpna3基因全长1 572 bp,共编码523个氨基酸。kpna3基因序列与原鸡、雉鸡、绿头鸭、鸽、人和小鼠的相似性分别为99.6%、98.3%、95.9%、95.4%、88.1%和88.5%;与原鸡的亲缘关系最近，其次是雉鸡，然后依次绿头鸭和野鸽；kpna3蛋白分子质量为35.86 ku,等电点为9.43,为不稳定的亲水碱性蛋白，不含跨膜结构和信号肽。kpna3基因在广西麻鸡大脑、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、胰腺、睾丸、肾脏、腺胃、肌胃、胸肌、腿肌、腹脂、背部皮脂14个组织中均有表达，在肌胃中表达量显著高于其他组织(P<0.05)。说明成功克隆广西麻鸡kpna3基因的编码区(coding sequence, CDS)序列，在肌胃组织中表达量高可能与基因功能有关。 相似文献
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鹅过氧化物酶体增殖剂激活受体(PPAR)基因在脂肪肝形成过程中的调控表达 总被引：2，自引：0，他引：2
为了研究鹅填饲前后过氧化物酶体增殖剂激活受体(PPAR)基因的表达模式,并检测鹅脂肪肝和腹脂中的PPAR表达量,试验测定了填饲前后鹅的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胃、小肠、大脑、胸肌、腿肌和腹脂中的PPAR基因RT-PCR产物,并采用RT-PCR检测了PPAR基因在各组织中的表达量。试验以GAPDH基因的表达量作为对照,应用系统软件Quantity one进行了吸光值分析。结果表明,填饲前,除腹脂中没有检测到PPAR-α的表达外,其余组织中PPAR-α表达量均相对较高;填饲后,PPAR-α在肺脏中的表达量显著增加,在腹脂中也可检测到有PPAR-α表达,在其余组织中呈降低趋势。填饲前,PPAR-γ在肝脏、脾脏、肺脏、小肠和腹脂中的表达量相对较高,在其余组织中PPAR-γ的表达量相对较低;填饲后,PPAR-γ的表达量在肝脏、脾脏、肺脏、胃、肾脏中呈升高趋势,在腹脂中呈降低趋势,在其余组织中无明显改变。PPAR基因的表达具有组织特异性,而且,填饲后,PPAR-α的表达模式与PPAR-γ并不一致。说明填饲后PPAR亚型在不同组织中具有不同的功能。 相似文献
6.
为分析生长激素(growth hormone,GH)基因和胰岛素样生长因子1(insulin-like growth factor-1,IGF-1)基因对绵羊生长发育的作用,以6月龄萨福克公羊为试验材料,利用荧光定量PCR SYBR Green I荧光染料法,对绵羊肠系膜淋巴结、心脏、肝脏、垂体、大脑、肾脏、骨骼肌、皮肤、肺脏、睾丸和脾脏11个组织中GH和IGF-1基因的表达水平进行相对定量分析。结果表明,GH基因在睾丸、肠系膜淋巴结和脾脏中的表达量显著高于心脏、肝脏、大脑、肾脏和骨骼肌(P0.05);IGF-1基因在肝脏和肠系膜淋巴结中的表达量显著高于心脏、垂体、大脑、肾脏、骨骼肌、皮肤、肺脏、睾丸和脾脏(P0.05)。说明绵羊GH和IGF-1基因有特定的组织表达模式;GH基因与免疫、繁殖及机体的生长发育密切相关;IGF-1基因与生长发育及免疫密切相关,肝脏不仅是IGF-1的主要合成器官,也是该基因特异性表达的主要器官组织之一。GH和IGF-1基因均具有一因多效作用。 相似文献
7.
《黑龙江畜牧兽医》2017,(15)
为了进行猪A-FABP基因的克隆及不同器官组织中的差异表达,试验采用RT-PCR方法从长白猪背最长肌中克隆A-FABP基因的cDNA序列并进行测序比对,分别与人、牛、山羊、家鼠及鸡进行同源性比较,应用半定量RT-PCR方法检测猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、腿肌中A-FABP基因的表达。结果表明:成功克隆得到A-FABP基因的cDNA序列,且比对结果为100%,该序列与人、牛、羊的同源性分别为90.98%、89.97%、89.97%,与鸡的同源性为73.68%。半定量RT-PCR结果为A-FABP基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、腿肌器官组织中均有表达,其中背最长肌和腿肌中A-FABP基因的表达量最高,肺脏内的表达量最低,A-FABP基因在动物进化中具有高度保守性,该基因在猪不同器官组织中的表达具有差异性。 相似文献
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本研究旨在克隆牦牛酪蛋白基因家族(CSN1S1、CSN1S2、CSN2和CSN3)的CDS区序列,鉴定其在牦牛不同组织中的表达水平。选取4岁龄左右处于泌乳期的健康类乌齐母牦牛3头,屠宰后分别采集乳腺、心脏、肝脏、骨骼肌组织,分别提取组织总RNA并反转录为cDNA,设计酪蛋白基因家族特异性引物扩增酪蛋白基因家族序列,进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR法分别检测酪蛋白家族基因mRNA水平。结果显示,克隆得到CSN1S1、CSN1S2、CSN2和CSN3基因cDNA序列分别为919、832、805和715bp,其CDS区全长分别为645、669、690和585bp,分别编码214、222、259和194个氨基酸残基。类乌齐牦牛酪蛋白基因家族与黄牛亲缘关系最近,其次是印度水牛,而与单胃动物猪的亲缘关系最远。组织表达结果显示,酪蛋白基因家族在组织中广泛表达,其中在乳腺组织中的表达量最高,其次是骨骼肌组织。在乳腺组织中CSN1S1、CSN1S2、CSN2基因之间表达量差异不显著(P0.05),但CSN2基因表达量显著高于CSN3基因(P0.05)。以上结果为酪蛋白基因家族在牦牛乳腺蛋白质代谢调控机制的研究提供了参考依据。 相似文献
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《中国预防兽医学报》2021,(2)
为鉴定牦牛IFITM1基因并分析其在不同生长阶段牦牛5种组织中的转录水平和蛋白表达量。本研究采用根据普通牛IFITM1基因设计的引物,PCR扩增牦牛IFITM1基因并利用生物信息学软件分析其序列,结果显示,获得牦牛546 bp的IFITM1基因c DNA序列,其中编码(CDS)区为375 bp,编码124个氨基酸残基。牦牛IFITM1基因序列与普通牛的同源性最高,为98.7%。进一步采用荧光定量PCR检测IFITM1基因在不同生长阶段牦牛各组织中的转录水平,结果显示,IFITM1在1日龄、15月龄和5岁龄牦牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏中均有不同程度的转录水平,在肝脏中的转录水平均显著高于在脾脏、肺脏和肾脏中的转录水平(p0.05),随着年龄的增长IFITM基因在牦牛肝脏中的转录水平呈现先上升后下降的趋势,15月龄相对于1日龄时的转录水平显著升高(p0.01),随着年龄的增长IFITM1基因的转录水平在耗牛肺脏中呈现持续下降的趋势,而在脾脏和肾脏中呈现先下降后稳定的趋势,且5岁龄相对于1日龄时的转录水平均显著降低(p0.01)。同时采用免疫组化技术检测IFITM1蛋白在牦牛肝脏中的定位及表达。结果显示,IFITM1蛋白在3个生长阶段牦牛的肝脏中均有表达并定位于细胞膜,且该蛋白表达量随着年龄的增长呈现先下降后上升的趋势。本研究为深入探究IFITM1蛋白的功能奠定基础。 相似文献
11.
研究旨在克隆和分析延边牛过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARγ）基因,并探讨其在延边牛不同组织中的表达规律。参考GenBank数据库中牛PPARγ的序列（登录号：NM_181024.2）设计引物,以18月龄延边牛为试验对象,利用RT-PCR克隆得到延边牛PPARγ基因,利用NCBI中的BLAST程序与其他物种进行相似性分析并构建系统进化树;用生物信息学软件分析其核苷酸序列及其编码蛋白的理化性质、疏水性、信号肽、跨膜结构域、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构等;用实时荧光定量PCR检测延边牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、小肠、皮下脂肪、肌肉8个组织中PPARγ基因的相对表达水平。结果显示,延边牛PPARγ基因CDS区序列为1 620 bp,相似性比对和系统进化树结果显示,与黄牛的亲缘关系最近,相似性为99.9%,与鸡的亲缘关系最远,相似性为82.1%;该基因编码505个氨基酸,无信号肽和跨膜结构域,为亲水性蛋白,主要分布在细胞核和细胞质中;延边牛PPARγ蛋白二级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲,存在53个潜在的磷酸化位点,24个O-糖基化位点;实时荧光定量PCR结果显示,延边牛PPARγ基因在脾脏、皮下脂肪、肝脏中表达量显著高于心脏（P<0.05）,肺脏、肾脏、肌肉和小肠中表达量显著低于心脏（P<0.05）。以上试验结果可为进一步研究PPARγ基因的功能提供借鉴。 相似文献
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本研究旨在克隆牦牛酪蛋白基因家族(CSN1S1、CSN1S2、CSN2和CSN3)的CDS区序列,鉴定其在牦牛不同组织中的表达水平。选取4岁龄左右处于泌乳期的健康类乌齐母牦牛3头,屠宰后分别采集乳腺、心脏、肝脏、骨骼肌组织,分别提取组织总RNA并反转录为cDNA,设计酪蛋白基因家族特异性引物扩增酪蛋白基因家族序列,进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR法分别检测酪蛋白家族基因mRNA水平。结果显示,克隆得到CSN1S1、CSN1S2、CSN2和CSN3基因cDNA序列分别为919、832、805和715bp,其CDS区全长分别为645、669、690和585bp,分别编码214、222、259和194个氨基酸残基。类乌齐牦牛酪蛋白基因家族与黄牛亲缘关系最近,其次是印度水牛,而与单胃动物猪的亲缘关系最远。组织表达结果显示,酪蛋白基因家族在组织中广泛表达,其中在乳腺组织中的表达量最高,其次是骨骼肌组织。在乳腺组织中CSN1S1、CSN1S2、CSN2基因之间表达量差异不显著(P>0.05),但CSN2基因表达量显著高于CSN3基因(P<0.05)。以上结果为酪蛋白基因家族在牦牛乳腺蛋白质代谢调控机制的研究提供了参考依据。 相似文献
13.
《黑龙江畜牧兽医》2017,(13)
为了研究Wnt6基因在简州大耳羊不同器官组织中的表达水平,试验采用RT-PCR方法克隆山羊Wnt6基因序列,采用荧光定量PCR技术检测该基因在各器官组织中的表达情况。结果表明:获得山羊Wnt6基因序列1 120 bp(Gen Bank登录号为KU950833),其中CDS为1 098 bp,5'UTR16 bp和3'UTR 6 bp,编码365个氨基酸,存在1个信号肽剪切位点,跨膜序列为7~29位氨基酸。氨基酸同源性比较发现,山羊Wnt6与绵羊和牛的同源性最高达99%;山羊Wnt6基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、脂肪、背最长肌、股二头肌、臂三头肌中存在广泛表达,且在脂肪组织中的表达水平极显著高于其他器官组织(P0.01)。 相似文献
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为探究猪BLM解旋酶N端、C端的结构功能及其在不同组织和疾病中的相对表达量,本研究采用RT-PCR技术扩增从江香猪BLM基因N端和C端,利用生物信息学软件对克隆所获序列进行分析,同时采用实时荧光定量PCR技术分析BLM基因在猪不同组织及病样中的表达差异。结果显示,试验成功克隆了从江香猪BLM基因N端1 025bp和C端1 300bp序列,与GenBank中猪BLM基因序列(登录号:NM_001123084.1)同源性为100%;生物信息学软件预测显示,猪BLM基因序列长度为4 316bp,包含4 280bp的开放阅读框,编码一个由1 426个氨基酸组成的多肽链;氨基酸序列比对发现,猪BLM基因氨基酸序列与牛的同源性最高(85%);结构域预测表明,猪BLM基因有DEXDc、HELICc、RQC和HRDC 4个结构域;系统进化树分析表明,猪BLM基因与牛亲缘关系最近;实时荧光定量PCR结果显示,以心脏为对照,BLM基因在从江香猪各组织中均有表达,其中在睾丸中的相对表达量最高,其次为肺脏、肝脏、脾脏、心脏、肾脏、小肠和大肠,在睾丸和肺脏中的表达量均极显著高于其他组织(P0.01);BLM基因在患繁殖与呼吸道综合征猪肺脏、患白血病鸡肝脏和患鸭瘟鸭肝脏中的表达水平均极显著或显著高于正常组织(P0.01;P0.05),提示BLM基因的变化可能也会导致动物疾病的发生。本试验结果可为后续畜禽BLM解旋酶原核表达载体的构建及其在重大疾病的发生和预防等研究提供理论依据。 相似文献
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【目的】克隆美仁牦牛肌球蛋白轻链9(myosin light chain 9,MYL9)基因CDS区并对其进行生物信息学分析,检测MYL9基因的组织表达特征,为探究该基因功能提供一定理论依据。【方法】以美仁牦牛肌肉组织cDNA为模板,利用PCR扩增并克隆美仁牦牛CDS区序列,与其他物种进行相似性比对及系统进化树构建;通过在线软件对MYL9蛋白进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR检测MYL9基因在美仁牦牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉、脂肪和睾丸组织中表达情况。【结果】美仁牦牛MYL9基因CDS区长516 bp,共编码171个氨基酸。系统进化树结果显示,美仁牦牛与野牦牛、普通牛亲缘关系最近,与高山倭蛙亲缘关系最远。MYL9蛋白分子式为C858H1324N234O274S12,原子数为2 702,理论等电点为4.85,不稳定系数和总平均亲水性分别为37.22和―0.772,属于稳定亲水性蛋白。MYL9蛋白无信号肽和跨膜螺旋结构,属于非分泌性蛋白;主要定位于线粒体、细胞核、... 相似文献
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《中国家禽》2017,(10)
为分析生长激素释放激素受体剪接突变体(GHRHR-v1)基因结构及在各个组织中表达水平在藏鸡生长发育中的特性,以150日龄藏鸡为研究对象,利用RT-PCR技术克隆藏鸡GHRHR-v1基因并进行序列测定,采用q PCR技术检测GHRHR-v1基因在藏鸡不同组织中的表达水平,从而构建该基因的组织表达谱。结果表明:GHRHR-v1基因序列长度为1 279 bp,其中开放阅读框长度为1 260 bp,编码419个氨基酸,藏鸡与鸡GHRHR-v1基因(登录号为DQ230840)核苷酸的同源性为99.76%,预测的氨基酸序列同源性为100%,两者亲缘关系最近。组织表达谱结果表明,GHRHR-v1基因在藏鸡心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸肌、腿肌、下丘脑和垂体中均有表达,在垂体中表达水平最高,高表达组织为心脏、肝脏、脾脏和肺脏,低表达组织为肾脏、胸肌、腿肌和下丘脑,说明GHRHR-v1基因的表达主要集中于垂体。该结果为进一步研究藏鸡下丘脑-垂体生长轴上相关候选基因对生长发育的调控及藏鸡的选育提供一定的理论依据。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2018,(23)
为了研究寡聚腺苷酸合成酶样蛋白(OASL)的抗病毒作用,明确该基因受病毒作用时在不同器官中表达的差异,试验采用PCR扩增和实时荧光定量PCR扩增检测了正常鸭和病毒性肠炎鸭肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和心脏5个器官中OASL基因的相对表达情况。结果表明:在正常鸭和病毒性肠炎鸭的5个器官中均表达OASL基因。正常鸭以肝脏的OASL mRNA相对表达量(1.00±0.19)为标准,其他器官的相对表达情况为心脏(3.19±0.09)肾脏(1.77±0.18)肺脏(0.87±0.27)脾脏(0.62±0.0.20),心脏最高,脾脏最低。病毒性肠炎鸭以肝脏的OASL mRNA相对表达量(1.00±0.09)为标准,其他器官的相对表达情况为心脏(2.29±0.10)肾脏(1.64±0.14)脾脏(1.62±0.28)肺脏(0.80±0.18),脾脏的相对表达量高于肝脏,二者差异显著(P0.05)。说明病毒性肠炎鸭脾脏中OASL mRNA的相对表达量明显高于正常鸭,提示受病毒影响鸭脾脏中OASL mRNA的表达被显著上调。 相似文献
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成纤维生长因子(FGF2)和成纤维生长因子受体(FGFR1)在新生死亡体细胞克隆牛组织中的表达 总被引：1，自引：0，他引：1
为了探讨成纤维生长因子及其受体在克隆动物出生死亡以及器官发育异常中的可能作用,本研究用荧光定量RT—PCR技术分析了成纤维生长因子基因（FGF2）及成纤维生长因子受体基因（FGFR1）在来自2种供体细胞（成年成纤维细胞和胎儿成纤维细胞）的出牛死亡克隆牛的6个组织（心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和大脑）中的表达。结果表明：FGFR1的表达在来自两种供体细胞的体细胞克隆牛的心脏（P〈0．05）和肝脏（P〈0．05）显著升高,FGF2基因在体细胞克隆牛组织中的表达未发现异常。由于FGFR1在胚胎发育和器官形成中起重要作用,所以FGFR1的异常表达可能是造成克隆动物出生死亡以及器官发育异常的原因之一。 相似文献
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为克隆绵羊血管内皮生长因子B(VEGF-B)基因,探寻该基因与毛囊发育及毛用性状形成的潜在关系,本文利用RT-PCR从小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤组织克隆出VEGF-B基因mRNA并对不同组织中VEGF-B基因表达进行分析。扩增显示存在2条扩增条带,克隆测序发现均为VEGF-B基因,大小为978 bp和877 bp。分析发现片段中间部位缺失导致编码氨基酸序列改变,但并未破坏PDGF功能结构域,仅引起一端蛋白酶切位点改变。不同组织器官中两突变体表达检测发现具有组成型表达的特点。定量检测发现VEGF-B在肺脏和卵巢组织中较心脏组织表达升高,脾脏、肾脏与心脏表达持平。肠道、肝脏、脑及肌肉组织则表达降低。本研究成功克隆了绵羊VEGF-B基因并对其进行了系统的鉴定分析,为进一步研究绵羊VEGF家族功能奠定基础。 相似文献
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【目的】对关中奶山羊成纤维细胞生长因子2（fibroblast growth factor 2，FGF2）基因进行克隆及生物信息学分析，并检测其在山羊各组织中的表达差异，为后续探究该基因的功能奠定基础。【方法】以关中奶山羊乳腺cDNA为模板，采用RT-PCR技术扩增并克隆关中奶山羊FGF2基因完整CDS区序列，进行相似性比对、系统发育树构建及生物信息学分析；运用实时荧光定量PCR方法检测FGF2基因在关中奶山羊心脏、肝脏、脾脏、肾脏、背最长肌、肺脏、乳腺和卵巢组织中的表达情况。【结果】关中奶山羊FGF2基因编码区长468 bp，可编码155个氨基酸，分子质量为17.26 ku，理论等电点为9.58，其中含量最高的是甘氨酸，占10.3%。相似性比对结果表明，关中奶山羊FGF2氨基酸序列与人、牛、马、兔、绵羊、虎鲸和野猪的相似性分别为98.7%、99.4%、100.0%、98.7%、99.4%、99.4%和62.6%。系统进化树显示，FGF2基因在不同物种间具有高度保守性，与马的亲缘关系最近。关中奶山羊FGF2蛋白不稳定指数为38.39，属于稳定亲水性蛋白质，不含跨膜结构和信号肽；FGF2蛋白二级结构含有α-螺旋、β-转角、延伸链、无规则卷曲，分别占比10.32%、14.19%、30.97%、44.52%。蛋白质互作预测分析显示，FGF2蛋白与FGFR、KDR、FGF1、FGFR4、MET和FGFR1等与乳腺生长发育相关的蛋白存在相互作用。实时荧光定量PCR检测到关中奶山羊FGF2基因在心脏、肝脏、脾脏、肾脏、背最长肌、肺脏、乳腺和卵巢中均有表达，在乳腺中表达水平最高，其次为卵巢，在背最长肌中的表达水平最低。【结论】关中奶山羊FGF2基因CDS区序列长468 bp，编码155个氨基酸，为亲水蛋白，二级结构以延伸链和无规则卷曲为主。FGF2基因在关中奶山羊泌乳高峰期的不同组织中均有表达。本试验结果为进一步探究FGF2基因在关中奶山羊乳腺发育中的作用及其具体功能提供了参考。 相似文献