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Lb.kefiranofaciens是西藏开菲尔粒中的优势菌株,约占乳酸菌总数的95%。通过分离纯化,构建克隆文库并结合16S rRNA基因测序、变性梯度凝胶电泳(DGGE)、菌落PCR和显微镜观察等手段分析了开菲尔粒中的非优势乳酸菌Lb.kefiri。扫描电镜显示,其细胞形态呈短杆状(0.8~1.5×0.6~0.7μm),比Lb.kefiranofaciens短,且细菌聚集生长的趋势更为明显。在所构建的克隆文库中,25个菌落经测序分析,发现有1条序列属于Lb.kefiri。以开菲尔粒为样品,通过分离纯化,应用菌落PCR方法验证的22个单菌落中,有5个单菌落是Lb.kefiri。此外,对开菲尔粒进行PCR-DGGE检测,发现4个开菲尔粒样品中都有Lb.kefiri的存在。这些结果都证明了Lb.kefiri在开菲尔粒中稳定存在且所占比例相对较小,是一种非优势乳酸菌。 相似文献
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我们的前期工作表明Lactobacillus kefiranofaciens是西藏开菲尔粒中的优势菌株,约占乳酸菌总数的95%。本文通过分离纯化,结合16S rRNA基因测序、变性梯度凝胶电泳(DGGE)、菌落PCR和显微镜观察等手段分析了开菲尔粒中的非优势乳酸菌。结果显示,Lactobacillus kefiri存在于西藏开菲尔粒中,其细胞形态呈短杆状(0.8-1.5 x 0.6-0.7μm),比Lb. kefiranofaciens短,且细菌聚集生长的趋势更为明显。鉴于西藏开菲尔粒的外表面结构相对紧实,推测Lb. kefiri主要分布在其外表面。 相似文献
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中华绒螯蟹与合浦绒螯蟹线粒体细胞色素b基因片段的DGGE分析 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]探讨利用DGGE技术对中华绒螯蟹和合浦绒螯蟹遗传多样性进行分析的可能性。[方法]对中华绒螯蟹5个群体和合浦绒螯蟹1个群体共180个个体的线粒体细胞色素b（cytb）基因片段进行了PCR扩增和变性梯度凝胶电泳（DGGE）分析。[结果]所有PCR产物在DGGE电泳时共有2种迁移速率,合浦绒螯蟹所有个体的PCR产物的迁移速率相同,且中华绒螯蟹江都群体46.7%、仪征群体23.3%以及温州群体20.0%的个体与合浦绒螯蟹的迁移速率一致;而以上3个中华绒螯蟹群体的其他个体以及南京、盘锦群体所有个体的PCR产物在DGGE电泳时的迁移速率均相同,均快于合浦绒螯蟹,表明在中华绒螯蟹中混杂有合浦绒螯蟹的遗传标记类型。[结论]DGGE方法可用于绒螯蟹的遗传多样性分析。 相似文献
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[目的]探讨利用DGGE技术对中华绒螯蟹和合浦绒螯蟹遗传多样性进行分析的可能性。[方法]对中华绒螯蟹5个群体和合浦绒螯蟹1个群体共180个个体的线粒体细胞色素b（cytb）基因片段进行了PCR扩增和变性梯度凝胶电泳（DGGE）分析。[结果]所有PCR产物在DGGE电泳时共有2种迁移速率,合浦绒螯蟹所有个体的PCR产物的迁移速率相同,且中华绒螯蟹江都群体46.7%、仪征群体23.3%以及温州群体20.0%的个体与合浦绒螯蟹的迁移速率一致;而以上3个中华绒螯蟹群体的其他个体以及南京、盘锦群体所有个体的PCR产物在DGGE电泳时的迁移速率均相同,均快于合浦绒螯蟹,表明在中华绒螯蟹中混杂有合浦绒螯蟹的遗传标记类型。[结论]DGGE方法可用于绒螯蟹的遗传多样性分析。 相似文献
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《江苏农业科学》2018,(21)
利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)探讨不同PCR反应程序(降落式PCR、巢式-降落式PCR、普通PCR、巢式PCR)对土壤微生物PCR-DGGE群落结构和种群多样性分析的影响。利用Quantity One4. 6. 2软件对DGGE指纹图谱进行数字化处理,并计算相应PCR程序下DGGE图谱的多样性指数、丰富度指数、均匀度指数和不同反应程序下图谱的戴斯系数,应用SPSS 16. 0软件对相关指数进行方差分析,检测不同反应程序间各指数的差异显著性。不同PCR反应程序在土壤微生物PCR-DGGE分析时,其群落结构和种群多样性指数间存在明显差异。单纯应用降落式PCR虽然提高了扩增的特异性,却降低了扩增效率,其DGGE图谱丰富度较低,多样性较差,与其他反应程序的DGGE图谱相似度较低;普通PCR反应的DGGE图谱多样性和丰富度较高,与2种巢式PCR相似,然而由于普通PCR在复杂模板情况下容易发生错配,难以保证扩增特异性,因而夸大样品中微生物种群多样性,与2种巢式PCR的DGGE图谱相似度较低。2种巢式PCR反应程序下的DGGE图谱条带丰富,多样性高,群落结构相似度高,能比较全面和科学地反映样品中微生物群落结构和种群多样性。因此,在利用PCR-DGGE分析土壤微生物群落结构和种群多样性时,采用巢式PCR(包括巢式PCR和巢式-降落式PCR)比较合适。研究PCR反应程序对土壤微生物PCR-DGGE分析的影响,可为PCR-DGGE技术在土壤微生物群落结构和多样性分析中的应用和完善提供理论依据。 相似文献
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[目的]盐穗木(Halostachys caspica)属藜科盐生植物,是广泛分布于新疆干旱或半干旱荒漠盐碱环境中的一种极端耐盐的多年生稀盐多汁半灌木,对盐分适应性极强.PS_H基因是一个参与光合反应光系统的基因,在植物光合作用中起着重要的作用.构建盐穗木HcPS_H基因真核表达载体对于了解该基因在盐穗木耐盐过程中的作用有着重要意义.[方法]利用PCR技术扩增得到大小为441 bp的盐穗木HcPS_H基因,经限制性内切酶SalI和NotI进行消化,将目的基因与真核表达质粒pREP-5N连接,获得重组真核表达质粒HcPS_H-5N.[结果]通过菌落PCR、双酶切及测序等方法进行鉴定,重组真核表达质粒HcPS_H-5N构建成功.制备酵母感受态,将重组质粒电击转入酵母中,酵母菌落PCR结果显示电击转化成功.[结论]成功构建盐穗木HcPS_H基因真核表达载体,并且能在真核细胞中正常表达. 相似文献
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以tl为靶基因,将菌落PCR技术和平板菌落计数法相结合,建立致病性副溶血弧菌快速、半定量检测方法。PCR扩增的目的片段为673 bp,人工污染样品检测最低限固体样品为3.1×102cfu/g,液体样品为1.3×102cfu/mL,菌落PCR每反应体系的检测低限为90 cfu。对人工污染样品的检测结果显示,PC-PCR方法检测结果与常规检测结果一致,可用于养殖环境及水产品中细菌的动态监测。 相似文献
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【目的】研究转基因抗虫棉根际卡那霉素抗性细菌的种群动态,检测转基因棉卡那霉素抗性细菌npt II基因漂移。【方法】采用常规培养方法分析了转基因抗虫棉GK12、GK19、33B、SGK3,常规棉泗棉3号、33、石远321等7个棉花品种根际卡那霉素抗性细菌种群在棉花整个生育期的种群动态变化。以质粒pBI121为对照,设计npt II基因特异性引物,采用PCR方法对分离的根际卡那霉素抗性细菌菌株进行npt II基因漂移检测。【结果】7个棉花品种根际卡那霉素抗性细菌数量随时间延长而减少,同一棉花品种不同采样时间卡那霉素抗性细菌数量差异显著,而同一采样时间抗虫棉和对应的受体棉间差异不显著。Simpson、Shannon-Wiener多样性指数以及Pielou均匀度指数计算结果表明,受体棉根际卡那霉素抗性细菌群落的多样性高于转基因棉。PCR检测结果表明,21株卡那霉素抗性细菌菌株中18株发现有阳性片段,但其测序结果与卡那霉素抗性基因序列比对的同源性未能达到100%,不能判断npt II是否发生了转移。【结论】根际卡那霉素抗性细菌的数量在转基因棉与对应受体棉之间差异不显著,受体棉根际卡那霉素抗性细菌群落多样性指数高于转基因棉,更均匀稳定。未发现转基因棉卡那霉素抗性标记基因npt II向根际细菌的基因漂移。 相似文献
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转基因抗虫棉根际卡那霉素抗性细菌种群动态及nptⅡ基因漂移检测 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】研究转基因抗虫棉根际卡那霉素抗性细菌的种群动态,检测转基因棉卡那霉素抗性细菌nptII基因漂移。【方法】采用常规培养方法分析了转基因抗虫棉GK12、GK19、33B、SGK321,常规棉泗棉3号、33、石远321等7个棉花品种根际卡那霉素抗性细菌种群在棉花整个生育期的种群动态变化。以质粒pBI121为对照,设计nptII基因特异性引物,采用PCR方法对分离的根际卡那霉素抗性细菌菌株进行nptII基因漂移检测。【结果】7个棉花品种根际卡那霉素抗性细菌数量随时间延长而减少,同一棉花品种不同采样时间卡那霉素抗性细菌数量差异显著,而同一采样时间抗虫棉和对应的受体棉间差异不显著。Simpson、Shannon-Wiener多样性指数以及Pielou均匀度指数计算结果表明,受体棉根际卡那霉素抗性细菌群落的多样性高于转基因棉。PCR检测结果表明,21株卡那霉素抗性细菌菌株中18株发现有阳性片段,但其测序结果与卡那霉素抗性基因序列比对的同源性未能达到100%,不能判断nptII是否发生了转移。【结论】根际卡那霉素抗性细菌的数量在转基因棉与对应受体棉之间差异不显著,受体棉根际卡那霉素抗性细菌群落多样性指数高于转基因棉,更均匀稳定。未发现转基因棉卡那霉素抗性标记基因nptII向根际细菌的基因漂移。 相似文献
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[目的]通过对不同来源的野生平菇菌株进行生物学培养特征测定和遗传多样性分析,评价供试菌株的多样性水平,为丰富和开发平菇种质资源及新品种选育提供创制材料及基础数据支撑.[方法]利用生物学方法和ISSR标记技术对15株野生平菇菌株进行遗传多样性分析.[结果]在菌丝培养特征方面,各平菇菌株菌丝颜色基本为白色,菌株间无明显差异... 相似文献
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鸭疫里默氏杆菌病对养鸭业危害严重,传统及常规检测方法均有不足,因此有必要建立起一种更加快速简捷、敏感实用的菌落PCR法。根据GenBank公布的鸭疫里默氏杆菌ATCC株OMPA基因序列,在基因保守区设计特异性引物,直接挑取单菌落作为模板,从分离鉴定的1,2,10,11型15株菌及1,2,10,11型4株参考菌株中均能扩增出大小为670 bp的特异性核酸片段,而对照的大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌的扩增结果均为阴性;将培养菌用TE作10倍梯度稀释,最低检出限量为80个鸭疫里默氏杆菌;建立的菌落PCR与常规PCR法比较,两种方法均能扩增出相同的特异性条带。结果表明,菌落PCR法具有较好的特异性和敏感性,与常规PCR法结果完全一致,且更加快速简捷,在临床应用上具有更好的实用价值。 相似文献
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为了解长白山天池水中细菌的种类及多样性,用NA、1/10NA、R2A、1/10R2A培养基从长白山天池水样品中分离出25株细菌菌株,对其进行16S rRNA基因序列的系统发育分析及形态观察,结果得到9种具有代表性的菌株,9株细菌在系统发育上与芽孢杆菌属(Bacillus sp.)及厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus sp.)关系密切,其中芽孢杆菌属为分离获得的优势菌属. 相似文献
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将采自炼油厂污水处理生化反应池的活性污泥以芘为唯一碳源进行富集培养与驯化,通过对6个不同时期混合菌群总DNA的提取,采用降落式PCR和变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对细菌16S rDNA 基因V3区进行扩增和产物分离,对活性污泥驯化过程中芘降解菌的群落多样性进行了研究.结果表明,在驯化过程中,芘降解菌的群落结构和种群数量存在明显的演替过程,芘浓度的大小是影响芘降解菌的群落结构和种群数量的重要因素. 相似文献
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采用热处理法从海南省尖峰岭热带雨林土壤中分离出164株芽胞杆菌,运用16S rDNA PCR-RFLP与序列分析技术对所得菌株进行遗传多样性分析。根据16S rDNA PCR-RFLP酶切图谱的UPGMA聚类分析,在相似性为100%的水平上,分离到的164株芽胞杆菌分属于23个酶切类型,显示出丰富的遗传多样性。16S rDNA序列分析结果表明,这些菌株主要分布于Bacillus(52%)、Paenibacillus(36%)、Lysinibacillus(4%)、Brevibacillus(4%)和Psychrobacillus(4%)5个属,其中优势属为Bacillus;有6株芽胞杆菌的16S rDNA序列与数据库中相应模式菌株的最大相似性为98.3%~99.0%,可能为潜在的芽胞杆菌新种资源。 相似文献
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青海解磷菌菌株的分离筛选 总被引：2，自引：0，他引：2
以青海省主要农耕区海东区和海南区的小麦、洋芋、油菜、蚕豆、辣椒、葱等16种作物的根际土壤为试验材料,通过解磷圈试验对土壤样品进行解磷菌的初筛和复筛。结果表明：共得到具有明显解磷圈的解磷菌28株。通过对解磷圈大小测定,筛选出y8-4、y5．1和w4．1等9株菌表现较好,解磷圈直径（D）与菌落直径（d）比值（D／d）均≥1．5。通过摇瓶复筛得出,y8-4解磷能力较强,菌液中磷含量达95μg／mL,其次是菌株y16-4和y9-4;其中菌株y9-4培养液的pH值有所降低。综合评价认为菌株y9-4的彤d较大,培养液中磷含量较高,且pH值有所降低,最后确定其作为适合青海农作区推广的高效解磷菌。 相似文献
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通过在改良的VL55培养基中添加6种不同的营养因子,利用大量稀释法对采自河北、青海和云南的3份土壤样品进行细菌分离,并对所分离菌株进行16S r RNA基因序列系统发育分析,比较利用不同营养因子分离的可培养细菌物种多样性。结果表明,添加营养因子分离得到的细菌物种多样性明显高于对照;土样1对照分离得到5个属,添加6种营养因子的处理共分离得到22个属;土样2对照分离得到2个属,添加6种营养因子的处理共分离得到17个属;土样3对照分离得到6个属,添加6种营养因子的处理分离得到15个属。添加不同营养因子的培养基组合分离得到各自独特的细菌类群。其中,从青海土样中分离得到的菌株HBUM200206与运动东菌(Dongia mobilis)LM22T的亲缘关系最近,序列相似性为94.58%,可能是红螺菌科(Rhodospirillaceae)的一个潜在新属。此外,有12株菌与亲缘关系最近的模式菌株的16S r RNA基因序列相似性均小于98.65%,可能为潜在的新种。 相似文献