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1.
采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP法对草鱼EST文库中载脂蛋白A-Ⅰ-1基因(Apoprotein A-Ⅰ-1,apoA-Ⅰ-1)3’非编码区进行SNPs筛选,在珠江水系草鱼Ctenopharyngodon idella养殖群体144个样本中发现2个SNPs位点.C792T位点的CC型占46.53％,CT型占50.69％,TT型占2.78％;G851A位点的GG型占77.08％,GA型占20.83％,AA型占2.08％.采用一般线性模型对2个SNPS位点与草鱼4个生长性状——体质量、体长、体高和头长进行关联分析,结果表明:C792T位点TT型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于CT型和CC型个体的生长性状指标值,但未达到显著水平(P＞0.05);G851A位点GG型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于GA型和AA型个体的生长性状指标值,且GG型个体的体长和头长均值与GA型和AA型个体均存在显著差异(P＜0.05).将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型,关联分析结果表明,双倍型D3(TTC792T - GGG851A)个体的体质量均值最高,D6型(CCC792T-AAG851A)个体的体质量均值最低,且二者在体长、体高、头长均值间存在显著差异(P＜0.05).推测C792T位点TT型为有利基因型;G851A位点GG型为有利基因型,AA型为不利基因型.本研究结果为草鱼分子辅助育种提供了候选标记,为加快草鱼育种进程奠定了基础. 相似文献
2.
采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP法对草鱼EST文库中载脂蛋白A-I-1基因（Apoprotein A-I-1,apoA-I-1）3＇非编码区进行SNPs筛选,在珠江水系草鱼Ctenopharyngodon idella养殖群体144个样本中发现2个SNPs位点。C792T位点的CC型占46.53%,CT型占50.69%,TT型占2.78%;G851A位点的GG型占77.08%,GA型占20.83%,AA型占2.08%。采用一般线性模型对2个SNPs位点与草鱼4个生长性状———体质量、体长、体高和头长进行关联分析,结果表明：C792T位点TT型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于CT型和CC型个体的生长性状指标值,但未达到显著水平（P〉0.05）;G851A位点GG型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于GA型和AA型个体的生长性状指标值,且GG型个体的体长和头长均值与GA型和AA型个体均存在显著差异（P〈0.05）。将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型,关联分析结果表明,双倍型D3（TTC792T-GGG851A）个体的体质量均值最高,D6型（CCC792T-AAG851A）个体的体质量均值最低,且二者在体长、体高、头长均值间存在显著差异（P〈0.05）。推测C792T位点TT型为有利基因型;G851A位点GG型为有利基因型,AA型为不利基因型。本研究结果为草鱼分子辅助育种提供了候选标记,为加快草鱼育种进程奠定了基础。 相似文献
3.
草鱼柠檬酸合酶基因SNP筛选及与生长性状的关联分析 总被引：4，自引：0，他引：4
根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库中预测的柠檬酸合酶基因的1个Contig序列,设计引物扩增该基因的部分序列,然后采用PCR产物直接测序法筛选SNP突变点。测序的序列经比对后,共筛选到2个在内含子10上的SNP突变点:A-386G和C-499G。随机选择同批繁殖和同塘混养的144尾草鱼对2个SNP位点用Snapshot方法进行检测和分型,并统计基因型频率。A-386G位点的AA基因型占47.10%,AG基因型占38.41%、GG基因型占14.49%;C-499G位点的CC基因型占31.85%,CG基因型占46.67%,GG基因型占21.48%,均属于中度多态位点。利用一般线性模型(GLM)分析2个SNP位点与草鱼6个生长性状(体质量、体长、体高、头长、尾柄长和尾柄高)的相关性,结果显示,A-386G和C-499G位点的不同基因型在这6个生长性状均值有差异,但均不存在显著差异。将这2个SNP不同基因型两两组合,一共组成7种双倍型(去掉频率小于3%的组合D2和D5),GLM相关分析表明5种双倍型在5个生长性状(体质量、体长、体高、尾柄长和尾柄高)上均存在差异,其中在头长上存在显著差异,D6双倍型(A-386G/AG和C-499G/GG)在6个生长性状上均值均最大,属于生长优势双倍型。本研究显示,筛选到的柠檬酸合酶基因上的2个SNP位点具有用于草鱼生长性状的分子辅助育种的潜力。 相似文献
4.
基于EST序列的杨树候选SNPs标记分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用生物信息学方法对来自2个不同cDNA文库的2万余条杨树EST序列进行了候选SNPs标记.研究结果表明,在获得的94个碱基替代型候选SNPs中,A/G替换类型最多,占32.98%,C/T替换型占13.83%,其它碱基置换型SNPs占53.20%.同时,对其中20个候选SNPs位点的重新测序结果表明,有13个(占65%)候选sNPs位点得到证实,其中,11个位点为碱基替代型SNPs,另外2个为杂合型位点. 相似文献
5.
根据草鱼EST数据库中的rho型谷胱甘肽硫转移酶基因cDNA序列设计引物,扩增预计存在的SNP位点.采用PCR产物测序法和PCR-RFLP法,在珠江水系草鱼养殖群体中筛选到2个SNP位点,分别位于外显子1和外显子2上,为C-T突变,且属于同义突变,统计了多态位点在群体中的分布:C十129T位点CC型占0.69％,TC型... 相似文献
6.
为探究草鱼nlrc3基因的多态性和抗多子小瓜虫（Ichthyophthirius multifiliis）病之间的关联性,通过多子小瓜虫感染草鱼（Ctenopharyngodon idella）筛选出易感群体和抗病群体,并分析比较两个群体nlrc3基因的单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism, SNP）位点,使用高分辨率熔解（High resolution melt, HRM）和Sanger测序技术验证SNP位点基因型,并将获得的SNP位点与草鱼抗病性状进行关联性分析。结果显示,从草鱼nlrc3基因中筛选得到了4个SNPs位点,有3个SNPs位点（SNP1、SNP3和SNP4）成功分型,其中SNP1和SNP3中分别含有AA、AG和AA、GG两种基因型,且与抗多子小瓜虫性状显著相关;倍型组合及其与抗病能力相关性分析显示,与其他二倍型相比,由SNP1的AG和SNP3的AA基因型组成的二倍型（D1）中100%为抗病个体,由SNP1的AG与SNP3的GG基因型组成的二倍型（D2）中95%为抗病个体,均为抗病优势基因型。研究表明,抗小瓜虫的草鱼全体中存在nl... 相似文献
7.
通过PCR法从奥利亚罗非鱼DNA中扩增出MSTN基因。该序列全长1 957 bp,含有3个外显子,2个内含子。外显子Ⅰ379 bp,外显子Ⅱ371 bp,部分外显子Ⅲ145 bp,内含子Ⅰ305 bp,内含子Ⅱ751 bp,编码区895 bp,共翻译298个氨基酸。通过随机测序法筛选SNPs,获得了6个突变位点,外显子Ⅰ、Ⅱ各有一个,而内含子Ⅱ则含有4个突变位点。外显子Ⅰ、Ⅱ的突变位点均导致翻译的氨基酸序列发生改变,为错义突变。研究结果为SNPs位点与奥利亚罗非鱼生长性能关联分析奠定了基础。 相似文献
8.
通过PCR法从奥利亚罗非鱼DNA中扩增出MSTN基因。该序列全长1 957 bp,含有3个外显子,2个内含子。外显子Ⅰ379 bp,外显子Ⅱ371 bp,部分外显子Ⅲ145 bp,内含子Ⅰ305 bp,内含子Ⅱ751 bp,编码区895 bp,共翻译298个氨基酸。通过随机测序法筛选SNPs,获得了6个突变位点,外显子Ⅰ、Ⅱ各有一个,而内含子Ⅱ则含有4个突变位点。外显子Ⅰ、Ⅱ的突变位点均导致翻译的氨基酸序列发生改变,为错义突变。研究结果为SNPs位点与奥利亚罗非鱼生长性能关联分析奠定了基础。 相似文献
9.
[目的]筛选出更多与草鱼生长相关的SNP位点标记,为草鱼分子育种研究提供理论依据.[方法]根据草鱼EST数据库中属于消化酶的羧肽酶A4基因的cDNA序列设计引物,采用PCR产物直接测序法,对含预计SNP位点的cDNA序列进行扩增、测序,并寻找新的SNP位点.[结果]cDNA上预计的SNP位点不存在,但在内含子3上检测到两个SNP位点,分别位于内含子的第40、241个碱基处,命名为A40G位点和G241T位点.经创造酶切位点的限制性片段长度多态检测(CRS-RFLP),发现A40G位点AA型占50.3％、AG型占23.8％、GG型占25.9％,G241T位点的GG型占48.6％、GT型占47.9％、TT型占3.5％.利用一般线性模型(GLM)将两个SNP位点与草鱼6个生长性状进行关联分析,结果表明,A40G位点的GG型个体在体重、体长、体高均高于AA型和AG型,但差异不显著(P＞0.05);G241T位点TT型个体最重,GG型最轻,但差异不显著( P＞0.05);A40G和G241T两个位点组成的7种双倍型个体的体重、体长、体高、尾柄高等重要生长性状差异也不显著(P＞0.05).[结论]在草鱼羧肽酶A4基因的内含子3上发现两个SNP位点(A40G位点和G241T位点),每个SNP位点都可分为3种基因型,但两个SNP位点的不同基因型以及由其组成的双倍型与草鱼的重要生长指标均不存在显著相关. 相似文献
10.
[目的]筛选出更多与草鱼生长相关的SNP位点标记,为草鱼分子育种研究提供理论依据.[方法]根据草鱼EST数据库中属于消化酶的羧肽酶A4基因的cDNA序列设计引物,采用PCR产物直接测序法,对含预计SNP位点的cDNA序列进行扩增、测序,并寻找新的SNP位点.[结果]cDNA上预计的SNP位点不存在,但在内含子3上检测到两个SNP位点,分别位于内含子的第40、241个碱基处,命名为A40G位点和G241T位点.经创造酶切位点的限制性片段长度多态检测(CRS-RFLP),发现A40G位点AA型占50.3%、AG型占23.8%、GG型占25.9%,G241T位点的GG型占48.6%、GT型占47.9%、TT型占3.5%.利用一般线性模型(GLM)将两个SNP位点与草鱼6个生长性状进行关联分析,结果表明,A40G位点的GG型个体在体重、体长、体高均高于AA型和AG型,但差异不显著(P>0.05);G241T位点TT型个体最重,GG型最轻,但差异不显著( P>0.05);A40G和G241T两个位点组成的7种双倍型个体的体重、体长、体高、尾柄高等重要生长性状差异也不显著(P>0.05).[结论]在草鱼羧肽酶A4基因的内含子3上发现两个SNP位点(A40G位点和G241T位点),每个SNP位点都可分为3种基因型,但两个SNP位点的不同基因型以及由其组成的双倍型与草鱼的重要生长指标均不存在显著相关. 相似文献
11.
以新扬州鸡胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因作为控制其生长、发育性状的候选基因,通过对IGF-Ⅰ基因主要部分序列进行PCR-SSCP检测,发现了2个多态位点.测序结果表明,IGF-Ⅰ基因存在2个突变位点:插入(G)和(G→C).分析多态位点与0-12周龄鸡生长发育性状的关联性,结果表明:插入(G)突变基因型中,2周龄鸡体重BB型与AB型差异显著(P<0.05),但AA型与AB型和BB型差异均不显著,而(G→C)突变各基因型间没有显著差异;插入(G)突变位点对0-12周龄鸡的龙骨长、胫骨长均没有显著影响,而(G→C)突变位点仅在鸡6周龄时表现出与龙骨长、胫骨长间的差异显著性. 相似文献
12.
目的探讨张家口地区卵巢癌易感性与CYP1A1基因MspⅠ位点多态性的关系。方法研究采用PCR-RFLP技术,将张家口地区34例卵巢癌患者作为实验组,45例健康女性人群作为对照组,分析CYP1A1基因3’端限制性内切酶MspⅠ位点基因的基因多态性。结果卵巢癌组MspⅠ基因型分布为：基因型TT占21．8％;基因型TC占52．7％;基因型CC占25．5％;等位基因T、C分别为48．2％、51．8％。健康人群组MspⅠ基因型分布为,基因型TT占42．2％;基因型TC占46．7％;基因型CC占11．1％;等位基因T、C分别为65．6％、34．4％。结论该地区健康人群组和卵巢癌组CYP1A1基因MspⅠ位点均呈多态性分布,两者之间差异有显著性（P〈0．05）,提示卵巢癌发病率可能与CYP1A1基因型有关。 相似文献
13.
采用Tru9Ⅰ/EcoRⅠ和TaqⅠ/PstⅠ两种限制性内切酶酶切组合对细鳞鱼Brachymystax lenok pallas的遗传多样性进行研究,探索适合其AFLP的双酶切体系。每种双酶切组合体系分别选用20对选择性扩增引物进行扩增。结果表明：采用Tru9Ⅰ/EcoRⅠ组合共扩增出了739个位点,其中多态性位点为336个,每对引物组合扩增的位点为21-45,位点多态性百分比为45.47%,平均Shannon氏指数为0.2739;而采用TaqⅠ/PstⅠ组合共扩增出了759个位点,多态性位点为405个,每对引物组合扩增的位点为29-53,位点多态性百分比为53.36%,平均Shannon氏指数为0.3144。表明,对细鳞鱼进行AFLP分析时,TaqⅠ/PstⅠ的酶切体系呈现出更大的多态性,能提供更多的可供分析研究的数据,更适用于细鳞鱼基因组分析。 相似文献
14.
唐永凯 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2012,38(4):422-425
采用同源克隆法从吉富罗非鱼血液DNA中分离出GH基因。GH含有5个内含子,阅读框长615 bp,编码204个氨基酸。通过随机测序法,在GH的外显子6处找到1个SNPs位点(A/G)。通过PCR–RFLP检测吉富罗非鱼群体内GH的SNPs,同时将其增重性状与SNPs进行相关分析,结果显示,在雌鱼中,GG型和GA型个体增重高于AA型个体,但差异不显著;在雄鱼中,AA型个体增重显著高于GG型个体(P<0.05)。 相似文献
15.
《江苏农业学报》2017,(4)
使用SSCP技术检测FSHβ、ESRα的SNPs位点,分析鸡FSHβ、ESRα基因多态性及其合并基因型与产蛋性能的相关性,为寻找玫瑰冠鸡产蛋性能相关分子标记提供依据。结果表明:在玫瑰冠鸡和海兰褐蛋鸡群体中分别检测到FSHβ(A-173G)和ESRα(G-78416T、A-119854T、C-158689G)4个多态位点,其中A-173G位点、A-119854T位点、C-158689G位点AB型对玫瑰冠鸡300日龄产蛋数有显著影响(P0.05);ESRα基因单倍型GTC个体的开产体质量和300日龄产蛋数高于单倍型GAG,是2种鸡的优势基因型;FSHβ、ESRα合并基因型中玫瑰冠鸡H6型的初生质量显著高于H1基因型(P0.05),海兰褐蛋鸡H1型的开产蛋质量显著高于H9、H10及H12合并基因型(P0.05),开产日龄显著早于H11基因型(P0.05),300日龄产蛋数显著高于其他合并基因型(P0.05)。因此FSHβ(A-173G)、ESRα(A-119854T)、ESRα(C-158689G)AB型与FSHβ、ESRα合并基因H6型有望作为与玫瑰冠鸡产蛋性能相关的分子标记。 相似文献
16.
为寻找耐低氧相关SNPs分子标记辅助团头鲂优良品种选育,利用团头鲂低氧耐受和敏感群体的转录组数据,进行SNPs位点的开发和鉴定,获得52 623个可能的SNPs位点,其中碱基转换和颠换型位点分别占57.4%(30 192个)和31.9%(16 802个);同义SNPs占编码区总SNPs的99.7%,非同义SNPs仅有32～35个;使用PCR-RFLP技术对筛选出的5个非同义的多态性SNPs进行耐低氧性状关联分析。结果显示,Plin2-A1157G和Hif-3α-A2917G位点的SNPs在团头鲂亲本群体中与低氧耐受性状显著相关,但在子代群体中却与低氧耐受性状无显著相关性。这说明亲代中筛选出的分子标记并不一定适用于子代群体,在利用分子标记辅助育种时需要考虑标记在子代中的有效性。 相似文献
17.
以我国地方鸡品种为研究对象,测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明:6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点,占分析位点总数的3.52%;6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0.7274,核苷酸多样度平均为0.352%,品种间核苷酸分歧度为0.283%~0.791%。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。 相似文献
18.
自山东寿光地区疑似鸭病毒性肝炎的病鸭肝组织中分离到一株鸭肝炎病毒,命名为SG株DHV-Ⅰ.该病毒能被DHV-Ⅰ标准抗血清中和,该病毒第5代病毒尿囊液对12日龄鸭胚的ELD50为10-5.58/0.2 mL,对7日龄雏鸭的LD50为10-4.68/0.2 mL.全基因组序列比较分析发现,SG株DHV-Ⅰ基因组结构为5' UTR-VP0-VP3-VP1-2A1-2A2-2B-2C-3A-3B-3C-3D-3' UTR,与A型DHV-Ⅰ毒株的核苷酸同源性为94.9%～99.7%,氨基酸同源性为94.5%～99.7%,表明SG株DHV为一株A型DHV-Ⅰ强毒. 相似文献
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利用PCR技术扩增我国3个不同海域(渤海湾、东海的舟山海域、南海的广东沿海)银鲳(Pampus argenteus)线粒体CO Ⅰ的基因片段,得到长度为604 bp的片段,比较分析了3个不同地区48尾银鲳线粒体CO Ⅰ基因序列的变异和遗传结构.结果显示,48条序列共检测出多态性位点30个,其中简约信息位点6个,各群体内的多态性位点分别为渤海8个、舟山26个、广东1个;48个个体具有18个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.662 2和0.002 8.AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的-1.03%,而101.03%的遗传变异源于群体内,3群体总的遗传分化指数(FST)为-0.010 3 (P>0.05).此外,研究结果还显示,群体间遗传分化指数与遗传距离均非常低.分析得出:基于银鲳线粒体CO Ⅰ基因的序列分析,单倍型多样性以东海群体最高(0.800 9)、渤海群体其次(0.700 0)、南海群体最低(0.200 0),而3群体核苷酸多样性则均较低(<0.005);分子变异分析未检测出我国3个野生银鲳群体间存在遗传分化现象. 相似文献
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【目的】本研究针对玉米淀粉合成相关基因sbe1和bt2获得SNPs位点并设计引物,进行HRM-PCR分型,根据结果找到相关基因对玉米淀粉合成方面的调控机理,从而为玉米育种的遗传改良和分子设计育种提供理论参考。【方法】本文提取普通玉米H21和紫糯96-619的基因组DNA后进行PCR扩增,测序并拼接出玉米淀粉合成相关基因bt2,sbe1的全长序列。【结果】进行亲本间序列比对,找到了20个SNPs位点,通过高分辨率熔解曲线(HRM),成功对171个高世代回交群体的SNPs位点分型。【结论】运用试验分析,总结了利用直接测序法和HRM进行SNPs位点的筛选和验证的优缺点,以期为大规模SNPs筛选技术提供参考。 相似文献