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1.
菌株IP0004是从患病斑点叉尾鮰Ictalurus punctatus肝脏中分离出的一株致病菌。经形态学观察、生理生化特性分析和16S rRNA基因序列测定分析对其进行分类鉴定,确定其为类志贺邻单胞菌Plesiomonasshigelloides。该菌为革兰氏阴性杆菌,极生单鞭毛,无芽孢,有荚膜;发酵葡萄糖、麦芽糖、海藻糖产酸,鸟氨酸脱羧酶、赖氨酸脱羧酶、精氨酸双水解酶、β-半乳糖甙酶、α-半乳糖甙酶为阳性;其生长盐度为0~25,pH值为5~10,最适生长温度为37℃。菌株IP0004 16S rRNA基因部分序列与类志贺邻单胞菌16SrRNA相应基因序列的同源性均大于99%,构建的系统进化树显示该菌株与类志贺邻单胞菌聚为一类。菌株IP0004的细胞毒性外膜蛋白COMP（cytotoxic outer-membrane protein）基因与类志贺邻单胞菌的COMP基因序列相似性大于99.9%,说明该菌株为类志贺邻单胞菌,具有COMP基因,有一定的致病力。药物敏感试验结果表明,菌株IP0004对头孢曲松、头孢拉定、头孢唑林、氧氟沙星敏感,而对新生霉素、利复平、复方新诺明不敏感。 相似文献
2.
从患出血病草鱼体上分离出1个菌株,传统分类学及16SrRNA基因鉴定其为嗜水气单胞菌,人工感染实验显示该分离菌株为强毒株。克隆该菌株的气溶素(aerolysin,aerA)基因和溶血素(hemolysin,hlyA)基因,序列分析显示这2个基因只有46.7%的同源性。Blast分析显示,hlyA基因与GenBank上已登录的hlyA序列具有较高的同源性,而aerA基因与已登录的aerA基因以及一些hlyA序列也具有较高的同源性。对与aerA基因同源性较高的这些hlyA序列进行结构域预测,发现它们均具有APT结构域和气溶素结构域,说明它们实际上应是aerA基因,只是命名上与hlyA基因混淆。用DNAstar软件预测aerA和hlyA的抗原区,显示它们均具有很好的抗原性。用特异性引物检测菌株的aerA基因和hlyA基因,结果显示2株毒力株均有特异条带,而无毒株则未扩增到特异条带,说明aerA和hlyA有可能作为鉴定嗜水气单胞菌毒力菌株的标记。 相似文献
3.
《湖北农业科学》2021,60(20)
为探究湖北省部分地区黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)暴发性疾病发生原因,实地调查了生产情况,并从患病鱼体内分离鉴定出维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)和类志贺邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides)。药敏试验结果表明,维氏气单胞菌对硫酸新霉素和氟甲喹较为敏感,对甲砜霉素、氟苯尼考、磺胺间甲氧嘧啶钠均具有较大程度的耐药性。类志贺邻单胞菌仅对氟甲喹中度敏感,对其他7种国标渔药都具有较强的耐药性。综合气温、水质、喂养情况等因素分析了黄颡鱼暴发性疾病的发生原因,认为此次暴发性疾病主要由细菌感染引起,与气温的剧烈波动、过量投喂、水质恶化等因素密切相关。 相似文献
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羊源杀鲑气单胞菌16S rRNA基因的克隆测序及分析 总被引：2，自引：0，他引：2
从重庆市丰都县无菌采集山羊血液,提取全血基因组,用16SrRNA基因的引物进行PCR扩增,得到2条长约1 500bp的扩增片段,将其克隆到pMD19-T载体后进行测序,并与3条豚鼠气单胞菌,3条嗜水气单胞菌,3条中间气单胞菌,4条杀鲑气单胞菌,2条温和气单胞菌,3条维氏气单胞菌和5条舒氏气单胞菌16SrRNA基因序列进行系统发育分析.结果表明:所克隆的基因片段长度均为1 507bp,GenBank登录号为JF823571和JF823572.系统发育分析发现2条序列均被聚类到杀鲑气单胞菌群,并与温和气单胞菌聚类到一个大的分支.同源性比对结果显示所获得的序列与杀鲑气单胞菌法国株(ATCC33658T)X74681和阿根廷株AF134065的同源性最高,均为99.6%,表明重庆地区存在受杀鲑气单胞菌感染的山羊. 相似文献
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chencuizhen@.com 《勤云标准版测试》2006,(5)
对从鲢(Hypophthalmichthysmolitrix)鳙(Aristichthysnobilis)打印病病死鱼中分离到的豚鼠气单胞菌(Aeromonascaviae),进行了形态与理化特性等方面较系统的表观分类学指征鉴定。同时择代表菌株(HC960704-1)进行了16SrRNA基因的分子鉴定,测定了16SrRNA基因序列、分析了相关细菌相应序列的同源性,构建了系统发生树;HC960704-1的16SrRNA基因序列长度为1416bp(GenBank登录号:AY966888),与GenBank数据库中的气单胞菌16SrRNA基因序列的相似性在98%和100%。 相似文献
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《农业与技术》2021,(3)
该试验目的在于利用16SrRNA鉴定的方法对从异常原料乳中分离提纯得到的一株细菌进行鉴定。利用基因提取试剂盒提取出菌株DNA,并利用通用引物扩增菌株的16SrRNA,测序后对序列进行比对分析。电泳结果显示16SrRNA扩增成功,条带明亮,无杂散带,条带大小约为1500bp,符合要求;在NCBI中将测序结果进行Blast核酸比对,结果显示,分离所得的菌株与Bacillus Velezensis菌的16SrRNA序列的一致性为100%,并通过绘制进化树分析后可知,菌株与Bacillus velezensis strain Lac05D这种菌株的亲缘关系最近,可以确定菌株为Bacillus Velezensis。 相似文献
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以福氏志贺菌2a型菌株基因组为模板,经PCR扩增得acrB基因,将该基因克隆到pMD18-T Vector载体,将重组质粒进行PCR和酶切鉴定及序列测定.结果表明:测定序列与Genbank收录的福氏志贺菌参考序列同源性为99.7%,与大肠杆菌的acrB基因序列比较分析,序列同源性在98%~99%之间,说明志贺菌主动外排基因acrB在碱基序列和编码的氨基酸序列上均与大肠杆菌有很高的同源性,它可能是志贺菌引起多重耐药的主要原因. 相似文献
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养殖乌鳢内脏结节病的病原分离、鉴定与药物敏感性分析 总被引：3，自引：0，他引：3
从患内脏结节病的四川眉山地区养殖乌鳢腹水和肝、脾、肾组织中分离并纯化培养、筛选出1株致病菌,经形态结构、染色观察、生理生化实验、16SrRNA基因和特异性序列的PCR检测进行菌株的鉴定,并进行分离菌株的药物敏感性实验。结果发现,该分离株具有与诺卡氏菌Nocardia较一致的形态特征和相似的生化特性。16SrRNA基因的PCR扩增、测序和系统发育分析显示,该菌株与诺卡氏菌属的亲缘关系较近,同源性较高,与诺卡氏菌Nocardia seriolae的16SrRNA基因序列相似性高达99%以上;诺卡氏菌的特异性引物N5F1/N5R1的PCR检测结果表明该菌为诺卡氏菌;药物敏感性结果显示,该菌对四环素、强力霉素、美满霉素、阿奇霉素、磺胺异噁唑和利福平等药物敏感。 相似文献
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为研究西北干旱地区豆科植物柠条锦鸡儿(Caragana korshinskii)根瘤菌的系统发育地位及共生基因多样性,对从甘肃省分离得到的菌株进行16SrRNA PCR-RFLP和序列分析,构建系统发育树,确定其分类地位,并通过分析共生基因nodA和nifH,确定种群共生类型。结果表明:从柠条根瘤内分离到64株菌,共有7个PCR-RFLP 16SrRNA基因型,主要归属于Ensifer(占分离总数43.8%)、Mesorhizobium(31.2%)、Rhizobium(25%),其中,Ensifer为主要类群,约占34.4%。共生基因nodA和nifH与Ensifer和Mesorhizobium模式菌株同源性较高,与16SrRNA基因确定的根瘤菌分类地位相比,发现部分共生基因与16S rRNA基因确定的分类地位不同,揭示了共生基因横向转移现象的发生。 相似文献
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根据蜡质芽孢杆菌(Bc)肠毒素基因序列,设计特异PCR引物,对本实验室保存的 16个苏云金芽孢杆菌 (Bt)菌株进行检测.结果显示, 15个菌株含有肠毒素基因片段.克隆了Bt8010肠毒素entS基因的编码框 (ORF)序列, 将该序列测序,用在线的BLAST软件与DNASIS软件进行同源性分析.结果表明,该基因与已知的Bc和炭疽芽孢杆菌肠毒素基因有很高的同源性,但该基因有 12个核苷酸缺失,不能表达完整多肽. 相似文献
13.
初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明：16株鳗鲡病原菌均扩增到了400bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上符合程度高达82%. 相似文献
14.
为鉴定福州地区不结球白菜黑腐病致病菌,以感染黑腐病的不结球白菜植株为材料进行了病原菌分离和鉴定。通过观察所分离病原菌的形态及接种试验发现其形态和发病症状与黑腐病的形态和发病症状相一致。以细菌通用引物16S对该病原菌进行16SrDNA的PCR扩增测序分析,发现该病原菌与野油菜黄单胞菌(Genbank:CP017308.1)16SrDNA序列同源性为99.8%。从接种病原菌植株中重新分离病原菌,其16SrDNA序列与之前接种菌株序列一致。以上结果初步证明分离的病原菌为不结球白菜黑腐病病原菌,且该病原菌为十字花科黑腐病野油菜黄单胞菌野油菜致病种。 相似文献
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对菌株H13的16S rRNA序列进行克隆和测序,并以此为基础构建菌株H13的系统发育树,对菌株H13进行鉴定。应用PCR技术,扩增H13菌株的16S rRNA基因,将其与pEASY-T载体相连接,用Sanger双脱氧链终止法测定序列并将16S rRNA序列与GenBank所选择的同属及非同属的菌进行同源性比较。结果表明：H13菌株16S rRNA基因序列同源性与乳杆菌属10株菌均在89%以上,与所选的植物乳杆菌和类植物乳杆菌的同源性高达99.5%和99.2%,与其他8株乳杆菌属菌株的同源性都小于97%,可进一步确定其为植物乳杆菌或类植物乳杆菌。系统发育进化树结果表明,H13与植物乳杆菌的同源性最为接近。H13最终鉴定为植物乳杆菌,该菌株现在已被中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心收录保存,编号为CGMCC 1357。 相似文献
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三北地区鱼源气单胞菌的分离鉴定与药敏试验 总被引：1，自引：0，他引：1
选取三北地区鲤、鲫、草鱼、大西洋鲑等鱼体内分离到的气单胞菌共16株,结合革兰氏染色、氧化酶反应和分子生物学方法对其进行鉴定后,采用K-B药敏纸片法测定16株菌对10类25种药物的敏感性。结果表明:16株菌均为革兰氏阴性、氧化酶阳性细菌;Blast比对分析发现实验菌株的16S rRNA序列分别与Gen Bank数据库中维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌的不同菌株的16S rRNA基因序列同源性较高,相似性达95%以上;系统发育树显示16株菌分别与维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌的不同菌株聚为一支,而与肠杆菌、志贺菌和弧菌分支较远,从而判定为维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌;16株分离菌中有3株维氏气单胞菌、4株嗜水气单胞菌、3株温和气单胞菌和6株杀鲑气单胞菌;药敏试验中16株气单胞菌对氨苄西林、青霉素G、阿莫西林、三甲氧苄氨啶、复方新诺明、磺胺异噁唑、氯霉素、利福平具有较高的耐药性,耐药率达95%以上,对氟喹诺酮类药物普遍较敏感,不同菌株之间的耐药谱存在很大差异。为气单胞菌的鉴定及三北地区淡水鱼细菌病的药物防治提供科学依据。 相似文献
17.
旨在通过细菌16SrRNA鉴定分离得到的一株β-溶血细菌(B1)。提取菌株B1的基因组DNA,利用细菌16SrRNA的通用引物扩增B1菌株的16SrRNA,测序并对序列进行比对分析。结果成功扩增出B1菌株的16SrRNA,条带很亮且无杂带,阴性对照无条带,条带大小为1 499bp,符合16SrRNA 1 500bp的要求;利用NCBI数据库的Blast工具进行核酸比对,结果显示B1菌株与Aneurinibacillus migulanus菌的16S rRNA序列的一致性在99%以上,通过进化树分析可知,B1与Aneurinibacillus migulanus strain A72,Aneurinibacillus migulanus strain ATCC 9999这2种菌株的亲缘关系最近,可以确定B1菌株为短芽孢菌属的Aneurinibacillus migulanus。 相似文献
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利用16S rRNA序列鉴定分离自开菲尔粒的一株乳杆菌 总被引：2，自引：0，他引：2
对菌株 H13 的 16S rRNA 序列进行克隆和测序,并以此为基础构建菌株 H13 的系统发育树,对菌株 H13 进行鉴定.应用 PCR 技术,扩增 H13 菌株的16S rRNA 基因,将其与 pEASY-T 裁体相连接,用 Sanger 双脱氧链终止法测定序列并将16S rRNA 序列与 GenBank 所选择的同属及非同属的菌进行同源性比较.结果表明H13 菌株16S rRNA基因序列同源性与乳杆菌属 10 株菌均在89%以上,与所选的植物乳杆菌和类植物乳杆菌的同源性高这99.5%和99.2%,与其他8株乳杆菌属菌株的同源性都小于97%,可进一步确定其为植物乳杆菌或类植物乳杆菌.系统发育进化树结果表明,H13 与植物乳杆菌的同源性最为接近.H13 最终鉴定为植物乳杆菌,该菌株现在已被中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心收录保存,编号为 CGMCC 1357. 相似文献
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【目的】克隆获得中国南瓜18SrRNA,并设计合适的荧光定量PCR内参,为开展中国南瓜重要功能基因的表达模式和调控机制研究奠定基础。【方法】以中国南瓜‘密本’品种的基因组DNA为模板,通过PCR方法克隆中国南瓜18SrRNA基因序列,再利用Primer Premier软件设计荧光定量PCR引物,对该内参基因在中国南瓜不同组织、生长阶段及非生物胁迫条件下的表达稳定性进行检测。【结果】首次克隆得到中国南瓜18SrRNA基因序列,其长度为1 857bp,GenBank登录号为KM979454,该基因与西瓜、西葫芦等瓜类蔬菜18SrRNA基因同源性大都在90%以上;以中国南瓜内参基因18SrRNA核苷酸全长序列为基础设计1对荧光定量PCR引物,以中国南瓜果肉总RNA逆转录的cDNA第一链为模板进行PCR扩增,该引物扩增的片段大小为132bp,扩增效率高,特异性强;18SrRNA基因在中国南瓜不同组织、生长发育阶段及非生物胁迫条件下均能稳定表达。【结论】克隆获得中国南瓜18SrRNA基因,该基因适合在中国南瓜基因表达研究中作为内参基因。 相似文献
20.
结合16S rDNA基因序列和限制性片段长度多态性（RFLP）的分析方法,通过与GenBank库中已递交的细菌16S rDNA基因序列进行同源性比较,对分离自发病鳗鲡（欧洲鳗鲡,日本鳗鲡和美洲鳗鲡）的30株细菌进行初步鉴定和分类.结果表明,这些细菌可大致分为气单胞菌属（Aeromonas sp.）、假单胞菌属（Pseudomonas sp.）、邻单胞菌属（Plesiomonas sp.）、克雷伯氏菌属（Klebsiella sp.）、柠檬酸杆菌属（Citrobacter sp.）、不动杆菌属（Acinetobacter sp.）和肠杆菌属（Enterobacter sp.）等7个菌属.分析认为,部分分离菌株可能是引起鳗鲡病害的疑似致病性菌株. 相似文献